View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18946_high_7 (Length: 332)

Name: NF18946_high_7
Description: NF18946
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18946_high_7
NF18946_high_7
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (11-332)||(22879152-22879473)
chr7 (11-332)||(22813542-22813863)
chr7 (11-332)||(22892468-22892789)
chr7 (11-332)||(22896784-22897105)
chr7 (105-332)||(22838661-22838888)
chr7 (105-332)||(22829640-22829867)
chr7 (105-332)||(22874537-22874764)
chr7 (105-332)||(22808229-22808456)
chr7 (105-332)||(22887907-22888134)
chr7 (105-332)||(22803945-22804172)
chr7 (105-274)||(22870443-22870612)
chr7 (168-332)||(22912331-22912495)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (124-332)||(21151878-21152086)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 258; Significance: 1e-143; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 11 - 332
Target Start/End: Original strand, 22879152 - 22879473
Alignment:
Q  11 cagagagaagtgaatcagcaatagacacagacgtatgcgacattttcttgtccatagaagaaggataagacaaaggaaagtcctcnnnnnnnntttggtt 110  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         || |||    
T  22879152 cagagagaagtgaatcagcaagagacacagacgtatgcgacattttcttgtccatagaagaaggataagacaaaggaaagtcctcaaaaaaatatttgtt 22879251  T
Q  111 cccaaaagttaatccagaataagataaactaagcaaagacaaatctggcaaaggtatatccctctccaaatacagcacaacttgtctcatacttggtcta 210  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  22879252 cccaaaagttaatccagaagaagataaactaggcaaagacaaatctggcaaaggtatatccctctccaaatactgcacaacttgtctcatacctggtcta 22879351  T
Q  211 gccaaaggttctgaatgtgaacacaacaaaccaagtttcaacaccaactcaacctcttcagacacataatctgtccccaaatttacatcttttgcatcaa 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22879352 gccaaaggttctgaatgtgaacacaacaaaccaagtttcaacaccaattccacctcttcagacacataatctgtccccaaatttacatcttttgcctcaa 22879451  T
Q  311 gaatatcacctcttttccaaca 332  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  22879452 gaatatcacctcttttccaaca 22879473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 11 - 332
Target Start/End: Original strand, 22813542 - 22813863
Alignment:
Q  11 cagagagaagtgaatcagcaatagacacagacgtatgcgacattttcttgtccatagaagaaggataagacaaaggaaagtcctcnnnnnnnntttggtt 110  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||| |||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||         |||||     
T  22813542 cagagagaagtgaatcagaaatagaaacagaagtatgtgacattgtcttgtccatggaagaaggatacgacaaaggaaagtcctcaaaatattcttggta 22813641  T
Q  111 cccaaaagttaatccagaataagataaactaagcaaagacaaatctggcaaaggtatatccctctccaaatacagcacaacttgtctcatacttggtcta 210  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  22813642 cccaaaagttaatccagaagaagataaactaagcgaaggcaaatctggcaaaggtatatcccgctccaaatactgcacaacttgtctcatacctggtcta 22813741  T
Q  211 gccaaaggttctgaatgtgaacacaacaaaccaagtttcaacaccaactcaacctcttcagacacataatctgtccccaaatttacatcttttgcatcaa 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22813742 gccaaaggttctgaatgtgaacacaacaaaccaagtttcaacaccaactcaacctcttcagacacataatttgtccccaaatttacatcttttgcctcaa 22813841  T
Q  311 gaatatcacctcttttccaaca 332  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  22813842 gaatatcacctcttttccaaca 22813863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 11 - 332
Target Start/End: Original strand, 22892468 - 22892789
Alignment:
Q  11 cagagagaagtgaatcagcaatagacacagacgtatgcgacattttcttgtccatagaagaaggataagacaaaggaaagtcctcnnnnnnnntttggtt 110  Q
    ||||||||| ||| || |||||||||||||| || || |||||| | ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||         |||||     
T  22892468 cagagagaattgagtcggcaatagacacagaagtctgtgacattgtgttgcccatagaggaaggataagacaaaggaaagtcctcaaaaaattcttggta 22892567  T
Q  111 cccaaaagttaatccagaataagataaactaagcaaagacaaatctggcaaaggtatatccctctccaaatacagcacaacttgtctcatacttggtcta 210  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  22892568 cccaaaagttaatccagaagaagataaactaagcaaagacaaatctggcaaaggtatatccctctccaaatactgcacaacttgtctcatacatggtcta 22892667  T
Q  211 gccaaaggttctgaatgtgaacacaacaaaccaagtttcaacaccaactcaacctcttcagacacataatctgtccccaaatttacatcttttgcatcaa 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22892668 gccaaaggttctgaatgtgaacacaacaatccaagtttcaacaccaactccacctcttcagacacaaagtttgtccccaaatttacatcttttgcctcaa 22892767  T
Q  311 gaatatcacctcttttccaaca 332  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  22892768 gaatatcacctcttttccaaca 22892789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 11 - 332
Target Start/End: Original strand, 22896784 - 22897105
Alignment:
Q  11 cagagagaagtgaatcagcaatagacacagacgtatgcgacattttcttgtccatagaagaaggataagacaaaggaaagtcctcnnnnnnnntttggtt 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||     
T  22896784 cagagagaagtgaatcagcaatagacacagaggtgtgtgacattgtgttgcccatagaagaaggataagacaaaggaaagtcctcaaaaaattcttggta 22896883  T
Q  111 cccaaaagttaatccagaataagataaactaagcaaagacaaatctggcaaaggtatatccctctccaaatacagcacaacttgtctcatacttggtcta 210  Q
    |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||| |||||||    
T  22896884 cccaaaagttaaaccagaagaagataaactaagcaaagacaaatctggtaaaggtatatccctttccaaatactgtacaacttgtctcatacctggtcta 22896983  T
Q  211 gccaaaggttctgaatgtgaacacaacaaaccaagtttcaacaccaactcaacctcttcagacacataatctgtccccaaatttacatcttttgcatcaa 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22896984 gccaaaggttctgaatgtgaacacaacaaaccaagtttcaacaccaattcaacctcttcagacacatagtttgtccccaaatttacatcttttgcctcaa 22897083  T
Q  311 gaatatcacctcttttccaaca 332  Q
    |||||| ||| |||||||||||    
T  22897084 gaatattaccccttttccaaca 22897105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 105 - 332
Target Start/End: Original strand, 22838661 - 22838888
Alignment:
Q  105 ttggttcccaaaagttaatccagaataagataaactaagcaaagacaaatctggcaaaggtatatccctctccaaatacagcacaacttgtctcatactt 204  Q
    ||||| |||||||||||| ||| ||  ||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  22838661 ttggtacccaaaagttaaaccaaaagtagataaactaagcgaagacaaatctggaaagggtatatccgtctccaaatactgcacaacttgcctcatactt 22838760  T
Q  205 ggtctagccaaaggttctgaatgtgaacacaacaaaccaagtttcaacaccaactcaacctcttcagacacataatctgtccccaaatttacatcttttg 304  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22838761 ggtctagccaaaggctctgaatgagaacacaacaatccaagtttcaacaccaactccacctcttcagacacataatctgtccccaaatttacatcttttg 22838860  T
Q  305 catcaagaatatcacctcttttccaaca 332  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||    
T  22838861 cctcaagaatatcacctcttttccaaca 22838888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 156; E-Value: 7e-83
Query Start/End: Original strand, 105 - 332
Target Start/End: Original strand, 22829640 - 22829867
Alignment:
Q  105 ttggttcccaaaagttaatccagaataagataaactaagcaaagacaaatctggcaaaggtatatccctctccaaatacagcacaacttgtctcatactt 204  Q
