View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18992_high_12 (Length: 335)

Name: NF18992_high_12
Description: NF18992
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18992_high_12
NF18992_high_12
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (10-318)||(30517026-30517333)
chr6 (18-318)||(33334796-33335097)
chr6 (18-231)||(24713947-24714160)
chr6 (46-318)||(14741319-14741592)
chr6 (18-232)||(24434802-24435007)
chr6 (204-308)||(13882680-13882784)
chr6 (204-308)||(35202199-35202303)
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (18-318)||(19751256-19751557)
chr8 (18-318)||(18869390-18869691)
chr8 (18-318)||(33036653-33036954)
chr8 (18-318)||(10687984-10688285)
chr8 (18-318)||(35741455-35741756)
chr8 (18-232)||(26402069-26402283)
chr8 (18-318)||(34587041-34587342)
chr8 (18-318)||(26297449-26297749)
chr8 (18-318)||(26310706-26311006)
chr8 (184-318)||(14602507-14602642)
chr8 (204-308)||(4813362-4813466)
chr8 (204-308)||(16753396-16753500)
chr8 (204-308)||(28331836-28331940)
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (18-318)||(21984199-21984500)
chr7 (18-318)||(21640756-21641057)
chr7 (18-318)||(24265043-24265344)
chr7 (18-318)||(16880993-16881294)
chr7 (18-224)||(9188865-9189071)
chr7 (18-318)||(12397825-12398122)
chr7 (22-303)||(24273629-24273910)
chr7 (141-318)||(18409732-18409910)
chr7 (204-308)||(3320924-3321028)
chr7 (18-86)||(18409956-18410024)
chr7 (204-308)||(25404598-25404702)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (18-318)||(9228052-9228353)
chr4 (18-318)||(16627712-16628013)
chr4 (18-318)||(18856642-18856943)
chr4 (18-277)||(3791852-3792111)
chr4 (117-167)||(5144138-5144188)
chr4 (18-86)||(5144209-5144277)
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (18-318)||(43593187-43593488)
chr5 (18-318)||(43625981-43626282)
chr5 (18-318)||(27445889-27446190)
chr5 (18-318)||(28806442-28806743)
chr5 (18-318)||(28833125-28833426)
chr5 (18-318)||(33769105-33769406)
chr5 (18-318)||(37560313-37560614)
chr5 (18-318)||(31400712-31401013)
chr5 (93-246)||(22828227-22828380)
[»] chr3 (10 HSPs)
chr3 (18-318)||(22172028-22172329)
chr3 (60-318)||(6793628-6793887)
chr3 (18-318)||(1306937-1307238)
chr3 (18-318)||(2675940-2676241)
chr3 (18-318)||(8513160-8513461)
chr3 (18-318)||(32476406-32476707)
chr3 (70-275)||(3327260-3327465)
chr3 (18-86)||(4386095-4386163)
chr3 (204-308)||(10595884-10595988)
chr3 (204-308)||(47879025-47879129)
[»] scaffold0197 (2 HSPs)
scaffold0197 (18-318)||(13150-13451)
scaffold0197 (18-318)||(18029-18330)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (18-318)||(13599309-13599610)
chr1 (18-308)||(19360278-19360568)
chr1 (18-318)||(41391518-41391819)
chr1 (60-275)||(47101769-47101984)
chr1 (22-232)||(47702760-47702970)
[»] scaffold0259 (1 HSPs)
scaffold0259 (18-318)||(1105-1406)
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (18-318)||(19345343-19345645)
chr2 (117-318)||(31057024-31057226)
chr2 (141-318)||(39483832-39484010)
chr2 (204-308)||(20050898-20051002)
chr2 (204-308)||(22713370-22713474)
chr2 (22-86)||(39484056-39484120)
[»] scaffold0006 (2 HSPs)
scaffold0006 (18-232)||(6681-6895)
scaffold0006 (18-232)||(7193-7407)
[»] scaffold0078 (1 HSPs)
scaffold0078 (118-246)||(33179-33307)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 253; Significance: 1e-140; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 10 - 318
Target Start/End: Original strand, 30517026 - 30517333
Alignment:
Q  10 attattctttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgctt 109  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  30517026 attattcattggcaagctttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggcatgtcaagatgaaaatgctt 30517125  T
Q  110 gacaagcgtatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaa 209  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  30517126 gacaggcgtatgtagatgcggactatacggacaatgtggataca-gaaaatctctatcttattttttgtttatcctttatggcacggctattagttggaa 30517224  T
Q  210 agcaaatcaacaatctgtggtggttctatctacaacttaagtggagtgcattacacttgctgaaggggtaaagtaagccatgttgttgaaaggtatgatg 309  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  30517225 agcaaatcaacaatttgtggtggctctatctacaacttaagtggagtgcattacacttgttgaaggggtaaaggaagccatgttgttgaaaggtatgatg 30517324  T
Q  310 gtgagttag 318  Q
    |||||||||    
T  30517325 gtgagttag 30517333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 18 - 318
Target Start/End: Original strand, 33334796 - 33335097
Alignment:
Q  18 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 117  Q
    |||||||| ||||||||| || ||||  ||||||||||||   |||||||  ||||||||||||||||||| |  |||||||||| | ||||   | | |    
T  33334796 ttggcaagctttgaagtgggtgttgaggtatttgaatgggtcgttgaagggcggtttgaagtacacaagggcagctcaagatgaagacgctttggagggg 33334895  T
Q  118 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 217  Q
    ||||| |||||||| ||| ||| ||| |||||||| ||||||||  | ||  ||||| ||||||| ||||||||||| || ||||||||||| |||||||    
T  33334896 tatgttgatgcggattatgcgggcaacgtggacactagaaaatccttgtcgggttttgtgtttactctttatggcacagcgattagttggaaggcaaatc 33334995  T
Q  218 aacaatctgtggtggttctatctacaacttaagtggagtgcattacacttgctgaaggggtaaagtaagccatgttgttgaaaggtatga-tggtgagtt 316  Q
    ||||||| |||||||   ||||||||||| ||| ||||| |||  |||||| |||||| || ||| | ||||| | ||||||||| |||| |||||||||    
T  33334996 aacaatccgtggtggcattatctacaactcaagcggagtacatcgcacttgttgaaggtgtgaaggaggccatatggttgaaagggatgattggtgagtt 33335095  T
Q  317 ag 318  Q
    ||    
T  33335096 ag 33335097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 18 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 24714160 - 24713947
Alignment:
Q  18 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 117  Q
    |||||||| ||||||||| || ||||  ||||||||||||  ||||||||  ||||||||||||||||| | |  |||||| ||| | | ||   | | |    
T  24714160 ttggcaagctttgaagtgggtattgaggtatttgaatgggtctttgaagggaggtttgaagtacacaagagcagctcaagaggaagacgttttggagggg 24714061  T
Q  118 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 217  Q
    |||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||  ||||  ||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  24714060 tatgtagatgcggactatgcgggtaatgtggacacaagaaaatccttatcgagttttgtgtttactctttatggcacgactattagttggaaggcaaatc 24713961  T
Q  218 aacaatctgtggtg 231  Q
    ||||||| ||||||    
T  24713960 aacaatccgtggtg 24713947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 46 - 318
Target Start/End: Original strand, 14741319 - 14741592
Alignment:
Q  46 tatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcgtatgtagatgcggactatacggacaatg 145  Q
    ||||||||||||   |||||||  ||||||||||||| ||||| |  |||||||||| |  |||   | | |||||| |||||||| ||| ||| ||| |    
T  14741319 tatttgaatgggtcgttgaagggcggtttgaagtacataagggcagctcaagatgaagacactttggaggggtatgttgatgcggattatgcgggcaacg 14741418  T
Q  146 tggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatcaacaatctgtggtggttctatctacaac 245  Q
    ||||||| ||||||||  | ||  ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||   ||||||||||    
T  14741419 tggacactagaaaatccttgtcgggttttgtgtttactctttatggcacggctattagttggaaggcaaatcaacaatccgtggtggcattatctacaac 14741518  T
Q  246 ttaagtggagtgcattacacttgctgaaggggtaaagtaagccatgttgttgaaaggtatga-tggtgagttag 318  Q
    | ||| ||||| |||  |||||| |||||| || ||| | ||||| | ||||||||| |||| |||||||||||    
T  14741519 tcaagcggagtacatcgcacttgttgaaggtgtgaaggaggccatatggttgaaagggatgattggtgagttag 14741592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 18 - 232
Target Start/End: Original strand, 24434802 - 24435007
Alignment:
Q  18 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 117  Q
    |||||||| ||||||||| || ||||  ||||||||| ||  ||||||||  ||||||||||||||||| | |  |||||| ||| | ||||  |||| |    
T  24434802 ttggcaagctttgaagtgggtgttgaggtatttgaatcggtctttgaagggcggtttgaagtacacaagagcagctcaagaggaagacgctttgcaaggg 24434901  T
Q  118 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 217  Q
    ||||||||||||||         ||||||||||||||||||||   ||||  ||||| ||||||| |||||||||||  ||||||||||||| |||||||    
T  24434902 tatgtagatgcgga---------caatgtggacacaagaaaatacttatcgggttttgtgtttactctttatggcacaactattagttggaaggcaaatc 24434992  T
Q  218 aacaatctgtggtgg 232  Q
    ||||||  |||||||    
T  24434993 aacaattcgtggtgg 24435007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 204 - 308
Target Start/End: Original strand, 13882680 - 13882784
Alignment:
Q  204 ttggaaagcaaatcaacaatctgtggtggttctatctacaacttaagtggagtgcattacacttgctgaaggggtaaagtaagccatgttgttgaaaggt 303  Q
    |||||| |||||||||||||| || || | ||| || |||||| |||  |||| |||  | |||| ||||||||| ||| ||||||| | ||||||||||    
T  13882680 ttggaaggcaaatcaacaatcagttgtagctctttcaacaactcaagcagagtacatagcccttgttgaaggggtcaaggaagccatatggttgaaaggt 13882779  T
Q  304 atgat 308  Q
    |||||    
T  13882780 atgat 13882784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 204 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 35202303 - 35202199
Alignment:
Q  204 ttggaaagcaaatcaacaatctgtggtggttctatctacaacttaagtggagtgcattacacttgctgaaggggtaaagtaagccatgttgttgaaaggt 303  Q
