View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18903_high_1 (Length: 922)

Name: NF18903_high_1
Description: NF18903
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18903_high_1
NF18903_high_1
[»] chr1 (20 HSPs)
chr1 (1-434)||(9218762-9219195)
chr1 (482-895)||(9219243-9219655)
chr1 (9-430)||(9161861-9162282)
chr1 (1-434)||(9200246-9200679)
chr1 (1-434)||(9170679-9171112)
chr1 (1-434)||(9118166-9118599)
chr1 (9-434)||(9155949-9156374)
chr1 (276-434)||(9178936-9179094)
chr1 (783-904)||(9162578-9162699)
chr1 (18-364)||(9229664-9230010)
chr1 (103-343)||(1868269-1868509)
chr1 (99-325)||(1816126-1816352)
chr1 (800-892)||(9156784-9156876)
chr1 (800-892)||(9171392-9171484)
chr1 (800-892)||(9179374-9179466)
chr1 (103-214)||(1842789-1842900)
chr1 (785-892)||(9201067-9201174)
chr1 (99-325)||(1856692-1856918)
chr1 (482-607)||(9162334-9162459)
chr1 (487-557)||(9118043-9118113)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (282-323)||(37567636-37567677)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 414; Significance: 0; HSPs: 20)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 414; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 434
Target Start/End: Original strand, 9218762 - 9219195
Alignment:
Q  1 aagcaccagctgtctctgctgctatccttaaacgtgttttccatgctggattgtttgctttatctttacaattttgtatgaaatcgaaaagtgttccgtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  9218762 aagcaccagctgtctctgctgctatccttaaacgtgttttccatgctggattgtttgctttatctttacaattttgtatgaaatcaaaaagtgttccgtt 9218861  T
Q  101 gctaacaaattcatacaccaatgaaggaacttctgtctccaaacaacaccctaaaagtttgacaacgttcctatgatttatttgggacagaacaactacc 200  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9218862 gctaacaaattcatacaccaacgaaggaacttctgtctccaaacaacaccctaaaagtttgacaacgttcctatgatttatttgggacagaacaactacc 9218961  T
Q  201 tcgttaatgaattgctcgatctgatttgcgtctattattttggactttttaacagcgacaattttgttatcgggcaaaattcctttgaaaactgtaccaa 300  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9218962 tcattaatgaattgctcgatctgatttgcgtctattattttggactttttgacagcgacaattttgttatcgggcaaaattcctttgaaaactgtaccaa 9219061  T
Q  301 aacctcctctaccgatgattaagctttcgtcgtagtttttggtggctttcttaagttcctcttccgtgaatatctgagctgattgcgaagtgtcttctct 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  9219062 aacctcctctaccgatgattaagctttcgtcgtagtttttggtggctttcttaagttcctcttccgtgaatatttgagctgattgcgaagtgtcttctct 9219161  T
Q  401 tgttgatagttgttgtagcaaaatagaaccacca 434  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9219162 tgttgatagttgttgtagcaaaatagaaccacca 9219195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 482 - 895
Target Start/End: Original strand, 9219243 - 9219655
Alignment:
Q  482 gtacgtcaagtatagagatgaaaccgccacaaataggactattagtccagcacttgatcctgcatttcaattgtgttgtagcaagttaatgaattgtttt 581  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9219243 gtacgtcaagtatagagatgaaaccgccacaaataggactattagtccagcacttgatcctgcatttcaattgtgttgtagcaagttaatgaattgtttt 9219342  T
Q  582 ataaattaatatcaatagctaacatgcatgctgaatactttaatcatannnnnnncctggtcttaacccttcggcccttttagtaatcttgagttcgact 681  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||       |||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||| |||    
T  9219343 ataaattaatatcaatagctaacatgcatgctgaataccttaatcatatttttttcctggtcttaacccttcgacccttttagtagtctggagttcaact 9219442  T
Q  682 taaacttaggtaaatgtaactaaatattgttctagagtcggttatcaaactcgagtatttgcaactgattcaatcctaactaaaacttgtgacaatatat 781  Q
    |||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||| || |||||| |||||||    
T  9219443 taaagttagataaatgtaactaaaaattgttctagagtcagttatcaaactcgagtattcgc-actgattcaatcttaactagaaattgtgaaaatatat 9219541  T
