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 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18903_low_12 (Length: 339)

Name: NF18903_low_12
Description: NF18903
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18903_low_12
NF18903_low_12
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (2-266)||(29099581-29099845)
chr1 (143-266)||(15495925-15496048)
chr1 (151-243)||(26842000-26842092)
chr1 (143-266)||(14351048-14351170)
chr1 (140-199)||(10494882-10494941)
chr1 (144-215)||(26236753-26236824)
chr1 (143-183)||(2077379-2077419)
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (141-265)||(6705558-6705682)
chr2 (140-266)||(40900241-40900367)
chr2 (140-266)||(38531278-38531404)
chr2 (193-266)||(28164837-28164910)
chr2 (145-221)||(3921536-3921612)
chr2 (188-264)||(14950753-14950829)
chr2 (144-221)||(17282046-17282123)
chr2 (148-221)||(34660230-34660303)
chr2 (144-224)||(1895351-1895431)
chr2 (143-221)||(1551698-1551776)
chr2 (204-265)||(9910680-9910740)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (139-265)||(21590510-21590636)
chr7 (193-266)||(31039056-31039129)
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (144-266)||(40680922-40681044)
chr5 (143-266)||(26331090-26331213)
chr5 (193-266)||(12156411-12156484)
chr5 (143-200)||(40599887-40599944)
chr5 (148-211)||(7271788-7271851)
chr5 (152-265)||(26656687-26656790)
chr5 (152-265)||(26928274-26928377)
chr5 (203-261)||(34574162-34574220)
chr5 (152-221)||(41355620-41355689)
chr5 (204-264)||(42268836-42268895)
[»] chr4 (10 HSPs)
chr4 (144-254)||(45873170-45873280)
chr4 (143-264)||(55728750-55728871)
chr4 (193-266)||(42677627-42677700)
chr4 (145-251)||(38093286-38093393)
chr4 (203-266)||(12130570-12130633)
chr4 (148-221)||(23054338-23054411)
chr4 (144-221)||(47518552-47518629)
chr4 (188-243)||(24957747-24957802)
chr4 (232-265)||(45873194-45873227)
chr4 (189-221)||(53202209-53202241)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (27-80)||(37067076-37067129)
chr3 (141-199)||(31699315-31699373)
chr3 (144-200)||(18269807-18269863)
[»] scaffold0092 (1 HSPs)
scaffold0092 (140-216)||(23272-23348)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (143-243)||(15050070-15050170)
chr8 (193-266)||(25142958-25143031)
chr8 (143-221)||(6443980-6444057)
chr8 (232-266)||(15050124-15050158)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (195-266)||(32747641-32747712)
chr6 (153-221)||(21881411-21881479)
[»] scaffold0044 (1 HSPs)
scaffold0044 (165-251)||(42826-42912)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 245; Significance: 1e-136; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 2 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 29099845 - 29099581
Alignment:
Q  2 catctaagatggtttatgtataagaccgccagctcgagctacaaaacatgggttactttgcaagaattatggttggggtccgccagcttggagttataac 101  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29099845 catctaaggtggtttatgtataagaccgccagctcgagctacaaaacatgagttactttgcaagaattatggttggggtccgccagcttggagttataac 29099746  T
Q  102 gtaactctcctcaagagttattttctgacactgggtcttttgtggtggttttcatggtggtgctgatactgggtcttctgtgatgatgctcgtggtggtt 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  29099745 gtaactctcctcaagagttattttctgacactgggtcttttgtggtggtttccatggtggtgctgatactgggtcttctgtggtggtgctcgtggtggtt 29099646  T
Q  202 cttggtggtgatgcttgtggcggatgatgttggtttttggtggtgatgctcgttgtggctggtgc 266  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29099645 cttggtggtgatgcttgtggcggatgatgttggtttttggtggtgatgctcgttgtggctggtgc 29099581  T

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Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 143 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 15496048 - 15495925
Alignment:
Q  143 gtggtggttttcatggtggtgctgatactgggtcttctgtgatgatgctcgtggtggttcttggtggtgatgcttgtggcggatgatgttggtttttggt 242  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| || |||||||||||||| |||||||||||||| |||| || |||||||| ||||||||    
T  15496048 gtggtggttttcatggtggtgctgatacttggtcttttgtggtggtgctcgtggtggtttttggtggtgatgctcgtggtggctgatgttgttttttggt 15495949  T
Q  243 ggtgatgctcgttgtggctggtgc 266  Q
    |||||||||||| |||||||||||    
T  15495948 ggtgatgctcgtggtggctggtgc 15495925  T

