View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18992_low_19 (Length: 263)

Name: NF18992_low_19
Description: NF18992
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18992_low_19
NF18992_low_19
[»] chr1 (9 HSPs)
chr1 (34-208)||(9114816-9114990)
chr1 (33-163)||(14903802-14903932)
chr1 (56-167)||(9116003-9116114)
chr1 (37-208)||(14904497-14904667)
chr1 (37-152)||(17690892-17691007)
chr1 (39-152)||(17689738-17689850)
chr1 (37-107)||(37499438-37499508)
chr1 (37-108)||(30335237-30335307)
chr1 (39-94)||(37499178-37499233)
[»] chr2 (13 HSPs)
chr2 (35-167)||(4733302-4733434)
chr2 (37-167)||(4734158-4734288)
chr2 (37-152)||(14159206-14159321)
chr2 (37-152)||(14160377-14160492)
chr2 (35-123)||(18166631-18166719)
chr2 (37-149)||(4410599-4410711)
chr2 (41-123)||(4409164-4409246)
chr2 (37-123)||(38695138-38695224)
chr2 (37-121)||(42963020-42963104)
chr2 (37-123)||(42962768-42962854)
chr2 (41-121)||(38694892-38694972)
chr2 (37-102)||(18171351-18171416)
chr2 (37-128)||(39110072-39110163)
[»] chr4 (32 HSPs)
chr4 (37-208)||(28451441-28451612)
chr4 (37-152)||(9450879-9450994)
chr4 (37-152)||(9449715-9449830)
chr4 (37-163)||(28450750-28450876)
chr4 (36-123)||(10468730-10468817)
chr4 (33-123)||(9268019-9268109)
chr4 (38-108)||(45667232-45667302)
chr4 (34-123)||(3990925-3991014)
chr4 (37-150)||(4437680-4437793)
chr4 (39-123)||(12585408-12585492)
chr4 (39-123)||(4439023-4439107)
chr4 (40-108)||(25225793-25225861)
chr4 (36-123)||(49028513-49028600)
chr4 (37-150)||(17931288-17931401)
chr4 (38-123)||(52677553-52677638)
chr4 (37-121)||(10286410-10286494)
chr4 (33-97)||(12315851-12315915)
chr4 (39-119)||(16067578-16067656)
chr4 (35-108)||(17932140-17932213)
chr4 (40-108)||(10202681-10202749)
chr4 (37-121)||(12585158-12585242)
chr4 (38-114)||(21325689-21325765)
chr4 (41-121)||(49028267-49028347)
chr4 (41-121)||(52677804-52677884)
chr4 (35-121)||(10468478-10468564)
chr4 (33-73)||(45667369-45667409)
chr4 (41-123)||(21038119-21038200)
chr4 (39-121)||(36098747-36098829)
chr4 (30-87)||(49287423-49287480)
chr4 (39-114)||(622316-622391)
chr4 (39-105)||(53892253-53892319)
chr4 (40-107)||(21038380-21038445)
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (37-208)||(9379930-9380102)
chr5 (38-167)||(9380659-9380788)
chr5 (40-167)||(1501037-1501164)
chr5 (32-123)||(23322348-23322439)
chr5 (37-123)||(34634068-34634154)
chr5 (33-121)||(43183226-43183314)
chr5 (37-123)||(42792948-42793034)
chr5 (37-157)||(5841093-5841213)
chr5 (37-121)||(23322098-23322182)
chr5 (52-151)||(25088419-25088518)
chr5 (52-151)||(25146388-25146487)
chr5 (40-121)||(5840880-5840961)
chr5 (37-121)||(15933356-15933440)
chr5 (37-98)||(15933602-15933663)
chr5 (36-103)||(20244521-20244588)
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (37-167)||(18471712-18471842)
chr7 (30-165)||(18470132-18470267)
chr7 (39-167)||(8328197-8328325)
chr7 (38-116)||(8329038-8329115)
chr7 (141-244)||(8594822-8594922)
chr7 (36-108)||(8905639-8905711)
chr7 (37-123)||(4265226-4265312)
chr7 (64-244)||(8594089-8594266)
chr7 (40-116)||(8342655-8342731)
chr7 (38-117)||(4264977-4265056)
chr7 (32-107)||(25749396-25749471)
chr7 (39-108)||(8905904-8905973)
chr7 (31-128)||(23350909-23351006)
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (38-163)||(32539395-32539520)
chr8 (37-165)||(10536000-10536128)
chr8 (30-163)||(10536737-10536870)
chr8 (39-121)||(30905978-30906060)
chr8 (38-108)||(18203321-18203391)
chr8 (35-108)||(18202771-18202844)
chr8 (38-123)||(30905397-30905482)
chr8 (61-103)||(32538283-32538325)
chr8 (35-127)||(9237724-9237816)
chr8 (35-128)||(5881404-5881497)
[»] chr3 (23 HSPs)
chr3 (37-148)||(16907930-16908041)
chr3 (37-149)||(46684098-46684210)
chr3 (37-123)||(27864799-27864885)
chr3 (37-108)||(31596752-31596823)
chr3 (37-123)||(24107151-24107237)
chr3 (35-120)||(38758860-38758945)
chr3 (37-123)||(27865048-27865134)
chr3 (32-121)||(3171484-3171573)
chr3 (37-128)||(46685510-46685601)
chr3 (37-119)||(24107405-24107487)
chr3 (35-98)||(18025878-18025941)
chr3 (37-123)||(19860491-19860577)
chr3 (37-121)||(38758608-38758692)
chr3 (35-86)||(11422377-11422428)
chr3 (37-108)||(14812427-14812498)
chr3 (40-151)||(19860712-19860821)
chr3 (40-117)||(54446271-54446349)
chr3 (37-81)||(3171778-3171822)
chr3 (61-121)||(18026103-18026163)
chr3 (48-120)||(21792228-21792300)
chr3 (39-121)||(54446022-54446104)
chr3 (60-117)||(21792373-21792430)
chr3 (37-128)||(10817769-10817860)
[»] scaffold0069 (2 HSPs)
scaffold0069 (39-151)||(19897-20009)
scaffold0069 (39-121)||(20151-20232)
[»] scaffold0008 (2 HSPs)
scaffold0008 (40-149)||(266844-266953)
scaffold0008 (60-121)||(266644-266705)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (37-123)||(5367665-5367750)
chr6 (37-123)||(3659202-3659287)
chr6 (39-151)||(3720052-3720165)
chr6 (37-128)||(8286788-8286879)
chr6 (37-128)||(8287410-8287501)
chr6 (32-121)||(3658947-3659036)
chr6 (33-82)||(5367403-5367452)
chr6 (33-69)||(13119207-13119243)
chr6 (37-108)||(28944245-28944316)
[»] scaffold0006 (2 HSPs)
scaffold0006 (38-123)||(93633-93717)
scaffold0006 (60-108)||(93896-93944)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 102; Significance: 1e-50; HSPs: 9)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 34 - 208
Target Start/End: Original strand, 9114816 - 9114990
Alignment:
Q  34 tttggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaacttataatcc 133  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  9114816 tttggcttaattaatgattttgtcccttaagttatttgttggttacattttggtcccataagttattaacgttacgttttggtcccttaatttataattc 9114915  T
Q  134 gttagcaaattaaatcctttctgttaaattttgtnnnnnnnccgttaatcttcatcatcgaacccagaattcatc 208  Q
    |||||| || |||||||||||| |||||||||||       | |||||||||||||||  |||||| ||||||||    
T  9114916 gttagccaaataaatcctttctattaaattttgtaaaaaaactgttaatcttcatcattaaacccataattcatc 9114990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 87; E-Value: 9e-42
Query Start/End: Original strand, 33 - 163
Target Start/End: Original strand, 14903802 - 14903932
Alignment:
Q  33 ttttggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaacttataatc 132  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  14903802 ttttggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttggttacattttgatcccataagttattaacgttacgttttggtcccctaacttatagtc 14903901  T
Q  133 cgttagcaaattaaatcctttctgttaaatt 163  Q
    ||||||  || |||||| |||| ||||||||    
T  14903902 cgttagtcaaataaatcatttccgttaaatt 14903932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 56 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 9116114 - 9116003
Alignment:
Q  56 tcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaacttataatccgttagcaaattaaatcctttct 155  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||| ||||     
T  9116114 tcctttaagttatttgttggttacattttggtctcataagttattaacgtttcgttttggtctcttaacttataatccgttagctaaataaatcatttcc 9116015  T
Q  156 gttaaattttgt 167  Q
    ||||||||||||    
T  9116014 gttaaattttgt 9116003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 37 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 14904667 - 14904497
Alignment:
Q  37 ggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaacttataatccgtt 136  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  14904667 ggcttaattaatgatttagtcccttaagttatttgttggttacattttggtcccataagatattaacattacgttttggtcccttaacttgtaatctgtt 14904568  T
Q  137 agcaaattaaatcctttctgttaaattttgtnnnnnnnccgttaatcttcatcatcgaacccagaattcatc 208  Q
    ||  || |||||| ||||||||||||||| |       |  |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  14904567 agtcaaataaatcatttctgttaaattttat-aaaaaactattaatcttcatcattgaacccagaattcatc 14904497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 37 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 17691007 - 17690892
Alignment:
Q  37 ggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaacttataatccgtt 136  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||    
