View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18921_high_4 (Length: 473)

Name: NF18921_high_4
Description: NF18921
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18921_high_4
NF18921_high_4
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (10-460)||(36526247-36526678)
chr1 (11-460)||(37923585-37924032)
chr1 (63-463)||(37871803-37872202)
chr1 (247-449)||(35051638-35051840)
chr1 (341-459)||(8237318-8237434)
chr1 (364-400)||(19023346-19023382)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (19-366)||(4430469-4430817)
chr5 (12-460)||(23269729-23270176)
chr5 (278-448)||(14964904-14965074)
chr5 (249-460)||(26917294-26917505)
chr5 (368-443)||(4431011-4431086)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (29-460)||(29468318-29468749)
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (164-447)||(9252262-9252544)
chr2 (47-308)||(40728311-40728566)
chr2 (46-218)||(10785850-10786022)
chr2 (75-443)||(37490630-37490999)
chr2 (98-403)||(13018965-13019258)
chr2 (247-445)||(24588542-24588736)
chr2 (203-408)||(8294968-8295173)
chr2 (337-449)||(19920791-19920903)
chr2 (362-400)||(13923026-13923064)
[»] scaffold0305 (1 HSPs)
scaffold0305 (62-460)||(18608-18998)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (191-440)||(28283782-28284031)
chr7 (304-445)||(5460873-5461014)
chr7 (354-440)||(29443757-29443842)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (338-460)||(43000432-43000554)
chr4 (248-285)||(43381799-43381836)
chr4 (385-446)||(43381919-43381980)
chr4 (368-407)||(29135150-29135189)
chr4 (346-406)||(35762788-35762849)
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (362-447)||(9738634-9738720)
chr3 (370-448)||(46107349-46107427)
chr3 (363-418)||(21330778-21330833)
chr3 (361-405)||(43059104-43059148)
chr3 (363-446)||(35529008-35529090)
chr3 (362-404)||(47798396-47798438)
chr3 (205-318)||(17571196-17571309)
chr3 (360-449)||(46016235-46016324)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 361; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 361; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 36526678 - 36526247
Alignment:
Q  10 ggatcacagacaagagaattggattagaccagtagctggggaagtgaagtgcaatgtcgatgcagcaatttttaaggattaaggatgttatggggtcggt 109  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36526678 ggatcacagacaagagaagtggattagaccagtagctggggaagtgaagtgcaatgtcgacgcagcaatttttaaggattaaggatgttatggggtcggt 36526579  T
Q  110 atgtgtctaagaggtgatcgatgggagttcattaaagcaaagacagcgtggtacaaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaag 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  36526578 atgtgtctaagaggtgatcgatgggagttcattaaagcgaagacagcgtggtacaaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagctagaggtctaaaag 36526479  T
Q  210 aagcgataatgtggcttggtactatgaggttttccagggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaa 309  Q
    |||| |                   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36526478 aagcta-------------------gaggttttccagggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaa 36526398  T
Q  310 ttccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatcatcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcc 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36526397 ttccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatcatcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcc 36526298  T
Q  410 cacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttcccgagttcatgat 460  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36526297 cacttgttagctcgggcgtcattatcttatgctagttcccgagttcatgat 36526247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 275; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 11 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 37924032 - 37923585
Alignment:
Q  11 gatcacagacaagagaattggattagaccagtagctggggaagtgaagtgcaatgtcgatgcagcaatttttaaggattaaggatgttatggggtcggta 110  Q
    |||||||||||| || | |||| || ||| ||||  |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||  |||| |||||  | |||||||    
T  37924032 gatcacagacaaaaggagtggactaaaccggtagtcggggaagtgaagtgcaatgttgatgcaacaatttttaaggaacaaggttgtta--gagtcggta 37923935  T
