View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18982_low_3 (Length: 765)

Name: NF18982_low_3
Description: NF18982
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18982_low_3
NF18982_low_3
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (13-746)||(35951145-35951879)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 675; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 675; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 746
Target Start/End: Original strand, 35951145 - 35951879
Alignment:
Q  13 aatatactaataaatttatttgaataagaatcgctatacttatggtcttaatataattaattaagcctactcttttgtttcacgtttatagcaagcaaaa 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  35951145 aatatactaataaatttatttgaataagaatcactatacttatggtcttaatataattaattaagcctacttttttgtttcacgtttatagcaagcaaaa 35951244  T
Q  113 ttgattctggagttgtaaatttgatgttgacatgtttaattgttcttgaatacaaatgattttatcttcagaattgattcttaaatctaatttgaagcta 212  Q
    |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  35951245 ttgattctggagctgtaaaattgatgttgacatgtttaattgttcttgaatacaaatgattttatcttcagaattgattcctaaatctaatttgaagcta 35951344  T
Q  213 gttt-gtagattttgagtctaaaatgtgatttttacactggattttttgtcaagctcaataaacctatccaaacataaattaatttattcaactaagttt 311  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35951345 gttttgtagattttgagtctaaaatgtgacttttacactggattttttgtcaagctcaataaacgtatccaaacataaattaatttattcaactaagttt 35951444  T
Q  312 taaagtaaaatgaattgtttaaaatcaatttttatcaccacaaaacccaagttcatcaatactactcatcatcatggcataacatgaacagtaattatac 411  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  35951445 taaagtaaaacgaattatttaaaatcaatttttatcaccacaaaacccaagttcattaatactactcatcatcatggcataacatgaacaataattatac 35951544  T
Q  412 agacatagctgaaatttatacacaacgacaataattgagaaaagtacttatggaatggggtactaatagattgatgatataatgtaaaatagtcatatcc 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  35951545 agacatagctgaaatttatacacaacgacaataattgagaaaagtacttatggaatggggtactaatagattgatgatataatgtaaaatagttatatcc 35951644  T
Q  512 cttacatagagagaatagtacttatggaatggtgcaacatatatagcattaggatgcattaattaatttgacaaaaggactggagttaaacttgagagtt 611  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35951645 cttacatagagagaatagtacttatggaatggtgtaacatatatagcattaggatgcattaattaatttgacaaaaggactggagttaaacttgagagtt 35951744  T
Q  612 catcaagtgaaccttagaaataggttcatttgagattgcaactgcataagcccatgccttgagatgtttcttcattgccacatcatcatccaatggaggc 711  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35951745 catcaagtgaaccttagaaataggttcatttgagattgcaactgcataagcccatgccttgagatgtttcttcattgccacatcatcatccaatggaggc 35951844  T
Q  712 atttcattttgctgcccagtttcaagcatctgaac 746  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35951845 atttcattttgctgcccagtttcaagcatctgaac 35951879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University