T  17691007 ggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttggttatgttctggtcccataagttattaacgttacgttttggtcccttaacttatattctatt 17690908  T
Q  137 agcaaattaaatcctt 152  Q
    ||| || |||||||||    
T  17690907 agccaaataaatcctt 17690892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 39 - 152
Target Start/End: Original strand, 17689738 - 17689850
Alignment:
Q  39 cttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaacttataatccgttag 138  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  17689738 cttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttgattacgt-ttggtctcataagttataaacgttacattttagtcccttaacttatattccgttag 17689836  T
Q  139 caaattaaatcctt 152  Q
    | || |||||||||    
T  17689837 ctaaataaatcctt 17689850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 37 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 37499508 - 37499438
Alignment:
Q  37 ggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgtta 107  Q
    ||||||||||||||||||  |  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  37499508 ggcttaattaatgatttgacctcttaagttatttgttggttacattttggtctcataagttattaatgtta 37499438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 37 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 30335307 - 30335237
Alignment:
Q  37 ggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttac 108  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||  |||||  || |||||||||||||||||||||||    
T  30335307 ggcttaattaatgatgtggtcctt-aagttatttgttacttacactttagtctcataagttattaacgttac 30335237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 39 - 94
Target Start/End: Original strand, 37499178 - 37499233
Alignment:
Q  39 cttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataa 94  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||  ||||||||    
T  37499178 cttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttgcttacattttaatctcataa 37499233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 93; Significance: 2e-45; HSPs: 13)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 35 - 167
Target Start/End: Original strand, 4733302 - 4733434
Alignment:
Q  35 ttggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaacttataatccg 134  Q
    |||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  4733302 ttggcttaattaatgatttgatcccttaaattatttgttggttacattttggtcccataagttattaacattacgttttggtcccttaatttataatccg 4733401  T
Q  135 ttagcaaattaaatcctttctgttaaattttgt 167  Q
    ||||| || |||||||||| |||||||||||||    
T  4733402 ttagccaaataaatcctttatgttaaattttgt 4733434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 37 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 4734288 - 4734158
Alignment:
Q  37 ggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaacttataatccgtt 136  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  4734288 ggcttaattaatgaattggtcccttaagttatttgttggttacattttgatcctataagttattaacgttacgttttggtcccttaacttataatctgtt 4734189  T
Q  137 agcaaattaaatcctttctgttaaattttgt 167  Q
    ||| || ||||||||||| ||||||||||||    
T  4734188 agccaaataaatcctttccgttaaattttgt 4734158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 37 - 152
Target Start/End: Original strand, 14159206 - 14159321
Alignment:
Q  37 ggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaacttataatccgtt 136  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||    
T  14159206 ggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttggttacgttttggtcccataagttattaacgttacgttttggtcccttaactcatactctgtt 14159305  T
Q  137 agcaaattaaatcctt 152  Q
    ||| || |||||||||    
T  14159306 agccaaataaatcctt 14159321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 37 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 14160492 - 14160377
Alignment:
Q  37 ggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaacttataatccgtt 136  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| || |||    
T  14160492 ggcttaattaatgatttggtccattaagttatttgttggttacgttttggtcccataagttattaacgttacgttttggtcccttgactcatactctgtt 14160393  T
Q  137 agcaaattaaatcctt 152  Q
    ||| || |||||||||    
T  14160392 agccaagtaaatcctt 14160377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 35 - 123
Target Start/End: Original strand, 18166631 - 18166719
Alignment:
Q  35 ttggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaa 123  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  18166631 ttggcttaattaatgatttggtcccttaaattatttgttggttacattttgatctcataagttattaacgttacaatttggtcccttaa 18166719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 37 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 4410711 - 4410599
Alignment:
Q  37 ggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaacttataatccgtt 136  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||| | ||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||| | || |||    
T  4410711 ggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttggttacaatttggtcccgtaagttattaacgctacattttggtcccttaagttagactctgtt 4410612  T
Q  137 agcaaattaaatc 149  Q
    ||| || ||||||    
T  4410611 agccaaataaatc 4410599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 41 - 123
Target Start/End: Original strand, 4409164 - 4409246
Alignment:
Q  41 taattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaa 123  Q
    |||||||||||||||||  |||| ||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4409164 taattaatgatttggtctcttaaattatttgttagttacaatttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaa 4409246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 37 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 38695224 - 38695138
Alignment:
Q  37 ggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaa 123  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||  |||||||||||||    
T  38695224 ggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttattggttacattttggtcccataaattattaacgttacaatttggtcccttaa 38695138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 37 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 42963104 - 42963020
Alignment:
Q  37 ggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtccctt 121  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||  |||||| ||||    
T  42963104 ggcttaattaatgatgtggtcccttaagttatttgttggttacattttagtctcataagttattaacgttacaatttggtgcctt 42963020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 37 - 123
Target Start/End: Original strand, 42962768 - 42962854
Alignment:
Q  37 ggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaa 123  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||| ||| |||||||||| | |||||||||  |||||||||||||    
T  42962768 ggcttaattaatgatttggtcccttaggttatttgttggttgcattttgatctcataagtgactaacgttacaatttggtcccttaa 42962854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 41 - 121
Target Start/End: Original strand, 38694892 - 38694972
Alignment:
Q  41 taattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtccctt 121  Q
    ||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||| || ||| ||||| |||||||||||||  |||||||||||    
T  38694892 taattgatgatgtggtcccttaagttatttgttggttacattttagtcccataaattattaacgttaccatttggtccctt 38694972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 37 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 18171416 - 18171351
Alignment:
Q  37 ggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaa 102  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||    
T  18171416 ggcttaattaatgatatggtcccttaaattatttgttggttacattttagtcccataagttattaa 18171351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 37 - 128
Target Start/End: Original strand, 39110072 - 39110163
Alignment:
Q  37 ggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaacttat 128  Q
    |||||||||| | ||||||||| |||| |||||| |||||| ||| |||||| | ||| |  | || ||| |||||||||||||||||||||    
T  39110072 ggcttaattactcatttggtcccttaacttattttttggtttcattttggtcccttaactattaaaagtttcgttttggtcccttaacttat 39110163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 91; Significance: 4e-44; HSPs: 32)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 37 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 28451612 - 28451441
