View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18996_high_2 (Length: 650)

Name: NF18996_high_2
Description: NF18996
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18996_high_2
NF18996_high_2
[»] scaffold0045 (1 HSPs)
scaffold0045 (16-633)||(26429-27047)
[»] scaffold0479 (2 HSPs)
scaffold0479 (301-483)||(2660-2845)
scaffold0479 (25-263)||(2307-2540)
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (301-483)||(41481539-41481724)
chr8 (301-483)||(36167538-36167722)
chr8 (23-262)||(36167185-36167418)
chr8 (308-483)||(18951211-18951389)
chr8 (22-262)||(41481185-41481419)
chr8 (29-260)||(18951520-18951748)
chr8 (51-259)||(18965848-18966053)
[»] chr7 (21 HSPs)
chr7 (301-483)||(4835664-4835849)
chr7 (301-483)||(25857220-25857404)
chr7 (301-483)||(4842739-4842924)
chr7 (308-485)||(13465046-13465225)
chr7 (308-483)||(24379370-24379547)
chr7 (326-492)||(17845803-17845969)
chr7 (22-262)||(4843047-4843282)
chr7 (22-262)||(25857526-25857766)
chr7 (301-483)||(27341025-27341205)
chr7 (52-260)||(13466025-13466232)
chr7 (301-437)||(4603601-4603736)
chr7 (59-262)||(27341327-27341531)
chr7 (22-139)||(4836060-4836177)
chr7 (51-254)||(17845466-17845667)
chr7 (301-378)||(38994237-38994314)
chr7 (193-262)||(4835972-4836041)
chr7 (25-259)||(24379671-24379894)
chr7 (123-262)||(38994437-38994578)
chr7 (54-113)||(4603262-4603321)
chr7 (193-262)||(4603410-4603479)
chr7 (53-153)||(38994594-38994695)
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (301-483)||(54967301-54967486)
chr3 (301-483)||(39298727-39298908)
chr3 (301-483)||(44782615-44782800)
chr3 (301-483)||(54979933-54980118)
chr3 (51-262)||(39298390-39298603)
chr3 (51-263)||(54980239-54980446)
chr3 (25-263)||(54967607-54967840)
chr3 (60-260)||(17645401-17645604)
chr3 (301-487)||(17645718-17645897)
chr3 (52-262)||(44782920-44783125)
chr3 (355-485)||(18556392-18556524)
chr3 (388-538)||(50603225-50603377)
[»] chr4 (11 HSPs)
chr4 (302-483)||(9757303-9757488)
chr4 (301-483)||(42682924-42683107)
chr4 (302-485)||(37286972-37287156)
chr4 (65-262)||(42683229-42683427)
chr4 (193-258)||(9757604-9757669)
chr4 (52-153)||(3346345-3346446)
chr4 (193-262)||(37287281-37287350)
chr4 (51-163)||(37287352-37287464)
chr4 (52-139)||(38394084-38394171)
chr4 (193-254)||(3346456-3346517)
chr4 (61-101)||(9757747-9757787)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (301-481)||(37037855-37038035)
chr2 (56-159)||(37037555-37037658)
chr2 (193-262)||(37037664-37037733)
[»] scaffold0003 (2 HSPs)
scaffold0003 (301-437)||(342354-342491)
scaffold0003 (24-262)||(342613-342851)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (310-548)||(33807965-33808197)
chr5 (310-548)||(33811619-33811851)
chr5 (310-548)||(33816537-33816769)
chr5 (308-483)||(16698427-16698601)
chr5 (83-262)||(16698118-16698298)
chr5 (26-113)||(22764036-22764123)
chr5 (361-483)||(22763905-22764029)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (358-483)||(22981494-22981621)
chr6 (358-483)||(23806787-23806914)
chr6 (442-529)||(31151961-31152050)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (302-483)||(27642043-27642225)
chr1 (51-154)||(27641341-27641444)
chr1 (445-552)||(29706866-29706975)


Alignment Details
Target: scaffold0045 (Bit Score: 536; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0045
Description:

Target: scaffold0045; HSP #1
Raw Score: 536; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 633
Target Start/End: Complemental strand, 27047 - 26429
Alignment:
Q  16 atcactaattgtggggtccaactattgccactccaccaacatacatttgacaaaatgaaaggttgcatgtgatgacaagtagtaaggtgtatggtgtaca 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  27047 atcactaattgtggggtccaactattgccacgccgccaacatacatttgacaaaatgaaaggttgcatgtgatgacaagtagcaaggtgtatggtgtaca 26948  T
Q  116 aatagtatagtgtatgagtaacacgtgttatgatgcatgtattgcaagagatacatg--gtggtgcatgtgttgctaccgacacttggtgttttgcatga 213  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  26947 aatagtgtagtgtatgagtaacacgtgttatgatgcatgtattgcaagagatacatggtgtggtgcatgtgttgcaactgacacttggtgttttgcatga 26848  T
Q  214 aaggaaaataacaagtgtcttcatgcatgtgaggcaactttggcttgctcaaaagataaaagtgatctgcatagctagagnnnnnnngtgagaaaaatag 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||       ||||| |||||||    
T  26847 aaggaaaataacaagtgtcttcatgcatgtgaggcaactttggcttgctcaaaagataaaagtgatccgcatagctagagtttttttgtgag-aaaatag 26749  T
Q  314 tgagccaatttgtgagagtgttccttacaaattgagagataaattgtagtgagatccacctaagggtggagtagttgtattctcgttatcattagagtgg 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26748 tgagccaatttgtgagagtgttccttacaaattgagagataaattgtagtgagatccacctaagggtggagtagttgtattctcgttatcattagagtgg 26649  T
Q  414 aagtttaagaggcccaagggtcccaaagtttttccttactcacattgaaaaggttttccaccctaaaattttgttgtgttattttacattttcgctaaag 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  26648 aagtttaagaggcccaagggtcccgtagtttttccttactcacattgaaaaggttttccaccctaaaattttgttgtgttattttacgttttcgctaaag 26549  T
Q  514 tgtctattttgagttctcgaaggagggagattatggaggtctatcacatctatcatattcgtctctttctttttctcacattgtgttattggggtgcttg 613  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26548 tgtctattttgagttcacgaaggagggagattatggaggtctatcacatctatcatattcgtctctttctttttctcacattgtgttattggggtgcttg 26449  T
Q  614 gatgttcaccacacattttc 633  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  26448 gatgttcaccacacattttc 26429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0479 (Bit Score: 111; Significance: 1e-55; HSPs: 2)
Name: scaffold0479
Description:

Target: scaffold0479; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 301 - 483
Target Start/End: Original strand, 2660 - 2845
Alignment:
Q  301 gtgagaaaaatagtgagccaatttgtgagagtgttccttacaaattgagagataaattgtagtgagatccacctaagggtggagtagttgtattctcgtt 400  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| | ||    
T  2660 gtgagagaaatagtgagccaatttgtgagagcgttccttacaaattgagagatatattgtagtgagatccacctaagggtgaagttgttgtattcccatt 2759  T
Q  401 atcattagagtggaag-tttaagaggcccaagggtcccaaagttttt--ccttactcacattgaaaaggttttccaccctaaaatt 483  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||   ||||||  |||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  2760 atcattatagtggaagttttaagaggcccaagggtcccgtggttttttccctttctcacattgagaaggttttccacgctaaaatt 2845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0479; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 25 - 263
Target Start/End: Original strand, 2307 - 2540
Alignment:
Q  25 tgtggggtccaactattgccactccaccaacatacatttgacaaaatgaaaggttgcatgtgatgacaagtagtaaggtgtatggtgtacaaatagtata 124  Q
    ||||||||||| | ||||||||    |||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||| ||| || |||||||||| || || ||    
T  2307 tgtggggtccagccattgccacatgtccaacatacatttgacaagatggaaggtttcatgtgatgacaagtagcaagatgcatggtgtacacatggtgta 2406  T
Q  125 gtgtatgagtaacacgtgttatgatgcatgtattgcaagagatacatg--gtggtgcatgtgttgctaccgacacttggtgttttgcatgaaaggaaaat 222  Q
    ||||||||||||||| || | | |||||||       ||||| || ||  ||||||||||  |||| |  |||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  2407 gtgtatgagtaacacatggtgtaatgcatg-------agagacacttggtgtggtgcatgcattgcaagggacacttggtgtcttgcatgaaaggcaaat 2499  T
Q  223 aacaagtgtcttcatgcatgtgaggcaactttggcttgctc 263  Q
     |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  2500 gacaagtgtcttcatgcatgtaaggcaactttggcttgctc 2540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 111; Significance: 1e-55; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 301 - 483
