View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18963_low_16 (Length: 448)

Name: NF18963_low_16
Description: NF18963
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18963_low_16
NF18963_low_16
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (1-444)||(14024650-14025092)
chr6 (9-395)||(13875602-13875988)
chr6 (9-390)||(14014527-14014908)
chr6 (9-394)||(14109853-14110238)
chr6 (9-395)||(13473290-13473676)
chr6 (9-398)||(13863129-13863518)
chr6 (9-390)||(13893311-13893692)
chr6 (9-392)||(14022096-14022478)
chr6 (9-395)||(14084047-14084433)
chr6 (9-398)||(14046781-14047170)
chr6 (9-395)||(13931740-13932126)
chr6 (9-227)||(13911239-13911457)
chr6 (270-390)||(13911460-13911579)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (168-254)||(37164850-37164936)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 348; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 348; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 444
Target Start/End: Original strand, 14024650 - 14025092
Alignment:
Q  1 cacagaggtcaagattatcttcataacatgaggaatcaaaactttgtagttgtgtactccttggaatttctccagataattgattatgtgacaaatctaa 100  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  14024650 cacaaaggtcaagattatcttcataacatgaggaatcaaaactttgtagttgtgtactcgttggaatttctccagataattgattatgtgacaaatctag 14024749  T
Q  101 cacagcaagtcgatctattcgggaaagactagacggaattgaaccaagcaacttatttcgtgataaatcaagaaagtcaagtgctgttaactttccgatt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||| |||    
T  14024750 cacagcaagtcgatctattcgggaaagactagacggaattgaaccaagcaacttatttcgtgacaaatcaagaaagtcaagtgatattaactttccaatt 14024849  T
Q  201 cttgaaggaattttccctataaagttgtttcttgataagttcaatgagaccaattggatcaaatcagcaatttcaggtggaatctcgtatgaaaagtgat 300  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  14024850 cttgaaggaattttccctgtgaagttgtttcttgataagttcaatgagaccaattggatcaaatcagcaatttcaggtggaatctcgtctgaaaagtgat 14024949  T
Q  301 tgctagataaatctatgcttttcagaagagacaattcattgttgttgaacacttgttctacacctttccatgtcaagaatgcattcaattcatattcatt 400  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |     
T  14024950 tgctggataaatctatgcttttcaggagagacaattcattgttgttgaacacttgttctacacctttccatgtcaagaatgcattcagttcatattcttc 14025049  T
Q  401 tacataaccctcatatcctcgacttatatcatatttgatgatgt 444  Q
    | ||||||||  | |||||||  |||||| ||| ||||||||||    
T  14025050 tccataacccgaagatcctcgggttatataata-ttgatgatgt 14025092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 9 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 13875988 - 13875602
Alignment:
Q  9 tcaagattatcttcataacatgaggaatcaaaactttgtagttgtgtactccttggaatttctccagataattgattatgtgacaaatctaacacagcaa 108  Q
    |||||||||||||| |||  ||||| ||  ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||    
T  13875988 tcaagattatcttcgtaatttgaggcattgaaactttgtagttgtgtactctttggaatctctccagataattggttatgtgacaaatctaacacaccaa 13875889  T
Q  109 gtcgatctattcgggaaagactagacggaattgaaccaagcaacttatttcgtgataaatcaagaaagtcaagtgctgttaactttccgattcttgaagg 208  Q
    | || |||||| | ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||  || ||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||    
T  13875888 gccggtctatttgagaaagactagaaggaattgaaccaatcaacttatttctagacaaatcaagaaagtcaagtgatgttagctttccaattcttgaagg 13875789  T
Q  209 aattttccctataaagttgtttcttgataagttcaatgagaccaattggatcaaatcagcaatttcaggtggaatctcgtatgaaaagtgattgctagat 308  Q
    |||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||     
T  13875788 aattttccctgtgaagttatttcttgataagttcaatgagaccaattgaatcaaattagctatttcaggtggaatctcttgtgaaaagtgattgctcgag 13875689  T
Q  309 aaatctatgcttttcagaagagacaattcattgttgttgaacacttgttctacacctttccatgtcaagaatgcattcaattcatat 395  Q
    | |||||  ||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  13875688 agatctacactttttagaagaaacaattgattgttgttgaacacttgttctacacctttccatgttaagagtgcattcaattcatat 13875602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 9 - 390