Alignment:
Q  37 ggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaacttataatccgtt 136  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  28451612 ggcttaattaatgatttagtcccttaagttatttgttggttacattttggtctcataagatattaacattacgttttggtcccttaacttgtaatctgtt 28451513  T
Q  137 agcaaattaaatcctttctgttaaattttgtnnnnnnnccgttaatcttcatcatcgaacccagaattcatc 208  Q
    ||  || ||||||||||| |||||||||| |       |  |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  28451512 agtcaaataaatcctttccgttaaattttataaaaaaactattaatcttcatcattgaacccagaattcatc 28451441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 37 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 9450994 - 9450879
Alignment:
Q  37 ggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaacttataatccgtt 136  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||    
T  9450994 ggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttggttacgttttggtcccataagttattaacgttacgttttggtcccttaactcatactctgtt 9450895  T
Q  137 agcaaattaaatcctt 152  Q
    ||| || |||||||||    
T  9450894 agccaaataaatcctt 9450879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 37 - 152
Target Start/End: Original strand, 9449715 - 9449830
Alignment:
Q  37 ggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaacttataatccgtt 136  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||| || |||    
T  9449715 ggcttaattaatgatttggtccattaagttatttgttggttacgttttggtctcataagttattaacgttacgttttgatcccttgactcatactctgtt 9449814  T
Q  137 agcaaattaaatcctt 152  Q
    ||| || |||||||||    
T  9449815 agccaagtaaatcctt 9449830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 37 - 163
Target Start/End: Original strand, 28450750 - 28450876
Alignment:
Q  37 ggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaacttataatccgtt 136  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  28450750 ggcttaattaatgatttggtcccttaaattatttgttggttacattttgatcccataagttattaatgttacgttttggtcccctaacttatagtccgtt 28450849  T
Q  137 agcaaattaaatcctttctgttaaatt 163  Q
    ||  || |||||| |||| ||||||||    
T  28450850 agtcaaataaatcatttccgttaaatt 28450876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 36 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 10468817 - 10468730
Alignment:
Q  36 tggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaa 123  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||    
T  10468817 tggcttaattaatcatttggtcccttaagttatttgttggttacattttggtctcataagttattaacgttacaatttggtccgttaa 10468730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 33 - 123
Target Start/End: Original strand, 9268019 - 9268109
Alignment:
Q  33 ttttggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaa 123  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||  |||||||||||||    
T  9268019 ttttggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttattggttacattttggtcccataagttattaaagttacaatttggtcccttaa 9268109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 38 - 108
Target Start/End: Original strand, 45667232 - 45667302
Alignment:
Q  38 gcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttac 108  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  45667232 gcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttggttacattttggtctcataagttattaacgttac 45667302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 34 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 3991014 - 3990925
Alignment:
Q  34 tttggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaa 123  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  3991014 tttggcttaattattgatttggtcccttaagttaattgttggttacattttggtcccataagttattaacgttacaatttggtcccttaa 3990925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 37 - 150
Target Start/End: Original strand, 4437680 - 4437793
Alignment:
Q  37 ggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaacttataatccgtt 136  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| | || |||    
T  4437680 ggcttaattaatggtttggtccattaaattatttgttggttacaatttggtcccataagttattaacgttacgttttggtcctttaagttagactctgtt 4437779  T
Q  137 agcaaattaaatcc 150  Q
    ||| || |||||||    
T  4437780 agccaaataaatcc 4437793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 39 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 12585492 - 12585408
Alignment:
Q  39 cttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaa 123  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||    
T  12585492 cttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttggttacattttgatctcataagttattaacattacaatttggtcccttaa 12585408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 39 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 4439107 - 4439023
Alignment:
Q  39 cttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaa 123  Q
    ||||||||||||  |||||| | |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  4439107 cttaattaatgacgtggtccctaaagttatttgttggttacaatttggtctcataagttattaacgttacgttttggtctcttaa 4439023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 40 - 108
Target Start/End: Original strand, 25225793 - 25225861
Alignment:
Q  40 ttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttac 108  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  25225793 ttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttggttatattttggtctcataagttattaacgttac 25225861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 36 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 49028600 - 49028513
Alignment:
Q  36 tggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaa 123  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||| ||||| ||||||| |||||  |||||||||||||    
T  49028600 tggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttattggttacattttggtcccataaattattaatgttacaatttggtcccttaa 49028513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 37 - 150
Target Start/End: Original strand, 17931288 - 17931401
Alignment:
Q  37 ggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaacttataatccgtt 136  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||  |||||| |||||||||||||||||||    ||||||||||| ||| | |||||     
T  17931288 ggcttaattaatgaattggtcccttaagttatttattggttacaatttggtcccataagttattaacgttacaaaatggtcccttaagttacactccgtc 17931387  T
Q  137 agcaaattaaatcc 150  Q
    ||| ||||||||||    
T  17931388 agccaattaaatcc 17931401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 38 - 123
Target Start/End: Original strand, 52677553 - 52677638
Alignment:
Q  38 gcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaa 123  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||  |||||||| ||||    
T  52677553 gcttaattaattatttggtcccttaagttatttgttggttacaatttggtcccataagttattaacgttacaatttggtccattaa 52677638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 37 - 121
Target Start/End: Original strand, 10286410 - 10286494
Alignment:
Q  37 ggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtccctt 121  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||| ||| |||||||||||||||  |||| ||||||    
T  10286410 ggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttggttacattttagtcccattagttattaacgttacaatttgatccctt 10286494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 33 - 97
Target Start/End: Original strand, 12315851 - 12315915
Alignment:
Q  33 ttttggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagtt 97  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||| ||||||||    
T  12315851 ttttggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgtaggttacaatttggtcccataagtt 12315915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 39 - 119
Target Start/End: Complemental strand, 16067656 - 16067578
Alignment:
Q  39 cttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtccc 119  Q
