View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18928_low_9 (Length: 486)

Name: NF18928_low_9
Description: NF18928
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18928_low_9
NF18928_low_9
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (17-471)||(13388873-13389327)
chr5 (17-399)||(13385124-13385506)
chr5 (17-394)||(13419420-13419797)
chr5 (17-385)||(13413075-13413443)
chr5 (34-380)||(13393371-13393717)
chr5 (61-395)||(13426355-13426689)
chr5 (44-372)||(13453951-13454279)
chr5 (34-356)||(13446988-13447310)
chr5 (408-469)||(13385039-13385100)
chr5 (71-116)||(13379012-13379057)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (17-405)||(47601242-47601630)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (287-375)||(28430352-28430440)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 427; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 427; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 13389327 - 13388873
Alignment:
Q  17 acaacacctatacgaagaccaggtttatcgagtccataatatctaagaggactgtacacagtgatcccagcacaaaggagaggtgcagcagcttcaagtg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13389327 acaacacctatacgaagaccaggtttatcgagtccataatatctaagaggactgtacacagtgatcccagcacaaaggagaggtgcagcagcttcaagtg 13389228  T
Q  117 gtaatccatcaggaatgtgaaccacgaagttctcatcagcaaccaatgagtcagaataacctccatatgtgctcgttccatcgcgatacttggcaccaca 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13389227 gtaatccatcaggaatgtgaaccacgaagttctcatctgcaaccaatgagtcagaataacctccatatgtgctcgttccatcgcgatacttggcaccaca 13389128  T
Q  217 tgtgaaagtaaatgtggcacagtaattttcaagattgtcaacacaatttttacatgatcgacatgaatctaccatgtagccaacacctactttgtctcca 316  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13389127 tgtgaaagtaaatgtgggacagtaattttcaagattgtcaacacaattttgacatgatcgacatgaatcaaccatgtagccaacacctactttgtctcca 13389028  T
Q  317 acattgaacttttctactttgcttcccacctttgtcactataccaacaatctcatgcctgtaattattatataaattagaatctaaatataaagacttta 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  13389027 acattgaacttttctactttgcttcccacctttgtcactataccaacaatctcatgcctgtatttattatataaattagaatctaaatacaatgacttta 13388928  T
Q  417 agacttctataggatgatttgattagaacataccccggaactaggggataggtag 471  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13388927 agacttctataggatgatttgattagaacataccccggaactaggggataggtag 13388873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 17 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 13385506 - 13385124
Alignment:
Q  17 acaacacctatacgaagaccaggtttatcgagtccataatatctaagaggactgtacacagtgatcccagcacaaaggagaggtgcagcagcttcaagtg 116  Q
    |||||||| | | ||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13385506 acaacaccgacatgaagaccaggtttgtcgagtccaaagtatctaagaggactgtacacagtgatcccagcacaaaggagaggtgcagcagcttcaagtg 13385407  T
Q  117 gtaatccatcaggaatgtgaaccacgaagttctcatcagcaaccaatgagtcagaataacctccatatgtgctcgttccatcgcgatacttggcaccaca 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||| | |||| | |||||||| |||| | || |||||      
T  13385406 gtaatccatcaggaatgtgaaccacgaagttctcagccacaaccaatgagtcagaataacctccgtgtgtgatggttccatcacgatgcatgccaccaac 13385307  T
Q  217 tgtgaaagtaaatgtggcacagtaattttcaagattgtcaacacaatttttacatgatcgacatgaatctaccatgtagccaacacctactttgtctcca 316  Q
    |||   |||  ||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||    
T  13385306 tgtagtagtgtatgcggggcagtaattttcaagattgtcaacacaattttgacacgatcgacatgaatcaattatgtagccaacacctactttgtctcca 13385207  T
Q  317 acattgaacttttctactttgcttcccacctttgtcactataccaacaatctcatgcctgtaattattatataaattagaatc 399  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  13385206 acattgaacttttctactttgcttcccacctttgtcactataccaacaatctcatgcctgtatttcttatataaattagaatc 13385124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 17 - 394