Q  111 tgtgtctaagaggtgatcgatgggagttcattaaagcaaagacagcgtggtacaaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaaga 210  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37923934 tgtgtctaagaggggatcgaggggagttcattaaagcaaagacaacatagtacaaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaaga 37923835  T
Q  211 agcgataatgtggcttggtactatgaggttttccagggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaat 310  Q
    ||||||||  |||||||||||  |||||||| |   ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||  |||||||||||    
T  37923834 agcgataaaatggcttggtaccttgaggtttccttcggtgtctatagaacttgattgcaagcaagtggttgatggcatctcaagcaatctcagcaccaat 37923735  T
Q  311 tccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatcatcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgccc 410  Q
    |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37923734 tccatgttcggcgcaattctgaatacttgcaaagtttcacttatgaatcatcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgccc 37923635  T
Q  411 acttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttcccgagttcatgat 460  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  37923634 acttgttagttagggcgtcattatcttatgctagttcccaagatcatgat 37923585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 63 - 463
Target Start/End: Original strand, 37871803 - 37872202
Alignment:
Q  63 atgtcgatgcagcaatttttaaggattaaggatgttatggggtcggtatgtgtctaagaggtgatcgatgggagttcattaaagcaaagacagcgtggta 162  Q
    |||| ||||| |||| ||| |||||  ||| ||||||||||||| | |||||||| ||||| |||| | |||||| |||||  |  |||| | | ||||     
T  37871803 atgttgatgcggcaaatttcaaggagcaagtatgttatggggtcagcatgtgtcttagaggggatcaaggggagtacattagggagaagaaatcttggtt 37871902  T
Q  163 caaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaagaagcgataatgtggcttggtactatgaggttttccagggtgtctatcgaactt 262  Q
     ||||| ||||||||||||||  | |  |||||||||||| |||||||||||| ||| || |||||||   | |||||| |    ||||| |||||| ||    
T  37871903 taaaggcctcccacaacccaacaaggtggaagcaagaggtttaaaagaagcgacaatctgacttggtaaattaaggtttccttctgtgtccatcgaaatt 37872002  T
Q  263 gattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatcatc 362  Q
    ||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||  ||| || |||||||||| | |  |  ||||| | |  ||||||| |||||||| ||||| |||    
T  37872003 gattgtaagcaagtggtttacgacatctctagcaatctcaacatcaattccatgctcgtggt-attctgattggttgcaaagcttcacttctgaataatc 37872101  T
Q  363 aaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttcccgagttcatgatga 462  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||   || |   | |||||||||| |||||||  ||||||||||||    
T  37872102 aaaactttaagataagttttattaggagacaaacaaataatgtttcccacttattagtcagagttgcgttatcttatggtagttccaaagttcatgatga 37872201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 247 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 35051840 - 35051638
Alignment:
Q  247 ggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaact 346  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||  |||  |||| |   ||| |||||||| || ||||| ||| ||| |  ||| ||| ||||||    
T  35051840 ggtgtctatcaaacttgattacaagcaagtggttgacaacataactaggagactcaacaccaatttcaagtttgacgcaattattgatatttgaaaaact 35051741  T
Q  347 tcacttatgaatc-atcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagt 445  Q
    ||| ||| ||| | | ||||||||||||| |||||||||||| ||||||  ||||||| ||| ||| |||||| | | | ||||||||| ||||||||||    
T  35051740 tcagtta-gaacctaccaaaactttaagaaaagtttcattagaagacaagaaaataatattggccatttgttagcaatgacgtcattattttatgctagt 35051642  T
Q  446 tccc 449  Q
    ||||    
T  35051641 tccc 35051638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 341 - 459
Target Start/End: Original strand, 8237318 - 8237434
Alignment:
Q  341 aaaacttcacttatgaatcatcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatg 440  Q
    |||||||||||||  | | | ||||| ||||||||||||||||||||  ||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||| || || |||||||||    
T  8237318 aaaacttcacttagaatttaccaaaattttaagataagtttcattag--gacaagcaaataatattgccgacttgttagctaggacgacaatatcttatg 8237415  T
Q  441 ctagttcccgagttcatga 459  Q
     | ||||||  ||||||||    
T  8237416 ttggttcccatgttcatga 8237434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 364 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 19023382 - 19023346