Target Start/End: Original strand, 14014527 - 14014908
Alignment:
Q  9 tcaagattatcttcataacatgaggaatcaaaactttgtagttgtgtactccttggaatttctccagataattgattatgtgacaaatctaacacagcaa 108  Q
    |||||||||||||| |||| ||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  14014527 tcaagattatcttcgtaacttgaggcattgaaactttgtagttgtgtactccttggaatttctcccgataattgattatgtgacaaatctaacacaccaa 14014626  T
Q  109 gtcgatctattcgggaaagactagacggaattgaaccaagcaacttatttcgtgataaatcaagaaagtcaagtgctgttaactttccgattcttgaagg 208  Q
    | || | |||| | ||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||  |||||||    
T  14014627 gccggtgtatttgtgaaagactagatggaattgaacaaagcaaattatttcttgagaaatcaagaaagtcaagtgatgttagctttccaatatttgaagg 14014726  T
Q  209 aattttccctataaagttgtttcttgataagttcaatgagaccaattggatcaaatcagcaatttcaggtggaatctcgtatgaaaagtgattgctagat 308  Q
    |||||||||  | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||  || ||||| ||||||||||| | ||| ||||||||||| |||    
T  14014727 aattttccccgtcaagttgtttcttgataagttcaacgagaccaattgaatcaaatttgctatttctggtggaatctcttctgagaagtgattgctggat 14014826  T
Q  309 aaatctatgcttttcagaagagacaattcattgttgttgaacacttgttctacacctttccatgtcaagaatgcattcaatt 390  Q
    | ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14014827 agatctatgcttttcagaagagacaagccattgttgttgaactcttgttctacacctttccatgtcaagaatgcattcaatt 14014908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 9 - 394
Target Start/End: Original strand, 14109853 - 14110238
Alignment:
Q  9 tcaagattatcttcataacatgaggaatcaaaactttgtagttgtgtactccttggaatttctccagataattgattatgtgacaaatctaacacagcaa 108  Q
    |||||||||||||| |||| ||||| ||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |    
T  14109853 tcaagattatcttcgtaacttgagggattgaaactttgtagttgtgtactcgttggaatttctccagataattgattatgtgacaaatctaacacactta 14109952  T
Q  109 gtcgatctattcgggaaagactagacggaattgaaccaagcaacttatttcgtgataaatcaagaaagtcaagtgctgttaactttccgattcttgaagg 208  Q
    | || |||||  | || ||||| |  ||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||  ||||| ||  |||||||    
T  14109953 gccggtctatgtgagagagactgggaggaattgaaccaaacaagttatttcgtgacaaatcaagaaagtcaagtgatgttagatttccaatatttgaagg 14110052  T
Q  209 aattttccctataaagttgtttcttgataagttcaatgagaccaattggatcaaatcagcaatttcaggtggaatctcgtatgaaaagtgattgctagat 308  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||| |||    
T  14110053 aattttccctgtcaagttgtttcttgataagttcaacgagaccaattgaatcaaatctgcaatttcaggtggaatctcttctgagaagtgattgctggat 14110152  T
Q  309 aaatctatgcttttcagaagagacaattcattgttgttgaacacttgttctacacctttccatgtcaagaatgcattcaattcata 394  Q
    |  ||||||||||| |||||| ||||  |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  14110153 aggtctatgctttttagaagatacaagccattgttgttaaactcttgttctacacctttccatgtcaagaatgcactcaattcata 14110238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 9 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 13473676 - 13473290
Alignment:
Q  9 tcaagattatcttcataacatgaggaatcaaaactttgtagttgtgtactccttggaatttctccagataattgattatgtgacaaatctaacacagcaa 108  Q
    |||||||||||||| |||| ||| | ||  ||||||||||||||||| |||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  13473676 tcaagattatcttcgtaacttgacggattgaaactttgtagttgtgtgctcaatggaatctctccagataattgattatgtgacaaatctaacacaccaa 13473577  T
Q  109 gtcgatctattcgggaaagactagacggaattgaaccaagcaacttatttcgtgataaatcaagaaagtcaagtgctgttaactttccgattcttgaagg 208  Q
    | ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||  || |||||||||||||||| | |||  ||||| ||  |||||||    
T  13473576 gccgatctatttgggaaagactagaaggaattgaacctagcaacttatttcgtgccaagtcaagaaagtcaagtgatcttagttttccaatatttgaagg 13473477  T
Q  209 aattttccctataaagttgtttcttgataagttcaatgagaccaattggatcaaatcagcaatttcaggtggaatctcgtatgaaaagtgattgctagat 308  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || |||||| |||||||||| | ||||||||||||||| |||    
