View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18927_high_1 (Length: 976)

Name: NF18927_high_1
Description: NF18927
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18927_high_1
NF18927_high_1
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (1-962)||(11859523-11860505)
chr5 (1-881)||(11827481-11828370)
chr5 (1-774)||(12038482-12039270)
chr5 (1-528)||(11902052-11902573)
chr5 (1-446)||(11731708-11732150)
chr5 (589-743)||(11902616-11902770)
chr5 (658-737)||(11731429-11731508)
chr5 (653-747)||(11974974-11975068)
chr5 (910-962)||(11827382-11827434)
chr5 (815-892)||(11902866-11902943)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 689; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 689; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 962
Target Start/End: Complemental strand, 11860505 - 11859523
Alignment:
1 tccaagcacccctctaagtcaagatggttgaggcaactcaaatcatccatgtcttttggcaattccttgaggacatgacattgagacagtttcaatgttt 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11860505 tccaagcatccctctaagtcaagatgattgaggcaactcaaatcgtccatgtcttttggcaattccttgaggacatgacattgagacagtttcaatgttt 11860406  T
101 gcaagtggataagatttgttatgcaactaggaagcttctccatgttgttatgggaaagatctagatacctcaagtacttcacatcctcaatagagctcgg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11860405 gcaagtggataagatttgttatgcaactaggaagcttctctatgttgttatgggaaagatctagatacctcaagtacttcacatcctcaatagagctcgg 11860306  T
201 aaccgtcttgatccccaaatcatgtagatccaacacgcgtagcgagcacttgaaggtgtcgaagatcttttcacaagttgatgttgtcacctttacctca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||     
11860305 aaccgtcttgatccccaaatcatgtagatccaacacgcgtagcgagcacttgaaggtgtcgaagatcttatcacaagttgatgttgtcacctttacctcg 11860206  T
301 tgcggaagctgagggttgttaatgttgtatggcaaaagaatggtccttagtttctttgctttctgaaacaccaaatcagggatctcacatgtaagatcta 400  Q
    | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
11860205 tacggaagccgagggttgttaatgttgtatggcaaaagaaaggtccttagtttctttgctttctgaaacaccaaatcagggatctcacatgaaagatcta 11860106  T
401 aagcaaaatcgaatgaaactcgtagcattccatcttgaactctttcccgcatcacatccatggtgatgttttcgttaccagtgatttcttgcgttgcgag 500  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||    
11860105 aagcaaaatcgaacgaaactcgcagcattccatcttgaaccctttcccccatcacatccacggtgatgttttcgttaccagcgatttcttgccttgcgag 11860006  T
501 tttatgcatcaaccgattcattctatataagtag---------ttgttcctcacaacaccgcagtactgatggtggtcactttcttttttcgctttatgg 591  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||         |||||||||||||||||||||||| |  ||| ||||||||||| || ||||| ||||    
11860005 tttatgcatcaacggattcattctatacaagcagttgttcatattgttcctcacaacaccgcagtaccggaggtagtcactttcttcttccgcttgatgg 11859906  T
592 aaaaccagaggaacgaagtcttcgaaacaagcttgaccaaattgttgttctgggttgacaagaaacccttcagcagtccagagttgaattaatctctctg 691  Q
    ||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
11859905 aaaaccaaaggaacaaagtctttgaaacaagcttgaccaaattgttgttctggattgataagaaacccttcagccgtccagagttgaatcaatctctctg 11859806  T
692 catcaatcaaataatcttctggaaacaatgaacaatatgcaaagcataacttctgataagtgggaaaattgtcgtaatagataaacttaagcatttccat 791  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||| |     
