View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18945_low_1 (Length: 726)

Name: NF18945_low_1
Description: NF18945
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18945_low_1
NF18945_low_1
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (1-709)||(7482095-7482803)
chr4 (1-709)||(7128335-7129043)
chr4 (1-709)||(7494497-7495202)
chr4 (1-709)||(7520164-7520869)
chr4 (1-709)||(7721610-7722317)
chr4 (1-709)||(7528214-7528919)
chr4 (1-108)||(7713922-7714029)
chr4 (622-660)||(18046566-18046604)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (177-710)||(16749612-16750148)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (1-80)||(10126929-10127008)
chr3 (1-80)||(10363787-10363866)
chr3 (1-80)||(10663527-10663606)
chr3 (622-660)||(4398722-4398760)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 473; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 473; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 709
Target Start/End: Original strand, 7482095 - 7482803
Alignment:
Q  1 ttgctcaacttgtatacaatgacacaaaagtgcaacaacattttgagttgaaaaaatgggtttgtgtttctgaagattttaatgtaagagttattgctgc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||| || ||||||  |    
T  7482095 ttgctcaacttgtatacaatgacaaagaagtgcaacaacattttcagttgaaaaagtgggtttgtgtttctgatgattttgatgtaaaaggtattgcatc 7482194  T
Q  101 aaagatcacaaaatctaaaactaatggtgagatagaggaaatgcaatccgaactccgcaaaacagttgaaggcaaaagatatttgcttgtcttggatgac 200  Q
    |||||||| | ||||||||||||||| |||||| ||  || ||||||  || |||||  ||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  7482195 aaagatcatagaatctaaaactaatgatgagatggataaagtgcaattggagctccgtgaaaaagttgaaggaagaagatatttgcttgtcttggatgac 7482294  T
Q  201 aattggaatgaggatcatgatctttggcttgaattgatgagactgctgaaaggtggagcaaaaggaagtaaaataattatcaccacaagaagtgagaagg 300  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  7482295 aattggaatgaggatcgtgatctttggcttgaattgatgagactgctgaaaggcggagcaaaaggaagtaaaataattatcaccgcaagaagtgagaagg 7482394  T
Q  301 ttgccaaggcaagtggtacatcttctagcctcaatttagagggtctcgatgaaaaacaatcttgtagattatttagtcgattagcttttgagaatcacaa 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  7482395 ttgccaaggcaagtggtacatcttctatcttcaatttaaagggtctggatgaaaaacaatcttggagattatttagtcaattagcttttgagaatgacaa 7482494  T
Q  401 caaactagagaatgaggaattggggtcaattggcaaggaaattgtgaacaaatgttcaggggttcctctcgccattagaagcattggaagcttaatgcat 500  Q
      |||  |||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||| |||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  7482495 agaacaggagaatgaggaatttgtgtcagttggcaaggaaattgtgaaaaaatgtgcgggtgttcctctcgccattagaagcattggaagcttaatctat 7482594  T
Q  501 tccatgccgaaggaggattggtcaacattcaagaacatagatcttatgaaaattgatgaacaagatgataagaaaatttttcagcttatcaaactaagtt 600  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  7482595 tccatgcggaaggaggattggtcaacattcaagaacaaagatcttatgaaaattgatgaacaaggtgataataaaatttttcagcttatcaaactaagtt 7482694  T
Q  601 atgatcatctaccatttcatttgaaaaagtgctttgctttttgttcactgtttccaaaagactatttaattgagaaaacatcattgattcgactttggat 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||   |||| | |||||||||||||||||||    
T  7482695 atgatcatctaccatttcatttgaaaaagtgctttgctttttgttcattgtttccaaaagactttttaatttgtaaaataacattgattcgactttggat 7482794  T
Q  701 tgcacaagg 709  Q
    |||||||||    
T  7482795 tgcacaagg 7482803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 465; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 709
