View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18894_low_12 (Length: 305)

Name: NF18894_low_12
Description: NF18894
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18894_low_12
NF18894_low_12
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (9-289)||(41316652-41316932)
chr5 (43-289)||(41328727-41328973)
chr5 (43-289)||(41332660-41332906)
chr5 (43-260)||(31187996-31188213)
chr5 (50-269)||(41366846-41367065)
chr5 (36-260)||(41324743-41324967)
chr5 (48-270)||(41286858-41287079)
chr5 (19-269)||(31177924-31178174)
chr5 (125-289)||(41310969-41311137)
chr5 (64-254)||(41431922-41432112)
chr5 (43-259)||(31225565-31225781)
chr5 (56-256)||(41337480-41337680)
chr5 (9-101)||(41310877-41310969)
chr5 (147-199)||(14235910-14235962)
chr5 (203-259)||(41338364-41338419)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (59-283)||(17248790-17249014)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 273; Significance: 1e-152; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 9 - 289
Target Start/End: Original strand, 41316652 - 41316932
Alignment:
Q  9 gaagaatattcatgttgatttagagagtagatagtgttaatgttaatccatttgcaggacatgtttggtgctggtactgaaacatcgtcagaggctgtga 108  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41316652 gaagaaaatgcatgttgatttagagagtagatagtgttaatgttaatccatttgcaggacatgtttggtgctggtactgaaacatcgtcagaggctgtga 41316751  T
Q  109 tttgggcgatgtctgcgatggtaaaaaactcaaatgtaatggaacaagcacaagctgaagtaagaagagtgtttgataaaaagggatatgtggatgagac 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41316752 tttgggcgatgtctgcgatggtaaaaaactcaaatgtaatggaacaagcacaagctgaagtaagaagagtgtttgataaaaagggatatgtggatgagac 41316851  T
Q  209 agagttgtaccaattgatatacttaaagtctgtcatcaaagaaacattgaggttgtatcctgttgctccattgttagttcc 289  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41316852 agagttgtaccaattgatatacttaaagtctgtcatcaaagaaacattgaggttgtatcctgttgctccattgttagttcc 41316932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 43 - 289
Target Start/End: Original strand, 41328727 - 41328973
Alignment:
Q  43 tgttaatgttaatccatttgcaggacatgtttggtgctggtactgaaacatcgtcagaggctgtgatttgggcgatgtctgcgatggtaaaaaactcaaa 142  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||   ||||||||| |||||||||||| ||| | || | ||||||||||||| |||||| || ||| ||||    
T  41328727 tgttaatgttaatccatttgtaggacatgttccttgctggtaccgaaacatcgtcacaggttctgttatgggcgatgtctgagatggtgaagaacccaaa 41328826  T
Q  143 tgtaatggaacaagcacaagctgaagtaagaagagtgtttgataaaaagggatatgtggatgagacagagttgtaccaattgatatacttaaagtctgtc 242  Q
     ||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||    
T  41328827 ggtaatggaagaagcacaagatgaagtaagtagagtgtttgataaaaaggagtatgtggatgagacagagttgcaccaattgatatacttaaagtccgtc 41328926  T
Q  243 atcaaagaaacattgaggttgtatcctgttgctccattgttagttcc 289  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||    
T  41328927 atcaaagaaacattgaggttgcatcccgttgcaccattgttagttcc 41328973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 131; E-Value: 6e-68
Query Start/End: Original strand, 43 - 289
Target Start/End: Original strand, 41332660 - 41332906
Alignment:
Q  43 tgttaatgttaatccatttgcaggacatgtttggtgctggtactgaaacatcgtcagaggctgtgatttgggcgatgtctgcgatggtaaaaaactcaaa 142  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||   ||||||||| ||||||||||||||||   || | ||||||||||||| ||||||||| ||| ||||    
T  41332660 tgttaatgttaatccatttgtaggatatgttcattgctggtaccgaaacatcgtcagaggtattgttatgggcgatgtctgagatggtaaagaacccaaa 41332759  T
Q  143 tgtaatggaacaagcacaagctgaagtaagaagagtgtttgataaaaagggatatgtggatgagacagagttgtaccaattgatatacttaaagtctgtc 242  Q