11859805 catcaatcaaataatcttctggaaacaatgaacaatatgcgaagcataacttctgataagtgggaaggttgtcgtaatagataaacttaagcgtttctaa 11859706  T
792 tgcttctggaatccagttgtc------accaccaccaccactttgcttcatcatcaacgtcgctacgatcacaatcaaaagaggaactccaccacaaccc 885  Q
    |||||  ||||||||||||||      |||||||||||||||||||||| |||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||     
11859705 tgctttcggaatccagttgtcaccacgaccaccaccaccactttgcttcttcattaccatcgctacgatcacaatcaaaagaggaactccagcacaacct 11859606  T
886 tccacgatctcccgttcatgttca------ggttcaatggtgctttgttcttttttggctgaagtaattggtccatgaatctg 962  Q
    ||||| |||||||||||| |||||      |||||| ||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
11859605 tccacaatctcccgttcaggttcacgttcgggttcagtggtgctttgcacttttttggttgaagtaattggtccatgaatctg 11859523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 558; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 881
Target Start/End: Complemental strand, 11828370 - 11827481
Alignment:
1 tccaagcacccctctaagtcaagatggttgaggcaactcaaatcatccatgtcttttggcaattccttgaggacatgacattgagacagtttcaatgttt 100  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
11828370 tccaagcatccatctaagtcaagatggttaaggcaactcaaatcatccatgtcttttggcaattctttgaggacatgacatcgagacagtttcaacgttt 11828271  T
101 gcaagtggataagatttgttatgcaactaggaagcttctccatgttgttatgggaaagatctagatacctcaagtacttcacatcctcaatagagctcgg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
11828270 gcaagtggataagatttgttatgcaactaggaagcttctccatgttgttatgtgaaagatctagatacctcaagtacttcacatcctcaatagagcttgg 11828171  T
201 aaccgtcttgatccccaaatcatgtagatccaacacgcgtagcgagcacttgaaggtgtcgaagatcttttcacaagttgatgttgtcacctttacctca 300  Q
    ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||     
11828170 aactgtcttgatccccaagtcatgtagatccaacacgcgtagcgagtacttgaaggtgtcgaagatcttatcacaagttgacgttgtcatctttacctcg 11828071  T
301 tgcggaagctgagggttgttaatgttgtatggcaaaagaatggtccttagtttctttgctttctgaaacaccaaatcagggatctcacatgtaagatcta 400  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
11828070 tgcggaagacgagggttgttaatgttgtatggcaaaagaatggtccttagtttctttgctgtctgaaacaccgaatcagggatctcacatgaaagatcta 11827971  T
401 aagcaaaatcgaatgaaactcgtagcattccatcttgaactctttcccgcatcacatccatggtgatgttttcgttaccagtgatttcttgcgttgcgag 500  Q
    ||||||||| ||| |||||||| ||| | ||  |  ||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||  ||||||||  |||||||    
11827970 aagcaaaattgaacgaaactcgcagcgtcccgccacgaactctctcccccatcacatccacggtgatgttttcgtcaccagcaatttcttgtcttgcgag 11827871  T
501 tttatgcatcaaccgattcattctatataagta---------gttgttcctcacaacaccgcagtactgatggtggtcactttcttttttcgctttatgg 591  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| || ||||| ||||    
11827870 tttatgcattaaccgattcattctatataagtagttgttcatgttgttcctcacaacaccgcagtacttctggtggtcactttcttcttccgcttgatgg 11827771  T
592 aaaaccagaggaacgaagtcttcgaaacaagcttgaccaaattgttgttctgggttgacaagaaacccttcagcagtccagagttgaattaatctctctg 691  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
11827770 aaaaccaaaggaacaaagtcttcgaaacaagcatgaccaaattgttgttctggattgataagaaacccttcaccagtccagagttgaatcaatctctctg 11827671  T