Q  782 gtgggctatgcttagtgacttaccaatggcaaccttggtaacaatatctcgtctatgacaacctccttccaatgttccatttccagagtgtccatcagga 881  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  9219542 gtgggttattcttagtgacttaccaatggcaaccttggtaacaatatctcgtctatgacaacctccttccaatgttccatttccagattgtccattagga 9219641  T
Q  882 caaaaacattcgta 895  Q
    ||||||||||||||    
T  9219642 caaaaacattcgta 9219655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 9 - 430
Target Start/End: Original strand, 9161861 - 9162282
Alignment:
Q  9 gctgtctctgctgctatccttaaacgtgttttccatgctggattgtttgctttatctttacaattttgtatgaaatcgaaaagtgttccgttgctaacaa 108  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||| || |||||||| |    
T  9161861 gctgtctctgctgctatctttaaacgtgttttccatgttggattgtttgctttatctttagtattatgtatgaaatcgaaaagtgtaccattgctaacga 9161960  T
Q  109 attcatacaccaatgaaggaacttctgtctccaaacaacaccctaaaagtttgacaacgttcctatgatttatttgggacagaacaactacctcgttaat 208  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || || ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9161961 attcatacaccaacgaaggaacttctgtctctaaacaacatcccaagagtttgacaacatttctatgatttatttgggacagaacaactacctcgttaat 9162060  T
Q  209 gaattgctcgatctgatttgcgtctattattttggactttttaacagcgacaattttgttatcgggcaaaattcctttgaaaactgtaccaaaacctcct 308  Q
    ||| ||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| || || | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  9162061 gaactgctcaatttgatttgcatctattattttggattttttgacagcgacgattttgttatctggtaagactcctttgaaaactgtaccaaaacctcct 9162160  T
Q  309 ctaccgatgattaagctttcgtcgtagtttttggtggctttcttaagttcctcttccgtgaatatctgagctgattgcgaagtgtcttctcttgttgata 408  Q
    || |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9162161 ctgccgatgattaagctatcatcgtagtttttggtggctttctttagttcctcttctgtgaatatttgagctgattgcgaagtgtcttctcttgttgata 9162260  T
Q  409 gttgttgtagcaaaatagaacc 430  Q
    | ||||||||||| ||||||||    
T  9162261 gctgttgtagcaatatagaacc 9162282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 1 - 434
Target Start/End: Original strand, 9200246 - 9200679
Alignment:
Q  1 aagcaccagctgtctctgctgctatccttaaacgtgttttccatgctggattgtttgctttatctttacaattttgtatgaaatcgaaaagtgttccgtt 100  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||    |||||||||||||||||||||| |||||    
T  9200246 aagctccagctgtctccgctgctatccttaaacgtgttttccatgttggattatttgttttatctttagtgctttgtatgaaatcgaaaagtgtaccgtt 9200345  T
Q  101 gctaacaaattcatacaccaatgaaggaacttctgtctccaaacaacaccctaaaagtttgacaacgttcctatgatttatttgggacagaacaactacc 200  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| | |||||| ||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  9200346 gctaacaaattcgtacactaatgaaggaacttctgtctctagacaacagcctaggagtttgacaacattcctatgatttatttgggtcagaacaactacc 9200445  T
Q  201 tcgttaatgaattgctcgatctgatttgcgtctattattttggactttttaacagcgacaattttgttatcgggcaaaattcctttgaaaactgtaccaa 300  Q
    || |||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || |||| ||||||| ||||||||||||    
T  9200446 tcattaatgaattgctcaatttgatttgcgtcaattattttggatttttttacagcgacaattttgttatcaggtaaaactcctttgtaaactgtaccaa 9200545  T
Q  301 aacctcctctaccgatgattaagctttcgtcgtagtttttggtggctttcttaagttcctcttccgtgaatatctgagctgattgcgaagtgtcttctct 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||| ||| ||||||||||||||    
T  9200546 aacctcctctaccgatgattaagctttcgtcgtattttttggtggctttcttaagttcctcttctgtgaatatttgtgctgcttgagaagtgtcttctct 9200645  T
Q  401 tgttgatagttgttgtagcaaaatagaaccacca 434  Q
    ||| |||||||| |||| |||||| |||||||||    
T  9200646 tgtagatagttgctgtaccaaaatggaaccacca 9200679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 1 - 434