Alignment:
Q  364 aaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaat 400  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  19023382 aaactttaagataagttttgttaggagacaaacaaat 19023346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 217; Significance: 1e-119; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 19 - 366
Target Start/End: Original strand, 4430469 - 4430817
Alignment:
Q  19 acaagagaattggattagaccagtagctggggaagtgaagtgcaatgtcgatgcagcaatttttaaggattaaggatgttatggggtcggtatgtgtcta 118  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  4430469 acaagagaggtggattagaccagtagctggggaagtgaagtgcaatgttgatgcgacaatttttaaggatcaaggatgttatggggtcggtatgtgtcta 4430568  T
Q  119 agaggtg-atcgatgggagttcattaaagcaaagacagcgtggtacaaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaagaagcgata 217  Q
    ||||||| |||||  |||||||||| ||||||| ||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||    
T  4430569 agaggtgtatcgagaggagttcatttaagcaaatacatcatggtacaaaagtctcccacaacccaaagaagcataagcagaaggtctaaaataagcgata 4430668  T
Q  218 atgtggcttggtactatgaggttttccagggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatgt 317  Q
    || ||||||| |||||||||| ||| ||  ||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  4430669 atatggcttgatactatgaggattttcaaagtgtctatcgaactgaattgcaagtaagtggttgacggcatttctagcaacttcagcaccaatttcatgt 4430768  T
Q  318 ttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatcatcaaaa 366  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  4430769 ttggcgcgattatgaatacttgcaaaacttcacttgtgaatcatcaaaa 4430817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 12 - 460
Target Start/End: Original strand, 23269729 - 23270176
Alignment:
Q  12 atcacagacaagagaattggattagaccagtagctggggaagtgaagtgcaatgtcgatgcagcaatttttaaggattaaggatgttatggggtcggtat 111  Q
    |||| |||||||||   ||||||||| |  |||||| |||||||||||| |||||||| ||  |||| ||||||||| |||| ||||||||| | | |||    
T  23269729 atcaaagacaagaggggtggattagatcgttagctgcggaagtgaagtgtaatgtcgacgcgacaatctttaaggatcaaggttgttatgggattgatat 23269828  T
Q  112 gtgtctaagaggtgatcgatgggagttcattaaagcaaagacagcgtggtacaaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaagaa 211  Q
    |||  | | ||| |||||| |||||||||| | ||| |||||||| ||||||| ||||||| | |||||||| || || |||||||||||||||||||||    
T  23269829 gtgcttgacaggggatcgaggggagttcatgagagcgaagacagcttggtacagaggtctctctcaacccaatgaggcggaagcaagaggtctaaaagaa 23269928  T
Q  212 gcgataatgtggcttggtactatgaggttttccagggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaatt 311  Q
    |||| || ||||||||||||| | || | | |   |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||  ||| |||||| |    
T  23269929 gcgagaaagtggcttggtactttaagatatacatcggtgtctatcgaacttgattgcaagcaa-tggttgacgacatctctagcaatctcaacaccaaat 23270027  T
Q  312 ccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatcatcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgccca 411  Q
    ||| ||| | ||| ||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||    
T  23270028 ccacgttcgacgctattctgaacacttgcaaagcttcacttatgaatcatcaaaactttaagataagtttcattagaagacaagcaaataatgttgctca 23270127  T
Q  412 cttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttcccgagttcatgat 460  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  23270128 cttgttagctagggagtcattatcttatgctagttcccaagttcatgat 23270176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 278 - 448
Target Start/End: Original strand, 14964904 - 14965074
Alignment:
Q  278 gttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatcatcaaaactttaagataa 377  Q
    ||||||| |||||||| ||| |||||||||||||  || ||   || |||| | || |||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||    
T  14964904 gttgacgacatctctaacaatttcagcaccaattttatattcaacgagattttaaacacttgcaaaatttaatttatgaatcatcaaaactttaagataa 14965003  T
Q  378 gtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttcc 448  Q
    ||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||| |||  ||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  14965004 gtttcatcaagagacaatcaaataatgttgcccacttattagttagggcgccattatcttatactagttcc 14965074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 249 - 460
