View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18993_low_1 (Length: 707)

Name: NF18993_low_1
Description: NF18993
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18993_low_1
NF18993_low_1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (13-689)||(37395155-37395834)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 528; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 528; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 689
Target Start/End: Original strand, 37395155 - 37395834
Alignment:
Q  13 aatattaggatctttaggtttgaaaacggtgaaaatcaaggctatagtcacaattgaaacaatgatgaaaagcattgcagatacactcaaacagattttg 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37395155 aatattaggatctttaggtttgaaaacggtgaaaatcaaggctatagtcacaattgaaacaatgatgaaaagcattgcagatacactcaaacagattttg 37395254  T
Q  113 agtcttgatttagccatggttttggtttttgggtatgaagaggattagaagaaaatgaagatttgcgagaaatcaatgaagaaaatttatctgtgtgaaa 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  37395255 agtcttgatttagccatggttttggtttttgggtatgaagaggattagaagaaaatgaagatttgcgagaaatcaatgaagaaaatttatctgtgtaaaa 37395354  T
Q  213 taatgttgttgatcgtttgttatatagctagaacttgaatttttgattgg-aattttttggataaggaaaatttaggttattggaatatacaattaaatt 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37395355 taatgttgttgatcgtttgttatatagctagaacttgaattttttattggaaattttttggataaggaaaatttaggttattggaatatacaattaaatt 37395454  T
Q  312 agtaannnnnnnnatagagttaatttagaaattaatttatgtgcacggttaatgtcaagattttattcatagtcaattaattatgaatagtcaaatg-nn 410  Q
    |||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  37395455 agtaa-tttttttatagagttaatttagaaattaatttatgtgcacggttaatgtcaagatttttttcatagtcaattaattatgaatagtcaaatgaaa 37395553  T
Q  411 nnnnnnngtattaatttaattattgttaccttgaaaatcacacataagataattttgattgacaatagtaaaacattttacactgataataatgtattaa 510  Q
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37395554 aaaacaagtattaatttaattattgttaccttgaaaatcacacataagataattttgattgacaataataaaacattttacactgataataatgtattaa 37395653  T
Q  511 aattaaattttcnnnnnnnacacgtgaatttatgtgagaatttattgatatatttatgtaggtcaaagtttgttttcctttccatatacttttgatttac 610  Q
    ||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  37395654 aattaaattttctttttttacacgtgaatttatgtgagaatttattgatatatttatgtaggtcaaagtttgtttgcctttccatatacttttgatttac 37395753  T
Q  611 --taaagggaatttttaattgttcaccnnnnnnntttgaattttttaattcaaaaactatctttgatttggttcagttgga 689  Q
      ||||||||||||||||| |||||||       |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  37395754 agtaaagggaatttttaatcgttcaccaaaaaaatttgaattttttaattcaaaaactatttttgatttggttcagttgga 37395834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University