Target Start/End: Original strand, 9170679 - 9171112
Alignment:
Q  1 aagcaccagctgtctctgctgctatccttaaacgtgttttccatgctggattgtttgctttatctttacaattttgtatgaaatcgaaaagtgttccgtt 100  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||| |||| ||||||||||    |||||||||||||||||||||| |||||    
T  9170679 aagctccagctgtctctgctgctatccttaagcgggttttccatgttggattatttgttttatctttagtgctttgtatgaaatcgaaaagtgtaccgtt 9170778  T
Q  101 gctaacaaattcatacaccaatgaaggaacttctgtctccaaacaacaccctaaaagtttgacaacgttcctatgatttatttgggacagaacaactacc 200  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  9170779 gctaacaaattcgtacaccaatgaaggaacttctgtctctagacaacaccctaggagtttgacaacattcctatgatttatttgggtcagaacaactacc 9170878  T
Q  201 tcgttaatgaattgctcgatctgatttgcgtctattattttggactttttaacagcgacaattttgttatcgggcaaaattcctttgaaaactgtaccaa 300  Q
    || |||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| || || |||| ||||||| ||||||||||||    
T  9170879 tcattaatgaattgctcaatttgatttgcgtcaattattttggatttttttacagcgacgattttgttgtcaggtaaaactcctttgtaaactgtaccaa 9170978  T
Q  301 aacctcctctaccgatgattaagctttcgtcgtagtttttggtggctttcttaagttcctcttccgtgaatatctgagctgattgcgaagtgtcttctct 400  Q
    |||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||    
T  9170979 aacctcctctgccaatgattaagctttcatcgtagtttttggtggctttcttaagttcctcttctgtgaatatttgagctgcttgcgaagtgtcttcact 9171078  T
Q  401 tgttgatagttgttgtagcaaaatagaaccacca 434  Q
    ||| || ||||||||||||||||| |||||||||    
T  9171079 tgtagacagttgttgtagcaaaatggaaccacca 9171112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 1 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 9118599 - 9118166
Alignment:
Q  1 aagcaccagctgtctctgctgctatccttaaacgtgttttccatgctggattgtttgctttatctttacaattttgtatgaaatcgaaaagtgttccgtt 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||  |||||| |||  |||||  |||  |||||||||||||||||||||||| ||||     
T  9118599 aagctccagctgtctctgctgctatccttagacgtgtttcccatcttggattatttattttattcttagtattttgtatgaaatcgaaaagtgtaccgtg 9118500  T
Q  101 gctaacaaattcatacaccaatgaaggaacttctgtctccaaacaacaccctaaaagtttgacaacgttcctatgatttatttgggacagaacaactacc 200  Q
    |||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  9118499 gctaacgaattcatagaccaaggaaggaacttctgtctctaaacaacaccctaaaagtttgacaacattcctatgatttatttgggacagaataactacc 9118400  T
Q  201 tcgttaatgaattgctcgatctgatttgcgtctattattttggactttttaacagcgacaattttgttatcgggcaaaattcctttgaaaactgtaccaa 300  Q
    || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||| || ||| |||||||||| |||| ||||||||||| |||||| |    
T  9118399 tcattaatgaattgctcgatttgatttgcgtctattattctggactttttgacagccacgattctgttatcgggtaaaactcctttgaaaattgtaccga 9118300  T
Q  301 aacctcctctaccgatgattaagctttcgtcgtagtttttggtggctttcttaagttcctcttccgtgaatatctgagctgattgcgaagtgtcttctct 400  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||||||| | ||||| ||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  9118299 aacctcctcttccaatgattaagctttcgtcgtagctgttggtagcttttttaagttccttttctgtgaatatctgagctgattgagacgtgtcttctct 9118200  T
Q  401 tgttgatagttgttgtagcaaaatagaaccacca 434  Q
    |||  | |||| ||||||||||||  ||||||||    
T  9118199 tgtaaagagtttttgtagcaaaatgaaaccacca 9118166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 242; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 9 - 434
Target Start/End: Original strand, 9155949 - 9156374
Alignment:
Q  9 gctgtctctgctgctatccttaaacgtgttttccatgctggattgtttgctttatctttacaattttgtatgaaatcgaaaagtgttccgttgctaacaa 108  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||  | | ||||||||||| |||||||| || |||||||| |    
