View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18974_low_3 (Length: 929)

Name: NF18974_low_3
Description: NF18974
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18974_low_3
NF18974_low_3
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (11-911)||(10498888-10499789)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 822; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 822; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 911
Target Start/End: Original strand, 10498888 - 10499789
Alignment:
Q  11 agcacagaagcatagcaaatccacaggagtttgaatagtagccttcttacttctgtcaatcaaaccaatcagaagcagcatcactatcacatgaccaacc 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10498888 agcacagaagcatagcaaatccacaggagtttgaatagtagccttcttacttctgtcaatcaaaccaatcagaagcagcatcactatcacatgaccaacc 10498987  T
Q  111 ttggtttttaggtcatttactgtttttatatccaaccattttggtcgttcctgagaaggagaaacaatcgaattagcatcaaagataatttatcatcaag 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10498988 ttggtttttaggtcatttactgtttttatatccaaccattttggtcgttcctgagacggagaaacaatggaattagcatcaaagataatttatcatcaag 10499087  T
Q  211 aattttctaatttcctaaggtaattgactaggaaaaagaatgtctaaaagctaaccttcaaagtgaatatgccaaatagatttgatctatcagaaggttt 310  Q
    |||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10499088 aattttctaatttcctaaggt---tgactaggaaaaagaatgtctaaaagctaaccttcaaagtgaatatgccaaatagatttgatctatcagaaggttt 10499184  T
Q  311 ttgatcttgcagagagcttgcactatcaagattactcacaaagagctcatacagacccattccaaagactagcatcaccgttcctaaaagatagagatct 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10499185 ttgatcttgcagagagcttgcactatcaagattactcacaaagagctcatacagacccattccaaagactagcatcaccgttcctaaaagatagagatct 10499284  T
Q  411 acatgaacaatgaagtagccgttagaaagaagagaatcacaaataaatcctcttagaacaatgacaacactaacacaaaagtagaaataacatagcttaa 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10499285 acatgaacaatgaagtagccgttagaaagaagagaatcacaaataaatcctcttagaacaatgacaacactaacacaaaagtagaaataacatagcttaa 10499384  T
Q  511 ----ttaaatgatacggactaatgttctttaatcacaaaggaacaaagattaaatgaagaatatgtgttaaatagtagaaatagaacaagaaacaaatta 606  Q
        |||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10499385 aagattaattgatagggactaatgttatttaatcacaaaggaacaaagattaaatgaagaatatgtgttaaatagtagaaatagaacaagaaacaaatta 10499484  T
Q  607 tacaaacttttaggagtttaactttagagacactcacccagagcttctatcagcatttgaattactttactacggtttaccaagtatcccaaaaaagatt 706  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  10499485 tacatacttttaggagtttaactttagagacactcaccaagagcttctatcagcatttgaattactttactacggtttaccaagtatcccaaaaaagact 10499584  T
Q  707 ctgcaacgaatgcagagccctgcatgtaaaattgaatgatacattaaaacaaaattcatcaacatagcatactgattgtaatattgcttaatttttcgaa 806  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10499585 ctgcaacgaatgtggagccctgcatgtaaaattgaatgatacattaaaacaaaattcatcaacatagcatactgattgtaatattgcttaatttttcgaa 10499684  T
Q  807 acttagtcaattgattcaaccagtttgacaaggtgggtaatcttctaagaatgtagttagttaagttttccagtttcaaatatgcacactttccgttatt 906  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  10499685 acttagtcaattgattcaaccagtttgacaaggtgtgtaatcttctaagaatgtagttagttaagttttcgagtttcaaatatgcacactttccattatt 10499784  T
Q  907 cttac 911  Q
    |||||    
T  10499785 cttac 10499789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University