View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18949_low_1 (Length: 590)

Name: NF18949_low_1
Description: NF18949
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18949_low_1
NF18949_low_1
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (13-547)||(31264086-31264631)
chr6 (150-530)||(22049424-22049815)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (39-523)||(22144698-22145194)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (39-517)||(13814587-13815076)
chr3 (39-514)||(12212515-12213003)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (150-530)||(44359809-44360200)
chr2 (156-309)||(15850956-15851109)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 475; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 475; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 547
Target Start/End: Original strand, 31264086 - 31264631
Alignment:
Q  13 aatatttgagggtttgattgagatgaagtcataacattgagatccataaatataaattattacttatcggataaattaccatctttccaatattacggag 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31264086 aatatttgagggtttgattgagatgaagtcataacattgagatccataaatataaattattactcatcggataaattaccatctttccaatattacggag 31264185  T
Q  113 atgctctattccatgtctttcaactttctttgaattcagacttctgttgagacaaatttgcatctgagtgttcttgtcacgtatgatattaacgactagt 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31264186 atgctctattccatgtctttcaactttccttgaattcagacttctgttgcgacaaatttgcatttgagtgttcttgtcacgtatgatattaacgactagt 31264285  T
Q  213 ttgagcgactcatcactgcctcttgggacttctgatgaacgttgtttgggtcttctatggccatgttaacgtataatttgcctaggacgtctagactctt 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  31264286 ttgagcgactcatcactgcctcttgggacttctgatgaacgttgttttggtcttctatggccatgttaacgtataattttcctaggacgtctagactctt 31264385  T
Q  313 acatgcagta-tctcattctctatggtattcattcatgtttgggactgagaattgttcgggtgggcatag----------aacatatttcgctccaatgc 401  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||    
T  31264386 acatgcagtattctcattctctatggtattcattcatgtttgggactgagaattgttcgggtgggcatagaacatattgaaacatatttcgctccaatgc 31264485  T
Q  402 ccacacttgacccatacactctaccatttttgctagagtgtactttgtttcttgaaacttagagaaagtatgaaaccctcatttaattccatacctatct 501  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31264486 ccacacttgacccatacactctaccatttttgctagagtgtactttatttcttgaaacttagagaaagtatgaaaccctcatttaattccatacctatct 31264585  T
Q  502 tcatccattgtagaaatatgaaaattgaaatcctttaaaacccata 547  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31264586 tcatccattgtagaaatatgaaaattgaaatcctttaaaacccata 31264631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 150 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 22049815 - 22049424
Alignment:
Q  150 agacttctgttgagacaaatttgcatctgagtgttcttgtcacgtatgatattaacgactagtttgagcgactcatcactgcctcttgggacttctgatg 249  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||  |||||||| |||| ||| |||| |||||| |||| ||||||||||| || ||||||||    
T  22049815 agacatctgttgagacgaatttgcatctgattgttcttgttgcgtatgatgttaatgaccagttcgagcgattcattactgcctcttgtgatttctgatg 22049716  T
Q  250 aacgttgtttgggtcttctatggccatgttaacgtataatttgcctaggacgtctagactcttacatgcagtat-ctcattctctatggtattcattcat 348  Q
    |||||||||| ||| |||| ||||| ||||  |||| |  ||||| | |||||  |||||||| ||||| |||| | ||||||||| | ||||  |||||    
T  22049715 aacgttgttttggttttctttggccttgttggcgtaaagattgcccaagacgtgcagactcttccatgcggtattcccattctctacgatattggttcat 22049616  T
Q  349 gtttgggactgagaattgttcgggtgggcataga----------acatatttcgctccaatgcccacacttgacccatacactctaccatttttgctaga 438  Q
    ||||| || ||||||| ||||  |||||||||||          ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||| ||    
T  22049615 gtttgcgaatgagaatcgttcttgtgggcatagacaatattaaaacatatttcgctcaaatgcccacactcgacccatacattctaccatttctgctgga 22049516  T
Q  439 gtgtactttgtttcttgaaacttagagaaagtatgaaaccctcatttaattccatacctatcttcatccattgtagaaatatgaaaattgaa 530  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  22049515 gtgtaccttgttccttgaaacttagagaaagcatgaaactctcattcaattccaaaccaatcttcatccattgtagaaaaatgaacattgaa 22049424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 186; Significance: 1e-100; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 39 - 523