Target Start/End: Complemental strand, 7129043 - 7128335
Alignment:
Q  1 ttgctcaacttgtatacaatgacacaaaagtgcaacaacattttgagttgaaaaaatgggtttgtgtttctgaagattttaatgtaagagttattgctgc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| || |||||||||    
T  7129043 ttgctcaacttgtatacaatgacaaagaagtgcaacaacattttgagttgaaaaaatgggtttgtgtttctgatgattttgatgtaaaaggtattgctgc 7128944  T
Q  101 aaagatcacaaaatctaaaactaatggtgagatagaggaaatgcaatccgaactccgcaaaacagttgaaggcaaaagatatttgcttgtcttggatgac 200  Q
    ||| |||| | ||||||||| ||||| |||||| ||  ||||||||||  |||||||| ||| |||||| |||  |||||||||||||||||||||||||    
T  7128943 aaaaatcatagaatctaaaaataatgttgagatggataaaatgcaatcgaaactccgcgaaaaagttgatggccgaagatatttgcttgtcttggatgac 7128844  T
Q  201 aattggaatgaggatcatgatctttggcttgaattgatgagactgctgaaaggtggagcaaaaggaagtaaaataattatcaccacaagaagtgagaagg 300  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| | || ||||||  || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7128843 aattggaatgaggatcgtgatctttggcttcaattgatgacattgttgaaagacggcgcagaaggaagtaaaataattatcaccacaagaagtgagaagg 7128744  T
Q  301 ttgccaaggcaagtggtacatcttctagcctcaatttagagggtctcgatgaaaaacaatcttgtagattatttagtcgattagcttttgagaatcacaa 400  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| | |   |||| ||||||||  ||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||| |||     
T  7128743 ttgccaaggcaagtggttcatcttctatcttgtttttaaagggtctcagtgaaaaacaatcttggacattatttagtcaattagcttttgagaatgacag 7128644  T
Q  401 caaactagagaatgaggaattggggtcaattggcaaggaaattgtgaacaaatgttcaggggttcctctcgccattagaagcattggaagcttaatgcat 500  Q
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  7128643 agaactagagaatgaggaattggtgtcaattggcaaggaaattgtgaaaaaatgttcaggggttcctctcgccatcagaagcattggaagcttaatgtat 7128544  T
Q  501 tccatgccgaaggaggattggtcaacattcaagaacatagatcttatgaaaattgatgaacaagatgataagaaaatttttcagcttatcaaactaagtt 600  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  7128543 tccatgcagaaggaggattggtcaacattcaagaacatagatcttatgaaaattgatgaacaaggtgataataaaattttacagcttatcaaactaagtt 7128444  T
Q  601 atgatcatctaccatttcatttgaaaaagtgctttgctttttgttcactgtttccaaaagactatttaattgagaaaacatcattgattcgactttggat 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||   |||||| ||||||||||| |||||||    
T  7128443 atgatcatctaccatttcatttgaaaaagtgctttgctttttgttcattgttcccaaaagactatttaattcctaaaacaacattgattcgagtttggat 7128344  T
Q  701 tgcacaagg 709  Q
    |||||||||    
T  7128343 tgcacaagg 7128335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 451; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 709
Target Start/End: Original strand, 7494497 - 7495202
Alignment:
Q  1 ttgctcaacttgtatacaatgacacaaaagtgcaacaacattttgagttgaaaaaatgggtttgtgtttctgaagattttaatgtaagagttattgctgc 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  7494497 ttgctcaatttgtatacaatgacaagaaagtgaaacaacattttgagtttaaaaaatgggtttgtgtttctgaagattttaatgtaaaagttattgctgc 7494596  T
Q  101 aaagatcacaaaatctaaaactaatggtgagatagaggaaatgcaatccgaactccgcaaaacagttgaaggcaaaagatatttgcttgtcttggatgac 200  Q
    |||||||| ||||||||| ||||  | ||||||||| ||| ||||||  ||||||||| | | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7494597 aaagatcataaaatctaacactacagctgagatagaagaagtgcaattggaactccgcgataaagttaaaggcaaaagatatttgcttgtcttggatgac 7494696  T
Q  201 aattggaatgaggatcatgatctttggcttgaattgatgagactgctgaaaggtggagcaaaaggaagtaaaataattatcaccacaagaagtgagaagg 300  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  7494697 aattggaatgaggatcgtaatctttggcttgaattgatgacactgctgaaagatggcgcagaaggaagtaaaataattatcaccgcaagaagtgagatgg 7494796  T