T  13473476 aattttccctgtaaaattgtttcttgataagttcaaagagaccaattgaatcaaatctgctatttcaagtggaatctcctctgaaaagtgattgcttgat 13473377  T
Q  309 aaatctatgcttttcagaagagacaattcattgttgttgaacacttgttctacacctttccatgtcaagaatgcattcaattcatat 395  Q
    | |||||||||||| | |||| ||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||| || ||||||||| |||| ||||||    
T  13473376 agatctatgctttttaaaagaaacaatccattgttgttgaacagttcttctacacctttccaggtaaagaatgcactcaaatcatat 13473290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 9 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 13863518 - 13863129
Alignment:
Q  9 tcaagattatcttcataacatgaggaatcaaaactttgtagttgtgtactccttggaatttctccagataattgattatgtgacaaatctaacacagcaa 108  Q
    |||||||||||||| ||| |||||| ||  |||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| || |||    
T  13863518 tcaagattatcttcgtaaaatgaggcattgaaaccttgtagttgtgtactctttggaatttcaccagataattgattatgtgacacatctaacccaccaa 13863419  T
Q  109 gtcgatctattcgggaaagactagacggaattgaaccaagcaacttatttcgtgataaatcaagaaagtcaagtgctgttaactttccgattcttgaagg 208  Q
    | ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||  |||||||    
T  13863418 gccgatctatttgggaaagactagaaggaattgaaccaaacaacttgttttgtgacaaatcaagaaattcaagtgatgttaaccttccgatatttgaagg 13863319  T
Q  209 aattttccctataaagttgtttcttgataagttcaatgagaccaattggatcaaatcagcaatttcaggtggaatctcgtatgaaaagtgattgctagat 308  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||| || | |||||||||||| |||||||  || ||||||||||||||||| |  |||||||||||||| |||    
T  13863318 aattttccctgtcaagttgtttcttgataaatttagtgagaccaattgaatcaaatttgctatttcaggtggaatctcttccgaaaagtgattgcttgat 13863219  T
Q  309 aaatctatgcttttcagaagagacaattc-attgttgttgaacacttgttctacacctttccatgtcaagaatgcattcaattcatattca 398  Q
    | |||||||||||| |||||| |||| || ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  13863218 agatctatgctttttagaaga-acaaatcgattgttgatgaacagttgttctacacctttccatgtcaacaatgcattcaattgatattca 13863129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 9 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 13893692 - 13893311
Alignment:
Q  9 tcaagattatcttcataacatgaggaatcaaaactttgtagttgtgtactccttggaatttctccagataattgattatgtgacaaatctaacacagcaa 108  Q
    |||||||||||||| |||| ||||| ||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||    
T  13893692 tcaagattatcttcgtaacttgaggcattgaaactttgtagttgtgtactcgttggaatttctccagacaattgattatgtgacagatctaacacaccaa 13893593  T
Q  109 gtcgatctattcgggaaagactagacggaattgaaccaagcaacttatttcgtgataaatcaagaaagtcaagtgctgttaactttccgattcttgaagg 208  Q
      |||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||  |||||||    
T  13893592 tccgatctattttggaaagactagaaggaattgaaccaagcaacttattttgtgacaaatcaagaaagtcaagtgatgttaattttccgatatttgaagg 13893493  T
Q  209 aattttccctataaagttgtttcttgataagttcaatgagaccaattggatcaaatcagcaatttcaggtggaatctcgtatgaaaagtgattgctagat 308  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||| || | |||||| ||||| | ||||   || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||     
T  13893492 aattttccctgtcaagttgtttcttgataaatttagtgagactaattgaaccaaagttgctatttcaggtggaatctcgtgtgaaaagtgattgcttgag 13893393  T
Q  309 aaatctatgcttttcagaagagacaattcattgttgttgaacacttgttctacacctttccatgtcaagaatgcattcaatt 390  Q
    | |||||| ||||| ||||||  |||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  13893392 agatctatactttttagaagaagcaatccattgttgttgaaaaattgttctacacctttccacatcaagaatgcattcaatt 13893311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 9 - 392
Target Start/End: Original strand, 14022096 - 14022478
Alignment:
Q  9 tcaagattatcttcataacatgaggaatcaaaactttgtagttgtgtactccttggaatttctccagataattgattatgtgacaaatctaacacagcaa 108  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||| ||||||| | ||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||  ||    