     ||| ||||| |||||||   |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  41332760 ggtattggaagaagcacagattgaagtaagaagagtgtttgataaaaaggggtatgtggatgagtcagagttgcaccaattgatatacttaaagtctgtc 41332859  T
Q  243 atcaaagaaacattgaggttgtatcctgttgctccattgttagttcc 289  Q
     |||||||||||||||||||  |||| ||||| ||||||||| ||||    
T  41332860 gtcaaagaaacattgaggttacatcccgttgcaccattgttaattcc 41332906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 114; E-Value: 8e-58
Query Start/End: Original strand, 43 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 31188213 - 31187996
Alignment:
Q  43 tgttaatgttaatccatttgcaggacatgtttggtgctggtactgaaacatcgtcagaggctgtgatttgggcgatgtctgcgatggtaaaaaactcaaa 142  Q
    |||| ||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||| | |||| ||| |||| ||||||||| ||| ||||    
T  31188213 tgttgatgctaatccatttgtaggatatgtttggtgctggtacggaaacatcgtccggggctgtgctatgggggatatctgagatggtaaagaacccaaa 31188114  T
Q  143 tgtaatggaacaagcacaagctgaagtaagaagagtgtttgataaaaagggatatgtggatgagacagagttgtaccaattgatatacttaaagtctgtc 242  Q
      |||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |     
T  31188113 gataatggagaaagcacaagctgaagtaagaaaagtgtttgataaaaaggggtatgtcgatgaaacagagttgcaccaattgatatacttaaagtctata 31188014  T
Q  243 atcaaagaaacattgagg 260  Q
    |||| |||||||||||||    
T  31188013 atcagagaaacattgagg 31187996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 50 - 269
Target Start/End: Original strand, 41366846 - 41367065
Alignment:
Q  50 gttaatccatttgcaggacatgtttggtgctggtactgaaacatcgtcagaggctgtgatttgggcgatgtctgcgatggtaaaaaactcaaatgtaatg 149  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||| ||| || |||| || || |||||| | ||| ||||||||| ||||||||| ||  | |  ||||||    
T  41366846 gttaatccatttgcaggacatgtttgttggtggcactcaatcatcttctgaagctgtgttatggacgatgtctgagatggtaaagaatccgatggtaatg 41366945  T
Q  150 gaacaagcacaagctgaagtaagaagagtgtttgataaaaagggatatgtggatgagacagagttgtaccaattgatatacttaaagtctgtcatcaaag 249  Q
    |||  |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  41366946 gaagcagcacaagttgaggtaagaagagtgtttgataaaaagggatatgtgaatgagacagagttgcaccaattgatatacttaaaatccgtcatcaaag 41367045  T
Q  250 aaacattgaggttgtatcct 269  Q
    ||||| |||||||| |||||    
T  41367046 aaacaatgaggttgcatcct 41367065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 36 - 260
Target Start/End: Original strand, 41324743 - 41324967
Alignment:
Q  36 tagatagtgttaatgttaatccatttgcaggacatgtttggtgctggtactgaaacatcgtcagaggctgtgatttgggcgatgtctgcgatggtaaaaa 135  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| || | ||||||||| ||||||||||||  | ||||| | |||||||| |||| ||||||||| |    
T  41324743 tagatcgtgttaatgttaatccatttgtaggacatattcgatgctggtaccgaaacatcgtcaacgactgtgttatgggcgatatctgagatggtaaaga 41324842  T
Q  136 actcaaatgtaatggaacaagcacaagctgaagtaagaagagtgtttgataaaaagggatatgtggatgagacagagttgtaccaattgatatacttaaa 235  Q
    |  |||| || |||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||  ||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  41324843 atccaaaggtgatggaagaagcacaagctgaggtaagaagagtttttgataggaaggggtttgtggatgagacagagttgcaccaattgatatacttaaa 41324942  T
Q  236 gtctgtcatcaaagaaacattgagg 260  Q
     ||||| ||||| |||||| |||||    
T  41324943 atctgtgatcaaggaaacaatgagg 41324967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 48 - 270
Target Start/End: Original strand, 41286858 - 41287079
Alignment:
Q  48 atgttaatccatttgcaggacatgtttggtgctggtactgaaacatcgtcagaggctgtgatttgggcgatgtctgcgatggtaaaaaactcaaatgtaa 147  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||   |||||||   ||||||||||||| ||||||| | || | |||||||| ||||||||| ||  |||| || |    
