View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19001_high_3 (Length: 746)

Name: NF19001_high_3
Description: NF19001
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19001_high_3
NF19001_high_3
[»] chr7 (15 HSPs)
chr7 (18-661)||(43056993-43057655)
chr7 (18-661)||(151968-152624)
chr7 (18-661)||(35089422-35090080)
chr7 (18-661)||(27417973-27418616)
chr7 (18-661)||(30110913-30111554)
chr7 (168-661)||(47913648-47914153)
chr7 (305-661)||(47912635-47913005)
chr7 (282-661)||(33474859-33475256)
chr7 (282-661)||(12252752-12253130)
chr7 (18-247)||(40097204-40097434)
chr7 (18-171)||(47914878-47915031)
chr7 (18-246)||(39301002-39301219)
chr7 (18-134)||(24939509-24939624)
chr7 (18-138)||(31494349-31494469)
chr7 (64-138)||(46037204-46037278)
[»] chr8 (30 HSPs)
chr8 (18-661)||(41386184-41386844)
chr8 (18-661)||(29259593-29260250)
chr8 (18-661)||(43604686-43605338)
chr8 (18-661)||(7148150-7148806)
chr8 (18-661)||(40264598-40265255)
chr8 (18-661)||(2112901-2113559)
chr8 (18-616)||(42275082-42275681)
chr8 (282-661)||(43489256-43489650)
chr8 (305-661)||(10795689-10796059)
chr8 (328-661)||(4655492-4655838)
chr8 (282-661)||(9457883-9458277)
chr8 (29-388)||(41965406-41965761)
chr8 (287-660)||(41964907-41965288)
chr8 (18-264)||(4655157-4655403)
chr8 (18-230)||(10802533-10802745)
chr8 (18-247)||(28619953-28620183)
chr8 (22-213)||(9457657-9457848)
chr8 (35-246)||(37567118-37567329)
chr8 (18-247)||(4302551-4302782)
chr8 (18-234)||(30382432-30382648)
chr8 (18-215)||(8502742-8502939)
chr8 (18-197)||(9209146-9209325)
chr8 (18-208)||(35142152-35142342)
chr8 (186-266)||(41965324-41965404)
chr8 (18-103)||(1605902-1605987)
chr8 (20-101)||(40013363-40013444)
chr8 (609-661)||(39371490-39371542)
chr8 (23-138)||(24296506-24296621)
chr8 (167-235)||(40013255-40013324)
chr8 (49-117)||(23185838-23185906)
[»] chr3 (33 HSPs)
chr3 (18-661)||(24150151-24150806)
chr3 (18-661)||(30588949-30589607)
chr3 (18-661)||(26292887-26293541)
chr3 (79-661)||(26005178-26005768)
chr3 (18-661)||(38629135-38629774)
chr3 (18-661)||(36054335-36054981)
chr3 (18-661)||(19551481-19552122)
chr3 (282-660)||(50899749-50900147)
chr3 (353-661)||(35731312-35731637)
chr3 (18-265)||(35731042-35731289)
chr3 (18-266)||(50900173-50900421)
chr3 (18-234)||(46251961-46252177)
chr3 (287-546)||(23753929-23754185)
chr3 (18-247)||(13662658-13662887)
chr3 (18-205)||(26005770-26005957)
chr3 (287-546)||(23697353-23697609)
chr3 (287-546)||(23715809-23716065)
chr3 (287-546)||(23734265-23734521)
chr3 (469-661)||(26556415-26556621)
chr3 (18-246)||(27593262-27593490)
chr3 (18-234)||(26555924-26556123)
chr3 (18-246)||(39338046-39338271)
chr3 (18-247)||(36786081-36786309)
chr3 (501-661)||(2125022-2125196)
chr3 (18-204)||(52023987-52024173)
chr3 (18-208)||(38682535-38682728)
chr3 (567-661)||(23697604-23697698)
chr3 (567-661)||(23716060-23716154)
chr3 (567-661)||(23734516-23734610)
chr3 (567-661)||(23754180-23754274)
chr3 (18-93)||(53183972-53184047)
chr3 (18-103)||(25713327-25713413)
chr3 (20-117)||(6783976-6784073)
[»] chr4 (24 HSPs)
chr4 (18-661)||(42217762-42218420)
chr4 (18-661)||(8583326-8583979)
chr4 (18-658)||(3435294-3435931)
chr4 (85-598)||(7820239-7820753)
chr4 (282-661)||(42315244-42315640)
chr4 (18-411)||(44929987-44930382)
chr4 (18-228)||(8880554-8880764)
chr4 (18-246)||(52109516-52109744)
chr4 (18-239)||(45332776-45332997)
chr4 (18-247)||(25935897-25936127)
chr4 (18-239)||(45340466-45340687)
chr4 (18-239)||(47685254-47685475)
chr4 (18-246)||(54509824-54510050)
chr4 (18-239)||(42720829-42721051)
chr4 (35-247)||(26336195-26336407)
chr4 (465-661)||(56398552-56398770)
chr4 (18-208)||(33449963-33450153)
chr4 (282-473)||(56397780-56397973)
chr4 (18-246)||(40143886-40144098)
chr4 (490-561)||(44930371-44930442)
chr4 (509-561)||(7808724-7808776)
chr4 (18-103)||(5117071-5117156)
chr4 (555-598)||(7808784-7808827)
chr4 (18-52)||(7820206-7820240)
[»] scaffold0016 (1 HSPs)
scaffold0016 (18-661)||(81100-81756)
[»] chr1 (22 HSPs)
chr1 (18-661)||(26882141-26882800)
chr1 (18-661)||(52705503-52706157)
chr1 (18-661)||(45318570-45319233)
chr1 (287-661)||(45535133-45535525)
chr1 (18-247)||(1928149-1928378)
chr1 (18-234)||(36402357-36402573)
chr1 (18-239)||(29208865-29209086)
chr1 (18-246)||(10896910-10897138)
chr1 (18-246)||(33243060-33243284)
chr1 (18-246)||(33263233-33263457)
chr1 (555-661)||(14389044-14389150)
chr1 (20-213)||(45534918-45535089)
chr1 (35-117)||(9831417-9831499)
chr1 (324-399)||(39758356-39758432)
chr1 (324-399)||(39763710-39763786)
chr1 (124-209)||(9831782-9831867)
chr1 (18-179)||(9191241-9191402)
chr1 (500-535)||(14387660-14387695)
chr1 (488-561)||(39758447-39758523)
chr1 (488-561)||(39763801-39763877)
chr1 (586-646)||(39758567-39758629)
chr1 (586-646)||(39763921-39763983)
[»] scaffold0153 (1 HSPs)
scaffold0153 (25-661)||(34132-34781)
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (18-534)||(40410700-40411220)
chr5 (282-657)||(13950120-13950509)
chr5 (282-661)||(3603790-3604182)
chr5 (20-246)||(6828537-6828764)
chr5 (18-227)||(17518538-17518748)
chr5 (555-661)||(11633010-11633116)
chr5 (18-227)||(10571221-10571430)
chr5 (18-138)||(6902525-6902645)
chr5 (64-172)||(2276025-2276133)
chr5 (520-554)||(11633131-11633165)
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (18-661)||(6476070-6476687)
chr6 (282-661)||(29865068-29865462)
chr6 (313-661)||(3109674-3110035)
chr6 (19-213)||(29834064-29834258)
chr6 (19-213)||(29865498-29865692)
chr6 (18-240)||(3110037-3110259)
chr6 (18-246)||(10643758-10643988)
chr6 (18-247)||(30877962-30878191)
chr6 (18-163)||(7858203-7858348)
chr6 (64-172)||(709070-709178)
[»] chr2 (22 HSPs)
chr2 (18-507)||(29941055-29941549)
chr2 (316-661)||(45547341-45547677)
chr2 (282-661)||(7487468-7487868)
chr2 (18-373)||(6289127-6289475)
chr2 (365-661)||(42626727-42627037)
chr2 (18-267)||(45547041-45547290)
chr2 (374-661)||(21735989-21736290)
chr2 (428-661)||(6288871-6289118)
chr2 (20-246)||(11534947-11535173)
chr2 (18-247)||(20157502-20157731)
chr2 (18-235)||(24193243-24193460)
chr2 (18-247)||(34028677-34028907)
chr2 (18-239)||(11998171-11998391)
chr2 (18-227)||(24193659-24193875)
chr2 (558-661)||(29941549-29941652)
chr2 (384-526)||(35172079-35172220)
chr2 (18-188)||(45485471-45485631)
chr2 (584-661)||(35171755-35171832)
chr2 (18-172)||(38822753-38822908)
chr2 (555-598)||(35172007-35172050)
chr2 (18-102)||(2373079-2373163)
chr2 (18-102)||(27090745-27090829)
[»] scaffold0237 (2 HSPs)
scaffold0237 (282-661)||(20763-21157)
scaffold0237 (19-213)||(21192-21386)
[»] scaffold0202 (1 HSPs)
scaffold0202 (18-239)||(16311-16516)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 464; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 464; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 43057655 - 43056993
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43057655 tcaattaggattttcaagattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 43057556  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  43057555 ctctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttt 43057456  T
Q  218 tctatctcccacacatagccttaagattttgtaatactcttccaaattca---nnnnnnnnnnnnngtttatgtttcttccaaattcttt--tgttctaa 312  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||                 |||| ||||||||||||||||||  |||||||     
T  43057455 tctatctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttccaaattcattttttttttttttttttttacgtttcttccaaattcttttctgttctac 43057356  T
Q  313 tgtaacaatgacaggttatatattttgtttggcaaacttgttgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttacgttcattn 412  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||     
T  43057355 tgtaacaatggcaggttatatattttgtttggcaaacttattgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataatttttacgttcatta 43057256  T
Q  413 nnnnnnngaatgtaatgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcacaactttacgttcattggtattataat 512  Q
           ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43057255 aaaaaaagaatgtactgtataatcttgtggttaatttaccatctatctatatatcaaattattataaaaatcacaactttacgttcattggtattataat 43057156  T
Q  513 aatttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcattttt--------------taatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttatttt 598  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||              ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43057155 aatttttctacttgcatttttctacatgtaacatgcatttttcaatcaaattattataatcaataaattaacataacttatttttaggtctatttatttt 43057056  T
Q  599 gatatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 661  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43057055 gatatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 43056993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 428; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 661
Target Start/End: Original strand, 151968 - 152624
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  151968 tcaattaggattttcaagattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctaatggtattcaaaa 152067  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  152068 ctctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttt 152167  T
Q  218 tctatctcccacacatagccttaagattttgtaatactcttccaaattcannnnnnnnnnnnngtttatgtttcttccaaattcttt--tgttctaatgt 315  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||               |||| ||||||||||||||||||  ||||||| |||    
T  152168 tctatctcccacacatagcctttagattttgtaatactctaccaaaatc----ttttttttttttttacgtttcttccaaattcttttctgttctactgt 152263  T
Q  316 aacaatgacaggttatatattttgtttggcaaacttgttgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttacgttcatt-nnn 414  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||        
T  152264 aacaatggcaggttatatattttgtttggcaaacttattgtcgaaatcatcattcctctaacttgcacttttcttaacatgacttttacgttcattaaaa 152363  T
Q  415 nnnnngaatgtaatgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcacaactttacgttcattggtattataataa 514  Q
         ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  152364 aaaaagaatgtactgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcacaactttacgttcattggtattataataa 152463  T
Q  515 tttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcattttt--------------taatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttattttga 600  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||              ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  152464 tttttctacttgcatttttctagatgtaacatgcatttttcaatcaaattattataatcaataaactaacataacttatttttagatctatttattttga 152563  T
Q  601 tatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 661  Q
    |||||||||||||  ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  152564 tatcatatgtccatgatttttaagattaatcaatctgctagtagtatattatctaatagtc 152624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 418; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 35090080 - 35089422
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35090080 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatcaagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 35089981  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |    
T  35089980 ctctacggattttaatggattgttgtgagtaatgaattttgtgagattgtttggtataaaatgtacctactaacaatctcacacctaaccttgagacttt 35089881  T
Q  218 tctatctcccacacatagccttaagattttgtaatactcttccaaattcannnnnnnnnnnnngtttatgtttcttccaaattcttt--tgttctaatgt 315  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||              |||| |||| |||||||||||||  | ||||| |||    
T  35089880 tctatctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttccaaattcattttttttttt---tttacgttttttccaaattcttttatattctactgt 35089784  T
Q  316 aacaatgacaggttatata--ttttgtttggcaaacttgttgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttacgttcattnn 413  Q
    ||||| ||||  |||||||  ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||      
T  35089783 aacaacgacatattatatattttttgtttgacaaacttattgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcatttttcttaacataacttttacgttcattaa 35089684  T
Q  414 nnnnnngaatgtaatgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcacaactttacgttcattggtattataata 513  Q
          ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  35089683 aaaaaagaatgtattgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcacaactttacgttcatcggtattataata 35089584  T