T  14022096 tcaagattatcttcgtaacatgagggatcgaaactttgtagctgtgtacacgttggaatctctccatataattgattatgtgacacatctaacacactaa 14022195  T
Q  109 gtcgatctattcgggaaagactagacggaattgaaccaagcaacttatttcgtgataaatcaagaaagtcaagtgctgttaactttccgattcttgaagg 208  Q
    ||||||| ||| | ||||||||||| |||||| ||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||  |||||||    
T  14022196 gtcgatcaatttgagaaagactagaaggaatt-aaccacgcaacttgttttgtgataaatcaagaaagtcaagtgatgttagctttccaatatttgaagg 14022294  T
Q  209 aattttccctataaagttgtttcttgataagttcaatgagaccaattggatcaaatcagcaatttcaggtggaatctcgtatgaaaagtgattgctagat 308  Q
    |||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||||||||||||   ||||||||||||||| ||     
T  14022295 aatttttcctgtgaagttgtttcttgataagttcaatgagaccaattgaatcaaattcgctatttcaggtggaatctctcctgaaaagtgattgcttgag 14022394  T
Q  309 aaatctatgcttttcagaagagacaattcattgttgttgaacacttgttctacacctttccatgtcaagaatgcattcaattca 392  Q
    | |||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||    
T  14022395 agatctatgctttttagaagcaacaattcattgttgttgaatacttggtctacacctttccatgttaagaatggatttaattca 14022478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 9 - 395
Target Start/End: Original strand, 14084047 - 14084433
Alignment:
Q  9 tcaagattatcttcataacatgaggaatcaaaactttgtagttgtgtactccttggaatttctccagataattgattatgtgacaaatctaacacagcaa 108  Q
    |||||||||||||  |||| ||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||  ||    
T  14084047 tcaagattatctttgtaacgtgaggcatcaaaactttgaagttgtgtactctttggaatttctcccgataattgattatgcgacaaatctaacacactaa 14084146  T
Q  109 gtcgatctattcgggaaagactagacggaattgaaccaagcaacttatttcgtgataaatcaagaaagtcaagtgctgttaactttccgattcttgaagg 208  Q
    | || |||||| | || ||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||  ||||| ||  |||||||    
T  14084147 gccggtctatttgagagagactatgaggaattgaaccaagcaacttatttcgtgaaaaatcaagaaagtcaagtgatgctagatttccaatatttgaagg 14084246  T
Q  209 aattttccctataaagttgtttcttgataagttcaatgagaccaattggatcaaatcagcaatttcaggtggaatctcgtatgaaaagtgattgctagat 308  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||  || |||||| ||||||||||   ||||||||||||||| ||     
T  14084247 aattttccctgtgaagttgtttcttgataaattcaaagagaccaattgaatcaaatttgctatttcatgtggaatctctcctgaaaagtgattgcttgag 14084346  T
Q  309 aaatctatgcttttcagaagagacaattcattgttgttgaacacttgttctacacctttccatgtcaagaatgcattcaattcatat 395  Q
    |  ||||||||||| |||||| | ||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||   ||||||||||||||||    
T  14084347 aggtctatgctttttagaagaaataatccattgtttttgaacatttgttctacacctttccaagtcaaatttgcattcaattcatat 14084433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 178; E-Value: 8e-96
Query Start/End: Original strand, 9 - 398
Target Start/End: Original strand, 14046781 - 14047170
Alignment:
Q  9 tcaagattatcttcataacatgaggaatcaaaactttgtagttgtgtactccttggaatttctccagataattgattatgtgacaaatctaacacagcaa 108  Q
    |||||||||||||| |||| ||||| ||  ||||||||||||||||||||| ||||||| |  |||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||    
T  14046781 tcaagattatcttcgtaacttgagggattgaaactttgtagttgtgtactcgttggaatcttgccagataattgattatgtgacagatctaacacactaa 14046880  T
Q  109 gtcgatctattcgggaaagactagacggaattgaaccaagcaacttatttcgtgataaatcaagaaagtcaagtgctgttaactttccgattcttgaagg 208  Q
    | || |||||| | || |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||  ||||  ||||| ||  |||| ||    
T  14046881 gccggtctatttgagatagactaggaggaattgaaccaagcaacttatttcgtgacaaatcaagggagtcaagtgaggttagatttccaatatttgatgg 14046980  T
Q  209 aattttccctataaagttgtttcttgataagttcaatgagaccaattggatcaaatcagcaatttcaggtggaatctcgtatgaaaagtgattgctagat 308  Q
    ||||||||||   ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || | |||||| |||||||| ||     
T  14046981 aattttccctgcgaagttgtttcttgataaattcaatgagaccaattgaatcaaatctgcaatttcaggtggaatttcttctgaaaaatgattgcttgaa 14047080  T
