View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18943_low_1 (Length: 715)

Name: NF18943_low_1
Description: NF18943
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18943_low_1
NF18943_low_1
[»] chr4 (14 HSPs)
chr4 (10-693)||(38247553-38248234)
chr4 (77-696)||(38252581-38253199)
chr4 (368-630)||(38213250-38213510)
chr4 (368-630)||(38237154-38237414)
chr4 (368-622)||(38225743-38225995)
chr4 (368-615)||(38242369-38242614)
chr4 (378-622)||(38219656-38219898)
chr4 (10-74)||(38253323-38253387)
chr4 (209-269)||(38242725-38242785)
chr4 (26-68)||(38242976-38243018)
chr4 (31-79)||(38214072-38214120)
chr4 (31-79)||(38226451-38226499)
chr4 (10-68)||(38238001-38238059)
chr4 (211-264)||(38226069-38226122)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (368-630)||(17453562-17453822)
chr6 (378-630)||(17432676-17432914)
chr6 (10-79)||(17454547-17454616)
chr6 (25-79)||(17433468-17433522)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (470-613)||(11475240-11475383)
chr2 (395-613)||(11486400-11486616)
chr2 (474-563)||(11480655-11480744)
chr2 (474-545)||(11463351-11463422)
[»] scaffold0083 (1 HSPs)
scaffold0083 (397-547)||(48989-49137)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (474-630)||(21547882-21548038)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 657; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 657; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 693
Target Start/End: Complemental strand, 38248234 - 38247553
Alignment:
Q  10 gcagcacagatcaataggagggaaatgggtgtgttcatgtgaaaaggacaagtctcccactacaatctggaagggtctaatcaatcatgattctgcccct 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  38248234 gcagcacagatcaataggagggaaatgggtgtgttcatgtgaaaaggacaagtctcccactacaatctggaagggtataatcaatcatgattctgcccct 38248135  T
Q  110 taagagggattctatatttacacctaatatagcattgatacttgagattaaagatgtgtcgtagtgtcggacaccgagacaatattgacattttttatca 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38248134 taagagggattctatatttacacctaatatagcattgatacttgagattaaagatgtgtcgtagtgtcggacaccgagacaatattgacattttttatca 38248035  T
Q  210 tatataatcacctctatttgttcatgtaatagttttcaatcgagggtagcaaatgtttaacaaagaagagaatagtatcatatatttgcaatttagtact 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  38248034 tatataatcacctctatttgttcatgtaatagttttcaatcaagggtagaaaatgtttaacaaagaagagaatagcatcatatatttgcaatttagtact 38247935  T
Q  310 atcagtgtttcttatacttttgatcaagaagtaaccactgtattttttacatttactagttttgtgatatttgtggattatgttttcaggatgggagggt 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38247934 atcagtgtttcttatacttttgatcaagaagtaaccactgtattttttacatttactagttttgtgatatttgtggattatgttttcaggatgggagggt 38247835  T
Q  410 tatatgttcttctataccaagttatggaaccggaaatgaagcaggaaatgaggcaacctatatattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggtt 509  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38247834 tatatgttcttctataccaagttatggaaccggaaatgaagcaggaaatgaggcaacct--atattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggtt 38247737  T
Q  510 ctgtcaagattattgatggtgaaactttaaccctagagtctaactacaacagcaccagggagcacactggagtaatgggacttttctacctattggtggc 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38247736 ctgtcaagattattgatggtgaaactttaaccctagagtctaactacaacagcaccagggagcacactggagtaatgggacttttctacctattggtggc 38247637  T
Q  610 agaacaactcccataccaacaacttagacttacttctcgttcttcttttgtagtggatgtaaagttttcagataattagttaca 693  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38247636 agaacaactcccataccaacaacttagacttacttctcgttcttcttttgtagtggatgtaaagttttcagataattagttaca 38247553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 77 - 696
Target Start/End: Complemental strand, 38253199 - 38252581
Alignment:
Q  77 tggaagggtctaatcaatcatgattctgccccttaagagggattctatatttacacctaatatagcattgatacttgagattaaagatgtgtcgta-gtg 175  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||  |||||||||  || ||||||||||||||||||||   | |||    
T  38253199 tggaagggtctaatcaataatgattctgcctcttaagagggattccatatttacactcaatatagcaccgacacttgagattaaagatgtgtaacacgtg 38253100  T
Q  176 tcggacaccgagacaatattgacattttttatcatatataatcacctctatttgttcatgtaatagttttcaatcgagggtagcaaatgtttaacaaaga 275  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||| |||||    
