View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18999_low_1 (Length: 1007)

Name: NF18999_low_1
Description: NF18999
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18999_low_1
NF18999_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (18-1001)||(44282610-44283606)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 890; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 890; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 1001
Target Start/End: Complemental strand, 44283606 - 44282610
Alignment:
Q  18 aggtggctcaatgaatcttgtatggtgagcatgtctcatacttcaaaacttattttcaggtcatgtctcatccattatgggactaagtgttcattccttg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44283606 aggtggctcaatgaatcttgtatggtgagtatgtctcatacttcaaaacttattttcaggtcatgtctcatccattatgggactaagtgttcattccttg 44283507  T
Q  118 actatatcttcaagatatttatttattgctaatacctctcagacatgattacctgaatgctgaatgtaagtgccaagatgtaagcccatccaaagactga 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44283506 actatatcttcaagatatttatttattgctaatacctctcagacatgattacctgaatgctgaatgtaagtgccaagatgtaagcccatccaaagactga 44283407  T
Q  218 aatgatgccaatactaccaagtattgctatgggtccattcttgtctgcacctttagtttcttcagttaaatgtgctgccgcatcatatccatagagggaa 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  44283406 aatgatgccaatactaccaagtattgctatgggtccattcttgtctgcacctttagtttcttcagttaaatgtgctgcagcatcatatccatagagggaa 44283307  T
Q  318 tactggctcacaagaaatgatagaatcactgcatatggtttgcttgatactcctgttgtatcagatgctaattcaaagtttgtgaatacatatgtagctg 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44283306 tactggctcacaagaaatgatagaatcactgcatatggtttgcttgatactcctgttgtatcagatgctaattcaaagtttgtgaatacatatgtagctg 44283207  T
Q  418 attgtttagttagtgccaccagaggtaacagtatcactatcactgctccaccaataacctgacacggaaaattgagtgtgttacttcctaataaaagctn 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  44283206 attgtttagttagtgccaccagaggtaacagtatcactatcactgctccaccaataacctgacacagaaaattgagtgtgttacttcctaataaaagct- 44283108  T
Q  518 nnnnnnngttgagcaaattttgaagcacatcttagaatatttttggtagaaagaacaatgaagtgtttggctgcagtca--------------caccgtt 603  Q
           |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              |||||||    
T  44283107 caaaaaagttgagcaaattttgaagcacatcttagaacatttttggtagaaagaacaatgaagtgtttggctgcagtcacgataccacacattcaccgtt 44283008  T
Q  604 atcagcaagtgggagcaattagataaagatcggatcggacaattcaaatttaagttcaataagccaaattttataaacaactcagaatataagttgtcag 703  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |    
T  44283007 atcagcaagtgggagcaattagataaagatcggatcggacaattcaaatttaagttcaataagccaaattttataaacaactcaaaatataagttgtctg 44282908  T
Q  704 gtcttggttcaacggttctgaatgactgactgcggttaccatatgatgttttagtgaataaacaatattgagcaatcttatggcagttatggatatacat 803  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44282907 gtcttggttcaacagttctgaatgactgactgcggttaccatatgatgttttagtgaataaacaatattgagcaatcttatggcagttatggatatacat 44282808  T
Q  804 ggaaacaaaagtacctgccaccatattgaaattatatcgatgaaggcaatgacttctaatgcaaatgtgttcaatgctgcccatataacagtgaggccaa 903  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44282807 ggaaacaaaagtacctgccaccatattgaaattatatcgatgaaggcaatgacttctaatgcaaatgtgttcaatgctgcccatataacagtgaggccaa 44282708  T
Q  904 tgtacatacataagaatagccattttggagcaaagtaccctccacctttatttgtgcctgttgagagtaggattatgctctgtaatgtctgtgctcct 1001  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  44282707 tgtacatacataagaatagccattttggagcaaagtaccctccacctttatttgtgcctgttgagagtaggattatgctctgtaatgtctgtgatcct 44282610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University