T  9155949 gctgtctctgctgctatctttaaacgggttttccatgttggattgtttgttttatctttagtactatgtatgaaatcaaaaagtgtaccattgctaacga 9156048  T
Q  109 attcatacaccaatgaaggaacttctgtctccaaacaacaccctaaaagtttgacaacgttcctatgatttatttgggacagaacaactacctcgttaat 208  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| || || ||||||||||| || || |||||||||||||| || ||||||||||| |||||    
T  9156049 attcataaaccaaggaaggaacttctgtctctaaacaacatcccaagagtttgacaacatttctgtgatttatttgggataggacaactacctcattaat 9156148  T
Q  209 gaattgctcgatctgatttgcgtctattattttggactttttaacagcgacaattttgttatcgggcaaaattcctttgaaaactgtaccaaaacctcct 308  Q
     || |||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||| ||||| || |||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  9156149 aaactgctcgatttgatttgcatctattatttttgatttttttacagcaacgattttgttgtcgggtaaaactcctttgaaaactgtaccaaaacctcct 9156248  T
Q  309 ctaccgatgattaagctttcgtcgtagtttttggtggctttcttaagttcctcttccgtgaatatctgagctgattgcgaagtgtcttctcttgttgata 408  Q
    || || ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  9156249 ctgccaatgattaagttttcatcgtagtttttggtggctttcttaagttcctcttcagtgaatatttcagctgattgcgaggtgtcttctcttgtagata 9156348  T
Q  409 gttgttgtagcaaaatagaaccacca 434  Q
    |||||||||||||||| |||||||||    
T  9156349 gttgttgtagcaaaatggaaccacca 9156374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 111; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 276 - 434
Target Start/End: Original strand, 9178936 - 9179094
Alignment:
Q  276 aaaattcctttgaaaactgtaccaaaacctcctctaccgatgattaagctttcgtcgtagtttttggtggctttcttaagttcctcttccgtgaatatct 375  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  9178936 aaaactcctttgtaaactgtaccaaaacctcctctgccaatgattaagctttcatcgtagtttttggtggctttcttaagttcctcttctgtgaatattt 9179035  T
Q  376 gagctgattgcgaagtgtcttctcttgttgatagttgttgtagcaaaatagaaccacca 434  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||    
T  9179036 gagctgcttgcgaagtgtcttcacttgtagacagttgttgtagcaaaatggaaccacca 9179094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 783 - 904
Target Start/End: Original strand, 9162578 - 9162699
Alignment:
Q  783 tgggctatgcttagtgacttaccaatggcaaccttggtaacaatatctcgtctatgacaacctccttccaatgttccatttccagagtgtccatcaggac 882  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  9162578 tgggctatgtttagtgacataccaatggcaaccttgataacaatatctcgtctatgacaacctccttcaagtgttccatttccagattgtccatcaggac 9162677  T
Q  883 aaaaacattcgtatgatccatc 904  Q
    | |||||||| ||| |||||||    
T  9162678 agaaacattcatataatccatc 9162699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 83; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 18 - 364
Target Start/End: Original strand, 9229664 - 9230010
Alignment:
Q  18 gctgctatccttaaacgtgttttccatgctggattgtttgctttatctttacaattttgtatgaaatcgaaaagtgttccgttgctaacaaattcataca 117  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||  || ||| ||| | || ||  ||| | | || || ||||||||||| || || ||||||| ||||||||| |    
T  9229664 gctgctatccttaaacgcgttttccatattgcattattttccttttcaatactagtgtgcatcaaatcgaaaagggtaccattgctaataaattcataaa 9229763  T
Q  118 ccaatgaaggaacttctgtctccaaacaacaccctaaaagtttgacaacgttcctatgatttatttgggacagaacaactacctcgttaatgaattgctc 217  Q
    | | | ||||||||| ||||||||||||||| || || ||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||| ||||| || |||||||||||    
T  9229764 ctagtaaaggaacttgtgtctccaaacaacatcccaagagtttgacaacatttctatgatttatttgggacaaaacaaccacctcatttatgaattgctc 9229863  T
Q  218 gatctgatttgcgtctattattttggactttttaacagcgacaattttgttatcgggcaaaattcctttgaaaactgtaccaaaacctcctctaccgatg 317  Q
     |  ||  | || || |||||||||||||| || |  || |||||  |||| || |  | |||||||||| |||| ||||| ||||||||||| || ||     
