View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18995_low_4 (Length: 490)

Name: NF18995_low_4
Description: NF18995
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18995_low_4
NF18995_low_4
[»] chr4 (19 HSPs)
chr4 (3-474)||(21834046-21834517)
chr4 (98-454)||(53761467-53761816)
chr4 (170-319)||(570478-570624)
chr4 (98-346)||(1548219-1548468)
chr4 (255-346)||(371135-371226)
chr4 (168-347)||(547038-547220)
chr4 (174-292)||(55908575-55908696)
chr4 (246-379)||(570737-570873)
chr4 (244-292)||(1600623-1600671)
chr4 (19-81)||(1548557-1548619)
chr4 (248-286)||(3438419-3438457)
chr4 (160-210)||(3438498-3438548)
chr4 (27-84)||(566101-566158)
chr4 (30-83)||(644746-644799)
chr4 (30-83)||(12121588-12121641)
chr4 (48-84)||(546846-546882)
chr4 (170-210)||(6006455-6006495)
chr4 (404-436)||(10634134-10634166)
chr4 (244-312)||(12121284-12121352)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (97-454)||(19468187-19468544)
chr1 (248-346)||(9586844-9586942)
chr1 (248-347)||(9581276-9581375)
chr1 (404-454)||(33160874-33160924)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (98-425)||(13470446-13470776)
chr3 (98-433)||(51764149-51764484)
chr3 (244-454)||(514407-514623)
chr3 (174-343)||(51113580-51113749)
chr3 (45-84)||(51113911-51113950)
[»] chr6 (28 HSPs)
chr6 (98-425)||(6416021-6416351)
chr6 (98-433)||(6410061-6410402)
chr6 (98-346)||(6589119-6589367)
chr6 (98-356)||(6394919-6395177)
chr6 (98-356)||(6426566-6426824)
chr6 (98-368)||(6432216-6432486)
chr6 (98-301)||(6594447-6594650)
chr6 (102-454)||(14820752-14821107)
chr6 (97-346)||(7119211-7119460)
chr6 (97-346)||(7131689-7131938)
chr6 (170-346)||(10579532-10579708)
chr6 (98-383)||(6423272-6423557)
chr6 (244-454)||(6602887-6603103)
chr6 (98-292)||(7994032-7994226)
chr6 (244-357)||(19632637-19632750)
chr6 (97-229)||(6402914-6403046)
chr6 (171-344)||(8913783-8913955)
chr6 (244-284)||(9411556-9411596)
chr6 (324-391)||(6403162-6403229)
chr6 (172-349)||(6596721-6596898)
chr6 (97-229)||(6585150-6585282)
chr6 (3-86)||(6589451-6589534)
chr6 (14-84)||(6394763-6394833)
chr6 (48-86)||(6603330-6603368)
chr6 (19-84)||(14820597-14820662)
chr6 (40-84)||(6432086-6432130)
chr6 (321-349)||(6585075-6585103)
chr6 (32-84)||(6585367-6585419)
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (98-440)||(10614648-10614993)
chr7 (177-454)||(10169818-10170095)
chr7 (177-454)||(10177343-10177620)
chr7 (322-433)||(10167383-10167494)
chr7 (97-358)||(15091935-15092196)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (246-380)||(17627818-17627952)
chr8 (244-347)||(18315065-18315168)
chr8 (246-348)||(17636188-17636290)
chr8 (244-318)||(32151502-32151576)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (98-358)||(20477866-20478126)
chr5 (244-441)||(32267676-32267879)
chr5 (245-346)||(28525213-28525314)
chr5 (244-292)||(41889401-41889449)
chr5 (244-292)||(41901385-41901433)
chr5 (102-210)||(41889486-41889594)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (174-292)||(1037511-1037632)
chr2 (244-379)||(32785535-32785670)
chr2 (171-229)||(43277373-43277431)
chr2 (48-84)||(45245215-45245251)
[»] scaffold0105 (1 HSPs)
scaffold0105 (244-292)||(645-693)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 420; Significance: 0; HSPs: 19)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 420; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 474
Target Start/End: Complemental strand, 21834517 - 21834046
Alignment:
Q  3 cttaaatgcaaatcccccaaatgaatttctctcagtcgtgtacatttttctaccatatgtttcactcccttctctgtgacataacgtccaacacctgaca 102  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21834517 cttaaatgcaaatcccccaaattaatttctctcagttgtgtacatctttctaccatatgtttcattcccttctctgtgacataacgtccaacacctgaca 21834418  T
Q  103 agttcaacacctccagcatgggaactacaaagttgatactatgtagcttcactttataacaacctgataagttcaaatgcttaatcttacaacatttcct 202  Q
    ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21834417 agtccaacacctccagcttgggaactacaaagttgatactatgtagcttcactttataacaacctgataagttcaaatgcttaatcttacaacatttcct 21834318  T
Q  203 taaaacttcgcaaataccttctgatatctgtatggaagaagtcaaatcaagcagctgcaaattggggaaaattgaagcaaacattatgattctttcatca 302  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21834317 taaaacttcgcaaataccttctgatatctgtgtggaagaagtcaaatcaagcagctgtaaattggggaaaattgaagcaaacattatgattctttcatca 21834218  T
Q  303 tttaaccatgaattgcggcccaaatagagagactttaattgagggtacacaccaaaatccaccaaagattcagaattccctccactcttactcccaatac 402  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||     
T  21834217 tttaaccatgaattgcggcccaaaaagagagactttaattgagggtacacaccaaaatccaccaaagattcagaattccctcgactcttactcccaatat 21834118  T
Q  403 gttccattttgatctcactaagtgaatgacagttcttaacaagtgtaaacaaagaacgttcagtgagcttat 474  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  21834117 gttccattttgatctcactaagcgaatgacagttcttaacaagtgtaaacaaagcacgttcagtgagcttat 21834046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 98 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 53761816 - 53761467
Alignment:
Q  98 tgacaagttcaacacctccagcatgggaactacaaagttgatactatgtagcttcactttataacaacctgataagttcaaatgcttaatcttacaacat 197  Q
    ||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||| || | |  |||||||||| |  ||||  | | ||||||||||||| |||| |||||||||    
T  53761816 tgacaagttcaacgcctctagcttgggaactacaaagttcattccaattagcttcactcttgaacactcggctaagttcaaatgcctaatgttacaacat 53761717  T
Q  198 ttccttaaaacttcgcaaataccttctgatatctgtatggaagaagtcaaatcaagcagctgcaa-------attggggaaaattgaagcaaacattatg 290  Q
     ||||||||||||  ||||||||||  |||||  |   | ||||| | |||||||| || |||||       ||||||||||||||| |||||| |||||    
T  53761716 ctccttaaaacttgacaaatacctttagatattcgatcgcaagaacttaaatcaagtagttgcaacttgcaaattggggaaaattgatgcaaacgttatg 53761617  T
Q  291 attctttcatcatttaaccatgaattgcggcccaaatagagagactttaattgagggtacacaccaaaatccaccaaagattcagaattccctccactct 390  Q
    ||  |||||||| ||||||| |||||   || |||||              |||||||| |||||||  |||| | |||||||||||||| || || |||    
T  53761616 atgttttcatcacttaaccaagaattattgcacaaat--------------tgagggtatacaccaagctccatcgaagattcagaattctctacaatct 53761531  T
Q  391 tactcccaatacgttccattttgatctcactaagtgaatgacagttcttaacaagtgtaaacaa 454  Q
     | |||| || | ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||| ||||||    
T  53761530 cattccctattctttccattttgatctcactaagtgaaggacagtttttagcaagtgcaaacaa 53761467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 170 - 319
Target Start/End: Original strand, 570478 - 570624
Alignment:
Q  170 taagttcaaatgcttaatcttacaacatttccttaaaacttcgcaaataccttctgatatctgtatggaagaagtcaaatcaagcagctgcaaattgggg 269  Q
    ||||||||||||| |||  |||||||||   ||||||||||  |||||||  || ||||||||  || || || | |||||||| | |||||||||||||    
T  570478 taagttcaaatgcctaagtttacaacat---cttaaaacttgacaaatactatcggatatctgattgcaataacttaaatcaagtatctgcaaattgggg 570574  T
Q  270 aaaattgaagcaaacattatgattctttcatcatttaaccatgaattgcg 319  Q
    ||||| |||||||||||||  ||  |||||||| ||||||||| ||||||    
T  570575 aaaatagaagcaaacattaaaatgttttcatcacttaaccatgtattgcg 570624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 98 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 1548468 - 1548219
Alignment:
Q  98 tgacaagttcaacacctccagcatgggaactacaaagttga-tactatgtagcttcactttataacaacctgataagttcaaatgcttaatcttacaaca 196  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||| | ||||||| | | | | |||||||||||||  ||| ||  | ||||||||| ||  |||||||||||||    
