View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18993_high_21 (Length: 461)

Name: NF18993_high_21
Description: NF18993
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18993_high_21
NF18993_high_21
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (29-455)||(64749-65175)
chr8 (18-448)||(22639403-22639821)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (18-450)||(51166750-51167183)
chr4 (333-455)||(16081112-16081234)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (18-230)||(48775482-48775694)
chr3 (226-455)||(48773214-48773443)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (18-448)||(44884859-44885289)
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (26-267)||(19329827-19330068)
chr6 (67-178)||(8833011-8833122)
chr6 (60-267)||(8831558-8831762)
chr6 (60-219)||(8832079-8832237)
chr6 (60-206)||(8835273-8835421)
chr6 (367-446)||(19329710-19329789)
chr6 (25-213)||(8628036-8628225)
chr6 (338-387)||(8835551-8835600)
[»] scaffold0072 (1 HSPs)
scaffold0072 (18-58)||(4-44)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 331; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 65175 - 64749
Alignment:
29 aagtggttttgaattccttgtcttaacattattttctctttccttgttataacgtgcatcaagagccttctcatattgtgtcacaaacttgctcaatgga 128  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
65175 aagtggttttgaattccttgtcttgacattcttctctctttccttgttataacgtgtgtcaagagtcttctcatactgtatcacaaacttgctcaatgga 65076  T
129 gtacttgaattcaaaaagcccttaaaaaatttattcatactttcactcctttgggtggtggacattccagcacaaaaattgtgacatacataggaatgaa 228  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||| ||| |||    
65075 gtacttgaattcaaaaagcccttaaaaaatttattcatactttcactcctttgggtggtggacattccagcacaaaaactctgacgtacataagaaggaa 64976  T
229 tccactttgctcgaatggtgtagatcttctttagccatttgttatcttgcaactcgtacttatccatcattgctccccaatcagaatcaaagtcatcagt 328  Q
     ||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||     
64975 cccatttttctcgaatggagtagatcttctttagccatttgttatcttgcaactcgtacttatctatcattgctccccaatcagaatcaaagtcataaga 64876  T
329 agtgatagtttggtgaatgcacttgtgaaattgatttttaaacttactatgttcatgatagatttggttcaagtactctggaactttcttctcaatatgc 428  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
64875 agtgatagtttggtgaatgcacttgtgaaattgatttttaaactcgctatgttgatgatagatttggttcaagtactctggaactttcttctcaatatgc 64776  T
429 cacatacaataatgatgattcatctct 455  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||    
64775 cacatacaataatgatgattcacctct 64749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 126; E-Value: 8e-65
Query Start/End: Original strand, 18 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 22639821 - 22639403
Alignment:
18 aaagtgcgcaaaagtggttttgaattccttgtcttaacattattttctctttccttgttataacgtgcatcaagagccttctcatattgtgtcacaaact 117  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||  ||||||| | | | || || || |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
22639821 aaagttcgcaaaaatggttttgaattgattgtcttgaaagtcttctccctctccttgttgtaacgtgcatcaagagccttgtcatattgtgtcacaaact 22639722  T
118 tgctcaatggagtacttgaatt--caaaaagcccttaaaaaatttattcatactttcactcctttgggtggtggacattccagcacaaaaattgtgacat 215  Q
    |||||||||||||||  || ||   |||||  ||||||| || ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| || |    
22639721 tgctcaatggagtaccagagttaaaaaaaaatccttaaagaacttattcatactttcactcctttgagtagtggacattccagcacaaaaattgttacgt 22639622  T
216 acataggaatgaatccactttgctcgaatggtgtagatcttctttagccatttgttatcttgcaactcgtacttatccatcattgctccccaatcagaat 315  Q
    ||||| | | ||||||| ||| ||| ||| | ||| ||||| |  |||||    |||||||||||| | |||||||| ||||||||| |||||||||       
22639621 acataagcaggaatccatttttctctaatagagtatatcttttgaagccaccgattatcttgcaacccatacttatctatcattgcttcccaatcag--- 22639525  T
316 caaagtcatcagtagtgatagtttggtgaatgcacttgtgaaattgatttttaaacttactatgttcatgatagatttggttcaagtactctggaacttt 415  Q
              | ||||||| | ||||||||| ||||||| ||||||| ||||||| | ||| |||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||    