T  9229864 tacttgggtggcatccattattttggacttcttgattgcaacaatcctgttgtctgctagaattcctttgtaaaccgtaccgaaacctcctctgccaatt 9229963  T
Q  318 attaagctttcgtcgtagtttttggtggctttcttaagttcctcttc 364  Q
    ||||| || || || ||||| ||||| |||||||||||||| |||||    
T  9229964 attaaactctcctcatagttgttggtagctttcttaagttcatcttc 9230010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 77; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 103 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 1868509 - 1868269
Alignment:
Q  103 taacaaattcatacaccaatgaaggaacttctgtctccaaacaacaccctaaaagtttgacaacgttcctatgatttatttgggacagaacaactacctc 202  Q
    ||||||||||||| |||||  |||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| |||||    
T  1868509 taacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaaacaacaccccaagagtttgacaacattcctatgatttatttgagagagaacaaccacctc 1868410  T
Q  203 gttaatgaattgctcgatctgatttgcgtctattattttggactttttaacagcgacaattttgttatcgggcaaaattcctttgaaaactgtaccaaaa 302  Q
     ||||||||||| ||||| ||  ||   ||||||||||| || ||||| | ||| || ||| | |||||    | || |||||||||||| |||||||||    
T  1868409 attaatgaattgatcgatttggcttctatctattatttttgattttttgatagcaacgattcttttatcatctagaagtcctttgaaaacggtaccaaaa 1868310  T
Q  303 cctcctctaccgatgattaagctttcgtcgtagtttttggt 343  Q
    || ||| | || ||||||||  | |||||| ||||||||||    
T  1868309 ccacctttgccaatgattaaattctcgtcgaagtttttggt 1868269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 99 - 325
Target Start/End: Original strand, 1816126 - 1816352
Alignment:
Q  99 ttgctaacaaattcatacaccaatgaaggaacttctgtctccaaacaacaccctaaaagtttgacaacgttcctatgatttatttgggacagaacaacta 198  Q
    ||||||||||| ||||| |||||  ||||||||||||| || | ||||||||| || |||||||| || ||||| ||||||||||| || | |||| | |    
T  1816126 ttgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaacaccccaagagtttgaccacattcctgtgatttatttgagagacaacatcca 1816225  T
Q  199 cctcgttaatgaattgctcgatctgatttgcgtctattattttggactttttaacagcgacaattttgttatcgggcaaaat-tcctttgaaaactgtac 297  Q
    |||||||||||||||| || || ||  || |||||||| ||||||||||||| | ||| |||||| | |||||   |||  |  ||||||||||||||||    
T  1816226 cctcgttaatgaattgttcaatttggctttcgtctattgttttggactttttgatagccacaattctattatc-atcaagttcccctttgaaaactgtac 1816324  T
Q  298 caaaacctcctctaccgatgattaagct 325  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||    
T  1816325 caaaacctcctctacctatgattaagct 1816352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 800 - 892
Target Start/End: Original strand, 9156784 - 9156876
Alignment:
Q  800 cttaccaatggcaaccttggtaacaatatctcgtctatgacaacctccttccaatgttccatttccagagtgtccatcaggacaaaaacattc 892  Q
    ||||||||||||||||||||| |  |  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  9156784 cttaccaatggcaaccttggtgatgacctctcgtctatgacaccctccttccaatgttccatttccagagtgtccatcaggacagaaacattc 9156876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 800 - 892
Target Start/End: Original strand, 9171392 - 9171484
Alignment:
Q  800 cttaccaatggcaaccttggtaacaatatctcgtctatgacaacctccttccaatgttccatttccagagtgtccatcaggacaaaaacattc 892  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  9171392 cttaccaatggcaaccttggtaataacatctcgtctatgacaccctccttcctttgttccatttccagattgtccatcaggacagaaacattc 9171484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 800 - 892
Target Start/End: Original strand, 9179374 - 9179466
Alignment:
Q  800 cttaccaatggcaaccttggtaacaatatctcgtctatgacaacctccttccaatgttccatttccagagtgtccatcaggacaaaaacattc 892  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  9179374 cttaccaatggcaaccttggtaataacatctcgtctatgacaccctccttcctttgttccatttccagattgtccatcaggacagaaacattc 9179466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 103 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 1842900 - 1842789