T  1548468 tgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagttcagtccaaagtagcttcacttttaaactacgagctaagttcaactgtctaatcttacaaca 1548369  T
Q  197 tttccttaaaacttcgcaaataccttc---tgatatctgtatggaagaagtcaaatcaagcagctgcaaattggggaaaattgaagcaaacattatgatt 293  Q
    |   ||||||||||| |||||||||||   ||||||     || ||  | ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| ||| ||||     
T  1548368 t---cttaaaacttcacaaataccttcgtctgatatgccactgcaattaatcaaatcaagcagttgcaaattggggaaaatcgaagaaaatattttgatg 1548272  T
Q  294 ctttcatcatttaaccatgaattgcggcccaaatagagagactttaattgagg 346  Q
     |||||||  |||| | ||||||| |   |||| |||| ||||||||||||||    
T  1548271 gtttcatctcttaagcgtgaattgtgagtcaaacagagtgactttaattgagg 1548219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 255 - 346
Target Start/End: Original strand, 371135 - 371226
Alignment:
Q  255 agctgcaaattggggaaaattgaagcaaacattatgattctttcatcatttaaccatgaattgcggcccaaatagagagactttaattgagg 346  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||||||| |    ||||||  |||||||||||||| |  ||||||||||||| |||||||||||    
T  371135 agctgcaaattcaggaaaattgaagcaaacattataaggtattcatctcttaaccatgaattgtgagccaaatagagagattttaattgagg 371226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 168 - 347
Target Start/End: Original strand, 547038 - 547220
Alignment:
Q  168 gataagttcaaatgcttaatcttacaacatttccttaaaacttcgcaaatac---cttctgatatctgtatg-gaagaagtcaaatcaagcagctgcaaa 263  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||| || |||||||   |||| ||||| | || |  || || | ||||||||||| ||||||    
T  547038 gataagttcaaatgccttatcttacaacatctccttaaaacatcacaaatactgtcttcagatatgt-tacgacaataacttaaatcaagcagttgcaaa 547136  T
Q  264 ttggggaaaattgaagcaaacattatgattctttcatcatttaaccatgaattgcggcccaaatagagagactttaattgaggg 347  Q
    |||||||| || |||| ||||||| |||| ||||||||  |||  ||||||||     |||||| ||||||||| |||||||||    
T  547137 ttggggaacatggaaggaaacattttgatgctttcatctcttatgcatgaatttttagccaaatggagagacttcaattgaggg 547220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 174 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 55908696 - 55908575
Alignment:
Q  174 ttcaaatgcttaatcttacaacatttccttaaaacttcgcaaataccttct---gatatctgtatggaagaag-tcaaatcaagcagctgcaaattgggg 269  Q
    ||||||||  ||| |||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||   ||||| | ||||| || || |||||||||| |  ||||||||||||    
T  55908696 ttcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttcttcagatatgt-tatggcaggagctcaaatcaagaaattgcaaattgggg 55908598  T
Q  270 aaaattgaagcaaacattatgat 292  Q
    ||||| |||||||||| ||||||    
T  55908597 aaaatggaagcaaacaatatgat 55908575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 246 - 379
Target Start/End: Original strand, 570737 - 570873
Alignment:
Q  246 aaatcaagcagctgcaaattggggaaaattgaagcaaacatt---atgattctttcatcatttaaccatgaattgcggcccaaatagagagactttaatt 342  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||   || ||  |||||||| ||||||||| |||| |  ||||  | |||||||| ||||    
T  570737 aaatcaagtagttgcaaattggggaaaatggaagcaaacattataataatgttttcatcacttaaccatgtattgtgagccaaggatagagacttcaatt 570836  T
Q  343 gagggtacacaccaaaatccaccaaagattcagaatt 379  Q
    ||||| | ||| | ||||| |||||||| | ||||||    
T  570837 gagggcatacagccaaatcaaccaaagaattagaatt 570873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 244 - 292
Target Start/End: Original strand, 1600623 - 1600671
Alignment:
Q  244 tcaaatcaagcagctgcaaattggggaaaattgaagcaaacattatgat 292  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||| | |||||||||||||||||    
T  1600623 tcaaatcaagcagttgcaaattgggaaaattggaagcaaacattatgat 1600671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 19 - 81
Target Start/End: Complemental strand, 1548619 - 1548557
Alignment:
Q  19 ccaaatgaatttctctcagtcgtgtacatttttctaccatatgtttcactcccttctctgtga 81  Q
    |||||| ||||||||||||| | |  || |||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  1548619 ccaaattaatttctctcagttgcgagcagttttcttctatatgtttcactcccttctctgtga 1548557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 248 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 3438457 - 3438419
Alignment:
Q  248 atcaagcagctgcaaattggggaaaattgaagcaaacat 286  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  3438457 atcaagcagctgcaaattggggaaaatagaagaaaacat 3438419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 160 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 3438548 - 3438498
Alignment:
Q  160 aacaacctgataagttcaaatgcttaatcttacaacatttccttaaaactt 210  Q
    ||||||| | ||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||    
T  3438548 aacaaccagctaagttcaaatgtctaatcttacaacatctccttaaaactt 3438498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 84
Target Start/End: Original strand, 566101 - 566158
Alignment:
Q  27 atttctctcagtcgtgtacatttttctaccatatgtttcactcccttctctgtgacat 84  Q
    |||||||||||| |||| || ||||| ||||  |||||||||||||||||||| ||||    
T  566101 atttctctcagttgtgtgcagttttccaccaggtgtttcactcccttctctgtaacat 566158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 30 - 83
Target Start/End: Original strand, 644746 - 644799
Alignment:
Q  30 tctctcagtcgtgtacatttttctaccatatgtttcactcccttctctgtgaca 83  Q
    ||||||||| |||| |||||||| |||| |||||||||||| ||||| ||||||    
T  644746 tctctcagttgtgtgcatttttcaaccacatgtttcactcctttctccgtgaca 644799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 30 - 83
Target Start/End: Complemental strand, 12121641 - 12121588
Alignment:
Q  30 tctctcagtcgtgtacatttttctaccatatgtttcactcccttctctgtgaca 83  Q
    ||||| ||| |||| ||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||    
T  12121641 tctcttagttgtgtgcatttttctaccacatgcttcactcccatctctgtgaca 12121588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 48 - 84
Target Start/End: Original strand, 546846 - 546882
Alignment:
Q  48 ttttctaccatatgtttcactcccttctctgtgacat 84  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  546846 ttttctagcacatgtttcactcccttctctgtgacat 546882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 170 - 210
Target Start/End: Original strand, 6006455 - 6006495
Alignment:
Q  170 taagttcaaatgcttaatcttacaacatttccttaaaactt 210  Q
    ||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||    
T  6006455 taagttcaaatgtctaatcttactacatttccttaaaactt 6006495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 404 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 10634166 - 10634134
Alignment:
Q  404 ttccattttgatctcactaagtgaatgacagtt 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  10634166 ttccattttgatctcactaagtgaaggacagtt 10634134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 244 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 12121352 - 12121284
Alignment:
Q  244 tcaaatcaagcagctgcaaattggggaaaattgaagcaaacattatgattctttcatcatttaaccatg 312  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||  ||||||| | || |||| |||||||| | ||||||||    
T  12121352 tcaaatcaagcaattgcaaattggggaaaacggaagcaatccttttgatgctttcatcttgtaaccatg 12121284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 122; Significance: 2e-62; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 97 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 19468544 - 19468187
