View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF18998_low_6 (Length: 494)
Name: NF18998_low_6
Description: NF18998
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF18998_low_6 |
 | |
|
| [»] scaffold0482 (1 HSPs) |
| | |
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Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 428; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 428; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 477
Target Start/End: Original strand, 7773955 - 7774430
Alignment:
| Q |
8 |
gagcacagaataaagaagaagttcaagctatattattgttaactctactcctat----cctatccttcagcagctc--catatatgggaaaggctgatcc |
101 |
Q |
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| T |
7773955 |
gagcacagaatacagaagaagctcaagctatattattgttaactctactcctatatctcctatcctgcagcagctctccatatatggaaaaggctgatcc |
7774054 |
T |
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| Q |
102 |
agatgattctatttcattgtcacatgcaatgtgctttgttggattgactgtgatttccatgattaatgaggtaatttttctctttgtatttgtagtggac |
201 |
Q |
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| T |
7774055 |
agatgattctatttcattgtcacatgcaatgtgctttgttggattgactgtgatttccatgattaatgaggtaatttttctctttgtatttgtagtggac |
7774154 |
T |
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| Q |
202 |
attttgtatcatagagaaggtaccattttataatcccaatggatgatgggtgggcaatcataaacccttaaatgaagaagctcttgatgatcatggtgtg |
301 |
Q |
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| T |
7774155 |
attttgtatcatagagaaggtaccattttataatcccaatggatgatgggtgggcaatcataaacccttaaatgaagaagctcttgatgatcatggtgtg |
7774254 |
T |
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| Q |
302 |
attcattgcaatggttatggccatttggtatgtcttaatgggagaggaatcatggatctatggaaccaaattagcaccaatcttggagcaaggtacattg |
401 |
Q |
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|
| T |
7774255 |
attcattgcaatggttatggccatttggtatgtcttaatgggagaggaatcatggatctatggaaccaaattagcaccaatcttggagcaaggtacattg |
7774354 |
T |
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| Q |
402 |
cagttgaagatgcttcaaggaaaaggtcaatgtatcttcgcttatttcattgagttgcttatggtcactcttgttt |
477 |
Q |
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|
|
| T |
7774355 |
cagttgaagatgcttcaaggaaaaggtcaatgtatcttcgcttatttcattgagttgcttatgttcactcttgttt |
7774430 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 424; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 477
Target Start/End: Original strand, 7790602 - 7791077
Alignment:
| Q |
8 |
gagcacagaataaagaagaagttcaagctatattattgttaactctactcctat----cctatccttcagcagctc--catatatgggaaaggctgatcc |
101 |
Q |
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| T |
7790602 |
gagcacagaatacagaagaagcccaagctatattattgttaactctactcctatatctcctatcctgcagcagctctccatatatggaaaaggctgatcc |
7790701 |
T |
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| Q |
102 |
agatgattctatttcattgtcacatgcaatgtgctttgttggattgactgtgatttccatgattaatgaggtaatttttctctttgtatttgtagtggac |
201 |
Q |
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| T |
7790702 |
agatgattctatttcattgtcacatgcaatgtgctttgttggattgactgtgatttccatgattaatgaggtaatttttctctttgtatttgtagtggac |
7790801 |
T |
|
| Q |
202 |
attttgtatcatagagaaggtaccattttataatcccaatggatgatgggtgggcaatcataaacccttaaatgaagaagctcttgatgatcatggtgtg |
301 |
Q |
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| T |
7790802 |
attttgtatcatagagaaggtaccattttataatcccaatggatgatgggtgggcaatcataaacccttaaatgaagaagctcttgatgatcatggtgtg |
7790901 |
T |
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| Q |
302 |
attcattgcaatggttatggccatttggtatgtcttaatgggagaggaatcatggatctatggaaccaaattagcaccaatcttggagcaaggtacattg |
401 |
Q |
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|
| T |
7790902 |
attcattgcaatggttatggccatttggtatgtcttaatgggagaggaatcatggatctatggaaccaaattagcaccaatcttggagcaaggtacattg |
7791001 |
T |
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| Q |
402 |
cagttgaagatgcttcaaggaaaaggtcaatgtatcttcgcttatttcattgagttgcttatggtcactcttgttt |
477 |
Q |
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|
| T |
7791002 |
cagttgaagatgcttcaaggaaaaggtcagtgtatcttcgcttatttcattgagttgcttatggtcactcttgttt |
7791077 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 424; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 477
Target Start/End: Original strand, 7811187 - 7811662
Alignment:
| Q |
8 |
gagcacagaataaagaagaagttcaagctatattattgttaactctactcctat----cctatccttcagcagctc--catatatgggaaaggctgatcc |
101 |
Q |
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| T |
7811187 |
gagcacagaatacagaagaagctcaagctatattattgttaactctactcctatatctcctatcctgcagtagctctccatatatgggaaaggctgatcc |
7811286 |
T |
|
| Q |
102 |
agatgattctatttcattgtcacatgcaatgtgctttgttggattgactgtgatttccatgattaatgaggtaatttttctctttgtatttgtagtggac |
