View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18985_high_7 (Length: 307)

Name: NF18985_high_7
Description: NF18985
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18985_high_7
NF18985_high_7
[»] chr1 (13 HSPs)
chr1 (18-293)||(9299773-9300048)
chr1 (20-293)||(9257664-9257936)
chr1 (18-293)||(9466887-9467162)
chr1 (26-293)||(9364076-9364343)
chr1 (26-293)||(9337217-9337484)
chr1 (26-293)||(9242701-9242968)
chr1 (20-264)||(8962012-8962256)
chr1 (20-264)||(8939085-8939329)
chr1 (23-264)||(8926659-8926900)
chr1 (58-225)||(9437962-9438129)
chr1 (58-225)||(9420879-9421046)
chr1 (35-87)||(8861971-8862023)
chr1 (23-117)||(8979359-8979453)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (18-293)||(9171176-9171451)
[»] scaffold0690 (1 HSPs)
scaffold0690 (26-291)||(1287-1552)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (26-291)||(15910554-15910819)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 272; Significance: 1e-152; HSPs: 13)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 18 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 9300048 - 9299773
Alignment:
18 aacggacaacattgagatggtggattttgcccattgttcccacttcatttatgaactccttcccatctccttcagcgttattgagcatcttaacagcaac 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
9300048 aacggacaacattgagatggtggattttgcccattgttcccacttcatttatgaactccttcccatctccttcagcgttattgagcatcttaacagcaac 9299949  T
118 ttgaatttgacttgataatttacctttgtaaacagctccatgagctccttctccgatcttatccttaaatttgtttgtaattctctttatgtcagcatag 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
9299948 ttgaatttgacttgataatttacctttgtaaacagctccatgagctccttctccgatcttatccttaaatttgtttgtaattctctttatgtcagcatag 9299849  T
218 gagaatctggttggctttaaagcctgataatccttcaaaaagttttcgattctttcatgatcttcgcctttcatct 293  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
9299848 gagaatctggttggctttaaagccttataatccttcaaaaagttttcgattctttcatgatcttcgcctttcatct 9299773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 20 - 293
Target Start/End: Original strand, 9257664 - 9257936
Alignment:
20 cggacaacattgagatggtggattttgcccattgttcccacttcatttatgaactccttcccatctccttcagcgttattgagcatcttaacagcaactt 119  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||     
9257664 cggacagcattgagatggtggattttacccatagttcccacttcatttatgaactccttcccatctccttctgcgttattgatcatcttaacagcaacta 9257763  T
120 gaatttgacttgataatttacctttgtaaacagctccatgagctccttctccgatcttatccttaaatttgtttgtaattctctttatgtcagcatagga 219  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
9257764 gaatttgacttgataattg-cctttgtaaacagctccttgagctccttctccgatcttatccttaaatttgtttgtaattctcttgatgtcagcatagga 9257862  T
220 gaatctggttggctttaaagcctgataatccttcaaaaagttttcgattctttcatgatcttcgcctttcatct 293  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
9257863 gaatctggttggctttaaagccttataatccttcaaaaagttttcgattctttcatgatcttcgcctttcatct 9257936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 18 - 293
Target Start/End: Original strand, 9466887 - 9467162
Alignment:
18 aacggacaacattgagatggtggattttgcccattgttcccacttcatttatgaactccttcccatctccttcagcgttattgagcatcttaacagcaac 117  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||    
9466887 aacggacaacattaagatgatggatttttcccatagttcccacttcatttatgaactccttaccatctccctcagtgttattgagcatcttaacggcaac 9466986  T
118 ttgaatttgacttgataatttacctttgtaaacagctccatgagctccttctccgatcttatccttaaatttgtttgtaattctctttatgtcagcatag 217  Q
      ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
9466987 gagaatttggcttgacaatttacctttgtaaacagctccatgagctccttctccgatcttatccttaaatttgtttgtaattctctttatgtcagcatag 9467086  T
218 gagaatctggttggctttaaagcctgataatccttcaaaaagttttcgattctttcatgatcttcgcctttcatct 293  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
9467087 gagaatctggttggctttaaagccttataatccttcaaaaagttttcgattcttacatgatcttcgcctttcatct 9467162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 26 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 9364343 - 9364076
Alignment:
26 acattgagatggtggattttgcccattgttcccacttcatttatgaactccttcccatctccttcagcgttattgagcatcttaacagcaacttgaattt 125  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| | |  |  ||||| || ||||| || || ||| ||||||    
9364343 acattgagatggtgaattttgcccatggttcccacttcatttatgaattccttcccatcttcctttgtattattaagaatcttcacggctactagaattt 9364244  T
126 gacttgataatttacctttgtaaacagctccatgagctccttctccgatcttatccttaaatttgtttgtaattctctttatgtcagcataggagaatct 225  Q
    |  | ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||| ||||| ||||| ||    
9364243 ggttcgataacttacctttataaacagctccatgagccccttcgcctatcttatctttaaatttatttgtaattctctttaagtctgcataagagaacct 9364144  T
226 ggttggctttaaagcctgataatccttcaaaaagttttcgattctttcatgatcttcgcctttcatct 293  Q
     |||||||||||||||   |||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||| ||||||||    
9364143 agttggctttaaagccctgtaatccttcaaaaagttttcaattcttgtatgatcttcgcttttcatct 9364076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 26 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 9337484 - 9337217
Alignment:
26 acattgagatggtggattttgcccattgttcccacttcatttatgaactccttcccatctccttcagcgttattgagcatcttaacagcaacttgaattt 125  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| | |  |  ||||| || ||||| || || ||| ||||||    
9337484 acattgagatggtgaattttgcccatggttcccacttcatttatgaattccttcccatcttcctatgtattattaagaatcttcacggctactagaattt 9337385  T
126 gacttgataatttacctttgtaaacagctccatgagctccttctccgatcttatccttaaatttgtttgtaattctctttatgtcagcataggagaatct 225  Q
    |  | ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||| ||||| ||||| ||    
9337384 ggttcgataacttacctttataaacagctccatgagccccttcgcctatcttatctttaaatttatttgtaattctctttaagtctgcataagagaacct 9337285  T
226 ggttggctttaaagc-ctgataatccttcaaaaagttttcgattctttcatgatcttcgcctttcatct 293  Q
     |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||| ||||||||    
9337284 agttggctttaaagcactg-taatccttcaaaaagttttcaattcttgtatgatcttcgcttttcatct 9337217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 26 - 293
Target Start/End: Original strand, 9242701 - 9242968
Alignment:
26 acattgagatggtggattttgcccattgttcccacttcatttatgaactccttcccatctccttcagcgttattgagcatcttaacagcaacttgaattt 125  Q
    ||||| ||||| || || |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| | || || ||||| || ||||| || || ||| ||||||    
9242701 acatttagatgatgaatcttgcccatggttcccacttcatttatgaattccttcccatcttcctctgcattattaagaatcttcacggctactagaattt 9242800  T
126 gacttgataatttacctttgtaaacagctccatgagctccttctccgatcttatccttaaatttgtttgtaattctctttatgtcagcataggagaatct 225  Q
    |  | |||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||| || |||||||| | |||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||    
9242801 ggttcgataatttacctttataaacagctccatgagtcccttcgcctatcttatcttcaaatttatttgtaattctctttatgtctgcataagagaacct 9242900  T
226 ggttggctttaaagcctgataatccttcaaaaagttttcgattctttcatgatcttcgcctttcatct 293  Q
     |||||||||||||||   |||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||| | ||||||||    
9242901 agttggctttaaagccctgtaatccttcaaaaagttttcaattcttgtatgatcttcacttttcatct 9242968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 20 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 8962256 - 8962012
Alignment:
20 cggacaacattgagatggtggattttgcccattgttcccacttcatttatgaactccttcccatctccttcagcgttattgagcatcttaacagcaactt 119  Q
    ||||||||||| | ||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||| |  ||||| |||||||| ||||||||      
8962256 cggacaacattaacatgatggatttttcccatagttcctacttcatttatgaactctctcccatctccttctgtattattaagcatcttcacagcaacaa 8962157  T
120 gaatttgacttgataatttacctttgtaaacagctccatgagctccttctccgatcttatccttaaatttgtttgtaattctctttatgtcagcatagga 219  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || | ||| ||||| ||||  |  ||||||||||| || || ||||| ||    
8962156 gaatttgactcgataatttacctttgtagacagctccatgagctccttcgcccagcttttccttgaattgatcagtaattctcttgatatcggcataaga 8962057  T
220 gaatctggttggctttaaagcctgataatccttcaaaaagttttc 264  Q