Alignment:
Q  97 ctgacaagttcaacacctccagcatgggaactacaaagttgatactatgtagcttcactttataacaacctgataagttcaaatgcttaatcttacaaca 196  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |  | | |||| |||||| |  ||||    | |||||| |||||| |||| ||| ||||    
T  19468544 ctgacaacttcaacacctccagcttgggaactacaaagttcactccaagtagattcactcttgaacagtgggctaagtttaaatgcctaatattagaaca 19468445  T
Q  197 tttccttaaaacttcgcaaataccttctgatatctgtatggaagaagtcaaatcaagcagctgcaaattggggaaaattgaagcaaacattatgattctt 296  Q
      ||||||||||||  ||||| ||||| ||||| ||  || | ||  ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||  ||    
T  19468444 cctccttaaaacttgacaaatgccttccgatatgtggttgcatgagttcaaatcaagcagctgcaaattgggaaaaatggaagcaaacattatgatgttt 19468345  T
Q  297 tcatcatttaaccatgaattgcggcccaaatagagagactttaattgagggtacacaccaaaatccaccaaagattcagaattccctccactcttactcc 396  Q
    |||||  |||||||||||||     |||| |||||| |||||||||||||| | ||||||||||||  |||||| ||||||||| || ||||||||||||    
T  19468344 tcatcgcttaaccatgaattctcagccaagtagagatactttaattgagggaatacaccaaaatccggcaaagaatcagaattctctacactcttactcc 19468245  T
Q  397 caatacgttccattttgatctcactaagtgaatgacagttcttaacaagtgtaaacaa 454  Q
    |||||  ||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| |||||||||||    
T  19468244 caatattttccattttgatctcactaagtgaaggacaattcctaacgagtgtaaacaa 19468187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 248 - 346
Target Start/End: Original strand, 9586844 - 9586942
Alignment:
Q  248 atcaagcagctgcaaattggggaaaattgaagcaaacattatgattctttcatcatttaaccatgaattgcggcccaaatagagagactttaattgagg 346  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||  ||||||||  |||||| |||||||  |||||||| ||||||||    
T  9586844 atcaagcagctgcaaattggggaaaattgaagcaaacattatgatgtttttatctcttaaccattgattgcgacccaaatcaagagacttcaattgagg 9586942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 248 - 347
Target Start/End: Original strand, 9581276 - 9581375
Alignment:
Q  248 atcaagcagctgcaaattggggaaaattgaagcaaacattatgattctttcatcatttaaccatgaattgcggcccaaatagagagactttaattgaggg 347  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||  |||| |||  |||| | |||||||  ||||||||||||||||||    
T  9581276 atcaagcagctgcaaattggggaaaattgaagcaaacattatgatgtttttatctcttaaacattgattgtgacccaaatcaagagactttaattgaggg 9581375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 404 - 454
Target Start/End: Original strand, 33160874 - 33160924
Alignment:
Q  404 ttccattttgatctcactaagtgaatgacagttcttaacaagtgtaaacaa 454  Q
    |||||||||||| |||||||||||| |||||||  ||||||||| ||||||    
T  33160874 ttccattttgatgtcactaagtgaaggacagtttgtaacaagtgaaaacaa 33160924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 117; Significance: 2e-59; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 98 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 13470776 - 13470446
Alignment:
Q  98 tgacaagttcaacacctccagcatgggaactacaaagttgatactatgtagcttcactttataacaacctgataagttcaaatgcttaatcttacaacat 197  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||| || | | ||||||||||||| | ||||   | ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  13470776 tgacaagttcaacacctccagattgggaacaacaaagttcattccaagtagcttcacttttttacaataggctaagttcaaatgcctaatcttacaacat 13470677  T
Q  198 ttccttaaaacttcgcaaataccttctgatatctgtatggaagaagtcaaatcaagcagctgcaaattggggaaaattgaagcaaacattatgattcttt 297  Q
     ||||||||||||  |||||||||| |||||   |  || || || ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| | ||    
T  13470676 atccttaaaacttgacaaataccttttgataagagattgcaacaattcaaatcaagcagctgcaaattggggaaattggaagcaaacattatgatgcctt 13470577  T
Q  298 catcatttaaccatgaattgcggcccaaatagagagactttaattgagggtacacaccaaaatccaccaaagattcagaattccctccactcttac---t 394  Q
    ||||| ||||||||  |||    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  || |||||   |||||||||| || ||||| |||   |    
T  13470576 catcacttaaccattgattttttcccaaatagagagactttaattgagggtatacaccaacctcgaccaatttttcagaattctctacactcatactctt 13470477  T
Q  395 cccaatacgttccattttgatctcactaagt 425  Q
    ||| || | ||||||||||||||||||||||    
T  13470476 ccctattccttccattttgatctcactaagt 13470446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 116; E-Value: 8e-59
Query Start/End: Original strand, 98 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 51764484 - 51764149
Alignment:
Q  98 tgacaagttcaacacctccagcatgggaactacaaagttgatactatgtagcttcactttataacaacctgataagttcaaatgcttaatcttacaacat 197  Q
    ||||||||  |||||||||||| | |||||| ||||||| || | | ||||||||||| |  ||||  | |||| |||||||||| |||||||| |||||    
T  51764484 tgacaagtctaacacctccagcttcggaactgcaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacattcggataggttcaaatgcctaatcttagaacat 51764385  T
Q  198 ttccttaaaacttcgcaaataccttctgatatctgtatggaagaagtcaaatcaagcagctgcaaattggggaaaattgaagcaaacattatgattcttt 297  Q
     ||||||||||||| || | |||||  |||||  |  || ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  51764384 ctccttaaaacttcacagacacctttagatatgcgattgcaagaattaaaatcaagcagctgcaaattggggaaaatggaagcaaacattatgatgcttt 51764285  T
Q  298 catcatttaaccatgaattgcggcccaaatagagagactttaattgagggtacacaccaaaatccaccaaagattcagaattccctccactcttactccc 397  Q
    ||||| ||||||||| |||    |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||| || |||  |   ||||    
T  51764284 catcacttaaccatgtattttcacccagatagagagactttaattgagggtatacaccaaagtccaccaaagaatcagaattctctacacaatccgtccc 51764185  T
Q  398 aatacgttccattttgatctcactaagtgaatgaca 433  Q
    |||   ||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  51764184 aatgttttccattttgatctcaccaagtgaaggaca 51764149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 244 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 514623 - 514407
Alignment:
Q  244 tcaaatcaagcagctgcaaattggggaaaattgaagcaaacattatgattctttcatcatttaaccatgaattgcggcccaaatagagagactttaattg 343  Q
    |||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |   |||||||  |||| ||||||||| |  ||||||||||||| ||||||||    
T  514623 tcaaatcaattagctgcaaattcgggaaaattgaagcaaacattataaggttttcatctcttaagcatgaattgtgagccaaatagagagattttaattg 514524  T
Q  344 agggtacacaccaaaatccaccaaagattcagaattccctccactcttactcccaatacgt------tccattttgatctcactaagtgaatgacagttc 437  Q
    ||||| |||| |||| |||| |||||| |  || ||| || |||  |   ||||||||| |      | |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  514523 agggttcacaacaaagtccaacaaagaattggagttctctacacattgtttcccaatacttgtgtaattcattttgatctcactaagtgaaggacagttc 514424  T
Q  438 ttaacaagtgtaaacaa 454  Q
    |||||||||| ||||||    
T  514423 ttaacaagtgcaaacaa 514407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 174 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 51113749 - 51113580
Alignment:
Q  174 ttcaaatgcttaatcttacaacatttccttaaaacttcgcaaataccttctgatatctgtatggaagaagtcaaatcaagcagctgcaaattggggaaaa 273  Q
    ||||||||| |||| ||||||||| || |||||||||  ||||||||||| |||||||    | ||  ||| |||||||| ||||||| |||||||||||    
T  51113749 ttcaaatgcctaattttacaacatctctttaaaacttgacaaataccttcggatatctcatagcaatgagttaaatcaagaagctgcagattggggaaaa 51113650  T
Q  274 ttgaagcaaacattatgattctttcatcatttaaccatgaattgcggcccaaatagagagactttaattg 343  Q
    | ||||||| ||||||||| || |||||  ||||||||| |||| |  |||| | |||||||||||||||    
T  51113649 tggaagcaatcattatgatgctctcatctcttaaccatggattgtgatccaactggagagactttaattg 51113580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 45 - 84