Q  514 atttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcattttt--------------taatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttattttg 599  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35089583 atttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcatttttcaatcaaattattataatcaataaattaacataacttatttttaggtctatttattttg 35089484  T
Q  600 atatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 661  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  35089483 atatcatatgtccataatttttaagattaatcaatctgctagtagtatattatctaatagtc 35089422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 374; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 27418616 - 27417973
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||    
T  27418616 tcaattaggattttcaagattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctgctagtaatcaaaa 27418517  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||| |    
T  27418516 ctctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtatctattaacaatctcacacctaaccttgagacttt 27418417  T
Q  218 tctatctcccacacatagccttaagattttgtaatactcttccaaattcannnnnnnnnnnnngtttatgtttcttccaaattcttt--tgttctaatgt 315  Q
    |   ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||              |||| ||||||||||||||||||  ||||||| | |    
T  27418416 ttggtctcccacacaaagccttgagattttgtaatactcttccaaattcatttttttttttt--tttacgtttcttccaaattcttttctgttctactat 27418319  T
Q  316 aacaatgacaggttatatattttgtttggcaaacttgttgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttacgttcatt-nnn 414  Q
    ||||||||||| |||||||               || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        
T  27418318 aacaatgacagattatata---------------ttattgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttacgttcattaaaa 27418234  T
Q  415 nnnnngaatgtaatgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcacaactttacgttcattggtattataataa 514  Q
         ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  27418233 aaaaagaacgtactgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcacaactttttgttcattggtattataataa 27418134  T
Q  515 tttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcattttt--------------taatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttattttga 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27418133 tttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcatttttcaatcaaattattataatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttattttga 27418034  T
Q  601 tatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 661  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27418033 tatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 27417973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 356; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 661
Target Start/End: Original strand, 30110913 - 30111554
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||    
T  30110913 tcaattaggattttcaagattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctgctattattcaaaa 30111012  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||| |    
T  30111013 ctctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtatctattaacaatctcacacctaaccttgagacttt 30111112  T
Q  218 tctatctcccacacatagccttaagattttgtaatactcttccaaattca-nnnnnnnnnnnnngtttatgtttcttccaaattcttt--tgttctaatg 314  Q
    | | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||               |||| ||||||||||||||||||  ||||||| ||    
T  30111113 tttgtctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttccaaattcatttttttattttttttttacgtttcttccaaattcttttctgttctactg 30111212  T
Q  315 taacaatgacaggttatatattttgtttggcaaacttgttgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttacgttcatt-nn 413  Q
    |||||||| ||| |||||||               || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  30111213 taacaatggcagattatata---------------ttatcgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttacgttcattaaa 30111297  T
Q  414 nnnnnngaatgtaatgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcacaactttacgttcattggtattataata 513  Q
          ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  30111298 aaaaaagaacgtactgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcacaactttttgttcattggtattataata 30111397  T
Q  514 atttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcattttttaatca-------ataa--actaacataacttatttttaggtctatttattttgatatc 604  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||       ||||  | |||  |||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  30111398 atttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcatttttcaatcaaattattataatcaataaactaacataattttaggtctatttattttgatatc 30111497  T
Q  605 atatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 661  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30111498 atatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 30111554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 325; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 168 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 47914153 - 47913648
Alignment:
Q  168 ttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactattctatctcccacacatagccttaagattttgtaatactcttccaaattca 267  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  47914153 ttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttccaaattca 47914054  T
Q  268 nnnnnnnnnnnnngtttatgtttcttccaaattctttt--gttctaatgtaacaatgacaggttatatattttgtttggcaaacttgttgtcgaaatcat 365  Q
                  |||| |||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  47914053 tttttttttt----tttacgtttcttccaaattcttttctgttctactgtaacaatggtaggttatatattttgtttggcaaacttattgtcgaaatcat 47913958  T
Q  366 catgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttacgttcattnnnnnnnngaatgtaatgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatata 465  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47913957 catgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttacgttcattaaaaaaaagaacgtactgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatata 47913858  T
Q  466 tcaaattattataaaaatcacaactttacgttcattggtattataataatttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcattttt----------- 554  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||               
T  47913857 tcaaattattataaaaatcacaactttacgttcattggtattataataatttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcatttttcaatcaaatta 47913758  T
Q  555 ---taatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttattttgatatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatatta 651  Q
       ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47913757 ttataatcaataaattaacatagcttatttttaggtctatttattttgatattatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatatta 47913658  T
Q  652 tctaatagtc 661  Q
    ||||||||||    
T  47913657 tctaatagtc 47913648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 260; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 305 - 661
Target Start/End: Original strand, 47912635 - 47913005
Alignment:
Q  305 tgttctaatgtaacaatgacaggttatatattttgtttggcaaacttgttgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttac 404  Q
    ||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47912635 tgttctactgtaacaatggtaggttatatattttgtttggcaaacttattgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttac 47912734  T
Q  405 gttcattnnnnnnnngaatgtaatgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcacaactttacgttcattggt 504  Q
    |||||||        ||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47912735 gttcattaaaaaaaagaacgtactatataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcacaactttacgttcattggt 47912834  T
Q  505 attataataatttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcattttt--------------taatcaataaactaacataacttatttttaggtcta 590  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  47912835 attataataatttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcatttttcaatcaaattattataatcaataaattaacatagcttatttttaggtcta 47912934  T
Q  591 tttattttgatatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 661  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47912935 tttattttgatattatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 47913005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 282 - 661
Target Start/End: Original strand, 33474859 - 33475256
Alignment:
Q  282 tttatgtttcttccaaattctttt--gttctaatgtaacaatgacaggttatatattttgtttggcaaacttgttgtcgaaatcatcatgcctctaactt 379  Q
    |||| |||||||||||||||||||  |||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  33474859 tttacgtttcttccaaattcttttctgttctactgtaacaatggcatgttatatattttgtttggcaaacttattgtcgaaatcatcatgcctctaactt 33474958  T
Q  380 gcacttttcttaacataacttttacgttcattnnnnnnnn--gaatgtaatgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattat 477  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||          ||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33474959 gcacttttcttaacataacttttacgttcattaaaaaaaaaagaacgaactgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattat 33475058  T
Q  478 aaaaatcacaactttacgttcattggtattataataatttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcattttt--------------taatcaata 563  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||              |||||||||    
T  33475059 aaaaatcacaactttatgttcattggtattataataatttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcatatttcaatcaaattattataatcaata 33475158  T
Q  564 aactaacataacttatttttaggtctatttattttgatatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 661  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33475159 aactatcataacttatttttaggtctatttatttggatatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 33475256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 282 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 12253130 - 12252752
Alignment:
Q  282 tttatgtttcttccaaattctttt--gttctaatgtaacaatgacaggttatatattttgtttggcaaacttgttgtcgaaatcatcatgcctctaactt 379  Q
    |||| ||||||| |||||||||||  |||||| | |||||||| || ||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  12253130 tttacgtttctttcaaattcttttctgttctactataacaatggcaagttatatattttgttcggcaaacttattgtcaaaatcatcatgcctctaactt 12253031  T
Q  380 gcacttttcttaacataacttttacgttcattnnnnnnnngaatgtaatgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataa 479  Q
     ||||||||||||||||||||||| |||||||        ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  12253030 acacttttcttaacataacttttatgttcattaaaaaaaagaacgtactgtataatcttgtggttaatttaccatatacctatatatcaaattattataa 12252931  T
Q  480 aaatcacaactttacgttcattggtattataataatttttctacttg-------catttttctacctgtaacatgcattttttaatcaataaactaacat 572  Q
    ||||||||| |||||||||||||   |||||||||||||||||||||       |||||||| | |    | ||   | || ||||||||||||||||||    
T  12252930 aaatcacaattttacgttcattg---ttataataatttttctacttgtaacatgcatttttcaatc----aaat---tattataatcaataaactaacat 12252841  T
Q  573 aacttatttttaggtctatttattttgatatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 661  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12252840 aacttatttttaggtctatttattttgatatcatatgttcagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 12252752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 18 - 247
Target Start/End: Original strand, 40097204 - 40097434
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    ||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  40097204 tcaattatgattttcaaaattttttaatgagtccaataaaattcagtggtattcaattcagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaa 40097303  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagac-ta 216  Q
     |||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| | |||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||| |     
T  40097304 ttctaaggattttaatggattgttatgactaatggattttgtgagactttttaatgtaaaatgcatctactaacaatctcacacctagctttgagacttt 40097403  T
Q  217 ttctatctcccacacatagccttaagatttt 247  Q
    || | |||||||||||||| ||| |||||||    
T  40097404 ttttgtctcccacacatagtcttgagatttt 40097434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 18 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 47915031 - 47914878
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  47915031 tcaattaggattttcaagattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctgctagtattcaaaa 47914932  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttag 171  Q
    |||||| |||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  47914931 ctctacagatttttatggattgttgtgagtaatggattttgtgagattgtttag 47914878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 18 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 39301219 - 39301002