201 |
Q |
| |
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|
|
| T |
7811287 |
agatgattctatttcattgtcacatgcaatgtgctttgttggattgactgtgatttccatgattaatgaggtaatttttctctttgtatttgtagtggac |
7811386 |
T |
|
| Q |
202 |
attttgtatcatagagaaggtaccattttataatcccaatggatgatgggtgggcaatcataaacccttaaatgaagaagctcttgatgatcatggtgtg |
301 |
Q |
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| T |
7811387 |
attttgtatcatagagaaggtaccattttataatcccaatggatgatgggtgggcaatcataaacccttaaatgaagaagctcttgatgatcatggtgtg |
7811486 |
T |
|
| Q |
302 |
attcattgcaatggttatggccatttggtatgtcttaatgggagaggaatcatggatctatggaaccaaattagcaccaatcttggagcaaggtacattg |
401 |
Q |
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| T |
7811487 |
attcattgcaatggttatggccatttggtatgtcttaatgggagaggaatcatggatctatggaaccaaattagcaccaatcttagagcaaggtacattg |
7811586 |
T |
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| Q |
402 |
cagttgaagatgcttcaaggaaaaggtcaatgtatcttcgcttatttcattgagttgcttatggtcactcttgttt |
477 |
Q |
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|
|
| T |
7811587 |
cagttgaagatgcttcaaggaaaaggtcagtgtatcttcgcttatttcattgagttgcttatggtcactcttgttt |
7811662 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0482 (Bit Score: 424; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0482
Description:
Target: scaffold0482; HSP #1
Raw Score: 424; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 1311 - 836
Alignment:
| Q |
8 |
gagcacagaataaagaagaagttcaagctatattattgttaactctactcctat----cctatccttcagcagctc--catatatgggaaaggctgatcc |
101 |
Q |
| |
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| T |
1311 |
gagcacagaatacagaagaagcccaagctatattattgttaactctactcctatatctcctatcctgcagcagctctccatatatggaaaaggctgatcc |
1212 |
T |
|
| Q |
102 |
agatgattctatttcattgtcacatgcaatgtgctttgttggattgactgtgatttccatgattaatgaggtaatttttctctttgtatttgtagtggac |
201 |
Q |
| |
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|
| T |
1211 |
agatgattctatttcattgtcacatgcaatgtgctttgttggattgactgtgatttccatgattaatgaggtaatttttctctttgtatttgtagtggac |
1112 |
T |
|
| Q |
202 |
attttgtatcatagagaaggtaccattttataatcccaatggatgatgggtgggcaatcataaacccttaaatgaagaagctcttgatgatcatggtgtg |
301 |
Q |
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| T |
1111 |
attttgtatcatagagaaggtaccattttataatcccaatggatgatgggtgggcaatcataaacccttaaatgaagaagctcttgatgatcatggtgtg |
1012 |
T |
|
| Q |
302 |
attcattgcaatggttatggccatttggtatgtcttaatgggagaggaatcatggatctatggaaccaaattagcaccaatcttggagcaaggtacattg |
401 |
Q |
| |
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|
|
| T |
1011 |
attcattgcaatggttatggccatttggtatgtcttaatgggagaggaatcatggatctatggaaccaaattagcaccaatcttggagcaaggtacattg |
912 |
T |
|
| Q |
402 |
cagttgaagatgcttcaaggaaaaggtcaatgtatcttcgcttatttcattgagttgcttatggtcactcttgttt |
477 |
Q |
| |
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|
|
| T |
911 |
cagttgaagatgcttcaaggaaaaggtcagtgtatcttcgcttatttcattgagttgcttatggtcactcttgttt |
836 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 89; Significance: 1e-42; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 195 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 33184924 - 33184767
Alignment:
| Q |
195 |
agtggacattttgtatcatagagaaggtaccattttataatcccaatggatgatgggtgggcaatcataaacccttaaatgaagaagctcttgatgat-- |
292 |
Q |
| |
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|
| T |
33184924 |
agtggacattttgtatcaaagagaaggtaccattttataatcccaatggatgatgggtgg-----cataaacccttaaatgaagaagctcttgatgatca |
33184830 |
T |
|
| Q |
293 |
-------------catggtgtgattcattgcaatggttatggccatttggtatgtcttaatgg |
342 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33184829 |
gagtcatctattacatggtgtgattcattgcaatggttatggccatttggtatgtcttaatgg |
33184767 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 392 - 474
Target Start/End: Complemental strand, 33184582 - 33184500
Alignment:
| Q |
392 |
aggtacattgcagttgaagatgcttcaaggaaaaggtcaatgtatcttcgcttatttcattgagttgcttatggtcactcttg |
474 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33184582 |
aggtacattgcagttgaagatgcttcaagaaaaaggtcaatggatcttcgcttacttcatggagttgcttatggtcactcttg |
33184500 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 334 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 33184745 - 33184684
Alignment:
| Q |
334 |
tcttaatgggagaggaatcatggatctatggaaccaaattagcaccaatcttggagcaaggt |
395 |
Q |
| |
|
||||| |||||||| |||||||||||||||| || |||| ||||||||||| ||||||||| |
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|
| T |
33184745 |
tcttagtgggagagaaatcatggatctatgggacagaatttgcaccaatcttagagcaaggt |
33184684 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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