Target Start/End: Complemental strand, 51113950 - 51113911
Alignment:
Q  45 catttttctaccatatgtttcactcccttctctgtgacat 84  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  51113950 catttttctaccacatgcttcactcccttctctgtgacat 51113911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 93; Significance: 4e-45; HSPs: 28)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 98 - 425
Target Start/End: Original strand, 6416021 - 6416351
Alignment:
Q  98 tgacaagttcaacacctccagcatgggaactacaaagttgatactatgtagcttcactttataacaacctgataagttcaaatgcttaatcttacaacat 197  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||  || | ||||||||||||||| | ||||   | |||||||||||||  |||||||||||||    
T  6416021 tgacaagttcaacacctccaggttgggaactacaaagtccattccatgtagcttcacttttttacaaaaggctaagttcaaatgcccaatcttacaacat 6416120  T
Q  198 ttccttaaaacttcgcaaataccttctgatatctgtatggaagaagtcaaatcaagcagctgcaaattggggaaaattgaagcaaacattatgattcttt 297  Q
     || |||||||||  ||||||||||| ||||   |  |  ||  | ||||||||||||||||||||||||||||  | |||| |||||||||||| | ||    
T  6416121 atctttaaaacttgacaaataccttcagataagagattacaacgattcaaatcaagcagctgcaaattggggaagttggaagaaaacattatgatacctt 6416220  T
Q  298 catcatttaaccatgaattgcggcccaaatagagagactttaattgagggtacacaccaaaatccaccaaagattcagaattccctccactcttac---t 394  Q
    ||||  ||||||||  |||    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||   |||||||||| || ||||| |||   |    
T  6416221 catcgcttaaccatttattttttcccaaatagagagactttaattgagggtatacaccaaactcgaccaatttttcagaattctctacactcatactctt 6416320  T
Q  395 cccaatacgttccattttgatctcactaagt 425  Q
    ||| || | ||||||||||||||| ||||||    
T  6416321 ccctattccttccattttgatctcgctaagt 6416351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 98 - 433
Target Start/End: Original strand, 6410061 - 6410402
Alignment:
Q  98 tgacaagttcaacacctccagcatgggaactacaaagttgatactatgtagcttcactttataacaacctgataagttcaaatgcttaatcttacaacat 197  Q
    |||| |||||||||||| |||| |||||||| ||||||| || | ||||||||||||||| |  |||   | ||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  6410061 tgactagttcaacaccttcagcttgggaacttcaaagttcattccatgtagcttcacttttttgcaataggctaagtccaaatgcttaagcttacaacat 6410160  T
Q  198 ttccttaaaacttcgcaaataccttctgatatctgtatggaagaagtcaaatcaagcagctgcaaattggggaaaattgaagcaaacattatgattcttt 297  Q
    |||  ||||||||  ||||||||||| ||||| ||   | ||   ||||||||||| || || |||||||| ||||| ||||||||||  |||||| |||    
T  6410161 ttctgtaaaacttgacaaataccttcagatatttgctggcaacccgtcaaatcaagtagttgtaaattgggaaaaatggaagcaaacaaaatgattattt 6410260  T
Q  298 catcatttaaccatgaattgcggcccaaatagagagactttaattgagggtacacaccaaaatccaccaaagattcagaattccctccactcttactccc 397  Q
    ||||| ||||| ||| ||||    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||| | ||||| |||| ||||||   ||||    
T  6410261 catcacttaacgatgtattgtaatccaaatagagagactttaattgagggtatacaccaaactcaaccaaagaattagaatgccctacactctctttccc 6410360  T
Q  398 aatac--gttc----cattttgatctcactaagtgaatgaca 433  Q
    |||||  ||||    ||||||||||||| |||||||| ||||    
T  6410361 aatacttgttcttttcattttgatctcattaagtgaaggaca 6410402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 98 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 6589367 - 6589119
Alignment:
Q  98 tgacaagttcaacacctccagcatgggaactacaaagttgatactatgtagcttcactttataacaacctgataagttcaaatgcttaatcttacaacat 197  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | | ||||||||||||| | |||    | ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  6589367 tgacaagttcaacacctccagcatgggaactacaaagttcattccaagtagcttcactttcttacagaaggctaagttcaaatgcctaatcttacaacat 6589268  T
Q  198 ttccttaaaacttcgcaaataccttctgatatctgtatggaagaagtcaaatcaagcagctgcaaattggggaaaattgaagcaaacattatgattcttt 297  Q
     | || || ||||  ||||||||||  ||||| |   |  ||||| | |||||||||| ||  |||||||||||||| |||||||||||||||||  ||     
T  6589267 cttctcaatacttgacaaatacctttagatatgttattacaagaattgaaatcaagcacctctaaattggggaaaatggaagcaaacattatgatatttg 6589168  T
Q  298 catcatttaaccatgaattgcggcccaaatagagagactttaattgagg 346  Q
    ||||| |||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||    
T  6589167 catcacttaaccatgaatttttacccaaatagagagactttaattgagg 6589119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 98 - 356
Target Start/End: Original strand, 6394919 - 6395177
Alignment:
Q  98 tgacaagttcaacacctccagcatgggaactacaaagttgatactatgtagcttcactttataacaacctgataagttcaaatgcttaatcttacaacat 197  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||| || | |||||| ||||||||  ||||    | |||||||||||| |||| ||||||||||    
T  6394919 tgacaagttcaacacctccagctcgggaactgcaaagttcattccatgtagtttcacttttgaacagaaagctaagttcaaatgtttaagcttacaacat 6395018  T
Q  198 ttccttaaaacttcgcaaataccttctgatatctgtatggaagaagtcaaatcaagcagctgcaaattggggaaaattgaagcaaacattatgattcttt 297  Q
    ||| |||||||||  ||||||||||| ||||| |||  | ||   ||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||    
T  6395019 ttctttaaaacttgacaaataccttcagatatttgtgagcaacgtgtcaaatcaagtagctgtaaattggggaaaatggaagtaaacattatgattattt 6395118  T
Q  298 catcatttaaccatgaattgcggcccaaatagagagactttaattgagggtacacacca 356  Q
    ||||  |||||||  ||||    |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||    
T  6395119 catctattaaccagtaatttgtacccaaatagagagagtttaactgagggtatacacca 6395177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 98 - 356
Target Start/End: Original strand, 6426566 - 6426824
Alignment:
Q  98 tgacaagttcaacacctccagcatgggaactacaaagttgatactatgtagcttcactttataacaacctgataagttcaaatgcttaatcttacaacat 197  Q
    |||||| |||||||||||||||  ||||||| ||||||| || | |||||| ||||| ||  ||||    | |||||||||||| |||| ||||||||||    
T  6426566 tgacaaattcaacacctccagctcgggaactgcaaagttcattccatgtagtttcacgtttgaacagaaagctaagttcaaatgtttaagcttacaacat 6426665  T
Q  198 ttccttaaaacttcgcaaataccttctgatatctgtatggaagaagtcaaatcaagcagctgcaaattggggaaaattgaagcaaacattatgattcttt 297  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |    | ||    |||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||  |||    
T  6426666 ttccttaaaacttcacaaataccttcagatatttcacggcaaaccttcaaatcaagtagctgtaaattggggaaaatggaagcatacattatgatgattt 6426765  T
Q  298 catcatttaaccatgaattgcggcccaaatagagagactttaattgagggtacacacca 356  Q
    ||||| ||||||||||||| |  |||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  6426766 catcacttaaccatgaatttctacccagatagagagacttcaattgagggtatacacca 6426824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 98 - 368
Target Start/End: Original strand, 6432216 - 6432486
Alignment:
Q  98 tgacaagttcaacacctccagcatgggaactacaaagttgatactatgtagcttcactttataacaacctgataagttcaaatgcttaatcttacaacat 197  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||| || | |||||||||||||||   ||||   | |||||||||||| ||||  |||||||||    
T  6432216 tgacaagttcaacaccttcagcttgggaacttcaaagttcattccatgtagcttcacttttatacaataggctaagttcaaatgtttaagtttacaacat 6432315  T
Q  198 ttccttaaaacttcgcaaataccttctgatatctgtatggaag-aagtcaaatcaagcagctgcaaattggggaaaattgaagcaaacattatgattctt 296  Q
     ||||||||||||  |||||||||||   |||  | |||  |  ||  |||||||||  | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  6432316 ctccttaaaacttgacaaataccttcatttatacg-atgacaccaacgcaaatcaagatgttgcaaattggggaaaatggaagcaaacattatgatcctt 6432414  T
Q  297 tcatcatttaaccatgaattgcggcccaaatagagagactttaattgagggtacacaccaaaatccaccaaa 368  Q
    ||||   |||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||| ||||| ||||    