T  38253099 tcggacaccgagacaatattggcattttttatcatatataatcacctctatttgatcatgtaatagttttcgatagagggtaacaaatgtttaataaaga 38253000  T
Q  276 agagaatagtatcatatatttgcaatttagtactatcagtgtttcttatacttttgatcaagaag-taaccactgtattttttacatttactagttttgt 374  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||| ||||| | ||||| ||| || |||| ||| || |||  || |||||||    
T  38252999 agagaatggtgtcatatatttgcaatttagtaccatcgatgtttcttatacatttgacccagaagttaaacattgta-tttgtatattagcttgttttgt 38252901  T
Q  375 gatatttgtggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctataccaagttatggaaccggaaatgaagcaggaaatgaggcaacctatatat 474  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||  |||| |||||||||||||||  ||  |  || ||    
T  38252900 gaaatttgtggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctataccaaattacggaaagggaagtgaagcaggaaatgaatcaggc--tacat 38252803  T
Q  475 tgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttaaccctagagtctaactacaacagcaccagggagcac 574  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  38252802 tgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgttaagataattgatggtgaaactttgactctagagtctaactacaacagcaccaaggagcac 38252703  T
Q  575 actggagtaatgggacttttctacctattggtggcagaacaactcccataccaacaacttagacttacttctcgttcttcttttgtagtggatgtaaagt 674  Q
    || ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||  |||||||||||||||||| |  || ||||| |    
T  38252702 accggagtaatggggcttttctacatattggtggcagaacagctcccatatcaacaactcagacttttttctcgttcttcttttgtcgccgacgtaaatt 38252603  T
Q  675 tttcagataattagttacatat 696  Q
    |||| |||| ||||||||||||    
T  38252602 tttctgatagttagttacatat 38252581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 368 - 630
Target Start/End: Complemental strand, 38213510 - 38213250
Alignment:
Q  368 gttttgtgatatttgtggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctataccaagttatggaaccggaaatgaagcaggaaatgaggcaacc 467  Q
    ||||| ||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |    
T  38213510 gttttctgaaatatgtggattatgttttcaggatggaagggttatatgttcttctataccaagttatggaactggaaatgaagcaggaaatgaggcaaac 38213411  T
Q  468 tatatattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttaaccctagagtctaactacaacagcaccag 567  Q
    |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||| || || ||     
T  38213410 tatat--tgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttgactctagtgtctaactacagcaacagcaa 38213313  T
Q  568 ggagcacactggagtaatgggacttttctacctattggtggcagaacaactcccataccaaca 630  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38213312 ggagcacactggagtaatgggacttttctacttattggtggcagaacaactcccataccaaca 38213250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 184; E-Value: 3e-99
Query Start/End: Original strand, 368 - 630
Target Start/End: Complemental strand, 38237414 - 38237154
Alignment:
Q  368 gttttgtgatatttgtggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctataccaagttatggaaccggaaatgaagcaggaaatgaggcaacc 467  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||  |||||||||||||| ||        
T  38237414 gttttgtgaaatttgtggattatgttttcaggatggaagggttatatgttcctctataccaagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagcggg- 38237316  T
Q  468 tatatattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttaaccctagagtctaactacaacagcaccag 567  Q
     ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||     
T  38237315 -atacattgtaggaatgtccacttgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttaactctagagtctaactacaacagcaccaa 38237217  T
Q  568 ggagcacactggagtaatgggacttttctacctattggtggcagaacaactcccataccaaca 630  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  38237216 ggagcacaccggagtaatgggacttttctacctattggtggcagaacagctcccataccaaca 38237154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 368 - 622
Target Start/End: Complemental strand, 38225995 - 38225743
Alignment:
Q  368 gttttgtgatatttgtggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctataccaagttatggaaccggaaatgaagcaggaaatgaggcaacc 467  Q
    |||||| || || ||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||| ||||  ||||||||||| || |||||| ||  |    
