View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18936_low_35 (Length: 396)

Name: NF18936_low_35
Description: NF18936
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18936_low_35
NF18936_low_35
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (17-388)||(43311542-43311913)
chr5 (23-364)||(39487261-39487602)
chr5 (20-379)||(39463578-39463937)
chr5 (19-383)||(39476304-39476668)
chr5 (63-382)||(39484099-39484418)
chr5 (134-366)||(39461160-39461392)
chr5 (19-351)||(39451792-39452124)
chr5 (87-388)||(39457307-39457608)
chr5 (134-351)||(39455535-39455752)
chr5 (19-364)||(39472822-39473167)
chr5 (87-225)||(39469935-39470073)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 360; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 360; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 43311913 - 43311542
Alignment:
Q  17 aagggttctttcgatgaggatcaaattagggagattgcgtatgctattgagaaaagtgaggctcgcttcctgtggtctctgcgaaaacccccaccgaagg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43311913 aagggttctttcgatgaggatcaaattagggagattgcgtatgctattgagaaaagtgaggctcgcttcctgtggtctctgcgaaaacccccaccgaagg 43311814  T
Q  117 gaaccatgggtgagacatctgattactctctttctgatttggtcgcagttttacctgaagggttcttagatcgaacagctaggactggaagggtcattgg 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43311813 gaaccatgggtgagacatctgattactctctttctgatttggtcgcagttttacctgaagggttcttagatcgaacagctaggactggaagggtcattgg 43311714  T
Q  217 atgggctcctcaggtccaagtactcgctcatccagcaacaggaggctttgtttcacattgcggttggaattcgattctcgagagcatatattatggtgtg 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  43311713 atgggctcctcaggtccaagtactcgctcatccagcaacaggaggctttgtttcacattgtggttggaattcgactctcgagagcatatattatggtgtg 43311614  T
Q  317 cctattgccacatggccactctttgctgatcaacaaaccaatgcttttcaacttgtgtctgagctgatgatg 388  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  43311613 cctattgccacatggccactctttgctgatcaacaaaccaatgcttttcaacttgtgtctgagctgaagatg 43311542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 23 - 364
Target Start/End: Original strand, 39487261 - 39487602
Alignment:
Q  23 tctttcgatgaggatcaaattagggagattgcgtatgctattgagaaaagtgaggctcgcttcctgtggtctctgcgaaaacccccaccgaagggaacca 122  Q
    |||||||||||||||||  |||  ||||||||  |||||||||||||  |||  || || ||  ||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||    
T  39487261 tctttcgatgaggatcaggttaaagagattgcacatgctattgagaattgtggagcccgttttgtgtggtctctgcgtaaaccctcaccgaagggaatca 39487360  T
Q  123 tgggtgagacatctgattactctctttctgatttggtcgcagttttacctgaagggttcttagatcgaacagctaggactggaagggtcattggatgggc 222  Q
    ||| |    | ||||||||| |||||||||||||||   | |||||||||||||| ||||||||||||||| |  ||| ||||||||| |||||||||||    
T  39487361 tggtttcaccctctgattaccctctttctgatttggaatcggttttacctgaaggattcttagatcgaacaacagggattggaagggtaattggatgggc 39487460  T
Q  223 tcctcaggtccaagtactcgctcatccagcaacaggaggctttgtttcacattgcggttggaattcgattctcgagagcatatattatggtgtgcctatt 322  Q
     |  |||| |||| |||| ||||||||||| || ||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |  |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  39487461 ccaacaggcccaaatactagctcatccagccactggaggatttgtttcgcattgtggttggaattcaacactcgagagcatatattttggtgtgcctatt 39487560  T
Q  323 gccacatggccactctttgctgatcaacaaaccaatgctttt 364  Q
    ||| | |||||||||| |||||| |||||  | |||||||||    
T  39487561 gccgcgtggccactctatgctgagcaacaggctaatgctttt 39487602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 20 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 39463937 - 39463578
Alignment:
Q  20 ggttctttcgatgaggatcaaattagggagattgcgtatgctattgagaaaagtgaggctcgcttcctgtggtctctgcgaaaacccccaccgaagggaa 119  Q
    |||||||||||||| |||||  ||| |||||||||   |||||||||||| |||| |||||||||  | |||||||| || ||||||||||| |||||      
T  39463937 ggttctttcgatgaagatcaggttaaggagattgcacttgctattgagaatagtggggctcgctttgtttggtctctacgtaaacccccaccaaagggcg 39463838  T
Q  120 ccatgggtgagacatctgattactctctttctgatttggtcgcagttttacctgaagggttcttagatcgaacagctag-gactggaagggtcattggat 218  Q
    |||||  || | ||||||||||| ||||||||||||| |   | |||||||| ||||| |||||| |||| || | ||| || ||||||||| ||||| |    
T  39463837 ccatgattgcgccatctgattaccctctttctgatttaggttccgttttacccgaaggattcttatatcggactg-tagagattggaagggtgattggtt 39463739  T
Q  219 gggctcctcaggtccaagtactcgctcatccagcaacaggaggctttgtttcacattgcggttggaattcgattctcgagagcatatattatggtgtgcc 318  Q
    ||||||| |||| |||| |||| || || || || || ||||| ||||| |||||||| || ||||||||||  || ||||||||||||| |||||| ||    
T  39463738 gggctccacaggcccaaatactagcccacccggccacgggaggatttgtctcacattgtggctggaattcgacactggagagcatatattttggtgttcc 39463639  T
Q  319 tattgccacatggccactctttgctgatcaacaaaccaatgcttttcaacttgtgtctgag 379  Q
      ||||||| |||||  |||||||||| ||||| || ||||||||| |||| |||| ||||    
T  39463638 acttgccacttggccgatctttgctgaacaacagacaaatgcttttgaactggtgtgtgag 39463578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 19 - 383
Target Start/End: Original strand, 39476304 - 39476668
Alignment:
Q  19 gggttctttcgatgaggatcaaattagggagattgcgtatgctattgagaaaagtgaggctcgcttcctgtggtctctgcgaaaacccccaccgaaggga 118  Q
    ||||| ||| ||||| |||||  ||| |||||| ||  ||||| ||||||| |||| ||| |||||| ||||||||||||| ||||| ||| | |||||     
T  39476304 gggttattttgatgaagatcaggttaaggagatcgcacatgctgttgagaatagtggggcacgcttcgtgtggtctctgcgtaaacctccagcaaagggc 39476403  T
Q  119 accatgggtgagacatctgattactctctttctgatttggtcgcagttttacctgaagggttcttagatcgaacagctaggactggaagggtcattggat 218  Q
    || |||| ||   | || |||||| |||||| ||||||||     |||||||||||||| ||||||||| |||| |||  || ||||||| |  ||||||    
T  39476404 actatggctgcaccctcggattaccctctttatgatttgggtctggttttacctgaaggattcttagatagaactgctgagattggaaggatagttggat 39476503  T
Q  219 gggctcctcaggtccaagtactcgctcatccagcaacaggaggctttgtttcacattgcggttggaattcgattctcgagagcatatattatggtgtgcc 318  Q
    |||| |  |||| |||| |||| || || ||||| | |||||| |||||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||||||||| |||||| ||    
T  39476504 gggcccaacaggcccaaatactagcccacccagccataggaggatttgtttcacattgtggttggaattcaacactcgagagcatatattttggtgtacc 39476603  T
Q  319 tattgccacatggccactctttgctgatcaacaaaccaatgcttttcaacttgtgtctgagctga 383  Q
     |||||| ||||||||||||||||||| |||||  | ||||||||| || | |||| ||||||||    
T  39476604 aattgccgcatggccactctttgctgaacaacaggctaatgcttttgaattggtgtgtgagctga 39476668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 63 - 382
Target Start/End: Original strand, 39484099 - 39484418
Alignment:
Q  63 ttgagaaaagtgaggctcgcttcctgtggtctctgcgaaaacccccaccgaagggaaccatgggtgagacatctgattactctctttctgatttggtcgc 162  Q
    ||||||| |||| ||| |||||| ||||||||||||| ||||| | |   ||||| ||||||| ||   | |||||||||||||||| ||||||||   |    
T  39484099 ttgagaatagtggggcacgcttcgtgtggtctctgcgtaaacctctagtaaagggcaccatggctgcaccctctgattactctctttatgatttgggtcc 39484198  T
Q  163 agttttacctgaagggttcttagatcgaacagctaggactggaagggtcattggatgggctcctcaggtccaagtactcgctcatccagcaacaggaggc 262  Q
     |||||||||||||| |||||||||||||| ||   || ||||||| | ||| ||||||| |  || | |||| |||| || || ||||| | ||||||     
T  39484199 ggttttacctgaaggattcttagatcgaactgccgagattggaaggataattagatgggcccaacaagcccaaatactagcccacccagccataggagga 39484298  T
