View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18974_high_71 (Length: 328)

Name: NF18974_high_71
Description: NF18974
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18974_high_71
NF18974_high_71
[»] chr3 (15 HSPs)
chr3 (23-301)||(8965230-8965508)
chr3 (24-320)||(8962516-8962809)
chr3 (24-209)||(8957076-8957261)
chr3 (24-277)||(8988300-8988543)
chr3 (65-205)||(9029109-9029249)
chr3 (71-205)||(9034622-9034756)
chr3 (65-204)||(9026150-9026289)
chr3 (72-205)||(8746957-8747090)
chr3 (65-205)||(9023446-9023586)
chr3 (65-201)||(9101224-9101360)
chr3 (77-209)||(9108802-9108934)
chr3 (71-210)||(9019290-9019429)
chr3 (71-209)||(8755583-8755721)
chr3 (74-204)||(9015428-9015558)
chr3 (76-201)||(9112114-9112239)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 259; Significance: 1e-144; HSPs: 15)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 23 - 301
Target Start/End: Original strand, 8965230 - 8965508
Alignment:
Q  23 actaccacaatgaaattgttcttcgtttttgtcatcgtctttgccacggtggcctcggcccaagaccttagtccgtcgttggctccagcaccaagtcctg 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8965230 actaccacaatgaaattgttcttcgtttttgtcatcgtctttgccacagtggcctcggcccaagaccttagtccgtcgttggctccagcaccaagtcctg 8965329  T
Q  123 atgctggagctgccggatctgttacaagttctgtgacaatgatcggagcttcaattgtgctgtcaatgctcgcaatcttcaagaactgggaaaattaaag 222  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  8965330 acgctggagctgccggatctgttacaagttctatggcaatgatcggagcttcaattgtgctgtcaatgctcgcaatcttcaagaactgagaaaattaaag 8965429  T
Q  223 actatgaggccattttgtgggaacactattgattatttcttgacacatgattcttcttgctgttttacaatatttatct 301  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8965430 actatgaggccattttgtgggaacactattgattatttcttgacacatgattcttcttgctgttttacaatatttatct 8965508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 183; E-Value: 6e-99
Query Start/End: Original strand, 24 - 320
Target Start/End: Original strand, 8962516 - 8962809
Alignment:
Q  24 ctaccacaatgaaattgttcttcgtttttgtcatcgtctttgccacggtggcctcggcccaagaccttagtccgtcgttggctccagcaccaagtcctga 123  Q
    ||||||||||||| |||||||| | |||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||    
T  8962516 ctaccacaatgaagttgttctttggttttgtcatcgtgtttgccgctgtggcctcggcccaagaccttagtccctcgttagctccagcaccaggtcctga 8962615  T
Q  124 tgctggagctgccggatctgttacaagttctgtgacaatgatcggagcttcaattgtgctgtcaatgctcgcaatcttcaagaactgggaaaattaaaga 223  Q
    |||||||| ||||||||||||| || |||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||  |||||||||||    
T  8962616 tgctggagttgccggatctgttgcaggttctgtggctatgatcggagcttcaattgtgctttcaatgctcgctatcttcaagaattgaaaaaattaaaga 8962715  T
Q  224 ctatgaggccattttgtgggaacactattgattatttcttgacacatgattcttcttgctgttttacaatatttatctgattatcatgagttcatct 320  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||   |||||| |||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  8962716 ctatgaggtcattttgtgggaacactattaattatttcttgacacatga---ttcttgatgtttttcaatattgatctgattatcacgagttcatct 8962809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 24 - 209
Target Start/End: Original strand, 8957076 - 8957261
Alignment:
Q  24 ctaccacaatgaaattgttcttcgtttttgtcatcgtctttgccacggtggcctcggcccaagaccttagtccgtcgttggctccagcaccaagtcctga 123  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  8957076 ctaccacaatgaagttgttcgtcgtttttgtcatcgtattcaccaccgtggcctcggcccaagaccttagtccgtcgttagctccagcacccggtcctga 8957175  T
Q  124 tgctggagctgccggatctgttacaagttctgtgacaatgatcggagcttcaattgtgctgtcaatgctcgcaatcttcaagaact 209  Q
     |||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||    
T  8957176 cgctggagctgccggatttgttacaagttctgtggctatgatcggagcttcaattgtgctgtcaatggtcgccattttcaagaact 8957261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 24 - 277
Target Start/End: Original strand, 8988300 - 8988543
Alignment:
Q  24 ctaccacaatgaaattgttcttcgtttttgtcatcgtctttgccacggtggcctcggcccaagaccttagtccgtcgttggctccagcaccaagtcctga 123  Q