Alignment:
Q  103 taacaaattcatacaccaatgaaggaacttctgtctccaaacaacaccctaaaagtttgacaacgttcctatgatttatttgggacagaacaactacctc 202  Q
    ||||||||||||| |||||  |||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| || |||| || ||||||    
T  1842900 taacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaaacaacaccccaagagtttgacaacattcctatgatttatttgagagagaataattacctc 1842801  T
Q  203 gttaatgaattg 214  Q
     |||||||||||    
T  1842800 attaatgaattg 1842789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 785 - 892
Target Start/End: Original strand, 9201067 - 9201174
Alignment:
Q  785 ggctatgcttagtgacttaccaatggcaaccttggtaacaatatctcgtctatgacaacctccttccaatgttccatttccagagtgtccatcaggacaa 884  Q
    ||||||||||||   ||||||||| ||||||||||||| || |||| || |||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  9201067 ggctatgcttaggttcttaccaattgcaaccttggtaataacatcttgtttatgacaacctcctgccaacgttccatttccagattgtccatcaggacaa 9201166  T
Q  885 aaacattc 892  Q
    ||||||||    
T  9201167 aaacattc 9201174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 99 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 1856918 - 1856692
Alignment:
Q  99 ttgctaacaaattcatacaccaatgaaggaacttctgtctccaaacaacaccctaaaagtttgacaacgttcctatgatttatttgggacagaacaacta 198  Q
    ||||||||||| ||||| |||||  ||||||||||||| || | |||||||||||| |||||||| || || || ||||||||||| || | |||| | |    
T  1856918 ttgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaacaccctaagagtttgaccacatttctgtgatttatttgagagacaacatcca 1856819  T
Q  199 cctcgttaatgaattgctcgatctgatttgcgtctattattttggactttttaacagcgacaattttgttatcgggcaaaat-tcctttgaaaactgtac 297  Q
    |||| ||||||||||| || || ||  ||  ||||||| |||| |||||||| | ||| |||||| | |||||   |||  |  |||||| |||||||||    
T  1856818 cctcattaatgaattgttcaatttggcttttgtctattgttttagactttttgatagcaacaattctattatc-atcaagttcccctttgtaaactgtac 1856720  T
Q  298 caaaacctcctctaccgatgattaagct 325  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||    
T  1856719 caaaacctcctttacctatgattaagct 1856692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 482 - 607
Target Start/End: Original strand, 9162334 - 9162459
Alignment:
Q  482 gtacgtcaagtatagagatgaaaccgccacaaataggactattagtccagcacttgatcctgcatttcaattgtgttgtagcaagttaatgaattgtttt 581  Q
    ||||||||||||||||  ||||| |||||||||||| |  || | ||||||||||| |||||||||| || ||| ||| ||  | || || ||||||| |    
T  9162334 gtacgtcaagtatagaactgaaatcgccacaaatagaataatgattccagcacttgctcctgcatttgaaatgtattgaagtcaattcataaattgttct 9162433  T
Q  582 ataaattaatatcaatagctaacatg 607  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||    
T  9162434 ataaaataatatcgatagctaacatg 9162459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 487 - 557
Target Start/End: Complemental strand, 9118113 - 9118043
Alignment:
Q  487 tcaagtatagagatgaaaccgccacaaataggactattagtccagcacttgatcctgcatttcaattgtgt 557  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||||| |  |  | |||||||||||||||||||||| || |||||    
T  9118113 tcaagtatagagatgaaatccccacaaatagaataacgattccagcacttgatcctgcatttgaaatgtgt 9118043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 34; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 282 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 37567677 - 37567636
Alignment:
Q  282 cctttgaaaactgtaccaaaacctcctctaccgatgattaag 323  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  37567677 cctttgaaaactgtaccaaaacctcctctacctatggttaag 37567636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University