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Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 151 - 243
Target Start/End: Original strand, 26842000 - 26842092
Alignment:
Q  151 tttcatggtggtgctgatactgggtcttctgtgatgatgctcgtggtggttcttggtggtgatgcttgtggcggatgatgttggtttttggtg 243  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |||| || ||||||||||| || |||||| ||||||| |||| || || |||||||||||||||    
T  26842000 tttcatggtggtgttgatactgggtcttttgtggtggtgctcgtggtgatttttggtgttgatgctcgtggtggctggtgttggtttttggtg 26842092  T

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Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 143 - 266
Target Start/End: Original strand, 14351048 - 14351170
Alignment:
Q  143 gtggtggttttcatggtggtgctgatactgggtcttctgtgatgatgctcgtggtggttcttggtggtgatgcttgtggcggatgatgttggtttttggt 242  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||| ||| | || |||| || | |||||||||||| ||  |||||||||| |||| || || |||| |||||||||    
T  14351048 gtggtggttttcatg-tggtgttgatattggattttttgtggtggttctcgtggtggttttttatggtgatgctcgtggtggctggtgttagtttttggt 14351146  T
Q  243 ggtgatgctcgttgtggctggtgc 266  Q
    ||||||||| || |||| ||||||    
T  14351147 ggtgatgctagtggtggttggtgc 14351170  T

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Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 140 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 10494941 - 10494882
Alignment:
Q  140 tttgtggtggttttcatggtggtgctgatactgggtcttctgtgatgatgctcgtggtgg 199  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||| || ||||||||||||    
T  10494941 tttgtgatggttttcatggtggtgttgatattgggtcttttgtgttggtgctcgtggtgg 10494882  T

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Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 144 - 215
Target Start/End: Original strand, 26236753 - 26236824
Alignment:
Q  144 tggtggttttcatggtggtgctgatactgggtcttctgtgatgatgctcgtggtggttcttggtggtgatgc 215  Q
    |||||||||||||| ||||||||||  || ||||| |||| || |||||||||||||| || ||||||||||    
T  26236753 tggtggttttcatgatggtgctgattttgagtcttttgtggtggtgctcgtggtggtttttagtggtgatgc 26236824  T

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Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 143 - 183
Target Start/End: Original strand, 2077379 - 2077419
Alignment:
Q  143 gtggtggttttcatggtggtgctgatactgggtcttctgtg 183  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  2077379 gtggtggtttccatggtggtgttgatactgggtcttttgtg 2077419  T

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Target: chr2 (Bit Score: 77; Significance: 1e-35; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 141 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 6705682 - 6705558
Alignment:
Q  141 ttgtggtggttttcatggtggtgctgatactgggtcttctgtgatgatgctcgtggtggttcttggtggtgatgcttgtggcggatgatgttggtttttg 240  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| || |||||||||||||| |||||||||||||| |||| || || ||||| ||||||    
T  6705682 ttgtggtggttttcatggtggtgctgatacttggtcttttgtggtggtgctcgtggtggtttttggtggtgatgctcgtggtggctggtgttgttttttg 6705583  T
Q  241 gtggtgatgctcgttgtggctggtg 265  Q
    |||||||||||||| |||| |||||    
T  6705582 gtggtgatgctcgtggtggttggtg 6705558  T

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Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 140 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 40900367 - 40900241
Alignment:
Q  140 tttgtggtggttttcatggtggtgctgatactgggtcttctgtgatgatgctcgtggtggttcttggtggtgatgcttgtggcggatgatgttggttttt 239  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||| | ||||||||||| ||  ||| ||  |||| ||||||||    
T  40900367 tttgtggtggtttctatggtggtgctgatactgggtcttttgtggtggtgctcgtggtggcttttggtggtgatactcatggtggcagatgctggttttt 40900268  T
Q  240 ggtggtgatgctcgttgtggctggtgc 266  Q
     |||||||||||||| |||||||||||    
T  40900267 tgtggtgatgctcgtggtggctggtgc 40900241  T

