View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18896_low_5 (Length: 449)

Name: NF18896_low_5
Description: NF18896
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18896_low_5
NF18896_low_5
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (1-433)||(17648365-17648800)
chr2 (1-221)||(17706037-17706256)
chr2 (1-211)||(17622269-17622479)
chr2 (46-211)||(17717056-17717221)
chr2 (1-211)||(17667007-17667217)
chr2 (264-416)||(17706377-17706530)
chr2 (46-211)||(17704424-17704589)
chr2 (46-191)||(17718320-17718465)
chr2 (72-172)||(17721753-17721853)
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (5-221)||(39985270-39985486)
chr7 (264-432)||(39984943-39985112)
chr7 (100-178)||(17259908-17259986)
chr7 (6-175)||(8017742-8017911)
chr7 (51-175)||(8102337-8102461)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (46-172)||(23588102-23588228)
chr4 (52-181)||(23596960-23597089)
chr4 (78-178)||(54396090-54396190)
chr4 (296-406)||(23588467-23588578)
chr4 (296-406)||(23597319-23597430)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 328; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 328; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 433
Target Start/End: Original strand, 17648365 - 17648800
Alignment:
Q  1 agcaagttgagatttgtttgagagatgctaggatggacnnnnnnngtgtccatgatattgtccttgtaggcggttctacaagaattccaaaggttcaaaa 100  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  17648365 agcaagttgagatatgtttgagagatgctaggatggacaaaaaaagtgtccatgatattgtccttgtaggcggttctacaagaattccaaaggttcaaca 17648464  T
Q  101 actattgcaggatttcttttacggaaaggagctatgcaatagcattaatcccgatgaggctgttgcatatggtgctgcagtttatgctgcacccttgaat 200  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  || |||    
T  17648465 actattgcaggatttctttgacggaaaggagctatgcaatagcattaatcccgatgaggctgttgcatatggtgctgcagtttgtgctgcacaatttaat 17648564  T
Q  201 ggtgagtacaattagaaggtttagaattttggttcggag--tgttggtggtgtgatgactgttctaagtctttgaaggagagggaacaagaattaaagat 298  Q
    ||||||||||||||||||||| |  || ||||||  |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17648565 ggtgagtacaattagaaggttcatgatcttggtttcgagactgttggtggtgtgatgactgttctaagtctttgaaggagagggaacaagaattaaagat 17648664  T
Q  299 aacaatttgttgggaaaatttcaactttccggcatccctcctgctcctaaaggtgttccacagatcactatatgctttgaca-tgatgctaatggtatat 397  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  17648665 aacaatttgttgggaaaatttcaactttccggcatccctcctgctcctagaggtgttccacagatcagtgtatgctttgacattgatgctaatggtatat 17648764  T
Q  398 tggatgtctttgcttaagacaaaactacttgccagt 433  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  17648765 tggatgtctttgctgaagacaaaactacttgccagt 17648800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 148; E-Value: 6e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Original strand, 17706037 - 17706256
Alignment:
Q  1 agcaagttgagatttgtttgagagatgctaggatggacnnnnnnngtgtccatgatattgtccttgtaggcggttctacaagaattccaaaggttcaaaa 100  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||       ||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  17706037 agcaagttgagaaatgtttgagagatgctaagatggacaaaaaaagtgtccatgatgttgtccttgtaggaggttctaccagaattccaaaggttcaaaa 17706136  T
Q  101 actattgcaggatttcttttacggaaaggagctatgcaatagcattaatcccgatgaggctgttgcatatggtgctgcagtttatgctgcacccttgaat 200  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||| |    
T  17706137 actat-gcaggatttctttgacggaaaggagctatgcaatagcattaatcccgatgaggctgttgcatatggtgctgcagtttgtgctgcatacttgagt 17706235  T
Q  201 ggtgagtacaattagaaggtt 221  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  17706236 ggtgagtacaattagaaggtt 17706256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 126; E-Value: 8e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Original strand, 17622269 - 17622479
Alignment:
Q  1 agcaagttgagatttgtttgagagatgctaggatggacnnnnnnngtgtccatgatattgtccttgtaggcggttctacaagaattccaaaggttcaaaa 100  Q
    ||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||       ||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |    
T  17622269 agcaagttgagaaatgtttgagaaatgctaggatggacaaaacaagtgtccatgatgttgtccttgtaggaggttctaccagaattccaaaggttcaaca 17622368  T
Q  101 actattgcaggatttcttttacggaaaggagctatgcaatagcattaatcccgatgaggctgttgcatatggtgctgcagtttatgctgcacccttgaat 200  Q
    | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||  ||||| |    
T  17622369 attattgcaggatttctttaacggaaaggagctatgcaatagcattaatcccgacgaggctgttgcgtgtggtgctgcagtttacgctgcaatcttgagt 17622468  T
Q  201 ggtgagtacaa 211  Q
    |||||||||||    
T  17622469 ggtgagtacaa 17622479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 46 - 211
Target Start/End: Original strand, 17717056 - 17717221
Alignment:
Q  46 gtgtccatgatattgtccttgtaggcggttctacaagaattccaaaggttcaaaaactattgcaggatttcttttacggaaaggagctatgcaatagcat 145  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||    
T  17717056 gtgtccatgatgttgtccttgtaggaggttctaccagaattccaaaggttcaacaactattgcaggatttctttaacagaaaggagctatgcaagagcat 17717155  T
Q  146 taatcccgatgaggctgttgcatatggtgctgcagtttatgctgcacccttgaatggtgagtacaa 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||  ||||||||||||||||||    
T  17717156 taatcccgatgaggctgttgcatatggtgcggcagtttacactgcaatcttgaatggtgagtacaa 17717221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Original strand, 17667007 - 17667217
Alignment:
Q  1 agcaagttgagatttgtttgagagatgctaggatggacnnnnnnngtgtccatgatattgtccttgtaggcggttctacaagaattccaaaggttcaaaa 100  Q
    ||||||||||||  ||||||||| |||||| |||||||       ||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |    
T  17667007 agcaagttgagaaatgtttgagaaatgctaagatggacaaaagaagtgtccatgatgttgtccttgtaggaggttctaccagaattccaaaggttcaaca 17667106  T
Q  101 actattgcaggatttcttttacggaaaggagctatgcaatagcattaatcccgatgaggctgttgcatatggtgctgcagtttatgctgcacccttgaat 200  Q
    | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||  |||||||||||| |||| ||||||  ||||| |    
T  17667107 attattgcaggatttctttaacggaaaggagctatgcaatagcattaatcccaacgaggctgttgtgtatggtgctgcattttacgctgcaatcttgagt 17667206  T
Q  201 ggtgagtacaa 211  Q
    |||||||||||    
T  17667207 ggtgagtacaa 17667217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 264 - 416
Target Start/End: Original strand, 17706377 - 17706530
Alignment:
Q  264 aagtctttgaaggagagggaacaagaattaaagataacaatttgttgggaaaatttcaactttccggcatccctcctgctcctaaaggtgttccacagat 363  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||    
T  17706377 aagtctttgaaggagagggaacaagaattaaagataacaatttgttgggaaaatttcaactttccggcatccctcctgctccttggggtgttccacagat 17706476  T
Q  364 cactatatgctttgaca-tgatgctaatggtatattggatgtctttgcttaaga 416  Q
    || | |||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  17706477 cattgtatgctttgacattgatcctaatggtatattgaatgtctttgctgaaga 17706530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 46 - 211
Target Start/End: Original strand, 17704424 - 17704589
Alignment:
Q  46 gtgtccatgatattgtccttgtaggcggttctacaagaattccaaaggttcaaaaactattgcaggatttcttttacggaaaggagctatgcaatagcat 145  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||    
T  17704424 gtgtccatgatgttgtccttgtaggaggttctaccagaattccaaaggttcaacaactattgcaggatttctttaacagaaagaagctatgcgatagcat 17704523  T
Q  146 taatcccgatgaggctgttgcatatggtgctgcagtttatgctgcacccttgaatggtgagtacaa 211  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||  ||||| ||||||||||||    
T  17704524 taatcccgacgaggttgttgcatatggtgctgcattttacgctgcaatcttgagtggtgagtacaa 17704589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 46 - 191
Target Start/End: Original strand, 17718320 - 17718465
Alignment:
Q  46 gtgtccatgatattgtccttgtaggcggttctacaagaattccaaaggttcaaaaactattgcaggatttcttttacggaaaggagctatgcaatagcat 145  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||||||| |||||||| |||||    
T  17718320 gtgtccatgatgttgtccttgtaggaggttctaccaaaattccaaaggttcaacaactatggcaggatgtctttaacggaaaggatctatgcaagagcat 17718419  T
Q  146 taatcccgatgaggctgttgcatatggtgctgcagtttatgctgca 191  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  17718420 taatcccgatgaggctgttgcatatggtgctgcagtttacgctgca 17718465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 72 - 172
Target Start/End: Original strand, 17721753 - 17721853
Alignment:
Q  72 ggttctacaagaattccaaaggttcaaaaactattgcaggatttcttttacggaaaggagctatgcaatagcattaatcccgatgaggctgttgcatatg 171  Q
    |||||||  |||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||    
T  17721753 ggttctaacagaattccaaagtttcaacaactattacaggatttctttaacagaaaggagctatgcaatagcattaattccgacgaggttgttgcatatg 17721852  T
Q  172 g 172  Q
    |    
T  17721853 g 17721853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 96; Significance: 6e-47; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 5 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 39985486 - 39985270
Alignment:
Q  5 agttgagatttgtttgagagatgctaggatggacnnnnnnngtgtccatgatattgtccttgtaggcggttctacaagaattccaaaggttcaaaaacta 104  Q
    ||||||||  |||||||||||||| | |||||||       ||||||| ||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||     
T  39985486 agttgagaaatgtttgagagatgccaagatggacaagaaaagtgtccacgatgttgtccttgtaggaggttctaccagaattccaaaggttcaacaactt 39985387  T
Q  105 ttgcaggatttcttttacggaaaggagctatgcaatagcattaatcccgatgaggctgttgcatatggtgctgcagtttatgctgcacccttgaatggtg 204  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||   ||||| |||||    
T  39985386 ttgcaagatttctttaacggaaaggagctatgcaagagcataaatcctgatgaggctgttgcatatggtgctgctgttcaggctgctatcttgagtggtg 39985287  T
Q  205 agtacaattagaaggtt 221  Q
    ||  |||| ||||||||    
T  39985286 agggcaatgagaaggtt 39985270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 264 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 39985112 - 39984943
Alignment:
Q  264 aagtctttgaaggagagggaacaagaattaaagataacaatttgttgggaaaatttcaactttccggcatccctcctgctcctaaaggtgttccacagat 363  Q
    |||| |||||||||||| | |||||||  | ||| |||||||||||||| || ||| ||||||||||||| |||||||| || | ||||||||| || ||    
T  39985112 aagtttttgaaggagagaggacaagaacaagagacaacaatttgttgggcaagtttgaactttccggcattcctcctgcccccagaggtgttccccaaat 39985013  T
Q  364 cactatatgctttgaca-tgatgctaatggtatattggatgtctttgcttaagacaaaactacttgccag 432  Q
    |||| | |||||||||| |||||| |||||||| ||| |||||| |||  |||||||||| ||| |||||    
T  39985012 cactgtgtgctttgacattgatgccaatggtatcttgaatgtctctgcagaagacaaaacaactggccag 39984943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 100 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 17259986 - 17259908
Alignment:
Q  100 aactattgcaggatttcttttacggaaaggagctatgcaatagcattaatcccgatgaggctgttgcatatggtgctgc 178  Q
    |||||||||||||||||||  | || |||||  ||||||| ||||| || || |||||||||||||| |||||||||||    
T  17259986 aactattgcaggatttcttcaagggtaaggaattatgcaagagcatcaaccctgatgaggctgttgcttatggtgctgc 17259908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 6 - 175
Target Start/End: Original strand, 8017742 - 8017911
Alignment:
Q  6 gttgagatttgtttgagagatgctaggatggacnnnnnnngtgtccatgatattgtccttgtaggcggttctacaagaattccaaaggttcaaaaactat 105  Q
    |||||||  |||||||||||||||| |||||||        ||| |||||| |||| ||||| |||||||| || |||||||| || |||||  |||| |    
T  8017742 gttgagaagtgtttgagagatgctaagatggacaagaactctgttcatgatgttgttcttgttggcggttcaactagaattcccaaagttcagcaactgt 8017841  T
Q  106 tgcaggatttcttttacggaaaggagctatgcaatagcattaatcccgatgaggctgttgcatatggtgc 175  Q
    |||| ||||||||  | || || ||||| ||||| || || || || || ||||||||||| ||||||||    
