View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18947_high_1 (Length: 964)

Name: NF18947_high_1
Description: NF18947
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18947_high_1
NF18947_high_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (18-949)||(42718835-42719768)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 906; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 906; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 949
Target Start/End: Original strand, 42718835 - 42719768
Alignment:
Q  18 tacttttcttttttccatctttgcttaaacattttaccccagtcaaattatatggtaaacgttctttcttcccttttctttctttgcgtgctgtttgtag 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  42718835 tacttttcttttttccatctttgcttaaacattttaccccagtcaaattatatggtaaacgttctttcttcccttttctttcattgcgtgctgtttgtag 42718934  T
Q  118 tttgcatattggtacctacaactgctacgacagaccataagaaacaggtctgttcacaacagagtaggggaccatggcctgttgacatgcccaaattttt 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42718935 tttgcatattggtacctacaactgctacgacagaccataagaaacaggtctgttcacaacagagtaggggaccatggcctgttgacatgcccaaattttt 42719034  T
Q  218 tacttgattttcatccacatgcttaaagtctcataataagtaaggacaaatgaaaaatgagcagaagataaccacccccttgtttgtcataacacgaata 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42719035 tacttgattttcatccacatgcttaaagtctcataataagtaaggacaaatgaaaaatgagcagaagataaccacccccttgtttgtcataacacgaata 42719134  T
Q  318 catgctgagaaactactaggtaaaatttgcatatagacaaaaattcaaaacattgggtccgcacaagcatataccaaaagtgtcccctttggtaatgatc 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42719135 catgctgagaaactactaggtaaaatttgcatatagacaaaaattcaaaacattgggtccgcacaagcatataccaaaagtgtcccctttggtaatgatc 42719234  T
Q  418 acccaaacaca-ttttatctttagtagcaaatctattttagattatattacttgaggctgagatgtgagtgcaatctattttctgagctggaagcatatt 516  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42719235 acccaaacacatttttatctttagtagcaaatctattttacattatattacttgaggctgagatgtgagtgcaatctattttctgagctggaagcatatt 42719334  T
Q  517 atagcatgtggtttgtgtttgtttattattgcttattgcttattgcttagcactagagtatacgtattttggttgtgtgatatttcaagtcaaaagtcaa 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42719335 atagcatgtggtttgtgtttgtttattattgcttattgcttattgcttagcactagagtatacgtattttggttgtgtgatatttcaagtcaaaagtcaa 42719434  T
Q  617 gtctacccacccactcactttacccaccaatgccaaatagcagcacaccatcactgcactgggaacatgccttacctcctcccatgtctattatgatgag 716  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42719435 gtctacccacccactcactttacccaccaatgccaaatagcagcacaccatcactgcactgggaacatgccttacctcctcccatgtctattatgatgag 42719534  T
Q  717 cccttgtgaaaaatcttcaggcagaatcccaacagtagaaaattgattcctcatttctgatttc-aaatggcctaaattctccatttaggcactgtgatg 815  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42719535 cccttgtgaaaaatcttcaggcagaatcccaacagtagaaaattgattcctcatttctgatttcaaaatggcctaaattctccatttaggcactgtgatg 42719634  T
Q  816 atgtcacctatcttttgtaagtgggtcctacaatacctttctctccataccaccttaccctctgctgcttacttctgctctctttggtgcagtctctttg 915  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42719635 atgtcacctatcttttgtaagtgggtcctacaatacctttctctccataccaccttaccctctgctgcttacttctgctctctttggtgcagtctctttg 42719734  T
Q  916 ctttccccatcactactcaccgtacctgcctttg 949  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42719735 cttgccccatcactactcaccgtacctgcctttg 42719768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University