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Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 140 - 266
Target Start/End: Original strand, 38531278 - 38531404
Alignment:
Q  140 tttgtggtggttttcatggtggtgctgatactgggtcttctgtgatgatgctcgtggtggttcttggtggtgatgcttgtggcggatgatgttggttttt 239  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| || |||| || ||||||||||| || |||| |||||| || |||| || || |||| ||||||    
T  38531278 tttgtggtgttttccatggtggtgctgatactgggttttttgtggtggtgctcgtggtgatttttggcggtgatactcgtggtggctggtgttagttttt 38531377  T
Q  240 ggtggtgatgctcgttgtggctggtgc 266  Q
    ||| |||||||| || |||| ||||||    
T  38531378 ggttgtgatgctagtggtggatggtgc 38531404  T

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Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 193 - 266
Target Start/End: Original strand, 28164837 - 28164910
Alignment:
Q  193 gtggtggttcttggtggtgatgcttgtggcggatgatgttggtttttggtggtgatgctcgttgtggctggtgc 266  Q
    ||||||||| ||||||||||||||  ||| || || |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  28164837 gtggtggtttttggtggtgatgctcatggtggttggtgttggtttttggtggtgatactcgtggtggctggtgc 28164910  T

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Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 145 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 3921612 - 3921536
Alignment:
Q  145 ggtggttttcatggtggtgctgatactgggtcttctgtgatgatgctcgtggtggttcttggtggtgatgcttgtgg 221  Q
    |||||||||| |||||||||||||  |||||| | ||||  |  ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  3921612 ggtggttttcttggtggtgctgattttgggtcatttgtggcggggctcgtggtggtttttggtggtgatgcttgtgg 3921536  T

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Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 188 - 264
Target Start/End: Original strand, 14950753 - 14950829
Alignment:
Q  188 tgctcgtggtggttcttggtggtgatgcttgtggcggatgatgttggtttttggtggtgatgctcgttgtggctggt 264  Q
    |||| |||||| || |||||||||||||| ||||||| || ||||  ||||||||||||||||| || |||||||||    
T  14950753 tgcttgtggtgatttttggtggtgatgctcgtggcggctggtgttattttttggtggtgatgctagtggtggctggt 14950829  T

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Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 144 - 221
Target Start/End: Original strand, 17282046 - 17282123
Alignment:
Q  144 tggtggttttcatggtggtgctgatactgggtcttctgtgatgatgctcgtggtggttcttggtggtgatgcttgtgg 221  Q
    ||||||||||| |||||||||||||  |||||||| ||||  |   |||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  17282046 tggtggttttcttggtggtgctgattttgggtcttttgtggcgggactcgtggtggtttttggtggtgatgtttgtgg 17282123  T

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Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 148 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 34660303 - 34660230
Alignment:
Q  148 ggttttcatggtggtgctgatactgggtcttctgtgatgatgctcgtggtggttcttggtggtgatgcttgtgg 221  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||| || ||||  || ||||||||||||| ||||||||| | |||||||    
T  34660303 ggttttcatggtggtgctgattttgggtgttttgtggcgaggctcgtggtggtttttggtggtggttcttgtgg 34660230  T

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Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 144 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 1895431 - 1895351
Alignment:
Q  144 tggtggttttcatggtggtgctgatactgggtcttctgtgatgatgctcgtggtggttcttggtggtgatgcttgtggcgg 224  Q
    ||||||||||| |||||||  ||||  |||||||| ||||  |  ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  1895431 tggtggttttcttggtggtattgattttgggtcttttgtggcggggctcgtggtggtttttggtggtgatgcttatggcgg 1895351  T

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Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 143 - 221
Target Start/End: Original strand, 1551698 - 1551776
Alignment:
Q  143 gtggtggttttcatggtggtgctgatactgggtcttctgtgatgatgctcgtggtggttcttggtggtgatgcttgtgg 221  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||  ||||||||  |||  |  ||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  1551698 gtggtggttttcttggtagtgctgattttgggtctttagtggcggggctcgtggtggttttgggtggtgatgcttgtgg 1551776  T

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Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 204 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 9910740 - 9910680
Alignment:
Q  204 tggtggtgatgcttgtggcggatgatgttggtttttggtggtgatgctcgttgtggctggtg 265  Q
    ||||||||||||| |||| || || ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||    
T  9910740 tggtggtgatgctcgtggtggttggtgttggttttt-gtggtgatactcgtggtggctggtg 9910680  T