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  39301219 tcaattaggattttcagaattttttaatgagtccaataaattccagtggtattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaa 39301120  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagac-ta 216  Q
     | || |||||||||| ||||| | ||||||||||||            |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |     
T  39301119 ttgtaaggattttaatagattgttgtgagtaatggat------------tttaatgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctaaccttgagacttt 39301032  T
Q  217 ttctatctcccacacatagccttaagattt 246  Q
    || | ||||||||| |||||||| ||||||    
T  39301031 ttttgtctcccacatatagccttgagattt 39301002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 18 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 24939624 - 24939509
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||  |||||   |||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||  ||||||||||||    
T  24939624 tcaattatgattttcatgaatttttaaagagtccaacaaaatctgatggtattcaattaaaatttttcataacttaaaaatagtct-ttggtattcaaaa 24939526  T
Q  118 ctctacggattttaatg 134  Q
     | ||  ||||||||||    
T  24939525 atttatagattttaatg 24939509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 18 - 138
Target Start/End: Original strand, 31494349 - 31494469
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||  |||||  ||||||||||||  | |||||  | ||||||||||||||||  ||||||| ||||    
T  31494349 tcaattaggattttaatgattttttaaagagtcaaacaaaatctggtggtattcaatcaagattttttacaacttaaaaattgtctcttggtattaaaaa 31494448  T
Q  118 ctctacggattttaatggatt 138  Q
     | ||  ||||||||||||||    
T  31494449 atgtattgattttaatggatt 31494469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 64 - 138
Target Start/End: Complemental strand, 46037278 - 46037204
Alignment:
Q  64 tggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaactctacggattttaatggatt 138  Q
    |||||||||||||| ||||  ||| |||||  ||||||||| |||||||||||| ||||  |||||| |||||||    
T  46037278 tggtattcaattgagatttctcatgacttatgaattgtctattggtattcaaaagtctatagattttgatggatt 46037204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 461; Significance: 0; HSPs: 30)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 461; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 41386844 - 41386184
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  41386844 tcaattaggattttcaagattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctactagtattcaaaa 41386745  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  41386744 ctctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttatgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttt 41386645  T
Q  218 tctatctcccacacatagccttaagattttgtaatactcttccaaattcannnnnnnnnnnnngtttatgtttcttccaaattcttt--tgttctaatgt 315  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||              |||| ||||||||||||||||||  ||||||| |||    
T  41386644 tctatctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttccaaattcatttttttttttttttttacgtttcttccaaattcttttctgttctattgt 41386545  T
Q  316 aacaatgacaggttatatattttgtttggcaaacttgttgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttacgttcattnnnn 415  Q
    ||||||  |||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||        
T  41386544 aacaatcgcaggttatatatgttgtttgacaaacttattgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcatttttcttaacataacttttacgttcattaaaa 41386445  T
Q  416 nnnngaatgtaatgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcacaactttacgttcattggtattataataat 515  Q
        ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41386444 aaaagaatgtactgaataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcacaactttacgttcattggtattataataat 41386345  T
Q  516 ttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcattttt---------------taatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttattttga 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41386344 ttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcatttttccaatcaaattattataatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttattttga 41386245  T
Q  601 tatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 661  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41386244 tatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 41386184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 447; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 29260250 - 29259593
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29260250 tcaattaggattttcgagattttttaacgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 29260151  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |    
T  29260150 ctctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacgtactaacaatctcacacctaaccttgagacttt 29260051  T
Q  218 tctatctcccacacatagccttaagattttgtaatactcttccaaattcannnnnnnnnnnnngtttatgtttcttccaaattcttt--tgttctaatgt 315  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||              |||| ||||||||||||||||||  ||||||| |||    
T  29260050 tctatctcccacacatagccttgagattttgtaatactattccaaattcatttttttttttt--tttacgtttcttccaaattcttttctgttctattgt 29259953  T
Q  316 aacaatgacaggttatatattttgtttggcaaacttgttgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttacgttcattnnnn 415  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||        
T  29259952 aacaatggcaggttatatattttgtttggcaaacttattgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttacgttaattaaaa 29259853  T
Q  416 nnnngaatgtaatgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcacaactttacgttcattggtattataataat 515  Q
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  29259852 aaaagaatgtactgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattatcataaaaatcacaactttacgtttattggtattataataat 29259753  T
Q  516 ttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcattttt--------------taatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttattttgat 601  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29259752 ttttctacttgcatttttctacatgtaacatgcatttttcaatcaaattattataatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttattttgat 29259653  T
Q  602 atcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 661  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  29259652 atcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgccagtagtatattatctaatagtc 29259593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 431; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 43605338 - 43604686
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  43605338 tcaattaggattttcaagattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgagatttcgcataacttaaaaattgtctgctagtattcaaaa 43605239  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  43605238 ctctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagattgtttaatgtaaaatgtacttactaacaatctcacacctagccttgagacttt 43605139  T
Q  218 tctatctcccacacatagccttaagattttgtaatactcttccaaattcannnnnnnnnnnnngtttatgtttcttccaaattc--ttttgttctaatgt 315  Q
    | | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||               |||| |||||||||||||||  |||||||||| |||    
T  43605138 tttgtctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttccaaattc-------tttttttttttacgtttcttccaaattcttttttgttctactgt 43605046  T
Q  316 aacaatgacaggttatatattttgtttggcaaacttgttgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttacgttcattnnnn 415  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||        
T  43605045 aacaatggcaggttatatattttgtttggcaaacttattgtcgaaatcatcatgcatctaacttgcacttttcttaacataacttgtacattcattaaaa 43604946  T
Q  416 nnnngaatgtaatgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcacaactttacgttcattggtattataataat 515  Q
        |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43604945 aaaagaatatattgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcacaactttacgttcattggtattataataat 43604846  T
Q  516 ttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcattttt--------------taatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttattttgat 601  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  43604845 ttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcatttttcaatcaaattattataatcaataaactaacataacttatttttagatctatttattttgat 43604746  T
Q  602 atcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 661  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43604745 attatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 43604686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 427; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 661
Target Start/End: Original strand, 7148150 - 7148806
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  7148150 tcaattaggattttcaagattttttaaggagtccaatgaaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttagaaattgtctactggcattcaaaa 7148249  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  7148250 ctctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttt 7148349  T
Q  218 tctatctcccacacatagccttaagattttgtaatactcttccaaattcannnnnnnnnnnnngtttatgtttcttccaaattcttt--tgttctaatgt 315  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||              |||| ||||||||||||||||||  |||| || |||    
T  7148350 tctatctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttccaaattcattttttttttt---tttacgtttcttccaaattcttttctgttttactgt 7148446  T
Q  316 aacaatgacaggttatatattttgtttggcaaacttgttgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttacgttcattnnnn 415  Q
    |||||||  || |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||        
T  7148447 aacaatggtagattatatattttgtttgacaaacttattgtcgaaatcatcatgcctctaccttgcacttttcttaacataatttttacgttcattaaaa 7148546  T
Q  416 nnnngaatgtaatgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcacaactttacgttcattggtattataataat 515  Q
        ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  7148547 aaaagaatgtactggataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcacaactttacgttaattggtattataataat 7148646  T
Q  516 ttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcattttt--------------taatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttattttgat 601  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||              |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7148647 ttttctacttgcatttctctacatgtaacatgcatttttcaatcaaattattataattaataaactaacataacttatttttaggtctatttattttgat 7148746  T
Q  602 atcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 661  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7148747 atcatatgtccaaaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 7148806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 420; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 40265255 - 40264598
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  40265255 tcaattaggattttcaagattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctaatggtattcaaaa 40265156  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
    ||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  40265155 ctctatggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttt 40265056  T
Q  218 tctatctcccacacatagccttaagattttgtaatactcttccaaattcannnnnnnnnnnnngtttatgtttcttccaaattcttt--tgttctaatgt 315  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||               |||| ||||||||||||||||||  ||||||| |||    
T  40265055 tctatctcccacacgtagcctttagattttgtaatactctaccaaaatc---tttttttttttttttacgtttcttccaaattcttttctgttctactgt 40264959  T
Q  316 aacaatgacaggttatatattttgtttggcaaacttgttgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttacgttcatt-nnn 414  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||        
T  40264958 aacaatggcaggttatatattttgtttggcaaacttattgtcgaaatcatcattcctctaacttgcacttttcttaacatgacttttacgttcattaaaa 40264859  T
Q  415 nnnnngaatgtaatgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcacaactttacgttcattggtattataataa 514  Q
         ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40264858 aaaaagaatgtactgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcacaactttacgttcattggtattataataa 40264759  T
Q  515 tttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcattttt--------------taatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttattttga 600  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||              ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  40264758 tttttctacttgcatttttctagatgtaacatgcatttttcaatcaaattattataatcaataaactaacataacttatttttagatctatttattttga 40264659  T
Q  601 tatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 661  Q
