View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18903_low_3 (Length: 651)

Name: NF18903_low_3
Description: NF18903
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18903_low_3
NF18903_low_3
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (11-635)||(47832301-47832930)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 531; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 531; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 635
Target Start/End: Complemental strand, 47832930 - 47832301
Alignment:
Q  11 cagagaatactcgtatactgaaggnnnnnnngtagcagtgtcaatagttagtaaaatcacagaatgtactgtaaaattcattttcacttagttannnnnn 110  Q
    |||| |||||||||||||||||||       |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||          
T  47832930 cagaaaatactcgtatactgaaggaaaaaaagtagcagtatcaatagttagtaaaatcacagaatgtactgtaaaattcattttcacttggttatttttt 47832831  T
Q  111 n-atttgatgtgctattaaatttgtgattaaaattgggtttaatttctatagtaaccatggtactgaaagcatatatataaatctcatacaagtaaataa 209  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47832830 ttatttgatgtgctattaaatttgtgattaaaattgggtttaatttctatagtaaccatggtactgaaagcatatatataaatctcatacaagtaaataa 47832731  T
Q  210 gtaagttagacaaatctgtcatactaaaatgaaaagatgataaaactccctaaaagatacaacacacttgggtttaacatcacctagaagcgattttaga 309  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  47832730 gtaagttagacaaatctgtcatactaaaatgaaaagatgataaaactccctaaaagatacaacacatttgggtttaacatcacctagaagctattttaga 47832631  T
Q  310 tacttgatgagttatatgcttcacttctaattatctaagcacaaattaatcggtctcaattccaattattaatgaacaaattgttgtataagaaaatgat 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47832630 tacttgatgagttatatgcttcacttctaattatctaagcacaaattcatcggtctcaattccaattattaatgaacaaattgttgtataagaaaatgat 47832531  T
Q  410 ctattgtacatgtggtaacaagcattgtatatggtatatatgttaccacttaccacac----atatgtcatctttaaatgtcaatatctacatatatatt 505  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47832530 ctcttgtacatgtggtaacaagcattgtatatggtatatatgttaccacttaccacacatatatatgtcatctttaaatgtcaatatctacatatatatt 47832431  T
Q  506 aatctggccataacaatattctacgttttaagttcttccactaaacaaatggcatatataaagaattaaatttaagaaggattgaacaacctgaagataa 605  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47832430 aatctggccataacaatattgtacgttttaagttcttccactaaacaaatggcatatataaagaattaaatttaagaaggattgaacaacctgaagataa 47832331  T
Q  606 tcatcctgttaaaagctacagcatccaaac 635  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47832330 tcatcctgttaaaagctacagcatccaaac 47832301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University