    |||||||||||||   ||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  16067656 cttaattaatgata--gtcctttaaattatttgttggttacattttagtctcataagttattaacgttacaatttggtccc 16067578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 35 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 17932213 - 17932140
Alignment:
Q  35 ttggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttac 108  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||  |||||| ||||||||||||| |||||    
T  17932213 ttggcttaattaatgaattggtcccttaagttatttattggttacaatttggtcccataagttattaaggttac 17932140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 40 - 108
Target Start/End: Original strand, 10202681 - 10202749
Alignment:
Q  40 ttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttac 108  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||    
T  10202681 ttaattaatgatttgatcctttaaattatttgctggttacattttggtcccataaattattaacgttac 10202749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 37 - 121
Target Start/End: Original strand, 12585158 - 12585242
Alignment:
Q  37 ggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtccctt 121  Q
    ||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||| ||||  |||| ||||||    
T  12585158 ggcttaattaatgacgtggtcccttaagttatttgttgattacattttagtctcataagttattaacattacaatttgatccctt 12585242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 38 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 21325765 - 21325689
Alignment:
Q  38 gcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttg 114  Q
    ||||||||||||||||| ||  |||| ||||||||||||||||| || ||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  21325765 gcttaattaatgatttgatctcttaaattatttgttggttacattttagtcacattagttattaacgttacgttttg 21325689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 41 - 121
Target Start/End: Original strand, 49028267 - 49028347
Alignment:
Q  41 taattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtccctt 121  Q
    ||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||| || ||| ||||| |||||||||||||  |||||||||||    
T  49028267 taattgatgatgtggtcccttaagttatttgttggttacattttagtcccataaattattaacgttaccatttggtccctt 49028347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 41 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 52677884 - 52677804
Alignment:
Q  41 taattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtccctt 121  Q
    ||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||   |||||||||||    
T  52677884 taattaatgatgtggtcccttaggttatttgttggttacattttagtctcataagttattaatgttataatttggtccctt 52677804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 35 - 121
Target Start/End: Original strand, 10468478 - 10468564
Alignment:
Q  35 ttggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtccctt 121  Q
    |||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||| || |||   |||||| ||||||||||  |||||||||||    
T  10468478 ttggcttaattactgatgtggtcccttaagttatttgttggttacattttagtcatctaagtttttaacgttacaatttggtccctt 10468564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 33 - 73
Target Start/End: Complemental strand, 45667409 - 45667369
Alignment:
Q  33 ttttggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgtt 73  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  45667409 ttttggcttaattaatgatgtggtcctttaagttatttgtt 45667369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 41 - 123
Target Start/End: Original strand, 21038119 - 21038200
Alignment:
Q  41 taattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaa 123  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||| || |||||   ||||||||||||||||||  |||||||| ||||    
T  21038119 taattaatgatttggtcctt-aagttgtttgttgattatattttggttcaataagttattaacgttacaatttggtcctttaa 21038200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 39 - 121
Target Start/End: Original strand, 36098747 - 36098829
Alignment:
Q  39 cttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtccctt 121  Q
    ||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||| || || ||  ||||| ||||||||||||   |||||||||||    
T  36098747 cttaattaatgatgtggtctcttaagttatttgttggttatattttagttccataaattattaacgttataatttggtccctt 36098829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 30 - 87
Target Start/End: Original strand, 49287423 - 49287480
Alignment:
Q  30 ttattttggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggt 87  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||  || |||||||||||||||| || |||||    
T  49287423 ttattttggcttaattaatgatttagtctctttagttatttgttggttaaattttggt 49287480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 39 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 622391 - 622316
Alignment:
Q  39 cttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttg 114  Q
    ||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||| || | |  ||| |||||||| |||||| ||||    
T  622391 cttaattaatgatgtgatcccttaagttatttgttggttacattttagacctatatgttattaatgttacgatttg 622316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 39 - 105
Target Start/End: Original strand, 53892253 - 53892319
Alignment:
Q  39 cttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgt 105  Q
    ||||||||||||||||||   ||||||||||| | |||||||  | |||| ||||||||||||||||    
T  53892253 cttaattaatgatttggtttcttaagttatttataggttacaattgggtcccataagttattaacgt 53892319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 40 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 21038445 - 21038380
Alignment:
Q  40 ttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgtta 107  Q
    |||||||||||| || ||| |||||||||||| ||||||||| || |  || ||||||||||||||||    
T  21038445 ttaattaatgatgtgatcccttaagttatttgctggttacattttag--tcctaagttattaacgtta 21038380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 88; Significance: 2e-42; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 37 - 208
Target Start/End: Original strand, 9379930 - 9380102
Alignment:
Q  37 ggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaacttataatccgtt 136  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  9379930 ggcttaattaatgaattggtcccttaagttatttgttggttacattttggttccacaagttattaacgttacgttttggtcccttaacttataatatgtt 9380029  T
Q  137 agcaaattaaatcctttctgttaaattttgt-nnnnnnnccgttaatcttcatcatcgaacccagaattcatc 208  Q
    ||| || ||||||||||| ||||||||||||        | |||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  9380030 agccaaataaatcctttccgttaaattttgtaaaaaaaactgttaatcttcatcattaaacccagaattcatc 9380102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 38 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 9380788 - 9380659
Alignment:
Q  38 gcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaacttataatccgtta 137  Q
    ||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||  ||||    
T  9380788 gcttaattaatgaattgatcccttaagttatttgttggttacattttgatcccataagttattaatgttacgttttggtcccttcacttataatatgtta 9380689  T
Q  138 gcaaattaaatcctttctgttaaattttgt 167  Q
    |  || ||||||||| | ||||||||||||    
T  9380688 gtcaaataaatccttcccgttaaattttgt 9380659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 40 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 1501164 - 1501037
Alignment:
Q  40 ttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaacttataatccgttagc 139  Q
    ||||||||| ||||| ||| ||||||||||| |||||| ||| |||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||     
T  1501164 ttaattaatcatttgatcccttaagttatttattggtttcattttggtcccataaattattaacgttacattttggtcccttaagttatattccgttagt 1501065  T
Q  140 aaattaaatcctttctgttaaattttgt 167  Q
     || ||||||||| ||||||| ||||||    
T  1501064 caaataaatccttgctgttaacttttgt 1501037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 32 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 23322439 - 23322348
Alignment:
Q  32 attttggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaa 123  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  23322439 atttaggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttggttacattttggttccataagttattaacgttacaatttggtcccttaa 23322348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 37 - 123
