View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18974_low_50 (Length: 383)

Name: NF18974_low_50
Description: NF18974
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18974_low_50
NF18974_low_50
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (1-383)||(7714038-7714420)
chr4 (1-383)||(7129051-7129433)
chr4 (1-383)||(7527824-7528206)
chr4 (1-383)||(7481705-7482087)
chr4 (1-376)||(7494107-7494482)
chr4 (1-383)||(7519774-7520156)
chr4 (1-383)||(7722325-7722707)
chr4 (3-329)||(7506373-7506699)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (61-383)||(16750348-16750670)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 339; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 7714420 - 7714038
Alignment:
Q  1 ccgatgacttgctcgattacttcaacacggaagacctgaggcgacaagtgatgagcaatcacaagaaagctaaaaaggttcgcatcttcttctcatcatc 100  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  7714420 ccgatgactttctcaattacttcaacacggaagacctgaggtgacaagtgatgaccaatcacaagaaagctaaaaaggtttgcatcttcttctcatcatc 7714321  T
Q  101 caaccaacttctcttttcttttaaaatggttcagaaaattaaggaactaagtaagagaattgaggaccttaatgctaataagagaagttttaattttaca 200  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7714320 caaccaacttctcttttctttcaaaatggttcagaaaattaaggaactaagtaagagaattgaggaccttaatgctaataagagaagttttaattttaca 7714221  T
Q  201 aatcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaaagagaaactcactcctttattcttgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaaaagttga 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  7714220 aatcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaaagagaaactcactcctttattcttgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaagagttga 7714121  T
Q  301 tagagttgttgtttaacactggcaacaatgtgaaagagaatgtttcagttatttctataattggaattggaggacttggaaag 383  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  7714120 tagagttgttgtttaacaccggcaacgatgtgaaggagaatgtttcagttatttctataattggaatcggaggacttggaaag 7714038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 1 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 7129433 - 7129051
Alignment:
Q  1 ccgatgacttgctcgattacttcaacacggaagacctgaggcgacaagtgatgagcaatcacaagaaagctaaaaaggttcgcatcttcttctcatcatc 100  Q
    ||||||||||||| ||| |||| ||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7129433 ccgatgacttgcttgatgactttaacaccgaagacttgaggcgacaagtgatgaccaatcacaagaaggctaaaaaggttcgcatcttcttctcatcatc 7129334  T
Q  101 caaccaacttctcttttcttttaaaatggttcagaaaattaaggaactaagtaagagaattgaggaccttaatgctaataagagaagttttaattttaca 200  Q
    |||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||  | ||||||||   ||||||||||||    
T  7129333 caaccagcttctcttttcttacaaaatggttcagaaaattaaggaacttagtaagagaattgaggcccttaattttgataagagagtctttaattttaca 7129234  T
Q  201 aatcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaaagagaaactcactcctttattcttgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaaaagttga 300  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7129233 aatcgcgcacctgagcaacgagttttgagagaaagagaaactcactcctttattcgtgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaaaagttga 7129134  T
Q  301 tagagttgttgtttaacactggcaacaatgtgaaagagaatgtttcagttatttctataattggaattggaggacttggaaag 383  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7129133 tagagttgttgtttaacaccggcaacaatgtgaaagagaatgtttcaattatttctataattggaattggaggacttggaaag 7129051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 1 - 383
Target Start/End: Original strand, 7527824 - 7528206
Alignment:
Q  1 ccgatgacttgctcgattacttcaacacggaagacctgaggcgacaagtgatgagcaatcacaagaaagctaaaaaggttcgcatcttcttctcatcatc 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  7527824 ccgatgactttctcgattacttcaacacggaagaactgaggcgacaagtgatgaccaatcacaagaaagctaaaaaggtccgcatcttcttctcatcatc 7527923  T
Q  101 caaccaacttctcttttcttttaaaatggttcagaaaattaaggaactaagtaagagaattgaggaccttaatgctaataagagaagttttaattttaca 200  Q
    |||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| | ||||||||   ||||||||||||    
T  7527924 caaccagcttctcttttcttacaaaatggttcagaaaattaaggaacttagtaagagaattgaggcccttaatgttgataagagagtctttaattttaca 7528023  T
Q  201 aatcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaaagagaaactcactcctttattcttgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaaaagttga 300  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||  ||  ||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  7528024 aatcgcgcacctgagcaacgagttttgagagaaagagaaactcactcctttattagtgcagaagatgttattggaagagatgaggaaaagaaagagttga 7528123  T
