View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18981_high_8 (Length: 350)

Name: NF18981_high_8
Description: NF18981
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18981_high_8
NF18981_high_8
[»] chr2 (15 HSPs)
chr2 (1-342)||(32786573-32786914)
chr2 (1-342)||(32310361-32310699)
chr2 (1-342)||(32306228-32306569)
chr2 (1-342)||(32564121-32564459)
chr2 (1-342)||(32813784-32814122)
chr2 (1-342)||(28214137-28214475)
chr2 (1-342)||(28221809-28222147)
chr2 (99-294)||(32317376-32317567)
chr2 (1-57)||(32792956-32793012)
chr2 (247-340)||(28174609-28174703)
chr2 (99-163)||(28158724-28158788)
chr2 (99-163)||(28169293-28169357)
chr2 (247-326)||(28171417-28171496)
chr2 (68-163)||(28177383-28177478)
chr2 (125-163)||(28183168-28183206)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 318; Significance: 1e-179; HSPs: 15)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 1 - 342
Target Start/End: Original strand, 32786573 - 32786914
Alignment:
Q  1 aagcataagcagaaaccaatctggcagtcttctcttgagccatcagctgttgatcagcaaacaataaccctcttcctctcaacaaactctgatagtagtg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32786573 aagcataagcagaaaccaatctggcagtcttctcttgagccatcagctgttgatcagcaaacaataaccctcttcctctcaacaaactctgatagtagtg 32786672  T
Q  101 agtgtcaaaagatgctccagatggcactgcagatgacaatgcttgcatgtatgacatccctttgtcactactagagtgatgaacattcattggctttgaa 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  32786673 agtgtcaaaagatgctccagatggcactgcagatgacaatgcttgcatgtatgacatccctttgtcactactagagtgatgaacattcattttctttgaa 32786772  T
Q  201 actgtaaacgtcgaaaacgtgccattgctgctgatattgttcttactgttgtcaggacagtttagcctcatctgactgagaaaattgagaggtatacttg 300  Q
    | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  32786773 attgtaaacgtcgaaaacgtgccgttgctgctgatattattcttactgttgtcaggacagtttagcctcatctgactgagaaaatcgagaggtatacttg 32786872  T
Q  301 ggtctggttgccctgttccttgaaagtcgtacagcctttgct 342  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32786873 ggtctggttgccctgttccttgaaagtcgtacagcctttgct 32786914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 292; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 1 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 32310699 - 32310361
Alignment:
Q  1 aagcataagcagaaaccaatctggcagtcttctcttgagccatcagctgttgatcagcaaacaataaccctcttcctctcaacaaactctgatagtagtg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32310699 aagcataagcagaaaccaatctggcagtcttctcttgagccatcagctgttgatcagcaaacaataaccctcttcctctcaacaaactctgatagtagtg 32310600  T
Q  101 agtgtcaaaagatgctccagatggcactgcagatgacaatgcttgcatgtatgacatccctttgtcactactagagtgatgaacattcattggctttgaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  32310599 agtgtcaaaagatgctccagatggcactgcagatgacaatgcttgcatgtatgacatccctttgtc---attagagtgatgaacgttcattggctttgaa 32310503  T
Q  201 actgtaaacgtcgaaaacgtgccattgctgctgatattgttcttactgttgtcaggacagtttagcctcatctgactgagaaaattgagaggtatacttg 300  Q
     ||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |    
T  32310502 gctgtaaacgacgaaaacgtgccgttgctgctgaaattgttcttactgttgtcaggacagtttagcctcatctgactgagaaaatcgagaggtatactcg 32310403  T
Q  301 ggtctggttgccctgttccttgaaagtcgtacagcctttgct 342  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32310402 gatctggttgccctgttccttgaaagtcgtacagcctttgct 32310361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 1 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 32306569 - 32306228
Alignment:
Q  1 aagcataagcagaaaccaatctggcagtcttctcttgagccatcagctgttgatcagcaaacaataaccctcttcctctcaacaaactctgatagtagtg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32306569 aagcataagcagaaaccaatctggcagtcttctcttgagccatcagctgttgatcagaaaacaataaccctcttcctctcaacaaactctgatagtagtg 32306470  T
Q  101 agtgtcaaaagatgctccagatggcactgcagatgacaatgcttgcatgtatgacatccctttgtcactactagagtgatgaacattcattggctttgaa 200  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||    
T  32306469 agtgtcaaaatatgctccagatggcactgcagatgacaatgcttgcatgtatgacatccctttgtcactactagagtgatgagcatttactggctttgaa 32306370  T
Q  201 actgtaaacgtcgaaaacgtgccattgctgctgatattgttcttactgttgtcaggacagtttagcctcatctgactgagaaaattgagaggtatacttg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||| ||||| |||||||||||| |    
T  32306369 actgtaaacgtcgaaaacgtgccgttgctgttgatattgttcttactgtagtcaggacagtttagtctcatcagactgaaaaaatcgagaggtatactcg 32306270  T