Target Start/End: Original strand, 26917294 - 26917505
Alignment:
Q  249 tgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttc 348  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||     ||| || |||||| ||||||| ||| |||||  ||| ||||||| ||||    
T  26917294 tgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatagctaggggactcaacaacaattcaatgtttgacgctattcttgatatttgcaaagcttc 26917393  T
Q  349 acttatgaatcatcaaaa-ctttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttc 447  Q
    ||||| |||||  ||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||  |  || | ||||||||||||||||||||| || |    
T  26917394 actta-gaatctacaaaaactttaagataagttttattaggagacaagcaaatagtgttgcccatctactagcaagggcgtcattatcttatgcttgtcc 26917492  T
Q  448 ccgagttcatgat 460  Q
    ||  |||||||||    
T  26917493 ccatgttcatgat 26917505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 368 - 443
Target Start/End: Original strand, 4431011 - 4431086
Alignment:
Q  368 tttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgcta 443  Q
    |||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||    
T  4431011 tttaagataagttttattaggagagaagcaaataatgtttcccacttgttagctagggcggaattatcttatgcta 4431086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 181; Significance: 1e-97; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 29 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 29468749 - 29468318
Alignment:
Q  29 tggattagaccagtagctggggaagtgaagtgcaatgtcgatgcagcaattttt-aaggattaaggatgttatggggtcggtatgtgtctaagaggtgat 127  Q
    ||||||||||| |||||  | || ||| | ||||||||||| |||| ||||||| |||||| || ||||||||||| || | ||||| |||||||| |      
T  29468749 tggattagaccggtagccagtgaggtggattgcaatgtcgacgcagtaattttttaaggatcaatgatgttatggg-tcagaatgtgcctaagaggggtg 29468651  T
Q  128 cgatgggagttcattaaagcaaagacagcgtggtacaaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaagaagcgataatgtggcttg 227  Q
    ||| |||||||||||  ||| |||||| | ||||| ||||||||||||||||| ||||||||  ||||| ||||||||||| |||  |||| ||||||||    
T  29468650 cgaggggagttcattggagcgaagacaacttggtataaaggtctcccacaacctaaagaagcgaaagcacgaggtctaaaaaaagaaataaagtggcttg 29468551  T
Q  228 gtactatgaggttttccagggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatgtttggcgcgat 327  Q
    ||||| |||||||| |   ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||| |||||||  |||||||| ||||| ||    
T  29468550 gtactttgaggtttccttcggtatctatcgaacttgattgcaagcaagtagttgattgcatctctagcaactttagcaccaggtccatgttcggcgcaat 29468451  T
Q  328 tctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatcatcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcg 427  Q
     || |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||| |||||  |    
T  29468450 cctgaatatttgcaaagcttcacttatgaatcatcaaaactttaagataagtttcattatgagacaaacaaataatgttgcatacttgttagctaggatg 29468351  T
Q  428 tcattatcttatgctagttcccgagttcatgat 460  Q
    ||||||| |||||||||||| | ||||||||||    
T  29468350 tcattatgttatgctagttctcaagttcatgat 29468318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 100; Significance: 3e-49; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 164 - 447
Target Start/End: Original strand, 9252262 - 9252544
Alignment:
Q  164 aaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaagaagcgataatgtggcttggtactatgaggttttccagggtgtctatcgaacttg 263  Q
    |||||| |||||||| |||| || |  |||||||||| | |||||||||||||||  ||| ||| || | ||||||||||   | |||||||| ||||||    
T  9252262 aaaggtatcccacaatccaacgaggtggaagcaagagatttaaaagaagcgataaattggtttgataatttgaggttttcttcg-tgtctatcaaacttg 9252360  T
Q  264 attgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatcatca 363  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||| ||||||  |||| ||||| |||  | ||||| |||||||| ||||||||||    
T  9252361 attgtaagcaagtggttgacggcatctctagcaatctaagcaccaatttcatgttcagcgctattctgaatggtggcaaagcttcacttttgaatcatca 9252460  T
Q  364 aaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttc 447  Q
    ||||||||| |||||||||||||  |||||||| ||||||||| |||| |||||| |  || ||| |||||||||| |||||||    
T  9252461 aaactttaacataagtttcattaaaagacaaacgaataatgttacccatttgttagcctggacgttattatcttatcctagttc 9252544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 47 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 40728566 - 40728311
