View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18904_low_1 (Length: 892)

Name: NF18904_low_1
Description: NF18904
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18904_low_1
NF18904_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-884)||(46472034-46472917)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 804; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 804; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 884
Target Start/End: Complemental strand, 46472917 - 46472034
Alignment:
Q  1 ggggtggaggggagcacatttcaaaatggcgattttgacaagcccgagtatcagcttgatccataactgcttgtattagtacaatgtggctgccaaattt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46472917 ggggtggaggggagcacatttcaaaatggcgattttgacaagcccgagtatcagcttgatccataactgcttgtattagtacaatgtggctgccaaattt 46472818  T
Q  101 attagttatttgtacatatggactagttgataagatttctgnnnnnnnnnnnnngatgctaagatgtgtattgttctctcattcttttttgttcatataa 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46472817 attagttatttgtacatatggactagttgataagatttctgaaaaaaagaaaaagatgctaagatgtgtattgttctctcattcttttttgttcatataa 46472718  T
Q  201 tgtgagtgtaaaggttcatttcgttgatgaagatgagatatccatgtattgaataagcgttgatgctagtgttcatgcaaatatcaatcatacagctttt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46472717 tgtgagtgtaaaggttcatttcgttgatgaagatgagatatccatgtattgaataagcgttgatgctagtgttcatgcaaatatcaatcatacagctttt 46472618  T
Q  301 gtagatgtgctcggttgcatctcagtactcactaatgctgttgatcgaagaatttcacgttctctattatgtgactacttttgtgtcaacatttttgtta 400  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46472617 gtagatgtgctcggttgcacctcagtcctcactaatgctgttgatcgaagaatttcacgttctctattatgtgactacttttgtgtcaacatttttgtta 46472518  T
Q  401 caatttatacgaaagaaatttaaattttatacaccgtagtgttatatataaattacatatttatcatcattcaattcatcaaaagtgttggaagagaaag 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46472517 caatttatacgaaagaaatttaaattttatacaccgtagtgttatatataagttacatatttatcatcattcaattcatcaaaagtgttggaagagaaag 46472418  T
Q  501 ggatatgtaatattttcggttgtagttttatctcactctgagggcagaagttccnnnnnnngttgctaatagtaataatggcagaagttcctttagttag 600  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46472417 ggatatgtaatattttcggtcgtagttttatctcactctgatggcagaagttcctttttttgttgctaatagtaataatggcagaagttcctttagttag 46472318  T
Q  601 ttctctagctacaatattgtaataaacaatggcttcataattgtcaattatatgcaagtaaactttcatagttaatatactatttcatatacatctcaaa 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46472317 ttctctagctacaatattgtaataaacaatggcttcataattgtcaattatatgcaagtaaactttcatagttaatatactatttcatatacatctcaaa 46472218  T
Q  701 atgcatttgatctgatttattattctcgaaaacaaccttatattattgtaagtagtcaaaatctgtagcaggaagcctcacaaagaactaccaagatgaa 800  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46472217 atgcatttgatctgatttattattctcgaaaacaaccttatattattgtaagtagtcaaaatctgtagcaggaagcctcacaaagaactaccaagatgaa 46472118  T
Q  801 tacattaagaaacatatttctggaaatggatgagctagttcaatatgcactccacttcctatacacttgatctttgatattctt 884  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46472117 tacattaagaaacatatttctggaaatggatgagctagttcaatatgcactccacttcctatacacttgatctttgatattctt 46472034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University