T  38225995 gttttgcgaaatatgtggatcatgttttcaggatggcagagttatatgttcctctataccaagttacggaaatggaaatgaagctgggaatgagacaggc 38225896  T
Q  468 tatatattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttaaccctagagtctaactacaacagcaccag 567  Q
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||     
T  38225895 --tacattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgtcaagatagttgatggtgaaactttaactctagtgtctaactacagcagcaccaa 38225798  T
Q  568 ggagcacactggagtaatgggacttttctacctattggtggcagaacaactccca 622  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||    
T  38225797 ggagcacactggagtaatgggacttttctacttgttggtggcagaacagctccca 38225743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 368 - 615
Target Start/End: Complemental strand, 38242614 - 38242369
Alignment:
Q  368 gttttgtgatatttgtggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctataccaagttatggaaccggaaatgaagcaggaaatgaggcaacc 467  Q
    ||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||  ||||  |||||||||||||| |         
T  38242614 gttttgtgaaattgatggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttccaaaccaagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagtggg- 38242516  T
Q  468 tatatattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttaaccctagagtctaactacaacagcaccag 567  Q
     ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  | |      
T  38242515 -atacattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttcaatcaagattattgatggtgaaactttaactctagagtctaactacaacaatagcca 38242417  T
Q  568 ggagcacactggagtaatgggacttttctacctattggtggcagaaca 615  Q
     || |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  38242416 agaacacactggtgtaatgggatttttctacctattggtggcagaaca 38242369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 378 - 622
Target Start/End: Complemental strand, 38219898 - 38219656
Alignment:
Q  378 atttgtggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctataccaagttatggaaccggaaatgaagcaggaaatgaggcaacctatatattgt 477  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||| |||||||  ||||| ||||| ||||||||| ||  |  || |||||    
T  38219898 atttatggattatgttttcaggatgagagggttatatgctcttcaataccaagatatggaaatggaaacgaagctggaaatgagacaggc--tacattgt 38219801  T
Q  478 aggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttaaccctagagtctaactacaacagcaccagggagcacact 577  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||  |||| ||||||||  | |   || |||| |    
T  38219800 aggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctatcaagattattgatggtgaaactttaactttagtctctatctacaacaatagccaagaacacaat 38219701  T
Q  578 ggagtaatgggacttttctacctattggtggcagaacaactccca 622  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38219700 ggtgtaatgggacttttctacctattggtggcagaacaactccca 38219656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 10 - 74
Target Start/End: Complemental strand, 38253387 - 38253323
Alignment:
Q  10 gcagcacagatcaataggagggaaatgggtgtgttcatgtgaaaaggacaagtctcccactacaa 74  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  38253387 gcagcatagatcaaaaggagggaaatgggtgtgttcatgtaaaaaggacaagtctcccactacaa 38253323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 209 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 38242785 - 38242725
Alignment:
Q  209 atatataatcacctctatttgttcatgtaatagttttcaatcgagggtagcaaatgtttaa 269  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||    
T  38242785 atatataatcccttctatttgttcatgtaatagttttcgattgaggttagcaaatgtttaa 38242725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 26 - 68
Target Start/End: Complemental strand, 38243018 - 38242976
Alignment:
Q  26 ggagggaaatgggtgtgttcatgtgaaaaggacaagtctccca 68  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  38243018 ggaggaaaatgggtgtgttcatgtgaagaggacaagtctccca 38242976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 31 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 38214120 - 38214072
Alignment:
Q  31 gaaatgggtgtgttcatgtgaaaaggacaagtctcccactacaatctgg 79  Q
    ||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||    