692 catcaatcaaataatcttctggaaacaatgaacaatatgcaaagcataacttctgataagtgggaaaattgtcgtaatagataaacttaagcatttccat 791  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||| ||| | | |||| |     
11827670 catcaatcaaataatcttctggaaacaatgaacaatatgcaaagcataatttctgataagtgggaagatcgtcgtaatagataagcttcaccttttctag 11827571  T
792 tgcttctggaatccagttgtcaccaccaccaccactttgcttcatcatcaacgtcgctacgatcacaatcaaaagaggaactccaccaca 881  Q
    ||||||  ||||||| |  ||||||||| ||||||| |||||| |||||| | | || |||||||| |||||||| || || ||||||||    
11827570 tgcttcccgaatccattcttcaccaccaacaccactatgcttcgtcatcacctttgcaacgatcactatcaaaagggggaccccaccaca 11827481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 275; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 1 - 774
Target Start/End: Complemental strand, 12039270 - 12038482
Alignment:
1 tccaagcacccctctaagtcaagatggttgaggcaactcaaatcatccatgtcttttggcaattccttgaggacatgacattgagacagtttcaatgttt 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||| ||||    
12039270 tccaagcatccctctaagtcaagatggttgaggcaactcaaatcatccatgtcttttggcaattccttgagaaaatgacattgagaaagtttcaacgttt 12039171  T
101 gcaagtggataagatttgttatgcaactaggaagcttctccatgttgttatgggaaagatctagatacctcaagtacttcacatcctcaatagagctcgg 200  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
12039170 gcaagtggataagagttgtgatgcaactaggaagcttctctatgttgttatgagaaagatctagatacctcaagtacttcacctcttcaatagagctcgg 12039071  T
201 aaccgtcttgatccccaaatcatgtagatccaacacgcgtagcgagcacttgaaggtgtcgaagatcttttcacaagttgatgttgtcacctttacctca 300  Q
    || ||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||| |   |||  ||||||||||  |||||||| ||||| ||||||||||||| || ||||||     
12039070 aatcgtcttgatccccaagtcatgcatatctaacacgcgca--tagc-tttgaaggtgttaaagatcttatcacaggttgatgttgtcatctgtacctcg 12038974  T
301 tgcggaagctgagggttgttaatgttgtatggcaaaagaatggtccttagtttctttgctttctgaaacaccaaatcagggatctcacatgtaagatcta 400  Q
    |  |||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||| ||||||  |||| |||||| ||||    | |||||    
12038973 tcaggaagccgagggttgtcagtgttgtatggcaaaagaatggtcctcagttttttagctttctcaaacacacaatctgggatcccacacaacaaatcta 12038874  T
401 aagcaaaatcgaatgaaactcgtagcattccatcttgaactctttcccgcatcacatccatggtgatgttttcgttac---cagtgatttcttgcgttgc 497  Q
    ||||| |||| || |||||||||||||||||||| ||||| |  |||| ||||  ||||| ||||||||||||   ||   |  || |  || || ||||    
12038873 aagcataatcaaacgaaactcgtagcattccatcgtgaacaccctcccccatcgaatccacggtgatgttttcacgactgtcgatggtgactagccttgc 12038774  T
498 gagtttatgcatcaaccgattcattctatataagta---gttgttcctcacaacaccgcagtactgatggtggtcactttcttttttcgctttatggaaa 594  Q
     ||||||||||| ||| | || ||||||||||||||   ||||||  |||||||||| | |||    ||||  ||  |||||| || | ||| ||| |||    
12038773 aagtttatgcattaacgggtttattctatataagtagttgttgtttgtcacaacaccaccgta---ttggttttcgttttcttcttccacttgatgaaaa 12038677  T
595 accagaggaacgaagtcttcgaaacaagcttgaccaaattgttgttctgggtt----------gaca-----agaaacccttcagcagtccagagttgaa 679  Q
    |||| |||||| ||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||| ||          || |     ||||| |||||||| ||||| |||||||    
12038676 accaaaggaacaaagtcgttgaaacaagctcgaccaaattgttgttctggattgttgtttgaggaaattgttagaaatccttcagccgtccaaagttgaa 12038577  T