T  6432415 tcattccttaaccatgaattgtgacccaaatagagagactttaactgagggtatacatcaatatccaacaaa 6432486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 98 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 6594650 - 6594447
Alignment:
Q  98 tgacaagttcaacacctccagcatgggaactacaaagttgatactatgtagcttcactttataacaacctgataagttcaaatgcttaatcttacaacat 197  Q
    |||||||| ||||||||||||  ||||||||| |||||| || | ||||||||||||| |  |||| || ||||||| ||||||  |||||||| |||||    
T  6594650 tgacaagtacaacacctccagtttgggaactaaaaagtttattccatgtagcttcactcttgaacacccggataagtacaaatgtgtaatcttataacat 6594551  T
Q  198 ttccttaaaacttcgcaaataccttctgatatctgtatggaagaagtcaaatcaagcagctgcaaattggggaaaattgaagcaaacattatgattcttt 297  Q
     ||||||||||||  ||||||||||| ||||| ||   |||| |  ||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||| ||||||  |||    
T  6594550 ctccttaaaacttgacaaataccttcagatatttgatcggaaaacctcaaatcaagcagctccaaagtggggaaaatagaagcaaacaatatgatgtttt 6594451  T
Q  298 catc 301  Q
    ||||    
T  6594450 catc 6594447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 102 - 454
Target Start/End: Original strand, 14820752 - 14821107
Alignment:
Q  102 aagttcaacacctccagcatgggaactacaaagttgatactatgtagcttcactttataacaacctgataagttcaaatgcttaatcttacaacatttcc 201  Q
    |||||||||||||| | | |||||||| ||||||| || | |||||| ||||||    |||||  |  |||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  14820752 aagttcaacacctctaacttgggaactgcaaagttaattccatgtagtttcactcctgaacaaaattctaagttcaaatgtttaagcttacaacatttcc 14820851  T
Q  202 ttaaaacttcgcaaataccttctgatatctgtatggaagaagtcaaatcaagcagctgcaaattggggaaaattgaagcaaacattatgattctttcatc 301  Q
    ||||| |||  ||||||||||| |||||  |    |||      |||||||| ||||  ||||| |||||||| |||||| |||  |||||| |||||||    
T  14820852 ttaaaccttgacaaataccttcagatatagga---gaatcttgtaaatcaagtagctttaaatttgggaaaatggaagcatacaaaatgattatttcatc 14820948  T
Q  302 atttaaccatgaattgcggcccaaatagagagactttaattgagggtacacaccaaaatccaccaaagattcagaattccctccactcttactcccaata 401  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| | || || ||||| || ||||||||| || |||   ||||||||    
T  14820949 atttaaccatgaattgtgacccaaatagagagacttcaattgagggtatacaccatactcaactaaagaatctgaattccctacattctctttcccaata 14821048  T
Q  402 ------cgttccattttgatctcactaagtgaatgacagttcttaacaagtgtaaacaa 454  Q
          | |||||||||||  ||| ||||||||| ||||||| |||| |||| ||||||    
T  14821049 gccgtgcattccattttgacttcaataagtgaataacagttcctaacgagtgaaaacaa 14821107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 97 - 346
Target Start/End: Original strand, 7119211 - 7119460
Alignment:
Q  97 ctgacaagttcaacacctccagcatgggaactacaaagttgatactatgtagcttcactttataacaacctgataagttcaaatgcttaatcttacaaca 196  Q
    |||||||||||||||||||||||  | |||| |||||||| || | | ||||||||||| |  ||||    | |||||||||||| ||||||||| ||||    
T  7119211 ctgacaagttcaacacctccagctggtgaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatcttagaaca 7119310  T
Q  197 tttccttaaaacttcgcaaataccttctgatatctgtatggaagaagtcaaatcaagcagctgcaaattggggaaaattgaagcaaacattatgattctt 296  Q
    | ||||||||||||  ||||||||||| ||||| |   || ||| | |||||||||| || || |||||||||||||  ||||| || ||||  ||| ||    
T  7119311 tctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattggggaaaaaggaagctaatattacaattttt 7119410  T
Q  297 tcatcatttaaccatgaattgcggcccaaatagagagactttaattgagg 346  Q
    |||||| |||||| | |||| |  || ||||||||||||||||| |||||    
T  7119411 tcatcagttaaccgtaaatttctacctaaatagagagactttaactgagg 7119460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 97 - 346
Target Start/End: Original strand, 7131689 - 7131938
Alignment:
Q  97 ctgacaagttcaacacctccagcatgggaactacaaagttgatactatgtagcttcactttataacaacctgataagttcaaatgcttaatcttacaaca 196  Q
    |||||||||||||||||||||||  | |||| |||||||| || | | ||||||||||| |  ||||    | |||||||||||| ||||||||| ||||    
T  7131689 ctgacaagttcaacacctccagctggcgaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatcttagaaca 7131788  T
Q  197 tttccttaaaacttcgcaaataccttctgatatctgtatggaagaagtcaaatcaagcagctgcaaattggggaaaattgaagcaaacattatgattctt 296  Q
    | ||||||||||||  ||||||||||| ||||| |   || ||| | |||||||||| || || |||||||||||||  ||||| || ||||  ||| ||    
T  7131789 tctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattggggaaaaaggaagctaatattacaattttt 7131888  T
Q  297 tcatcatttaaccatgaattgcggcccaaatagagagactttaattgagg 346  Q
    |||||| |||||| | |||| |  || ||||||||||||||||| |||||    
T  7131889 tcatcagttaaccgtaaatttctacctaaatagagagactttaactgagg 7131938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 170 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 10579708 - 10579532
Alignment:
Q  170 taagttcaaatgcttaatcttacaacatttccttaaaacttcgcaaataccttctgatatctgtatggaagaagtcaaatcaagcagctgcaaattgggg 269  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| | | | ||||||   |||||||||| ||||| | |  | ||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  10579708 taagttcaaatgcttaatcttaccacatcttcctgaaacttgaaaaataccttcagatatgtattcgcaagtattcaaatcaagcagctgcaaattgggg 10579609  T
Q  270 aaaattgaagcaaacattatgattctttcatcatttaaccatgaattgcggcccaaatagagagactttaattgagg 346  Q
    ||||  ||||| |||||||| ||  ||||||||  |||| ||||||| |  |||||||||||||| |||||||||||    
T  10579608 aaaaaggaagctaacattataatcatttcatcacgtaacaatgaatttctacccaaatagagagattttaattgagg 10579532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 59; E-Value: 9e-25
Query Start/End: Original strand, 98 - 383
Target Start/End: Original strand, 6423272 - 6423557
Alignment:
Q  98 tgacaagttcaacacctccagcatgggaactacaaagttgatactatgtagcttcactttataacaacctgataagttcaaatgcttaatcttacaacat 197  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||| ||   | ||||||||||||  | ||||   | |||||||||||| |||| || || ||||    
T  6423272 tgacaagttcaacacctccagcttgggaacttaaaagttcattgcacgtagcttcacttgttcacaataggctaagttcaaatgtttaagctcacgacat 6423371  T
Q  198 ttccttaaaacttcgcaaataccttctgatatctgtatgg-aagaagtcaaatcaagcagctgcaaattggggaaaattgaagcaaacattatgattctt 296  Q
    |||| |||||| |  |||||||| ||  |||| || |||| ||    |||||||||| || |  ||||| |||||||| |||||||||||||||||  ||    
T  6423372 ttccgtaaaacatgacaaataccatcaaatatttg-atggcaacccttcaaatcaagtagttttaaattagggaaaatggaagcaaacattatgatgatt 6423470  T
Q  297 tcatcatttaaccatgaattgcggcccaaatagagagactttaattgagggtacacaccaaaatccaccaaagattcagaattccct 383  Q
    |||||| ||||||| ||| ||   ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || || ||||| || |||| ||||    
T  6423471 tcatcacttaaccacgaagtgtaacccaaatagagagactttaattgagggtataccccaaactcaactaaagaatctgaatgccct 6423557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 244 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 6603103 - 6602887
Alignment:
Q  244 tcaaatcaagcagctgcaaattggggaaaattgaagcaaacattatgattctttcatcatttaaccatgaattgcggcccaaatagagagactttaattg 343  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||| |   |||||||||||||||||| ||| | || |||||||| |||||   || ||||||||||||||||||||    
T  6603103 tcaaatcaagtagctgcaaactggggatagaagaagcaaacattatgattttttgaacacttaaccataaattgtcacctaaatagagagactttaattg 6603004  T
Q  344 agggtacacaccaaaatccaccaaagattcagaattccctccactcttactcccaata------cgttccattttgatctcactaagtgaatgacagttc 437  Q
    |||||| | ||||| ||||| || ||| |||  |||| || || |||   ||||||||        ||||||||||||||||||||||||| |||||||     