T  38214120 gaaatggttgtgttcatgtgatgaggacaagtctcccactacaaactgg 38214072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 31 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 38226499 - 38226451
Alignment:
Q  31 gaaatgggtgtgttcatgtgaaaaggacaagtctcccactacaatctgg 79  Q
    ||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  38226499 gaaatggttgtgttgatgtgaagaggacaagtctcccactacaaactgg 38226451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 10 - 68
Target Start/End: Complemental strand, 38238059 - 38238001
Alignment:
Q  10 gcagcacagatcaataggagggaaatgggtgtgttcatgtgaaaaggacaagtctccca 68  Q
    |||||||||| ||  |||||||||||   |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  38238059 gcagcacagaccataaggagggaaattcctgtgttcatgtgaagaggacaagtctccca 38238001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 211 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 38226122 - 38226069
Alignment:
Q  211 atataatcacctctatttgttcatgtaatagttttcaatcgagggtagcaaatg 264  Q
    |||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||| |||| || ||||||    
T  38226122 atataatcacttctatttgatcatgtgatagttttcaattgaggctaacaaatg 38226069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 164; Significance: 3e-87; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 368 - 630
Target Start/End: Complemental strand, 17453822 - 17453562
Alignment:
Q  368 gttttgtgatatttgtggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctataccaagttatggaaccggaaatgaagcaggaaatgaggcaacc 467  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||       
T  17453822 gttttgtgaaatttgtggattatgttttcaggatgggagagttatatgttcttctgtaccaagttatggacatggaaatgaagcaggaaatgaggcaggg 17453723  T
Q  468 tatatattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttaaccctagagtctaactacaacagcaccag 567  Q
    || ||  |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |  || ||||||||||||| |||||     
T  17453722 tacat--tgtaggaatgtctacttgttatcctaaaccaggttctgtcaagataattgatggtgaaattttaactcatgaatctaactacaacaacaccaa 17453625  T
Q  568 ggagcacactggagtaatgggacttttctacctattggtggcagaacaactcccataccaaca 630  Q
     ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17453624 agagcatactggagtaatgggacttttctacctattggtggcagaacaactcccataccaaca 17453562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 378 - 630
Target Start/End: Complemental strand, 17432914 - 17432676
Alignment:
Q  378 atttgtggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctataccaagttatggaaccggaaatgaagcaggaaatgaggcaacctatatattgt 477  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |  |||||||| |||||               || |||||    
T  17432914 atttgtggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctacaccaagttatggcaatggaaatgaggcaggg--------------tacattgt 17432829  T
Q  478 aggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttaaccctagagtctaactacaacagcaccagggagcacact 577  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||| ||||| |||||||||| || |||||  || ||||||    
T  17432828 aggaatgtctacttgttatcctaaaccaggttctgtcaagataaatgatggtgaaattttaactctagaatctaactacaccaacaccaaagaccacact 17432729  T
Q  578 ggagtaatgggacttttctacctattggtggcagaacaactcccataccaaca 630  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  17432728 ggagtaatgggacttttctacctattggtggcagaagaacttccataccaaca 17432676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 10 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 17454616 - 17454547
Alignment:
Q  10 gcagcacagatcaataggagggaaatgggtgtgttcatgtgaaaaggacaagtctcccactacaatctgg 79  Q
    |||||||||| ||  ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||    
T  17454616 gcagcacagaccatgaggagggaaatggttgtgttcatgtgaagaggacaagtctcccactgcaaactgg 17454547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 25 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 17433522 - 17433468
Alignment:
Q  25 aggagggaaatgggtgtgttcatgtgaaaaggacaagtctcccactacaatctgg 79  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  17433522 aggaggaaaatggttgtgttcatgtgaagaggacaagtctcccactacaaactgg 17433468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 56; Significance: 8e-23; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 470 - 613