    |||||||||||||  ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  40264658 tatcatatgtccatgatttttaagattaatcaatctgctagtagtatattatctaatagtc 40264598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 394; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 661
Target Start/End: Original strand, 2112901 - 2113559
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2112901 tcaattaggattttcaagattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgagatttcgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 2113000  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |    
T  2113001 ctctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactgacaatctcacacctagcattgagacttt 2113100  T
Q  218 tctatctcccacacatagccttaagattttgtaatactcttccaaattca--nnnnnnnnnnnnngtttatgtttcttccaaattcttt--tgttctaat 313  Q
    ||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||                |||| |||||||||||| |||||  || |||| |    
T  2113101 tctgtctcccacatatagccttgagattttgtaatactcttccaaattcatttttttttttttttttttacgtttcttccaaaatcttttctgctctact 2113200  T
Q  314 gtaacaatgacaggttatatattttgtttggcaaacttgttgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttacgttcattnn 413  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  2113201 gtaataatggcaggttatatattttgtttggcaaac-tattgtcgaaatcaccatgcatctaacttgcacttttcttaacataacttttacgttcattaa 2113299  T
Q  414 nnnnnngaatgtaatgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcacaactttacgttcattggtattataata 513  Q
          ||| ||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  2113300 aaaaaagaacgtactgtataatcctgtggtt-atttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcacaactttacg-tcattgatattataata 2113397  T
Q  514 atttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcattttt--------------taatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttattttg 599  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2113398 atttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcatttttcaatcaaattattataatcaataaactaaaataacttatttttaggtctatttattttg 2113497  T
Q  600 atatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 661  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  2113498 atatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgttagtactatattatctaatagtc 2113559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 312; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 18 - 616
Target Start/End: Original strand, 42275082 - 42275681
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  42275082 tcaattaggattttcaagattttttaatgagtcaaatgaaatccagcggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctactagtattcaaaa 42275181  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaa-caatctcacacctagccttgagacta 216  Q
    ||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||     
T  42275182 ctctacggatttttatggattgttgtgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaaccaatctcacacctagccttgagactt 42275281  T
Q  217 ttctatctcccacacatagccttaagattttgtaatactcttccaaattcannnnnnnnnnnnngtttatgtttcttccaaattc--ttttgttctaatg 314  Q
    |||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |              ||||||||||||||||||||  |||||||||| ||    
T  42275282 ttctgtctcccacacataaccttgagattttgtaatactcttccaaatttattttttattttat-tttatgtttcttccaaattcttttttgttctactg 42275380  T
Q  315 taacaatgacaggttatatattttgtttggcaaacttgttgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttacgttcatt--n 412  Q
    ||||||||  ||||||||||               || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||       
T  42275381 taacaatggtaggttatata---------------ttattgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttacgtt-attaaa 42275464  T
Q  413 nnnnnnngaatgtaatgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcacaactttacgttcattggtattataat 512  Q
            || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  42275465 aaaaaaataacgtactgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaatta-tataaaaatcacaactttacgttcattgatattataat 42275563  T
Q  513 aatttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcattttt--------------taatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttatttt 598  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42275564 aatttttctacttgcatttttctacctttaacatgcatttttcaatcaaattattataatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttatttt 42275663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 262; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 282 - 661
Target Start/End: Original strand, 43489256 - 43489650
Alignment:
Q  282 tttatgtttcttccaaattctttt--gttctaatgtaacaatgacaggttatatattttgtttggcaaacttgttgtcgaaatcatcatgcctctaactt 379  Q
    |||| ||||| |||||||||||||  |||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||    
T  43489256 tttacgtttcatccaaattcttttttgttctactgtaacaatggcagattatatattttgtttggcaaacttattctcgaaatcatcatacctctaactt 43489355  T
Q  380 gcacttttcttaacataacttttacgttcattnnnnnnnngaatgtaatgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataa 479  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43489356 gcacttttcttaacata-cttttacgttcattaaaaaaaagaatgtactgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataa 43489454  T
Q  480 aaatcacaactttacgttcattggtattataataatttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcattttt--------------taatcaataaa 565  Q
    |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              |||||||||||    
T  43489455 aaatcaaaactttacgttctttggtattataataatttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcatttttcaatcaaattattataatcaataaa 43489554  T
Q  566 ctaacataacttatttttaggtctatttattttgatatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 661  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43489555 ctaacataacttatttttaggtctatttattttgatatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 43489650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 305 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 10796059 - 10795689
Alignment:
Q  305 tgttctaatgtaacaatgacaggttatatattttgtttggcaaacttgttgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttac 404  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10796059 tgttctactgtaacaatggcaggttatatattttgtttggcaaacttattgtcgaaattatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttac 10795960  T
Q  405 gttcattnnnnnnnngaatgtaatgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcacaactttacgttcattggt 504  Q
     ||||||        ||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10795959 tttcattaaaaaaaagaacgtactgtataatcttgtggttaatttatcatctacctatatatcaaattattataaaaatcacaactttacgttcattggt 10795860  T
Q  505 attataataatttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcattttt--------------taatcaataaactaacataacttatttttaggtcta 590  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||              ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  10795859 attataataatttttctacttgcatttttctacctgttacatgcatttttcaatcaaattattataatcaataaattaacttaacttatttttaggtcta 10795760  T
Q  591 tttattttgatatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 661  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10795759 tttattttgatatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 10795689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 328 - 661
Target Start/End: Original strand, 4655492 - 4655838
Alignment:
Q  328 ttatatattttgtttggcaaacttgttgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttacgttcattnnnnnnnngaatgtaa 427  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||     
T  4655492 ttatatattttgtttggcaaacttattgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttacgttcattaaaaaaaagaatgtac 4655591  T
Q  428 tgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcacaactttacgttcattggtattataataatttttctacttgc 527  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4655592 tgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcaaaactttacgttcattggaattataataatttttctacttgc 4655691  T
Q  528 atttttctacctgtaacatgcattttt--------------taatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttattttgatatcatatgtcca 613  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  4655692 attttt-tacctgtaacatgcatttttcaatcaatttattataatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttgttttgatatcatatgtcta 4655790  T
Q  614 gaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 661  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4655791 gaatttttaagatcaattaacctgctagtagtatattatctaatagtc 4655838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 282 - 661
Target Start/End: Original strand, 9457883 - 9458277
Alignment:
Q  282 tttatgtttcttccaaattctttt--gttctaatgtaacaatgacaggttatatattttgtttggcaaacttgttgtcgaaatcatcatgcctctaactt 379  Q
    |||| |||||||||||||||||||  ||||||  ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  9457883 tttacgtttcttccaaattcttttctgttctaccgtaacaatggcaggatatatattttgtttggcaaactt-ttgtcgaaatcatcatgcctctaactt 9457981  T
Q  380 gcacttttcttaacataacttttacgttcattnnnnnnnngaatgtaatgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataa 479  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||    
T  9457982 gcacttttcttaacataacttttacgttcaataaaaaaaagaatgtactgtataatcttgtggttaatttaccatctacctttttttcaaattattataa 9458081  T
Q  480 aaatcacaactttacgttcattggtattataataatttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcattttt--------------taatcaataaa 565  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||              |||||||||||    
T  9458082 aaatcacaactttacgttcattggtattataataatttttctacttgcatttttctaaatgcaacatgcatttttcaattaaattataataatcaataaa 9458181  T
Q  566 ctaacataacttatttttaggtctatttattttgatatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 661  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9458182 ctaacataacttatttttaggtctatttattttgatatcatatgtccatgatttttaagattaaccaacctgctagtagtatattatctaatagtc 9458277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 29 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 41965761 - 41965406
Alignment:
Q  29 tttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaactctacggatt 128  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  41965761 tttcaagattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaa--ttgtctactggtattcaaaactctacatatt 41965664  T
Q  129 ttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactattctatctccca 228  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  41965663 ttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagattatttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcgcacctagccttgagacttttctatctccca 41965564  T
Q  229 cacatagccttaagattttgtaatactcttccaaattcannnnnnnnnnnnngtttatgtttcttccaaattcttt--tgttctaatgtaacaatgacag 326  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||               |||| ||||||||||||||||||  ||||||| ||||| |||| |||    
T  41965563 cacatagccttgagattttgtaatactcttccaaattc----ttttttttttttttacgtttcttccaaattcttttctgttctactgtaaaaatggcag 41965468  T
Q  327 gttatatattttgtttggcaaacttgttgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttc 388  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41965467 gttatatattttgtttggcaaacttattgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttc 41965406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 287 - 660
Target Start/End: Complemental strand, 41965288 - 41964907
Alignment:
Q  287 gtttcttccaaattctttt--gttctaatgtaacaatgacaggttatatattttgtttggcaaacttgttgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcact 384  Q
    |||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||         || |||||||||| ||||    
T  41965288 gtttattccaaattcttttctgttctaatgtaacaatggcaggttatatattttgtttgacaaacttattgtc---------atacctctaacttacact 41965198  T
Q  385 tttcttaacataacttttacgttcattnnnnnnnngaatgtaatgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatc 484  Q
    |||||||||||||||||||||||||||        ||||||| || ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  41965197 tttcttaacataacttttacgttcattaaaaaaaagaatgtactgaataattttgtggttaatttaccatttacctatatatcaaattattataaaaatc 41965098  T
Q  485 acaactttacgttcattggtattataataatttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcattttt--------------taatcaataaactaac 570  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||              |||||||||||| |||    
T  41965097 acaactttacgttcattggtattataataatttttctacttgcatttttctacatgtaacatgcatttttcaatcaaattattataatcaataaaccaac 41964998  T
