View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18998_high_2 (Length: 654)

Name: NF18998_high_2
Description: NF18998
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18998_high_2
NF18998_high_2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (17-644)||(54472088-54472729)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 505; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 505; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 644
Target Start/End: Complemental strand, 54472729 - 54472088
Alignment:
Q  17 actgtgttggttcaaaaaggcatgtcactctcgcttcgcttaattgactctcccacttattagcattataagacatactcaacatatacaactagccttt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472729 actgtgttggttcaaaaaggcatgtcactctcgcttcgcttaattgactctcccacttattagcattataacacatactcaacatatacaactagccttt 54472630  T
Q  117 taacaaatgatttgaacaaattagatcctttatgaccagggattgataaattcaaagataacnnnnnnnnn--atatctaacggtttctacatttgcaac 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           |||||| || |||||||||||||||||    
T  54472629 taacaaatgatttgaacaaattagatcctttatgaccagggattgataaattcaaagataacattttttttttatatcttacagtttctacatttgcaac 54472530  T
Q  215 accatattgtagctacataagattcaaatttggatcctctaccgcgtcgactatggcaccatgcaaaagctttagaggatccatttctgatcnnnnnnnt 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |    
T  54472529 accatattgtagctacataagattcaaatttggatcctctaccgcgtcgactatggcaccatgcaaaagctttagaggatccatttctgatcaaaaaaat 54472430  T
Q  315 aagaataggctatgaatcattaattaattaa------------cttcctccattaactattctaaacttcataacatgcttatttgcaaattcctattnn 402  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||            ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  54472429 aagaataggctatgaatcattaattaattaattaattaattagcttcccccattaactattctaaacttcataacatgcttatttgcaaattcctattaa 54472330  T
Q  403 nnnnngaaataggagatatataaaaatatataccgtgtgctggagtagggtagtaatgaatgtgatgaggttgtgatctcttcttccttcttgtacatat 502  Q
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472329 aaaaagaaataggagatatataaaaatatataccgtgtgctggagtagggtagtaatgaatgtgatgaggttgtgatctcttcttccttcttgtacatat 54472230  T
Q  503 aacgcagagtaggataatgacaaggaggattatacaagctgcacctgcaactgctattataccacccacgctcaattgattcccattgttatcatttgta 602  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472229 aacgcagagtaggataatgacaaggaggattatacaagctgcacctgcaactgctattataccacccacgctcaattgattcccattgttatcatttgta 54472130  T
Q  603 ttgttgccgttgttcgagggtgatgatttatgatgatgatgt 644  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472129 ttgttgccgttgttcgagggtgatgatttatgatgatgatgt 54472088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University