Target Start/End: Original strand, 41481539 - 41481724
Alignment:
Q  301 gtgagaaaaatagtgagccaatttgtgagagtgttccttacaaattgagagataaattgtagtgagatccacctaagggtggagtagttgtattctcgtt 400  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| | ||    
T  41481539 gtgagagaaatagtgagccaatttgtgagagtgttccttacaaattgagagatatattgtagtgagatccacctaagggtgaagttgttgtattcccatt 41481638  T
Q  401 atcattagagtggaag-tttaagaggcccaagggtcccaaagttttt--ccttactcacattgaaaaggttttccaccctaaaatt 483  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||   ||||||  |||| |||| ||||| |||||||||||| ||||||||    
T  41481639 atcattatagtggaagttttaagaggcccaagggtcccgtggttttttccctttctcatattgagaaggttttccacgctaaaatt 41481724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 301 - 483
Target Start/End: Original strand, 36167538 - 36167722
Alignment:
Q  301 gtgagaaaaatagtgagccaatttgtgagagtgttccttacaaattgagagataaattgtagtgagatccacctaagggtggagtagttgtattctcgtt 400  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| | ||    
T  36167538 gtgagagaaatagtgagccaatttgtgagagtgttccttacaaattgagagatatattatagtgagatccacctaagggtgaagttgttgtattcccatt 36167637  T
Q  401 atcattagagtggaag-tttaagaggcccaagggtcccaaagttttt-ccttactcacattgaaaaggttttccaccctaaaatt 483  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||     ||||| |||| |||| ||||| |||||||||||| ||||||||    
T  36167638 atcattatagtggaagttttaagaggcccaagggtccgtggttttttccctttctcatattgagaaggttttccacgctaaaatt 36167722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 23 - 262
Target Start/End: Original strand, 36167185 - 36167418
Alignment:
Q  23 attgtggggtccaactattgccactccaccaacatacatttgacaaaatgaaaggttgcatgtgatgacaagtagtaaggtgtatggtgtacaaatagta 122  Q
    ||||||||||||| | ||||||||    |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||| || ||     
T  36167185 attgtggggtccagccattgccacatgtccaacatacatttgacaagatggaaggttgcatgtgatgacaagtagcaagatgcatggtgtacacatggtg 36167284  T
Q  123 tagtgtatgagtaacacgtgttatgatgcatgtattgcaagagatacatg--gtggtgcatgtgttgctaccgacacttggtgttttgcatgaaaggaaa 220  Q
    ||||||||||||||||| |||| | |||||||       ||||| || ||  ||||||||||   ||| |  ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  36167285 tagtgtatgagtaacacatgttgtaatgcatg-------agagacacttggtgtggtgcatgcaatgcaagggacacttggtg-tttgcatgaaaggaaa 36167376  T
Q  221 ataacaagtgtcttcatgcatgtgaggcaactttggcttgct 262  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  36167377 ataacaaatgtcttcatgcatgtaaggcaactttggcttgct 36167418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 88; E-Value: 6e-42
Query Start/End: Original strand, 308 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 18951389 - 18951211
Alignment:
Q  308 aaatagtgagccaatttgtgagagtgttccttacaaattgagagataaattgtagtgagatccacctaagggtggagtagttgtattctcgttatcatta 407  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||| | |||||||||    
T  18951389 aaataatgagccaatttgtgagagtgttccttacaaattgagagataaattatagtgagatcaacctaagggtgaagttgttgtattcccattatcatta 18951290  T
Q  408 gagtggaag-tttaagaggcccaagggtcccaaagttttt--ccttactcacattgaaaaggttttccaccctaaaatt 483  Q
     |||||||| ||||||| |||||| |||| |   ||||||  |||| |||||||||| |||||||||||  ||||||||    
T  18951289 tagtggaagttttaagaagcccaaaggtctcgtggttttttccctttctcacattgagaaggttttccatgctaaaatt 18951211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 22 - 262
Target Start/End: Original strand, 41481185 - 41481419
Alignment:
Q  22 aattgtggggtccaactattgccactccaccaacatacatttgacaaaatgaaaggttgcatgtgatgacaagtagtaaggtgtatggtgtacaaatagt 121  Q
    |||||||||||||| | ||||| ||    |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||| || ||    
T  41481185 aattgtggggtccagccattgctacatgtccaacatacatttgacaagatggaaggttgcatgtgatgacaagtagcaagatgcatggtgtacacatggt 41481284  T
Q  122 atagtgtatgagtaacacgtgttatgatgcatgtattgcaagagatacatg--gtggtgcatgtgttgctaccgacacttggtgttttgcatgaaaggaa 219  Q
     ||||||||||||||||| |||| | |||||||       ||||| || ||  ||||||||||  |||| |  ||||||||||| ||||||||||||| |    
T  41481285 gtagtgtatgagtaacacatgttgtaatgcatg-------agagacacttggtgtggtgcatgcattgcaatggacacttggtg-tttgcatgaaaggta 41481376  T
Q  220 aataacaagtgtcttcatgcatgtgaggcaactttggcttgct 262  Q
    ||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  41481377 aattacaaatgtcttcatgcatgtaaggcaactttggcttgct 41481419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 29 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 18951748 - 18951520
Alignment:
Q  29 gggtccaactattgccactccaccaacatacatttgacaaaatgaaaggttgcatgtgatgacaagtagtaaggtgtatggtgtacaaatagtatagtgt 128  Q
    ||||||| | ||||||||   ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||| || |||||||||| || || ||||||    
T  18951748 gggtccagccattgccacatgaccaacatacatttgacaaaatggaaggttgcatgtgatgaaaagtagcaagatgcatggtgtacacatggtgtagtgt 18951649  T
Q  129 atgagtaacacgtgttatgatgcatgtattgcaagagatacatg--gtggtgcatgtgttgctaccgacacttggtgttttgcatgaaaggaaaataaca 226  Q
    |||||| |||| |||| || |||||||     ||| || || ||  ||||||||||  |||| |  |||| |||||| |||||||||||||||||| |||    
T  18951648 atgagtgacacatgttgtggtgcatgt-----aagggacacttggtgtggtgcatgcattgcaagggacaattggtgatttgcatgaaaggaaaatgaca 18951554  T
Q  227 agtgtcttcatgcatgtgaggcaactttggcttg 260  Q
    |||||  |||||||||| ||||| ||||||||||    
T  18951553 agtgttctcatgcatgtaaggcagctttggcttg 18951520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 51 - 259
Target Start/End: Original strand, 18965848 - 18966053
Alignment:
Q  51 ccaacatacatttgacaaaatgaaaggttgcatgtgatgacaagtagtaaggtgtatggtgtacaaatagtatagtgtatgagtaacacgtgttatgatg 150  Q
    |||||||  ||||||||||||| || || | |||||||||||||||| ||| || |||||||||| || || |||||||||||| |||| |||| || ||    
T  18965848 ccaacatgtatttgacaaaatggaacgtagtatgtgatgacaagtagcaagatgcatggtgtacacatggtgtagtgtatgagtgacacatgttttggtg 18965947  T
Q  151 catgtattgcaagagatacatggtg--gtgcatgtgttgctaccgacacttggtgttttgcatgaaaggaaaataacaagtgtcttcatgcatgtgaggc 248  Q
    ||||     |||| || || |||||  |||||||  |||| |  |||| |||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||    
T  18965948 catg-----caagggacacttggtgtggtgcatgcattgcaagggacagttggtgatttgcatgaaaggaaaatgacaaatgtcttcatgcatgtaaggc 18966042  T
Q  249 aactttggctt 259  Q
    | |||||||||    
T  18966043 agctttggctt 18966053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 111; Significance: 1e-55; HSPs: 21)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 301 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 4835849 - 4835664
Alignment:
Q  301 gtgagaaaaatagtgagccaatttgtgagagtgttccttacaaattgagagataaattgtagtgagatccacctaagggtggagtagttgtattctcgtt 400  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||| | ||    
T  4835849 gtgagagaaatagtgagccaatttgtgagagtgttccttacaaattgagagatatattgtagtgagatccacctaagggtgaagttgttgcattcccatt 4835750  T
Q  401 atcattagagtggaag-tttaagaggcccaagggtcccaaagttttt--ccttactcacattgaaaaggttttccaccctaaaatt 483  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||   ||||||  |||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  4835749 atcattatagtggaagttttaagaggcccaagggtcccgtggttttttccctttctcacattgagaaggttttccacgctaaaatt 4835664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 301 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 25857404 - 25857220
Alignment:
Q  301 gtgagaaaaatagtgagccaatttgtgagagtgttccttacaaattgagagataaattgtagtgagatccacctaagggtggagtagttgtattctcgtt 400  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| | ||    