    |||||| |||||||||||||| || || | ||| || |||||| |||  |||| |||  | |||| ||||||||| ||| ||||||| | ||||||||||    
T  35202303 ttggaaggcaaatcaacaatcagttgtagctctttcaacaactcaagcagagtacatagcccttgttgaaggggtcaaggaagccatatggttgaaaggt 35202204  T
Q  304 atgat 308  Q
    |||||    
T  35202203 atgat 35202199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 98; Significance: 3e-48; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 18 - 318
Target Start/End: Original strand, 19751256 - 19751557
Alignment:
Q  18 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 117  Q
    |||||||| ||||||||| || ||||  ||||||||||||  ||||||||  ||||||||||||||||| | |  ||||||  || | ||||   | | |    
T  19751256 ttggcaagctttgaagtgggtgttgaggtatttgaatgggtctttgaagggcggtttgaagtacacaagagcagctcaagagaaagacgctttggagggg 19751355  T
Q  118 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 217  Q
    ||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||  ||||  ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  19751356 tatgttgatgcggactatgcgggcaatgtggacacaagaaaatccttatcgggttttgtgtttactctttatggcacggctattagttggaaggcaaatc 19751455  T
Q  218 aacaatctgtggtggttctatctacaacttaagtggagtgcattacacttgctgaaggggtaaagtaagccatgttgttgaaaggtatga-tggtgagtt 316  Q
    ||||||| |||||||   |||| |||||| ||| |||||  ||| | |||| ||||||||| ||  ||||||| | |||||||||||||| |||||||||    
T  19751456 aacaatccgtggtggcattatcaacaactcaagcggagtatattgcccttgttgaaggggtgaaagaagccatatggttgaaaggtatgattggtgagtt 19751555  T
Q  317 ag 318  Q
    ||    
T  19751556 ag 19751557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 18 - 318
Target Start/End: Original strand, 18869390 - 18869691
Alignment:
Q  18 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 117  Q
    |||||||| ||||||||| || ||||  ||||||||||||  ||||||||  ||||||||||||||||||| |  |||||||||| | || |   | | |    
T  18869390 ttggcaagctttgaagtgggtattgaggtatttgaatgggtctttgaagggcggtttgaagtacacaagggcagctcaagatgaagacgcattggagggg 18869489  T
Q  118 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 217  Q
    ||||| |||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||  ||||  ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  18869490 tatgttgatgcggactatgcgggcaatgtggacactagaaaatccttatcgggttttgtgtttactctttatggcacggctattagttggaaggcaaatc 18869589  T
Q  218 aacaatctgtggtggttctatctacaacttaagtggagtgcattacacttgctgaaggggtaaagtaagccatgttgttgaaaggtatga-tggtgagtt 316  Q
    ||||||| |||||||   ||||||||||| ||| ||||| ||   |||||| |||||| || ||| |  |||| | ||||||||| |||| |||||||||    
T  18869590 aacaatccgtggtggcattatctacaactcaagcggagtacaacgcacttgttgaaggtgtgaaggagaccatatggttgaaagggatgattggtgagtt 18869689  T
Q  317 ag 318  Q
    ||    
T  18869690 ag 18869691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 18 - 318
Target Start/End: Original strand, 33036653 - 33036954
Alignment:
Q  18 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 117  Q
    |||||||| ||||||||| || ||||  ||||||||||||  ||||||||  ||||||||||||||||| | |  |||||||||| | ||||   | | |    
T  33036653 ttggcaagctttgaagtgggtattgaggtatttgaatgggtctttgaagggcggtttgaagtacacaagagcagctcaagatgaagacgctttggagggg 33036752  T
Q  118 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 217  Q
    ||||| |||||||||||| |||  ||||||||||| ||||||||  |||   | ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  33036753 tatgttgatgcggactatgcgggaaatgtggacactagaaaatccttattgggatttgtgtttactctttatggcacggctattagttggaaggcaaatc 33036852  T
Q  218 aacaatctgtggtggttctatctacaacttaagtggagtgcattacacttgctgaaggggtaaagtaagccatgttgttgaaaggtatga-tggtgagtt 316  Q
    ||||||| |||||||   ||||||||||| ||||||||| |||  |||||| |||||| || ||| | ||||| | ||||||||| |||| |||||||||    
T  33036853 aacaatccgtggtggcattatctacaactcaagtggagtacatcgcacttgttgaaggtgtgaaggaggccatatggttgaaagggatgattggtgagtt 33036952  T
Q  317 ag 318  Q
    ||    
T  33036953 ag 33036954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 18 - 318
Target Start/End: Original strand, 10687984 - 10688285
Alignment:
Q  18 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 117  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||  ||||||||||||   |||||||  ||||||||||||||||||| |  |||||||||| | ||||   | | |    
T  10687984 ttggcaagctttgaagtgggttttgaggtatttgaatgggtcgttgaagggcggtttgaagtacacaagggcagctcaagatgaagacgctttggagggg 10688083  T
Q  118 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 217  Q
    ||||| |||||||| ||| ||| ||| |||||||| ||||||||  | ||  ||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  10688084 tatgttgatgcggattatgcgggcaacgtggacactagaaaatccttgtcgggttttgtgtttactctttatggcacggcgattagttggaaggcaaatc 10688183  T
Q  218 aacaatctgtggtggttctatctacaacttaagtggagtgcattacacttgctgaaggggtaaagtaagccatgttgttgaaaggtatga-tggtgagtt 316  Q
    ||||||| |||||||   ||||||||||| ||| ||||| |||  |||||| |||||| || ||| | ||||| | ||||||||| |||| |||||||||    
T  10688184 aacaatccgtggtggcattatctacaactcaagcggagtacatcgcacttgttgaaggtgtgaaggaggccatatggttgaaagggatgattggtgagtt 10688283  T
Q  317 ag 318  Q
    ||    
T  10688284 ag 10688285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 18 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 35741756 - 35741455
Alignment:
Q  18 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 117  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||  ||||||||||||   |||||||  ||||||||||||||||||| |  |||||||||| | ||||   | | |    
T  35741756 ttggcaagctttgaagtgggttttgaggtatttgaatgggtcgttgaagggcggtttgaagtacacaagggcagctcaagatgaagacgctttggagggg 35741657  T
Q  118 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 217  Q
    ||||| |||||||| ||| |||  || |||||||| ||||||||  | ||  ||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  35741656 tatgttgatgcggattatgcgggaaacgtggacactagaaaatccttgtcgggttttgtgtttactctttatggcacggcgattagttggaaggcaaatc 35741557  T
Q  218 aacaatctgtggtggttctatctacaacttaagtggagtgcattacacttgctgaaggggtaaagtaagccatgttgttgaaaggtatga-tggtgagtt 316  Q
    ||||||| |||||||   ||||||||||| ||| ||||| |||  |||||| |||||| || ||| | ||||| | ||||||||| |||| |||||||||    
T  35741556 aacaatccgtggtggcattatctacaactcaagcggagtacatcgcacttgttgaaggtgtgaaggaggccatatggttgaaagggatgattggtgagtt 35741457  T
Q  317 ag 318  Q
    ||    
T  35741456 ag 35741455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 18 - 232
Target Start/End: Original strand, 26402069 - 26402283
Alignment:
Q  18 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 117  Q
    |||||||| ||||||||| || ||||  |||||||||||   |||||||   ||||||||||||||||| | |  |||||| ||| | ||||   | | |    
T  26402069 ttggcaagctttgaagtgggtgttgaggtatttgaatggatctttgaagagcggtttgaagtacacaagagcagctcaagaggaagacgctttggagggg 26402168  T
Q  118 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 217  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||| || ||||||||| ||||||||||||| || ||||    
T  26402169 tatgttgatgcggactatacgggcaatgtggacacaagaaaatctctatcgggttttgtgtttactctatatggcacgactattagttggaaggctaatc 26402268  T
Q  218 aacaatctgtggtgg 232  Q
    ||||||| |||||||    
T  26402269 aacaatccgtggtgg 26402283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 18 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 34587342 - 34587041
Alignment:
Q  18 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 117  Q
    |||||||| ||||||||| || ||||| |||||||||| |  |||||||    |||||||||||||||  | |  |||||| ||| | ||||   | | |    
T  34587342 ttggcaagctttgaagtgggtgttgaagtatttgaatgagtctttgaagagcagtttgaagtacacaaaagcagctcaagaggaagacgctttggagggg 34587243  T
Q  118 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 217  Q
    ||||| ||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||| || ||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  34587242 tatgttgatgcagactatgcgggcaatgtggacacaagaaaatctctatcgggttttgtgtttactctctatggcacgactattagttggaaggcaaatc 34587143  T
Q  218 aacaatctgtggtggttctatctacaacttaagtggagtgcattacacttgctgaaggggtaaagtaagccatgttgttgaaaggtatga-tggtgagtt 316  Q
    ||||||| ||||||    |||| |||||| ||| ||||| |||| |  |||  |||||||| ||  | ||||| | |||||||||||||| |||||||||    
T  34587142 aacaatccgtggtgacattatcaacaactcaagcggagtacattgcctttgtagaaggggtgaaagatgccatatggttgaaaggtatgattggtgagtt 34587043  T
Q  317 ag 318  Q
    ||    
T  34587042 ag 34587041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 18 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 26297749 - 26297449
Alignment:
Q  18 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 117  Q
    |||||||| ||||||||| || ||||  |||||||||| |  ||||||||  |||||||||||||||||   |  |||||| ||| | ||||   | | |    
T  26297749 ttggcaagctttgaagtgggtattgaggtatttgaatgagtctttgaagggcggtttgaagtacacaagatcagctcaagaggaagacgctttggagggg 26297650  T
Q  118 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 217  Q
    ||||| |||||| ||||| ||| |||||||||||| ||||||||  ||||  ||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  26297649 tatgttgatgcgaactatgcgggcaatgtggacactagaaaatccttatcgggttttgtgtttactctttatggcacgactattagttgg-aagcaaatc 26297551  T
Q  218 aacaatctgtggtggttctatctacaacttaagtggagtgcattacacttgctgaaggggtaaagtaagccatgttgttgaaaggtatga-tggtgagtt 316  Q
    ||||||| |||||||   ||||||| ||| ||| ||||| |||  |||||| |||||| || ||  | ||||| | ||||||||| |||| |||||||||    
