View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18971_high_1 (Length: 677)

Name: NF18971_high_1
Description: NF18971
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18971_high_1
NF18971_high_1
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (1-659)||(24136572-24137229)
chr6 (1-654)||(24134258-24134913)
chr6 (57-192)||(24134080-24134216)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (37-654)||(45148676-45149295)
chr8 (38-407)||(45165284-45165655)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 591; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 591; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 659
Target Start/End: Original strand, 24136572 - 24137229
Alignment:
Q  1 gggtgaagggcggaaaggacaacatagcggaccccagtcttcaccacctgtccatgaagtcgtttccctaacaccaaagcagccataccaacacatgtgc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  24136572 gggtgaagggcggaaaggacaacatagcgtacccctgtcttcaccacctgtccatgaagtcgtttccctaacaccaaagcagccataccagcacatgtgc 24136671  T
Q  101 ttaaagcaaacataaggtagatctatttaaatttttgtcgtcccttttcatcttcaccagcatgtccatagcttattcatagtgaccagtcttaccctaa 200  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  24136672 ttaaggcaaacataaggtagatctatttaaatttttgccgtcccttttcatcttcaccagcatgtccatagcttattcatagtgaccagtcttagcctaa 24136771  T
Q  201 cccgcaataattgcttcccaagatgcgcaatcgcgttgagccatcatgtcaaacaatttcctagcttgagcaatatcttcgttctgaccatagccgttga 300  Q
    || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24136772 ccagcaataattgcttcccaagatgcacaatcgcgttgagccatcatgtcaaacaatttcctagcttgagcaatatcttcgttctgaccatagccgttga 24136871  T
Q  301 tcatggtttccaggaacctacattccgacaaggcattgcctcatacaattcccttgccatatccattttcttgttttgcacatatcatgcaatcatcaca 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24136872 tcatggtttccaggaacctacattctgacaaggcattacctcatacaattccctt-ccatatccattttcttgttttgcacatatcatgcaatcatcaca 24136970  T
Q  401 ttgtatgtcatctttctttttcccggcatttcatcgaaaactcctctcgcttcatccaacattccactatgcacatatgcaaacaccattgttgttcacg 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  24136971 ttgtatgtcatctttctttttcccggcatttcatcgaaaactcctctcgcttcatccaacattccactatgcacatatgcaaacaccattgttgtccacg 24137070  T
Q  501 tgaaaacaccccgcaccggagactcctcaaacaatctcccagctagaaacaaatctccatccgggccataaccgaaaatcatggtattccaagaaattac 600  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  24137071 tgaaaacaccctgcaccggagactcctcaaacaatctcccagctagaaacaaatctccatctgggccataaccgaaaattatggtattccaagaaattac 24137170  T
Q  601 atccctaacaagcacatgatcaaaaagtctaatagcatcacccaacatcttccttttac 659  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  24137171 atccctaacaagcacatgatcaaaaagtctaatagcatcacccaacatcttcctcttac 24137229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 340; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 654
Target Start/End: Original strand, 24134258 - 24134913
Alignment:
Q  1 gggtgaagggcggaaaggacaacatagcggaccccagtcttcaccacctgtccatgaagtcgtttccctaacaccaaagcagccataccaacacatgtgc 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| | | |||| ||||||||| ||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  24134258 gggtgaagggtggaaaggacaacataccaggcccctgtcttcaccgcctatccatgaagttgtttccttaacaccaaagcagccataccagcacatgtgc 24134357  T
Q  101 ttaaagca-aacataaggtagatctatttaaatttttgtcgtcccttttcatcttcaccagcatgtccatagcttattcatagtgaccagtcttacccta 199  Q
    | |||  | ||||||| ||| |||||  |||| ||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| | ||||    
T  24134358 tcaaatgacaacataatgtatatctacataaactttcgccatcccttttcatcttcaccagcatgtccatagcttcttcataatgaccagtctgagccta 24134457  T
Q  200 acccgcaataattgcttcccaagatgcgcaatcgcgttgagccatcatgtcaaacaatttcctagcttgagcaatatcttcgttctgaccatagccgttg 299  Q
    |||  ||||||||||  |||||||| | |||||||| | ||||||||||||||||||||| | | |||||||||||| | | |||||| |||||||||||    
T  24134458 accaccaataattgccacccaagatacacaatcgcggttagccatcatgtcaaacaatttgccaacttgagcaatatttcctttctgatcatagccgttg 24134557  T
Q  300 atcatggt-ttccaggaacctacattccgacaaggcattgcctcatacaattcccttgccatatccattttcttgttttgcacatatcatgcaatcatca 398  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||    || |||||    
T  24134558 atcatggtattccacgaacctacattccaacatggcattgcctcaaacaattcccttgccatatccatttgcttgtattgcacatttcccttaaccatca 24134657  T
Q  399 cattgtatgtcatctttctttttcccggcatttcatcgaaaactcctctcgcttcatccaacattccactatgcacatatgcaaacaccattgttgttca 498  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  24134658 cattgtatgtcatctttcattttcccggcatttcatcgaaaactcttctcgcatgatccaacattccactctgcacatatgcaaacatcattgttgtcca 24134757  T
Q  499 cgtgaaaacaccccgcaccggagactcctcaaacaatctcccagctagaaacaaatctccatccgggccataaccgaaaatcatggtattccaagaaatt 598  Q
    | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||| ||||| |||  |||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  24134758 cctgaaaacatcccgcaccggagactcctcaaacaatctcctagcttgtaacaaatatccattcggtgcatatccgaaaatcagggtattccaagaaatt 24134857  T