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Target: chr7 (Bit Score: 63; Significance: 2e-27; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 139 - 265
Target Start/End: Original strand, 21590510 - 21590636
Alignment:
Q  139 ttttgtggtggttttcatggtggtgctgatactgggtcttctgtgatgatgctcgtggtggttcttggtggtgatgcttgtggcggatgatgttggtttt 238  Q
    ||||||||| ||||  ||||||||||||||| |||||||| |||| ||  ||||||||||||| ||| |||||| |||||||| || |||||||||||||    
T  21590510 ttttgtggtagtttctatggtggtgctgatattgggtcttttgtggtggggctcgtggtggtttttgatggtgacgcttgtggtggctgatgttggtttt 21590609  T
Q  239 tggtggtgatgctcgttgtggctggtg 265  Q
    | |||||||||||||| ||| ||||||    
T  21590610 ttgtggtgatgctcgtggtgactggtg 21590636  T

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Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 193 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 31039129 - 31039056
Alignment:
Q  193 gtggtggttcttggtggtgatgcttgtggcggatgatgttggtttttggtggtgatgctcgttgtggctggtgc 266  Q
    ||||||||| || |||||||||||  ||| || || |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  31039129 gtggtggtttttagtggtgatgctcatggtggttggtgttggtttttggtggtgatactcgtggtggctggtgc 31039056  T

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Target: chr5 (Bit Score: 63; Significance: 2e-27; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 144 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 40681044 - 40680922
Alignment:
Q  144 tggtggttttcatggtggtgctgatactgggtcttctgtgatgatgctcgtggtggttcttggtggtgatgcttgtggcggatgatgttggtttttggtg 243  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||| |||||| |||| || ||||| |||||||| |||||||||||||| |||| || |||||||| |||||||||    
T  40681044 tggtggtttttatggtggtgttgatacttggtcttttgtggtggtgctcatggtggtttttggtggtgatgctcgtggtggctgatgttgttttttggtg 40680945  T
Q  244 gtgatgctcgttgtggctggtgc 266  Q
    ||||||||| | |||| ||||||    
T  40680944 gtgatgctcatggtggttggtgc 40680922  T

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Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 143 - 266
Target Start/End: Original strand, 26331090 - 26331213
Alignment:
Q  143 gtggtggttttcatggtggtgctgatactgggtcttctgtgatgatgctcgtggtggttcttggtggtgatgcttgtggcggatgatgttggtttttggt 242  Q
    ||||||||||  ||||||||| ||||| || ||||| |||| || ||  |||  | ||| |||||||||||||| |||| || ||||||||||||| |||    
T  26331090 gtggtggtttctatggtggtgttgatattgagtcttttgtggtggtgtccgtaatagtttttggtggtgatgctcgtggtggctgatgttggttttaggt 26331189  T
Q  243 ggtgatgctcgttgtggctggtgc 266  Q
    |||||||||||| ||| |||||||    
T  26331190 ggtgatgctcgtggtgtctggtgc 26331213  T

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Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 193 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 12156484 - 12156411
Alignment:
Q  193 gtggtggttcttggtggtgatgcttgtggcggatgatgttggtttttggtggtgatgctcgttgtggctggtgc 266  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||| || || |||| |||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  12156484 gtggtggtttttgatggtgatgcttgtggtggctggtgttagtttttggtggtgatgctagtggtggctggtgc 12156411  T

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Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 143 - 200
Target Start/End: Original strand, 40599887 - 40599944
Alignment:
Q  143 gtggtggttttcatggtggtgctgatactgggtcttctgtgatgatgctcgtggtggt 200  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||| |||| || |||||||||||||    
T  40599887 gtggtggttttcacggtggtgttgatactaggtcttttgtggtggtgctcgtggtggt 40599944  T

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Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 148 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 7271851 - 7271788
Alignment:
Q  148 ggttttcatggtggtgctgatactgggtcttctgtgatgatgctcgtggtggttcttggtggtg 211  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||| || ||||  || ||||||||||||| |||||||||    
T  7271851 ggttttcatggtggtgctgattttgggtgttttgtggcgaggctcgtggtggtttttggtggtg 7271788  T