Q  263 tttgtttcacattgcggttggaattcgattctcgagagcatatattatggtgtgcctattgccacatggccactctttgctgatcaacaaaccaatgctt 362  Q
    |||||||||||||  ||||||||||| |  |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||  | |||||||    
T  39484299 tttgtttcacattatggttggaattcaacactcgagagcatatattttggtgtgcctattgccgcatggccactctttgttgaacaacaggctaatgctt 39484398  T
Q  363 ttcaacttgtgtctgagctg 382  Q
    || || | |||| |||||||    
T  39484399 ttgaattggtgtgtgagctg 39484418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 134 - 366
Target Start/End: Original strand, 39461160 - 39461392
Alignment:
Q  134 tctgattactctctttctgatttggtcgcagttttacctgaagggttcttagatcgaacagctaggactggaagggtcattggatgggctcctcaggtcc 233  Q
    ||||||||||||||| |||| |||| |   |||||||| ||||||||||||||||| |||||  ||| |||||||||||||||||||||||| |||   |    
T  39461160 tctgattactctcttactgaattgggcttggttttacccgaagggttcttagatcggacagcagggattggaagggtcattggatgggctccgcagactc 39461259  T
Q  234 aagtactcgctcatccagcaacaggaggctttgtttcacattgcggttggaattcgattctcgagagcatatattatggtgtgcctattgccacatggcc 333  Q
    || || | || || ||||| || ||||| || ||||| ||||| || |||||||| || ||||||||||| |||| ||||||||| |||||||| |||||    
T  39461260 aaatattggcccacccagccacgggaggattcgtttcccattgtggctggaattcaatactcgagagcatgtattttggtgtgcccattgccacgtggcc 39461359  T
Q  334 actctttgctgatcaacaaaccaatgcttttca 366  Q
     ||||||||||| ||||| || |||||||||||    
T  39461360 gctctttgctgaacaacagactaatgcttttca 39461392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 19 - 351
Target Start/End: Original strand, 39451792 - 39452124
Alignment:
Q  19 gggttctttcgatgaggatcaaattagggagattgcgtatgctattgagaaaagtgaggctcgcttcctgtggtctctgcgaaaacccccaccgaaggga 118  Q
    ||||| |||||||||||| ||  ||| |||||| ||  ||||||||||||| |||| ||| | |||| | |||||||| || |||||  |||| |||||     
T  39451792 gggttgtttcgatgaggaccaggttaaggagatcgcacatgctattgagaatagtggggcccacttcgtatggtctctccgtaaaccagcaccaaagggc 39451891  T
Q  119 accatgggtgagacatctgattactctctttctgatttggtcgcagttttacctgaagggttcttagatcgaacagctaggactggaagggtcattggat 218  Q
     |||||| ||   | ||||||||| ||||||||||| ||    | |||||||| ||||| |||||||||||||| |    || ||||||||| ||||| |    
T  39451892 gccatggctgcaccttctgattacactctttctgatctgtgttcggttttaccagaaggattcttagatcgaacggaagagattggaagggtgattggtt 39451991  T
Q  219 gggctcctcaggtccaagtactcgctcatccagcaacaggaggctttgtttcacattgcggttggaattcgattctcgagagcatatattatggtgtgcc 318  Q
    |||| || || | |||| |||| || |||||||| | |||||| |||||||||||||| || |||||||| |  |||||||||||||||| |||||||||    
T  39451992 gggccccacaagcccaaatactagcacatccagccataggaggatttgtttcacattgtggctggaattccacactcgagagcatatattttggtgtgcc 39452091  T
Q  319 tattgccacatggccactctttgctgatcaaca 351  Q
     ||||| |||||||| ||||||||||| |||||    
T  39452092 cattgcaacatggccgctctttgctgagcaaca 39452124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 87 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 39457608 - 39457307
Alignment:
Q  87 tgtggtctctgcgaaaacccccaccgaagggaaccatgggtgagacatctgattactctctttctgatttggtcgcagttttacctgaagggttcttaga 186  Q
    |||||||||| || ||||| ||||||||||  ||||||  || | ||||||||||| ||||||||||||||    | |||||||| ||||| ||||||||    
T  39457608 tgtggtctctacgtaaaccaccaccgaaggacaccatgaatgcgccatctgattacactctttctgatttgagttcggttttaccagaaggattcttaga 39457509  T
Q  187 tcgaacagctaggactggaagggtcattggatgggctcctcaggtccaagtactcgctcatccagcaacaggaggctttgtttcacattgcggttggaat 286  Q
    | | |||||   || ||||||||| ||||||||||| || |||   ||  |||| || || ||||| || ||||| |||||||| ||||| || ||||||    