Q  309 aaatctatgcttttcagaagagacaattcattgttgttgaacacttgttctacacctttccatgtcaagaatgcattcaattcatattca 398  Q
    | ||||| |  ||| ||||||  |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  14047081 agatctacgacttttagaagaaccaatccattgttgttgaacacatgttctacacctttccatgtcaagaatgcatccaagtcatattca 14047170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 9 - 395
Target Start/End: Original strand, 13931740 - 13932126
Alignment:
Q  9 tcaagattatcttcataacatgaggaatcaaaactttgtagttgtgtactccttggaatttctccagataattgattatgtgacaaatctaacacagcaa 108  Q
    |||||||||||||| |||| || ||  |  ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||    
T  13931740 tcaagattatcttcgtaacttgtggcgttgaaactttgtagttgtgtactcgttggaatctctccagataattgattatgtgacagatctaacacactaa 13931839  T
Q  109 gtcgatctattcgggaaagactagacggaattgaaccaagcaacttatttcgtgataaatcaagaaagtcaagtgctgttaactttccgattcttgaagg 208  Q
    | |  |||||| | || |||||||  |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||  ||||  ||||| ||  |||| ||    
T  13931840 gccagtctatttgagagagactaggaggaattgaaccaagcaacttatttcgagacaaatcaagagagtcaagtgaagttagatttccaatatttgatgg 13931939  T
Q  209 aattttccctataaagttgtttcttgataagttcaatgagaccaattggatcaaatcagcaatttcaggtggaatctcgtatgaaaagtgattgctagat 308  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| | |||||| ||||| || ||     
T  13931940 aattttccctgtgaagttgtttcttgataaattcaatgagaccaattgaatcaaatctgctatttcaggtggaatctcttctgaaaaatgattacttgag 13932039  T
Q  309 aaatctatgcttttcagaagagacaattcattgttgttgaacacttgttctacacctttccatgtcaagaatgcattcaattcatat 395  Q
    | |||||||  ||| | ||||  |||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  13932040 agatctatgacttttaaaagaaccaatccattgttgttgaagacatgttctacacctttccatgtcaacaatgcattcaattcatat 13932126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 9 - 227
Target Start/End: Original strand, 13911239 - 13911457
Alignment:
Q  9 tcaagattatcttcataacatgaggaatcaaaactttgtagttgtgtactccttggaatttctccagataattgattatgtgacaaatctaacacagcaa 108  Q
    |||||||||||||| |||| || ||  |  ||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  13911239 tcaagattatcttcgtaacttgtggcgttgaaactttgtagttgtgtacttgttggaatctctccagataattgattatgtgacaaatctaacacactaa 13911338  T
Q  109 gtcgatctattcgggaaagactagacggaattgaaccaagcaacttatttcgtgataaatcaagaaagtcaagtgctgttaactttccgattcttgaagg 208  Q
    | || |||||  | || |||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||   |||||||    
T  13911339 gacggtctatgtgagagagactaggaggaattgaaccaagcaagttatttcgtgacaaatcaagaaagtcaagtgatgttaactttccgaaatttgaagg 13911438  T
Q  209 aattttccctataaagttg 227  Q
    |||||||||| ||||||||    
T  13911439 aattttccctgtaaagttg 13911457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 270 - 390
Target Start/End: Original strand, 13911460 - 13911579
Alignment:
Q  270 atttcaggtggaatctcgtatgaaaagtgattgctagataaatctatgcttttcagaagagacaattcattgttgttgaacacttgttctacacctttcc 369  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||||||| || | |||||| ||||| ||||||  |||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  13911460 atttcaggtggaatctcttgtgaaaagtgattgcttgagagatctatactttttagaagaagcaatcc-ttgttgttgaacaattgttctacacctttcc 13911558  T
Q  370 atgtcaagaatgcattcaatt 390  Q
    |  ||||||||||| ||||||    
T  13911559 acatcaagaatgcactcaatt 13911579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000002; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 168 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 37164936 - 37164850
Alignment:
Q  168 tcaagaaagtcaagtgctgttaactttccgattcttgaaggaattttccctataaagttgtttcttgataagttcaatgagaccaat 254  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||| ||  |||||| ||||| |||| | || ||||| |||||||| |||||||| ||||||    
T  37164936 tcaagaaattcaagtgatgttaactttccaatcattgaagtaatttcccctgtcaaattgttgcttgataaattcaatgacaccaat 37164850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University