22639524 ----------attagtgattgattggtgaatacacttgtaaaattgacttttaaaatcactgtgttcatgatggatttcgctcaagtactctggaacttt 22639435  T
416 cttctcaatatgccacatacaataatgatgatt 448  Q
     || |||||  |||||||||| |||||||||||    
22639434 -ttttcaatgcgccacatacagtaatgatgatt 22639403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 302; Significance: 1e-170; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 302; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 18 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 51167183 - 51166750
Alignment:
18 aaagtgcgcaaaagtggttttgaattccttgtcttaacattattttctctttccttgttataacgtgcatcaagagccttctcatattgtgtcacaaact 117  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||| |||||||||| |||  ||||||||||||||||| ||| |||||||||    
51167183 aaagtacgcaaaagtggttttgaattccttgtcttgacattcttctctctttgcttgttataatgtgtgtcaagagccttctcatactgtatcacaaact 51167084  T
118 tgctcaatggagtacttgaattcaaaaagcccttaaaaaatttattcatactttcactcctttgggtggtggacattccagcacaaaaattgtgacatac 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||| |||    
51167083 tgctcaatggagtacttgaattcaaaaagcccttaaaaaatttattcatactttcactcctttgggtggtggacattccagcacaaaaactccgacgtac 51166984  T
218 ataggaatgaatccactttgctcgaatggtgtagatcttctttagccatttgttatcttgcaactcgtacttatccatcattgctccc-caatcagaatc 316  Q
    ||| ||| ||| ||| ||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||  ||||||||||    
51166983 ataagaaggaacccatttttctcgaatggagtagatattctttagccatttgttatcttgcaactcgtacttatttatcattgctcccgaaatcagaatc 51166884  T
317 aaagtcatcagtagtgatagtttggtgaatgcacttgtgaaattgatttttaaacttactatgttcatgatagatttggttcaagtactctggaactttc 416  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
51166883 aaagtcatcataagtgatagtttggtgaatgcacttgtgaaattgatttttaaactcgccatgttcatgatagatttggttcaagtactctggaacttta 51166784  T
417 ttctcaatatgccacatacaataatgatgattca 450  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
51166783 ttctcgatatgccacatacaataatgatgattca 51166750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 333 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 16081234 - 16081112
Alignment:
333 atagtttggtgaatgcacttgtgaaattgatttttaaacttactatgttcatgatagatttggttcaagtactctggaactttcttctcaatatgccaca 432  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
16081234 atagtttggcgaatgcacttctgaaattgatttttaaactcactatgttcatgatagatttggttcaagtactctggaactttcttctgaatatgccaca 16081135  T
433 tacaataatgatgattcatctct 455  Q
    ||||||| |||||||||| ||||    
16081134 tacaatagtgatgattcacctct 16081112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 189; Significance: 1e-102; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 18 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 48775694 - 48775482
Alignment:
18 aaagtgcgcaaaagtggttttgaattccttgtcttaacattattttctctttccttgttataacgtgcatcaagagccttctcatattgtgtcacaaact 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
48775694 aaagtgcgcaaaagtggttttgaattccttgtcttaacattcttctctctttccttgttataacgtgcatcaagagccttctcatattgtgtcacaaact 48775595  T
118 tgctcaatggagtacttgaattcaaaaagcccttaaaaaatttattcatactttcactcctttgggtggtggacattccagcacaaaaattgtgacatac 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
48775594 tgctcaatggagtacttgaattcaaaaagcccttaaaaaatttattcatactttcactcctttgggtggtggacattccaacacaaaaattgtgacgtac 48775495  T
218 ataggaatgaatc 230  Q
    ||| ||| |||||    
48775494 ataagaaggaatc 48775482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 226 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 48773443 - 48773214
Alignment:
226 gaatccactttgctcgaatggtgtagatcttctttagccatttgttatcttgcaactcgtacttatccatcattgctccccaatcagaatcaaagtcatc 325  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||     
48773443 gaatccactttgctcgaatggagtagatcttctttagccatttgttatcttgcaactcataattatctatcattgctccccaataagaatcaaagtcata 48773344  T
326 agtagtgatagtttggtgaatgcacttgtgaaattgatttttaaacttactatgttcatgatagatttggttcaagtactctggaactttcttctcaata 425  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