T  26297550 aacaatccgtggtggcgttatctaccactcaagcggagtacatcgcacttgttgaaggtgtgaaagaggccatatggttgaaagggatgattggtgagtt 26297451  T
Q  317 ag 318  Q
    ||    
T  26297450 ag 26297449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 18 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 26311006 - 26310706
Alignment:
Q  18 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 117  Q
    |||||||| ||||||||| || ||||  |||||||||| |  ||||||||  |||||||||||||||||   |  |||||| ||| | ||||   | | |    
T  26311006 ttggcaagctttgaagtgggtattgaggtatttgaatgagtctttgaagggcggtttgaagtacacaagatcagctcaagaggaagacgctttggagggg 26310907  T
Q  118 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 217  Q
    ||||| |||||| ||||| ||| |||||||||||| ||||||||  ||||  ||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  26310906 tatgttgatgcgaactatgcgggcaatgtggacactagaaaatccttatcgggttttgtgtttactctttatggcacgactattagttgg-aagcaaatc 26310808  T
Q  218 aacaatctgtggtggttctatctacaacttaagtggagtgcattacacttgctgaaggggtaaagtaagccatgttgttgaaaggtatga-tggtgagtt 316  Q
    ||||||| |||||||   ||||||| ||| ||| ||||| |||  |||||| |||||| || ||  | ||||| | ||||||||| |||| |||||||||    
T  26310807 aacaatccgtggtggcgttatctaccactcaagcggagtacatcgcacttgttgaaggtgtgaaagaggccatatggttgaaagggatgattggtgagtt 26310708  T
Q  317 ag 318  Q
    ||    
T  26310707 ag 26310706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 184 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 14602642 - 14602507
Alignment:
Q  184 ctttatggcacggctattagttggaaagcaaatcaacaatctgtggtggttctatctacaacttaagtggagtgcattacacttgctgaaggggtaaagt 283  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||   |||||||||||||||||||| |||||||| || | ||| ||||| |||| | |||| ||||||||| |||     
T  14602642 ctttatggcacgactattagatggaagataaatcaacaatctgtggtggctctatctataattcaagcggagtacattgcccttgttgaaggggtgaagg 14602543  T
Q  284 aagccatgttgttgaaaggtatga-tggtgagttag 318  Q
    ||||||| ||||||||||| || | |||||||||||    
T  14602542 aagccatattgttgaaagggattattggtgagttag 14602507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 204 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 4813466 - 4813362
Alignment:
Q  204 ttggaaagcaaatcaacaatctgtggtggttctatctacaacttaagtggagtgcattacacttgctgaaggggtaaagtaagccatgttgttgaaaggt 303  Q
    |||||| |||||||||||||| || || | ||| || |||||| |||  |||| |||  | |||| ||||||||| ||| ||||||| | ||||||||||    
T  4813466 ttggaaggcaaatcaacaatcagttgtagctctttcaacaactcaagcagagtacatagcccttgttgaaggggtcaaggaagccatatggttgaaaggt 4813367  T
Q  304 atgat 308  Q
    |||||    
T  4813366 atgat 4813362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 204 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 16753500 - 16753396
Alignment:
Q  204 ttggaaagcaaatcaacaatctgtggtggttctatctacaacttaagtggagtgcattacacttgctgaaggggtaaagtaagccatgttgttgaaaggt 303  Q
    |||||| |||||||||||||| || || | ||| || |||||| |||  |||| |||  | |||| ||||||||| ||| ||||||| | ||||||||||    
T  16753500 ttggaaggcaaatcaacaatcagttgtagctctttcaacaactcaagcagagtacatagcccttgttgaaggggtcaaggaagccatatggttgaaaggt 16753401  T
Q  304 atgat 308  Q
    |||||    
T  16753400 atgat 16753396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 204 - 308
Target Start/End: Original strand, 28331836 - 28331940
Alignment:
Q  204 ttggaaagcaaatcaacaatctgtggtggttctatctacaacttaagtggagtgcattacacttgctgaaggggtaaagtaagccatgttgttgaaaggt 303  Q
    |||||| |||||||||||||| || || | ||| || |||||| |||  |||| |||  | |||| ||||||||| ||| ||||||| | ||||||||||    
T  28331836 ttggaaggcaaatcaacaatcagttgtagctctttcaacaactcaagcagagtacatagcccttgttgaaggggtcaaggaagccatatggttgaaaggt 28331935  T
Q  304 atgat 308  Q
    |||||    
T  28331936 atgat 28331940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 98; Significance: 3e-48; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 18 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 21984500 - 21984199
Alignment:
Q  18 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 117  Q
    |||||||| ||||||||| || ||||  ||||||||||||  ||||||||  ||||||||||||||||| | |  |||||| ||| | ||||   | | |    
T  21984500 ttggcaagctttgaagtgggtgttgaggtatttgaatgggtctttgaagggcggtttgaagtacacaagagcagctcaagaggaagacgctttggagggg 21984401  T
Q  118 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 217  Q
    ||||| |||||| ||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||| || ||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  21984400 tatgttgatgcgaactatgcgggtaatgtggacacaagaaaatctctatcgggttttgtgtttactctctatggcacgactattagttggaaggcaaatc 21984301  T
Q  218 aacaatctgtggtggttctatctacaacttaagtggagtgcattacacttgctgaaggggtaaagtaagccatgttgttgaaaggtatga-tggtgagtt 316  Q
    |||||||||||||||   |||| |||||| |||||||||  ||||| | || ||||||||| ||  | ||||| | |||||||||||||| |||||||||    
T  21984300 aacaatctgtggtggcattatcaacaactcaagtggagtatattacccctgttgaaggggtgaaagaggccatatggttgaaaggtatgattggtgagtt 21984201  T
Q  317 ag 318  Q
    ||    
T  21984200 ag 21984199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 18 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 21641057 - 21640756
Alignment:
Q  18 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 117  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||  ||||||||||||   |||||||  ||||||||||||||||||| |  |||||||||| | ||||   | | |    
T  21641057 ttggcaagctttgaagtgggttttgaggtatttgaatgggtcgttgaagggcggtttgaagtacacaagggcagctcaagatgaagacgctttggagggg 21640958  T
Q  118 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 217  Q
    ||||| |||||||| ||| ||| ||| |||||||| ||||||||  | ||  ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  21640957 tatgttgatgcggattatgcgggcaacgtggacactagaaaatccttgtcgggttttgtgtttactctttatggcacggctattagttggaaggcaaatc 21640858  T
Q  218 aacaatctgtggtggttctatctacaacttaagtggagtgcattacacttgctgaaggggtaaagtaagccatgttgttgaaaggtatga-tggtgagtt 316  Q
    ||||||| |||||||   ||||||||||| ||| ||||| |||  |||||| |||||| || ||| | ||||| | ||||||||| |||| |||||||||    
T  21640857 aacaatccgtggtggcattatctacaactcaagcggagtacatcgcacttgttgaaggtgtgaaggaggccatatggttgaaagggatgattggtgagtt 21640758  T
Q  317 ag 318  Q
    ||    
T  21640757 ag 21640756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 18 - 318
Target Start/End: Original strand, 24265043 - 24265344
Alignment:
Q  18 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 117  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||  ||||||||||||   |||||||  ||||||||||||||||||| |  |||||||||| | ||||   | | |    
T  24265043 ttggcaagctttgaagtgggttttgaggtatttgaatgggtcgttgaagggcggtttgaagtacacaagggcagctcaagatgaagacgctttggagggg 24265142  T
Q  118 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 217  Q
    ||||| |||||||| ||| ||| ||| |||||||| ||||||||  | ||  ||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  24265143 tatgttgatgcggattatgcgggcaacgtggacactagaaaatccttgtcgggttttgtgtttactctttatggcacggcgattagttggaaggcaaatc 24265242  T
Q  218 aacaatctgtggtggttctatctacaacttaagtggagtgcattacacttgctgaaggggtaaagtaagccatgttgttgaaaggtatga-tggtgagtt 316  Q
    ||||||| |||||||   ||||||||||| ||| ||||| |||  |||||| |||||| || ||| | ||||| | ||||||||| |||| |||||||||    
T  24265243 aacaatccgtggtggcattatctacaactcaagcggagtacatcgcacttgttgaaggtgtgaaggaggccatatggttgaaagggatgattggtgagtt 24265342  T
Q  317 ag 318  Q
    ||    
T  24265343 ag 24265344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 18 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 16881294 - 16880993
Alignment:
Q  18 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 117  Q
    |||||||| ||||||||| || ||||  || |||||||||   |||||||  ||||||||||||||||||| |  |||||||||| | ||||   | | |    
T  16881294 ttggcaagctttgaagtgggtgttgaggtacttgaatgggtcgttgaagggcggtttgaagtacacaagggcagctcaagatgaagacgctttggagggg 16881195  T
Q  118 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 217  Q
    ||||| |||||||| ||| ||| |||||||||||| || |||||  | ||  ||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  16881194 tatgttgatgcggattatgcgggcaatgtggacactaggaaatccttgtcgggttttgtgtttactctttatggcacggcgattagttggaaggcaaatc 16881095  T
Q  218 aacaatctgtggtggttctatctacaacttaagtggagtgcattacacttgctgaaggggtaaagtaagccatgttgttgaaaggtatga-tggtgagtt 316  Q
    ||||||| |||||||   ||||||||||| ||| ||||| |||  |||||| |||||| || ||| | ||||| | ||||||||| |||| |||||||||    
T  16881094 aacaatccgtggtggcattatctacaactcaagcggagtacatcgcacttgttgaaggtgtgaaggaggccatatggttgaaagggatgattggtgagtt 16880995  T
Q  317 ag 318  Q
    ||    
T  16880994 ag 16880993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 18 - 224
Target Start/End: Original strand, 9188865 - 9189071
Alignment:
Q  18 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 117  Q
    |||||||| ||||||||| || ||||  ||||||||||||  ||||||||  ||||||||||||||||| | |  ||||||  || | ||||   | | |    
T  9188865 ttggcaagctttgaagtgggtgttgaggtatttgaatgggtctttgaagggcggtttgaagtacacaagagcagctcaagagaaagacgcttttgagggg 9188964  T
Q  118 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 217  Q