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Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 152 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 26656790 - 26656687
Alignment:
Q  152 ttcatggtggtgctgatactgggtcttctgtgatgatgctcgtggtggttcttggtggtgatgcttgtggcggatgatgttggtttttggtggtgatgct 251  Q
    |||||||||||||||||  ||| | || ||||  || ||||||||||||| ||||||||| |||||||||          |||||||||||||||||||     
T  26656790 ttcatggtggtgctgattttggttgttttgtggcgaggctcgtggtggtttttggtggtggtgcttgtgg----------tggtttttggtggtgatgcg 26656701  T
Q  252 cgttgtggctggtg 265  Q
    ||| ||||||||||    
T  26656700 cgtggtggctggtg 26656687  T

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Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 152 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 26928377 - 26928274
Alignment:
Q  152 ttcatggtggtgctgatactgggtcttctgtgatgatgctcgtggtggttcttggtggtgatgcttgtggcggatgatgttggtttttggtggtgatgct 251  Q
    |||||||||||||||||  ||| | || ||||  || ||||||||||||| ||||||||| |||||||||          |||||||||||||||||||     
T  26928377 ttcatggtggtgctgattttggttgttttgtggcgaggctcgtggtggtttttggtggtggtgcttgtgg----------tggtttttggtggtgatgcg 26928288  T
Q  252 cgttgtggctggtg 265  Q
    ||| ||||||||||    
T  26928287 cgtggtggctggtg 26928274  T

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Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 203 - 261
Target Start/End: Original strand, 34574162 - 34574220
Alignment:
Q  203 ttggtggtgatgcttgtggcggatgatgttggtttttggtggtgatgctcgttgtggct 261  Q
    |||||||||||||| || | || || ||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  34574162 ttggtggtgatgctcgtagtggctggtgttgatttttggtggtgatgctcgtggtggct 34574220  T

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Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 152 - 221
Target Start/End: Original strand, 41355620 - 41355689
Alignment:
Q  152 ttcatggtggtgctgatactgggtcttctgtgatgatgctcgtggtggttcttggtggtgatgcttgtgg 221  Q
    |||||||||||||||||  |||||||| ||||  |  |||||| |||||| |||||||| ||||||||||    
T  41355620 ttcatggtggtgctgattttgggtcttttgtggcggggctcgtagtggtttttggtggttatgcttgtgg 41355689  T

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Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 204 - 264
Target Start/End: Original strand, 42268836 - 42268895
Alignment:
Q  204 tggtggtgatgcttgtggcggatgatgttggtttttggtggtgatgctcgttgtggctggt 264  Q
    ||||||||||||| |||| || || |||||||||| | ||||||||||||| |||||||||    
T  42268836 tggtggtgatgctcgtggtggctggtgttggttttcg-tggtgatgctcgtggtggctggt 42268895  T

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Target: chr4 (Bit Score: 55; Significance: 1e-22; HSPs: 10)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 144 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 45873280 - 45873170
Alignment:
Q  144 tggtggttttcatggtggtgctgatactgggtcttctgtgatgatgctcgtggtggttcttggtggtgatgcttgtggcggatgatgttggtttttggtg 243  Q
    |||||||||||||||||||| | ||| |||||||| |||| || || ||||||||||| |||||||||||||| |||| || || |||||||||||  ||    
T  45873280 tggtggttttcatggtggtgttaatattgggtcttttgtggtggtgttcgtggtggtttttggtggtgatgctcgtggtggctggtgttggttttttatg 45873181  T
Q  244 gtgatgctcgt 254  Q
    |||||||||||    
T  45873180 gtgatgctcgt 45873170  T

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Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 143 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 55728871 - 55728750
Alignment:
Q  143 gtggtggttttcatggtggtgctgatactgggtcttctgtgatgatgctcgtggtggttcttggtggtgatgcttgtggcggatgatgttggtttttggt 242  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||||  | || |||| || ||||||||||| || ||| |||||||||| |||| ||  | |||| |||||||||    
T  55728871 gtggtggtttccatggtggtgttgatactgaattttttgtggtggtgctcgtggtgatttttgatggtgatgctcgtggtggccggtgttagtttttggt 55728772  T
Q  243 ggtgatgctcgttgtggctggt 264  Q
    ||||||||| || |||||||||    
T  55728771 ggtgatgctagtggtggctggt 55728750  T