Q  301 tagagttgttgtttaacactggcaacaatgtgaaagagaatgtttcagttatttctataattggaattggaggacttggaaag 383  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7528124 tagagttgttgtttaacactagcaacaatgtgaaagagaatgtttcagttatttctataattggaattggaggacttggaaag 7528206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 1 - 383
Target Start/End: Original strand, 7481705 - 7482087
Alignment:
Q  1 ccgatgacttgctcgattacttcaacacggaagacctgaggcgacaagtgatgagcaatcacaagaaagctaaaaaggttcgcatcttcttctcatcatc 100  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||| |||||| ||||||||||||| |||| || | ||||||| ||||||||| ||  ||||||||||||||||||    
T  7481705 ccgatgacttgctcgatgactttaacactgaagacttgaggcgacaagtcatgaccagtaacaagaaggctaaaaagttttacatcttcttctcatcatc 7481804  T
Q  101 caaccaacttctcttttcttttaaaatggttcagaaaattaaggaactaagtaagagaattgaggaccttaatgctaataagagaagttttaattttaca 200  Q
    |||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||| |  | |||||| |||||||||||||    
T  7481805 caaccagcttctcttttcttacaaaatggttcagaaaattaaggaacttagtaagagaattgaggctcttaatgttggtcagagaatttttaattttaca 7481904  T
Q  201 aatcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaaagagaaactcactcctttattcttgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaaaagttga 300  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  7481905 aatcgtacacctgagcaacgagttttgaaacaacgagaaactcactcctttattcgtgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaagagttga 7482004  T
Q  301 tagagttgttgtttaacactggcaacaatgtgaaagagaatgtttcagttatttctataattggaattggaggacttggaaag 383  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7482005 tagagttgttgtttaacaccggcaacaatgtgaaagagaatgtttcaattatttctataattggaattggaggacttggaaag 7482087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 260; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 1 - 376
Target Start/End: Original strand, 7494107 - 7494482
Alignment:
Q  1 ccgatgacttgctcgattacttcaacacggaagacctgaggcgacaagtgatgagcaatcacaagaaagctaaaaaggttcgcatcttcttctcatcatc 100  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||| ||||||| || | ||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  7494107 ccgatgacttgctcgatgactttaacacggaagacttgaggcgacaggtgatgaccagtaacaagaaggctaaaaagtttcacatcttcttctcatcatc 7494206  T
Q  101 caaccaacttctcttttcttttaaaatggttcagaaaattaaggaactaagtaagagaattgaggaccttaatgctaataagagaagttttaattttaca 200  Q
    |||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |  |||||||   ||||||||||||    
T  7494207 caaccagcttctcttttcttacaaaatggttcagaaaattaaggaacttagtaagagaattgaggcccttaatgttgctaagagagtctttaattttaca 7494306  T
Q  201 aatcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaaagagaaactcactcctttattcttgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaaaagttga 300  Q
    |||||  | ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7494307 aatcgtgcacctgagcaacgagttttgagagaaagagaaactcactcctttattcgtgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaaaagttga 7494406  T
Q  301 tagagttgttgtttaacactggcaacaatgtgaaagagaatgtttcagttatttctataattggaattggaggact 376  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7494407 tagagttgttgtttaacaccggcaacaatgtgaaagagaatgtttcagttatttctataattggaatcggaggact 7494482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 1 - 383
Target Start/End: Original strand, 7519774 - 7520156
Alignment:
Q  1 ccgatgacttgctcgattacttcaacacggaagacctgaggcgacaagtgatgagcaatcacaagaaagctaaaaaggttcgcatcttcttctcatcatc 100  Q
    ||||| ||||||| ||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |  | ||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  7519774 ccgataacttgcttgatgacttcaacaccgaagacttgaggcgacaagtgatgacctgtaacaagaaggctaaaaagtttcacatcttcttctcatcatc 7519873  T
Q  101 caaccaacttctcttttcttttaaaatggttcagaaaattaaggaactaagtaagagaattgaggaccttaatgctaataagagaagttttaattttaca 200  Q
    |||||| |||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |  ||| ||||||||||| ||||||    
T  7519874 caaccagcttctcttttcttacaaaatggttcagataattaaggaacttagtaagagaattgaggcccttaatgttggtaaaagaagttttaactttaca 7519973  T
Q  201 aatcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaaagagaaactcactcctttattcttgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaaaagttga 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  7519974 aatcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaacgagaaactcactcctttattcgtgcagaagaagttattggaagagaggaggagaagaaagagttga 7520073  T