    ||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||  ||||  ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  9188965 tatgttgatgcggactatgcgggcaatgtggacacaagaaaatccttatcgggttttgtgtttactctttatggcacggctattagttggaaggcaaatc 9189064  T
Q  218 aacaatc 224  Q
    |||||||    
T  9189065 aacaatc 9189071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 18 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 12398122 - 12397825
Alignment:
Q  18 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 117  Q
    |||||||| ||||||||| || ||||  ||||||||||||  ||||||||  ||||||||||||||||||| |  |||||||||| | ||||   | | |    
T  12398122 ttggcaagctttgaagtgggtattgaggtatttgaatgggtctttgaagggcggtttgaagtacacaagggcaactcaagatgaagacgctttggagggg 12398023  T
Q  118 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 217  Q
    ||||| |||||||| ||| ||| ||| || ||||| || |||||  | ||  ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  12398022 tatgttgatgcggattatgcgggcaaagtagacactaggaaatccttgtcgggttttgtgtttactctttatggcacggctattagttggaaggcaaatc 12397923  T
Q  218 aacaatctgtggtggttctatctacaacttaagtggagtgcattacacttgctgaaggggtaaagtaagccatgttgttgaaaggtatga-tggtgagtt 316  Q
    |||||    ||||||   ||||||||||| ||| ||||| |||  |||||| |||||| || ||| | ||||| | ||||||||| |||| |||||||||    
T  12397922 aacaa----tggtggcattatctacaactcaagcggagtacatatcacttgttgaaggtgtgaaggaggccatatggttgaaagggatgattggtgagtt 12397827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 22 - 303
Target Start/End: Original strand, 24273629 - 24273910
Alignment:
Q  22 caagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcgtatg 121  Q
    |||| ||||||||| || ||||  ||||||||||||  || |||||  ||||||||||||||||| | |  |||||| ||| | ||||   | | |||||    
T  24273629 caagctttgaagtgggtattgaggtatttgaatgggtcttagaagggcggtttgaagtacacaagagcagctcaagaggaagacgctttggaggggtatg 24273728  T
Q  122 tagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatcaaca 221  Q
    |  ||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||| || ||||||||  ||||||||||||| |||||||||||    
T  24273729 ttaatgcggactatgcgggaaatgtggacacaagaaaatctctatcgggttttatgtttactctctatggcacaactattagttggaaggcaaatcaaca 24273828  T
Q  222 atctgtggtggttctatctacaacttaagtggagtgcattacacttgctgaaggggtaaagtaagccatgttgttgaaaggt 303  Q
    ||| |||||||   |||| |||||| ||| |||||  ||| | |||| ||||||||| ||  | ||||| | ||||||||||    
T  24273829 atccgtggtggcattatcaacaactcaagcggagtatatttcccttgttgaaggggtcaaagaggccatatggttgaaaggt 24273910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 141 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 18409910 - 18409732
Alignment:
Q  141 caatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatcaacaatctgtggtggttctatct 240  Q
    |||||||||||| ||||||||  ||||  ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |   |||||    
T  18409910 caatgtggacactagaaaatccttatcgggttttgtgtttactctttatggcacggctattagttggaaggcaaatcaacaatccgtggttgcattatct 18409811  T
Q  241 acaacttaagtggagtgcattacacttgctgaaggggtaaagtaagccatgttgttgaaaggtatga-tggtgagttag 318  Q
    || ||| ||| ||||| |||| | |||| ||||||||| ||  | ||||| | ||||||||| |||| |||||||||||    
T  18409810 accactcaagcggagtacattgcccttgttgaaggggtgaaagaggccatatggttgaaagggatgattggtgagttag 18409732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 204 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 3321028 - 3320924
Alignment:
Q  204 ttggaaagcaaatcaacaatctgtggtggttctatctacaacttaagtggagtgcattacacttgctgaaggggtaaagtaagccatgttgttgaaaggt 303  Q
    |||||| |||||||||||||| || || | ||| || |||||| ||| ||||| |||  | |||| ||||||||| ||| ||||||| | ||||||||||    
T  3321028 ttggaaggcaaatcaacaatcagttgtagctctttcaacaactcaagcggagtacatagcccttgttgaaggggtcaaggaagccatatggttgaaaggt 3320929  T
Q  304 atgat 308  Q
    |||||    
T  3320928 atgat 3320924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 18 - 86
Target Start/End: Complemental strand, 18410024 - 18409956
Alignment:
Q  18 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaag 86  Q
    |||||||| ||||||||| || ||||  ||||||||||||  ||||||||  |||||||||||||||||    
T  18410024 ttggcaagctttgaagtgggtgttgaggtatttgaatgggtctttgaagggcggtttgaagtacacaag 18409956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 204 - 308
Target Start/End: Original strand, 25404598 - 25404702
Alignment:
Q  204 ttggaaagcaaatcaacaatctgtggtggttctatctacaacttaagtggagtgcattacacttgctgaaggggtaaagtaagccatgttgttgaaaggt 303  Q
    |||||| |||||||||||||| || || | ||| || |||||| |||  |||| |||  | |||| ||||||||| ||| ||||||| | ||||||||||    
T  25404598 ttggaaggcaaatcaacaatcagttgtagctctttcaacaactcaagcagagtacatagcccttgttgaaggggtcaaggaagccatatggttgaaaggt 25404697  T
Q  304 atgat 308  Q
    |||||    
T  25404698 atgat 25404702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 98; Significance: 3e-48; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 18 - 318
Target Start/End: Original strand, 9228052 - 9228353
Alignment:
Q  18 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 117  Q
    |||||||| ||||||||| || ||||  ||||||||||||   ||||||| |||||||||||||||||||| |  |||||||||| | ||||   | | |    
T  9228052 ttggcaagctttgaagtgggtattgaggtatttgaatgggtccttgaagggtggtttgaagtacacaagggcagctcaagatgaagacgctttggagggg 9228151  T
Q  118 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 217  Q
    ||||| |||||||| ||| ||| ||| |||||||| ||||||||  ||||  ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  9228152 tatgttgatgcggattatgcgggcaacgtggacactagaaaatccttatcgggttttgtgtttactctttatggcacggctattagttggaaggcaaatc 9228251  T
Q  218 aacaatctgtggtggttctatctacaacttaagtggagtgcattacacttgctgaaggggtaaagtaagccatgttgttgaaaggtatga-tggtgagtt 316  Q
    |||||||||||||||   ||||||||||| ||| ||||| |||  |||||| |||||| || ||| | || || | ||||||||| |||| |||||||||    
T  9228252 aacaatctgtggtggcattatctacaactcaagcggagtacatcgcacttgttgaaggtgtgaaggaggctatatggttgaaagggatgattggtgagtt 9228351  T
Q  317 ag 318  Q
    ||    
T  9228352 ag 9228353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 18 - 318
Target Start/End: Original strand, 16627712 - 16628013
Alignment:
Q  18 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 117  Q
    |||||||| ||||||||| || ||||  ||||||||||||  ||||||||  ||||||||||||||||| | |  |||||| ||| ||||||   | | |    
T  16627712 ttggcaagctttgaagtgggtgttgaggtatttgaatgggtctttgaagggcggtttgaagtacacaagagcagctcaagaggaagatgctttggagggg 16627811  T
Q  118 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 217  Q
    ||||| ||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||| | || ||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  16627812 tatgttgatgcagactatgcgggcaatgtggacacaagaaaatctctaccgggttttttgttttctctctatggcatggctattagttggaaggcaaatc 16627911  T
Q  218 aacaatctgtggtggttctatctacaacttaagtggagtgcattacacttgctgaaggggtaaagtaagccatgttgttgaaaggtatga-tggtgagtt 316  Q
    |||||||  ||||||   |||| |||||| ||| |||||  ||| | |||| ||||||||| ||  | ||||| |  ||||||||||||| |||||||||    
T  16627912 aacaatccatggtggcattatcaacaactcaagcggagtatattgcccttgttgaaggggtgaaagaggccatatgtttgaaaggtatgattggtgagtt 16628011  T
Q  317 ag 318  Q
    ||    
T  16628012 ag 16628013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 18 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 18856943 - 18856642
Alignment:
Q  18 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 117  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||  ||||||||||||   |||||||  ||||||||||||||||||| |  |||||||||| | ||||   | | |    
T  18856943 ttggcaagctttgaagtgggttttgaggtatttgaatgggtcgttgaagggcggtttgaagtacacaagggcagctcaagatgaagacgctttggagggg 18856844  T
Q  118 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 217  Q
    ||||| |||||||| ||| ||| ||| |||||||| ||||||||  | ||  ||||| ||||||| |||||||||||| | ||||||||||| |||||||    
T  18856843 tatgttgatgcggattatgcgggcaacgtggacactagaaaatccttgtcgggttttgtgtttactctttatggcacgacaattagttggaaggcaaatc 18856744  T
Q  218 aacaatctgtggtggttctatctacaacttaagtggagtgcattacacttgctgaaggggtaaagtaagccatgttgttgaaaggtatga-tggtgagtt 316  Q
    ||||||| |||||||   ||||||||||| ||| ||||| |||| |||||| |||||| || ||| | ||||| | ||| ||||| |||| |||||||||    
T  18856743 aacaatccgtggtggcattatctacaactcaagcggagtacattgcacttgttgaaggtgtgaaggaggccatatggttaaaagggatgattggtgagtt 18856644  T
Q  317 ag 318  Q
    ||    
T  18856643 ag 18856642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 18 - 277
Target Start/End: Original strand, 3791852 - 3792111
Alignment:
Q  18 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 117  Q
    |||||||| ||||||||| || ||||  ||||||||||||  ||||||||  ||||||||||||||||| | |  |||||| ||| | ||||   | | |    
T  3791852 ttggcaagctttgaagtgggtgttgaggtatttgaatgggtctttgaagggcggtttgaagtacacaagagcagctcaagaggaagacgctttggagggg 3791951  T
Q  118 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 217  Q
    ||||| |||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||| ||| || ||||||||| ||||||||||||| || ||||    
T  3791952 tatgttgatgcggactatgcgggtaatgtggacacaagaaaatctctatcgggttttgtgtctactctctatggcacgactattagttggaaggctaatc 3792051  T
Q  218 aacaatctgtggtggttctatctacaacttaagtggagtgcattacacttgctgaagggg 277  Q
    |||||||||||||||   |||| |||||| ||| |||||  ||| | |||| ||||||||    