    ||||| |||||||  ||| |||||| |||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |    
T  22829640 ttggtacccaaaaaataaaccagaagaagataaactaagcgaaaacaaatatggcaaaggtatatccctctccaaatactgcacaacttgtctcatacct 22829739  T
Q  205 ggtctagccaaaggttctgaatgtgaacacaacaaaccaagtttcaacaccaactcaacctcttcagacacataatctgtccccaaatttacatcttttg 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  22829740 ggtctagccaaaggttctgaatgtgaacacaacaatccaagtttcaacaccaactcgacctcctcagacacataatcagtgcccaaatttacatcttttg 22829839  T
Q  305 catcaagaatatcacctcttttccaaca 332  Q
    | |||||||| |||||||||| ||||||    
T  22829840 cctcaagaatctcacctctttgccaaca 22829867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 156; E-Value: 7e-83
Query Start/End: Original strand, 105 - 332
Target Start/End: Original strand, 22874537 - 22874764
Alignment:
Q  105 ttggttcccaaaagttaatccagaataagataaactaagcaaagacaaatctggcaaaggtatatccctctccaaatacagcacaacttgtctcatactt 204  Q
    ||||| |||||||||||| ||| || |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||    
T  22874537 ttggtacccaaaagttaaaccaaaagaagataaactaagcgaagaaaaatctggcaaaggtatatccctctccaaatactgcacaacttgcctcatgctt 22874636  T
Q  205 ggtctagccaaaggttctgaatgtgaacacaacaaaccaagtttcaacaccaactcaacctcttcagacacataatctgtccccaaatttacatcttttg 304  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  22874637 ggtctagccaaaggctctgaatgagaacacaacaatccaagtttcaaaaccaattccacctcttcagacacataatttgtcccaaaatttacatcttttg 22874736  T
Q  305 catcaagaatatcacctcttttccaaca 332  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||    
T  22874737 cctcaagaatatcacctcttttccaaca 22874764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 105 - 332
Target Start/End: Original strand, 22808229 - 22808456
Alignment:
Q  105 ttggttcccaaaagttaatccagaataagataaactaagcaaagacaaatctggcaaaggtatatccctctccaaatacagcacaacttgtctcatactt 204  Q
    ||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22808229 ttggtacccaaaagttaaaccagaagaagataaactaagcgaagacaaatctggcaaagctatatccctctccaaatactgcacaacttgtctcatactt 22808328  T
Q  205 ggtctagccaaaggttctgaatgtgaacacaacaaaccaagtttcaacaccaactcaacctcttcagacacataatctgtccccaaatttacatcttttg 304  Q
    |||||| ||| ||| ||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| || |||| |||||||||||    
T  22808329 ggtctaaccagaggctctgaatgcaaacacaacaagccaagtttcaacaccaattcaacctcttcagacacataatttgttcctaaatatacatcttttg 22808428  T
Q  305 catcaagaatatcacctcttttccaaca 332  Q
    | |||||||| |||||||||||||||||    
T  22808429 cctcaagaatttcacctcttttccaaca 22808456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 148; E-Value: 4e-78
Query Start/End: Original strand, 105 - 332
Target Start/End: Original strand, 22887907 - 22888134
Alignment:
Q  105 ttggttcccaaaagttaatccagaataagataaactaagcaaagacaaatctggcaaaggtatatccctctccaaatacagcacaacttgtctcatactt 204  Q
    ||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  22887907 ttggtacccaaaagttaaaccagaagaagataaactaagcgaagaaaaatctggcaaaggtgtatccctctccaaatactgtacaacttgtctcatactt 22888006  T
Q  205 ggtctagccaaaggttctgaatgtgaacacaacaaaccaagtttcaacaccaactcaacctcttcagacacataatctgtccccaaatttacatcttttg 304  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||| || ||||  ||||||||||    
T  22888007 ggtctagccaaaggctctgaatgtgaacacaacaagccaagtttcaacaccaattccacctcttcagacacataatttgttcctaaatgaacatcttttg 22888106  T
Q  305 catcaagaatatcacctcttttccaaca 332  Q
    | |||||||| |||||||||| ||||||    
