View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18929_low_2 (Length: 668)

Name: NF18929_low_2
Description: NF18929
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18929_low_2
NF18929_low_2
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (13-668)||(45100497-45101174)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 508; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 508; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 668
Target Start/End: Original strand, 45100497 - 45101174
Alignment:
Q  13 ttatactatgtgggacgtacactttgaattaaaaaatatgtttagtatccgatatgtgttggtatatgacaatgatataacattgtcattgttatt---- 108  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        
T  45100497 ttatactatgtgggacctacactttgaattaaaaaatatgtttagtatccgacatgtgttggtatatgacaatgatataacattgtcattgttattgtta 45100596  T
Q  109 --ttaatgtttgtgtctatgtctatgtttcattgctcgtatcttattatttattatacatgg--aaatttgttgaaaaatttgcat-----------ttt 193  Q
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||   | |  ||| |  ||           |||    
T  45100597 ttttaatgtttgtgtctatgtctatgttttattgctcgtatcttattatttgttatacatggaaaaattgcataagtaatatatatatatcaaagtattt 45100696  T
Q  194 gccaaccaaacatcccactatgatggtagtttacagatcacactcagaggttgatgttagcatcaatttccttagcttagataagatgatggacctttgt 293  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  45100697 gccaaccagacatcccactatgatagtagtttgcagatcacactcagaggttgatgttagcatcaatttcctgagcttagataagatgatggacctttgt 45100796  T
Q  294 aactaaagccaccaattggcaaagcatatatagtgtatgtgtcgctcaatccttatctggggaaatagtagggtactgttattaattctcattatctggt 393  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45100797 aactaaagccaccaattggcaaagcatatatagtgtatgtgtcgctcaatccttatctggggaaatagtagggtactgttattaattctcattatctggt 45100896  T
Q  394 gcatgccagcttcacataaggcagtgcctgattaatttattctttgggtatttcttgtactatagta---tagtatatactctaattctacttagtgctt 490  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  45100897 gcatgccagcttcacataaggcagtgcctgattaatttattctttgggtatttcttgcactatagtatagtagtatatactctaattctgcttagtgctt 45100996  T
Q  491 ggtggaatttttagtattgttgccacatggcatttgcgtagtccctcaatggctccatctcttttttgtgtgtggtagaaaccatatcatccctctttct 590  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45100997 ggtggaatttttagtattgttgccacatggcatttgcgtagtccctcaatggctccatctcttttttgtgtgtggtagaaaccatatcatccctctttct 45101096  T
Q  591 catcctcgaattatatgctttataaatacataaattcataatgattaataactctcaacaataattcctacttcttca 668  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  45101097 catcctcgaattatatgctttataaacacataaattcataatgattaataactctcaacaatagttcctacttcttca 45101174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University