View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18975_high_1 (Length: 883)

Name: NF18975_high_1
Description: NF18975
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18975_high_1
NF18975_high_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (15-864)||(48630916-48631764)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 785; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 785; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 864
Target Start/End: Original strand, 48630916 - 48631764
Alignment:
Q  15 cacagacatttgtcacgttatgttgaccaaataagtaaattgacggaaggggcaaactgatagacgtttaacaattttgaagataattttgnnnnnnnct 114  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||       ||    
T  48630916 cacagacatttgtcacgtcatgttgaccaaatgagtaaattgacggaaggggcaaactgatagacgtttaacaattttggagataattttgtttttttct 48631015  T
Q  115 ctaatttgaaagtggtattcgcaagaatttacaacttttgaaggtttttgactatttactcattggatgatattactaccgtgcatatttgagtactctc 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  48631016 ctaatttgaaagtggtattcgcaagaatttacaacttttgaaggtttttgactatttactcattggatgatattactactgtgcatatttgagtactgtc 48631115  T
Q  215 tgttcaaagaacccgttactttgtttaaaaactactatagaaagacagcacttgaaaatctagaataaatgtacatttcctttaacaaaaaatttcatcc 314  Q
    | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48631116 tctttaaagaacccgttactttgtttaaaaactactatagaaagacagcacttgaaaatctagaataaatgtacatttcctttaacaaaaaatttcatcc 48631215  T
Q  315 ttttgatttgagatatcaattttataatttggccagacggctaataagttaagtaaaacattaacatactctaaaaaatgtgtctcttatcttttaaaaa 414  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48631216 ttttgatttgagatatcatttttataatttggccagacggctaataagttaagtaaa-cattaacatactctaaaaaatgtgtctcttatcttttaaaaa 48631314  T
Q  415 atataacatgacttgagaactgagatttccttctgaagtggacattgagacactaatcaaacgaatatggataaactagatacatactccttccaatata 514  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48631315 atataacatgactagagaactgagatttccttctgaagtggacattgagacactaatcaaacgaatatggataaactagatacatactccttccaatata 48631414  T
Q  515 tgttgctcacgatatccaaggacattgacttaatgtagctaggaggtcattccattttcattgctcaaaaactagaaatgtcttaatccacattgatttt 614  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48631415 tgttgctcacgatatccaaggacattgacttaatgtagctaggaggtcattccattttcattgctcaaaaactagaaatgtcttaatccacattgatttt 48631514  T
Q  615 tgatcataattaaactaatgccggctagtagaatcagaaactgcactcaaagacctaaacaagaaactattatgtctcctcagaacggggaagaattttt 714  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48631515 tgatcataattaaactaatgccggctagtagaatcagaaactgcactcaaagacctaaacaagaaactattatgtctcctcagaacggggaagaattttt 48631614  T
Q  715 gtttagttgaaagaaataaacaatgtttatgaccttatattatagttagtgtatgacatatatagtgaatgtgggaaacaaacccaacatgtctcaaatt 814  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48631615 gtttagttgaaagaaataaacaatgtttatgaccttatattatagttagtgtatgacatatatagtgaatgtgggaaacaaacccaacatgtctcaaatt 48631714  T
Q  815 cacaaagcccacgcttgtgtgcaggccaagaagaaatggatgccgctaag 864  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48631715 cacaaagcccacgcttgtgtgcaggccaagaagaaatggatgccgctaag 48631764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University