Alignment:
Q  47 ggggaagtgaagtgcaatgtcgatgcagcaatttttaaggattaaggatg---ttatggggtcggtatgtgtctaagaggtgatcgatgggagttcatta 143  Q
    ||||| ||||||| |||||| |||||| |||||||||||||| ||||| |   |||||||||||| ||||| ||||||||      ||   |||||||||    
T  40728566 ggggaggtgaagtacaatgtagatgcaacaatttttaaggatcaaggaggcggttatggggtcggaatgtgcctaagagg------at---agttcatta 40728476  T
Q  144 aagcaaagacagcgtggtacaaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaagaagcgataatgtggcttggtactatgaggttttc 243  Q
     ||| |||||| | ||||| | |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||  ||| |||||||| |||||||| |    
T  40728475 gagccaagacatcttggtatacaggtctccaataacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaggaagcgacaaaatggtttggtactttgaggtttac 40728376  T
Q  244 cagggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcacca 308  Q
       | ||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  40728375 ttcgttgtctatcgaacttgattgcaagcaagtatttgacgacatctctagcaacttcagcacca 40728311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 46 - 218
Target Start/End: Original strand, 10785850 - 10786022
Alignment:
Q  46 tggggaagtgaagtgcaatgtcgatgcagcaatttttaaggattaaggatgttatggggtcggtatgtgtctaagaggtgatcgatgggagttcattaaa 145  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||| || |||||||||||||  |||| ||||||||| ||||||||||| | ||||| |||||| |||||||||||| |    
T  10785850 tggggaagtgaagtgtaatgttgatacaacaatttttaaggaacaaggttgttatgggatcggtatgtgtttgagaggggatcgaggggagttcattaga 10785949  T
Q  146 gcaaagacagcgtggtacaaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaagaagcgataa 218  Q
    || |||||| | |||||||||||  |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||    
T  10785950 gcgaagacaacttggtacaaaggcatcccacaacccaaagaagtaaaagcaagaggtctaaaagaaacgataa 10786022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 75 - 443
Target Start/End: Original strand, 37490630 - 37490999
Alignment:
Q  75 caatttttaaggattaaggatgttatggggtcggtatgtgtctaagaggtgatcgatgggagttcattaaagcaaagacagcgtggtacaaaggtctccc 174  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||| ||   ||| |||| || | ||||||| |||||| ||||  ||| |||||| | | ||  ||||| || ||    
T  37490630 caatttttaaagagtaaggatgttatgggatcaacatgggtcttagcgatgatcgaggggagtacattggagcgaagacaacttcgtttaaaggccttcc 37490729  T
Q  175 acaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaagaagcgataatgtggcttggtactatgaggttttccagggtgtctatcgaacttgattgcaagcaa 274  Q
    |||| |||| |  |  ||||||| |||| |||||||||||||||  || ||||||| | |||||||| |   | |||||||| |||||||||| ||||||    
T  37490730 acaatccaacgtggaggaagcaaaaggtttaaaagaagcgataaattgtcttggtaatttgaggtttccttcgttgtctatcaaacttgattgtaagcaa 37490829  T
Q  275 gtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatgt-ttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatcatcaaaactttaag 373  Q
     | ||||||| ||||||||||||  |||  ||||||| ||||| ||| |   ||| | |||  ||||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||    
T  37490830 atcgttgacgacatctctagcaatctcaataccaatttcatgtgttgacattattttgaatgattgcaaagcttcactactgaatcatcaaaactttcag 37490929  T
Q  374 ataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgcta 443  Q
    |||||||||||||| ||||||  ||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||    
T  37490930 ataagtttcattagaagacaagtaaataatgttgtccacttgttagctaggacgtcattatctcatgcta 37490999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 98 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 13019258 - 13018965
Alignment:
Q  98 tatggggtcggtatgtgtctaagaggtgatcgatgggagttcattaaagcaaagacagcgtggtacaaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagcaa 197  Q
    ||||||||||| ||| |||| ||||| ||| || ||||||||||||  || |||||| | ||||  ||||| ||||||||| |||| || ||||||||||    
T  13019258 tatggggtcggcatgcgtcttagaggggattgaggggagttcattagggcgaagacaacttggtttaaaggcctcccacaatccaacgaggcagaagcaa 13019159  T
Q  198 gaggtctaaaagaagcgataatgtggcttggtactatgaggttttccagggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaa 297  Q
    | ||| |||||||||||||||  | | |||| | |  ||| |||||   |||||||||||||||| |||| |||    ||||||| | ||||||||||||    