Q  571 ataacttatttttaggtctattta-ttttgatatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagt 660  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  41964997 ataacttatttttaggtctatttatttttgatatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgttagtagtatattatctaatagt 41964907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 18 - 264
Target Start/End: Original strand, 4655157 - 4655403
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4655157 tcaattaggattttcaagattttttaatgagtccaatgaaattcagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctaccggtattcaaaa 4655256  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  4655257 ctctacggattttaatggattgttatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacatactaacaatctcacacctagccttgagacttt 4655356  T
Q  218 tctatctcccacacatagccttaagattttgtaatactcttccaaat 264  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  4655357 tctatctctcacacatagccttgagattttgtgatactcttccaaat 4655403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 18 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 10802745 - 10802533
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10802745 tcaattaggattttcaagattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctactagtattcaaaa 10802646  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  10802645 ctctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttt 10802546  T
Q  218 tctatctcccaca 230  Q
    ||| |||||||||    
T  10802545 tctgtctcccaca 10802533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 159; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 18 - 247
Target Start/End: Original strand, 28619953 - 28620183
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgat-tttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaa 116  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28619953 tcaattaggattttcaagatatttttaatgaatccaatgaaattcagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaa 28620052  T
Q  117 actctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacta 216  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||||||| | |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||     
T  28620053 actctacggattttaatggattgttgtgagtaatgaactttgtgagattgtttaatgtacaatgtacctactaacaatctcacacctaatcttgagactt 28620152  T
Q  217 ttctatctcccacacatagccttaagatttt 247  Q
    |||| ||||||||||||| |||| |||||||    
T  28620153 ttctgtctcccacacataaccttgagatttt 28620183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 156; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 22 - 213
Target Start/End: Original strand, 9457657 - 9457848
Alignment:
Q  22 ttaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaactct 121  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  9457657 ttagaattttcaagattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctatcggtattcaaaactct 9457756  T
Q  122 acggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgaga 213  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  9457757 acggattttaatggattgttgtgagtaatggattttatgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctaaccttgaga 9457848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 140; E-Value: 6e-73
Query Start/End: Original strand, 35 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 37567329 - 37567118
Alignment:
Q  35 gattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaactctacggattttaatg 134  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||    
T  37567329 gattttttaatgagtccaataaaatccagtagtattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaattgtacggattttaatg 37567230  T
Q  135 gattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactattctatctcccacacata 234  Q
     |||| | ||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| || | |||||||||||||    
T  37567229 aattgttgtgagtaatggattttgtgaggctttttagtgtaaaatgtatctactaacaatctcacacctaaccttgagacttttttgtctcccacacata 37567130  T
Q  235 gccttaagattt 246  Q
    ||||||||||||    
T  37567129 gccttaagattt 37567118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 137; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 18 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 4302782 - 4302551
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  4302782 tcaattaggattttcaggattttttaatgagtccaataaaattcaatggtattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattagtattcaaaa 4302683  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagac--t 215  Q
     | || |||||||||||||||| | |||||||||||||| | |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  4302682 ttgtaaggattttaatggattgttgtgagtaatggatttagcgagactttttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacatt 4302583  T
Q  216 attctatctcccacacatagccttaagatttt 247  Q
     || | |||||||||||||||||| |||||||    
T  4302582 tttttgtctcccacacatagccttgagatttt 4302551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 137; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 18 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 30382648 - 30382432
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  30382648 tcaattaggattttcatgattttttaattagttcaataaaatccagtggtattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaa 30382549  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
     | || |||||||||||||||| | ||||||||  ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |    
T  30382548 ttgtaaggattttaatggattgttgtgagtaatcaattttgtgagactttttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacatctaaccttgagacttt 30382449  T
Q  218 tctatctcccacacata 234  Q
    | | |||||||||||||    
T  30382448 tttgtctcccacacata 30382432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 130; E-Value: 6e-67
Query Start/End: Original strand, 18 - 215
Target Start/End: Original strand, 8502742 - 8502939
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  8502742 tcaattaggattttcaagatttttgaatgagtccaataaaatccggtggtattcaattaagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatttaaaa 8502841  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagact 215  Q
     ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  8502842 ttctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttatgagactttttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacatagccttaagact 8502939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 18 - 197
Target Start/End: Original strand, 9209146 - 9209325
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  9209146 tcaattaagattttcaggattttttaatgagttcaataaaatccagtggtattcaattgaaattttggacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaa 9209245  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctc 197  Q
    ||||| |||||||||| | ||| | || |||||  ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9209246 ctctaaggattttaatagtttgttgtgggtaatttattttgtgagactttttagtgtaaaatgtacctactaacaatctc 9209325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 103; E-Value: 7e-51
Query Start/End: Original strand, 18 - 208
Target Start/End: Original strand, 35142152 - 35142342
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||| | |||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  35142152 tcaattaggattttcaagattttttaatgagtccaataaaatccggtcgtattcaattaagattttgtacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaa 35142251  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagcct 208  Q
       ||||||||||| | ||||| | ||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||    
T  35142252 tattacggattttattagattgttgtgagtaatggattttatgagactttttagtgtaaaatctacctactaacactctcacaactagcct 35142342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #24
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 186 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 41965404 - 41965324
Alignment:
Q  186 actaacaatctcacacctagccttgagactattctatctcccacacatagccttaagattttgtaatactcttccaaattc 266  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  41965404 actaacaatctcgcacctagccttgagacttttctatctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttccaaattc 41965324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #25
Raw Score: 66; E-Value: 9e-29
Query Start/End: Original strand, 18 - 103
Target Start/End: Complemental strand, 1605987 - 1605902
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtct 103  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  1605987 tcaattaagattttcaagattttttaatgagtctaatgaaatccagtagtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtct 1605902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #26
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 20 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 40013444 - 40013363
Alignment:
Q  20 aattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgt 101  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||    
T  40013444 aattaggattttcaagattttttaatgagttcaataaaattcagtggtattcaatttagattttgcacaacttaaaaattgt 40013363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #27
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 609 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 39371542 - 39371490
Alignment:
Q  609 gtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 661  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39371542 gtccaaaattttcaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 39371490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #28
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 23 - 138
Target Start/End: Complemental strand, 24296621 - 24296506
Alignment:
Q  23 taggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaactcta 122  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||   |||||||||||  |||  || |||||||||||||| ||||  || ||||||||| | ||    
T  24296621 taggattttcatgattttttaaagagttcaataaaatctgatggtattcaataaaaaaatttcataacttaaaaatagtctcttgatattcaaaaatgta 24296522  T
Q  123 cggattttaatggatt 138  Q
      ||||||||||||||    
T  24296521 tagattttaatggatt 24296506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #29
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 167 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 40013324 - 40013255
Alignment:
Q  167 tttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactattctatct-cccacacatag 235  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||| ||| |||||||||||    
T  40013324 tttagtataaaatatacctactaacaatctcacacttggccttgagacttttctgtctccccacacatag 40013255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #30
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 49 - 117
Target Start/End: Original strand, 23185838 - 23185906
Alignment:
Q  49 tccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||| |||||  ||||||||||||  ||||||| || |||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  23185838 tccaataaaatctggtggtattcaatcaaaatttttcacaacttaaaaattgtctcctggtattaaaaa 23185906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 451; Significance: 0; HSPs: 33)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 451; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 24150806 - 24150151
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  24150806 tcaattaggattttgaagattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtccactggtattcaaaa 24150707  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  24150706 ctctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttt 24150607  T
Q  218 tctatctcccacacatagccttaagattttgtaatactcttccaaattcannnnnnnnnnnnngtttatgtttcttccaaattcttt--tgttctaatgt 315  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||               |||| ||||||||||||||||||  ||||||| |||    
T  24150606 tctatctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttccaaattc----ttttttttttttttacgtttcttccaaattcttttctgttctactgt 24150511  T
Q  316 aacaatgacaggttatatattttgtttggcaaacttgttgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttacgttcattnnnn 415  Q
    || |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        
T  24150510 aaaaatggcaggttatatattttgtttggcaaacttattgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttacgttcattaaaa 24150411  T
Q  416 nnnngaatgtaatgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcacaactttacgttcattggtattataataat 515  Q
        ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  24150410 aaaagaatgtactgtataatcttgtggttaatttaccatctatctatatatcaaattattataaaaatcaaaactttacgttcattggtattataataat 24150311  T