Q  301 ggtctggttgccctgttccttgaaagtcgtacagcctttgct 342  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  32306269 ggtctggttgccctgttccttgaaagtcgtacaacctttgct 32306228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 280; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 1 - 342
Target Start/End: Original strand, 32564121 - 32564459
Alignment:
Q  1 aagcataagcagaaaccaatctggcagtcttctcttgagccatcagctgttgatcagcaaacaataaccctcttcctctcaacaaactctgatagtagtg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32564121 aagcataagcagaaaccaatctggcagtcttctcttgagccatcagctgttgatcagcaaacaataaccctcttcctctcaacaaactctgatagtagtg 32564220  T
Q  101 agtgtcaaaagatgctccagatggcactgcagatgacaatgcttgcatgtatgacatccctttgtcactactagagtgatgaacattcattggctttgaa 200  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  32564221 agtgtcaaaaaatgctccagatggaactgcagatgacaatgcttgcatgtatgacatccctttgtc---attagagtgatgaacgttcattggctttgaa 32564317  T
Q  201 actgtaaacgtcgaaaacgtgccattgctgctgatattgttcttactgttgtcaggacagtttagcctcatctgactgagaaaattgagaggtatacttg 300  Q
     ||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |    
T  32564318 gctgtaaacgacgaaaacgtgccgttgctgctgaaattgttcttactgttgtcaggacagtttagcctcatctgactgagaaaatcgagaggtatactcg 32564417  T
Q  301 ggtctggttgccctgttccttgaaagtcgtacagcctttgct 342  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  32564418 gatctggttgccctgttccttgaaagtcgtacaacctttgct 32564459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 280; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 1 - 342
Target Start/End: Original strand, 32813784 - 32814122
Alignment:
Q  1 aagcataagcagaaaccaatctggcagtcttctcttgagccatcagctgttgatcagcaaacaataaccctcttcctctcaacaaactctgatagtagtg 100  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32813784 aagcataagcaaaaaccaatctggcagtcttctcttgagccatcagctgttgatcagcaaacaataaccctcttcctctcaacaaactctgatagtagtg 32813883  T
Q  101 agtgtcaaaagatgctccagatggcactgcagatgacaatgcttgcatgtatgacatccctttgtcactactagagtgatgaacattcattggctttgaa 200  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | |||||||||||||||||||||    
T  32813884 agtgtcaaaagatgctccagatggtactgcagatgacaatgcttgcatgtatgacatccctttgtc---attagagagttgaacattcattggctttgaa 32813980  T
Q  201 actgtaaacgtcgaaaacgtgccattgctgctgatattgttcttactgttgtcaggacagtttagcctcatctgactgagaaaattgagaggtatacttg 300  Q
     |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |    
T  32813981 gctgtaaacgtcgaaaacgtgccgttgctgctgaaattgttcttactgttgtcaggacagtttagcctcatctgactgagaaaatcgagaggtatactcg 32814080  T
Q  301 ggtctggttgccctgttccttgaaagtcgtacagcctttgct 342  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  32814081 gatctggttgccctgttccttgaaagtcgtacaacctttgct 32814122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 1 - 342
Target Start/End: Original strand, 28214137 - 28214475
Alignment:
Q  1 aagcataagcagaaaccaatctggcagtcttctcttgagccatcagctgttgatcagcaaacaataaccctcttcctctcaacaaactctgatagtagtg 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  28214137 aagcataagcagaaaccaatttggctgtcttctcttcagccatcagctgttgatcagcaaacaataaccctcttcctctcaacaatctctgatagtagtg 28214236  T
Q  101 agtgtcaaaagatgctccagatggcactgcagatgacaatgcttgcatgtatgacatccctttgtcactactagagtgatgaacattcattggctttgaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  28214237 agtgtcaaaagatgctccagatgacactgcagatgacaatgcttgcttgtatgacatccctttgt---tattagagtgatgaacattcattggctttgaa 28214333  T
Q  201 actgtaaacgtcgaaaacgtgccattgctgctgatattgttcttactgttgtcaggacagtttagcctcatctgactgagaaaattgagaggtatacttg 300  Q
    |||||||||||||||||| | || |||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||| |||||||||||| |    
T  28214334 actgtaaacgtcgaaaacattccgttgctgctgacattattcttattgttgtcaggacagttttgcctcatctgactaaggaaatcgagaggtatactcg 28214433  T
Q  301 ggtctggttgccctgttccttgaaagtcgtacagcctttgct 342  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28214434 ggtctggttgccctgttccttgaaagtcgtacagcctttgct 28214475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 1 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 28222147 - 28221809
Alignment:
Q  1 aagcataagcagaaaccaatctggcagtcttctcttgagccatcagctgttgatcagcaaacaataaccctcttcctctcaacaaactctgatagtagtg 100  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28222147 aagcataagcaaaaaccaatatggcagtcttctcttaagccatcagctgttgatcagcaaacaataaccctcttcctctcaacaaactctgatagtagtg 28222048  T