T  25857404 gtgagagaaatagtgagccaatttgtgagagtgttccttacaaattaagagatatattgtagtgagatccacctaaaggtgaagttgttgtattcccatt 25857305  T
Q  401 atcattagagtggaag-tttaagaggcccaagggtcccaaagtttttcc-ttactcacattgaaaaggttttccaccctaaaatt 483  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||   |||||||| || |||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  25857304 atcattatagtggaagttttaagaggcccaagggtcccgtggtttttccttttctcacattgagaaggttttccacgctaaaatt 25857220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 301 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 4842924 - 4842739
Alignment:
Q  301 gtgagaaaaatagtgagccaatttgtgagagtgttccttacaaattgagagataaattgtagtgagatccacctaagggtggagtagttgtattctcgtt 400  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||   ||    
T  4842924 gtgagagaaatattgagccaatttgtgagagtgttccttaaaaattgagagatatattgtagtgagatccacctaagggtgaagttgttgtattcctatt 4842825  T
Q  401 atcattagagtggaag-tttaagaggcccaagggtcccaaagttttt--ccttactcacattgaaaaggttttccaccctaaaatt 483  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    ||||||  |||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  4842824 atcattatagtggaagttttaagaggcccaagggtcctgtggttttttccctttctcacattgagaaggttttccacgctaaaatt 4842739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 308 - 485
Target Start/End: Complemental strand, 13465225 - 13465046
Alignment:
Q  308 aaatagtgagccaatttgtgagagtgttccttacaaattgagagataaattgtagtgagatccacctaagggtggagtagttgtattctcgttatcatta 407  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| | | ||||||||| | |||||||||    
T  13465225 aaatagtgaaccaatttgtaagagtgttccttacaaattgagagatacattgtagtgagatccacctgagggtgaacttgttgtattcccattatcatta 13465126  T
Q  408 gagtggaag-tttaagaggcccaagggtcccaaagttttt-ccttactcacattgaaaaggttttccaccctaaaatttt 485  Q
     |||||| | ||||||||||||||||||||    |||||| |||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  13465125 tagtggatgttttaagaggcccaagggtcctgtggtttttccctttctcacattgagaaggttttccacgctaaaatttt 13465046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 90; E-Value: 4e-43
Query Start/End: Original strand, 308 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 24379547 - 24379370
Alignment:
Q  308 aaatagtgagccaatttgtgagagtgttccttacaaattgagagataaattgtagtgagatccacctaagggtggagtagttgtattctcgttatcatta 407  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||   |||||||||    
T  24379547 aaatagtgagccaatttatgagagtgttccttacaaattgagagatatattgtagggagatccacctaagggtgaagttgttgtattcctattatcatta 24379448  T
Q  408 gagtggaag-tttaagaggcccaagggtcccaaagttttt-ccttactcacattgaaaaggttttccaccctaaaatt 483  Q
     |||||||| |||||||||||||| | ||||   |||||| |||| |||||||||| ||||||||||||  |||||||    
T  24379447 tagtggaagttttaagaggcccaaagatcccgtggtttttccctttctcacattgagaaggttttccacgttaaaatt 24379370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 326 - 492
Target Start/End: Original strand, 17845803 - 17845969
Alignment:
Q  326 tgagagtgttccttacaaattgagagataaattgtagtgagatccacctaagggtggagtagttgtattctcgttatcattagagtggaagtttaagagg 425  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||  | ||||||||| |||||||||||||||||    
T  17845803 tgagagtgttccttacaaattgagagatatattgtagtgagattcacctaagggtgaagttgttgtatttccattatcattatagtggaagtttaagagg 17845902  T
Q  426 cccaagggtcccaaagtttttccttactcacattgaaaaggttttccaccctaaaattttgttgtgt 492  Q
     |||| |||||    |||||||||| |||||||||  |||||||||||| |||||||| | ||||||    
T  17845903 tccaaaggtcctgtggtttttccttcctcacattgggaaggttttccactctaaaattctcttgtgt 17845969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 78; E-Value: 5e-36
Query Start/End: Original strand, 22 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 4843282 - 4843047
Alignment:
Q  22 aattgtggggtccaactattgccactccaccaacatacatttgacaaaatgaaaggttgcatgtgatgacaagtagtaaggtgtatggtgtacaaatagt 121  Q
    |||||||||||||| | ||||||||    |||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||| |||||| |||||| || ||||||| || ||    
T  4843282 aattgtggggtccagccattgccacatggccaacatacatttggcaagatggaaggttgcatgtgatgagaagtagcaaggtgcattgtgtacacatggt 4843183  T
Q  122 atagtgtatgagtaacacgtgttatgatgcatgtattgcaagagatacatggtg--gtgcatgtgttgctaccgacacttggtgttttgcatgaaaggaa 219  Q
     ||||||||||||||||| || | | |||||||       ||||| || |||||  |||||||  | || |  ||||||||||||||||||||||||| |    
T  4843182 gtagtgtatgagtaacacatggtgtaatgcatg-------agagacacttggtgtggtgcatgcatagcaagggacacttggtgttttgcatgaaaggca 4843090  T
Q  220 aataacaagtgtcttcatgcatgtgaggcaactttggcttgct 262  Q
    ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  4843089 aatgacaagtgtcttcatgcatgtaaggcaactttgacttgct 4843047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 76; E-Value: 8e-35
Query Start/End: Original strand, 22 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 25857766 - 25857526
Alignment:
Q  22 aattgtggggtccaactattgccactccaccaacatacatttgacaaaatgaaaggttgcatgtgatgacaagtagtaaggtgtatggtgtacaaatagt 121  Q
    |||||||||||||| | ||||||||    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||| || ||    
T  25857766 aattgtggggtccagccattgccacatgtccaacatacatttgacaaaatggaaggttgcatgtgatgacaagtagcaagatgcatggtgtacacatggt 25857667  T
Q  122 atagtgtatgagtaacacgtgttatgatgcatgtattgcaagagatacatggtg------gtgcatgtgttgctaccgacacttggtgttttgcatgaaa 215  Q
     |||||||||||| ||| ||||| || ||||     |||||| || |  |||||      |||||||  |||| |  ||||||||||| |||||||||||    
T  25857666 gtagtgtatgagtgacatgtgttgtggtgca-----tgcaagggacatttggtgtggtgcgtgcatgcattgcaagggacacttggtg-tttgcatgaaa 25857573  T
Q  216 ggaaaataacaagtgtcttcatgcatgtgaggcaactttggcttgct 262  Q
    || |||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  25857572 ggcaaatgacaaatgtcttcatgcatgtaaggcaactttggcttgct 25857526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 76; E-Value: 8e-35
Query Start/End: Original strand, 301 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 27341205 - 27341025
Alignment:
Q  301 gtgagaaaaatagtgagccaatttgtgagagtgttccttacaaattgagagataaattgtagtgagatccacctaagggtggagtagttgtattctcgtt 400  Q
    |||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||  | | |||  |||||||  | ||    
T  27341205 gtgagagaaatagtgagccaacctgtgagagtgttccttacaaattgagagatatattgtagtgagatccatctaa--gagaagttattgtatttccatt 27341108  T
Q  401 atcattagagtggaagtttaagaggcccaagggtcccaaagtttttccttactcacattgaaaaggttttccaccctaaaatt 483  Q
    ||||||  ||| |||||||||||||  ||||||||||   |||||||||| || ||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  27341107 atcattgtagtagaagtttaagaggtacaagggtcccgtggtttttcctttcttacattgagaaggttttccacgctaaaatt 27341025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 52 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 13466232 - 13466025
Alignment:
Q  52 caacatacatttgacaaaatgaaaggttgcatgtgatgacaagtagtaaggtgtatggtgtacaaatagtatagtgtatgagtaacacgtgttatgatgc 151  Q
    ||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||| ||   ||||||||||||||||||||| || || || |||||||||||||| |||| || ||     
T  13466232 caacatatatttgacaaaatagaaggttgcatgtgataac---tagtaaggtgtatggtgtacatatggtgtaatgtatgagtaacacatgttgtggtgt 13466136  T
Q  152 atgtattgcaagagatacatggtg--gtgcatgtgttgctaccgacacttggtgttttgcatgaaaggaaaataacaagtgtcttcatgcatgtgaggca 249  Q
    | | |||||||| || ||||||||  |||||||  |||| |  ||||||  ||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||| ||  |    