Q  516 ttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcattttt--------------taatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttattttgat 601  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24150310 ttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcatttttcaatcaaattattataatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttattttgat 24150211  T
Q  602 atcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 661  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  24150210 atcatatgtccaaaaattttaagatcaatcaatctgctagtagtatattatctaatagtc 24150151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 436; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 661
Target Start/End: Original strand, 30588949 - 30589607
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30588949 tcaattaggattttcaagattttttaatgagtccaatgaaattcagtggtattcaattgagatttagcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 30589048  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagac-ta 216  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |     
T  30589049 ctctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctaaccttgagacttt 30589148  T
Q  217 ttctatctcccacacatagccttaagattttgtaatactcttccaaattcannnnnnnnnnnnngtttatgtttcttccaaattcttt--tgttctaatg 314  Q
    || |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||              |||| ||||||||||||||||||  ||||||| ||    
T  30589149 ttttatcacccacacatagccttcagattttgtaatactcttccaaattcatttttttttttt--tttacgtttcttccaaattcttttctgttctactg 30589246  T
Q  315 taacaatgacaggttatatattttgtttggcaaacttgttgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttacgttcattnnn 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||       
T  30589247 taacaatgacaggttatatattttgtttggcaaacttattgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttacgttaattaaa 30589346  T
Q  415 nnnnngaatgtaatgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcacaactttacgttcattggtattataataa 514  Q
         |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  30589347 aaaaagaatgtaccgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcacaactttacattcattgatattataataa 30589446  T
Q  515 tttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcattttt--------------taatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttattttga 600  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30589447 tttttctacttgcatttttctacttgtaacatgcatttttcaatcaaattattataatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttattttga 30589546  T
Q  601 tatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 661  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  30589547 tatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaatctgctagtagtttattatctaatagtc 30589607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 407; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 26293541 - 26292887
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  26293541 tcaattaggattttcaatattttttaatgagtccaatgaaatctagtgatatttaattgagattttgcataacttaaaaattgtttactagtattcaaaa 26293442  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||| |    
T  26293441 ctctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgtgattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaacctcacacctaatcttgagacttt 26293342  T
Q  218 tctatctcccacacatagccttaagattttgtaatactcttccaaattcannnnnnnnnnnnngtttatgtttcttccaaattcttt--tgttctaatgt 315  Q
    ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||               ||||  |||||||||||||||||  | ||||| |||    
T  26293341 tctgtctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttccaaattc-----tttttttttttttacttttcttccaaattcttttctattctactgt 26293247  T
Q  316 aacaatgacaggttatatattttgtttggcaaacttgttgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttacgttcattnnnn 415  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||        
T  26293246 aacaatggcaggttatatattttgtttggcaaacttattgtcgaaatcatcatgcctctaacttccacttttcttaacataacttttacgttcattaaaa 26293147  T
Q  416 nnnngaatgtaatgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcacaactttacgttcattggtattataataat 515  Q
        |||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  26293146 aaaggaacatactgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcacgactttacgttcattggtattataataat 26293047  T
Q  516 ttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcattttt--------------taatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttattttgat 601  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  26293046 ttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcatttttcaatcaaattattataatcaataaactaacataacttatttttaggtgtatttattttgat 26292947  T
Q  602 atcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 661  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26292946 agcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 26292887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 398; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 79 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 26005768 - 26005178
Alignment:
Q  79 attttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaactctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaa 178  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26005768 attttgcataacttaaaaattgtctattggtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaa 26005669  T
Q  179 tgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactattctatctcccacacatagccttaagattttgtaatactcttccaaattcannnnnnnnnnn 278  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||               
T  26005668 tgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctatctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttccaaattcattttttt---- 26005573  T
Q  279 nngtttatgtttcttccaaattcttt--tgttctaatgtaacaatgacaggttatatattttgtttggcaaacttgttgtcgaaatcatcatgcctctaa 376  Q
       |||| ||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  26005572 ---tttacgtttcttccaaattcttttctgttctactgtaacaatgacatgttatatattttgtttggcaaacttattgtcgaaatcatcatgcctctaa 26005476  T
Q  377 cttgcacttttcttaacataacttttacgttcattnnnnnnnngaatgtaatgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattatta 476  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||        |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26005475 cttgcacttttcttaacataacttttacgttaattaaaaaaaagaatgtaccgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattatta 26005376  T
Q  477 taaaaatcacaactttacgttcattggtattataataatttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcattttt--------------taatcaat 562  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              ||||||||    
T  26005375 taaaaatcacaactttacgttcattggtattataataatttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcatttttcaatcaaattattataatcaat 26005276  T
Q  563 aaactaacataacttatttttaggtctatttattttgatatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 661  Q
    |||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  26005275 aaactaacataacttaatttttggtttatttattttgatatcatatgtccataatttttaagatcaatcaacctgctagtagta-attatctaatagtc 26005178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 387; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 38629774 - 38629135
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38629774 tcaattaggattttcaagattttttaatgagttcaatgaaattcagcggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 38629675  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
    || ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  38629674 ctatacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagatttt 38629575  T
Q  218 tctatctcccacacatagccttaagattttgtaatactcttccaaattcannnnnnnnnnnnngtttatgtttcttccaaattcttt--tgttctaatgt 315  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||                 |||||||||||| ||||||||||  ||||||| |||    
T  38629574 tctatctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttccaaat----atttttttttttttttatgtttctttcaaattcttttctgttctactgt 38629479  T
Q  316 aacaatgacaggttatatattttgtttggcaaacttgttgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttacgttcattnnnn 415  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||           | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||        
T  38629478 aacaatggcagattatatattttg-----------tattgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataatttttacgttcattaaaa 38629390  T
Q  416 nnnngaatgtaatgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcacaactttacgttcattggtattataataat 515  Q
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38629389 aaaagaatgtactgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcacaactttacgttcattggtattataataat 38629290  T
Q  516 ttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcattttt--------------taatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttattttgat 601  Q
    |||     |||||||||||||| ||||||||||||||||              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38629289 ttt-----ttgcatttttctacatgtaacatgcatttttcaatcaaattattataatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttattttgat 38629195  T
Q  602 atcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 661  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38629194 atcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 38629135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 375; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 36054981 - 36054335
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || || |||||||    
T  36054981 tcaattaggattttcaagattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctgctagttttcaaaa 36054882  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||| |    
T  36054881 ctctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtatctattaacaatctcacacctaaccttgagacttt 36054782  T
Q  218 tctatctcccacacatagccttaagattttgtaatactcttccaaattca-nnnnnnnnnnnnngtttatgtttcttccaaattcttt--tgttctaatg 314  Q
    | | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||               |||| ||||||||||||||||||  ||||||| ||    
T  36054781 tttgtctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttccaaattcattttttttttttttttttacgtttcttccaaattcttttctgttctactg 36054682  T
Q  315 taacaatgacaggttatatattttgtttggcaaacttgttgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttacgttcatt-nn 413  Q
    |||||||| ||| |||||||               || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||       
T  36054681 taacaatggcagattatata---------------ttattgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataatttttacgttcattaaa 36054597  T
Q  414 nnnnnngaatgtaatgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcacaactttacgttcattggtattataata 513  Q
          ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  36054596 aaaaaagaacgtactgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcacaactttttgttcattggtattataata 36054497  T
Q  514 atttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcattttt--------------taatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttattttg 599  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36054496 atttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcatttttcaatcaaattattataatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttattttg 36054397  T
Q  600 atatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 661  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36054396 atatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 36054335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 369; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 19552122 - 19551481
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  19552122 tcaattaggattttcaagattttttaacgagttcaatgaaatccagtggtatttaattaagattttgcataacttaaaaattgtctagtggtattcaaaa 19552023  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
    |||||| ||||||||| ||||| |          |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |    
T  19552022 ctctacagattttaattgattgtt----------gattttgtgaaattgtttagtgtaaaatgtacctaataacaatctcacacctagccttgagacttt 19551933  T
Q  218 tctatctcccacacatagccttaagattttgtaatactcttccaaattcannnnnnnnnnnnngtttatgtttcttccaaattctttt--gttctaatgt 315  Q
    ||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||                |||| |||||||||||||||||||  |||||| |||    
T  19551932 tctttctcccacatatagccttgagattttgtaatactcttccaaatt-------ttttttttttttacgtttcttccaaattcttttctgttctactgt 19551840  T
Q  316 aacaatgacaggttatatattttgtttggcaaacttgttgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttacgttcattnnnn 415  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        