T  13019158 gtggtttaaaagaagcgataaattcgtttggcaattcgagattttcttcggtgtctatcgaacttaattgtaag----tggttgatgccatctctagcaa 13019063  T
Q  298 cttcagcaccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatcatcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaaca 397  Q
    |        | |||||||||||||||| ||||| |||  ||  ||| |||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  13019062 c--------ccattccatgtttggcgctattcttaatggttataaagcttcacatctgaatcatcaaaattttaagataagtttcattaggagacaatca 13018971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 247 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 24588736 - 24588542
Alignment:
Q  247 ggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaact 346  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||     ||| ||||||||||||||||||||| |||||  ||| ||| ||| ||    
T  24588736 ggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacgacataactaggggactcaacaccaattccatgtttggcgctattcttgatatttgtaaagct 24588637  T
Q  347 tcacttatgaatc-atcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagt 445  Q
    ||||||| ||||| | ||||||||     ||||||| ||||| | |||| |||||| ||||||||| |   ||   ||||||||||||||||||||||||    
T  24588636 tcactta-gaatctaacaaaactt----gtaagttttattagaacacaatcaaatagtgttgcccattcactagaaagggcgtcattatcttatgctagt 24588542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 203 - 408
Target Start/End: Original strand, 8294968 - 8295173
Alignment:
Q  203 ctaaaagaagcgataatgtggcttggtactatgaggttttccagggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttca 302  Q
    |||||||| |||||||  |||||||| | ||||||  | || | ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||  || |     |||    
T  8294968 ctaaaagaggcgataaaatggcttggaagtatgagtctatctaaggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtgatttacggcatagcttggggactca 8295067  T
Q  303 gcaccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatc-atcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaata 401  Q
     || ||||| |||||||||||   ||||  ||| ||||||| ||||||||| |||||   |||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||    
T  8295068 acatcaatttcatgtttggcgttgttcttgatatttgcaaagcttcactta-gaatctgccaaaactttaagataagttttattaagagacaaataaata 8295166  T
Q  402 atgttgc 408  Q
     ||||||    
T  8295167 gtgttgc 8295173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 337 - 449
Target Start/End: Original strand, 19920791 - 19920903
Alignment:
Q  337 ttgcaaaacttcacttatgaatc-atcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatc 435  Q
    ||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||||||| |||| |||||| ||||  ||| |||||| | ||| ||||||||||    
T  19920791 ttgcaaaacatcactta-gaatctatcaaaactttaagctaggtttcattaggaaacaagcaaatagtgtttgccatttgttagcaaggacgtcattatc 19920889  T
Q  436 ttatgctagttccc 449  Q
    |||| | |||||||    
T  19920890 ttataccagttccc 19920903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 362 - 400
Target Start/End: Original strand, 13923026 - 13923064
Alignment:
Q  362 caaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaat 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  13923026 caaaactttaagataagtttcattaggaaacaagcaaat 13923064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0305 (Bit Score: 78; Significance: 4e-36; HSPs: 1)
Name: scaffold0305
Description:

Target: scaffold0305; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 62 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 18998 - 18608
Alignment:
Q  62 aatgtcgatgcagcaatttttaaggattaaggatgttatggggtcggtatgtgtctaagaggtgatcgatgggagttcattaa-agcaaagacagcgtgg 160  Q
    ||||||||| || ||||||| ||||| |||||||||| | ||||||  |||||||| ||||| |||| | |||||| ||||   ||| |||||| | |||    
T  18998 aatgtcgatacaacaatttt-aaggagtaaggatgttgttgggtcgacatgtgtcttagaggggatcaaggggagtacattgggagcgaagacaacttgg 18900  T
Q  161 tacaaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaagaagcgataatgtggcttggtactatgaggttttccagggtgtctatcgaac 260  Q
    |  |||||||||||||||||||| || ||  ||||||||||| |||||||||||       ||||||||| | | |||||| |   ||||||||| ||||    
T  18899 tttaaaggtctcccacaacccaatgaggcgtaagcaagaggtttaaaagaagcg-------ggcttggtaatttaaggtttccgtcggtgtctattgaac 18807  T
Q  261 ttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatca 360  Q