680 ttaatctctctgcatcaatcaaataatcttctggaaacaatgaacaatatgcaaagcataacttctgataagtgggaaaattgtcgtaatagata 774  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||  ||||||||||||    
12038576 ttaatctctcggcatcaattaaataatcttctggaaacaatgaacaatatgcaaagcacaacttctgatacgtgggaagatcttcgtaatagata 12038482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 528
Target Start/End: Original strand, 11902052 - 11902573
Alignment:
1 tccaagcacccctctaagtcaagatggttgaggcaactcaaatcatccatgtcttttggcaattccttgaggacatgacattgagacagtttcaatgttt 100  Q
    |||| ||| ||||| | |||||||||||||||||||||||   |||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||| || | |||||||||||    
11902052 tccaggcatccctcaatgtcaagatggttgaggcaactcaggccatccaagtcttttggcaattccttgaggatgtgacattgtgataatttcaatgttt 11902151  T
101 gcaagtggataagatttgttatgcaactaggaagcttctccatgttgttatgggaaagatctagatacctcaagtacttcacatcctcaatagagctcgg 200  Q
    ||||||||||||| || || ||| ||||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  | ||    
11902152 gcaagtggataagcttagtgatggaactaggtagcttttctatgttgttatgagaaagatctagatacctcaagtacttcacctcctcaatagatgttgg 11902251  T
201 aaccgtcttgatccccaaatcatgtagatccaacacgcgtagcgagcacttgaaggtgtcgaagatcttttcacaagttgatgttgtcacctttacctca 300  Q
    |||| |||| |||||||| ||||||||||||| ||| |||||   | |||||||||||| ||||||||| || || ||||||||||||| ||| |||||     
11902252 aaccatcttaatccccaagtcatgtagatccagcacacgtag---ggacttgaaggtgttgaagatcttatcgcatgttgatgttgtcatcttcacctcg 11902348  T
301 tgcggaagctgagggttgttaatgttgtatggcaaaagaatggtccttagtttctttgctttctgaaacaccaaatcagggatctcacatgtaagatcta 400  Q
    || |||||  ||||||||||| || |||| |||||||||||||| || |||||||||||||| |  |||| ||| || |||||| ||||||  ||||| |    
11902349 tgtggaaggcgagggttgttagtgctgtacggcaaaagaatggttctcagtttctttgctttatcgaacaacaagtctgggatcccacatgacagatcca 11902448  T
401 aagcaaaatcgaatgaaactcgtagcattccatcttgaactctttcccgcatcacatccatggtgatgttttcgttaccagtgatttcttgcgttgcgag 500  Q
    |||||||||| |||||| |||| | ||||||| ||| |||| | |||| ||||  || ||  || |||||||| | ||  ||||   || || |||||||    
11902449 aagcaaaatcaaatgaagctcgcaacattccacctttaactttatcccccatcgaattcacagtcatgttttcttcacaggtga---ctagccttgcgag 11902545  T
501 tttatgcatcaaccgattcattctatat 528  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||    
11902546 tttatgcattaaccgattcattctatat 11902573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 139; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 11732150 - 11731708
Alignment:
1 tccaagcacccctctaagtcaagatggttgaggcaactcaaatcatccatgtcttttggcaattccttgaggacatgacattgagacagtttcaatgttt 100  Q
    |||||||| ||||| | || ||||||| |||||| | ||| ||| | || |||||||||||||||||||||||||||||| |  || |||||||| ||||    
11732150 tccaagcaaccctcaatgttaagatggctgaggcgagtcagatccttcaagtcttttggcaattccttgaggacatgacagtaggagagtttcaaggttt 11732051  T
101 gcaagtggataagatttgttatgcaactaggaagcttctccatgttgttatgggaaagatctagatacctcaagtacttcacatcctcaatagagctcgg 200  Q
    |||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||| |||||||||| ||||  |||||||||||| | ||    
11732050 gcaaatggataagctttgtgatgcaactaggaagcttctctatgttgttgtgggatagatctagaaacctcaagtatttcatctcctcaatagaggttgg 11731951  T
201 aaccgtcttgatccccaaatcatgtagatccaacacgcgtagcgagcacttgaaggtgtcgaagatcttttcacaagttgatgttgtcacctttacctca 300  Q