T  13466135 acgcattgcaagtgacacatggtgtggtgcatgcattgcaagggacactaagtgttttgcatgaaagacaaatgacaagtgtcttcatgcatgtaagata 13466036  T
Q  250 actttggcttg 260  Q
    |||||||||||    
T  13466035 actttggcttg 13466025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 301 - 437
Target Start/End: Original strand, 4603601 - 4603736
Alignment:
Q  301 gtgagaaaaatagtgagccaatttgtgagagtgttccttacaaattgagagataaattgtagtgagatccacctaagggtggagtagttgtattctcgtt 400  Q
    |||||| |||||| |||||||||||| ||  ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||  | ||    
T  4603601 gtgagagaaatagagagccaatttgtaag--tgttccttacaaattgaaagatatattgtagtgagatccacctaagggtaaagttgttgtatttccatt 4603698  T
Q  401 atcattagagtggaa-gtttaagaggcccaagggtccc 437  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  4603699 atcattatagtggaaggtttaagaggcccaaaggtccc 4603736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 59 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 27341531 - 27341327
Alignment:
Q  59 catttgacaaaatgaaaggttgcatgtgatgacaagtagtaaggtgtatggtgtacaaatagtatagtgtatgagtaacacgtgttatgatgcatgtatt 158  Q
    |||||||||||| | || |||||| | |||||||||||| |||| | |||||||||| || || |||| ||||||| || | |||| || |||||| |||    
T  27341531 catttgacaaaagggaaagttgcacgagatgacaagtagcaaggggcatggtgtacacatggtgtagtatatgagttac-catgttgtggtgcatgcatt 27341433  T
Q  159 gcaagagatacatggtg--gtgcatgtgttgctaccgacacttggtgttttgcatgaaaggaaaataacaagtgtcttcatgcatgtgaggcaactttgg 256  Q
    |||||||| ||||||||  |||||||  || | |  | ||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||     
T  27341432 gcaagagacacatggtgtggtgcatgcattacaaggggcacttggtgttttgcttgaaaggaaaatggcaagtgtcttcatgcatgtaaggcaactttga 27341333  T
Q  257 cttgct 262  Q
    ||||||    
T  27341332 cttgct 27341327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 66; E-Value: 8e-29
Query Start/End: Original strand, 22 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 4836177 - 4836060
Alignment:
Q  22 aattgtggggtccaactattgccactccaccaacatacatttgacaaaatgaaaggttgcatgtgatgacaagtagtaaggtgtatggtgtacaaatagt 121  Q
    |||||||||||||| | ||||||||    |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| || ||    
T  4836177 aattgtggggtccagccattgccacatggccaacatacatttgacaagatggaaggttgcatgtgatgacaagtagcaaggtgcatggtgtacacatggt 4836078  T
Q  122 atagtgtatgagtaacac 139  Q
     |||||||||||||||||    
T  4836077 gtagtgtatgagtaacac 4836060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 51 - 254
Target Start/End: Original strand, 17845466 - 17845667
Alignment:
Q  51 ccaacatacatttgacaaaatgaaaggttgcatgtgatgacaagtagtaaggtgtatggtgtacaaatagtatagtgtatgagtaacacgtgttatgatg 150  Q
    |||||||| |||||| |||||  |||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||| || |||| ||||||||||||||| |||| |  ||    
T  17845466 ccaacatatatttgataaaatagaaggttgcatgtgaagacaagtaataaggtgcatggtgtacacatggtatggtgtatgagtaacacatgttgtagtg 17845565  T
Q  151 catgtattgcaagagatacatg--gtggtgcatgtgttgctaccgacacttggtgttttgcatgaaaggaaaataacaagtgtcttcatgcatgtgaggc 248  Q
    |     |||||||||| |  ||  ||||||||||  |||| |  |||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||| ||||    
T  17845566 c----tttgcaagagacatgtggtgtggtgcatgcattgcaagggacatttggtgttttgcatgaaaggcaaatgacaagtgtcttcatgtatgtaaggc 17845661  T
Q  249 aacttt 254  Q
    | ||||    
T  17845662 atcttt 17845667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 301 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 38994314 - 38994237
Alignment:
Q  301 gtgagaaaaatagtgagccaatttgtgagagtgttccttacaaattgagagataaattgtagtgagatccacctaagg 378  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  38994314 gtgagagaaataatgagccaatttgtgatagtgttccttacaaattgagagatatattgtagtgagatccacctaagg 38994237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 193 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 4836041 - 4835972
Alignment:
Q  193 gacacttggtgttttgcatgaaaggaaaataacaagtgtcttcatgcatgtgaggcaactttggcttgct 262  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  4836041 gacacttggtgttttgcatgaaaggcaaatgacaagtgtcttcatgcatgtaaggcaactttggcttgct 4835972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 25 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 24379894 - 24379671
Alignment:
Q  25 tgtggggtccaactattgccactccaccaacatacatttgacaaaatgaaaggttgcatgtgatgacaagtagtaaggtgtatggtgtacaaatagtata 124  Q
    ||||||||||| | ||||||||    |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||| || ||| || |||||||||| || || ||    
T  24379894 tgtggggtccagccattgccacatggccaacatacatttgacaaaatggaaggttgcatctgataacaagcagcaagatgcatggtgtacacatggtgta 24379795  T
Q  125 gtgtatgagtaacacgtgttatgatgcatgtattgcaagagatacat--ggtggtgcatgtgttgctaccgacacttggtgttttgcatgaaaggaaaat 222  Q
    |||||||||| |||  |||| || ||||     ||||||||| || |   ||||||||||  |||| |  ||||||||||||||||||| |||||         
T  24379794 gtgtatgagtgacatatgttgtggtgca-----tgcaagagacactttgtgtggtgcatgcattgcaagggacacttggtgttttgcat-aaagg----- 24379706  T
Q  223 aacaagtgtcttcatgcatgtgaggcaactttggctt 259  Q
      ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  24379705 --caaatgtcttcatgcatgtaaggcaactttggctt 24379671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 123 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 38994578 - 38994437
Alignment:
Q  123 tagtgtatgagtaacacgtgttatgatgcatgtattgcaagagatacatggtg--gtgcatgtgttgctaccgacacttggtgttttgcatgaaaggaaa 220  Q
    ||||||||||||||||| |||| || ||||| |||| ||| ||| ||||||||  |||||||  ||||    |||||||| |||||||||||||| | ||    
T  38994578 tagtgtatgagtaacacatgttgtggtgcatatattacaaaagacacatggtgtggtgcatgcattgcatgggacacttgatgttttgcatgaaatgcaa 38994479  T
Q  221 ataacaagtgtcttcatgcatgtgaggcaactttggcttgct 262  Q
    || |||||| |||||||||| || || |||||||||||||||    
T  38994478 atgacaagtttcttcatgcacgtaagacaactttggcttgct 38994437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 54 - 113
Target Start/End: Original strand, 4603262 - 4603321
Alignment:
Q  54 acatacatttgacaaaatgaaaggttgcatgtgatgacaagtagtaaggtgtatggtgta 113  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||    
T  4603262 acatacatttgacaaaatggaaggttgcatgtgatgacaagtagcaagatgcatggtgta 4603321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 193 - 262
Target Start/End: Original strand, 4603410 - 4603479
Alignment:
Q  193 gacacttggtgttttgcatgaaaggaaaataacaagtgtcttcatgcatgtgaggcaactttggcttgct 262  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||| |||| ||||||| ||||||| ||| |||||||| |||||    
T  4603410 gacacttggtgttgtgcatgaaaggcaaatgacaaatgtcttcgtgcatgtaaggaaactttggtttgct 4603479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 53 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 38994695 - 38994594
Alignment:
Q  53 aacatacatttgacaaaa-tgaaaggttgcatgtgatgacaagtagtaaggtgtatggtgtacaaatagtatagtgtatgagtaacacgtgttatgatgc 151  Q
    |||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||| |||||| |||  ||||| ||    ||||||||||||||||| |||| || |||    
T  38994695 aacatacatttgacaaaaatggaatgttgcatgtgatgacaagtagcaaggtgcatgaagtacacatgaagtagtgtatgagtaacacatgttgtggtgc 38994596  T
Q  152 at 153  Q
    ||    
T  38994595 at 38994594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 111; Significance: 1e-55; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 301 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 54967486 - 54967301
Alignment:
Q  301 gtgagaaaaatagtgagccaatttgtgagagtgttccttacaaattgagagataaattgtagtgagatccacctaagggtggagtagttgtattctcgtt 400  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| | ||    