Target Start/End: Original strand, 34634068 - 34634154
Alignment:
Q  37 ggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaa 123  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  34634068 ggcttaattaatgatgtggtcctttaagttatttgttggttacaatttggtcccataagttattaacgttacattttggtccattaa 34634154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 33 - 121
Target Start/End: Original strand, 43183226 - 43183314
Alignment:
Q  33 ttttggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtccctt 121  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||| ||||  |||||||||||    
T  43183226 ttttggcttaattaataatttggtcccttaagttatttgttggttacattttggtcccataaattattaacattacaatttggtccctt 43183314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 37 - 123
Target Start/End: Original strand, 42792948 - 42793034
Alignment:
Q  37 ggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaa 123  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||| |||||| ||||| ||||||| |||||  |||||||||||||    
T  42792948 ggcttaattaatgatttggtcgcttaagttatttgttggtttcattttggtcccataaattattaatgttacaatttggtcccttaa 42793034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 37 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 5841213 - 5841093
Alignment:
Q  37 ggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaacttataatccgtt 136  Q
    |||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||  |||||| | |||| |||  ||  |||    
T  5841213 ggcttaattaatgatttggtctcttaacttatttgttggttacattttggtcccataaattattaacgttacaatttggttctttaagttagtatttgtt 5841114  T
Q  137 agcaaattaaatcctttctgt 157  Q
    ||| || ||||||||| ||||    
T  5841113 agccaaataaatccttactgt 5841093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 37 - 121
Target Start/End: Original strand, 23322098 - 23322182
Alignment:
Q  37 ggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtccctt 121  Q
    ||||||||||||||| | |||  |||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||| |||||  |||||||||||    
T  23322098 ggcttaattaatgatgtagtctattaagttatttgttggttacattttagtcccataagttattaatgttacaatttggtccctt 23322182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 52 - 151
Target Start/End: Original strand, 25088419 - 25088518
Alignment:
Q  52 ttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaacttataatccgttagcaaattaaatcct 151  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||  |||  ||| |||||| || ||||||||    
T  25088419 ttggtcccgtaagttatttgttggttacattttggtcgcataaattattaacgttacaatttggtcccttatgttagtatctgttagccaaataaatcct 25088518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 52 - 151
Target Start/End: Original strand, 25146388 - 25146487
Alignment:
Q  52 ttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaacttataatccgttagcaaattaaatcct 151  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||  |||  ||| |||||| || ||||||||    
T  25146388 ttggtcccgtaagttatttgttggttacattttggtcgcataaattattaacgttacaatttggtcccttatgttagtatctgttagccaaataaatcct 25146487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 40 - 121
Target Start/End: Original strand, 5840880 - 5840961
Alignment:
Q  40 ttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtccctt 121  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| || || ||  |||||||||||||||||||  |||| ||||||    
T  5840880 ttaattaatgatgtggtcccttaagttatttgttggttatattttagtgccataagttattaacgttacaatttgatccctt 5840961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 37 - 121
Target Start/End: Original strand, 15933356 - 15933440
Alignment:
Q  37 ggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtccctt 121  Q
    |||||||| |||||| |||||| |||  |||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||  ||| |||||||    
T  15933356 ggcttaatcaatgatgtggtcccttatattatttgttggttatattttagtctcataagttattaacgttacaatttagtccctt 15933440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 37 - 98
Target Start/End: Complemental strand, 15933663 - 15933602
Alignment:
Q  37 ggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagtta 98  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||| | |||||||    
T  15933663 ggcttaattcatgatttggtcccttaagttatttgttggttacattttagtcccttaagtta 15933602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 36 - 103
Target Start/End: Complemental strand, 20244588 - 20244521
Alignment:
Q  36 tggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaac 103  Q
    |||||||||||||||||| ||   |||| ||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||    
T  20244588 tggcttaattaatgattttgttacttaaattatttgttggttacattttggtcccataaattattaac 20244521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 83; Significance: 2e-39; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 37 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 18471842 - 18471712
Alignment:
Q  37 ggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaacttataatccgtt 136  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||| |||    
T  18471842 ggcttagttaatgatttggtcccttaagttatctgttggttacattttggtctcataagttattaacattatattttggtcccttaacttataatctgtt 18471743  T
Q  137 agcaaattaaatcctttctgttaaattttgt 167  Q
    ||| || |||||| |||| ||||||||||||    
T  18471742 agccaaataaatcatttccgttaaattttgt 18471712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 30 - 165
Target Start/End: Original strand, 18470132 - 18470267
Alignment:
Q  30 ttattttggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaacttata 129  Q
    |||||| ||||||||||||||||| || | |||| ||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  18470132 ttatttaggcttaattaatgattttgtgccttaaattatttgttggttacattttggccacataagttattaatgttaggttttggtcccttaacttata 18470231  T
Q  130 atccgttagcaaattaaatcctttctgttaaatttt 165  Q
    ||| |||||  || ||||||||||| ||||||||||    
T  18470232 atctgttagtcaaataaatcctttccgttaaatttt 18470267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 39 - 167
Target Start/End: Original strand, 8328197 - 8328325
Alignment:
Q  39 cttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaacttataatccgttag 138  Q
    |||||||||||| | ||||| ||||||||||| || |||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||    
T  8328197 cttaattaatgaatcggtcccttaagttatttattagttagattttggtctcacaagttattaacgttacgttttagtcccttaacttataatatgttag 8328296  T
Q  139 caaattaaatcctttctgttaaattttgt 167  Q
    | || ||||||||||| ||||||||||||    
T  8328297 ccaaataaatcctttccgttaaattttgt 8328325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 38 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 8329115 - 8329038
Alignment:
Q  38 gcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggt 116  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  8329115 gcttaattaatgaattggtc-tttaagttatttgttggttacattttggtctcaaaagttattaacgttacgttttggt 8329038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 141 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 8594922 - 8594822
Alignment:
Q  141 aattaaatcctttctgttaaattttgtnnnnnnnccgttaatcttcatcatcgaacccagaattcatcccattcatcatcaccaaactcagaaaattcat 240  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   ||||||||||||| |||||||||||    
T  8594922 aattaaatcctttcttttaaattttgtgaaaaaatcgttaatcttcatcatcgaacccagaattcatcgcat---tcatcaccaaacttagaaaattcat 8594826  T
Q  241 catt 244  Q
    ||||    
T  8594825 catt 8594822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 36 - 108
Target Start/End: Original strand, 8905639 - 8905711
Alignment:
Q  36 tggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttac 108  Q
    ||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  8905639 tggcttaatcaatgatttggtctcttaagttatttgttggttacattttggtctcataagttattaatgttac 8905711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 37 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 4265312 - 4265226
Alignment:
Q  37 ggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaa 123  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||| ||| || |||||||||||||||||||  |||||||| ||||    