T  19551839 a-caatggcaggttatatattttgtttgacaaacttattgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttacgttcattaaaa 19551741  T
Q  416 nnnngaatgtaatgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcacaactttacgttcattggtattataataat 515  Q
        ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  19551740 aaaagaatgtactgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaattaaaactttacgttcattagtattataataat 19551641  T
Q  516 ttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcattttt--------------taatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttattttgat 601  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19551640 ttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcatttttgaatcaaattattataatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttattttgat 19551541  T
Q  602 atcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 661  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  19551540 atcatatgttcagaatttttaagatcaatcaacctgctagtggtatattatctaacagtc 19551481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 282 - 660
Target Start/End: Complemental strand, 50900147 - 50899749
Alignment:
Q  282 tttatgtttcttccaaattctttt--gttctaatgtaacaatgacaggttatatattttgtttggcaaacttgttgtcgaaatcatcatgcctctaactt 379  Q
    |||| |||||||||||||||||||  ||| || | |||||||| || |||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  50900147 tttacgtttcttccaaattcttttctgttatactctaacaatggcatgttatatattttgtttggcaaattt--tgtcgaaatcatcatgcctctaactt 50900050  T
Q  380 gcacttttcttaacataacttttacgttcattnnnnnnnngaat------gtaatgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaatta 473  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||         |||      ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  50900049 gcacttttcttaacataacttttacgttcattaaaaaaaaaaataataatgtactgtataatcttgtggttaatttatcatctacctatatatcaaatta 50899950  T
Q  474 ttataaaaatcacaactttacgttcattggtattataataatttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcattttt--------------taatc 559  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              |||||    
T  50899949 ttataaaaatcacaactttacgttaataggtataataataatttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcatttttcaatcaaattattataatc 50899850  T
Q  560 aataaactaacataacttatttttaggtctatttattttgatatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatag 659  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  50899849 aataaactaacataacttatttttaggtctatttattttgatatcatatgtccagaatttttaagatcaattaacctgctagtagtatattatctaatag 50899750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 353 - 661
Target Start/End: Original strand, 35731312 - 35731637
Alignment:
Q  353 ttgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttacgttcattnnnnnnnn--gaatgtaatgtataatcttgtggttaattta 450  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||| || |||||||| ||||||||||||||    
T  35731312 ttgttgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttacgttcattaaaaaaaaaagaatttattgtataattttgtggttaattta 35731411  T
Q  451 ccatctacctata-tatcaaattattataaaaatcacaactttacgttcattggtattataataatttttctacttgcatttttctacctgtaacatgca 549  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35731412 ccatctacctataatatcaaattattataaaaatcaaaactttacgttcattggtattataataatttttctacttgcatttttctacctgtaacatgca 35731511  T
Q  550 ttttt--------------taatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttattttgatatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacc 635  Q
    |||||              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35731512 tttttcaatcaaattattataatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttattttgatattatatgtccagaatttttaagatcaatcaacc 35731611  T
Q  636 tgctagtagtatattatctaatagtc 661  Q
    |||||||||||| |||||||||||||    
T  35731612 tgctagtagtattttatctaatagtc 35731637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 18 - 265
Target Start/End: Original strand, 35731042 - 35731289
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35731042 tcaattaagattttcaagattttttaatgagtccaatcaaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 35731141  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  35731142 ctctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgcacctgctaacaatctcacacctagcattgagacttt 35731241  T
Q  218 tctatctcccacacatagccttaagattttgtaatactcttccaaatt 265  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  35731242 tctatctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttccaaatt 35731289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 18 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 50900421 - 50900173
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50900421 tcaattaggattttcaagcttttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcgattgagattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 50900322  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
    |||||  ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  50900321 ctctagagattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagattgtttaatgtaaaatgtacatactaacaatctcacacctagccttgagacttt 50900222  T
Q  218 tctatctcccacacatagccttaagattttgtaatactcttccaaattc 266  Q
    ||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  50900221 tctatctcccacacatttccttgagattttgtaatactcttccaaattc 50900173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 18 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 46252177 - 46251961
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  46252177 tcaattaggattttcaagattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctgctggtattcaaaa 46252078  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
    || ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  46252077 ctttacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttt 46251978  T
Q  218 tctatctcccacacata 234  Q
    ||| |||||||||||||    
T  46251977 tctgtctcccacacata 46251961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 175; E-Value: 8e-94
Query Start/End: Original strand, 287 - 546
Target Start/End: Original strand, 23753929 - 23754185
Alignment:
Q  287 gtttcttccaaattcttttgt--tctaatgtaacaatgacaggttatatattttgtttggcaaacttgttgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcact 384  Q
    ||||||||||||||||||| |  |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||     || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23753929 gtttcttccaaattcttttctattctattgtaacaatggcaggttatatattttgtttgg-----ttattgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcact 23754023  T
Q  385 tttcttaacataacttttacgttcattnnnnnnnngaatgtaatgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatc 484  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||        ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  23754024 ttttttaacataacttttacgttcattaaaaaaaagaacgtactgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattgtaaaaatc 23754123  T
Q  485 acaactttacgttcattggtattataataatttttctacttgcatttttctacctgtaacat 546  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23754124 acaactttacgttcattggtattataataatttttctacttgcatttttctacctgtaacat 23754185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 174; E-Value: 3e-93
Query Start/End: Original strand, 18 - 247
Target Start/End: Original strand, 13662658 - 13662887
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  13662658 tcaattaggattttcaagattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgagatttcgcacaacttaaaaattgtctactcgtattcaaaa 13662757  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
    | |||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  13662758 cactacgggttttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttt 13662857  T
Q  218 tctatctcccacacatagccttaagatttt 247  Q
    |||  |||||||||||| |||| |||||||    
T  13662858 tctgcctcccacacataaccttgagatttt 13662887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 168; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 18 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 26005957 - 26005770
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26005957 tcaattaggattttcaagattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 26005858  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctag 205  Q
    ||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26005857 ctctatggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctag 26005770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 167; E-Value: 5e-89
Query Start/End: Original strand, 287 - 546
Target Start/End: Original strand, 23697353 - 23697609
Alignment:
Q  287 gtttcttccaaattctttt--gttctaatgtaacaatgacaggttatatattttgtttggcaaacttgttgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcact 384  Q
    |||||||||||||||||||  |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||     || ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  23697353 gtttcttccaaattcttttatgttctattgtaacaatggcaggttatatattttgtttgg-----ttattgtcaaaatcatcatgcctctaacttgcact 23697447  T
Q  385 tttcttaacataacttttacgttcattnnnnnnnngaatgtaatgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatc 484  Q
    |||||||||||||||||||||||||||        ||| ||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23697448 tttcttaacataacttttacgttcattaaaaaaaagaacgtactgtataatattgtggttaatttatcatctacctatatatcaaattattataaaaatc 23697547  T
Q  485 acaactttacgttcattggtattataataatttttctacttgcatttttctacctgtaacat 546  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23697548 acaattttacgttcattagtattataataatttttctacttgcatttttctacctgtaacat 23697609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 167; E-Value: 5e-89
Query Start/End: Original strand, 287 - 546
Target Start/End: Original strand, 23715809 - 23716065
Alignment:
Q  287 gtttcttccaaattctttt--gttctaatgtaacaatgacaggttatatattttgtttggcaaacttgttgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcact 384  Q
    |||||||||||||||||||  |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||     || ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  23715809 gtttcttccaaattcttttatgttctattgtaacaatggcaggttatatattttgtttgg-----ttattgtcaaaatcatcatgcctctaacttgcact 23715903  T
Q  385 tttcttaacataacttttacgttcattnnnnnnnngaatgtaatgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatc 484  Q
    |||||||||||||||||||||||||||        ||| ||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23715904 tttcttaacataacttttacgttcattaaaaaaaagaacgtactgtataatattgtggttaatttatcatctacctatatatcaaattattataaaaatc 23716003  T
Q  485 acaactttacgttcattggtattataataatttttctacttgcatttttctacctgtaacat 546  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23716004 acaattttacgttcattagtattataataatttttctacttgcatttttctacctgtaacat 23716065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 167; E-Value: 5e-89
Query Start/End: Original strand, 287 - 546
Target Start/End: Original strand, 23734265 - 23734521
Alignment:
Q  287 gtttcttccaaattctttt--gttctaatgtaacaatgacaggttatatattttgtttggcaaacttgttgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcact 384  Q
    |||||||||||||||||||  |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||     || ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  23734265 gtttcttccaaattcttttatgttctattgtaacaatggcaggttatatattttgtttgg-----ttattgtcaaaatcatcatgcctctaacttgcact 23734359  T
Q  385 tttcttaacataacttttacgttcattnnnnnnnngaatgtaatgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatc 484  Q
    |||||||||||||||||||||||||||        ||| ||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23734360 tttcttaacataacttttacgttcattaaaaaaaagaacgtactgtataatattgtggttaatttatcatctacctatatatcaaattattataaaaatc 23734459  T
Q  485 acaactttacgttcattggtattataataatttttctacttgcatttttctacctgtaacat 546  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23734460 acaattttacgttcattagtattataataatttttctacttgcatttttctacctgtaacat 23734521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 148; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 469 - 661
Target Start/End: Original strand, 26556415 - 26556621
Alignment:
Q  469 aattattataaaaatcacaactttacgttcattggtattataataatttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcattttt-------------- 554  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||                  
T  26556415 aattattataaaaatcacaactttacgttcattgatattataataatttttctacttgcatttttctacctataacatgcatttttcaatcaaattatta 26556514  T