T  41286858 atgttaatccatttacaggacttgttcactgctggtggcgaaacatcgtcaggggctgtgttatgagggatgtctgagatggtaaagaatccaaaggtga 41286957  T
Q  148 tggaacaagcacaagctgaagtaagaagagtgtttgataaaaagggatatgtggatgagacagagttgtaccaattgatatacttaaagtctgtcatcaa 247  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  41286958 tggaa-aagcacaagctgaggtaagaagagtgtttgatagaaaggggtatgtggttgagacagagttgcaccaattgatatacttgaagtctgttatcaa 41287056  T
Q  248 agaaacattgaggttgtatcctg 270  Q
    ||||||| |||||||| ||||||    
T  41287057 agaaacaatgaggttgcatcctg 41287079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 19 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 31178174 - 31177924
Alignment:
Q  19 catgttgatttagagagtagatagtgttaatgttaatccatttgcaggacatgtttggtgctggtactgaaacatcgtcagaggctgtgatttgggcgat 118  Q
    ||||||| |||| | | |||||| |||||||| ||||||||||| |||| ||||||| || |||||| |||||||| ||||  | |||| | |||| |||    
T  31178174 catgttggtttatatactagataatgttaatgctaatccatttgtaggatatgtttgttggtggtaccgaaacatcatcaggagttgtgttatgggggat 31178075  T
Q  119 gtctgcgatggtaaaaaactcaaatgtaatggaacaagcacaagctgaagtaagaagagtgtttgataaaaagggatatgtggatgagacagagttgtac 218  Q
     |||| |||| |||| ||| ||||  ||||| |  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||| ||||| ||||||||| ||    
T  31178074 atctgagatgataaagaacccaaagataatgaaggaagcacaagctgaagtaagaaaagtgtttgataaaaaggggcatgtcgatgaaacagagttgcac 31177975  T
Q  219 caattgatatacttaaagtctgtcatcaaagaaacattgaggttgtatcct 269  Q
    || |||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||| |||||    
T  31177974 catttgatatacttaaagtctataatcaaagaaacattaaggttgcatcct 31177924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 125 - 289
Target Start/End: Original strand, 41310969 - 41311137
Alignment:
Q  125 gatggtaaaaaactcaaatgtaatggaacaagcacaagctgaagtaagaagagtgtttgataaaaaggg----atatgtggatgagacagagttgtacca 220  Q
    ||||||||| ||| |||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||  |||||| |||     
T  41310969 gatggtaaagaacccaaaggtaatggaagaagcacaagttgaagtaagaagagtgtttgataaaaaggggtatatatgtggatgagatggagttgcacct 41311068  T
Q  221 attgatatacttaaagtctgtcatcaaagaaacattgaggttgtatcctgttgctccattgttagttcc 289  Q
     |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||| ||||| ||||||||||||||    
T  41311069 gttgatatacttaaagtttgtcatcaaagaaacactgaggttgcatccagttgcaccattgttagttcc 41311137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 64 - 254
Target Start/End: Original strand, 41431922 - 41432112
Alignment:
Q  64 aggacatgtttggtgctggtactgaaacatcgtcagaggctgtgatttgggcgatgtctgcgatggtaaaaaactcaaatgtaatggaacaagcacaagc 163  Q
    ||||| |||||  ||||||||||||||| ||||||| || |||  | ||||||||||||| |||||  || ||| | ||||| |||||| ||||||||||    
T  41431922 aggacttgttttctgctggtactgaaacttcgtcagtggttgtcttatgggcgatgtctgagatggcgaagaacccgaatgtgatggaagaagcacaagc 41432021  T
Q  164 tgaagtaagaagagtgtttgataaaaagggatatgtggatgagacagagttgtaccaattgatatacttaaagtctgtcatcaaagaaaca 254  Q
    ||| |||||||||||||||||||  || || |||||||||||||| |||||| || ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  41432022 tgaggtaagaagagtgtttgatatgaaagggtatgtggatgagactgagttgcactaattgatatacttgaagtctatcatcaaagaaaca 41432112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 43 - 259
Target Start/End: Original strand, 31225565 - 31225781
Alignment:
Q  43 tgttaatgttaatccatttgcaggacatgtttggtgctggtactgaaacatcgtcagaggctgtgatttgggcgatgtctgcgatggtaaaaaactcaaa 142  Q
    |||| ||| ||||||||||| |||| ||||||| ||||||||  ||||| || |||| || |||| | |||| ||| |||| ||||||||| ||| ||||    
T  31225565 tgttgatgctaatccatttgtaggatatgtttgctgctggtagcgaaacgtcatcaggggttgtgttatgggggatatctgagatggtaaagaacccaaa 31225664  T