    |||||||||| || || |||||| ||||||||||||| || ||| | || ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||    
T  8988300 ctaccacaatcaagttcttcttcatttttgtcatcgtattcgccgccgtagcctcggcccaagaccttagtccctcgttgtctccagcaccaggtcctga 8988399  T
Q  124 tgctggagctgccggatctgttacaagttctgtgacaatgatcggagcttcaattgtgctgtcaatgctcgcaatcttcaagaactgggaaaattaaaga 223  Q
     | |||||||||| | |||| |||||||| |||| | ||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |       
T  8988400 cgttggagctgccagttctgctacaagttatgtggctatgatcggagcttcaatcgtactgtcaatgctcgctatcttcaagaactgagaaaattga--- 8988496  T
Q  224 ctatgaggccattttgtgggaacactattgattatttcttgacacatgattctt 277  Q
           |||||||||| ||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||    
T  8988497 -------gccattttgttggaacactattaattattttttgagacatgattctt 8988543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 89; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 65 - 205
Target Start/End: Original strand, 9029109 - 9029249
Alignment:
Q  65 gccacggtggcctcggcccaagaccttagtccgtcgttggctccagcaccaagtcctgatgctggagctgccggatctgttacaagttctgtgacaatga 164  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| | | | ||||    
T  9029109 gccaccgtggcctctgcccaagaccttagtccttcgttggctccagcaccaggtcctgatgctggagctgctggatctattacaagttcagcggctatga 9029208  T
Q  165 tcggagcttcaattgtgctgtcaatgctcgcaatcttcaag 205  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  9029209 tcggagtttcaattgtgttgtcaatgctcgccatcttcaag 9029249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 71 - 205
Target Start/End: Original strand, 9034622 - 9034756
Alignment:
Q  71 gtggcctcggcccaagaccttagtccgtcgttggctccagcaccaagtcctgatgctggagctgccggatctgttacaagttctgtgacaatgatcggag 170  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||| | ||||||||||    
T  9034622 gtggcctctgcccaagaccttagtccttcgttggctccggcaccaggtcctgatgctggagctgctggatctgttgcaagttcggtggctatgatcggag 9034721  T
Q  171 cttcaattgtgctgtcaatgctcgcaatcttcaag 205  Q
     |||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  9034722 tttcaattgtgttgtcaatgctcgccatcttcaag 9034756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 65 - 204
Target Start/End: Original strand, 9026150 - 9026289
Alignment:
Q  65 gccacggtggcctcggcccaagaccttagtccgtcgttggctccagcaccaagtcctgatgctggagctgccggatctgttacaagttctgtgacaatga 164  Q
    ||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  9026150 gccaccgtggcctctgcccaagatcttagtccttcgttggctccagcaccaggttctgatgctggagttgctggatctgttacaagttcagtggcaatga 9026249  T
Q  165 tcggagcttcaattgtgctgtcaatgctcgcaatcttcaa 204  Q
    |||||| |||| ||||  |||||||| |||| ||||||||    
T  9026250 tcggagtttcagttgtattgtcaatgatcgccatcttcaa 9026289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 72 - 205
Target Start/End: Original strand, 8746957 - 8747090
Alignment:
Q  72 tggcctcggcccaagaccttagtccgtcgttggctccagcaccaagtcctgatgctggagctgccggatctgttacaagttctgtgacaatgatcggagc 171  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||  ||||||||||||| ||| ||| | ||||| ||||     
T  8746957 tggcctctgcccaagacctcagtccctcgttggctccagcaccaggtcctgatgttggagctgttggatctgttacaaattcagtggctatgattggagt 8747056  T
Q  172 ttcaattgtgctgtcaatgctcgcaatcttcaag 205  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  8747057 ttcaattgtgttgtcaatgctcgccatcttcaag 8747090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 65 - 205
Target Start/End: Original strand, 9023446 - 9023586
Alignment:
Q  65 gccacggtggcctcggcccaagaccttagtccgtcgttggctccagcaccaagtcctgatgctggagctgccggatctgttacaagttctgtgacaatga 164  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| | |||     
T  9023446 gccacagtggcctctgcccaagaccttagtccctcgttggctccggcaccaggtcctgatgctggagctgctggatctgttacaagttcagtggctatgg 9023545  T
Q  165 tcggagcttcaattgtgctgtcaatgctcgcaatcttcaag 205  Q
    |||||  |||  ||||  ||||||||||||| |||||||||    
