View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18973_low_2 (Length: 580)

Name: NF18973_low_2
Description: NF18973
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18973_low_2
NF18973_low_2
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (8-563)||(3059265-3059820)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-563)||(17442380-17442935)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (8-563)||(4873908-4874463)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 540; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 540; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 563
Target Start/End: Original strand, 3059265 - 3059820
Alignment:
Q  8 gagcagagaagacttttgagacaagaagaagcatcagaaacagctttacaagtcaaacacaaaggaaaatccatagcaaccaaaggtgaaaagaaatttg 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3059265 gagcagagaagacttttgagacaagaggaagcatcagaaacagctttacaagtcaaacacaaaggaaaatccatagcaaccaaaggtgaaaagaaatttg 3059364  T
Q  108 ttggagagcactctgggaaagatacaaagaagaaggaaagatttccaaaatgtggaatttgcaaaagaaccagccacaaggaaagtgattgttggtacaa 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3059365 ttggagagcactctgggaaagatacaaagaagaaggaaagatttccaaaatgtggaatttgcaaaagaaccagccacaaggaaagtgattgttggtacaa 3059464  T
Q  208 aggaaaaacgccaccaccatttcaatgtagatactgcaataaaactgggcatattgagaggttttgtaggctgaaacagcagcaccaaaatcaacaaaat 307  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3059465 aggaaaaacaccaccaccatttcaatgtagatactgcaataaaactgggcatattgagaggttttgtaggctgaaacagcagcaccaaaatcaacaaaat 3059564  T
Q  308 catacttctcaaaaggcaaatgtaattgaaattgaagatagtgaagaactcttgttcatggccaatactacaaggagttcggaggatggagacacatggt 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3059565 catacttctcaaaaggcaaatgtaactgaaattgaagatagtgaagaactcttgttcatggccaatactacaaggagttcggaggatggagacacatggt 3059664  T
Q  408 ttattgatagtggctgcacacaacacatgactagcaaaccagaactgttttcagagatcaaacccgctgcaggatctgtaaagattggaaatggacagaa 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3059665 ttattgatagtggctgcacacaacacatgactagcaaaccagaactgttttcagagatcaaacccgctgcaggatctgtaaagattggaaatggacagaa 3059764  T
Q  508 agttgccatcacaggtagaggaacggtgaaaattcacactgcaacaagtattaaat 563  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  3059765 agttgccatcacaggtagaggaacggtgaaaattcacactgcaacaggtattaaat 3059820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 540; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 540; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 17442935 - 17442380
Alignment:
Q  8 gagcagagaagacttttgagacaagaagaagcatcagaaacagctttacaagtcaaacacaaaggaaaatccatagcaaccaaaggtgaaaagaaatttg 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17442935 gagcagagaagacttttgagacaagaggaagcatcagaaacagctttacaagtcaaacacaaaggaaaatccatagcaaccaaaggtgaaaagaaatttg 17442836  T
Q  108 ttggagagcactctgggaaagatacaaagaagaaggaaagatttccaaaatgtggaatttgcaaaagaaccagccacaaggaaagtgattgttggtacaa 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17442835 ttggagagcactctgggaaagatacaaagaagaaggaaagatttccaaaatgtggaatttgcaaaagaaccagccacaaggaaagtgattgttggtacaa 17442736  T
Q  208 aggaaaaacgccaccaccatttcaatgtagatactgcaataaaactgggcatattgagaggttttgtaggctgaaacagcagcaccaaaatcaacaaaat 307  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17442735 aggaaaaacaccaccaccatttcaatgtagatactgcaataaaactgggcatattgagaggttttgtaggctgaaacagcagcaccaaaatcaacaaaat 17442636  T
Q  308 catacttctcaaaaggcaaatgtaattgaaattgaagatagtgaagaactcttgttcatggccaatactacaaggagttcggaggatggagacacatggt 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17442635 catacttctcaaaaggcaaatgtaactgaaattgaagatagtgaagaactcttgttcatggccaatactacaaggagttcggaggatggagacacatggt 17442536  T
Q  408 ttattgatagtggctgcacacaacacatgactagcaaaccagaactgttttcagagatcaaacccgctgcaggatctgtaaagattggaaatggacagaa 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17442535 ttattgatagtggctgcacacaacacatgactagcaaaccagaactgttttcagagatcaaacccgctgcaggatctgtaaagattggaaatggacagaa 17442436  T
Q  508 agttgccatcacaggtagaggaacggtgaaaattcacactgcaacaagtattaaat 563  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  17442435 agttgccatcacaggtagaggaacggtgaaaattcacactgcaacaggtattaaat 17442380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 524; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 524; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 563
Target Start/End: Original strand, 4873908 - 4874463
Alignment:
Q  8 gagcagagaagacttttgagacaagaagaagcatcagaaacagctttacaagtcaaacacaaaggaaaatccatagcaaccaaaggtgaaaagaaatttg 107  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4873908 gagcagagaagaattttgagacaagaggaagcatcagaaacagctttacaagtcaaacacaaaggaaaatccatagcaaccaaaggtgaaaagaaatttg 4874007  T
Q  108 ttggagagcactctgggaaagatacaaagaagaaggaaagatttccaaaatgtggaatttgcaaaagaaccagccacaaggaaagtgattgttggtacaa 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4874008 ttggagagcactctgggaaagatacaaagaagaaggaaagatttccaaaatgtggaatttgcaaaagaaccagccacaaggaaagtgattgttggtacaa 4874107  T
Q  208 aggaaaaacgccaccaccatttcaatgtagatactgcaataaaactgggcatattgagaggttttgtaggctgaaacagcagcaccaaaatcaacaaaat 307  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4874108 aggaaaaaaaccaccaccatttcaatgtagatactgcaataaaactgggcatattgagaggttttgtaggctgaaacagcagcaccaaaatcaacaaaat 4874207  T
Q  308 catacttctcaaaaggcaaatgtaattgaaattgaagatagtgaagaactcttgttcatggccaatactacaaggagttcggaggatggagacacatggt 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4874208 catacttctcaaaaggcaaatgtaactgaaattgaagatagtgaagaactcttgttcatggccaatactacaaggagttcggaggatggagacacatggt 4874307  T
Q  408 ttattgatagtggctgcacacaacacatgactagcaaaccagaactgttttcagagatcaaacccgctgcaggatctgtaaagattggaaatggacagaa 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4874308 ttattgatagtggctgcacacaacacatgactagcaaaccaaaactgttttcagagatcaaacccgctgcaggatctgtaaagattggaaatggacagaa 4874407  T
Q  508 agttgccatcacaggtagaggaacggtgaaaattcacactgcaacaagtattaaat 563  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  4874408 agttgccatcacaggtagaggaacagtgaaaattcacactgcaacaggtattaaat 4874463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University