     ||||| ||||||||| | || | |||||||||||||||||||||    
8962056 aaatctagttggctttgacgcttcataatccttcaaaaagttttc 8962012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 20 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 8939329 - 8939085
Alignment:
20 cggacaacattgagatggtggattttgcccattgttcccacttcatttatgaactccttcccatctccttcagcgttattgagcatcttaacagcaactt 119  Q
    ||||||||||| | ||| || ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||| || |  ||| | |||||||| || |||||      
8939329 cggacaacattaacatgatgaatttttcccatagttcccacttcatttatgaactctctcccatctccctcggtattactaagcatcttcacggcaacaa 8939230  T
120 gaatttgacttgataatttacctttgtaaacagctccatgagctccttctccgatcttatccttaaatttgtttgtaattctctttatgtcagcatagga 219  Q
    |||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || | ||| || || ||||  | |||||||||||| || || ||||| ||    
8939229 gaatttgactcgataatttacctttatagacagctccatgagctccttcccctagcttttctttgaattgatctgtaattctcttgatatctgcataaga 8939130  T
220 gaatctggttggctttaaagcctgataatccttcaaaaagttttc 264  Q
     ||||| ||||||||| | || |  ||||||||||||||||||||    
8939129 aaatcttgttggctttgacgcttcgtaatccttcaaaaagttttc 8939085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 23 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 8926900 - 8926659
Alignment:
23 acaacattgagatggtggattttgcccattgttcccacttcatttatgaactccttcccatctccttcagcgttattgagcatcttaacagcaacttgaa 122  Q
    |||||||| | ||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||  |||||||||| || |  ||| | |||||||| ||||||||   ||    
8926900 acaacattaacatgatggatttttcccatagttcccacctcatttatgaactcactcccatctccctctgtattactaagcatcttcacagcaaccataa 8926801  T
123 tttgacttgataatttacctttgtaaacagctccatgagctccttctccgatcttatccttaaatttgtttgtaattctctttatgtcagcataggagaa 222  Q
    ||||| | |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || | ||| || || || |  |  ||||||||||| || || ||||| || ||    
8926800 tttgattcgataatttacctttatagacagctccatgagctccttcgcctagcttttctttgaactgatccgtaattctcttgatatctgcataagaaaa 8926701  T
223 tctggttggctttaaagcctgataatccttcaaaaagttttc 264  Q
    ||| ||||||||| | || | |||||||||||||||||||||    
8926700 tctagttggctttgacgcttcataatccttcaaaaagttttc 8926659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 58 - 225
Target Start/End: Original strand, 9437962 - 9438129
Alignment:
58 cacttcatttatgaactccttcccatctccttcagcgttattgagcatcttaacagcaacttgaatttgacttgataatttacctttgtaaacagctcca 157  Q
    |||||| || |||||||| || ||||| || || | ||| || |||||||| ||||| ||  |||||| | | ||||||||||||||| |||| || |||    
9437962 cacttcgttaatgaactcttttccatcgccctcggtgtttttaagcatcttcacagccacaagaatttcattagataatttacctttgaaaactgcacca 9438061  T
158 tgagctccttctccgatcttatccttaaatttgtttgtaattctctttatgtcagcataggagaatct 225  Q
    ||||||||||| || | ||  ||| |||| || |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||    
9438062 tgagctccttcacctaactcttccctaaaattatttgtaatcctctttatatcagcataagagaatct 9438129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 58 - 225
Target Start/End: Original strand, 9420879 - 9421046
Alignment:
58 cacttcatttatgaactccttcccatctccttcagcgttattgagcatcttaacagcaacttgaatttgacttgataatttacctttgtaaacagctcca 157  Q
    |||||| || |||||||| || ||||| || || | ||| || |||||||| ||||| ||  |||||| | | ||||||||||||||| |||| || |||    
9420879 cacttcgttaatgaactcttttccatcgccctcggtgtttttaagcatcttcacagccacaagaatttcattagataatttacctttgaaaactgcacca 9420978  T
158 tgagctccttctccgatcttatccttaaatttgtttgtaattctctttatgtcagcataggagaatct 225  Q
    ||||||||||| || | ||  ||| |||| || |||||||| |||||||| ||| |||| ||||||||    
9420979 tgagctccttcacctaactcttccctaaaattatttgtaatcctctttatatcaacataagagaatct 9421046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 35 - 87
Target Start/End: Original strand, 8861971 - 8862023
Alignment:
35 tggtggattttgcccattgttcccacttcatttatgaactccttcccatctcc 87  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||| ||||| |||||    