Q  301 tagagttgttgtttaacactggcaacaatgtgaaagagaatgtttcagttatttctataattggaattggaggacttggaaag 383  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7520074 tagagttgttgtttaacactagcaacaatgtgacagagaatgtttcagttatttctataattggaattggaggacttggaaag 7520156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 255; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 1 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 7722707 - 7722325
Alignment:
Q  1 ccgatgacttgctcgattacttcaacacggaagacctgaggcgacaagtgatgagcaatcacaagaaagctaaaaaggttcgcatcttcttctcatcatc 100  Q
    |||||||| |||| ||| |||| ||||| |||||| |||||||||||||||||| || | ||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  7722707 ccgatgacgtgcttgatgactttaacactgaagacttgaggcgacaagtgatgaccagtaacaagaaggctaaaaagttttgcatcttcttctcatcatc 7722608  T
Q  101 caaccaacttctcttttcttttaaaatggttcagaaaattaaggaactaagtaagagaattgaggaccttaatgctaataagagaagttttaattttaca 200  Q
    |||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||  | |||||||||||||||||||||||    
T  7722607 caaccaacttctcttttcatacaaaatggttcagaaaattaaggaacttagtaagagaattgaggcccttaatattgataagagaagttttaattttaca 7722508  T
Q  201 aatcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaaagagaaactcactcctttattcttgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaaaagttga 300  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||    
T  7722507 aatcgcacacctgagcaacgagttttgagacaaagagaaactcattcttttattcgcgaggaagaagttattggaagagataaggagaagaaagagctga 7722408  T
Q  301 tagagttgttgtttaacactggcaacaatgtgaaagagaatgtttcagttatttctataattggaattggaggacttggaaag 383  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  7722407 tagagttgttgtttaacaccggcaacaatttgaaagagaatgtttcagttatttctataattggaattggaggactcggaaag 7722325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 3 - 329
Target Start/End: Original strand, 7506373 - 7506699
Alignment:
Q  3 gatgacttgctcgattacttcaacacggaagacctgaggcgacaagtgatgagcaatcacaagaaagctaaaaaggttcgcatcttcttctcatcatcca 102  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||| || | ||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  7506373 gatgacttgctcgatgacttcaacaccgaagacttgaggcgacaagtgatgaccagtaacaagaaggctaaaaagtttcacatcttcttctcatcatcca 7506472  T
Q  103 accaacttctcttttcttttaaaatggttcagaaaattaaggaactaagtaagagaattgaggaccttaatgctaataagagaagttttaattttacaaa 202  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||| |  |||||||| |||||||||||||||    
T  7506473 accaacttctcttttcttacaaaatggttcagaaaattaatgaacttagtaagagaattgaggcccttaatgttggtaagagaatttttaattttacaaa 7506572  T
Q  203 tcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaaagagaaactcactcctttattcttgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaaaagttgata 302  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7506573 tcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaaagagaaactcactcttttattcgcgaggaataagttattggaagagatgaggagaagaaagagttgata 7506672  T
Q  303 gagttgttgtttaacactggcaacaat 329  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||    
T  7506673 gagttgttgtttaacaccggcaacaat 7506699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 115; Significance: 3e-58; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 61 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 16750670 - 16750348
Alignment:
Q  61 acaagaaagctaaaaaggttcgcatcttcttctcatcatccaaccaacttctcttttcttttaaaatggttcagaaaattaaggaactaagtaagagaat 160  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||||||| ||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||| |||| || ||| ||||    
T  16750670 acaagaaggctaaaaaggttcgcatcttcttatcctcttccaaccagcttctcttttcgtttaacatggctcagaaaattaagaaacttaggaagcgaat 16750571  T
Q  161 tgaggaccttaatgctaataagagaagttttaattttacaaatcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaaagagaaactcactcctttattcttgag 260  Q
    |||||  ||||| | | ||| || || ||| |||||||| |||| |||||||||| |||||||| |||  || |||| |||||| ||||| |||| ||||    
T  16750570 tgagggtcttaacgttgataggaaaattttcaattttactaatcacactcctgagaaacgagttatgaggcagagagtaactcattccttcattcgtgag 16750471  T
Q  261 gaagaagttattggaagagatgaggagaagaaaaagttgatagagttgttgtttaacactggcaacaatgtgaaagagaatgtttcagttatttctataa 360  Q
    ||| |||| || |||||||| || || |||||  | |||||| |||| ||||| ||||||| || | |||| ||||  ||||||||||||||||| || |    
T  16750470 gaaaaagtcataggaagagacgacgaaaagaaggatttgataaagttattgttgaacactgacatcgatgtcaaaggaaatgtttcagttatttccatca 16750371  T
Q  361 ttggaattggaggacttggaaag 383  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  16750370 ttggaattggaggacttggaaag 16750348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University