Target Start/End: Original strand, 13419420 - 13419797
Alignment:
Q  17 acaacacctatacgaagaccaggtttatcgagtccataatatctaagaggactgtacacagtgatcccagcacaaaggagaggtgcagcagcttcaagtg 116  Q
    ||||||||||||   | |||||| || |||||| || ||| || ||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| |||||  | ||||| ||||| |    
T  13419420 acaacacctatattcataccaggcttgtcgagttcaaaatgtcgaagaggactatacactgtgattccagcgcaaagaagaggaccggcagcatcaagag 13419519  T
Q  117 gtaatccatcaggaatgtgaaccacgaagttctcatcagcaaccaatgagtcagaataacctccatatgtgctcgttccatcgcgatacttggcaccaca 216  Q
    |||| | |||||||||| ||| ||| |||| ||| || ||||||| |||||| || |||||||||||||||   || ||||| |||||||| ||||||||    
T  13419520 gtaagctatcaggaatgcgaatcacaaagtgctcgtctgcaaccattgagtcggagtaacctccatatgtgacggtgccatcacgatactttgcaccaca 13419619  T
Q  217 tgtgaaagtaaatgtggcacagtaattttcaagattgtcaacacaatttttacatgatcgacatgaatctaccatgtagccaacacctactttgtctcca 316  Q
    |||||  |||||||| |  |||||||| ||||||| |||| |||||||||  ||||| ||||||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||    
T  13419620 tgtgactgtaaatgttgggcagtaattctcaagatcgtcagcacaattttggcatgaacgacatgaatcaaccatgtatcccacaccaactttgtctcca 13419719  T
Q  317 acattgaacttttctactttgcttcccacctttgtcactataccaacaatctcatgcctgtaattattatataaatta 394  Q
    || || |||||||||||||||||||| ||||  || ||||||||  |||  ||||||||| | |||||| ||||||||    
T  13419720 actttaaacttttctactttgcttccaacctcggttactatacccgcaagttcatgcctgcatttattaaataaatta 13419797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 17 - 385
Target Start/End: Original strand, 13413075 - 13413443
Alignment:
Q  17 acaacacctatacgaagaccaggtttatcgagtccataatatctaagaggactgtacacagtgatcccagcacaaaggagaggtgcagcagcttcaagtg 116  Q
    |||||||||||| | | |||||| |||||||||||| || ||| ||||||||| || || ||||  |||||||||||||||||  |||||  |||||| |    
T  13413075 acaacacctatatgtaaaccaggcttatcgagtccaaaaaatcgaagaggactatatacggtgacaccagcacaaaggagaggaccagcaaattcaagag 13413174  T
Q  117 gtaatccatcaggaatgtgaaccacgaagttctcatcagcaaccaatgagtcagaataacctccatatgtgctcgttccatcgcgatacttggcaccaca 216  Q
    |||     ||||||||| ||| ||| |||| ||| || ||||||| |||||| || ||||||||||| |||   |||||||| |||||||||||||||||    
T  13413175 gtatgttgtcaggaatgcgaatcacaaagtgctcgtctgcaaccattgagtcggagtaacctccataagtgacggttccatcacgatacttggcaccaca 13413274  T
Q  217 tgtgaaagtaaatgtggcacagtaattttcaagattgtcaacacaatttttacatgatcgacatgaatctaccatgtagccaacacctactttgtctcca 316  Q
    |||||    |||| |||  |||||||| ||||||||||||  ||||| ||  ||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||    
T  13413275 tgtgactacaaatttggggcagtaattctcaagattgtcattacaatcttggcatgatcgacatgaatcaatcaagtagccaacacctactttgtctcca 13413374  T
Q  317 acattgaacttttctactttgcttcccacctttgtcactataccaacaatctcatgcctgtaattatta 385  Q
    || || ||||| || ||||||||||| || | ||| ||||||||  ||| |||||||||||| ||||||    
T  13413375 actttaaacttctccactttgcttcctacttctgttactatacccgcaagctcatgcctgtatttatta 13413443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 34 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 13393717 - 13393371
Alignment:
Q  34 accaggtttatcgagtccataatatctaagaggactgtacacagtgatcccagcacaaaggagaggtgcagcagcttcaagtggtaatccatcaggaatg 133  Q
    |||||| || ||||||||| |||||| ||||||||| |||||||| || || |||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  13393717 accaggcttgtcgagtccaaaatatcgaagaggactatacacagtaataccggcacaaaggagaggagcagcagattcaagtggtaagccatcaggaatg 13393618  T
Q  134 tgaaccacgaagttctcatcagcaaccaatgagtcagaataacctccatatgtgctcgttccatcgcgatacttggcaccacatgtgaaagtaaatgtgg 233  Q
    ||||| |  |||| |||||| ||||||| ||||||||| || |||||||||||| |  ||||||| |  || ||||||| | ||||    ||   | | |    
T  13393617 tgaactataaagtgctcatctgcaaccattgagtcagagtaccctccatatgtgatgcttccatcactgtatttggcactatatgtatttgtttgtttag 13393518  T