T  6603003 agggtatataccaatatccatcatagaatcattattctctacattctctttcccaatatctgtgtcttccattttgatctcactaagtgaaggacagttt 6602904  T
Q  438 ttaacaagtgtaaacaa 454  Q
    |||||||||| ||||||    
T  6602903 ttaacaagtgaaaacaa 6602887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 98 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 7994226 - 7994032
Alignment:
Q  98 tgacaagttcaacacctccagcatgggaactacaaagttgatactatgtagcttcactttataacaacctgataagttcaaatgcttaatcttacaacat 197  Q
    ||||| |||||||||||| ||| | |||||||||||||| || |   ||||||||||| |   |||| | | || |||||||||| | ||||||||||||    
T  7994226 tgacatgttcaacacctctagcttcggaactacaaagttcattcctagtagcttcactcttgtacaatcggctatgttcaaatgcctgatcttacaacat 7994127  T
Q  198 ttccttaaaacttcgcaaataccttctgatatctgtatggaagaagtcaaatcaagcagctgcaaattggggaaaattgaagcaaacattatgat 292  Q
    ||||||||||| |  ||||||||||| |||||     || ||||| ||||||| |||| ||||||||| |||||||| | |||||||| ||||||    
T  7994126 ttccttaaaacgtaacaaataccttcagatataccattgcaagaattcaaatcgagcatctgcaaatttgggaaaatggtagcaaacaatatgat 7994032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 244 - 357
Target Start/End: Original strand, 19632637 - 19632750
Alignment:
Q  244 tcaaatcaagcagctgcaaattggggaaaattgaagcaaacattatgattctttcatcatttaaccatgaattgcggcccaaatagagagactttaattg 343  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||| ||||  ||||| |||||| | ||  |||||||| |||||| | |||| || |||||||||||||||||||||||    
T  19632637 tcaaatcaagccgctacaaattgggaaaaaacgaagcgaacattgtaatcttttcatcacttaaccgtaaatttcgacccaaatagagagactttaattg 19632736  T
Q  344 agggtacacaccaa 357  Q
    |||||| |||||||    
T  19632737 agggtatacaccaa 19632750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 97 - 229
Target Start/End: Original strand, 6402914 - 6403046
Alignment:
Q  97 ctgacaagttcaacacctccagcatgggaactacaaagttgatactatgtagcttcactttataacaacctgataagttcaaatgcttaatcttacaaca 196  Q
    |||||||||||||||| || ||   ||||||| ||||||| || | | ||||||||||| |  |||| || | ||||||||||||| |||| ||||||||    
T  6402914 ctgacaagttcaacacttctagttggggaactgcaaagtttattccaagtagcttcactcttgaacacccagttaagttcaaatgcctaatgttacaaca 6403013  T
Q  197 tttccttaaaacttcgcaaataccttctgatat 229  Q
    | ||||||||||||  ||||||||||| |||||    
T  6403014 tctccttaaaacttgacaaataccttcagatat 6403046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 171 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 8913955 - 8913783
Alignment:
Q  171 aagttcaaatgcttaatcttacaacatttccttaaaacttcgcaaataccttctgatatctgtatggaagaagtcaaatcaagcagctgcaaattgggga 270  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||  ||||||||||  ||||| |      || || | ||||||||||  ||||||||||  |    
T  8913955 aagttcaaatgtttaatcttacaacatcttcttaaaacttgacaaatacctttagatatataatctcaataatt-aaatcaagcatatgcaaattggaaa 8913857  T
Q  271 aaattgaagcaaacattatgattctttcatcatttaaccatgaattgcggcccaaatagagagactttaattga 344  Q
    |||| |||||||||||||||||  |||||||  |||||||  |||||   |||||||| |||||||||||||||    
T  8913856 aaatggaagcaaacattatgatgatttcatccgttaaccacaaattgtcacccaaataaagagactttaattga 8913783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 244 - 284
Target Start/End: Original strand, 9411556 - 9411596
Alignment:
Q  244 tcaaatcaagcagctgcaaattggggaaaattgaagcaaac 284  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  9411556 tcaaatcaagcagctgcaaattggggaaaatggaagcaaac 9411596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 324 - 391
Target Start/End: Original strand, 6403162 - 6403229
Alignment:
Q  324 aaatagagagactttaattgagggtacacaccaaaatccaccaaagattcagaattccctccactctt 391  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||  |||||| ||||||||| || |||||||    
T  6403162 aaatagagagactttaactgagggtatacaccaatatccgtcaaagaatcagaattctctacactctt 6403229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 172 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 6596898 - 6596721
Alignment:
Q  172 agttcaaatgcttaatcttacaacatttccttaaaacttcgcaaataccttctgatatctgtatggaagaagtcaaatcaagcagctgcaaattggggaa 271  Q
    ||||||||||||||||||||  |||| |||| |||||||  ||||||||||| || || |   |   ||||   || ||||||||||||||||| || ||    
T  6596898 agttcaaatgcttaatcttatcacatctcctgaaaacttgacaaataccttcagaaatgttattattagaatataagtcaagcagctgcaaattaggaaa 6596799  T
Q  272 aattgaagcaaacattatgattctttcatcatttaaccatgaattgcggcccaaatagagagactttaattgagggta 349  Q
    ||  ||||| ||  |||| ||  |||||| | |||||||  |||| |  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  6596798 aaaggaagctaatcttataatattttcattacttaaccaaaaatttctacccaaatagagagactttaattgagggta 6596721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 97 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 6585282 - 6585150
Alignment:
Q  97 ctgacaagttcaacacctccagcatgggaactacaaagttgatactatgtagcttcactttataacaacctgataagttcaaatgcttaatcttacaaca 196  Q
    ||||||||||||| ||||||| |  || ||||| |||||| || | | ||||||||||| |  |||| || |  |||||||||||| |||| ||| ||||    
T  6585282 ctgacaagttcaatacctccaactgggtaactaaaaagtttattccaagtagcttcactcttgaacacccagtaaagttcaaatgcctaatattaaaaca 6585183  T
Q  197 tttccttaaaacttcgcaaataccttctgatat 229  Q
    | |||||||||| |  ||||||||||| |||||    
T  6585182 tctccttaaaacatgacaaataccttcagatat 6585150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 3 - 86
Target Start/End: Complemental strand, 6589534 - 6589451
Alignment:
Q  3 cttaaatgcaaatcccccaaatgaatttctctcagtcgtgtacatttttctaccatatgtttcactcccttctctgtgacataa 86  Q
    |||||||| | |||||||| || ||| |||   |||||||| || |||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||    
T  6589534 cttaaatgaatatcccccagataaatctcttgaagtcgtgtgcagttttctaccacatgtttcactccctcctccgtgacataa 6589451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 14 - 84
Target Start/End: Original strand, 6394763 - 6394833
Alignment:
Q  14 atcccccaaatgaatttctctcagtcgtgtacatttttctaccatatgtttcactcccttctctgtgacat 84  Q
    ||||||||||| ||| ||||||| | |||| || |||||||||| ||||| ||| ||||| ||||||||||    
T  6394763 atcccccaaattaatctctctcaattgtgtgcagttttctaccacatgttccacacccttttctgtgacat 6394833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 48 - 86
Target Start/End: Complemental strand, 6603368 - 6603330
Alignment:
Q  48 ttttctaccatatgtttcactcccttctctgtgacataa 86  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  6603368 ttttctaccacatgtttcactcctttctctgtgacataa 6603330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 19 - 84
Target Start/End: Original strand, 14820597 - 14820662
Alignment:
Q  19 ccaaatgaatttctctcagtcgtgtacatttttctaccatatgtttcactcccttctctgtgacat 84  Q
    |||||| ||| ||||||||  |||| || |||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  14820597 ccaaattaatctctctcagctgtgtgcagttttttaccacatgtttcacacccttctctgtgacat 14820662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 40 - 84
Target Start/End: Original strand, 6432086 - 6432130
Alignment:
Q  40 gtgtacatttttctaccatatgtttcactcccttctctgtgacat 84  Q
    |||| ||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||    
T  6432086 gtgtgcatttttctaccacaagtttcactcccttctgtgtgacat 6432130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 321 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 6585103 - 6585075
Alignment:
Q  321 cccaaatagagagactttaattgagggta 349  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  6585103 cccaaatagagagactttaattgagggta 6585075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 32 - 84