Q  101 agtgtcaaaagatgctccagatggcactgcagatgacaatgcttgcatgtatgacatccctttgtcactactagagtgatgaacattcattggctttgaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  28222047 agtgtcaaaagatgctccagatgacactgcagatgacaatgcttgcttgtatgacatccctttgt---tattagagtgatgaacattcattggctttgaa 28221951  T
Q  201 actgtaaacgtcgaaaacgtgccattgctgctgatattgttcttactgttgtcaggacagtttagcctcatctgactgagaaaattgagaggtatacttg 300  Q
    |||||||||||||||||| | || |||||| ||| ||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||| |    
T  28221950 actgtaaacgtcgaaaacattccgttgctgatgacattattcttattgttgtcaggacagttttgcctcatctgactgaggaaatcgagaggtatactcg 28221851  T
Q  301 ggtctggttgccctgttccttgaaagtcgtacagcctttgct 342  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  28221850 ggtctggttgccctgttccttgaaagtcgtagagcctttgct 28221809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 99 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 32317567 - 32317376
Alignment:
Q  99 tgagtgtcaaaagatgctccagatggcactgcagatgacaatgcttgcatgtatgacatccctttgtcactactagagtgatgaacattcattggctttg 198  Q
    |||||||||||||||| |  ||||||||||||| ||||||| ||||||  |||||| |||||||| |   || |||||||||| ||||| ||||||||||    
T  32317567 tgagtgtcaaaagatgtta-agatggcactgcatatgacaaagcttgcgcgtatgatatccctttat---tattagagtgatggacattaattggctttg 32317472  T
Q  199 aaactgtaaacgtcgaaaacgtgccattgctgctgatattgttcttactgttgtcaggacagtttagcctcatctgactgagaaaattgagaggta 294  Q
    ||||| ||| ||||||||| || |  ||| |||||||||| |||| | ||||||||||||| ||| ||||||| ||||| ||||||| ||||||||    
T  32317471 aaactataaccgtcgaaaatgtactgttgttgctgatattattctaattgttgtcaggacaattttgcctcatatgacttagaaaatcgagaggta 32317376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 1 - 57
Target Start/End: Original strand, 32792956 - 32793012
Alignment:
Q  1 aagcataagcagaaaccaatctggcagtcttctcttgagccatcagctgttgatcag 57  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32792956 aagcataagcagaaaccaatctggcagtcttctcttgagccatcagctgttgatcag 32793012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 247 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 28174703 - 28174609
Alignment:
Q  247 tgttgtcaggacagtttagcctcatctgactgagaaaattgagaggtatac-ttgggtctggttgccctgttccttgaaagtcgtacagcctttg 340  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||  |||| |||||    ||||||||||| ||||||||| ||||| |||||| |||||    
T  28174703 tgttgtctggacagtttagcctcatctgactaagaaaatcaagagctatacgacaggtctggttgcgctgttcctttaaagttgtacagactttg 28174609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 99 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 28158788 - 28158724
Alignment:
Q  99 tgagtgtcaaaagatgctccagatggcactgcagatgacaatgcttgcatgtatgacatcccttt 163  Q
    ||||||||||| |||||| |||||| ||||||||| |||||  |||||||| |||||||| ||||    
T  28158788 tgagtgtcaaatgatgcttcagatgacactgcagacgacaactcttgcatgcatgacatcacttt 28158724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 99 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 28169357 - 28169293
Alignment:
Q  99 tgagtgtcaaaagatgctccagatggcactgcagatgacaatgcttgcatgtatgacatcccttt 163  Q
    ||||||||||| |||||| |||||| ||||||||| |||||  |||||||| |||||||| ||||    
T  28169357 tgagtgtcaaatgatgcttcagatgacactgcagacgacaactcttgcatgcatgacatcacttt 28169293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 247 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 28171496 - 28171417
Alignment:
Q  247 tgttgtcaggacagtttagcctcatctgactgagaaaattgagaggtatacttgggtctggttgccctgttccttgaaag 326  Q
    |||||||  |||||||| ||||||||| ||| || ||||  ||| |||||||  ||||||||||| ||||||||||||||    
T  28171496 tgttgtcttgacagttttgcctcatcttactaagcaaatcaagaagtatactcaggtctggttgcgctgttccttgaaag 28171417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 68 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 28177478 - 28177383
Alignment:
Q  68 ccctcttcctctcaacaaactctgatagtagtgagtgtcaaaagatgctccagatggcactgcagatgacaatgcttgcatgtatgacatcccttt 163  Q
    |||||||||||| || |||||| ||||  |   ||||||||| ||||||  ||||| ||||||||||||||| |||||||||  ||||||| ||||    
T  28177478 ccctcttcctcttaataaactcggatatcatcaagtgtcaaatgatgcttaagatgacactgcagatgacaacgcttgcatgcctgacatcacttt 28177383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 125 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 28183206 - 28183168
Alignment:
Q  125 cactgcagatgacaatgcttgcatgtatgacatcccttt 163  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  28183206 cactgcagatgacaacgcttccatgtatgacatcccttt 28183168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University