Q  234 cacagtaattttcaagattgtcaacacaatttttacatgatcgacatgaatctaccatgtagccaacacctactttgtctccaacattgaacttttctac 333  Q
      || ||||| |||||||| ||  |||| ||||  ||||  ||||| ||||| || | | | || ||||| |||||||||||||  |||||||| |||||    
T  13393517 ggcaataattctcaagattttcctcacagttttggcatgcacgacacgaatcaactaagcatcccacacccactttgtctccaattttgaacttctctac 13393418  T
Q  334 tttgcttcccacctttgtcactataccaacaatctcatgcctgtaat 380  Q
    ||||||||| ||||  |||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  13393417 tttgcttcctacctccgtcactataccagcaatctcatgcctataat 13393371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 61 - 395
Target Start/End: Original strand, 13426355 - 13426689
Alignment:
Q  61 aagaggactgtacacagtgatcccagcacaaaggagaggtgcagcagcttcaagtggtaatccatcaggaatgtgaaccacgaagttctcatcagcaacc 160  Q
    ||||||||| ||||| ||||  ||||| ||||| |||||  | ||| | ||||| ||||| | |||||||||| ||| ||| |||| |||||| ||||||    
T  13426355 aagaggactatacactgtgactccagcgcaaagaagaggaccggcaacatcaagaggtaagctatcaggaatgcgaatcacaaagtgctcatctgcaacc 13426454  T
Q  161 aatgagtcagaataacctccatatgtgctcgttccatcgcgatacttggcaccacatgtgaaagtaaatgtggcacagtaattttcaagattgtcaacac 260  Q
    | |||||| ||||||||||||||||||    | ||||| |||||||| ||||||||||| |  ||   |  ||  |||||||| |||||||  ||  |||    
T  13426455 attgagtcggaataacctccatatgtgacgctgccatcacgatacttagcaccacatgtaactgtttgttgggggcagtaattctcaagatcttccgcac 13426554  T
Q  261 aatttttacatgatcgacatgaatctaccatgtagccaacacctactttgtctccaacattgaacttttctactttgcttcccacctttgtcactatacc 360  Q
    ||||||  ||||| ||||||||||| |||||||| || || ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||| ||| || |||||    
T  13426555 aattttcgcatgaacgacatgaatcaaccatgtatcccactcctactttgtctccaactttaaacttttctactttgcttccaacctctgttacaatacc 13426654  T
Q  361 aacaatctcatgcctgtaattattatataaattag 395  Q
      |||  ||||||||| | || ||| |||||||||    
T  13426655 cgcaagttcatgcctgcattttttaaataaattag 13426689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 44 - 372
Target Start/End: Original strand, 13453951 - 13454279
Alignment:
Q  44 tcgagtccataatatctaagaggactgtacacagtgatcccagcacaaaggagaggtgcagcagcttcaagtggtaatccatcaggaatgtgaaccacga 143  Q
    ||||||||| ||| || ||||||||| || || || |||||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||   ||| |||||| ||| ||| |    
T  13453951 tcgagtccaaaatgtcgaagaggactatatacggttatcccagcacaaaggagaggagcagctgcatcaagaggtaactgatctggaatgcgaaacacaa 13454050  T
Q  144 agttctcatcagcaaccaatgagtcagaataacctccatatgtgctcgttccatcgcgatacttggcaccacatgtgaaagtaaatgtggcacagtaatt 243  Q
    ||| ||| || | ||||| |||||||||  | |||||||  ||||| |||||||| |  || |||| ||||   ||||  || |||  || |||||||||    
T  13454051 agtgctcgtcggaaaccattgagtcagagaagcctccatgagtgctggttccatcactgtatttggaaccatcagtgagtgtcaattggggacagtaatt 13454150  T
Q  244 ttcaagattgtcaacacaatttttacatgatcgacatgaatctaccatgtagccaacacctactttgtctccaacattgaacttttctactttgcttccc 343  Q
     |||||||| ||||||||||||| ||||||  |||| ||||| |||| | | || ||||||||| |||||||||| ||||||||||  ||||||||||||    
T  13454151 ctcaagattatcaacacaattttgacatgagtgacaagaatcaaccaagcatcccacacctactctgtctccaactttgaactttttcactttgcttccc 13454250  T
Q  344 acctttgtcactataccaacaatctcatg 372  Q
    || | ||| ||||| |||||||| |||||    
T  13454251 acttctgtaactatgccaacaatttcatg 13454279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 34 - 356
Target Start/End: Original strand, 13446988 - 13447310
Alignment:
Q  34 accaggtttatcgagtccataatatctaagaggactgtacacagtgatcccagcacaaaggagaggtgcagcagcttcaagtggtaatccatcaggaatg 133  Q
    |||||| || ||||||||| ||| || ||||||||| ||||| ||||  ||||| ||||| |||||  | ||| | ||||| ||||| | ||||||||||    
T  13446988 accaggcttgtcgagtccaaaatgtcgaagaggactatacactgtgactccagcgcaaagaagaggaccggcaccatcaagaggtaagctatcaggaatg 13447087  T