Q  301 ttgccaaggcaagtggtacatcttctagcctcaatttagagggtctcgatgaaaaacaatcttgtagattatttagtcgattagcttttgagaatcacaa 400  Q
    ||||||||||||||||| | ||||  | | |    ||| ||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||| | |     
T  7494797 ttgccaaggcaagtggttcttctttcaccttgttcttacagggtctcggtgaaaaacaatcttggacattatttagtcaattagcttttgagaatgagag 7494896  T
Q  401 caaactagagaatgaggaattggggtcaattggcaaggaaattgtgaacaaatgttcaggggttcctctcgccattagaagcattggaagcttaatgcat 500  Q
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  7494897 agaactagagaatgaggaattggtgtcaattggcaaggaaattgtgaagaaatgttcaggggttcctctcgccatcagaagcattggaagcttaatgtat 7494996  T
Q  501 tccatgccgaaggaggattggtcaacattcaagaacatagatcttatgaaaattgatgaacaagatgataagaaaatttttcagcttatcaaactaagtt 600  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||   |||||||| |||||||||||||||||||    
T  7494997 tccatgcagaaggaggattggtcatcattcaagaacaaagatcttatgcaaattgatgaacaaggtgat---aaaattttacagcttatcaaactaagtt 7495093  T
Q  601 atgatcatctaccatttcatttgaaaaagtgctttgctttttgttcactgtttccaaaagactatttaattgagaaaacatcattgattcgactttggat 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||    
T  7495094 atgatcatctaccatttcatttgaaaaagtgctttgctttttgttcattgtttccaaaagactatttaattgataaaacaaaattgattcgactttggat 7495193  T
Q  701 tgcacaagg 709  Q
    |||||||||    
T  7495194 tgcacaagg 7495202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 435; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 709
Target Start/End: Original strand, 7520164 - 7520869
Alignment:
Q  1 ttgctcaacttgtatacaatgacacaaaagtgcaacaacattttgagttgaaaaaatgggtttgtgtttctgaagattttaatgtaagagttattgctgc 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| || |||||||||    
T  7520164 ttgctcaatttgtatacaatgacaagaaagtgcaagaacattttgagtttaaaaaatgggtttgtgtttctgatgattttgatgtaaaaggtattgctgc 7520263  T
Q  101 aaagatcacaaaatctaaaactaatggtgagatagaggaaatgcaatccgaactccgcaaaacagttgaaggcaaaagatatttgcttgtcttggatgac 200  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||| |||||| ||  || | ||||  ||||||||  ||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  7520264 aaagatcacagaatctcaaactaatgttgagatggataaagttcaattggaactccgtgaaaaagttgaaggaagaagatatttgcttgtcttggatgac 7520363  T
Q  201 aattggaatgaggatcatgatctttggcttgaattgatgagactgctgaaaggtggagcaaaaggaagtaaaataattatcaccacaagaagtgagaagg 300  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  7520364 aattggaatgaggatcgtaatctttggcttgaattgatgacactgctgaaagatggcgcagaaggaagtaaaataattatcaccgcaagaagtgagatgg 7520463  T
Q  301 ttgccaaggcaagtggtacatcttctagcctcaatttagagggtctcgatgaaaaacaatcttgtagattatttagtcgattagcttttgagaatcacaa 400  Q
    ||||||||||||||||| | ||||  | | |   |||| ||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||| | |     
T  7520464 ttgccaaggcaagtggttcttctttcaccttgtttttacagggtctcggtgaaaaacaatcttggacattatttagtcaattagcttttgagaatgagag 7520563  T
Q  401 caaactagagaatgaggaattggggtcaattggcaaggaaattgtgaacaaatgttcaggggttcctctcgccattagaagcattggaagcttaatgcat 500  Q
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  7520564 agaactagagaatgaggaattggtgtcaattggcaaggaaattgtgaagaaatgttcaggggttcctctcgccatcagaagcattggaagcttaatgtat 7520663  T
Q  501 tccatgccgaaggaggattggtcaacattcaagaacatagatcttatgaaaattgatgaacaagatgataagaaaatttttcagcttatcaaactaagtt 600  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||   |||||||| |||||||||||||||||||    