T  3792052 aacaatctgtggtggcattatcaacaactcaagcggagtatatttcccttgttgaagggg 3792111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 117 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 5144188 - 5144138
Alignment:
Q  117 gtatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatc 167  Q
    |||||| |||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  5144188 gtatgttgatgcggactatgcgggtaatgtggacacaagaaaatctctatc 5144138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 18 - 86
Target Start/End: Complemental strand, 5144277 - 5144209
Alignment:
Q  18 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaag 86  Q
    |||||||| ||||||||| || ||||  ||||||||||||  ||||||||  |||||||||||||||||    
T  5144277 ttggcaagctttgaagtgggtgttgaggtatttgaatgggtctttgaagggcggtttgaagtacacaag 5144209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 94; Significance: 7e-46; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 18 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 43593488 - 43593187
Alignment:
Q  18 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 117  Q
    ||||||||  |||||||| || ||||  ||||||||||||   |||||||  ||||||||||||||||||| |  |||||||||| | ||||   | | |    
T  43593488 ttggcaagccttgaagtgggtattgaggtatttgaatgggtcgttgaagggcggtttgaagtacacaagggcagctcaagatgaagacgctttggagggg 43593389  T
Q  118 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 217  Q
    ||||| |||||||| ||| ||| |||||||||||| ||||||||  ||||  ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  43593388 tatgttgatgcggattatgcgggcaatgtggacactagaaaatccttatcgggttttgtgtttactctttatggcacggctattagttggaaggcaaatc 43593289  T
Q  218 aacaatctgtggtggttctatctacaacttaagtggagtgcattacacttgctgaaggggtaaagtaagccatgttgttgaaaggtatga-tggtgagtt 316  Q
    ||||||| |||||||   ||||||||||| ||| ||||| |||  |||||| |||||| || ||| | ||||| | ||||||||| |||| |||||||||    
T  43593288 aacaatccgtggtggcattatctacaactcaagcggagtacatcgcacttgttgaaggtgtgaaggaggccatatggttgaaagggatgattggtgagtt 43593189  T
Q  317 ag 318  Q
    ||    
T  43593188 ag 43593187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 18 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 43626282 - 43625981
Alignment:
Q  18 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 117  Q
    ||||||||  |||||||| || ||||  ||||||||||||   |||||||  ||||||||||||||||||| |  |||||||||| | ||||   | | |    
T  43626282 ttggcaagccttgaagtgggtattgaggtatttgaatgggtcgttgaagggcggtttgaagtacacaagggcagctcaagatgaagacgctttggagggg 43626183  T
Q  118 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 217  Q
    ||||| |||||||| ||| ||| |||||||||||| ||||||||  ||||  ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  43626182 tatgttgatgcggattatgcgggcaatgtggacactagaaaatccttatcgggttttgtgtttactctttatggcacggctattagttggaaggcaaatc 43626083  T
Q  218 aacaatctgtggtggttctatctacaacttaagtggagtgcattacacttgctgaaggggtaaagtaagccatgttgttgaaaggtatga-tggtgagtt 316  Q
    ||||||| |||||||   ||||||||||| ||| ||||| |||  |||||| |||||| || ||| | ||||| | ||||||||| |||| |||||||||    
T  43626082 aacaatccgtggtggcattatctacaactcaagcggagtacatcgcacttgttgaaggtgtgaaggaggccatatggttgaaagggatgattggtgagtt 43625983  T
Q  317 ag 318  Q
    ||    
T  43625982 ag 43625981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 18 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 27446190 - 27445889
Alignment:
Q  18 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 117  Q
    ||||||||  |||||||| || ||||  ||||||||||||   |||||||  ||||||||||||||||||| |  |||||||||| | ||||   | | |    
T  27446190 ttggcaagccttgaagtgggtattgaggtatttgaatgggtcgttgaagggcggtttgaagtacacaagggcagctcaagatgaagacgctttggagggg 27446091  T
Q  118 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 217  Q
    ||||| |||||||| ||| | | |||||||||||| ||||||||  ||||  ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  27446090 tatgttgatgcggattatgctggcaatgtggacactagaaaatccttatcgggttttgtgtttactctttatggcacggctattagttggaaggcaaatc 27445991  T
Q  218 aacaatctgtggtggttctatctacaacttaagtggagtgcattacacttgctgaaggggtaaagtaagccatgttgttgaaaggtatga-tggtgagtt 316  Q
    ||||||| |||||||   ||||||||||| ||| ||||| |||  |||||| |||||| || ||| | ||||| | ||||||||| |||| |||||||||    
T  27445990 aacaatccgtggtggcattatctacaactcaagcggagtacatcgcacttgttgaaggtgtgaaggaggccatatggttgaaagggatgattggtgagtt 27445891  T
Q  317 ag 318  Q
    ||    
T  27445890 ag 27445889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 18 - 318
Target Start/End: Original strand, 28806442 - 28806743
Alignment:
Q  18 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 117  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||  ||||||||||||   |||||||  ||||||||||||||||||| |  |||||||||| ||||||   | | |    
T  28806442 ttggcaagctttgaagtgggttttgaggtatttgaatgggtcgttgaagggcggtttgaagtacacaagggcagctcaagatgaagatgctttggagggg 28806541  T
Q  118 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 217  Q
    ||||| |||||||| ||| ||| |||||||||||| ||||||||  | ||  ||||| ||||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  28806542 tatgttgatgcggattatgcgggcaatgtggacactagaaaatccttgtcgggttttgtgtttactctctatggcacggcgattagttggaaggcaaatc 28806641  T
Q  218 aacaatctgtggtggttctatctacaacttaagtggagtgcattacacttgctgaaggggtaaagtaagccatgttgttgaaaggtatga-tggtgagtt 316  Q
    ||||||| |||||||   ||||||||||| ||| |||||  ||  |||||| |||||| || ||| | ||||| | ||||||||| |||| |||||||||    
T  28806642 aacaatccgtggtggcattatctacaactcaagcggagtatatcgcacttgttgaaggtgtgaaggaggccatatggttgaaagggatgattggtgagtt 28806741  T
Q  317 ag 318  Q
    ||    
T  28806742 ag 28806743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 18 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 28833426 - 28833125
Alignment:
Q  18 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 117  Q
    |||||||| ||||||||| || ||||  |||||||||||   ||||||||  ||||||||||||||||| | |  |||||||||| |  |||   | | |    
T  28833426 ttggcaagctttgaagtgggtgttgaggtatttgaatggatctttgaagggcggtttgaagtacacaagagcagctcaagatgaagacactttggagggg 28833327  T
Q  118 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 217  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||  |||   ||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  28833326 tatgtagatgcggactatgcgggcaatgtggacacaagaaaatccttattgagttttgtgtttactctttatggaacggctattagttggaaggcaaatc 28833227  T
Q  218 aacaatctgtggtggttctatctacaacttaagtggagtgcattacacttgctgaaggggtaaagtaagccatgttgttgaaaggtatga-tggtgagtt 316  Q
    ||||||| ||||||    ||||||| ||| ||| ||||| |||| |||||| |||||| || ||  | ||||||| ||||||||| |||| |||||||||    
T  28833226 aacaatccgtggtgacattatctaccactcaagcggagtacattgcacttgttgaaggagtgaaagaggccatgtggttgaaaggaatgattggtgagtt 28833127  T
Q  317 ag 318  Q
    ||    
T  28833126 ag 28833125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 18 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 33769406 - 33769105
Alignment:
Q  18 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 117  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||  ||||||||||||   |||||||  ||||||||||||||||||| |  |||||||||| | ||||   | | |    
T  33769406 ttggcaagctttgaagtgggttttgaggtatttgaatgggtcgttgaagggcggtttgaagtacacaagggcagctcaagatgaagacgctttggagggg 33769307  T
Q  118 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 217  Q
    ||||| |||||||| ||| ||| ||| |||||||| || |||||  | ||  ||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  33769306 tatgttgatgcggattatgcgggcaacgtggacactagcaaatccttgtcgggttttgtgtttactctttatggcacggcgattagttggaaggcaaatc 33769207  T
Q  218 aacaatctgtggtggttctatctacaacttaagtggagtgcattacacttgctgaaggggtaaagtaagccatgttgttgaaaggtatga-tggtgagtt 316  Q
    ||||||| |||||||   ||||||||||| ||| ||||| ||| ||||||| |||||| || ||| | ||||| | ||||||||| |||| |||||||||    
T  33769206 aacaatccgtggtggcattatctacaactcaagcggagtacatcacacttgttgaaggtgtgaaggaggccatatggttgaaagggatgattggtgagtt 33769107  T
Q  317 ag 318  Q
    ||    
T  33769106 ag 33769105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 18 - 318
Target Start/End: Original strand, 37560313 - 37560614
Alignment:
Q  18 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 117  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||  ||||||||||||   |||||||  ||||||||||||||||||| |  |||||||||| | ||||   | | |    
T  37560313 ttggcaagctttgaagtgggttttgaggtatttgaatgggtcgttgaagggcggtttgaagtacacaagggcagctcaagatgaagacgctttggagggg 37560412  T
Q  118 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 217  Q
    ||||| |||||||| ||| ||| ||| |||||||| ||||||||  | ||  ||||| ||||||| |||||||||||| | ||||||||||| |||||||    
T  37560413 tatgttgatgcggattatgcgggcaacgtggacactagaaaatccttgtcgggttttgtgtttactctttatggcacgacgattagttggaaggcaaatc 37560512  T
Q  218 aacaatctgtggtggttctatctacaacttaagtggagtgcattacacttgctgaaggggtaaagtaagccatgttgttgaaaggtatga-tggtgagtt 316  Q
    ||||||| |||||||   ||||||||||| ||| ||||| |||| |||||| |||||| || ||| | ||||| | ||||||||| |||| |||||||||    
T  37560513 aacaatccgtggtggcattatctacaactcaagcggagtacattgcacttgttgaaggtgtgaaggaggccatatggttgaaagggatgattggtgagtt 37560612  T
Q  317 ag 318  Q
    ||    
T  37560613 ag 37560614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 18 - 318