Q  599 acatccctaacaagcacatgatcaaaaagtctaatagcatcacccaacatcttcct 654  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| |||  ||||||||||||||||| ||||    
T  24134858 acatccctaacaagcatatgatcaaaaaatctcctagcatcacccaacatcctcct 24134913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 57 - 192
Target Start/End: Original strand, 24134080 - 24134216
Alignment:
Q  57 aagtcgtttccctaacaccaaagcagccataccaacacatgtgcttaaagcaa-acataaggtagatctatttaaatttttgtcgtcccttttcatcttc 155  Q
    |||| ||||||||| ||  ||||||||| ||| |||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||| | ||| | |||||||||||||||||    
T  24134080 aagttgtttccctagcatgaaagcagccttacgaacacatgtgctcaaagcaccacataaggtagatctatttacactttcgccgtcccttttcatcttc 24134179  T
Q  156 accagcatgtccatagcttattcatagtgaccagtct 192  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||    
T  24134180 accagcatgtccataacttcttcatagtgatcagtct 24134216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 400; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 400; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 37 - 654
Target Start/End: Complemental strand, 45149295 - 45148676
Alignment:
Q  37 gtcttcaccacctgtccatgaagtcgtttccctaacaccaaagcagccataccaacacatgtgcttaaagca-aacataaggtagatctatttaaatttt 135  Q
    ||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||| |||    
T  45149295 gtcttcaccgcctgtccatgaacttgtttccctaacaccaaagcagccataccagcacatgtgctcaaagcacaacaaaaggtagatctatttaaacttt 45149196  T
Q  136 tgtcgtcccttttcatcttcaccagcatgtccatagcttattcatagtgaccagtcttaccctaacccgcaataattgcttcccaagatgcgcaatcgcg 235  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||| | | ||||| |||||||||||  |||||||| | ||||||||    
T  45149195 tgccgtcccttttcatcttcaccagcatgtgcataactttttcatagtgaccagtctgagcataaccagcaataattgccgcccaagatacacaatcgcg 45149096  T
Q  236 ttgagccatcatgtcaaacaatttcctagcttgagcaatatcttcgttctgaccatagccgttgatcatggt-ttccaggaacctacattccgacaaggc 334  Q
     |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  45149095 ctgagtcatcatgtcaaacaattccctagcttgagcaatatctccgttctgaccatagccgctgataatggtattccatgaacctacattccgacaaggc 45148996  T
Q  335 attgcctcatacaattcccttgccatatccattttcttgttttgcacatatcatgcaatcatcacattgtatgtcatctttctttttcccggcatttcat 434  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  45148995 attgcctcaaacaattcccttgccatatccattttcttgtattgcacatatcctgcaatcatcacattgtatgccatctctctttttcccggcatttcat 45148896  T
Q  435 cgaaaactcctctcgcttcatccaacattccactatgcacatatgcaaacaccattgttgttcacgtgaaaacaccccgcaccggagactcctcaaacaa 534  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  45148895 cgaaaactcttctcgcttcatccaacattccactctgcacatatgcaaacaccattgctgtccacgtgaaaacatcccgcaccggagactcctcaaacaa 45148796  T
Q  535 tctcccagctagaaacaaatctccatccgggccataaccgaaaatcatggtattccaagaaattacatccctaacaagcacatgatcaaaaagtctaata 634  Q
     ||||  ||| | ||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||| ||| |||||||||||||||  ||    
T  45148795 cctcctggcttgtaacaaatctccatcccgggcataaccggaaatcatggtattccaagagattgcattcctaacaggcatatgatcaaaaagtctccta 45148696  T
Q  635 gcatcacccaacatcttcct 654  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  45148695 gcatcacccaacatcttcct 45148676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 38 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 45165655 - 45165284
Alignment:
Q  38 tcttcaccacctgtccatgaagtcgtttccctaacaccaaagcagccataccaacacatgtgcttaaagca-aacataaggtagatctatttaaattttt 136  Q
    |||||||| |||| ||||||| | ||||||| ||| |||||||||| ||| || |||||||||| |||||| |||  || ||||  ||||||||| |||     
T  45165655 tcttcaccgcctgcccatgaatttgtttccccaactccaaagcagcaatatcagcacatgtgctcaaagcacaaccaaaagtagccctatttaaactttc 45165556  T
Q  137 gtcgtcccttttcatcttcaccagcatgtccatagcttattcatagtgaccagtcttaccctaacccgcaataattgcttcccaagatgcgcaatcgcgt 236  Q
      ||||   ||| ||||  || | ||||| || ||||| ||||||||||||  ||| | | ||||| |||||||| ||  |||||||| | || || ||     
T  45165555 tccgtcttgttttatctctacaaacatgttcagagcttcttcatagtgaccgctctgagcataaccagcaataatagccgcccaagatacacagtcacgc 45165456  T
Q  237 tgagccatcatgtcaaacaatttcctagcttgagcaatatcttcgttctgaccatagccgttgatcatggt-ttccaggaacctacattccgacaaggca 335  Q
    || | |||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| ||| |  |||||||||||||  | |||||||| ||||| |||| || ||||||||| ||||    
T  45165455 tgtggcatcatatcaaagaattttctagcctgagcaatgtctccaatctgaccatagcctgtaatcatggtattccatgaacttatattccgacagggca 45165356  T
Q  336 ttgcctcatacaattcccttgccatatccattttcttgttttgcacatatcatgcaatcatcacattgtatg 407  Q
    | | |||| |||| |||||||| || |||||||||||  |||||||||| |  ||||||||  |||||||||    
T  45165355 tagactcaaacaactcccttgcgatgtccattttcttagtttgcacataacccgcaatcattgcattgtatg 45165284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University