T  4265312 ggcttaattaatgatttggtcccttaagttagttgtcggttacattttgatcccataagttattaacgttacaatttggtccattaa 4265226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 64 - 244
Target Start/End: Original strand, 8594089 - 8594266
Alignment:
Q  64 gttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaacttataatccgttagcaaattaaatcctttctgttaaatt 163  Q
    ||||||||||| ||| || |||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||  |||||| ||||||||||| ||| |||| ||    
T  8594089 gttatttgttgattatattttggtcccataagttcttaacattacgttttggtcccttaacttgtaatttgttagccaattaaatcctatcttttaactt 8594188  T
Q  164 ttgtnnnnnnnccgttaatcttcatcatcgaacccag-aattcatcccattcatcatcaccaaactcagaaaattcatcatt 244  Q
    | ||        ||||||| ||||||||| || |||| |||||||| ||||||||||   ||||  ||||||||||||||||    
T  8594189 tggtcagaaaaacgttaatattcatcatc-aatccagaaattcatcacattcatcat---caaatccagaaaattcatcatt 8594266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 40 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 8342731 - 8342655
Alignment:
Q  40 ttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggt 116  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  8342731 ttaattaatgaattggtccattaagttattttttggttacactttggtctcataagttactaacattacgttttggt 8342655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 38 - 117
Target Start/End: Original strand, 4264977 - 4265056
Alignment:
Q  38 gcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtc 117  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||| |||| || |||||||||||||||||| ||||  |||||||    
T  4264977 gcttaattaatgatgtggtcttttaagttattttttggtgacattttagtctcataagttattaacattacaatttggtc 4265056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 32 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 25749471 - 25749396
Alignment:
Q  32 attttggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgtta 107  Q
    |||| |||||||||||| || || ||| |||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||    
T  25749471 atttaggcttaattaattatgtgttcccttaagttatttgttggttacaatttagtctcataagttattaacgtta 25749396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 39 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 8905973 - 8905904
Alignment:
Q  39 cttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttac 108  Q
    ||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||| || ||  | |||||| ||||||| |||||    
T  8905973 cttaattaatgatgtgatcccttaagttatttgttggttatattttactttcataaattattaaggttac 8905904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 31 - 128
Target Start/End: Original strand, 23350909 - 23351006
Alignment:
Q  31 tattttggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaacttat 128  Q
    |||||||||||||||| | |||| |||| |||| |||||| |||||| | | |||||| | ||| |  | || ||| |||||||||||||||||||||    
T  23350909 tattttggcttaattactcatttagtcccttaacttattttttggtttcgttttggtcccttaactattaaaagtttcgttttggtcccttaacttat 23351006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 78; Significance: 2e-36; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 38 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 32539520 - 32539395
Alignment:
Q  38 gcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaacttataatccgtta 137  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  32539520 gcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttggttacattttaatctcataagttattaacattacatttttgtcccttaacttataatccgtta 32539421  T
Q  138 gcaaattaaatcctttctgttaaatt 163  Q
    || || |||||| | ||| |||||||    
T  32539420 gccaaataaatcttatctcttaaatt 32539395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 37 - 165
Target Start/End: Original strand, 10536000 - 10536128
Alignment:
Q  37 ggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaacttataatccgtt 136  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||  |||    
T  10536000 ggcttaattaatgatttagtcccttaagttatttgttggttacattttggtcccataagatattaacattacgttttggtcccttaacttgtaatatgtt 10536099  T
Q  137 agcaaattaaatcctttctgttaaatttt 165  Q
    ||  || ||||||||||| ||||||||||    
T  10536100 agtcaaataaatcctttccgttaaatttt 10536128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 30 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 10536870 - 10536737
Alignment:
Q  30 ttattttggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaacttata 129  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  10536870 ttatttaggcttaattaatgatttggtcccttaaattatttgttggttacattttgatcccataagttattaatgttacgttttggtcccctaacttata 10536771  T
Q  130 atccgttagcaaattaaatcctttctgttaaatt 163  Q
     || |||||  || |||||| |||| ||||||||    
T  10536770 gtctgttagtcaaataaatcatttccgttaaatt 10536737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 39 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 30906060 - 30905978
Alignment:
Q  39 cttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtccctt 121  Q
    ||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  30906060 cttaattaatgatgtggtctcttaagttatttgttggttacattttagtcccataagttattaacgttacaatttggtccctt 30905978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 38 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 18203391 - 18203321
Alignment:
Q  38 gcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttac 108  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| || |||||  |||||||||||||||||||    
T  18203391 gcttaattaatgatttggtcccttaagttatttattggttatattttggttccataagttattaacgttac 18203321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 35 - 108
Target Start/End: Original strand, 18202771 - 18202844
Alignment:
Q  35 ttggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttac 108  Q
    |||||||||||||| || | |||  ||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||| |||||    
T  18202771 ttggcttaattaataatgtagtctattaagttatttgttgattacattttcgtctcataagttattaatgttac 18202844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 38 - 123
Target Start/End: Original strand, 30905397 - 30905482
Alignment:
Q  38 gcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaa 123  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| || ||  |   |||| |||||||||||||  |||||||||||||    
T  30905397 gcttaattaatgatttggtcccttaaattatttgttggttatattttaattctataacttattaacgttacaatttggtcccttaa 30905482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 61 - 103
Target Start/End: Original strand, 32538283 - 32538325
Alignment:
Q  61 taagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaac 103  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  32538283 taagttatttgttggttacattttgatctcataagttattaac 32538325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 35 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 9237816 - 9237724
Alignment:
Q  35 ttggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaactta 127  Q
    |||||||||||| | ||||||||| |||| |||||| |||||||| | |||||| | ||| |  | || ||| ||||||||||||||||||||    
T  9237816 ttggcttaattattcatttggtcccttaacttattttttggttacgttttggtcccttaactattaaaagtttcgttttggtcccttaactta 9237724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 35 - 128
Target Start/End: Original strand, 5881404 - 5881497
Alignment:
Q  35 ttggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaacttat 128  Q
    |||||||||||| |  |||| |||||||| |||||| |||||| ||| |||||||| ||| |  | || ||| ||||| |||||||||||||||    
T  5881404 ttggcttaattactcttttgatcctttaatttattttttggtttcattttggtctcttaactattaaaagtttcgtttcggtcccttaacttat 5881497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 72; Significance: 8e-33; HSPs: 23)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 37 - 148
Target Start/End: Original strand, 16907930 - 16908041
Alignment:
Q  37 ggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaacttataatccgtt 136  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| || |||    
T  16907930 ggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttggttacgttttggtcccataagttattaacgttatgttttggtcccttaactcatactctgtt 16908029  T
Q  137 agcaaattaaat 148  Q