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Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 193 - 266
Target Start/End: Original strand, 42677627 - 42677700
Alignment:
Q  193 gtggtggttcttggtggtgatgcttgtggcggatgatgttggtttttggtggtgatgctcgttgtggctggtgc 266  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||| || || ||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  42677627 gtggtggtttttggcggtgatgcttgtggtggctggtgttgatttttggtggtgatgctcgtggtgtctggtgc 42677700  T

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Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 145 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 38093393 - 38093286
Alignment:
Q  145 ggtggttttcatggtggtgctgatactgggtcttctgtgatgatgctcgtggtggttctt-ggtggtgatgcttgtggcggatgatgttggtttttggtg 243  Q
    ||||||||  ||||||||| ||||||||||| || |||| || | |||||||||||| || || ||||||||| |||| || || |||| ||||||||||    
T  38093393 ggtggtttctatggtggtgttgatactgggttttttgtggtggtactcgtggtggttttttggcggtgatgctcgtggtggctggtgttagtttttggtg 38093294  T
Q  244 gtgatgct 251  Q
    ||||||||    
T  38093293 gtgatgct 38093286  T

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Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 203 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 12130633 - 12130570
Alignment:
Q  203 ttggtggtgatgcttgtggcggatgatgttggtttttggtggtgatgctcgttgtggctggtgc 266  Q
    |||||||||||| | |||| || |||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  12130633 ttggtggtgatggtcgtggtggctgattttgggttttggtggtgatgctcgtggtggctggtgc 12130570  T

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Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 148 - 221
Target Start/End: Original strand, 23054338 - 23054411
Alignment:
Q  148 ggttttcatggtggtgctgatactgggtcttctgtgatgatgctcgtggtggttcttggtggtgatgcttgtgg 221  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||| ||||  |  ||||||| ||||| ||||||||| |||||||||    
T  23054338 ggttttcatggtggtgctgattttgggtcttttgtggcggagctcgtgatggtttttggtggtggtgcttgtgg 23054411  T

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Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 144 - 221
Target Start/End: Original strand, 47518552 - 47518629
Alignment:
Q  144 tggtggttttcatggtggtgctgatactgggtcttctgtgatgatgctcgtggtggttcttggtggtgatgcttgtgg 221  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||  ||| |||| |||| | | ||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  47518552 tggtggttttcttggtgttgctgattttggatcttttgtggtaaggctcgtggtggtttttggtggtgatgtttgtgg 47518629  T

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Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 188 - 243
Target Start/End: Original strand, 24957747 - 24957802
Alignment:
Q  188 tgctcgtggtggttcttggtggtgatgcttgtggcggatgatgttggtttttggtg 243  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||| || || ||||| |||||||||    
T  24957747 tgctcgtggtggtttttggtggtgatgcatgtggtggctggtgttgttttttggtg 24957802  T

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Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 232 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 45873227 - 45873194
Alignment:
Q  232 tggtttttggtggtgatgctcgttgtggctggtg 265  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  45873227 tggtttttggtggtgatgctcgtggtggctggtg 45873194  T

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Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 189 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 53202241 - 53202209
Alignment:
Q  189 gctcgtggtggttcttggtggtgatgcttgtgg 221  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  53202241 gctcgtggtggtttttggtggtgatgcttgtgg 53202209  T

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Target: chr3 (Bit Score: 50; Significance: 1e-19; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 27 - 80
Target Start/End: Complemental strand, 37067129 - 37067076
Alignment:
Q  27 ccgccagctcgagctacaaaacatgggttactttgcaagaattatggttggggt 80  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37067129 ccgccagctggagctacaaaacatgggttactttgcaagaattatggttggggt 37067076  T

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Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 141 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 31699373 - 31699315
Alignment:
Q  141 ttgtggtggttttcatggtggtgctgatactgggtcttctgtgatgatgctcgtggtgg 199  Q
    |||||||||||| |||||||||| || || |||||||| |||| || ||||||||||||    
T  31699373 ttgtggtggtttccatggtggtgttggtattgggtcttttgtggtggtgctcgtggtgg 31699315  T