Target Start/End: Original strand, 22144698 - 22145194
Alignment:
Q  39 agtcataacattgagatccataaatataaattattacttatcggataaattaccatctttccaatatt-acggagatgctctattccatgtctttcaact 137  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||| ||  |||||||    
T  22144698 agtcataacattgcgaaccataaatataaattattactcatcggataaatcaccatctgtccagtattgacggagatgctctattccacgtaattcaact 22144797  T
Q  138 ttctttgaattcagacttctgttgagacaaatttgcatctgagtgttcttgtcacgtatgatattaacgactagtttgagcgactcatcactgcctcttg 237  Q
    | | ||||||| |||| | ||||||||| ||||||||||||| |||||| ||  |||||||| |||| | | |||| |||||||||||||||| ||||||    
T  22144798 tcccttgaatttagacatttgttgagacgaatttgcatctgattgttctcgttgcgtatgatgttaatggccagttcgagcgactcatcactgtctcttg 22144897  T
Q  238 ggacttctgatgaacgttgtttgggtcttctatggccatgttaacgtataatttgcctaggacgtctagactcttacatgcagta-tctcattctctatg 336  Q
     || |||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||| ||||| |  ||||||| |||||  |||||||| ||||| ||| || || |||||| |    
T  22144898 tgatttctgatgaacgttgttttggtcttctttggccttgttgacgtaaagattgcctaagacgtgcagactcttccatgcggtattcccactctctacg 22144997  T
Q  337 gtattcattcatgtttgggactgagaattgttcgggtgggcatag----------aacatatttcgctccaatgcccacacttgacccatacactctacc 426  Q
     ||||  |||||||||| || ||||||| ||||  ||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||    
T  22144998 atattggttcatgtttgcgagtgagaatcgttcttgtgggcatagacaatattgaaacatatttcgctccaatgcccacactcgacccatgcattctacc 22145097  T
Q  427 atttttgctagagtgtactttgtttcttgaaacttagagaaagtatgaaaccctcatttaattccatacctatcttcatccattgtagaaatatgaa 523  Q
    |||| |||| || ||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||| | |||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  22145098 atttctgctggactgtaccttgttccttgaaacttagagaaagcatgaaactcccattcaattccaaaccaatcttcatccattgtagaaaaatgaa 22145194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 168; Significance: 9e-90; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 9e-90
Query Start/End: Original strand, 39 - 517
Target Start/End: Complemental strand, 13815076 - 13814587
Alignment:
Q  39 agtcataacattgagatccataaatataaattattacttatcggataaattaccatctttccaatatt-acggagatgctctattccatgtctttcaact 137  Q
    |||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||| ||| ||||||| ||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||| ||  |||||||    
T  13815076 agtcataacactgagaaccataagtataaattattactcatcagataaatcaccatctatccagtattgacggagatgctctattccacgtaattcaact 13814977  T
Q  138 ttctttgaattcagacttctgttgagacaaatttgcatctgagtgttcttgtcacgtatgatattaacgactagtttgagcgactcatcactgcctcttg 237  Q
    | | ||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||  |||||||| |||  | | |||| ||||||||||| |||| ||||||    
T  13814976 tcccttgaatttagacatctgttgagacgaatttgcatctgattgttctcgttgcgtatgatgttagtggccagttcgagcgactcattactgtctcttg 13814877  T
Q  238 ggacttctgatgaacgttgtttgggtcttctatggccatgttaacgtataatttgcctaggacgtctagactcttacatgcagta-tctcattctctatg 336  Q
     || || | ||||||||||||| |||||||| ||||| |||| ||||| |  ||||||| |||||  |||||||| ||||  ||| || ||||||||| |    
T  13814876 tga-tttttatgaacgttgttttggtcttctttggccttgttgacgtaaagattgcctaagacgtgcagactcttccatgtggtattcccattctctacg 13814778  T
Q  337 gtattcattcatgtttgggactgagaattgttcgggtgggcatag----------aacatatttcgctccaatgcccacacttgacccatacactctacc 426  Q
     ||||  |||||||||| || ||||||| ||||  ||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||    
T  13814777 atattggttcatgtttgcgagtgagaatcgttcttgtgggcatagacaatattgaaacatatttcgctccaatgcccacactcgacccttacattctacc 13814678  T
Q  427 atttttgctagagtgtactttgtttcttgaaacttagagaaagtatgaaaccctcatttaattccatacctatcttcatccattgtagaaa 517  Q
    |||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| | |||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  13814677 atttctgctggagtgtactttgttccttgaaacttagagaaagcatgaaactcccattcaattccaaaccaatcttcatccattgtagaaa 13814587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 39 - 514
Target Start/End: Original strand, 12212515 - 12213003
Alignment:
Q  39 agtcataacattgagatccataaatataaattattacttatcggataaattaccatctttccaatatt-acggagatgctctattccatgtctttcaact 137  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||| || | |||| ||||||||||||||||||| ||  |||||||    
T  12212515 agtcataacattgagaaccataaatataaattattactcatcggataaatcatcatctgtctagtattgacggagatgctctattccacgtaattcaact 12212614  T
Q  138 ttctttgaattcagacttctgttgagacaaatttgcatctgagtgttcttgtcacgtatgatattaacgactagtttgagcgactcatcactgcctcttg 237  Q
    | | ||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||  ||||||||||||| | | |||| ||||||||||| || | ||||||    
T  12212615 tcccttgaatttagacatctgttgagacgaatttgcatctgattgttctcgttgcgtatgatattaatggccagttcgagcgactcattaccgtctcttg 12212714  T
Q  238 ggacttctgatgaacgttgtttgggtcttctatggccatgttaacgtataatttgcctaggacgtctagactcttacatgcagta-tctcattctctatg 336  Q
     || ||||||||||| |||||| ||||| || ||||| |||| | ||| |  || |||| |||||  |||||||| ||||| ||| || ||||||||| |    
T  12212715 tgatttctgatgaacattgttttggtctactttggccttgttgaggtaaagatttcctaagacgtgcagactcttccatgcggtattcccattctctacg 12212814  T
Q  337 gtattcattcatgtttgggactgagaattgttcgggtgggcatag----------aacatatttcgctccaatgcccacacttgacccatacactctacc 426  Q
     ||||  |||||||||| || ||||||| ||||  ||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  12212815 atattggttcatgtttgcgagtgagaatcgttcttgtgggcatagacaatattgaaacatatttcgctccaatgcccacactcgacccatacattctacc 12212914  T
Q  427 atttttgctagagtgtactttgtttcttgaaacttagagaaagtatg-aaaccctcatttaattccatacctatcttcatccattgtag 514  Q
    |||| |||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||| |||| | |||| ||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  12212915 atttctgctggagtgtaccttgttccttgaaacttagagaaagcatgaaaactcgcattcaattccaaaccaatcttcatccattgtag 12213003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 141; Significance: 1e-73; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 150 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 44360200 - 44359809
Alignment:
Q  150 agacttctgttgagacaaatttgcatctgagtgttcttgtcacgtatgatattaacgactagtttgagcgactcatcactgcctcttgggacttctgatg 249  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||  |||||||| |||| ||| |||| |||||| |||| ||||||||||| || ||||||||    
T  44360200 agacatctgttgagacgaatttgcatctgattgttcttgttgcgtatgatgttaatgaccagttcgagcgattcattactgcctcttgtgatttctgatg 44360101  T
Q  250 aacgttgtttgggtcttctatggccatgttaacgtataatttgcctaggacgtctagactcttacatgcagtat-ctcattctctatggtattcattcat 348  Q
    |||||||||| ||| |||| ||||| ||||  |||| |  ||||| | |||||  |||||||| ||||| |||| | ||||||||| | ||||  |||||    
T  44360100 aacgttgttttggttttctttggccttgttggcgtaaagattgcccaagacgtgcagactcttccatgcggtattcccattctctacgatattggttcat 44360001  T
Q  349 gtttgggactgagaattgttcgggtgggcataga----------acatatttcgctccaatgcccacacttgacccatacactctaccatttttgctaga 438  Q
    ||||| || ||||||| ||||  |||||||||||          ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||| ||    
T  44360000 gtttgcgaatgagaatcgttcttgtgggcatagacaatattaaaacatatttcgctcaaatgcccacactcgacccatacattctaccatttctgctgga 44359901  T
Q  439 gtgtactttgtttcttgaaacttagagaaagtatgaaaccctcatttaattccatacctatcttcatccattgtagaaatatgaaaattgaa 530  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  44359900 gtgtaccttgttccttgaaacttagagaaagcatgaaactctcattcaattccaaaccaatcttcatccattgtagaaaaatgaacattgaa 44359809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 156 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 15851109 - 15850956
Alignment:
Q  156 ctgttgagacaaatttgcatctgagtgttcttgtcacgtatgatattaacgactagtttgagcgactcatcactgcctcttgggacttctgatgaacgtt 255  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||   ||||||| |||| |   |||| ||||||||||| |||| || |||| |||||| |||||||||    
T  15851109 ctgttgagacaaatttgcatctgattgttcttgttgtgtatgatgttaatggtgagttcgagcgactcattactgtcttttggaacttcttatgaacgtt 15851010  T
Q  256 gtttgggtcttctatggccatgttaacgtataatttgcctaggacgtctagact 309  Q
    |||| |||||||| ||||| |||| ||||| | ||| |||| ||||| ||||||    
T  15851009 gttttggtcttctttggccttgttgacgtaaagttttcctaagacgtgtagact 15850956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University