T  54967486 gtgagagaaatagtgagccaatttgtgagagtgttccttacaaattgagagatatattgtagtgagatccacctaagggtgaagttgttgtattcccatt 54967387  T
Q  401 atcattagagtggaag--tttaagaggcccaagggtcccaaagttttt-ccttactcacattgaaaaggttttccaccctaaaatt 483  Q
    ||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||   |||||| |||| |||| ||||| |||||||||||| ||||||||    
T  54967386 atcattatagtggaagtttttaagaggcccaagggtcccgtggtttttccctttctcatattgagaaggttttccacgctaaaatt 54967301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 103; E-Value: 6e-51
Query Start/End: Original strand, 301 - 483
Target Start/End: Original strand, 39298727 - 39298908
Alignment:
Q  301 gtgagaaaaatagtgagccaatttgtgagagtgttccttacaaattgagagataaattgtagtgagatccacctaagggtggagtagttgtattctcgtt 400  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||| | ||    
T  39298727 gtgagagaaatagtgagccaatttgtgagagtgt-ccttacaaattgagagatatattgtagttagatccacctaagggtgaagttgttgtattcccttt 39298825  T
Q  401 atcattagagtggaagtttaagaggcccaagggtcccaaagtttttccttactcacattgaaaaggttttccaccctaaaatt 483  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||    |||||||||  ||||||||| |||||||| ||| ||||||||    
T  39298826 atcattatagtggaagtttaagaggcacaagggtcccgtgatttttccttcatcacattgagaaggtttttcacactaaaatt 39298908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 6e-51
Query Start/End: Original strand, 301 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 44782800 - 44782615
Alignment:
Q  301 gtgagaaaaatagtgagccaatttgtgagagtgttccttacaaattgagagataaattgtagtgagatccacctaagggtggagtagttgtattctcgtt 400  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| | ||    
T  44782800 gtgagagaaatagtgagccaatttgtgagagtgttccttgcaaattgagagatatattgtagtgagatccacctaagggtgaagttgttgtattcccatt 44782701  T
Q  401 atcattagagtggaag-tttaagaggcccaagggtcccaaagttttt--ccttactcacattgaaaaggttttccaccctaaaatt 483  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||   ||||||  |||| |||| ||||| |||||||||||| ||||||||    
T  44782700 atcattatagtggaagttttaagaggtccaagggtcccgtggttttttccctttctcatattgagaaggttttccacgctaaaatt 44782615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 103; E-Value: 6e-51
Query Start/End: Original strand, 301 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 54980118 - 54979933
Alignment:
Q  301 gtgagaaaaatagtgagccaatttgtgagagtgttccttacaaattgagagataaattgtagtgagatccacctaagggtggagtagttgtattctcgtt 400  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| | ||    
T  54980118 gtgagagaaatagcgagccaatttgtgagagtgttccttacaaattgagagatatattgtagtgagatccacctaagggtgaagttgttgtattcccatt 54980019  T
Q  401 atcattagagtggaag--tttaagaggcccaagggtcccaaagttttt-ccttactcacattgaaaaggttttccaccctaaaatt 483  Q
    ||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||   |||||| |||| |||| ||||| |||||||||||  ||||||||    
T  54980018 atcattatagtggaagtttttaagaggcccaagggtcccgtggtttttccctttctcatattgagaaggttttccatgctaaaatt 54979933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 51 - 262
Target Start/End: Original strand, 39298390 - 39298603
Alignment:
Q  51 ccaacatacatttgacaaaatgaaaggttgcatgtgatgacaagtagtaaggtgtatggtgtacaaatagtatagtgtatgagtaacacgtgttatgatg 150  Q
    ||||||||  |||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||| ||||| ||||||| ||||||||  |||| |||||    
T  39298390 ccaacataggtttgacaaaatggaagattgcatgtgatgataagtattaaggtgcatggtgtacacatagtgtagtgtacgagtaacatatgttgtgatg 39298489  T
Q  151 catgtattgcaagagatacatg--gtggtgcatgtgttgctaccgacacttggtgttttgcatgaaaggaaaataacaagtgtcttcatgcatgtgaggc 248  Q
    |||| ||||||||||| |||||  ||| ||||||| |||| |  ||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||| |       
T  39298490 catgcattgcaagagacacatggtgtgatgcatgttttgcaagggacacttggtgttttgcatgaaaagcaaatgacaagtgtcttcatgcatgtaaatg 39298589  T
Q  249 aactttggcttgct 262  Q
    ||||||||||||||    
T  39298590 aactttggcttgct 39298603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 86; E-Value: 9e-41
Query Start/End: Original strand, 51 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 54980446 - 54980239
Alignment:
Q  51 ccaacatacatttgacaaaatgaaaggttgcatgtgatgacaagtagtaaggtgtatggtgtacaaatagtatagtgtatgagtaacacgtgttatgatg 150  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| | | || |||||||||| || || ||||||||||||||||| || | | |||    
T  54980446 ccaacatacatttgacaagatggaaggttgcatgtgatgacaagtagcaggatgcatggtgtacacatggtgtagtgtatgagtaacacatggtgtaatg 54980347  T
Q  151 catgtattgcaagagatacatggtg--gtgcatgtgttgctaccgacacttggtgttttgcatgaaaggaaaataacaagtgtcttcatgcatgtgaggc 248  Q
    ||||       ||||| || |||||  |||||||  |||| |  ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  54980346 catg-------agagacacttggtgtggtgcatgcattgcaagggacacttggtgttttgcatgaaaggcaaatgacaagtgtcttcatgcatgtaaggc 54980254  T
Q  249 aactttggcttgctc 263  Q
    |||||||||||||||    
T  54980253 aactttggcttgctc 54980239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 25 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 54967840 - 54967607
Alignment:
Q  25 tgtggggtccaactattgccactccaccaacatacatttgacaaaatgaaaggttgcatgtgatgacaagtagtaaggtgtatggtgtacaaatagtata 124  Q
    ||||||||||| | ||||||||    |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||| | | || |||||||||| || || ||    
T  54967840 tgtggggtccagccattgccacatgtccaacatacatttgacaagatggaaggttgcatgtgatgataagtagcaggatgcatggtgtacacatggtgta 54967741  T
Q  125 gtgtatgagtaacacgtgttatgatgcatgtattgcaagagatacatggtg--gtgcatgtgttgctaccgacacttggtgttttgcatgaaaggaaaat 222  Q
    ||||||||||||||| || | | |||||||       ||||| || |||||  |||||||  |||| |  ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  54967740 gtgtatgagtaacacatggtgtaatgcatg-------agagacacttggtgtggtgcatgcattgcaagggacacttggtgttttgcatgaaaggcaaat 54967648  T
Q  223 aacaagtgtcttcatgcatgtgaggcaactttggcttgctc 263  Q
     |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  54967647 gacaagtgtcttcatgcatgtaaggcaactttggcttgctc 54967607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 60 - 260
Target Start/End: Original strand, 17645401 - 17645604
Alignment:
Q  60 atttgacaaaatgaaaggttgcatgtgatgacaagtagtaaggtgtatggtgtacaaatagtatagtgtatgagtaacacgtgttatgatgcatgtattg 159  Q
    |||||||||| |  ||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||| |  | || ||||||||||||||||  |||| || |||||| ||||    
T  17645401 atttgacaaactcgaaggttgcatgtgatcacaagtagcagggtgtatggtgtatagtttgtgtagtgtatgagtaacatatgttgtggtgcatgcattg 17645500  T
Q  160 caagagatacatggt--ggtgcatgtgttgctaccgacacttggtgttttgcatgaaaggaaaataacaagtgtcttcatgcatgtgaggc-aactttgg 256  Q
    ||||||| |||||||  |||||||   |||  |  ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||| |||| ||||||||    
T  17645501 caagagacacatggtgcggtgcattcattggaagggacacttggtgttttgcatgaaaggcaaatgacaagtgtgttcatgcatgtaaggcaaactttgg 17645600  T
Q  257 cttg 260  Q
    ||||    
T  17645601 cttg 17645604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 301 - 487
Target Start/End: Original strand, 17645718 - 17645897
Alignment:
Q  301 gtgagaaaaatagtgagccaatttgtgagagtgttccttacaaattgagagataaattgtagtgagatccacctaagggtggagtagttgtattctcgtt 400  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||     || || |||||||| || ||    
T  17645718 gtgagataaatagtgagccaatttgtaagagtgttccttacaaattgagagatacgttgtagtgagatccaccta-----ggggttgttgtattgtcatt 17645812  T
Q  401 atcattagagtggaagtttaagaggcccaagggtcccaaagtttttccttactcacattgaaaaggttttccaccctaaaattttgt 487  Q