Q  134 tgaaccacgaagttctcatcagcaaccaatgagtcagaataacctccatatgtgctcgttccatcgcgatacttggcaccacatgtgaaagtaaatgtgg 233  Q
     ||| ||| |||| ||| || ||||||| |||||| ||  |||||||||| ||| | || ||||| ||| ||||  ||    ||||   |||| || |||    
T  13447088 cgaatcacaaagtgctcgtctgcaaccattgagtcggagaaacctccataggtgatagtgccatcacgagacttaccattgaatgtttgagtatatttgg 13447187  T
Q  234 cacagtaattttcaagattgtcaacacaatttttacatgatcgacatgaatctaccatgtagccaacacctactttgtctccaacattgaacttttctac 333  Q
      |||||||| |||| || |||  |||||||||  || || ||||||||||| |||||||| || || ||||||||||||||||| || ||||||| |||    
T  13447188 tgcagtaattctcaatatcgtcggcacaattttcgcaagaacgacatgaatcaaccatgtatcccacccctactttgtctccaactttaaacttttttac 13447287  T
Q  334 tttgcttcccacctttgtcacta 356  Q
    |||||||||||||| ||| ||||    
T  13447288 tttgcttcccacctctgttacta 13447310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 408 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 13385100 - 13385039
Alignment:
Q  408 aagactttaagacttctataggatgatttgattagaacataccccggaactaggggataggt 469  Q
    ||||||||||||||| | || ||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  13385100 aagactttaagacttttctaagataatttaattagaacataccccggaactagtggataggt 13385039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 71 - 116
Target Start/End: Original strand, 13379012 - 13379057
Alignment:
Q  71 tacacagtgatcccagcacaaaggagaggtgcagcagcttcaagtg 116  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||    
T  13379012 tacactgtgatcccagcacaaaggagaggagcggcagcatcaagtg 13379057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 173; Significance: 8e-93; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 8e-93
Query Start/End: Original strand, 17 - 405
Target Start/End: Original strand, 47601242 - 47601630
Alignment:
Q  17 acaacacctatacgaagaccaggtttatcgagtccataatatctaagaggactgtacacagtgatcccagcacaaaggagaggtgcagcagcttcaagtg 116  Q
    |||||||||||| | | ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||| ||||| || |||||||| ||||| |||| |||||||||||    
T  47601242 acaacacctatatgcataccaggtttatcgagtccaaaatatcgaagaggactatacactgtgataccggcacaaagaagaggagcagtagcttcaagtg 47601341  T
Q  117 gtaatccatcaggaatgtgaaccacgaagttctcatcagcaaccaatgagtcagaataacctccatatgtgctcgttccatcgcgatacttggcaccaca 216  Q
    | || ||||| |||||||||||||| |||| ||| ||  |||||| ||||||||| |||||||| |||||| | || ||||| ||||| |||||||||||    
T  47601342 gcaaaccatcgggaatgtgaaccacaaagtgctcgtctacaaccattgagtcagagtaacctccgtatgtggtggtgccatcacgatatttggcaccaca 47601441  T
Q  217 tgtgaaagtaaatgtggcacagtaattttcaagattgtcaacacaatttttacatgatcgacatgaatctaccatgtagccaacacctactttgtctcca 316  Q
    ||||   |||||    | ||| ||| |||||||||| ||| ||||||||| ||| ||||  |||||||| | |||| |||||||||| ||||||||||||    
T  47601442 tgtggctgtaaagcgaggacaataactttcaagattttcagcacaattttgacacgatctgcatgaatcgatcatgaagccaacacccactttgtctcca 47601541  T
Q  317 acattgaacttttctactttgcttcccacctttgtcactataccaacaatctcatgcctgtaattattatataaattagaatctaaata 405  Q
    || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||    
T  47601542 actttgaacttttctactttgcttcccacttttgtcactataccaacaatctcatgtctgtatttcttatataaattagaatcaaaata 47601630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000007; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 287 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 28430440 - 28430352
Alignment:
Q  287 accatgtagccaacacctactttgtctccaacattgaacttttctactttgcttcccacctttgtcactataccaacaatctcatgcct 375  Q
    |||||| | ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||| ||| |||  |||||||| ||| |||  ||| |||||||| |||||    
T  28430440 accatgcacccaacacctaccttgtctccaactttgaatttttgtaccttgtctcccacctctgttacttcacctacaatctcgtgcct 28430352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University