Target Start/End: Original strand, 11475240 - 11475383
Alignment:
Q  470 tatattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttaaccctagagtctaactacaacagcaccaggg 569  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||  |||||||||| ||||||||  |||||  ||||||||  |||| ||       
T  11475240 tatattgtaggaatgtcaacatgttaccctaaaccaggttctatcaagatatttgatggtgagactttaacattagagagtaactacagtagcaacataa 11475339  T
Q  570 agcacactggagtaatgggacttttctacctattggtggcagaa 613  Q
      ||| ||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||    
T  11475340 gtcactctggagtaatgggacttttctatttcttggtggcagaa 11475383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 395 - 613
Target Start/End: Original strand, 11486400 - 11486616
Alignment:
Q  395 tcaggatgggagggttatatgttcttctataccaagttatggaaccggaaatgaagcaggaaatgaggcaacctatatattgtaggaatgtccacatgtt 494  Q
    ||||||||| || ||||||||| |||| || ||||  |||||||  |||||   |||||||||||||  ||   |||| ||||||| ||||| |||||||    
T  11486400 tcaggatggaagagttatatgtacttcaatcccaaaatatggaaaaggaaagagagcaggaaatgag--aaaggatatgttgtaggcatgtcaacatgtt 11486497  T
Q  495 atcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttaaccctagagtctaactacaacagcaccagggagcacactggagtaatgggactttt 594  Q
    | ||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| ||||||  ||||| |||||||||  |||| ||     ||| |||||||||||||||||||    
T  11486498 accctaaaccaggttctatcaagatatttgatggtgaaaatttaacattagagactaactacagtagcaacataagacactctggagtaatgggactttt 11486597  T
Q  595 ctacctattggtggcagaa 613  Q
    |||  | ||||||||||||    
T  11486598 ctatttcttggtggcagaa 11486616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 474 - 563
Target Start/End: Original strand, 11480655 - 11480744
Alignment:
Q  474 ttgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttaaccctagagtctaactacaacagca 563  Q
    ||||||||||||| || ||||| |||| |||||||||| |||||||  |||||||||||| ||||||  ||||| ||||| ||| |||||    
T  11480655 ttgtaggaatgtcaacttgttaccctataccaggttctatcaagatatttgatggtgaaattttaactttagaggctaaccacagcagca 11480744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 474 - 545
Target Start/End: Original strand, 11463351 - 11463422
Alignment:
Q  474 ttgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttaaccctag 545  Q
    ||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||| ||||| |  |||||||||||| |||||| ||||    
T  11463351 ttgtaggaatgtcaacttgttaccctaaaccaggttctatcaagttatttgatggtgaaattttaacactag 11463422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083 (Bit Score: 48; Significance: 5e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0083
Description:

Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 397 - 547
Target Start/End: Original strand, 48989 - 49137
Alignment:
Q  397 aggatgggagggttatatgttcttctataccaagttatggaaccggaaatgaagcaggaaatgaggcaacctatatattgtaggaatgtccacatgttat 496  Q
    ||||||||| ||| ||||||  ||| | |||||  |||||||  ||||| ||||||||||||||   ||   |||| |||||||||||||||| ||||||    
T  48989 aggatgggaaggtaatatgtaattcaaaaccaaaatatggaaatggaaaggaagcaggaaatgaa--aaaggatatgttgtaggaatgtccacttgttat 49086  T
Q  497 cctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttaaccctagag 547  Q
    ||| ||||||||||| |||||||  || |||||||||||||||| ||||||    
T  49087 cctcaaccaggttctatcaagatatttaatggtgaaactttaactctagag 49137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000007; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 474 - 630
Target Start/End: Original strand, 21547882 - 21548038
Alignment:
Q  474 ttgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttaaccctagagtctaactacaacagcaccagggagca 573  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||| |||||||  || |||||||||||||||  ||||||   ||||| |||| || |||    ||    
T  21547882 ttgtaggaatgaccacttgttatcctcaaccaggttctatcaagatacttaatggtgaaactttaattctagaggtgaactataacaacagcagaagaca 21547981  T
Q  574 cactggagtaatgggacttttctacctattggtggcagaacaactcccataccaaca 630  Q
    | ||||||||||||| ||||| ||  | |||||||||||| | || ||| |||||||    
T  21547982 ctctggagtaatggggcttttttatttcttggtggcagaaaagctaccacaccaaca 21548038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University