T  8017842 tgcaagatttcttcaatggtaaagagctttgcaagagtatcaacccagacgaggctgttgcttatggtgc 8017911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 51 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 8102461 - 8102337
Alignment:
Q  51 catgatattgtccttgtaggcggttctacaagaattccaaaggttcaaaaactattgcaggatttcttttacggaaaggagctatgcaatagcattaatc 150  Q
    |||||| |||| ||||| || ||||| || || ||||| || |||||  |||| ||||| || |||||  | || |||||||||||||| ||||| || |    
T  8102461 catgatgttgttcttgttggtggttcaactaggattcccaaagttcagcaactgttgcaagacttcttcaatggtaaggagctatgcaaaagcatcaacc 8102362  T
Q  151 ccgatgaggctgttgcatatggtgc 175  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||    
T  8102361 ccgacgaggctgttgcttatggtgc 8102337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000003; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 46 - 172
Target Start/End: Original strand, 23588102 - 23588228
Alignment:
Q  46 gtgtccatgatattgtccttgtaggcggttctacaagaattccaaaggttcaaaaactattgcaggatttcttttacggaaaggagctatgcaatagcat 145  Q
    ||||||||||| |||| ||||| || || || || || ||||| ||||||||| |||| ||||| ||||||||  | ||||||||||| || || |||||    
T  23588102 gtgtccatgatgttgttcttgttggtggatccactaggattcccaaggttcaacaacttttgcaagatttcttcaatggaaaggagctttgtaagagcat 23588201  T
Q  146 taatcccgatgaggctgttgcatatgg 172  Q
     || |||||||| ||||||||||||||    
T  23588202 caaccccgatgaagctgttgcatatgg 23588228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 52 - 181
Target Start/End: Original strand, 23596960 - 23597089
Alignment:
Q  52 atgatattgtccttgtaggcggttctacaagaattccaaaggttcaaaaactattgcaggatttcttttacggaaaggagctatgcaatagcattaatcc 151  Q
    ||||| |||| ||||| ||||| || || || ||||| ||||||||| |||| ||||| ||||||||  | || ||||| || || || ||||| || ||    
T  23596960 atgatgttgttcttgttggcggatcgactaggattcccaaggttcaacaacttttgcaagatttcttcaatgggaaggaactttgtaagagcatcaaccc 23597059  T
Q  152 cgatgaggctgttgcatatggtgctgcagt 181  Q
     |||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  23597060 tgatgaggctgttgcttatggcgctgcagt 23597089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 78 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 54396190 - 54396090
Alignment:
Q  78 acaagaattccaaaggttcaaaaactattgcaggatttcttttacggaaaggagctatgcaatagcattaatcccgatgaggctgttgcatatggtgctg 177  Q
    ||||| |||||||| |||||| | || ||||||||||||||  | || || ||||| ||||| || ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||    
T  54396190 acaaggattccaaaagttcaacagcttttgcaggatttcttcaatgggaaagagctttgcaagagtattaaccctgatgaagctgttgcttatggtgctg 54396091  T
Q  178 c 178  Q
    |    
T  54396090 c 54396090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 296 - 406
Target Start/End: Original strand, 23588467 - 23588578
Alignment:
Q  296 gataacaatttgttgggaaaatttcaactttccggcatccctcctgctcctaaaggtgttccacagatcactatatgctttgaca-tgatgctaatggta 394  Q
    ||||||||||||||||| || ||| |  | || || |||||||||||||| |  |||||||| ||||||||| | |||||||||| |||||| ||||| |    
T  23588467 gataacaatttgttgggcaagtttgagttgtcgggtatccctcctgctccaaggggtgttcctcagatcactgtctgctttgacattgatgccaatggca 23588566  T
Q  395 tattggatgtct 406  Q
    | ||| ||||||    
T  23588567 ttttgaatgtct 23588578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 296 - 406
Target Start/End: Original strand, 23597319 - 23597430
Alignment:
Q  296 gataacaatttgttgggaaaatttcaactttccggcatccctcctgctcctaaaggtgttccacagatcactatatgctttgacat-gatgctaatggta 394  Q
    ||||||||||||||||| || ||| | || || || || ||||||||||| |  |||||||| ||||||||| | ||||||||||| ||||| ||||| |    
T  23597319 gataacaatttgttgggcaagtttgagctgtcgggtattcctcctgctccaaggggtgttcctcagatcactgtctgctttgacatcgatgccaatggca 23597418  T
Q  395 tattggatgtct 406  Q
    | ||| ||||||    
T  23597419 ttttgaatgtct 23597430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University