    ||||||| ||||||||||||||| || |||| |||||   ||||||  ||  | | ||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  17645813 atcattatagtggaagtttaagacgctcaagagtcccgtggttttt--ttttttatattgagaaggttttccacgctaaaattttgt 17645897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 52 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 44783125 - 44782920
Alignment:
Q  52 caacatacatttgacaaaatgaaaggttgcatgtgatgacaagtagtaaggtgtatggtgtacaaatagtatagtgtatgagtaacacgtgttatgatgc 151  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||| ||| || |||||||||| || || ||||||||||||||||| || | | ||||    
T  44783125 caacatacatttgacaagatggaaggttgcatgtggtgacaagtagcaagatgcatggtgtacacatggtgtagtgtatgagtaacacatggtgtaatgc 44783026  T
Q  152 atgtattgcaagagatacatg--gtggtgcatgtgttgctaccgacacttggtgttttgcatgaaaggaaaataacaagtgtcttcatgcatgtgaggca 249  Q
    |||       ||||| |  ||  ||||||||||  |||| |  ||||||||||||||||||| ||||| |||| |||| ||||||||||||||| |||||    
T  44783025 atg-------agagacatttggtgtggtgcatgcattgcaagggacacttggtgttttgcataaaaggcaaatgacaaatgtcttcatgcatgtaaggca 44782933  T
Q  250 actttggcttgct 262  Q
    |||||||||||||    
T  44782932 actttggcttgct 44782920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 355 - 485
Target Start/End: Complemental strand, 18556524 - 18556392
Alignment:
Q  355 aattgtagtgagatccacctaagggtggagtagttgtattctcgttatcattagagtggaagtttaagaggcccaagggtcccaaagttttt--ccttac 452  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||| | ||||||||   ||||||  |||| |    
T  18556524 aattgtaatgagatccacctaagggtgaagttgttgtattctcattgtcattatagtggaagtttaagaggctcgagggtcccgtggttttttgcctttc 18556425  T
Q  453 tcacattgaaaaggttttccaccctaaaatttt 485  Q
    ||| ||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  18556424 tcagattgagaaggttttccacgctaaaatttt 18556392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 388 - 538
Target Start/End: Original strand, 50603225 - 50603377
Alignment:
Q  388 ttgtattctcgttatcattagagtggaagtttaagaggcccaagggtcccaaagtttttccttactcacattgaaaaggttttccaccctaaaattttgt 487  Q
    |||||||| | |||| |||| ||||||  ||||||||||| | |||| ||   |||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |    
T  50603225 ttgtattcccattattattatagtggagatttaagaggcctacgggttccgtggttttttcttactcacattgagaaggttttccacgctaaaattttat 50603324  T
Q  488 --tgtgttattttacattttcgctaaagtgtctattttgagttctcgaaggag 538  Q
      ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  50603325 tgtgtgtcattttacgttttcgctaaagtgtctattttgagttcacggaggag 50603377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 108; Significance: 7e-54; HSPs: 11)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 7e-54
Query Start/End: Original strand, 302 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 9757488 - 9757303
Alignment:
Q  302 tgagaaaaatagtgagccaatttgtgagagtgttccttacaaattgagagataaattgtagtgagatccacctaagggtggagtagttgtattctcgtta 401  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| | |||    
T  9757488 tgagagaaatagtgagccaatttgtgagagtgttccttacaaattgagagatatattatagtgagatccacctaagggtgaagttgttgtattcccatta 9757389  T
Q  402 tcattagagtggaag---tttaagaggcccaagggtcccaaagttttt-ccttactcacattgaaaaggttttccaccctaaaatt 483  Q
    |||||| ||||||||   |||||||||||||||||||||   |||||| |||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  9757388 tcattatagtggaagttttttaagaggcccaagggtcccgtggtttttccctttctcacattgagaaggttttccacgctaaaatt 9757303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 301 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 42683107 - 42682924
Alignment:
Q  301 gtgagaaaaatagtgagccaatttgtgagagtgttccttacaaattgagagataaattgtagtgagatccacctaagggtggagtagttgtattctcgtt 400  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||| | ||    
T  42683107 gtgagagaaatagtgagccaatttgtaagagtgttccttacaaattgagagatatattgtagtgagatgcacctaagggtgaagttgttgtattcccatt 42683008  T
Q  401 atcattagagtggaag-tttaagaggcccaagggtcccaaagtttttccttactcacattgaaaaggttttccaccctaaaatt 483  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||    ||||||||| |||||||||| |||||||||||| || |||||    
T  42683007 atcattatagtggaagttttaagaggtccaagggtcccgtgatttttcctttctcacattgagaaggttttccacgctgaaatt 42682924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 302 - 485
Target Start/End: Complemental strand, 37287156 - 37286972
Alignment:
Q  302 tgagaaaaatagtgagccaatttgtgagagtgttccttacaaattgagagataaattgtagtgagatccacctaagggtg-gagtagttgtattctcgtt 400  Q
    ||||| ||| |||||||| |||||||  | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||  ||| ||||||||||  ||    
T  37287156 tgagagaaacagtgagccgatttgtgttaatgttccttacaaattgagagatatattgtagtgagctccatctaagggtgaaagttgttgtattcttatt 37287057  T
Q  401 atcattagagtggaagtttaagaggcccaagggtcccaaagtttttccttactcacattgaaaaggttttccaccctaaaatttt 485  Q
    || |||| ||||||||||||||| ||  |||||||||    |||||||||  ||||||||| |||||||||||  ||||||||||    
T  37287056 attattatagtggaagtttaagatgcttaagggtcccgtgatttttcctttttcacattgagaaggttttccatgctaaaatttt 37286972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 65 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 42683427 - 42683229
Alignment:
Q  65 acaaaatgaaaggttgcatgtgatgacaagtagtaaggtgtatggtgtacaaatagtatagtgtatgagtaacacgtgttatgatgcatgtattgcaaga 164  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||| |||||||||| ||  | |||| |||||||||||| ||| ||| |||||  ||| |||||    
T  42683427 acaaaatgaaaggttgtatgtgatgacaagtaacaaggtgcatggtgtacacatgatgtagtatatgagtaacacatgtcatggtgcatacattacaaga 42683328  T
Q  165 gatacatg--gtggtgcatgtgttgctaccgacacttggtgttttgcatgaaaggaaaataacaagtgtcttcatgcatgtgaggcaactttggcttgct 262  Q
    ||  | ||  ||| ||||||  |||| |  ||||||| |||||||| |||||||  |||| |||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||    
T  42683327 gacgcgtggtgtgttgcatgcattgc-aaggacacttcgtgttttgtatgaaagacaaatgacaagtgtcttcatgcatgtaagacaactttgacttgct 42683229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 193 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 9757669 - 9757604
Alignment:
Q  193 gacacttggtgttttgcatgaaaggaaaataacaagtgtcttcatgcatgtgaggcaactttggct 258  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9757669 gacacttggtgttttgcatgaaaggcaaatgacaaatgtcttcatgcatgtgaggcaactttggct 9757604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 52 - 153
Target Start/End: Original strand, 3346345 - 3346446
Alignment:
Q  52 caacatacatttgacaaaatgaaaggttgcatgtgatgacaagtagtaaggtgtatggtgtacaaatagtatagtgtatgagtaacacgtgttatgatgc 151  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||| |||||| ||| |||||| || || |||||||||||| |||| |||| || |||    
T  3346345 caacatacatttgacaaaatggaaggttgcttgtgatgacaaatagcaaggtgcatgatgtacatatggtgtagtgtatgagtgacacatgttgtggtgc 3346444  T
Q  152 at 153  Q
    ||    
T  3346445 at 3346446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 193 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 37287350 - 37287281
Alignment:
Q  193 gacacttggtgttttgcatgaaaggaaaataacaagtgtcttcatgcatgtgaggcaactttggcttgct 262  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  37287350 gacacttagtgttttgcatgaaaggcaaatgacaagtgtcttcatgcatgtaagacaactttggcttgct 37287281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 51 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 37287464 - 37287352
Alignment:
Q  51 ccaacatacatttgacaaaatgaaaggttgcatgtgatgacaagtagtaaggtgtatggtgtacaaatagtatagtgtatgagtaacacgtgttatgatg 150  Q