T  39457508 taggacagcagagattggaagggttattggatgggccccacagacgcacatactagcccacccagccacgggaggatttgtttctcattgtggctggaat 39457409  T
Q  287 tcgattctcgagagcatatattatggtgtgcctattgccacatggccactctttgctgatcaacaaaccaatgcttttcaacttgtgtctgagctgatga 386  Q
    || |  ||||||| |||||||| |||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||| || || ||||| |||||| | || | |||||||| ||    
T  39457408 tccacactcgagaacatatattttggtgtgcctgttgccacgtggccgctctttgctgatcagcagacaaatgcatttcaattggtatgtgagctgaaga 39457309  T
Q  387 tg 388  Q
    ||    
T  39457308 tg 39457307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 134 - 351
Target Start/End: Original strand, 39455535 - 39455752
Alignment:
Q  134 tctgattactctctttctgatttggtcgcagttttacctgaagggttcttagatcgaacagctaggactggaagggtcattggatgggctcctcaggtcc 233  Q
    ||||||||| ||||||||||||||    |  ||||||| ||||| ||||||||||| || ||   || ||||||||| ||||| |||||||| ||   ||    
T  39455535 tctgattacactctttctgatttgtgttcgattttacccgaaggattcttagatcgtacggcagagattggaagggtgattggttgggctccacaaaccc 39455634  T
Q  234 aagtactcgctcatccagcaacaggaggctttgtttcacattgcggttggaattcgattctcgagagcatatattatggtgtgcctattgccacatggcc 333  Q
    || |||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |  |||||| ||||||| | ||||||||| ||||| ||||||||    
T  39455635 aaatactagcccatccagccacaggaggatttgtttcacattgtggttggaattccacactcgagggcatatactttggtgtgcccattgcaacatggcc 39455734  T
Q  334 actctttgctgatcaaca 351  Q
     ||||||||||| |||||    
T  39455735 gctctttgctgaacaaca 39455752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 19 - 364
Target Start/End: Original strand, 39472822 - 39473167
Alignment:
Q  19 gggttctttcgatgaggatcaaattagggagattgcgtatgctattgagaaaagtgaggctcgcttcctgtggtctctgcgaaaacccccaccgaaggga 118  Q
    |||||||||||| ||||||||  ||| | ||||||| |  ||||||||||| |||| ||| || ||| | |||||||| || ||||| |||||| ||||     
T  39472822 gggttctttcgacgaggatcaggttacgcagattgcatgcgctattgagaatagtggggcccggttcatatggtctcttcgtaaacctccaccggagggc 39472921  T
Q  119 accatgggtgagacatctgattactctctttctgatttggtcgcagttttacctgaagggttcttagatcgaacagctaggactggaagggtcattggat 218  Q
    |||||||    | | ||||||||| |||||| ||||||||   ||  |||||| ||||| || ||||| || |||||   || |||||||||  ||||||    
T  39472922 accatggcctcgccctctgattaccctctttttgatttgggttcaagtttacccgaaggatttttagagcggacagcagagattggaagggttgttggat 39473021  T
Q  219 gggctcctcaggtccaagtactcgctcatccagcaacaggaggctttgtttcacattgcggttggaattcgattctcgagagcatatattatggtgtgcc 318  Q
    |||| || || |||||| |||| || || ||||| |  ||||| |||| ||| ||||| |||||||||||  | ||||||||||| |||| |||||||||    
T  39473022 gggccccacaagtccaaatactagcccacccagccattggaggatttgcttcgcattgtggttggaattcagtactcgagagcatttattttggtgtgcc 39473121  T
Q  319 tattgccacatggccactctttgctgatcaacaaaccaatgctttt 364  Q
    ||| ||| |||||||||| | ||| || ||||| || |||||||||    
T  39473122 tatagccgcatggccactttatgcagaacaacagactaatgctttt 39473167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 87 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 39470073 - 39469935
Alignment:
Q  87 tgtggtctctgcgaaaacccccaccgaagggaaccatgggtgagacatctgattactctctttctgatttggtcgcagttttacctgaagggttcttaga 186  Q
    |||||||||| || ||||| ||||| ||||| ||||||| || | ||||||||||| ||||||||||||||    | |||||||| ||||| ||||||||    
T  39470073 tgtggtctctacgtaaaccaccacctaagggcaccatggttgcgccatctgattaccctctttctgatttgagttcggttttaccagaaggattcttaga 39469974  T
Q  187 tcgaacagctaggactggaagggtcattggatgggctcc 225  Q
    | | ||||    || ||||||||| ||||||||||||||    
T  39469973 taggacagaagagattggaagggttattggatgggctcc 39469935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University