    ||| || |||||    
T  16908030 agccaaataaat 16908041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 37 - 149
Target Start/End: Original strand, 46684098 - 46684210
Alignment:
Q  37 ggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaacttataatccgtt 136  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||  |||||     
T  46684098 ggcttaattaatgatttggtcgcttaagttatttgttggttacattttgatcccataagttattaacattacgttttggtcccttaagttatcttccgtc 46684197  T
Q  137 agcaaattaaatc 149  Q
    ||| || ||||||    
T  46684198 agccaaataaatc 46684210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 37 - 123
Target Start/End: Original strand, 27864799 - 27864885
Alignment:
Q  37 ggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaa 123  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  27864799 ggcttaattaatgatttggtcccgtaagttatttgttggttacattttggtcccataagttattaacgttacaatttggtcccttaa 27864885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 37 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 31596823 - 31596752
Alignment:
Q  37 ggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttac 108  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  31596823 ggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttggttacattttggtcccataagttattaacgttac 31596752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 37 - 123
Target Start/End: Original strand, 24107151 - 24107237
Alignment:
Q  37 ggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaa 123  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||  ||||||| |||||    
T  24107151 ggcttaattaatgatttggtcccttgagttatttgttggttacattttggtcccataagttattaacgttacaatttggtcacttaa 24107237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 35 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 38758945 - 38758860
Alignment:
Q  35 ttggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtccct 120  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||   ||||||||||    
T  38758945 ttggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttggttacattttggtcccataagttatcaacgttataatttggtccct 38758860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 37 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 27865134 - 27865048
Alignment:
Q  37 ggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaa 123  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||  |||||||| ||||    
T  27865134 ggcttaattaatgatgtggtcccttaagttatttgttggttacattttagtcccataagttattaacgttacaatttggtcctttaa 27865048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 32 - 121
Target Start/End: Original strand, 3171484 - 3171573
Alignment:
Q  32 attttggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtccctt 121  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||| |||||  |||||||||||    
T  3171484 atttaggcttaattaatgatgtggtcccttaagttatttgttggttacattttagtcccataagttattaatgttacaatttggtccctt 3171573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 37 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 46685601 - 46685510
Alignment:
Q  37 ggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaacttat 128  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||| |||||| |||||||||||| | ||||||| | ||||||||| ||||    
T  46685601 ggcttaattaatgatttggtcccttaaattatttattggttacattttggtcccataagttattatcattacgttatagtcccttaagttat 46685510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 37 - 119
Target Start/End: Complemental strand, 24107487 - 24107405
Alignment:
Q  37 ggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtccc 119  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||  |||||||||    
T  24107487 ggcttaattaatgatgtggtccattaagttaattgttggttacattttagtcccataagttattaacgttacaatttggtccc 24107405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 35 - 98
Target Start/End: Original strand, 18025878 - 18025941
Alignment:
Q  35 ttggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagtta 98  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  18025878 ttggcttaattaatgctttggtcccttaagttatttgttggttacattttggtcccataagtta 18025941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 37 - 123
Target Start/End: Original strand, 19860491 - 19860577
Alignment:
Q  37 ggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaa 123  Q
    ||||||||||||||| |||||  ||||||||||| |||||||||| || ||| |||||||||||||||||||  |||||||| ||||    
T  19860491 ggcttaattaatgatgtggtctattaagttatttattggttacattttagtcccataagttattaacgttacaatttggtcctttaa 19860577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 37 - 121
Target Start/End: Original strand, 38758608 - 38758692
Alignment:
Q  37 ggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtccctt 121  Q
    |||||||||| |||| | |||| |||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||    
T  38758608 ggcttaattagtgatgttgtcccttaagttatttgttggttacattttagtcccataagttattaacgttacaatttagtccctt 38758692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 35 - 86
Target Start/End: Original strand, 11422377 - 11422428
Alignment:
Q  35 ttggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttgg 86  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  11422377 ttggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttggttacattttgg 11422428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 37 - 108
Target Start/End: Original strand, 14812427 - 14812498
Alignment:
Q  37 ggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttac 108  Q
    |||||||| ||||||||| || |||||||||||| || ||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  14812427 ggcttaatcaatgatttgatcatttaagttattttttagttacattttggtcccataagttattaacgttac 14812498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 40 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 19860821 - 19860712
Alignment:
Q  40 ttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaacttataatccgttagc 139  Q
    ||||||||||||||  || |||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||  |||||||| |||| ||| ||||  |||||    
T  19860821 ttaattaatgatttcatc-tttaagttatttattggttacattttggtctca-aagttattaacattacaatttggtcctttaagttaaaatctattagc 19860724  T
Q  140 aaattaaatcct 151  Q
     || ||||||||    
T  19860723 caaataaatcct 19860712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 40 - 117
Target Start/End: Complemental strand, 54446349 - 54446271
Alignment:
Q  40 ttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttaca-tgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtc 117  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| | ||||||  ||||||||||||| ||||  |||||||    
T  54446349 ttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacatttttggtcctataagttattaacattacaatttggtc 54446271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 37 - 81
Target Start/End: Complemental strand, 3171822 - 3171778
Alignment:
Q  37 ggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacat 81  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  3171822 ggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgtcggttacat 3171778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 61 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 18026163 - 18026103
Alignment:
Q  61 taagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtccctt 121  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||    
T  18026163 taagttatttgttggttacattttagtcccataagttattaacgttaccatttagtccctt 18026103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 48 - 120
Target Start/End: Original strand, 21792228 - 21792300
Alignment:
Q  48 tgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtccct 120  Q
    |||| |||||| |||| ||||| ||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  21792228 tgatgtggtcccttaatttattggttggttacattttagtcccataagttattaacgttacaatttggtccct 21792300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 39 - 121
Target Start/End: Original strand, 54446022 - 54446104
Alignment:
Q  39 cttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtccctt 121  Q
