View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF18955_low_1 (Length: 854)
Name: NF18955_low_1
Description: NF18955
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF18955_low_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 643; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 643; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 156 - 838
Target Start/End: Original strand, 27090420 - 27091101
Alignment:
| Q |
156 |
ggttttcaaaccacaatcttgtacaaatccttagcgagtacgacgtcctcctctatttggatattgaaatccaatgccttccatagtggcaattgtgttg |
255 |
Q |
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| T |
27090420 |
ggttttcaaaccacaatcttgtacaaatccttagcgagtacgacgtcctcctctatttggatattgaaatccaatgccttccatagtggcaattgtgttg |
27090519 |
T |
|
| Q |
256 |
aacattggtctcttgtacacctcttccaatagttgcggtcgatgaagctgcaagctcctatgctgctccatgtttgaatgatttttaggtatcctcgaca |
355 |
Q |
| |
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| T |
27090520 |
aacattggtctcttgtacacctcttccaatagttgtggtcgatgaagctgcaagctcctatgctgctccatgtttgaatgatttttaggtatcctcgacg |
27090619 |
T |
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| Q |
356 |
atccgtgatggctcgttccatggccaccacatctaccaccattacaagagtccattttcgggtgcaaaaaatatttggcgaaattacttgtgtctccctc |
455 |
Q |
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| T |
27090620 |
atccgtgatggctcgttccatggccaccacatctacaaccattacaatagtccattttcgggtgcaaaaaatatttggcgaaattacttgtgtctccctc |
27090719 |
T |
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| Q |
456 |
ttctatatgccttgatctaatgcattgtagatagttatgtttggctctagcttcttctactattgttgggcaatgttcatcttcatgatattggatattt |
555 |
Q |
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| T |
27090720 |
ttctatatgtcttgatctaatgcattgtagattgttatgtttggctctagcttcttctactattgttgggcaatgctcatcttcatgatattggatattt |
27090819 |
T |
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| Q |
556 |
gaacatttgtaggagttcattgagcttggtgagcttccatcatcattcatatataaatctacaaaatacatatatggttcataaatgaggcagaacaacg |
655 |
Q |
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| T |
27090820 |
gaacatttgtaggagttcattgagcttggtgagcttccatcatcattcatatataaatctacaaaatacatatatggttcataaatgaggcagaacaacg |
27090919 |
T |
|
| Q |
656 |
tatcattcaaatctataaaataatatgtaaaaagtgtgctaaagattttgctagtattatccaaacttgaaacatatatttaccaaagtgttttacaagt |
755 |
Q |
| |
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| T |
27090920 |
tatcattcaaatctataaaataatatgtaaaaagtgtgctaaagattttgctagtattatccaaacttgaaa-atatatttaccaaagtgttttacaagt |
27091018 |
T |
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| Q |
756 |
aaaattaccttgattccattcttgaggaaacatgctatgctttgcacagaagtgggccttggagtgagacttagggagagaat |
838 |
Q |
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|
| T |
27091019 |
aaaattaccttgattccattcttgaggaaacatgctatgctttgcacagaagtgggccttggagtgagacttagtgagagaat |
27091101 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 643; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 156 - 838
Target Start/End: Complemental strand, 27187881 - 27187200
Alignment:
| Q |
156 |
ggttttcaaaccacaatcttgtacaaatccttagcgagtacgacgtcctcctctatttggatattgaaatccaatgccttccatagtggcaattgtgttg |
255 |
Q |
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| T |
27187881 |
ggttttcaaaccacaatcttgtacaaatccttagcgagtacgacgtcctcctctatttggatattgaaatccaatgccttccatagtggcaattgtgttg |
27187782 |
T |
|
| Q |
256 |
aacattggtctcttgtacacctcttccaatagttgcggtcgatgaagctgcaagctcctatgctgctccatgtttgaatgatttttaggtatcctcgaca |
355 |
Q |
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| T |
27187781 |
aacattggtctcttgtacacctcttccaatagttgtggtcgatgaagctgcaagctcctatgctgctccatgtttgaatgatttttaggtatcctcgacg |
27187682 |
T |
|
| Q |
356 |
atccgtgatggctcgttccatggccaccacatctaccaccattacaagagtccattttcgggtgcaaaaaatatttggcgaaattacttgtgtctccctc |
455 |
Q |
| |
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|
|
| T |
27187681 |
atccgtgatggctcgttccatggccaccacatctacaaccattacaatagtccattttcgggtgcaaaaaatatttggcgaaattacttgtgtctccctc |
27187582 |
T |
|
| Q |
456 |
ttctatatgccttgatctaatgcattgtagatagttatgtttggctctagcttcttctactattgttgggcaatgttcatcttcatgatattggatattt |
555 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27187581 |
ttctatatgtcttgatctaatgcattgtagattgttatgtttggctctagcttcttctactattgttgggcaatgctcatcttcatgatattggatattt |
27187482 |
T |
|
| Q |
556 |
gaacatttgtaggagttcattgagcttggtgagcttccatcatcattcatatataaatctacaaaatacatatatggttcataaatgaggcagaacaacg |
655 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27187481 |
gaacatttgtaggagttcattgagcttggtgagcttccatcatcattcatatataaatctacaaaatacatatatggttcataaatgaggcagaacaacg |
27187382 |
T |
|
| Q |
656 |
tatcattcaaatctataaaataatatgtaaaaagtgtgctaaagattttgctagtattatccaaacttgaaacatatatttaccaaagtgttttacaagt |
755 |
Q |
| |
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|
|
| T |
27187381 |
tatcattcaaatctataaaataatatgtaaaaagtgtgctaaagattttgctagtattatccaaacttgaaa-atatatttaccaaagtgttttacaagt |
27187283 |
T |
|
| Q |
756 |
aaaattaccttgattccattcttgaggaaacatgctatgctttgcacagaagtgggccttggagtgagacttagggagagaat |
838 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
27187282 |
aaaattaccttgattccattcttgaggaaacatgctatgctttgcacagaagtgggccttggagtgagacttagtgagagaat |
27187200 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 11 - 122
Target Start/End: Original strand, 27090275 - 27090386
Alignment:
| Q |
11 |
cagagatttggataacaaacacaagtttattacacaattatacttgaattaaaaatactttcacacatcaaacattatagagcaaagcaattcaagacaa |
110 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27090275 |
cagagatttggataacaaacacaagtttattacacaattatacttgaattaaaaatactttcacacatcaaacattatagagcaaagcaattcaagacaa |
27090374 |
T |
|
| Q |
111 |
cacaacaaacac |
122 |
Q |
| |
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|||||||||||| |
|
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| T |
27090375 |
cacaacaaacac |
27090386 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 112; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 11 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 27188026 - 27187915
Alignment:
| Q |
11 |
cagagatttggataacaaacacaagtttattacacaattatacttgaattaaaaatactttcacacatcaaacattatagagcaaagcaattcaagacaa |
110 |
Q |
| |
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| T |
27188026 |
cagagatttggataacaaacacaagtttattacacaattatacttgaattaaaaatactttcacacatcaaacattatagagcaaagcaattcaagacaa |
27187927 |
T |
|
| Q |
111 |
cacaacaaacac |
122 |
Q |
| |
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|||||||||||| |
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| T |
27187926 |
cacaacaaacac |
27187915 |
T |
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