Target Start/End: Complemental strand, 6585419 - 6585367
Alignment:
Q  32 tctcagtcgtgtacatttttctaccatatgtttcactcccttctctgtgacat 84  Q
    ||||||| |||| ||  ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  6585419 tctcagttgtgtgcaaatttctaccacatgtttcagtcccttctctgtgacat 6585367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 92; Significance: 2e-44; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 98 - 440
Target Start/End: Original strand, 10614648 - 10614993
Alignment:
Q  98 tgacaagttcaacacctccagcatgggaactacaaagttgatactatgtagcttcactttataacaacctgataagttcaaatgcttaatcttacaacat 197  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||| |||| ||| || | | ||||||||||||| | ||||   | ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10614648 tgacaagttcaacacctccagattgggaacaacaacgttcattccaagtagcttcacttttttacaataggctaagttcaaatgcctaatcttacaacat 10614747  T
Q  198 ttccttaaaacttcgcaaataccttctgatatctgtatggaagaagtcaaatcaagcagctgcaaattggggaaaattgaagcaaacattatgattcttt 297  Q
     ||||||||||||  |||||||||||  |||   |  || ||  | ||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||| |||| || | ||    
T  10614748 atccttaaaacttgacaaataccttcatataagagattgcaacgattcaaatcaagcagttgcaaattggggaaattggaagcaaactttataatgcctt 10614847  T
Q  298 catcatttaaccatgaattgcggcccaaatagagagactttaattgagggtacacaccaaaatccaccaaagattcagaattccctccactcttac---t 394  Q
    ||||  |||||||   |||    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||| || ||||||||| || ||||| |||   |    
T  10614848 catcgcttaaccactgattttttcccaaatagagagactttaattgagggtatacaccaaactccgccaatgaatcagaattctctacactcgtactctt 10614947  T
Q  395 cccaatacgttccattttgatctcactaagtgaatgacagttctta 440  Q
    |||||| | |||||||||||| |||| ||||  | |||||||||||    
T  10614948 cccaattccttccattttgatttcaccaagtagaggacagttctta 10614993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 177 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 10170095 - 10169818
Alignment:
Q  177 aaatgcttaatcttacaacatttccttaaaacttcgcaaataccttctgatatctgtatggaagaagtcaaatcaagcagctgcaaattggggaaaattg 276  Q
    |||||| |||| ||| ||||  ||||||||||||  ||||| ||||| ||||| ||  || ||||  ||||||||| ||||| |||||| || ||||| |    
T  10170095 aaatgcctaatattagaacacctccttaaaacttgacaaatgccttccgatatgtgattgcaagagttcaaatcaaacagcttcaaattaggaaaaatgg 10169996  T
Q  277 aagcaaacattatgattctttcatcatttaaccatgaattgcggcccaaatagagagactttaattgagggtacacaccaaaatccaccaaagattcaga 376  Q
    ||| ||||||||||||   ||||||  ||| ||||| ||||    |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||  |||||| |||||    
T  10169995 aagaaaacattatgatgtgttcatcccttacccatgtattgtaagccaaatagagagacttcaattgagggtatacaccaaaatccggcaaagaatcaga 10169896  T
Q  377 attccctccactcttactcccaatacgttccattttgatctcactaagtgaatgacagttcttaacaagtgtaaacaa 454  Q
    |||  ||  |||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| |||| ||||||    
T  10169895 attgtctaaactcttactccctatattttccattttgatctcactaagtgaaggacaattcctaacgagtgcaaacaa 10169818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 177 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 10177620 - 10177343
Alignment:
Q  177 aaatgcttaatcttacaacatttccttaaaacttcgcaaataccttctgatatctgtatggaagaagtcaaatcaagcagctgcaaattggggaaaattg 276  Q
    |||||| |||| ||| ||||  ||||||||||||  ||||| ||||| ||||| ||  || ||||  ||||||||| ||||| |||||| || ||||| |    
T  10177620 aaatgcctaatattagaacacctccttaaaacttgacaaatgccttccgatatgtgattgcaagagttcaaatcaaacagcttcaaattaggaaaaatgg 10177521  T
Q  277 aagcaaacattatgattctttcatcatttaaccatgaattgcggcccaaatagagagactttaattgagggtacacaccaaaatccaccaaagattcaga 376  Q
    ||| ||||||||||||   ||||||  ||| ||||| ||||    |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||  |||||| |||||    
T  10177520 aagaaaacattatgatgtgttcatcccttacccatgtattgtaagccaaatagagagacttcaattgagggtatacaccaaaatccggcaaagaatcaga 10177421  T
Q  377 attccctccactcttactcccaatacgttccattttgatctcactaagtgaatgacagttcttaacaagtgtaaacaa 454  Q
    |||  ||  |||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| |||| ||||||    
T  10177420 attgtctaaactcttactccctatattttccattttgatctcactaagtgaaggacaattcctaacgagtgcaaacaa 10177343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 322 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 10167494 - 10167383
Alignment:
Q  322 ccaaatagagagactttaattgagggtacacaccaaaatccaccaaagattcagaattccctccactcttactcccaatacgttccattttgatctcact 421  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||  |||||| ||||||||  ||  |||||||||||| |||  ||||||||||||||||||    
T  10167494 ccaaatagagagacttcaattgagggtatacaccaaaatccggcaaagaatcagaattgtctaaactcttactccctatattttccattttgatctcact 10167395  T
Q  422 aagtgaatgaca 433  Q
    ||||||| ||||    
T  10167394 aagtgaaggaca 10167383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 59; E-Value: 9e-25
Query Start/End: Original strand, 97 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 15092196 - 15091935
Alignment:
Q  97 ctgacaagttcaacacctccagcatgggaactacaaagttgatactatgtagcttcactttataacaacctgataagttcaaatgcttaatcttacaaca 196  Q
    ||||||| |||||||||||||||  ||||||| ||||||| || | |||||| |||||  |  |||| || | |||||||||||| |||| |||| ||||    
T  15092196 ctgacaaattcaacacctccagctcgggaactgcaaagttcattccatgtagtttcacacttaaacatccagttaagttcaaatgtttaagcttataaca 15092097  T
Q  197 tttccttaaaacttcgcaaataccttctgatatctgtatgg-aagaagtcaaatcaagcagctgcaaattggggaaaattgaagcaaacattatgattct 295  Q
    ||||||||||||||   |||||||||  ||||| | ||| | ||  |  ||||||||| ||||  || ||||||||||| |||||||  ||| ||||  |    
T  15092096 tttccttaaaacttgagaaataccttgagatatgt-tatagcaatgacccaaatcaagtagctctaagttggggaaaatggaagcaagtattctgatgat 15091998  T
Q  296 ttcatcatttaaccatgaattgcggcccaaatagagagactttaattgagggtacacaccaaa 358  Q
    ||||||| ||||||   ||||| |  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  15091997 ttcatcacttaaccggtaattgtgagccaaatagagagactttaattgagggtatacaccaaa 15091935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 47; Significance: 1e-17; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 246 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 17627952 - 17627818
Alignment:
Q  246 aaatcaagcagctgcaaattggggaaaattgaagcaaacattatgattctttcatcatttaaccatgaattgcggcccaaatagagagactttaattgag 345  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||  |||||||   || | ||||||||    ||||||||||||| ||||||||||    
T  17627952 aaatcaagcagttgcaaattggggaaaatggaagcaaacattttgatgttttcatcgcatagcaatgaattgaaagccaaatagagagattttaattgag 17627853  T
Q  346 ggtacacaccaaaatccaccaaagattcagaattc 380  Q
    ||   ||| | |||||||||||||| | |||||||    
T  17627852 ggcttacaacgaaatccaccaaagaattagaattc 17627818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 244 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 18315168 - 18315065
Alignment:
Q  244 tcaaatcaagcagctgcaaattggggaaaattgaagcaaacattatgattctttcatcatttaaccatgaattgcggcccaaatagagagactttaattg 343  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||| ||| |||| ||||| ||  |||||||||||||||     |||  |||||||||||||||    
T  18315168 tcaaatcaagcaactgcaaattggggaaaatggaagaaaatattttgatgctttcctctcttaaccatgaattgcaagtaaaacggagagactttaattg 18315069  T
Q  344 aggg 347  Q
    ||||    
T  18315068 aggg 18315065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 246 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 17636290 - 17636188