Target Start/End: Original strand, 31400712 - 31401013
Alignment:
Q  18 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 117  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||  |||||||||| |   |||||||  ||||||||||||||||||| |  |||||||||| | ||||   | | |    
T  31400712 ttggcaagctttgaagtgggttttgaggtatttgaatgtgtcgttgaagggcggtttgaagtacacaagggcagctcaagatgaagacgctttggagggg 31400811  T
Q  118 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 217  Q
    ||||  |||||||| ||| ||| ||| || ||||| ||||||||  | ||  ||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  31400812 tatgctgatgcggattatgcgggcaacgtagacactagaaaatccttgtcgggttttgtgtttactctttatggcacggcgattagttggaaggcaaatc 31400911  T
Q  218 aacaatctgtggtggttctatctacaacttaagtggagtgcattacacttgctgaaggggtaaagtaagccatgttgttgaaaggtatga-tggtgagtt 316  Q
    |||||||||||||||   ||||||||||| ||| ||||| |||  |||||| |||||| || ||| | ||||| | ||||||||| |||| |||||||||    
T  31400912 aacaatctgtggtggcattatctacaactcaagcggagtacatcgcacttgttgaaggtgtgaaggaggccatatggttgaaagggatgattggtgagtt 31401011  T
Q  317 ag 318  Q
    ||    
T  31401012 ag 31401013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 93 - 246
Target Start/End: Original strand, 22828227 - 22828380
Alignment:
Q  93 tcaagatgaaaatgcttgacaagcgtatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggc 192  Q
    |||||||||| ||||||   ||| ||||||| ||||| ||||| ||| ||||||||||| |||||||||| |||   |||||  ||||||  | ||||||    
T  22828227 tcaagatgaagatgctttggaagggtatgtaaatgcgaactatgcgggcaatgtggacataagaaaatctttattgggttttgagtttactttatatggc 22828326  T
Q  193 acggctattagttggaaagcaaatcaacaatctgtggtggttctatctacaact 246  Q
    ||  ||||||| ||||| | |||||||||| | ||| ||| |||| ||||||||    
T  22828327 acaactattagctggaaggtaaatcaacaacccgtgatggatctacctacaact 22828380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 94; Significance: 7e-46; HSPs: 10)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 18 - 318
Target Start/End: Original strand, 22172028 - 22172329
Alignment:
Q  18 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 117  Q
    |||||||| ||||||||| || ||||  ||||||||||||  ||||||||  ||||||||||||||||||| |  |||||||||| | ||||   | | |    
T  22172028 ttggcaagctttgaagtgggtattgaggtatttgaatgggtctttgaagggcggtttgaagtacacaagggcagctcaagatgaagacgctttggagggg 22172127  T
Q  118 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 217  Q
    ||||| |||||||| ||| | | ||| |||||||| ||||||||  ||||  ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  22172128 tatgttgatgcggattatgcaggcaacgtggacactagaaaatccttatcgggttttgtgtttactctttatggcacggctattagttggaaggcaaatc 22172227  T
Q  218 aacaatctgtggtggttctatctacaacttaagtggagtgcattacacttgctgaaggggtaaagtaagccatgttgttgaaaggtatga-tggtgagtt 316  Q
    |||||||||||||||   ||||||||||| ||| ||||| |||  | |||| |||||| || ||| | ||||| | ||||||||| |||| |||||||||    
T  22172228 aacaatctgtggtggcattatctacaactcaagcggagtacatcgcgcttgttgaaggtgtgaaggaggccatatggttgaaagggatgattggtgagtt 22172327  T
Q  317 ag 318  Q
    ||    
T  22172328 ag 22172329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 60 - 318
Target Start/End: Original strand, 6793628 - 6793887
Alignment:
Q  60 tttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcgtatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaa 159  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||| | |  || ||||||| | ||||   | | ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  6793628 tttgaagggcggtttgaagtacacaagagcagatcgagatgaagacgctttggaggggtatgtagatgcggactatgcgggcaatgtggacacaagaaaa 6793727  T
Q  160 tctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatcaacaatctgtggtggttctatctacaacttaagtggagtgca 259  Q
    ||  ||||  ||||| ||||||| ||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||   ||||||| ||| ||| | ||| ||    
T  6793728 tccttatcgggttttgtgtttactctttatgacaaggctattagttggaaggcaaatcaacaatccgtggtggcattatctaccactcaagcgaagtaca 6793827  T
Q  260 ttacacttgctgaaggggtaaagtaagccatgttgttgaaaggtatga-tggtgagttag 318  Q
    || |||||| |||||| || ||  | ||||| ||||||||||| |||| |||||||||||    
T  6793828 ttgcacttgttgaaggagtgaaagaggccatattgttgaaagggatgattggtgagttag 6793887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 18 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 1307238 - 1306937
Alignment:
Q  18 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 117  Q
    |||||||| ||||||||| || ||||  ||||||||||||  ||||||||  ||||||||||||||||| | |  |||||| ||| | ||||   | | |    
T  1307238 ttggcaagctttgaagtgggtattgaggtatttgaatgggtctttgaagggcggtttgaagtacacaagagcagctcaagaggaagacgctttggagggg 1307139  T
Q  118 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 217  Q
    ||||| |||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||  ||||  ||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  1307138 tatgttgatgcggactatgcgggcaatgtggacactagaaaatccttatcgggttttgtgtttactctttatggcacgactattagttggaaggcaaatc 1307039  T
Q  218 aacaatctgtggtggttctatctacaacttaagtggagtgcattacacttgctgaaggggtaaagtaagccatgttgttgaaaggtatga-tggtgagtt 316  Q
    ||||||  ||||| |   ||||||| ||| ||| ||||| |||| | |||| ||||||||| ||  | ||||| | ||||||||  |||| |||||||||    
T  1307038 aacaattcgtggttgcattatctaccactcaagcggagtacattgcccttgttgaaggggtgaaagaggccatatggttgaaagagatgattggtgagtt 1306939  T
Q  317 ag 318  Q
    ||    
T  1306938 ag 1306937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 18 - 318
Target Start/End: Original strand, 2675940 - 2676241
Alignment:
Q  18 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 117  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||  ||||||||||||   ||||| |  ||||||||||||||||||| |  |||||||||| | ||||   | | |    
T  2675940 ttggcaagctttgaagtgggttttgaggtatttgaatgggtcgttgaaaggcggtttgaagtacacaagggcagctcaagatgaagacgctttggagggg 2676039  T
Q  118 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 217  Q
    ||||| |||||||| ||| ||| ||| |||||||| ||||||||  | ||  ||||  |||| || |||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  2676040 tatgttgatgcggattatgcgggcaacgtggacactagaaaatccttgtcgggtttcgtgttcactctttatggcacggcgattagttggaaggcaaatc 2676139  T
Q  218 aacaatctgtggtggttctatctacaacttaagtggagtgcattacacttgctgaaggggtaaagtaagccatgttgttgaaaggtatga-tggtgagtt 316  Q
    ||||||| |||||||   ||||||||||| ||| ||||| |||  |||||| |||||| || ||| | ||||| | ||||||||| |||| |||||||||    
T  2676140 aacaatccgtggtggcattatctacaactcaagcggagtacatcgcacttgttgaaggtgtgaaggaggccatatggttgaaagggatgattggtgagtt 2676239  T
Q  317 ag 318  Q
    ||    
T  2676240 ag 2676241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 18 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 8513461 - 8513160
Alignment:
Q  18 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 117  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||  ||||||||||||   |||||||  ||||||||||||||||||| |  |||||||||| | ||||   | | |    
T  8513461 ttggcaagctttgaagtgggttttgaggtatttgaatgggtcgttgaagggcggtttgaagtacacaagggcagctcaagatgaagacgctttggagggg 8513362  T
Q  118 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 217  Q
    ||||| |||||||| ||| ||| ||| || ||||| || |||||  | ||  ||||| ||||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  8513361 tatgttgatgcggattatgcgggcaacgtagacactaggaaatccttgtcgggttttgtgtttactctctatggcacggcgattagttggaaggcaaatc 8513262  T
Q  218 aacaatctgtggtggttctatctacaacttaagtggagtgcattacacttgctgaaggggtaaagtaagccatgttgttgaaaggtatga-tggtgagtt 316  Q
    ||||||  |||||||   ||||||||||| ||| ||||| |||  |||||| |||||| || ||| | ||||| | ||||||||| |||| |||||||||    
T  8513261 aacaattcgtggtggcattatctacaactcaagcggagtacatcgcacttgttgaaggtgtgaaggaggccatatggttgaaagggatgattggtgagtt 8513162  T
Q  317 ag 318  Q
    ||    
T  8513161 ag 8513160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 18 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 32476707 - 32476406
Alignment:
Q  18 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 117  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||  ||||||||||||   |||  ||  ||||||||||||||||||| |  |||||||||| | ||||   | | |    
T  32476707 ttggcaagctttgaagtgggttttgaggtatttgaatgggtcgttggtgggcggtttgaagtacacaagggcagctcaagatgaagacgctttggagggg 32476608  T
Q  118 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 217  Q
    ||||| |||||||| ||| ||| ||| || ||||| || |||||  | ||  ||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  32476607 tatgttgatgcggattatgcgggcaacgtagacactaggaaatccttgtcgggttttgtgtttactctttatggcacggcgattagttggaaggcaaatc 32476508  T
Q  218 aacaatctgtggtggttctatctacaacttaagtggagtgcattacacttgctgaaggggtaaagtaagccatgttgttgaaaggtatga-tggtgagtt 316  Q
    ||||||| |||||||   ||||||||||| ||| ||||| |||  |||||| |||||| || ||| | ||||| | ||||||||| |||| |||||||||    
T  32476507 aacaatccgtggtggcattatctacaactcaagcggagtacatcgcacttgttgaaggtgtgaaggaggccatatggttgaaagggatgattggtgagtt 32476408  T
Q  317 ag 318  Q
    ||    
T  32476407 ag 32476406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 70 - 275
Target Start/End: Original strand, 3327260 - 3327465
Alignment:
Q  70 ggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcgtatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctc 169  Q