8861971 tggtggattttgcccataattcccacttcattgatgaactctttcccttctcc 8862023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 23 - 117
Target Start/End: Original strand, 8979359 - 8979453
Alignment:
23 acaacattgagatggtggattttgcccattgttcccacttcatttatgaactccttcccatctccttcagcgttattgagcatcttaacagcaac 117  Q
    ||||||||||  ||||||||||| |||||  ||||||||||  | |||||||| ||||| |||||||| |  || ||||| ||||| ||||||||    
8979359 acaacattgatgtggtggatttttcccataattcccacttcgctaatgaactctttcccgtctccttctgtattgttgagaatcttcacagcaac 8979453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 208; Significance: 1e-114; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 18 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 9171451 - 9171176
Alignment:
18 aacggacaacattgagatggtggattttgcccattgttcccacttcatttatgaactccttcccatctccttcagcgttattgagcatcttaacagcaac 117  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||| |||||||||||| ||||    
9171451 aacggacaacatttagatggtggattttgcccatagttcccacttcatttatgaactccttcccatctccctctgtgttatttagcatcttaacaccaac 9171352  T
118 ttgaatttgacttgataatttacctttgtaaacagctccatgagctccttctccgatcttatccttaaatttgtttgtaattctctttatgtcagcatag 217  Q
    | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
9171351 tagaatttggcttgataatttacctttgtaaacagctccatgagctccttcgcctaacttatccttaaatttatttgtgattctctttatgtcagcatag 9171252  T
218 gagaatctggttggctttaaagcctgataatccttcaaaaagttttcgattctttcatgatcttcgcctttcatct 293  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
9171251 gagaatctggttggctttaaagccttgtaatccttcaaaaagttttcgattcttttatgatcttcgcctttcatct 9171176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0690 (Bit Score: 138; Significance: 4e-72; HSPs: 1)
Name: scaffold0690
Description:

Target: scaffold0690; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 26 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 1552 - 1287
Alignment:
26 acattgagatggtggattttgcccattgttcccacttcatttatgaactccttcccatctccttcagcgttattgagcatcttaacagcaacttgaattt 125  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || ||||| || ||||| || || ||| ||||||    
1552 acattgagatggtggattttgcccatggttcccacttcatttatgaattccttcccatctccctctgcattattaagaatcttcacggctactagaattt 1453  T
126 gacttgataatttacctttgtaaacagctccatgagctccttctccgatcttatccttaaatttgtttgtaattctctttatgtcagcataggagaatct 225  Q
    |  | |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||| | ||| ||||| ||||| ||    
1452 ggttcgataatttacctttataaacagctccatgagccccttcccctatcttatctttaaatttatttgtaattctcttcaagtctgcataagagaacct 1353  T
226 ggttggctttaaagcctgataatccttcaaaaagttttcgattctttcatgatcttcgcctttcat 291  Q
     |||||||||||||||   |||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||    
1352 agttggctttaaagccctgtaatccttcaaaaagttttcaattcttgtatgatcttcgcctttcat 1287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 134; Significance: 9e-70; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 9e-70
Query Start/End: Original strand, 26 - 291
Target Start/End: Original strand, 15910554 - 15910819
Alignment:
26 acattgagatggtggattttgcccattgttcccacttcatttatgaactccttcccatctccttcagcgttattgagcatcttaacagcaacttgaattt 125  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || ||||| || ||||| || || ||| ||||||    
15910554 acattgagatggtggattttgcccatggttcccacttcatttatgaattccttcccatctccctctgcattattaagaatcttcacggctactagaattt 15910653  T
126 gacttgataatttacctttgtaaacagctccatgagctccttctccgatcttatccttaaatttgtttgtaattctctttatgtcagcataggagaatct 225  Q
    |  | |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||| ||||||| |||||| | ||| ||||| ||||| ||    
15910654 ggttcgataatttacctttataaacagctccatgagccccttcccctatcttatctttaaatttatttgtaaatctcttcaagtctgcataagagaacct 15910753  T
226 ggttggctttaaagcctgataatccttcaaaaagttttcgattctttcatgatcttcgcctttcat 291  Q
     |||||||||||||||   |||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||    
15910754 agttggctttaaagccctgtaatccttcaaaaagttttcaattcttgtatgatcttcgcctttcat 15910819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University