View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18936_low_1 (Length: 886)

Name: NF18936_low_1
Description: NF18936
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18936_low_1
NF18936_low_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (7-886)||(38930746-38931631)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 810; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 810; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 886
Target Start/End: Complemental strand, 38931631 - 38930746
Alignment:
Q  7 gtgaaggagaagaagaggaagtggtagaagagagagaaacaaaaactaaagagcattgtcaccatggtgaaaaagaaagaagccatggtgagagaacaag 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38931631 gtgaaggagaagaagaggaagtggtagaagagagagaaacaaaaactaaagagcattgtcaccatggtgaaaaagaaagaagccatggtgagagaacaag 38931532  T
Q  107 aaccagagaacatgaagaacaacacaacttcttcgatgaaaccgtttgcacattgaagcttcatgagaacatagctgatccttcacgtgccgatgtgttt 206  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38931531 aaccagagaacatgaaggacaacacaacttcttcgatgaaactgtttgcacattgaagcttcatgagaacatagctgatccttcacgtgccgatgtgttt 38931432  T
Q  207 aacccaagagcaggtcgtataacgaatgtcaatagtttgactctcccagttctcaaattgcttcatcttagtgcccaatgggtttacctctacaaggtaa 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38931431 aacccaagagcaggtcgtataacgaatgtcaatagtttgactctcccagttctcaaattgcttcatcttagtgcccaatgggtttacctctacaaggtaa 38931332  T
Q  307 ctaaataagtgcatcattctgcaattctgtattgcagaagtcacgtgtta--cattgaactatatcatttaaatttaacttaactgatatttcgcttatg 404  Q
     ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38931331 ttaaataagtgcatcattctgcaattatgaattgcagaagtcacgtgtcagacactgaactatatcatttaaatttaacttaactgatatttcgcttatg 38931232  T
Q  405 tgcaggatggtatatttgtgccacattggaacatgaatgcgaacagcataatgtatgtaacaagaggaagagggagggttcaagtggtgaatagtgaggg 504  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38931231 tgcaggatggtatatttgtgccacattggaacatgaatgcgaacagcataatgtacgtaacaagaggaagagggagggttcaagtggtgaatagtgaggg 38931132  T
Q  505 aaaatcggtgttcaatggagaggtaaaaaggggaagattgttggtggtgccgcagaatttcgcggtggcagaacaggcggagagtgagggattggaatac 604  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38931131 aaaatcagtgttcaatggagaggtaaaaaggggaagattgttggtggtgccgcagaatttcgcagtggcagaacaggcggagagtgagggattggaatac 38931032  T
Q  605 atagttttcaaaacaaatgatagagctgagattagtacaatgatagggcgtgattcagcgattagtgcaacacctggggaagtacttgctcatgtttttg 704  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38931031 atagttttcaaaacaaatgatagagctgagattagtacaatgatagggcgtgattcagcgattagtgcaacacctggggaagtacttgctcatgtttttg 38930932  T
Q  705 ggcttagtccacaagaagtgaatgagttgaagaataatcgtaatgagggtgttttggcaactcctgattctcgaatccaggatggctattttgccatggt 804  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  38930931 ggcttagtccacaagaagtgaatgagttgaagaataatcgtaatgagggtgttttggcaactcctgattctcgaattcaggatggctatattgccatggt 38930832  T
Q  805 gtaact----taatcttatgttgaaagttaatattatgtaaaataaaggaaatactatgtgtgtagcaaaggaataacacataaat 886  Q
    ||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38930831 gtaacttaattaatcttatgttgaaagttaatattatgtaaaataaaggaaatactatgtgtgtagcaaaggaataacacataaat 38930746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University