T  7520664 tccatgcagaaggaggattggtcaacattcaagaacaaagatcttatgcaaattgatgaacaaggtgat---aaaattttacagcttatcaaactaagtt 7520760  T
Q  601 atgatcatctaccatttcatttgaaaaagtgctttgctttttgttcactgtttccaaaagactatttaattgagaaaacatcattgattcgactttggat 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| | |||||| |||||||||||||||||||    
T  7520761 atgatcatctaccatttcatttgaaaaagtgctttgctttttgttcattgtttccaaaagactatttcattcataaaacaacattgattcgactttggat 7520860  T
Q  701 tgcacaagg 709  Q
    |||||||||    
T  7520861 tgcacaagg 7520869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 433; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 709
Target Start/End: Complemental strand, 7722317 - 7721610
Alignment:
Q  1 ttgctcaacttgtatacaatgacacaaaagtgcaacaacattttgagttgaaaaaatgggtttgtgtttctgaagattttaatgtaagagttattgctgc 100  Q
    |||||||||||||||||   |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| || ||||||| |    
T  7722317 ttgctcaacttgtatacggcgacaaagaagtgcaacaacattttgagttgaaaaaatgggtttgtgtttctgatgattttgatgtaaaaggtattgcttc 7722218  T
Q  101 aaagatcacaaaatctaaaactaatggtgagatagaggaaatgcaatccgaactccgcaaaacagttgaaggcaaaagatatttgcttgtcttggatgac 200  Q
    |||||||| | |||||||||||| || |||||| ||  || |||||||   ||||||  ||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  7722217 aaagatcatagaatctaaaactagtgttgagatcgataaagtgcaatctatactccgtgaaaaagttgaagggataagatatttgcttgtcttggatgac 7722118  T
Q  201 aattggaatgaggatcatgatctttggcttgaattgatgagactgctgaaaggtggagcaaaaggaagtaaaataattatcaccacaagaagtgagaagg 300  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||  ||  |  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  7722117 aattggaatgaggatcgtgatctttggcttcaattgatgacactgctgaaagacggcacggaaggaagtaaaataattatcaccgcaagaagtgagaagg 7722018  T
Q  301 ttgccaaggcaagtggtacatcttctagcctcaatttagagggtctcgatgaaaaacaatcttgtagattatttagtcgattagcttttgagaatcacaa 400  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||| |||| |||||||||||| ||||||| ||||||| |||||  ||| |||||||||||  ||     
T  7722017 ttgccaaggcaagtggtccatcttctatcttcaatttaaagggactcgatgaaaaagaatcttggagattatatagtcagttaacttttgagaatttcag 7721918  T
Q  401 caaactagagaatgaggaattggggtcaattggcaaggaaattgtgaacaaatgttcaggggttcctctcgccattagaagcattggaagcttaatgcat 500  Q
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  7721917 agaactagagaatgaggaattggtgtcaattggcaaggaaattgtgaaaaaatgttcaggggttccgctcgccattagaagcattggaagcttgatgtat 7721818  T
Q  501 tccatgccgaaggaggattggtcaacattcaagaacatagatcttatgaaaattgatgaacaagatgataagaaaatttttcagcttatcaaactaagtt 600  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  7721817 tccatgccgaagaaggattggtcaacattcaagaacaaagatcttatgaaaattgatgaacaaggtgataataaaattttacagcttatcaaactaagtt 7721718  T
Q  601 atgatcatctaccatttcatttgaaaaagtgctttgctttttgttcactgtttccaaaagactatttaattgagaaaacatcattgattcgactttggat 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||   |||||| |||||||||||||||||||    
T  7721717 atgatcatctaccatttcatttgaaaaagtgctttgctttttgttctttgtttccaaaagactatttaatt-ccaaaacaacattgattcgactttggat 7721619  T
Q  701 tgcacaagg 709  Q
    |||||||||    
T  7721618 tgcacaagg 7721610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 407; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 709
Target Start/End: Original strand, 7528214 - 7528919
Alignment:
Q  1 ttgctcaacttgtatacaatgacacaaaagtgcaacaacattttgagttgaaaaaatgggtttgtgtttctgaagattttaatgtaagagttattgctgc 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| || |||||||||    