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Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 144 - 200
Target Start/End: Original strand, 18269807 - 18269863
Alignment:
Q  144 tggtggttttcatggtggtgctgatactgggtcttctgtgatgatgctcgtggtggt 200  Q
    |||||||||||||||||||| ||||  |||||||| |||| ||  ||||||||||||    
T  18269807 tggtggttttcatggtggtgttgattttgggtcttttgtggtggggctcgtggtggt 18269863  T

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Target: scaffold0092 (Bit Score: 49; Significance: 5e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0092
Description:

Target: scaffold0092; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 140 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 23348 - 23272
Alignment:
Q  140 tttgtggtggttttcatggtggtgctgatactgggtcttctgtgatgatgctcgtggtggttcttggtggtgatgct 216  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  23348 tttgtggtggtttccatggtggtgctgatactaggtcttttgtggtggtgctcgtggtggtttttggttgtgatgct 23272  T

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Target: chr8 (Bit Score: 45; Significance: 1e-16; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 143 - 243
Target Start/End: Original strand, 15050070 - 15050170
Alignment:
Q  143 gtggtggttttcatggtggtgctgatactgggtcttctgtgatgatgctcgtggtggttcttggtggtgatgcttgtggcggatgatgttggtttttggt 242  Q
    ||||||||||  |||||||||||| |||| |||||| |||| || |||||||||||||| |||||||||||||| |||| || || || | |||||||||    
T  15050070 gtggtggtttcaatggtggtgctggtactaggtcttttgtggtggtgctcgtggtggtttttggtggtgatgctcgtggtggctggtgctagtttttggt 15050169  T
Q  243 g 243  Q
    |    
T  15050170 g 15050170  T

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Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 193 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 25143031 - 25142958
Alignment:
Q  193 gtggtggttcttggtggtgatgcttgtggcggatgatgttggtttttggtggtgatgctcgttgtggctggtgc 266  Q
    ||||||||| ||||||||||||||  ||| || || ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  25143031 gtggtggtttttggtggtgatgctcatggtggttggtgttgatttttggtggtgatactcgtggtggctggtgc 25142958  T

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Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 143 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 6444057 - 6443980
Alignment:
Q  143 gtggtggttttcatggtggtgctgatactgggtcttctgtgatgatgctcgtggtggttcttggtggtgatgcttgtgg 221  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||  |||||||| |||| || ||||||  |||||| ||||||||| |||| ||||    
T  6444057 gtggtggttttcatggtggggctgattttgggtcttttgtggtggtgctcgaagtggtt-ttggtggtggtgctcgtgg 6443980  T

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Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 232 - 266
Target Start/End: Original strand, 15050124 - 15050158
Alignment:
Q  232 tggtttttggtggtgatgctcgttgtggctggtgc 266  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  15050124 tggtttttggtggtgatgctcgtggtggctggtgc 15050158  T

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Target: chr6 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000003; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 195 - 266
Target Start/End: Original strand, 32747641 - 32747712
Alignment:
Q  195 ggtggttcttggtggtgatgcttgtggcggatgatgttggtttttggtggtgatgctcgttgtggctggtgc 266  Q
    ||||||| ||||||||||||||  ||| || || ||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||    
T  32747641 ggtggtttttggtggtgatgctcatggtggctggtgttggtttttggtggtgatgctggtggtggctagtgc 32747712  T

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Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 153 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 21881479 - 21881411
Alignment:
Q  153 tcatggtggtgctgatactgggtcttctgtgatgatgctcgtggtggttcttggtggtgatgcttgtgg 221  Q
    ||||||||||||||||  |||||||| |||  ||   |||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  21881479 tcatggtggtgctgattttgggtcttttgttgtgggactcgtggtggtttttggtggtggtgcttgtgg 21881411  T

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Target: scaffold0044 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0044
Description:

Target: scaffold0044; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 165 - 251
Target Start/End: Original strand, 42826 - 42912
Alignment:
Q  165 tgatactgggtcttctgtgatgatgctcgtggtggttcttggtggtgatgcttgtggcggatgatgttggtttttggtggtgatgct 251  Q
    ||||||| ||| || |||| || | |||||||||||| |||| ||||||||  |||  ||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  42826 tgatactaggttttttgtggtggtactcgtggtggtttttggcggtgatgcgcgtgatggatggtgttagtttttggtggtgatgct 42912  T

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