Q  143 tgtaatggaacaagcacaagctgaagtaagaagagtgtttgataaaaagggatatgtggatgagacagagttgtaccaattgatatacttaaagtctgtc 242  Q
      |||||||  |||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |     
T  31225665 gataatggaggaagcacaagctgaagtaagaaacatgtttgataaaaagggacatgtcgatgaaacagagttgcaccaattaatatacttaaagtctata 31225764  T
Q  243 atcaaagaaacattgag 259  Q
    || | ||||||||||||    
T  31225765 attagagaaacattgag 31225781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 77; E-Value: 9e-36
Query Start/End: Original strand, 56 - 256
Target Start/End: Original strand, 41337480 - 41337680
Alignment:
Q  56 ccatttgcaggacatgtttggtgctggtactgaaacatcgtcagaggctgtgatttgggcgatgtctgcgatggtaaaaaactcaaatgtaatggaacaa 155  Q
    ||||||||||||| ||||   |||||| |  |||||||||||||    |||| | ||||||||||| | |||| |||| ||| |||  ||||||||| ||    
T  41337480 ccatttgcaggacttgttcattgctggcagcgaaacatcgtcaggaattgtgctatgggcgatgtcggagatgataaagaacccaatagtaatggaagaa 41337579  T
Q  156 gcacaagctgaagtaagaagagtgtttgataaaaagggatatgtggatgagacagagttgtaccaattgatatacttaaagtctgtcatcaaagaaacat 255  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||| | || |||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  41337580 gcacaagttgaggtaagaagagtgtttgataaaaaggggtatgtagacgagacagagttgcaacagttgacatacttaaagtgtgtcatcaaagaaacat 41337679  T
Q  256 t 256  Q
    |    
T  41337680 t 41337680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 9 - 101
Target Start/End: Original strand, 41310877 - 41310969
Alignment:
Q  9 gaagaatattcatgttgatttagagagtagatagtgttaatgttaatccatttgcaggacatgtttggtgctggtactgaaacatcgtcagag 101  Q
    |||||| || ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||   ||||||||| |||||||||||||||    
T  41310877 gaagaaaatgcatgttggtttagagagtagataatgttaatgttaatccatttgtaggacatgttcactgctggtaccgaaacatcgtcagag 41310969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 147 - 199
Target Start/End: Original strand, 14235910 - 14235962
Alignment:
Q  147 atggaacaagcacaagctgaagtaagaagagtgtttgataaaaagggatatgt 199  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||| | |||||||| |||||| |||||    
T  14235910 atggaagaagcacaagctgaggtaagaagggagtttgatagaaaggggtatgt 14235962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 203 - 259
Target Start/End: Original strand, 41338364 - 41338419
Alignment:
Q  203 tgagacagagttgtaccaattgatatacttaaagtctgtcatcaaagaaacattgag 259  Q
    ||||||||||||| |||||||  |||||||||||| | |||||||| ||||||||||    
T  41338364 tgagacagagttgcaccaattactatacttaaagtttatcatcaaa-aaacattgag 41338419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 77; Significance: 9e-36; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 9e-36
Query Start/End: Original strand, 59 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 17249014 - 17248790
Alignment:
Q  59 tttgcaggacatgtttggtgctggtactgaaacatcgtcagaggctgtgatttgggcgatgtctgcgatggtaaaaaactcaaatgtaatggaacaagca 158  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| | |  |||| | ||||  ||||||| |||  |||||||| |||| || ||||||  ||||    
T  17249014 tttgcaggacatgtttgctgctggtagcgaaacatcgtctgggattgtgttatggggaatgtctgagataataaaaaacccaaaggtgatggaagcagca 17248915  T
Q  159 caagctgaagtaagaagagtgtttgataaaaagggatatgtggatgagacagagttgtaccaattgatatacttaaagtctgtcatcaaagaaacattga 258  Q
    |||||||| |||||||| || ||||||| |||||| ||||| ||||| || |||||| | ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  17248914 caagctgaggtaagaagtgtttttgatagaaaggggtatgtagatgaaacggagttggatcaattaatatacttaaattctgtcatcaaagaaacactga 17248815  T
Q  259 ggttgtatcctgttgctccattgtt 283  Q
    || || ||||| |||  ||||||||    
T  17248814 ggctgcatcctattgtaccattgtt 17248790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University