    ||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||| |  | |||||||| || ||||||| || || ||||||||||||||||| |||| || ||    
T  37287464 ccaacatacatttgataaaatagaaggttgcatgtgatgagatatggtaaggtgcatagtgtacacatggtgtagtgtatgagtaacacatgttgtggtg 37287365  T
Q  151 catgtattgcaag 163  Q
    |||| ||| ||||    
T  37287364 catgcatttcaag 37287352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 52 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 38394171 - 38394084
Alignment:
Q  52 caacatacatttgacaaaatgaaaggttgcatgtgatgacaagtagtaaggtgtatggtgtacaaatagtatagtgtatgagtaacac 139  Q
    |||||||||||||| |||||  || ||||||||||||||||||||| || ||| | | |||||| ||||| | |||||||||||||||    
T  38394171 caacatacatttgataaaatagaatgttgcatgtgatgacaagtagcaacgtgcacgatgtacacatagtgtggtgtatgagtaacac 38394084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 193 - 254
Target Start/End: Original strand, 3346456 - 3346517
Alignment:
Q  193 gacacttggtgttttgcatgaaaggaaaataacaagtgtcttcatgcatgtgaggcaacttt 254  Q
    |||||||| |||||| ||||||||  |||| ||||||||||| |||||||| || |||||||    
T  3346456 gacacttgatgttttacatgaaagtcaaatgacaagtgtctttatgcatgtaagacaacttt 3346517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 61 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 9757787 - 9757747
Alignment:
Q  61 tttgacaaaatgaaaggttgcatgtgatgacaagtagtaag 101  Q
    |||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||    
T  9757787 tttgacaaaatggaaggtagtatgtgatgacaagtagtaag 9757747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 93; Significance: 6e-45; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 6e-45
Query Start/End: Original strand, 301 - 481
Target Start/End: Original strand, 37037855 - 37038035
Alignment:
Q  301 gtgagaaaaatagtgagccaatttgtgagagtgttccttacaaattgagagataaattgtagtgagatccacctaagggtggagtagttgtattctcgtt 400  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||  | |||||| ||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||| ||    
T  37037855 gtgagagaaatagtgagccaatttgtgagagtgtttcttataaattgagagtcagattgtaatgagatccacctaagagtgaagttgttgtattctcatt 37037954  T
Q  401 atcattagagtggaagtttaagaggcccaagggtcccaaagtttttccttactcacattgaaaaggttttccaccctaaaa 481  Q
    ||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||   |||| ||||| |||||||||| |||||||||| | ||||||    
T  37037955 atcgttatagtgaaagtttaagaggcccaagggtcccgtggtttctcctttctcacattgagaaggttttcctcgctaaaa 37038035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 5e-30
Query Start/End: Original strand, 56 - 159
Target Start/End: Original strand, 37037555 - 37037658
Alignment:
Q  56 atacatttgacaaaatgaaaggttgcatgtgatgacaagtagtaaggtgtatggtgtacaaatagtatagtgtatgagtaacacgtgttatgatgcatgt 155  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || || ||||||||||| ||||| |||| || ||||||     
T  37037555 atacatttgacaaaatgaaaggttgcatgtgatgacaagtagtaaggtgcatggtgtacacatggtgtagtgtatgagcaacacatgttgtggtgcatgc 37037654  T
Q  156 attg 159  Q
    ||||    
T  37037655 attg 37037658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 193 - 262
Target Start/End: Original strand, 37037664 - 37037733
Alignment:
Q  193 gacacttggtgttttgcatgaaaggaaaataacaagtgtcttcatgcatgtgaggcaactttggcttgct 262  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||| ||||||||||| || |||||||| ||||||    
T  37037664 gacacttggtgttttgcatgaaagacaaatgacaagtgttttcatgcatgtaagacaactttgtcttgct 37037733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 86; Significance: 9e-41; HSPs: 2)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 9e-41
Query Start/End: Original strand, 301 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 342491 - 342354
Alignment:
Q  301 gtgagaaaaatagtgagccaatttgtgagagtgttccttacaaattgagagataaattgtagtgagatccacctaagggtggagtagttgtattctcgtt 400  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||| | | ||||||||| | ||    
T  342491 gtgagagaaatagtgagccaatttgtgagagtgttccttacaaattgagagatatattgtagtcagatacacctaagggtgaaattgttgtattcccatt 342392  T
Q  401 atcattagagtggaag-tttaagaggcccaagggtccc 437  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  342391 atcattatagtggaagttttaagaggcccaaggatccc 342354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 8e-29
Query Start/End: Original strand, 24 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 342851 - 342613
Alignment:
Q  24 ttgtggggtccaactattgccactccaccaacatacatttgacaaaatgaaaggttgcatgtgatgacaagtagtaaggtgtatggtgtacaaatagtat 123  Q
    |||||||||||| | ||||||||    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||| || || |    
T  342851 ttgtggggtccagccattgccacatgtccaacatacatttgacaaaatggaaggttgcatgtgatgacaagtagcaagatgcatggtgtacacatggtgt 342752  T
Q  124 agtgtatgagtaacacgtgttatgatgcatgtattgcaagagatacatggtg------gtgcatgtgttgctaccgacacttggtgttttgcatgaaagg 217  Q
    ||||||||||| |||  |||| || ||||     |||||| || |  |||||      |||||||  |||| |  ||||||||||| |||||||||||||    
T  342751 agtgtatgagtgacatttgttgtggtgca-----tgcaagggacatttggtgtggtgcgtgcatgcattgcaagggacacttggtg-tttgcatgaaagg 342658  T
Q  218 aaaataacaagtgtcttcatgcatgtgaggcaactttggcttgct 262  Q
     |||| |||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  342657 caaatgacaaatgtcttcatgcatgtaagtcaactttggcttgct 342613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 83; Significance: 5e-39; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 310 - 548
Target Start/End: Original strand, 33807965 - 33808197
Alignment:
Q  310 atagtgagccaatttgtgagagtgttccttacaaattgagagataaattgtagtgagatccacctaagggtggagtagttgtattctcgttatcattaga 409  Q
    |||||||||||||||||||||||  |   |||||||||||| | |     |||| || ||||||| |||||| || | |||||||| | |||| |||| |    
T  33807965 atagtgagccaatttgtgagagttgtatctacaaattgagataca-----tagttaggtccacctgagggtgaag-atttgtattcccattattattata 33808058  T
Q  410 gtggaagtttaagaggcccaagggtcccaaagtttttccttactcacattgaaaaggttttccaccctaaaattttgttgtgttattttacattttcgct 509  Q
    |||||  ||||||||||| | |||||||   ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||    
T  33808059 gtggagatttaagaggcctacgggtcccgtggtttttccttactcacattgagaaggttttccacgctaaaattttgttgtgtcattttacgtttccgct 33808158  T
Q  510 aaagtgtctattttgagttctcgaaggagggagattatg 548  Q
    |||||| ||||||||||||| || |||||||| ||||||    
T  33808159 aaagtgcctattttgagttcacggaggagggaaattatg 33808197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 310 - 548
Target Start/End: Original strand, 33811619 - 33811851
Alignment:
Q  310 atagtgagccaatttgtgagagtgttccttacaaattgagagataaattgtagtgagatccacctaagggtggagtagttgtattctcgttatcattaga 409  Q
    |||||||||||||||||||||||  |   |||||||||||| | |     |||| || ||||||| |||||| || | |||||||| | |||| |||| |    
T  33811619 atagtgagccaatttgtgagagttgtatctacaaattgagataca-----tagttaggtccacctgagggtgaag-atttgtattcccattattattata 33811712  T
Q  410 gtggaagtttaagaggcccaagggtcccaaagtttttccttactcacattgaaaaggttttccaccctaaaattttgttgtgttattttacattttcgct 509  Q
    |||||  ||||||||||| | |||||||   ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||    
T  33811713 gtggagatttaagaggcctacgggtcccgtggtttttccttactcacattgagaaggttttccacgctaaaattttgttgtgtcattttacgtttccgct 33811812  T
Q  510 aaagtgtctattttgagttctcgaaggagggagattatg 548  Q
    |||||| ||||||||||||| || |||||||| ||||||    
T  33811813 aaagtgcctattttgagttcacggaggagggaaattatg 33811851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 310 - 548
Target Start/End: Original strand, 33816537 - 33816769
Alignment:
Q  310 atagtgagccaatttgtgagagtgttccttacaaattgagagataaattgtagtgagatccacctaagggtggagtagttgtattctcgttatcattaga 409  Q
    |||||||||||||||||||||||  |   |||||||||||| | |     |||| || ||||||| |||||| || | |||||||| | |||| |||| |    
T  33816537 atagtgagccaatttgtgagagttgtatctacaaattgagataca-----tagttaggtccacctgagggtgaag-atttgtattcccattattattata 33816630  T
Q  410 gtggaagtttaagaggcccaagggtcccaaagtttttccttactcacattgaaaaggttttccaccctaaaattttgttgtgttattttacattttcgct 509  Q
    |||||  ||||||||||| | |||||||   ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||    
T  33816631 gtggagatttaagaggcctacgggtcccgtggtttttccttactcacattgagaaggttttccacgctaaaattttgttgtgtcattttacgtttccgct 33816730  T
Q  510 aaagtgtctattttgagttctcgaaggagggagattatg 548  Q
    |||||| ||||||||||||| || |||||||| ||||||    
T  33816731 aaagtgcctattttgagttcacggaggagggaaattatg 33816769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 308 - 483
Target Start/End: Original strand, 16698427 - 16698601
Alignment:
Q  308 aaatagtgagccaatttgtgagagtgttccttacaaattgagagataaattgtagtgagatccacctaagggtggagtagttgtattctcgttatcatta 407  Q
    |||||| || |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||   | |||||||||| | |||||||||    
T  16698427 aaatagggacccaattcgtgagagtgtttcttacaaattgagagatacattgtagtgagatccacataagggt---gaagttgtattcccattatcatta 16698523  T
Q  408 gagtggaag-tttaagaggcccaagggtccca-aagtttttccttactcacattgaaaaggttttccaccctaaaatt 483  Q
     |||||||| ||||||||| |||||||||||| || |||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||||||||    
T  16698524 tagtggaagttttaagaggtccaagggtcccataatttttccctttctcacattgagaaggatttccacactaaaatt 16698601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 83 - 262
Target Start/End: Original strand, 16698118 - 16698298
Alignment:
Q  83 tgtgatgacaagtagtaaggtgtatggtgtacaaatagtatagtgtatgagtaacacgtgttatgatgcatgtattgcaagagatacatggtg--gtgca 180  Q
    |||||||||| |||| |||||| ||| |||||| || || ||||||||||   |||| |||| || |||||| ||||||||||| ||||||||  |||||    
T  16698118 tgtgatgaca-gtagcaaggtgcatgatgtacatatggtgtagtgtatgacagacacatgttgtggtgcatgcattgcaagagacacatggtgtggtgca 16698216  T
Q  181 tgtgttgctaccgacacttggtgttttgcatgaaaggaaaataacaagtgtcttcatgcatgtgaggcaactttggcttgct 262  Q
    ||  |||| |  |||||||| ||||||||| ||||   |||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  16698217 tgcattgcaagggacacttgatgttttgcacgaaaaccaaatgacaagtgtcttcatgcatgtaaggcaacttttgcttgct 16698298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 26 - 113
Target Start/End: Original strand, 22764036 - 22764123
Alignment:
Q  26 gtggggtccaactattgccactccaccaacatacatttgacaaaatgaaaggttgcatgtgatgacaagtagtaaggtgtatggtgta 113  Q
    |||||||||||| ||||||||    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||    
T  22764036 gtggggtccaaccattgccacatgtccaacatacatttgacaaaatggaaggttgcatgtgatgacaagtagcaagatgcatggtgta 22764123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 361 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 22764029 - 22763905
Alignment:
Q  361 agtgagatccacctaagggtggagtagttgtattctcgttatcattagagtggaagttt-aagaggcccaagggtcccaaagtttttcc-ttactcacat 458  Q
    |||||||| |||||||| ||| ||| ||||||||| | ||||||||| ||   |||||| ||||||||||| ||||||   |||||||| || |||| ||    
T  22764029 agtgagattcacctaagagtgaagttgttgtattcccattatcattatagcataagttttaagaggcccaatggtcccgtggtttttccctttctcatat 22763930  T
Q  459 tgaaaaggttttccaccctaaaatt 483  Q
    ||| |||||||||||  ||||||||    
T  22763929 tgagaaggttttccatgctaaaatt 22763905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 64; Significance: 1e-27; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 358 - 483
Target Start/End: Original strand, 22981494 - 22981621
Alignment:
Q  358 tgtagtgagatccacctaagggtggagtagttgtattctcgttatcattagagtggaag-tttaagaggcccaagggtcccaaagttttt-ccttactca 455  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||| | ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||   |||||| |||| ||||    
T  22981494 tgtagtgaaatccacctaagggtgaagttgttgtattcccattatcattatagtggaagttttaagaggcccaagggtcccgtggtttttccctttctca 22981593  T
Q  456 cattgaaaaggttttccaccctaaaatt 483  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||    
T  22981594 cattgagaaggttttccacgctaaaatt 22981621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 358 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 23806914 - 23806787
Alignment:
Q  358 tgtagtgagatccacctaagggtggagtagttgtattctcgttatcattagagtggaag-tttaagaggcccaagggtcccaaagttttt-ccttactca 455  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||| | ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||   |||||| |||| ||||    
T  23806914 tgtagtgaaatccacctaagggtgaagttgttgtattcccattatcattatagtggaagttttaagaggcccaagggtcccgtggtttttccctttctca 23806815  T
Q  456 cattgaaaaggttttccaccctaaaatt 483  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||    
T  23806814 cattgagaaggttttccacgctaaaatt 23806787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 442 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 31152050 - 31151961
Alignment:
Q  442 tttttccttactcacattgaaaaggttttccaccctaaaattttgtt--gtgttattttacattttcgctaaagtgtctattttgagttc 529  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||  |||| ||||||  ||| |||||||||| |||||||||||||    
T  31152050 ttttttcttactcacattgagaaggttttccacattaaaattttgttgtgtgtcattttatgtttccgctaaagtgcctattttgagttc 31151961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 63; Significance: 5e-27; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 302 - 483
Target Start/End: Original strand, 27642043 - 27642225
Alignment:
Q  302 tgagaaaaatagtgagccaatttgtgagagtgttccttacaaattgagagataaattgtagtgagatccacctaagggtggagtagttgtattctcgtta 401  Q
    ||||| ||||||  || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| | || ||| ||| ||||| | |||    
T  27642043 tgagagaaataggaagtcaatttgtgagagtgttccttacaaatagagagatatattgtagtgagatccacttaaagatgaagttgttttattcccatta 27642142  T
Q  402 tcattagagtggaagtttaagaggcccaagggtccc-aaagtttttccttactcacattgaaaaggttttccaccctaaaatt 483  Q
    | |||| |||||||||||||||| ||| |||  |||   | ||||||||| |||||||||| |||||||| ||| | ||||||    
T  27642143 ttattatagtggaagtttaagagacccgaggaccccgtgattttttcctttctcacattgagaaggttttacacgccaaaatt 27642225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 51 - 154
Target Start/End: Original strand, 27641341 - 27641444
Alignment:
Q  51 ccaacatacatttgacaaaatgaaaggttgcatgtgatgacaagtagtaaggtgtatggtgtacaaatagtatagtgtatgagtaacacgtgttatgatg 150  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| || ||| ||||| | || ||||| | ||||||||||||||| ||||||| ||    
T  27641341 ccaacatacatttgacaacatggaaggttgcatgtgatgacaagtagcaatgtgcatggtatgcagatagtgttgtgtatgagtaacacatgttatggtg 27641440  T
Q  151 catg 154  Q
    ||||    
T  27641441 catg 27641444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 445 - 552
Target Start/End: Complemental strand, 29706975 - 29706866
Alignment:
Q  445 ttccttactcacattgaaaaggttttccaccctaaaattttgtt--gtgttattttacattttcgctaaagtgtctattttgagttctcgaaggagggag 542  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||| | |||||||||||||  |||| |||||||||||| |||||||||  |||||| ||||| || | ||| ||     
T  29706975 ttccttactcatattgagaaggttttcctcactaaaattttgttgtgtgtcattttacatttttgctaaagtgcatattttaagttcacggatgagagaa 29706876  T
Q  543 attatggagg 552  Q
    ||||||||||    
T  29706875 attatggagg 29706866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University