    ||||||||||||||||| | |  |||||| ||| ||||||   | | |||||||||||| |||||| ||| |||||||||||  ||||||||  ||||      
T  3327260 ggtttgaagtacacaagagcagctcaagaggaagatgctttggaggggtatgtagatgcagactatgcgggcaatgtggacatgagaaaatccttatcgg 3327359  T
Q  170 gttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatcaacaatctgtggtggttctatctacaacttaagtggagtgcattacacttgc 269  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||  ||||||| ||| ||| ||||| |||| | ||||     
T  3327360 gttttgtgtttactctttatggcacggctattagttggaaggcaaataaaaaatctgtggtggtattatctaccactcaagcggagtacattgctcttgt 3327459  T
Q  270 tgaagg 275  Q
    ||||||    
T  3327460 tgaagg 3327465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 18 - 86
Target Start/End: Original strand, 4386095 - 4386163
Alignment:
Q  18 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaag 86  Q
    |||||||| ||||||||| || ||||  ||||||||||||  |||||||| |||||||| |||||||||    
T  4386095 ttggcaagctttgaagtgggtgttgaggtatttgaatgggtctttgaagggtggtttgaggtacacaag 4386163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 204 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 10595988 - 10595884
Alignment:
Q  204 ttggaaagcaaatcaacaatctgtggtggttctatctacaacttaagtggagtgcattacacttgctgaaggggtaaagtaagccatgttgttgaaaggt 303  Q
    |||||| |||||||||||||| || || | ||| || |||||| |||  |||| |||  | |||| ||||||||| ||| ||||||| | ||||||||||    
T  10595988 ttggaaggcaaatcaacaatcagttgtagctctttcaacaactcaagcagagtacatagcccttgttgaaggggtcaaggaagccatatggttgaaaggt 10595889  T
Q  304 atgat 308  Q
    |||||    
T  10595888 atgat 10595884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 204 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 47879129 - 47879025
Alignment:
Q  204 ttggaaagcaaatcaacaatctgtggtggttctatctacaacttaagtggagtgcattacacttgctgaaggggtaaagtaagccatgttgttgaaaggt 303  Q
    |||||| |||||||||||||| || || | ||| || |||||| |||  |||| |||  | |||| ||||||||| ||| ||||||| | ||||||||||    
T  47879129 ttggaaggcaaatcaacaatcagttgtagctctttcaacaactcaagcagagtacatagcccttgttgaaggggtcaaggaagccatatggttgaaaggt 47879030  T
Q  304 atgat 308  Q
    |||||    
T  47879029 atgat 47879025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197 (Bit Score: 90; Significance: 2e-43; HSPs: 2)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 18 - 318
Target Start/End: Original strand, 13150 - 13451
Alignment:
Q  18 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 117  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||  ||||||||||||   |||||||  ||||||||||||||||||| |  |||||||||| | ||||   | | |    
T  13150 ttggcaagctttgaagtgggttttgaggtatttgaatgggtcgttgaagggcggtttgaagtacacaagggcagctcaagatgaagacgctttggagggg 13249  T
Q  118 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 217  Q
    ||||| |||||||| ||| ||| ||| |||||||| ||||||||  | ||  ||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  13250 tatgttgatgcggattatgcgggcaacgtggacactagaaaatccttgtcgggttttgtgtttactctttatggcacggcgattagttggaaggcaaatc 13349  T
Q  218 aacaatctgtggtggttctatctacaacttaagtggagtgcattacacttgctgaaggggtaaagtaagccatgttgttgaaaggtatga-tggtgagtt 316  Q
    ||||||| |||||||   ||||||||||| ||| ||||| |||  |||||| |||||| || ||| | ||||| | ||||||||| |||| |||||||||    
T  13350 aacaatccgtggtggcattatctacaactcaagcggagtacatcgcacttgttgaaggtgtgaaggaggccatatggttgaaagggatgattggtgagtt 13449  T
Q  317 ag 318  Q
    ||    
T  13450 ag 13451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197; HSP #2
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 18 - 318
Target Start/End: Original strand, 18029 - 18330
Alignment:
Q  18 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 117  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||  ||||||||||||   |||||||  ||||||||||||||||||| |  |||||||||| | ||||   | | |    
T  18029 ttggcaagctttgaagtgggttttgaggtatttgaatgggtcgttgaagggcggtttgaagtacacaagggcagctcaagatgaagacgctttggagggg 18128  T
Q  118 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 217  Q
    ||||| |||||||| ||| ||| ||| |||||||| ||||||||  | ||  ||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  18129 tatgttgatgcggattatgcgggcaacgtggacactagaaaatccttgtcgggttttgtgtttactctttatggcacggcgattagttggaaggcaaatc 18228  T
Q  218 aacaatctgtggtggttctatctacaacttaagtggagtgcattacacttgctgaaggggtaaagtaagccatgttgttgaaaggtatga-tggtgagtt 316  Q
    ||||||| |||||||   ||||||||||| ||| ||||| |||  |||||| |||||| || ||| | ||||| | ||||||||| |||| |||||||||    
T  18229 aacaatccgtggtggcattatctacaactcaagcggagtacatcgcacttgttgaaggtgtgaaggaggccatatggttgaaagggatgattggtgagtt 18328  T
Q  317 ag 318  Q
    ||    
T  18329 ag 18330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 90; Significance: 2e-43; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 18 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 13599610 - 13599309
Alignment:
Q  18 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 117  Q
    |||||||| ||||||||| || ||||  |||||||||||   ||||||||  ||||||||||||||||| | |  |||||| ||| |||| |   | | |    
T  13599610 ttggcaagctttgaagtgggtgttgaggtatttgaatggctctttgaagggcggtttgaagtacacaagagcagctcaagaggaagatgccttggagggg 13599511  T
Q  118 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 217  Q
    ||||| ||||| |||||| |||  ||||||||||||||||||||| ||||  ||||| ||||||| || ||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  13599510 tatgttgatgcagactatgcgggtaatgtggacacaagaaaatctttatcgggttttgtgtttactctatatggcacgactattagttggaaggcaaatc 13599411  T
Q  218 aacaatctgtggtggttctatctacaacttaagtggagtgcattacacttgctgaaggggtaaagtaagccatgttgttgaaaggtatga-tggtgagtt 316  Q
    ||||||| |||||||   |||| |||||| ||| ||||| |||| | |||| ||||||||| || || ||||| | |||||||||||||| |||||||||    
T  13599410 aacaatccgtggtggcattatcaacaactcaagcggagtccattgcccttgttgaaggggtgaaataggccatatggttgaaaggtatgattggtgagtt 13599311  T
Q  317 ag 318  Q
    ||    
T  13599310 ag 13599309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 18 - 308
Target Start/End: Original strand, 19360278 - 19360568
Alignment:
Q  18 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 117  Q
    |||||||| ||||||||| || ||||  ||||||||||||  ||||||||  ||||||||||||||||| | |  |||||| ||| || |||   | | |    
T  19360278 ttggcaagctttgaagtgggtattgaggtatttgaatgggtctttgaagggcggtttgaagtacacaagagcagctcaagaggaagattctttggagggg 19360377  T
Q  118 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 217  Q
    ||||| ||||| |||||| ||| |||||||||||| ||||||||  |||   ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  19360378 tatgttgatgcagactatgcgggcaatgtggacactagaaaatccttattgagttttgtgtttactctttatggcacggctattagttggaaggcaaatc 19360477  T
Q  218 aacaatctgtggtggttctatctacaacttaagtggagtgcattacacttgctgaaggggtaaagtaagccatgttgttgaaaggtatgat 308  Q
    ||||||| |||||||   ||||||| ||| ||| ||||| |||| | |||| ||||||||| ||  | ||||| | ||||||||| |||||    
T  19360478 aacaatccgtggtggcattatctaccactcaagcggagtacattgcccttgttgaaggggtgaaagatgccatatggttgaaagggatgat 19360568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 18 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 41391819 - 41391518
Alignment:
Q  18 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 117  Q
    |||||||| ||||||||| || ||||  ||||||||||||   |||||||  ||||||||||||||||||| |  |||||||||| | ||||   | | |    
T  41391819 ttggcaagctttgaagtgggtattgaggtatttgaatgggtcgttgaagggcggtttgaagtacacaagggcaactcaagatgaagacgctttggagggg 41391720  T
Q  118 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 217  Q
    ||||| |||||||| ||| ||| ||| |||||||| ||||||||  | ||  ||||| ||||||  |||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  41391719 tatgttgatgcggattatgcgggcaacgtggacaccagaaaatccttgtcgggttttgtgtttattctttatggcacgactattagttggaaggcaaatc 41391620  T
Q  218 aacaatctgtggtggttctatctacaacttaagtggagtgcattacacttgctgaaggggtaaagtaagccatgttgttgaaaggtatga-tggtgagtt 316  Q
    ||||||| |||||||   ||||||| ||| ||| ||||| |||  |||||| |||||| || ||| | ||||| | ||||||||| |||| |||||||||    
T  41391619 aacaatccgtggtggcattatctactactcaagcggagtacatcgcacttgttgaaggtgtgaaggaggccatatggttgaaagggatgattggtgagtt 41391520  T
Q  317 ag 318  Q
    ||    
T  41391519 ag 41391518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 60 - 275
Target Start/End: Original strand, 47101769 - 47101984
Alignment:
Q  60 tttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcgtatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaa 159  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||| | |  |||||||||| ||| ||   | | |||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  47101769 tttgaagggcggtttgaagtacacaagagcagctcaagatgaagatgttttggaggggtatgttgatgcggactatgcgggcaatgtggacacaagaaaa 47101868  T
Q  160 tctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatcaacaatctgtggtggttctatctacaacttaagtggagtgca 259  Q
    |||||||   | ||| ||||||| || |||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||   ||||||| ||| ||| ||||| ||    
T  47101869 tctctattggggtttgtgtttactctctatgacacggctattagttggaaggctaatcaacaatctgtggtggcattatctaccactcaagcggagtaca 47101968  T
Q  260 ttacacttgctgaagg 275  Q
    || |||||| ||||||    
T  47101969 ttgcacttgttgaagg 47101984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 22 - 232