    ||||||| || ||||||||||||| ||| ||||| ||  ||| ||||||||||| ||||   || ||| | |||  ||||||| |||||||| |||||||    
T  18806 ttgattgtaaacaagtggttgacgacatatctagaaatctcaacaccaattccacgtttat-gctattttgaatggttgcaaagcttcacttctgaatca 18708  T
Q  361 tcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttcccgagttcatgat 460  Q
    |||||| || |||| ||||||||||| || | ||| ||||||| |||||||||||||| | | |  ||||||| || ||||||| |||  ||||||||||    
T  18707 tcaaaatttgaagacaagtttcattaagaaaaaaagaaataattttgcccacttgttagccaagttgtcattacctcatgctagctccaaagttcatgat 18608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 66; Significance: 5e-29; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 191 - 440
Target Start/End: Original strand, 28283782 - 28284031
Alignment:
Q  191 gaagcaagaggtctaaaagaagcgataatgtggcttggtactatgaggttttccagggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatct 290  Q
    |||||||| | | |||||||||| ||||  |||||| ||| | |||||||| |    |||||||| ||||||||| | |||||||||  ||| | |||||    
T  28283782 gaagcaagggttttaaaagaagcaataaattggcttagtaatttgaggtttccttctgtgtctattgaacttgatcgtaagcaagtgcctgatgacatct 28283881  T
Q  291 ctagcaacttcagcaccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatcatcaaaactttaagataagtttcattaggag 390  Q
    |||||||  ||| |||  |||| |||||   | | ||||| |||   ||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28283882 ctagcaatctcaacactgattctatgttcaacactattctgaatggctgctaagcttcacttctgaatcatcaaaactttaagataagtttcattaggag 28283981  T
Q  391 acaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatg 440  Q
    |||||||||||||| ||  |||||||||   |||| ||||||||||||||    
T  28283982 acaaacaaataatgatgttcacttgttagtcagggtgtcattatcttatg 28284031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 304 - 445
Target Start/End: Original strand, 5460873 - 5461014
Alignment:
Q  304 caccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatc-atcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataa 402  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||  | ||||||||| |||| |||  ||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  5460873 caccaattccatgttcggcgctattctagagacttgcaaagcttc-cttgagaatttaccaaaactttaagataagtttcattaggagacaagcaaatat 5460971  T
Q  403 tgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagt 445  Q
    ||||||  |||||||| ||||  | ||||||||||||||||||    
T  5460972 tgttgctgacttgttagctagaacatcattatcttatgctagt 5461014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 354 - 440
Target Start/End: Original strand, 29443757 - 29443842
Alignment:
Q  354 tgaatcatcaaaactttaagataag-tttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatg 440  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||   |||||| |||||||  |||  ||||||||| | ||||| | |||||||||||    
T  29443757 tgaatcatcaaaactttaagataagttttcatt--tagacaagcaaataaatttgttcacttgttagcaagggcattattatcttatg 29443842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000003; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 338 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 43000554 - 43000432
Alignment:
Q  338 tgcaaaacttcacttatgaatcatcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatctt 437  Q
    |||||| |||||||||  ||  ||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| ||| || | || |||||  ||| || |||||||||||    
T  43000554 tgcaaagcttcacttaaaaaaaatcaaaactttaatataagttttattaggagacaagcaaacaatattactcatttgtttgctaaggtgtcattatctt 43000455  T
Q  438 atgctagttcccgagttcatgat 460  Q
    |||||| || || ||||||||||    
T  43000454 atgctaatttccaagttcatgat 43000432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 248 - 285
Target Start/End: Original strand, 43381799 - 43381836
Alignment:
Q  248 gtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacgg 285  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43381799 gtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacgg 43381836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 385 - 446
Target Start/End: Original strand, 43381919 - 43381980
Alignment:
Q  385 taggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagtt 446  Q
    ||||||||||||||||| |||||| || |||||| | ||| |||||||||||||||||||||    
T  43381919 taggagacaaacaaatagtgttgctcatttgttaacaaggacgtcattatcttatgctagtt 43381980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 368 - 407
