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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF18915_low_3 (Length: 515)
Name: NF18915_low_3
Description: NF18915
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF18915_low_3 |
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Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 438; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 438; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 31193118 - 31192623
Alignment:
| Q |
10 |
cctaggagtgtaactgtgtgttcttgtttaggttggttttgaaattagctgatttgtaaccattgcatgtagatattttatgatttatttgagattgtga |
109 |
Q |
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| T |
31193118 |
cctaggagtgtaactgtgtgttcttgtttaggttggttttgaaattagctgatttgtaaccattgcatgtagatattttatgatttatttgagattgtga |
31193019 |
T |
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| Q |
110 |
cttctgtgtgttcttgtttaagttcattctgtcatgtactcctgctggtccgactgagatgctcatctgaactgatgatgggcagaagacaaagtaaaat |
209 |
Q |
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| T |
31193018 |
cttctgtgtgttcttgtttaagttcattctgttatgtactcctgctggtccgactgagatgctcatctgaactgatgatgggcagaagacaaagtaaaat |
31192919 |
T |
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| Q |
210 |
gcttacagggaacaataatcactgcaaaataacattgtcttatgtcaacaccttttcattttcattttatgttcaaaactattactgcagaaaatatacg |
309 |
Q |
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| T |
31192918 |
tcataccgggaacaataatcactgcaaaataacattgtcttttgtcaacaccttttcattttcatgttgtgttcaaaactattgctgcagaaaatttacg |
31192819 |
T |
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| Q |
310 |
caaacttcaagt---acgtccctgcacatcaaatgcctataacattgatataaacctcattgcagaaactatttcttaaaaaccatatagcacagtggat |
406 |
Q |
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| T |
31192818 |
caaacttcaagtgcggcgtccctgcacatcaaatgcctataacattgatataaacctcattgcagaaactatttcttaaaaaccatatagcacagtggat |
31192719 |
T |
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| Q |
407 |
ataatgttattttctgtaaggatattgcatagtccctacaaaagataattcaagcacagaaatttgaccctcttttgctcttttgttgtgcctatg |
502 |
Q |
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| T |
31192718 |
ataatgttattttctggaaggatattgcatagtccctacaaaagataattcaagcacagaaatttgaccctcttttgctcttttgttgtgcctatg |
31192623 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 425; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 31014861 - 31014370
Alignment:
| Q |
10 |
cctaggagtgtaactgtgtgttcttgtttaggttggttttgaaattagctgatttgtaaccattgcatgtagatattttatgatttatttgagattgtga |
109 |
Q |
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| T |
31014861 |
cctaggagtgtgactgtgtgttcttgtttaggttggttttgaagttagctgatttgtaaccattgcatgtagatattttatgatttattagagattgtga |
31014762 |
T |
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| Q |
110 |
cttctgtgtgttcttgtttaagttcattctgtcatgtactcctgctggtccgactgagatgctcatctgaactgatgatgggcagaagacaaagtaaaat |
209 |
Q |
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| T |
31014761 |
cttctgtgtgttcttgtttaagttctttctgttatgtactcctgctggtccgactgagatgctcatctgaactgatgatgggcagaagacaaagtaaaat |
31014662 |
T |
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| Q |
210 |
gcttacagggaacaataatcactgcaaaataacattgtcttatgtcaacaccttttcattttcattttatgttcaaaactattactgcagaaaatatacg |
309 |
Q |
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| T |
31014661 |
gcataccgggaacaataatcactgcaaaataacattgtcttatgtcaacaccttttcattttcattttatgttcaaaactattactgcagaaaatatacg |
31014562 |
T |
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| Q |
310 |
caaacttcaagtacgtccctgcacatcaaatgcctataacattgatataaacctcattgcagaaactatttcttaaaaaccatatagcacagtggatata |
409 |
Q |
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| T |
31014561 |
caaacttcaagtacgtccctgcacatcaaatgcctataacattgatataaactacactgcagaaactatttcttaaata-catatagcacagtggatata |
31014463 |
T |
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| Q |
410 |
atgttattttctgtaaggatattgcatagtccctacaaaagataattcaagcacagaaatttgaccctcttttgctcttttgttgtgcctatg |
502 |
Q |
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| T |
31014462 |
atgttattttcttgaaggatatgtcatagtccctacaaaagataattcaagcacagaaatttgaccctcttttgctcttttgttgtgcctatg |
31014370 |
T |
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