T  9023546 tcggaatttcggttgtattgtcaatgctcgccatcttcaag 9023586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 65 - 201
Target Start/End: Original strand, 9101224 - 9101360
Alignment:
Q  65 gccacggtggcctcggcccaagaccttagtccgtcgttggctccagcaccaagtcctgatgctggagctgccggatctgttacaagttctgtgacaatga 164  Q
    ||||| |||||||| |||||| |||| ||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||| | ||||    
T  9101224 gccaccgtggcctctgcccaaaacctcagtccctcgttggctccagcaccaggccctgatgctggagctgctggttctgttacaagttcagtggctatga 9101323  T
Q  165 tcggagcttcaattgtgctgtcaatgctcgcaatctt 201  Q
    |||||| |||||||||  ||||||||||||| |||||    
T  9101324 tcggagtttcaattgtattgtcaatgctcgccatctt 9101360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 77 - 209
Target Start/End: Original strand, 9108802 - 9108934
Alignment:
Q  77 tcggcccaagaccttagtccgtcgttggctccagcaccaagtcctgatgctggagctgccggatctgttacaagttctgtgacaatgatcggagcttcaa 176  Q
    ||||| |||||||| ||||| || |||||||||||| || |||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||    
T  9108802 tcggctcaagacctcagtccctcattggctccagcatcaggtcctgatgtcggagctgccggatctgttacaagttcagtggccatgatcggagcttcaa 9108901  T
Q  177 ttgtgctgtcaatgctcgcaatcttcaagaact 209  Q
    ||||  |||||||||| ||| |||| |||||||    
T  9108902 ttgtcttgtcaatgcttgcactcttgaagaact 9108934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 71 - 210
Target Start/End: Original strand, 9019290 - 9019429
Alignment:
Q  71 gtggcctcggcccaagaccttagtccgtcgttggctccagcaccaagtcctgatgctggagctgccggatctgttacaagttctgtgacaatgatcggag 170  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| || |  ||||| |||||| ||||||||| ||| |||   ||||||||||| ||||| ||  | ||||||||||    
T  9019290 gtggcctcggctcaagaccttagtccctcatccgctccggcaccaggtcctgatgttggggcttgtggatctgttacgagttcagttgctatgatcggag 9019389  T
Q  171 cttcaattgtgctgtcaatgctcgcaatcttcaagaactg 210  Q
    ||||||||||| |||||||||| || ||||| ||||||||    
T  9019390 cttcaattgtgttgtcaatgcttgccatcttgaagaactg 9019429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 71 - 209
Target Start/End: Original strand, 8755583 - 8755721
Alignment:
Q  71 gtggcctcggcccaagaccttagtccgtcgttggctccagcaccaagtcctgatgctggagctgccggatctgttacaagttctgtgacaatgatcggag 170  Q
    ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||  ||||||||| || ||||| ||||||||||||| ||| ||  | ||||| ||||    
T  8755583 gtggcttcggctcaagacctcagtccctcgttggctccggcaccagatcctgatgccggtgctgctggatctgttacaaattcagttgctatgattggag 8755682  T
Q  171 cttcaattgtgctgtcaatgctcgcaatcttcaagaact 209  Q
    |||| ||| |  |||| |||||||| |||||||||||||    
T  8755683 cttcgattattttgtctatgctcgccatcttcaagaact 8755721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 74 - 204
Target Start/End: Original strand, 9015428 - 9015558
Alignment:
Q  74 gcctcggcccaagaccttagtccgtcgttggctccagcaccaagtcctgatgctggagctgccggatctgttacaagttctgtgacaatgatcggagctt 173  Q
    |||||||| |||||||| || || |||||| |||| |||||| |||||||||| ||||| || |||| |||||||| ||| ||||| ||| | |||| ||    
T  9015428 gcctcggctcaagacctcagcccctcgttgtctccggcaccaggtcctgatgccggagcagctggatatgttacaaattcagtgactatggttggagttt 9015527  T
Q  174 caattgtgctgtcaatgctcgcaatcttcaa 204  Q
    |||||||  ||||||||||||| ||||||||    
T  9015528 caattgtattgtcaatgctcgccatcttcaa 9015558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 76 - 201
Target Start/End: Original strand, 9112114 - 9112239
Alignment:
Q  76 ctcggcccaagaccttagtccgtcgttggctccagcaccaagtcctgatgctggagctgccggatctgttacaagttctgtgacaatgatcggagcttca 175  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||   |||||| | |||||||  |||||| |||||| | | ||| | ||||| |||||||      
T  9112114 ctcggcccaagacctcagtccctcgttggctccggcaccagcacctgataccggagctgttggatctcttacaaatccagtggctatgatgggagctttg 9112213  T
Q  176 attgtgctgtcaatgctcgcaatctt 201  Q
    |||||| |||||||||| || |||||    
T  9112214 attgtgttgtcaatgcttgctatctt 9112239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University