     ||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||    ||  | |||||||||||| ||||||||| ||||| ||||  || |||| ||| |||||     
11731950 tacaatcttgatccccaagtcatgtagatccaacacg---tgcatggacttgaaggtgttgaagatcttatcacaggttggcgtcgtcatcttcacctcg 11731854  T
301 tgcggaagctgagggttgttaatg---ttgtatggcaaaagaatggtccttagtttctttgctttctgaaacaccaaatcagggatctcacatgtaagat 397  Q
    || |||||| ||||||||||||||   ||||||||||| | ||||||||| |||||||||||| |   ||||| | |||| || ||| |||| | |||||    
11731853 tgtggaagccgagggttgttaatgtttttgtatggcaataaaatggtcctcagtttctttgctat---aaacatcgaatctggaatcccacacgaaagat 11731757  T
398 ctaaagcaaaatcgaatgaaactcgtagcattccatcttgaactctttc 446  Q
    | ||| ||||||| || ||| |||| |||||||| |||| |||| ||||    
11731756 ccaaaccaaaatcaaacgaagctcgcagcattccttcttcaactttttc 11731708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 589 - 743
Target Start/End: Original strand, 11902616 - 11902770
Alignment:
589 tggaaaaccagaggaacgaagtcttcgaaacaagcttgaccaaattgttgttctgggttgacaagaaacccttcagcagtccagagttgaattaatctct 688  Q
    ||||||||||  ||||| ||||| | |||||||| | ||| ||||||||||| |||  ||   ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
11902616 tggaaaaccaacggaacaaagtcattgaaacaaggtcgacaaaattgttgttgtggaatggtgagaaatccttcagcagtccagagttcaattaatctct 11902715  T
689 ctgcatcaatcaaataatcttctggaaacaatgaacaatatgcaaagcataactt 743  Q
    | ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
11902716 cagcatcaatcaaataatctcttggaaacaatgaacaatatgcaaaacataactt 11902770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 658 - 737
Target Start/End: Complemental strand, 11731508 - 11731429
Alignment:
658 ccttcagcagtccagagttgaattaatctctctgcatcaatcaaataatcttctggaaacaatgaacaatatgcaaagca 737  Q
    |||||||||  ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||    
11731508 ccttcagcaaaccaaagttgaattaatctctcggcatcaatcaaatgatgttctggaaacaatgaacaaaatgcaaagca 11731429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 653 - 747
Target Start/End: Original strand, 11974974 - 11975068
Alignment:
653 gaaacccttcagcagtccagagttgaattaatctctctgcatcaatcaaataatcttctggaaacaatgaacaatatgcaaagcataacttctga 747  Q
    |||| ||||| || ||| |||| ||||||||||||||  |||||||||||| |||||  ||||||||||||||| || |||| || |||||||||    
11974974 gaaatccttctgctgtcaagagatgaattaatctctcgacatcaatcaaatgatcttgaggaaacaatgaacaaaattcaaaacaaaacttctga 11975068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 910 - 962
Target Start/End: Complemental strand, 11827434 - 11827382
Alignment:
910 ggttcaatggtgctttgttcttttttggctgaagtaattggtccatgaatctg 962  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
11827434 ggttcgatggtgctttgtgcttttttggttgaagtaattggtccataaatctg 11827382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 815 - 892
Target Start/End: Original strand, 11902866 - 11902943
Alignment:
815 caccaccaccactttgcttcatcatcaacgtcgctacgatcacaatcaaaagaggaactccaccacaaccctccacga 892  Q
    |||||||| ||||||| ||| |||||||| | |||||| ||||||||  |||||| |||||||||||| ||| |||||    
11902866 caccaccagcactttggttcttcatcaacattgctacggtcacaatcgcaagagggactccaccacaatccttcacga 11902943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University