T  22888107 cctcaagaatctcacctctttgccaaca 22888134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 105 - 332
Target Start/End: Original strand, 22803945 - 22804172
Alignment:
Q  105 ttggttcccaaaagttaatccagaataagataaactaagcaaagacaaatctggcaaaggtatatccctctccaaatacagcacaacttgtctcatactt 204  Q
    ||||| |||||||||||||||| |  |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22803945 ttggtgcccaaaagttaatccataggaagataaactaagcaatgacaaatctggtaaaggtaaatccctctccaaatactgcacaacttgtctcatactt 22804044  T
Q  205 ggtctagccaaaggttctgaatgtgaacacaacaaaccaagtttcaacaccaactcaacctcttcagacacataatctgtccccaaatttacatcttttg 304  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||| || |||| ||||||||| |    
T  22804045 ggtctagccaaaggctctgaatgtgaacacatcaagccaagtttcaacaccaattccacctcttcagacacataatttgttcctaaatatacatctttag 22804144  T
Q  305 catcaagaatatcacctcttttccaaca 332  Q
    | |||||||| |||||||||||| ||||    
T  22804145 cctcaagaatttcacctcttttcaaaca 22804172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 105 - 274
Target Start/End: Original strand, 22870443 - 22870612
Alignment:
Q  105 ttggttcccaaaagttaatccagaataagataaactaagcaaagacaaatctggcaaaggtatatccctctccaaatacagcacaacttgtctcatactt 204  Q
    ||||| |||||||||||||||| |  |||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22870443 ttggtgcccaaaagttaatccataggaagataaactaagcaatgacaaagctggtaaaggtatatccctctccaaatactgcacaacttgtctcatactt 22870542  T
Q  205 ggtctagccaaaggttctgaatgtgaacacaacaaaccaagtttcaacaccaactcaacctcttcagaca 274  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  22870543 ggtctagccaaaggctctgaatgtgaacacatcaagccaagtttcaacaccaattccacctcttcagaca 22870612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 168 - 332
Target Start/End: Original strand, 22912331 - 22912495
Alignment:
Q  168 atccctctccaaatacagcacaacttgtctcatacttggtctagccaaaggttctgaatgtgaacacaacaaaccaagtttcaacaccaactcaacctct 267  Q
    ||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||  ||  |||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||    
T  22912331 atccctctccaaatacctcaaaacttgtctcatacttggtctagccaaagcctcacaatgtgaacataacaaaccaagtttcaaaaccaattcaacttct 22912430  T
Q  268 tcagacacataatctgtccccaaatttacatcttttgcatcaagaatatcacctcttttccaaca 332  Q
    |||  |||||||||    || ||||| |||||||| || |||| ||| |||||||||||||||||    
T  22912431 tcaaccacataatccacacctaaattcacatctttagcctcaataatctcacctcttttccaaca 22912495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 137; Significance: 2e-71; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 124 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 21152086 - 21151878
Alignment:
Q  124 ccagaataagataaactaagcaaagacaaatctggcaaaggtatatccctctccaaatacagcacaacttgtctcatacttggtctagccaaaggttctg 223  Q
    |||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |    
T  21152086 ccagaagaagataaactaagtgaagacaaatctggcaaaggtatatccctctccaaatactgcacaacttgcctcatacttggtctagccaaaggctcgg 21151987  T
Q  224 aatgtgaacacaacaaaccaagtttcaacaccaactcaacctcttcagacacataatctgtccccaaatttacatcttttgcatcaagaatatcacctct 323  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| | ||| || |||| | |||||||||| |||||||| ||||||||    
T  21151986 aatgtgaacacaacaagccaagtttcaacaccaattccacctcttcagacacatattttgttcctaaatatgcatcttttgcctcaagaatttcacctct 21151887  T
Q  324 tttccaaca 332  Q
    |||||||||    
T  21151886 tttccaaca 21151878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University