Target Start/End: Original strand, 29135150 - 29135189
Alignment:
Q  368 tttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttg 407  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  29135150 tttaagataagtttcgttaggagacaaataaataatgttg 29135189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 346 - 406
Target Start/End: Original strand, 35762788 - 35762849
Alignment:
Q  346 ttcacttatgaatcatcaaaactttaaga-taagtttcattaggagacaaacaaataatgtt 406  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| | ||| ||| |||| | |||||||||||||||||    
T  35762788 ttcacttgtgaatcatcaaaactttaatattaaattttattatgggacaaacaaataatgtt 35762849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000003; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 362 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 9738720 - 9738634
Alignment:
Q  362 caaaactttaagataagttt-cattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttc 447  Q
    |||||||||||||||  ||| ||||||| ||||| ||||||||||||| || |||||| |||| |||||||||||||||| ||||||    
T  9738720 caaaactttaagatattttttcattaggtgacaaccaaataatgttgctcatttgttagctagagcgtcattatcttatgttagttc 9738634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 370 - 448
Target Start/End: Original strand, 46107349 - 46107427
Alignment:
Q  370 taagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttcc 448  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||  |||||||||||| || |||||| |||| |||||||||| ||||| |||||||    
T  46107349 taagatacgtttcattaggtgacaagtaaataatgttgctcatttgttagctagagcgtcattatattatgttagttcc 46107427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 363 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 21330833 - 21330778
Alignment:
Q  363 aaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgtta 418  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||| || ||||||    
T  21330833 aaaactttaagataagttttattcggagacaaataaataatgttgctcatttgtta 21330778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 361 - 405
Target Start/End: Original strand, 43059104 - 43059148
Alignment:
Q  361 tcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgt 405  Q
    |||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  43059104 tcaaaattttaagataagtttcattataagacaaacaaataatgt 43059148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 363 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 35529090 - 35529008
Alignment:
Q  363 aaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagtt 446  Q
    |||| ||||| ||||||||||||| | ||||||||||| ||||||| || |||||| ||||   |||||||||||||| |||||    
T  35529090 aaaattttaaaataagtttcattaagcgacaaacaaatgatgttgctca-ttgttagctagaatgtcattatcttatgttagtt 35529008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 362 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 47798438 - 47798396
Alignment:
Q  362 caaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatg 404  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||    
T  47798438 caaaactttaagataagttttattaagagacaaataaataatg 47798396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 205 - 318
Target Start/End: Original strand, 17571196 - 17571309
Alignment:
Q  205 aaaagaagcgataatgtggcttggtactatgaggttttccagggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagc 304  Q
    ||||||||||||||  |  ||| ||| | ||||||||||   ||| |||||||||||| | || ||| | |||||||||| ||||||||||||  ||| |    
T  17571196 aaaagaagcgataaactaacttagtaatttgaggttttcttcggtctctatcgaacttaactgtaagtatgtggttgacgacatctctagcaatctcaac 17571295  T
Q  305 accaattccatgtt 318  Q
    ||||||| ||||||    
T  17571296 accaattacatgtt 17571309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 360 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 46016324 - 46016235
Alignment:
Q  360 atcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttccc 449  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||| |  ||||| |||| |||||||| || ||||||  ||| || ||||||||||||| | ||||||    
T  46016324 atcaaaactataatataagtttcatttgaggacaatcaaacaatgttgctcatttgttagttagagcatcattatcttatgtttgttccc 46016235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University