View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF18982_low_8 (Length: 620)
Name: NF18982_low_8
Description: NF18982
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF18982_low_8 |
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| [»] scaffold0014 (2 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 484; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 484; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 603
Target Start/End: Original strand, 23962798 - 23963396
Alignment:
| Q |
1 |
acaactgaatatcaatgagaataatagcttaaatgtcatagatgaagaaacacagaagacatacatatgtgaaattgaaattgatcgcaggaatggaagt |
100 |
Q |
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| T |
23962798 |
acaactgaatatcaatgagaataatagcttaaatgtcatagatgaagaaacacaaaagacatacgtatgtgaaattgaaattgatcgcatgaatgaaagt |
23962897 |
T |
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| Q |
101 |
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200 |
Q |
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| T |
23962898 |
tgtaagttcattggaaaaagatggtttgaatttatcggctcgactcaatctttagttgggtcctttctaatgtttaattttgaaattccaacacgaagat |
23962997 |
T |
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| Q |
201 |
tgtatgtttgtcccgctgagttgttataaaatatttgtagtaactatgttttaaattagaaatggtatcgataagagtaatgtattatttaaagttgttg |
300 |
Q |
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| T |
23962998 |
tgtatgtttgtcccgctgagttgttataaaatatttgtagtaactatgttttaaattagaaatggtatcgataagagtaatgtattatttaaagttattg |
23963097 |
T |
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| Q |
301 |
taaatttnnnnnnnttaaataatgttttatcataatcaatttcattgtagtttatcatatttaaaaaggaagaacatacaatatgttatcgctactatat |
400 |
Q |
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| T |
23963098 |
taaattgaaaaaaattaaataatgttttatcataatcaatttcatcgtagtttatcatatttaaaaaggaagaacatacaatatgttatcgctactatat |
23963197 |
T |
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| Q |
401 |
cctattgtgaggtgatatgcaggtattaaaaggtagaaatatactaaaaataattgtaaggtttgatgaaataaaaatatagaagtgaaagcttaaaatg |
500 |
Q |
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| T |
23963198 |
cctat--tgaggtgatatgcaggtattaaaaggtagaaatatact--aaataattgtaaggtttgatgaaatgaaaatatagaagtgaaaacttaaaatg |
23963293 |
T |
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| Q |
501 |
tagattaatcttaatagaacatagagaattgatgaattggatacaacataattaaacaaacctgacagaaattaaaatatagtgatattaaacacactac |
600 |
Q |
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| T |
23963294 |
tagattaatctcaatagaacatagagaattgatgaactgagtacaacataattaaacaaacctgacaggaattaaagtatagtgatattaaacacactac |
23963393 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0014 (Bit Score: 433; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0014
Description:
Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 433; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 31 - 602
Target Start/End: Complemental strand, 132716 - 132146
Alignment:
| Q |
31 |
aaatgtcatagatgaagaaacacagaagacatacatatgtgaaattgaaattgatcgcaggaatggaagttgtaagttcattggaaaaggatagtttgaa |
130 |
Q |
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| T |
132716 |
aaatgttatagatgaagaaacacagaagacatacgtatctgaaattgaaattgatcgcaagaatggaagatgtaagttcattggaaaaggatggttttaa |
132617 |
T |
|
| Q |
131 |
tttatcggctcgaatcaatctttagtttggtcctttctaatgtttaattttgaaattccaacacgaagattgtatgtttgtcccgctgagttgttataaa |
230 |
Q |
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| T |
132616 |
tttatcgtctcgaatcaatctttagctgggtcctttctaatgtttaattttgaaattccaacacgaagattgtatgtttgttccgctgagttgttataaa |
132517 |
T |
|
| Q |
231 |
atatttgtagtaactatgttttaaattagaaatggtatcgataagagtaatgtattatttaaagttgttgtaaatttnnnnnnnttaaataatgttttat |
330 |
Q |
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| T |
132516 |
atatttgtagtaactatgttttaaattagaaatggtatcgataagagtaatgtattttttaaagttgttgtaaattgaaaagaattaaattatgttttat |
132417 |
T |
|
| Q |
331 |
cataatcaatttcattgtagtttatcatatttaaaaaggaagaacatacaatatgttatcgctactatatcctattgtgagg-tgatatgcaggtattaa |
429 |
Q |
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| T |
132416 |
cataatcaatttcattgtagtttattatatttaaacaggaagaacatacaatatgttatcgctactatatcctattgtgaggttgatatgcaggcattaa |
132317 |
T |
|
| Q |
430 |
aaggtagaaatatactaaaaataattgtaaggtttgatgaaataaaaatatagaagtgaaagcttaaaatgtagattaatcttaatagaacatagagaat |
529 |
Q |
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| T |
132316 |
aaggtagaaatatatt--aaataattttaaggtttgatgaaatgaaaatatagaagtgaaagcttaaaatgtagattaatcttaatagaacatagagaat |
132219 |
T |
|
| Q |
530 |
tgatgaattggatacaacataattaaacaaacctgacagaaattaaaatatagtgatattaaacacactacat |
602 |
Q |
| |
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| T |
132218 |
tgatgaactgagtacaacataattaaacaaacttgacaggaattaaaatatagtgatattaaacacactacat |
132146 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0014; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 2 - 57
Target Start/End: Complemental strand, 132770 - 132715
Alignment:
| Q |
2 |
caactgaatatcaatgagaataatagcttaaatgtcatagatgaagaaacacagaa |
57 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
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| T |
132770 |
caactgaatatcaatgagaataatagcttaaatgttatagatgaagaaacacagaa |
132715 |
T |
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