Alignment:
Q  246 aaatcaagcagctgcaaattggggaaaattgaagcaaacattatgattctttcatcatttaaccatgaattgcggcccaaatagagagactttaattgag 345  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | | | | | ||||||  ||||||||  ||||||||||||||     ||||| ||||||||| |||||||    
T  17636290 aaatcaagcagctgcaaattggggaaaatggtatcgagctttatgaggctttcatctcttaaccatgaattgtaaggcaaatggagagacttaaattgag 17636191  T
Q  346 ggt 348  Q
    |||    
T  17636190 ggt 17636188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 244 - 318
Target Start/End: Original strand, 32151502 - 32151576
Alignment:
Q  244 tcaaatcaagcagctgcaaattggggaaaattgaagcaaacattatgattctttcatcatttaaccatgaattgc 318  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||| ||||  | ||||   |||||||||||||||    
T  32151502 tcaaatcaagcagttgcaaattagggaaaatggaagcaaacattttgatgttatcatatgttaaccatgaattgc 32151576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 45; Significance: 2e-16; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 98 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 20478126 - 20477866
Alignment:
Q  98 tgacaagttcaacacctccagcatgggaactacaaagttgatactatgtagcttcactttataacaacctgataagttcaaatgcttaatcttacaacat 197  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||| ||||| ||| || | | |||||||| || |   ||| || | ||||||||||||| | | ||||||||||    
T  20478126 tgacaagttcaacacctccagctggggaattacaacgtttattccaagtagcttcgctcttcgacatccagctaagttcaaatgccttaacttacaacat 20478027  T
Q  198 ttccttaaaacttcgcaaataccttctgatatctgtatggaagaagtcaaatcaagcagctgcaaattggggaaaattgaagcaaacattatgattcttt 297  Q
     || |||| | ||  |||||| |||| |||||  |  || |  |||  ||||||||  | |||||||||||||| || |||||||| ||||| ||| |||    
T  20478026 ctcgttaagaattgacaaatatcttcagatatacgattgcaccaaggaaaatcaagatgttgcaaattggggaacatagaagcaaatattattattattt 20477927  T
Q  298 catcatttaaccatgaattgcggcccaaatagagagactttaattgagggtacacaccaaa 358  Q
    ||||| ||||||||| |||  | ||||| ||||||||||| ||| |||| || ||||||||    
T  20477926 catcacttaaccatggattatgacccaagtagagagacttcaatcgaggatatacaccaaa 20477866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 244 - 441
Target Start/End: Original strand, 32267676 - 32267879
Alignment:
Q  244 tcaaatcaagcagctgcaaattggggaaaattgaagcaaacattatgattctttcatcatttaaccatgaattgcggcccaaatagagagactttaattg 343  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||| |||  ||||   |||||||  || ||||| |||| |  |||||   ||| ||||||||||    
T  32267676 tcaaatcaagcagctgcaaattggagaagatggaagcaagcatggtgatatattcatcaaatagccatggattgtgagccaaacgaagatactttaattg 32267775  T
Q  344 agggtacacaccaaaatccaccaaagattcagaattccctccactcttactcccaatac------gttccattttgatctcactaagtgaatgacagttc 437  Q
    |||| |  || ||||||||| |||||||| |||| || ||  ||||||  |||||||||      |||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  32267776 agggcaagcaacaaaatccatcaaagatttagaactctctagactctttttcccaatacatgtgtgttccattttgatctcactaagtgaagggcagttc 32267875  T
Q  438 ttaa 441  Q
    ||||    
T  32267876 ttaa 32267879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 245 - 346
Target Start/End: Original strand, 28525213 - 28525314
Alignment:
Q  245 caaatcaagcagctgcaaattggggaaaattgaagcaaacattatgattctttcatcatttaaccatgaattgcggcccaaatagagagactttaattga 344  Q
    ||||| ||||| || ||||||| ||||||| ||||||||| |||||||  |||| ||  ||||||||||||||   | ||||| ||||||||||||||||    
T  28525213 caaattaagcacctccaaattgtggaaaatggaagcaaaccttatgatattttcgtcccttaaccatgaattgtcacacaaattgagagactttaattga 28525312  T
Q  345 gg 346  Q
    ||    
T  28525313 gg 28525314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 244 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 41889449 - 41889401
Alignment:
Q  244 tcaaatcaagcagctgcaaattggggaaaattgaagcaaacattatgat 292  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  41889449 tcaaatcaagtagctgcaaattagggaaaatggaagcaaacattatgat 41889401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 244 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 41901433 - 41901385
Alignment:
Q  244 tcaaatcaagcagctgcaaattggggaaaattgaagcaaacattatgat 292  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||    
T  41901433 tcaaatcaagcagctgcaaattggggaaaatggaagcgaacattgtgat 41901385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 102 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 41889594 - 41889486
Alignment:
Q  102 aagttcaacacctccagcatgggaactacaaagttgatactatgtagcttcactttataacaacctgataagttcaaatgcttaatcttacaacatttcc 201  Q
    ||||||||||||||||   ||||||||  |||||| ||   | ||||||||||| |  |||| || |||||||||||||   |||| ||||||||| |||    
T  41889594 aagttcaacacctccaatttgggaactttaaagttcatttcaagtagcttcactattgaacatccggataagttcaaatatctaatgttacaacatatcc 41889495  T
Q  202 ttaaaactt 210  Q
    |||||||||    
T  41889494 ttaaaactt 41889486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000005; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 174 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 1037632 - 1037511
Alignment:
Q  174 ttcaaatgcttaatcttacaacatttccttaaaacttcgcaaataccttct---gatatctgtatggaagaag-tcaaatcaagcagctgcaaattgggg 269  Q
    ||||||||  ||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||   ||||| | ||||| || || |||||||||| |  ||||||||||||    
T  1037632 ttcaaatgtctaaccttacaacatctccttaaaacttcacaaataccttcttcagatatgt-tatggcaggagctcaaatcaagaaattgcaaattgggg 1037534  T
Q  270 aaaattgaagcaaacattatgat 292  Q
    ||||| |||||||||| ||||||    
T  1037533 aaaatggaagcaaacaatatgat 1037511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 244 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 32785670 - 32785535
Alignment:
Q  244 tcaaatcaagcagctgcaaattggggaaaattgaagcaaacattatgattctttcatcatttaaccatgaattgcggcccaaatagagagactttaattg 343  Q
    |||||||||| || ||||||||||  ||||| |||| ||||||  |||| ||||||||  |||||||  |||||||  |||||| |||| ||||||||||    
T  32785670 tcaaatcaagtagttgcaaattggaaaaaatagaagaaaacatcctgatgctttcatctcttaaccaataattgcgagccaaatggagaaactttaattg 32785571  T
Q  344 agggtacacaccaaaatccaccaaagattcagaatt 379  Q
    ||||   ||| ||||||||| |||||| | ||||||    
T  32785570 agggattacaacaaaatccatcaaagaattagaatt 32785535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 171 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 43277431 - 43277373
Alignment:
Q  171 aagttcaaatgcttaatcttacaacatttccttaaaacttcgcaaataccttctgatat 229  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||  ||||| ||| |||||    
T  43277431 aagttcaaatgcgtaattttacaacatctccttaaaacttcgacaatacattcagatat 43277373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 48 - 84
Target Start/End: Complemental strand, 45245251 - 45245215
Alignment:
Q  48 ttttctaccatatgtttcactcccttctctgtgacat 84  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  45245251 ttttctaccacatgtttcactcccttatctgtgacat 45245215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0105 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0105
Description:

Target: scaffold0105; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 244 - 292
Target Start/End: Original strand, 645 - 693
Alignment:
Q  244 tcaaatcaagcagctgcaaattggggaaaattgaagcaaacattatgat 292  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||| | ||||||||||||| ||||    
T  645 tcaaatcaagtagctgcaaatttgggaatactgaagcaaacattttgat 693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University