T  7528214 ttgctcaatttgtatacaatgacaagaaagtgcaagaacattttgagtttaaaaaatgggtttgtgtttctgatgattttgatgtaaaaggtattgctgc 7528313  T
Q  101 aaagatcacaaaatctaaaactaatggtgagatagaggaaatgcaatccgaactccgcaaaacagttgaaggcaaaagatatttgcttgtcttggatgac 200  Q
    |||||||| ||||||||| ||||  | |||||| || ||| ||||||  ||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7528314 aaagatcataaaatctaacactacagctgagatggaagaagtgcaattggaactccgcaataaagttaaaggcaaaagatatttgcttgtcttggatgac 7528413  T
Q  201 aattggaatgaggatcatgatctttggcttgaattgatgagactgctgaaaggtggagcaaaaggaagtaaaataattatcaccacaagaagtgagaagg 300  Q
    |||||||||||| | | | ||||||||||||||||||||| |||||||||||  || ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  7528414 aattggaatgagaaccgtaatctttggcttgaattgatgatactgctgaaagacggcgcagaaggaagtaaaataattatcaccgcaagaagtgagatgg 7528513  T
Q  301 ttgccaaggcaagtggtacatcttctagcctcaatttagagggtctcgatgaaaaacaatcttgtagattatttagtcgattagcttttgagaatcacaa 400  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| | |   |||  ||||||||  ||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||| |||     
T  7528514 ttgccaaggcaagtggttcatcttctatcttgtttttgaagggtctcagtgaaaaacaatcttggacattatttagtcaattagcttttgagaatgacag 7528613  T
Q  401 caaactagagaatgaggaattggggtcaattggcaaggaaattgtgaacaaatgttcaggggttcctctcgccattagaagcattggaagcttaatgcat 500  Q
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| | || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  7528614 agaactagagaatgaggaattggtgtcaattggcaaggaaattgtgaaaaaatgtgcgggtgttcctctcgccatcagaagcattggaagcttaatgtat 7528713  T
Q  501 tccatgccgaaggaggattggtcaacattcaagaacatagatcttatgaaaattgatgaacaagatgataagaaaatttttcagcttatcaaactaagtt 600  Q
    | || |  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||   |||||||| |||||||||||||||||||    
T  7528714 ttcaaggagaaggaggattggtcaacattcaagaacaaagatcttatgcaaattgatgaacaaggtgat---aaaattttacagcttatcaaactaagtt 7528810  T
Q  601 atgatcatctaccatttcatttgaaaaagtgctttgctttttgttcactgtttccaaaagactatttaattgagaaaacatcattgattcgactttggat 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||   |||||| |||||||||||||||||||    
T  7528811 atgatcatctaccatttcatttgaaaaagtgctttgctttttgttctttgtttccaaaagactatttcattccaaaaacaacattgattcgactttggat 7528910  T
Q  701 tgcacaagg 709  Q
    |||||||||    
T  7528911 tgcacaagg 7528919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 1 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 7714029 - 7713922
Alignment:
Q  1 ttgctcaacttgtatacaatgacacaaaagtgcaacaacattttgagttgaaaaaatgggtttgtgtttctgaagattttaatgtaagagttattgctgc 100  Q
    ||||||||||| ||||   ||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| || |||||||||    
T  7714029 ttgctcaacttttatatggtgacaaagaagtgaaacaacattttgagttgaaaaaatgggtttgtgtttctgatgattttgatgtaaaagatattgctgc 7713930  T
Q  101 aaagatca 108  Q
    ||||||||    
T  7713929 aaagatca 7713922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 622 - 660
Target Start/End: Original strand, 18046566 - 18046604
Alignment:
Q  622 tgaaaaagtgctttgctttttgttcactgtttccaaaag 660  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  18046566 tgaaaaagtgctttgcctattgttcactgtttccaaaag 18046604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 108; Significance: 7e-54; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 7e-54
Query Start/End: Original strand, 177 - 710
Target Start/End: Complemental strand, 16750148 - 16749612
Alignment:
Q  177 agatatttgcttgtcttggatgacaattggaatgaggatcatgatctttggcttgaattgatgagactgctgaaaggtggagcaaaaggaagtaaaataa 276  Q
    |||||||||||  | || |||||||  ||||||||||| | |||   ||||||| | ||||||| |||| |||  | |||||||||||||||||||||      
T  16750148 agatatttgctcattttagatgacatgtggaatgaggagcgtgaaaattggcttcagttgatgacactgttgagggatggagcaaaaggaagtaaaattg 16750049  T
Q  277 ttatcaccacaagaagtgagaaggttgccaaggcaagtggtacatcttctagcctcaatttagagggtctcgatgaaaaacaatcttgtagattatttag 376  Q
    | || || ||||| || |||| ||| ||||||  |||||| ||||||||   | ||  |||| ||||||| ||||||||||||||||| |  || || ||    
T  16750048 tcataactacaaggagcgagacggtggccaagataagtggaacatcttccctcttctctttaaagggtcttgatgaaaaacaatcttggaatttgttcag 16749949  T
Q  377 tcgattagcttttgagaatcacaacaaactagagaatgaggaattggg-gtcaattggcaaggaaattgtgaacaaatgttcaggggttcctctcgccat 475  Q
    || |||||||||||||||||  ||  ||  |||||||    | ||||| |||||||||||||||||||   || |||||||||||||| ||||| ||       
T  16749948 tcaattagcttttgagaatcgaaaagaatcagagaatcca-atttgggtgtcaattggcaaggaaatttcaaaaaaatgttcaggggtacctcttgctca 16749850  T
Q  476 tagaagcattggaagcttaatgcattccatgccga---aggaggattggtcaacattcaagaacatagatcttatgaaaattgatgaacaagatgataag 572  Q
    || ||| |||||||| ||||||  ||| |||   |   || |||||||||  |  |||||||||| ||||||||| ||||||||||| || | ||  ||     
T  16749849 taaaagtattggaagtttaatgttttctatggaaactgagaaggattggttgaacttcaagaacaaagatcttatcaaaattgatgagcagggtggcaat 16749750  T
Q  573 aaaatttttcagcttatcaaactaagttatgatcatctaccatttcatttgaaaaagtgctttgctttttgttcactgtttccaaaagactatttaattg 672  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||| ||||| ||  |||||||||||||||||  |||||    
T  16749749 aaaatttttcaacttatcaaactaagttatgatcatctacccttttatctgaaaaagtgctttgcattttgctctttgtttccaaaagactatcgaattg 16749650  T
Q  673 agaaaacatcattgattcgactttggattgcacaaggt 710  Q
    |||| | |   |||||||||||||||||||||||||||    
T  16749649 agaagaaaaagttgattcgactttggattgcacaaggt 16749612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 80
Target Start/End: Original strand, 10126929 - 10127008
Alignment:
Q  1 ttgctcaacttgtatacaatgacacaaaagtgcaacaacattttgagttgaaaaaatgggtttgtgtttctgaagatttt 80  Q
    |||| |||||||| |||||||| | | |||| |||||||||||||| |||||   |||||||||||| ||||| ||||||    
T  10126929 ttgcccaacttgtttacaatgataaagaagttcaacaacattttgatttgaaggcatgggtttgtgtgtctgaggatttt 10127008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 80
Target Start/End: Complemental strand, 10363866 - 10363787
Alignment:
Q  1 ttgctcaacttgtatacaatgacacaaaagtgcaacaacattttgagttgaaaaaatgggtttgtgtttctgaagatttt 80  Q
    |||| |||||||| |||||||| | | |||| |||||||||||||| |||||   |||||||||||| ||||| ||||||    
T  10363866 ttgcccaacttgtttacaatgataaagaagttcaacaacattttgatttgaaggcatgggtttgtgtctctgaggatttt 10363787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 80
Target Start/End: Original strand, 10663527 - 10663606
Alignment:
Q  1 ttgctcaacttgtatacaatgacacaaaagtgcaacaacattttgagttgaaaaaatgggtttgtgtttctgaagatttt 80  Q
    |||| |||||||| |||||||| | | |||| |||||||||||||| |||||   |||||||||||| ||||| ||||||    
T  10663527 ttgcccaacttgtttacaatgataaagaagttcaacaacattttgatttgaaggcatgggtttgtgtgtctgaggatttt 10663606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 622 - 660
Target Start/End: Complemental strand, 4398760 - 4398722
Alignment:
Q  622 tgaaaaagtgctttgctttttgttcactgtttccaaaag 660  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  4398760 tgaaaaagtgctttgcctattgttcactgtttccaaaag 4398722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University