Target Start/End: Original strand, 47702760 - 47702970
Alignment:
Q  22 caagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcgtatg 121  Q
    |||| ||||||||| || ||||  ||||||||||||  || |||||  ||||||||||||||||| | |  |||||| ||| |  |||   | | |||||    
T  47702760 caagctttgaagtgggtgttgaggtatttgaatgggtcttcgaagggcggtttgaagtacacaagagcagctcaagaggaagacactttggaggggtatg 47702859  T
Q  122 tagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatcaaca 221  Q
    | |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||| || ||||||||| ||||||||| ||| || ||||||||    
T  47702860 ttgatgcggactatgcgggcaatgtggacacaagaaaatctctatcgggttttgtgtttactctctatggcacgactattagtttgaaggctaatcaaca 47702959  T
Q  222 atctgtggtgg 232  Q
    ||| |||||||    
T  47702960 atccgtggtgg 47702970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0259 (Bit Score: 86; Significance: 4e-41; HSPs: 1)
Name: scaffold0259
Description:

Target: scaffold0259; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 18 - 318
Target Start/End: Original strand, 1105 - 1406
Alignment:
Q  18 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 117  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||  ||||||||||||   |||||||  ||||||||||||||||||| |  |||||||||| | ||||   | | |    
T  1105 ttggcaagctttgaagtgggttttgaggtatttgaatgggtcgttgaagggcggtttgaagtacacaagggcagctcaagatgaagacgctttggagggg 1204  T
Q  118 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 217  Q
    ||||| |||||||| ||| ||| ||| |||||||| || |||||  | ||  ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  1205 tatgttgatgcggattatgcgggcaacgtggacactaggaaatccttgtcgggttttgtgtttacactttatggcacggctattagttggaaggcaaatc 1304  T
Q  218 aacaatctgtggtggttctatctacaacttaagtggagtgcattacacttgctgaaggggtaaagtaagccatgttgttgaaaggtatga-tggtgagtt 316  Q
    ||||||| |||||||   |||| |||||| ||| ||||| |||  |||||| |||||| || ||| | ||||| | ||||||||| |||| |||||||||    
T  1305 aacaatccgtggtggcattatccacaactcaagcggagtacatcgcacttgttgaaggtgtgaaggaggccatatggttgaaagggatgattggtgagtt 1404  T
Q  317 ag 318  Q
    ||    
T  1405 ag 1406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 79; Significance: 7e-37; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 18 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 19345645 - 19345343
Alignment:
Q  18 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 117  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||  ||||||||||||   |||||||  ||||||||||||||||||| |  |||||||||| | ||||   | | |    
T  19345645 ttggcaagctttgaagtgggttttgaggtatttgaatgggtcgttgaagggcggtttgaagtacacaagggcagctcaagatgaagacgctttggagggg 19345546  T
Q  118 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctcta-tctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaat 216  Q
    ||||| |||||||| ||| ||| ||| |||||||| |||||||| ||  ||  ||||| ||||||| |||||| ||||| | ||||||||||| ||||||    
T  19345545 tatgttgatgcggattatgcgggcaacgtggacactagaaaatcccttgtcgggttttgtgtttactctttatagcacgacgattagttggaaggcaaat 19345446  T
Q  217 caacaatctgtggtggttctatctacaacttaagtggagtgcattacacttgctgaaggggtaaagtaagccatgttgttgaaaggtatga-tggtgagt 315  Q
    |||||||| |||||||   ||||||||||| ||| ||||| |||  |||||| |||||| || ||| | ||||| | ||||||||| |||| ||||||||    
T  19345445 caacaatccgtggtggcattatctacaactcaagcggagtacatcgcacttgttgaaggtgtgaaggaggccatatggttgaaagggatgattggtgagt 19345346  T
Q  316 tag 318  Q
    |||    
T  19345345 tag 19345343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 117 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 31057226 - 31057024
Alignment:
Q  117 gtatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaat 216  Q
    |||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||| || |||||||||||||||||||| || || |||    
T  31057226 gtatgttgatgcggactatgcgggcaatgtggacacaagaaaatctctatcgggttttgtgtttactctctatggcacggctattagttgaaaggctaat 31057127  T
Q  217 caacaatctgtggtggttctatctacaacttaagtggagtgcattacacttgctgaaggggtaaagtaagccatgttgttgaaaggtatga-tggtgagt 315  Q
    ||||||||  ||||||   |||| ||||||  || ||||| |||| | |||| ||||||||| ||  |  |||| | |||||| ||||||| ||||||||    
T  31057126 caacaatccatggtggcattatcaacaactctagcggagtacattgcccttgttgaaggggtgaaagagaccatatggttgaagggtatgattggtgagt 31057027  T
Q  316 tag 318  Q
    |||    
T  31057026 tag 31057024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 141 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 39484010 - 39483832
Alignment:
Q  141 caatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatcaacaatctgtggtggttctatct 240  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||  || |||||| |  |||||||||||||  ||||||||||||||||||| |   ||||     
T  39484010 caatgtggacacaagaaaatctctatcgggttttgtgtttattctctatggctcaactattagttggaagacaaatcaacaatctgtggtagcattatca 39483911  T
Q  241 acaacttaagtggagtgcattacacttgctgaaggggtaaagtaagccatgttgttgaaaggtatga-tggtgagttag 318  Q
    |||||| ||| ||||| |||| | |||| ||||||||| ||  |  |||| | |||||||||||||| |||||||||||    
T  39483910 acaactcaagcggagtacattgcccttgttgaaggggtgaaagagaccatatggttgaaaggtatgattggtgagttag 39483832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 204 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 20051002 - 20050898
Alignment:
Q  204 ttggaaagcaaatcaacaatctgtggtggttctatctacaacttaagtggagtgcattacacttgctgaaggggtaaagtaagccatgttgttgaaaggt 303  Q
    |||||| |||||||||||||| || || | ||| || |||||| |||  |||| |||  | |||| ||||||||| ||| ||||||| | ||||||||||    
T  20051002 ttggaaggcaaatcaacaatcagttgtagctctttcaacaactcaagcagagtacatagcccttgttgaaggggtcaaggaagccatatggttgaaaggt 20050903  T
Q  304 atgat 308  Q
    |||||    
T  20050902 atgat 20050898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 204 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 22713474 - 22713370
Alignment:
Q  204 ttggaaagcaaatcaacaatctgtggtggttctatctacaacttaagtggagtgcattacacttgctgaaggggtaaagtaagccatgttgttgaaaggt 303  Q
    |||||| |||||||||||||| || || | ||| || |||||| |||  |||| |||  | |||| ||||||||| ||| ||||||| | ||||||||||    
T  22713474 ttggaaggcaaatcaacaatcagttgtagctctttcaacaactcaagcagagtacatagcccttgttgaaggggtcaaggaagccatatggttgaaaggt 22713375  T
Q  304 atgat 308  Q
    |||||    
T  22713374 atgat 22713370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 22 - 86
Target Start/End: Complemental strand, 39484120 - 39484056
Alignment:
Q  22 caagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaag 86  Q
    |||| ||||||||| || ||||  ||||||||||||  ||||||||  |||||||||||||||||    
T  39484120 caagctttgaagtgggtgttgaggtatttgaatgggtctttgaagggcggtttgaagtacacaag 39484056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 71; Significance: 4e-32; HSPs: 2)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 18 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 6895 - 6681
Alignment:
Q  18 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 117  Q
    |||||||| ||||||||| || ||||  |||||||||||   ||||||||  ||||||||||||||||| | |  |||||| ||| |||| |   | | |    
T  6895 ttggcaagctttgaagtgggtgttgaggtatttgaatggctctttgaagggcggtttgaagtacacaagagcagctcaagaggaagatgccttggagggg 6796  T
Q  118 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 217  Q
    ||||| ||||| |||||| |||  ||||||||||||||||||||| ||||  ||||| ||||||| || ||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  6795 tatgttgatgcagactatgcgggtaatgtggacacaagaaaatctttatcgggttttgtgtttactctatatggcacgactattagttggaaggcaaatc 6696  T
Q  218 aacaatctgtggtgg 232  Q
    ||||||| |||||||    
T  6695 aacaatccgtggtgg 6681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 18 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 7407 - 7193
Alignment:
Q  18 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 117  Q
    |||||||| ||||||||| || ||||  |||||||||||   ||||||||  ||||||||||||||||| | |  |||||| ||| |||| |   | | |    
T  7407 ttggcaagctttgaagtgggtgttgaggtatttgaatggctctttgaagggcggtttgaagtacacaagagcagctcaagaggaagatgccttggagggg 7308  T
Q  118 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 217  Q
    ||||| ||||| |||||| |||  ||||||||||||||||||||| ||||  ||||| ||||||| || ||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  7307 tatgttgatgcagactatgcgggtaatgtggacacaagaaaatctttatcgggttttgtgtttactctatatggcacgactattagttggaaggcaaatc 7208  T
Q  218 aacaatctgtggtgg 232  Q
    ||||||| |||||||    
T  7207 aacaatccgtggtgg 7193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078 (Bit Score: 61; Significance: 4e-26; HSPs: 1)
Name: scaffold0078
Description:

Target: scaffold0078; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 118 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 33307 - 33179
Alignment:
Q  118 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 217  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||  ||||||||||||||||| ||||  ||||| ||||||| |||| |||||||  ||||||||||||  ||||||    
T  33307 tatgtagatgcggactatgcgggcaacatggacacaagaaaatctttatcgggttttgtgtttactctttttggcacgattattagttggaagacaaatc 33208  T
Q  218 aacaatctgtggtggttctatctacaact 246  Q
    |||||||||||||||  |||| |||||||    
T  33207 aacaatctgtggtggaactatgtacaact 33179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University