48773343 agtagtgatagtttgatgaatgcacttgtgaaattgatttttaaacttactatgttcatgataaatttggttcaagtactctcgaactttcttctcaata 48773244  T
426 tgccacatacaataatgatgattcatctct 455  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||    
48773243 tgccacatacaatagtgatgattcacctct 48773214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 18 - 448
Target Start/End: Original strand, 44884859 - 44885289
Alignment:
18 aaagtgcgcaaaagtggttttgaattccttgtcttaacattattttctctttccttgttataacgtgcatcaagagccttctcatattgtgtcacaaact 117  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||| | || || ||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||    
44884859 aaagttcgcaaaagtggttttgaattcattgtcttgacagttttctccctttcctcgttgtaacgtgcatcaagagctttctcatattgtgtcagaaact 44884958  T
118 tgctcaatggagtacttgaattcaaaaagcccttaaaaaatttattcatactttcactcctttgggtggtggacattccagcacaaaaattgtgacatac 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||  |||    
44884959 tgctcaatggagtacttgaattcaaaaaatccttaaaaaatttattcatactttcactcctttgagtggtggacattccagcacagaaattatgatgtac 44885058  T
218 ataggaatgaatccactttgctcgaatggtgtagatcttctttagccatttgttatcttgcaactcgtacttatccatcattgctccccaatcagaatca 317  Q
    ||| | | ||||||| || | |||||| | ||| ||||| | |||||| |  |||||||||||| | || ||||| | ||||||| |||| ||||| |||    
44885059 atatgcaggaatccatttggatcgaattgagtatatcttttctagccactgattatcttgcaacccatatttatcaaccattgcttcccattcagagtca 44885158  T
318 aagtcatcagtagtgatagtttggtgaatgcacttgtgaaattgatttttaaacttactatgttcatgatagatttggttcaagtactctggaactttct 417  Q
    || || ||| | || |||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||| | ||| ||| |||||||||| || | || || |||||||||||| |    
44885159 aattcttcaattgtaatagattggtgaatgcacttgtaaaaatgatttttaaattcactgtgtccatgatagatatgatccatgtgctctggaacttttt 44885258  T
418 tctcaatatgccacatacaataatgatgatt 448  Q
     ||||||||||||||| |||||||| |||||    
44885259 cctcaatatgccacatgcaataatggtgatt 44885289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 150; Significance: 4e-79; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 26 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 19330068 - 19329827
Alignment:
26 caaaagtggttttgaattccttgtcttaacattattttctctttccttgttataacgtgcatcaagagccttctcatattgtgtcacaaacttgctcaat 125  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||  ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||  || |||||||||| | ||||    
19330068 caaaagtggttttgaattccttgtcttgacattcttcgctctttccttgatataacgtgcatcaagagtcttctcatacagtatcacaaactttcacaat 19329969  T
126 ggagtacttgaattcaaaaagcccttaaaaaatttattcatactttcactcctttgggtggtggacattccagcacaaaaattgtgacatacataggaat 225  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||      
19329968 ggagtacttgaattcaaaaagccctgaaaaattttattcatagtttcactcctgtgggtggtggacattccagcacaaaaattgccacgtacataggagg 19329869  T
226 gaatccactttgctcgaatggtgtagatcttctttagccatt 267  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
19329868 gaatccattttgctcgaatggagtatatcttctttagccatt 19329827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 67 - 178
Target Start/End: Original strand, 8833011 - 8833122
Alignment:
67 tttccttgttataacgtgcatcaagagccttctcatattgtgtcacaaacttgctcaatggagtacttgaattcaaaaagcccttaaaaaatttattcat 166  Q
    |||||||||| |||| | ||||||||||||| |||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||    
8833011 tttccttgttgtaacattcatcaagagccttttcatgttgtgtcacaaattttctcaatggagtacttgaattgaaaaaatccttaaaaaagttattcat 8833110  T
167 actttcactcct 178  Q
    ||||||||||||    
8833111 actttcactcct 8833122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 60 - 267
Target Start/End: Original strand, 8831558 - 8831762
Alignment:
60 ttttctctttccttgttataacgtgcatcaagagccttctcatattgtgtcacaaacttgctcaatggagtacttgaattcaaaaagcccttaaaaaatt 159  Q
    |||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  | | || |||||||||||| |||||   ||||||||| |    
8831558 ttttctttttcctggttgtaacgtgcatcaagagccttttcatattgtgtcacaaactttttgattgaagtacttgaatt-aaaaaattcttaaaaaact 8831656  T