    ||||||||||||| |||||  | ||||||||||||| |||||| ||  ||  ||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  54446022 cttaattaatgatgtggtctctaaagttatttgttgattacattttaatcctataagttattaacgttacaatttggtccctt 54446104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 60 - 117
Target Start/End: Complemental strand, 21792430 - 21792373
Alignment:
Q  60 ttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtc 117  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||   |||||||||||||||||  |||||||    
T  21792430 ttaagttatttgttgtttacattttggtcctctaagttattaacgttacaatttggtc 21792373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 37 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 10817860 - 10817769
Alignment:
Q  37 ggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaac-gttacgttttggtcccttaacttat 128  Q
    |||||||||  | ||||||||| |||| |||||| |||||| ||| |||||||| ||| |||||||  ||| ||||| |||||||||||||||    
T  10817860 ggcttaattcctcatttggtcccttaacttattttttggtttcattttggtctcttaa-ttattaaaagtttcgtttcggtcccttaacttat 10817769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0069 (Bit Score: 69; Significance: 5e-31; HSPs: 2)
Name: scaffold0069
Description:

Target: scaffold0069; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 39 - 151
Target Start/End: Original strand, 19897 - 20009
Alignment:
Q  39 cttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaacttataatccgttag 138  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||  ||| |||||    
T  19897 cttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttggttacattttggtcgcataagttattaacgttacaatttggtcccttaagttagtatctgttag 19996  T
Q  139 caaattaaatcct 151  Q
    | || ||||||||    
T  19997 ccaaataaatcct 20009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0069; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 39 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 20232 - 20151
Alignment:
Q  39 cttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtccctt 121  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || ||  |  ||||| |||||||||||||  |||||||||||    
T  20232 cttaattaatgatgtggtcctt-aagttatttgttggttatattttaattccataatttattaacgttacaatttggtccctt 20151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0008 (Bit Score: 62; Significance: 7e-27; HSPs: 2)
Name: scaffold0008
Description:

Target: scaffold0008; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 40 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 266953 - 266844
Alignment:
Q  40 ttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaacttataatccgttagc 139  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||   ||||||||||||| |||  ||| ||||||    
T  266953 ttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacattttggtcacataagttattaaccttataatttggtcccttaagttagtatctgttagc 266854  T
Q  140 aaattaaatc 149  Q
     || ||||||    
T  266853 caaataaatc 266844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0008; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 60 - 121
Target Start/End: Original strand, 266644 - 266705
Alignment:
Q  60 ttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtccctt 121  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||  |||||||||||| ||||   |||||||||||    
T  266644 ttaagttatttgttggttacattttagtccgataagttattaatgttataatttggtccctt 266705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 59; Significance: 4e-25; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 37 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 5367750 - 5367665
Alignment:
Q  37 ggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaa 123  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  5367750 ggcttaattaatgatttggtcctt-aagttatttgttggttacattttggttccataagttattaacgttacaatttggtcccttaa 5367665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 37 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 3659287 - 3659202
Alignment:
Q  37 ggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaa 123  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||| ||||  |||||||||||||    
T  3659287 ggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttggtcccataagttattaac-ttacaatttggtcccttaa 3659202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 39 - 151
Target Start/End: Original strand, 3720052 - 3720165
Alignment:
Q  39 cttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttgg-ttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaacttataatccgtta 137  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||   |||||| |||||| ||||| |||||| | |||||| ||||||||||||||| |||| |||||    
T  3720052 cttaattaatgatttggtcccttaagttattttttttattacattttggtcccataatttattagcattacgtgttggtcccttaacttttaattcgtta 3720151  T
Q  138 gcaaattaaatcct 151  Q
    || |||||||||||    
T  3720152 gccaattaaatcct 3720165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 37 - 128
Target Start/End: Original strand, 8286788 - 8286879
Alignment:
Q  37 ggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaacttat 128  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||| | ||||| ||||||||||| |||| || |||||| ||||    
T  8286788 ggcttaattaatgatttagtcccttaagttatttgttggttacattttggtcccttaagtaattaacgttacattttagttccttaagttat 8286879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 37 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 8287501 - 8287410
Alignment:
Q  37 ggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaacttat 128  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||   ||| |  | |||||||| |||||||||||||| ||||    
T  8287501 ggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttggttacattttagtcctttaactattcaacgttacattttggtcccttaagttat 8287410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 32 - 121
Target Start/End: Original strand, 3658947 - 3659036
Alignment:
Q  32 attttggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtccctt 121  Q
    |||| |||||||||| |||| |||||| ||||||||||| |||||||||  || ||| ||||||||||||| |||||  |||| ||||||    
T  3658947 atttaggcttaattactgatgtggtcccttaagttatttattggttacagtttagtcccataagttattaaagttacaatttgatccctt 3659036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 33 - 82
Target Start/End: Original strand, 5367403 - 5367452
Alignment:
Q  33 ttttggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatg 82  Q
    |||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  5367403 ttttggcttaattactgatatggtcccttaagttatttgttggttacatg 5367452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 33 - 69
Target Start/End: Complemental strand, 13119243 - 13119207
Alignment:
Q  33 ttttggcttaattaatgatttggtcctttaagttatt 69  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  13119243 ttttggcttaattaatgatttggtcccttaagttatt 13119207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 37 - 108
Target Start/End: Original strand, 28944245 - 28944316
Alignment:
Q  37 ggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttac 108  Q
    |||||||||||| || || ||| |||||| ||||||||||||||| ||  |||| ||||||||||| |||||    
T  28944245 ggcttaattaatcatctgctcccttaagtcatttgttggttacattttaatctcgtaagttattaatgttac 28944316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 46; Significance: 3e-17; HSPs: 2)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 38 - 123
Target Start/End: Original strand, 93633 - 93717
Alignment:
Q  38 gcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaa 123  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| |||||| ||||| |||||||||||||  ||| |||||||||    
T  93633 gcttaattaatgatttgatcctt-aagttatttgttagttacattttggtcccataaattattaacgttacaatttagtcccttaa 93717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 60 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 93944 - 93896
Alignment:
Q  60 ttaagttatttgttggttacatgttggtctcataagttattaacgttac 108  Q
    |||| ||||||||||||||||| || ||| ||||| |||||||||||||    
T  93944 ttaatttatttgttggttacattttagtcccataaattattaacgttac 93896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University