160 tattcatactttcactcctttgggtggtggacattccagcacaaaaattgtgacatacataggaatgaatccactttgctcgaatggtgtagatcttctt 259  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||| || |||   ||||||||| |||||| |||||    |  |||||| ||||||||||||| ||| || |||||    
8831657 cattcatactttcactcctttgtgtggtagatattttggcacaaaaaatgtgacgtacat--ctagaaatccattttgctcgaatggagtatatattctt 8831754  T
260 tagccatt 267  Q
    || |||||    
8831755 tacccatt 8831762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 60 - 219
Target Start/End: Original strand, 8832079 - 8832237
Alignment:
60 ttttctctttccttgttataacgtgcatcaagagccttctcatattgtgtcacaaacttgctcaatggagtacttgaattcaaaaagcccttaaaaaatt 159  Q
    |||||| ||| || ||| |||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||  | | || |||||||||||| ||||| || |||||||| |    
8832079 ttttcttttttctggttgtaacgtgcatcaagagtctttttatattgtgtcacaaactttttgattgaagtacttgaattaaaaaatcc-ttaaaaaact 8832177  T
160 tattcatactttcactcctttgggtggtggacattccagcacaaaaattgtgacatacat 219  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||| |||||| | ||||||||| | |||| |||||    
8832178 cattcatactttcactcctttgtgtggtagacatttcggcacaaaaaatttgacgtacat 8832237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 60 - 206
Target Start/End: Original strand, 8835273 - 8835421
Alignment:
60 ttttctctttccttgttataacgtgcatcaagagccttctcatattgtg--tcacaaacttgctcaatggagtacttgaattcaaaaagcccttaaaaaa 157  Q
    |||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||| | ||||||||  ||||||||||  | | || |||||||||||| ||||| || | ||||||    
8835273 ttttctttttcctggttgtaacgtgcatcaagagcctttttatattgtgtgtcacaaactttttgattgaagtacttgaattaaaaaatccttaaaaaaa 8835372  T
158 tttattcatactttcactcctttgggtggtggacattccagcacaaaaa 206  Q
     | ||||||||||||||||||||| ||||| |||||| | |||||||||    
8835373 ctcattcatactttcactcctttgtgtggtagacatttcggcacaaaaa 8835421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 367 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 19329789 - 19329710
Alignment:
367 taaacttactatgttcatgatagatttggttcaagtactctggaactttcttctcaatatgccacatacaataatgatga 446  Q
    |||||| |||||||||||| ||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
19329789 taaactcactatgttcatgctagatatggtttaagtactctagaactttcttctcattatgccacatacaataatgatga 19329710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 25 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 8628225 - 8628036
Alignment:
25 gcaaaagtggttttgaattccttgtcttaacattat-tttctctttccttgttataacgtgcatcaagagccttctcatattgtgtcacaaacttgctca 123  Q
    |||||||||| |||||||| |||| ||| | | | | ||| ||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| | | | |   |||| ||||    
8628225 gcaaaagtggctttgaatttcttgcctttaaagtttctttatctttccttattttaacgtgcatcaagagccttttcatactatctta---actttctca 8628129  T
124 at---ggagtacttgaattcaaaaagcccttaaaaaatttattcatactttcactcctttgggtggtggacattccagcacaaaaattgtgac 213  Q
    ||   ||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||| ||||||| |||||||  ||||| | ||||  |||||||||||||||||    
8628128 atattggagtacttgaattcaaaaaatccttaaaaaaattattcttactttctctcctttatgtggtaggcattgtagcacaaaaattgtgac 8628036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 338 - 387
Target Start/End: Original strand, 8835551 - 8835600
Alignment:
338 ttggtgaatgcacttgtgaaattgatttttaaacttactatgttcatgat 387  Q
    ||| ||||||||||||| || |||||||||||| | ||||||||||||||    
8835551 ttgttgaatgcacttgtaaatttgatttttaaattcactatgttcatgat 8835600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0072 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0072
Description:

Target: scaffold0072; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 18 - 58
Target Start/End: Complemental strand, 44 - 4
Alignment:
18 aaagtgcgcaaaagtggttttgaattccttgtcttaacatt 58  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
44 aaagtgcgcaaaagtggttttgaattccttgtcttaacatt 4  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University