Q  555 taatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttattttgatatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatct 654  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  26556515 taatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttattttgatatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtttattatct 26556614  T
Q  655 aatagtc 661  Q
    |||||||    
T  26556615 aatagtc 26556621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 145; E-Value: 6e-76
Query Start/End: Original strand, 18 - 246
Target Start/End: Original strand, 27593262 - 27593490
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||  ||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  27593262 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaataaaattcagtggtattcaattgaggttttgcacatcttaaaaattgtctattggtattcaaaa 27593361  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
     | || |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |    
T  27593362 ttgtaaggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagactttttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctaaccttgagacttt 27593461  T
Q  218 tctatctcccacacatagccttaagattt 246  Q
    | | ||||| ||||||||| || ||||||    
T  27593462 tttgtctccaacacatagctttgagattt 27593490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 141; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 18 - 234
Target Start/End: Original strand, 26555924 - 26556123
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  26555924 tcaattaggattttctagattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacgggtattcaaaa 26556023  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
    ||||||||||||                 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  26556024 ctctacggattt-----------------taatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttt 26556106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 138; E-Value: 9e-72
Query Start/End: Original strand, 18 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 39338271 - 39338046
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  39338271 tcaattaggatttttaggattttttaatgagtccaataaaatccagtggtattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaa 39338172  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
     | || |||||||||||||||| | ||||||||||||||  ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |    
T  39338171 ttgtaaggattttaatggattgttgtgagtaatggattt--tgagactttttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctaaccttgagact-t 39338075  T
Q  218 tctatctcccacacatagccttaagattt 246  Q
    | | ||||||||| |||||||| ||||||    
T  39338074 tttgtctcccacaaatagccttcagattt 39338046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 18 - 247
Target Start/End: Original strand, 36786081 - 36786309
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||||| ||||||||||||    
T  36786081 tcaattagaattttaaggattttttaatgagtccaataaaatccagtggtattcaattgagattttgcaaaactttaaacttgtctattggtattcaaaa 36786180  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
     | || ||||||||||| |||| | ||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |    
T  36786181 ttgtaaggattttaatgaattgttgtgagtaatggattttatgagactttttagtgtaaaatgtacctactaacaatcacacacct-gccttgagacttt 36786279  T
Q  218 tctatctcccacacatagccttaagatttt 247  Q
    | | |||| ||||||||||||| |||||||    
T  36786280 tttgtctctcacacatagccttgagatttt 36786309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 120; E-Value: 5e-61
Query Start/End: Original strand, 501 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 2125196 - 2125022
Alignment:
Q  501 tggtattataataatttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcattttttaatcaa--------------taaactaacataacttatttttagg 586  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              |||||||||||||||||||||||||    
T  2125196 tggtattataataatttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcattttttaatcaaattattataatcaataaactaacataacttatttttagg 2125097  T
Q  587 tctatttattttgatatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 661  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  2125096 tctatttatttttatatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacatgctagtagtatattatctaatagtc 2125022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 115; E-Value: 5e-58
Query Start/End: Original strand, 18 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 52024173 - 52023987
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| | ||| ||||||    
T  52024173 tcaattatgattttcaagattttttaatgagtccaataaaatccagtggtattcaattgagattttgcacaatttaaaaattgtctattagtaatcaaaa 52024074  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacaccta 204  Q
     ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||  |||| | |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  52024073 ttctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttaagagactttttagtataaaatgtacctagtaacaatctcacaccta 52023987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 105; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 18 - 208
Target Start/End: Original strand, 38682535 - 38682728
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgatttttt-aatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaa 116  Q
    ||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||| || | ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||    
T  38682535 tcaattatgattttcaagatttttttaatgagtccaataaacttcagtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgt-tattggtattcaaa 38682633  T
Q  117 actctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaat---gtacctactaacaatctcacacctagcct 208  Q
    | ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||   |||||||||||||||||||||||||||||    
T  38682634 attctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgagagattttttagtataaaatgtagtacctactaacaatctcacacctagcct 38682728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 83; E-Value: 6e-39
Query Start/End: Original strand, 567 - 661
Target Start/End: Original strand, 23697604 - 23697698
Alignment:
Q  567 taacataacttatttttaggtctatttattttgatatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 661  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  23697604 taacataatttatttttaggtctatttattttgatatcatatgttcagaatttttaagatcaatcaacatgctagtagtatattatctaatagtc 23697698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 83; E-Value: 6e-39
Query Start/End: Original strand, 567 - 661
Target Start/End: Original strand, 23716060 - 23716154
Alignment:
Q  567 taacataacttatttttaggtctatttattttgatatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 661  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  23716060 taacataatttatttttaggtctatttattttgatatcatatgttcagaatttttaagatcaatcaacatgctagtagtatattatctaatagtc 23716154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 83; E-Value: 6e-39
Query Start/End: Original strand, 567 - 661
Target Start/End: Original strand, 23734516 - 23734610
Alignment:
Q  567 taacataacttatttttaggtctatttattttgatatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 661  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  23734516 taacataatttatttttaggtctatttattttgatatcatatgttcagaatttttaagatcaatcaacatgctagtagtatattatctaatagtc 23734610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 83; E-Value: 6e-39
Query Start/End: Original strand, 567 - 661
Target Start/End: Original strand, 23754180 - 23754274
Alignment:
Q  567 taacataacttatttttaggtctatttattttgatatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 661  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23754180 taacataatttatttttaggtctatttattttgatatcatatgttcataatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 23754274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 56; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 18 - 93
Target Start/End: Complemental strand, 53184047 - 53183972
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataactta 93  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  53184047 tcaattaggattttcaagattttttaatgagtccaataaaatctggtggtattcaattgagattttgcataactta 53183972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #32
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 18 - 103
Target Start/End: Complemental strand, 25713413 - 25713327
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgatt-ttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtct 103  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| || |||||  ||||||  |||||||||||  | ||||| || ||||||||||||||||    
T  25713413 tcaattaggattttcatgatttttttaaagaatccaacaaaatccgttggtattcaatcaagatttttcacaacttaaaaattgtct 25713327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #33
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 20 - 117
Target Start/End: Complemental strand, 6784073 - 6783976
Alignment:
Q  20 aattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    ||||| |||||||| |||||||||| ||||||||  |||| | ||||||||| ||  | ||||| || ||||||||||||||||  || |||||||||    
T  6784073 aattaagattttcaggattttttaaagagtccaaccaaattcggtggtattccatcaagattttccacaacttaaaaattgtctcttgatattcaaaa 6783976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 447; Significance: 0; HSPs: 24)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 447; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 42218420 - 42217762
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  42218420 tcaattaggattttcaagattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctactgatattcaaaa 42218321  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  42218320 ctctacggattttaatggattgttgtgagtaatgaattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttt 42218221  T
Q  218 tctatctcccacacatagccttaagattttgtaatactcttccaaattcannnnnnnnnnnnngtttatgtttcttccaaattcttt--tgttctaatgt 315  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||              |||| ||||||||||||||||||  | ||||| |||    
T  42218220 tctatctcctacacatagccttgagattttgtaatattcttccaaattcattttttttttttt-tttacgtttcttccaaattcttttctattctactgt 42218122  T
Q  316 aacaatgacaggttatatattttgtttggcaaacttgttgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttacgttcattnnnn 415  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        
T  42218121 aacaatggcagattatatattttgtttggcaaacttattgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttacgttcatttaaa 42218022  T
Q  416 nnnngaatgtaatgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcacaactttacgttcattggtattataataat 515  Q
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42218021 aaaagaatgtactgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcacaactttacgttcattggtattataataat 42217922  T
Q  516 ttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcattttt--------------taatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttattttgat 601  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||              |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  42217921 ttttctacttgcatttttctacatgtaacatgcatttttcaatcaaattattataatcaataaactaacataacttatttttaagtctattcattttgat 42217822  T
Q  602 atcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 661  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  42217821 atcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacatgctagtagtatattatctaatagtc 42217762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 443; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 8583979 - 8583326
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8583979 tcaattaggattttcaagattttttaacgagtccaatgaaattcagtggtattcaattaagattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 8583880  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  8583879 ctctacggattttaatggattgttgtgagtaatgaattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttt 8583780  T
Q  218 tctatctcccacacatagccttaagattttgtaatactcttccaaattcannnnnnnnnnnnngtttatgtttcttccaaattcttt--tgttctaatgt 315  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||              |||| ||||| ||||||||||||  ||||||| | |    
T  8583779 tctatctccaacacatagccttgagattttgtaatactcttccaaattcatttttttt------tttacgtttcatccaaattcttttctgttctactat 8583686  T
Q  316 aacaatgacaggttatatattttgtttggcaaacttgttgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttacgttcattnnnn 415  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        
T  8583685 aacaatggcaggtcatatattttgtttggcaaacttattgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttacgttcattaaaa 8583586  T
Q  416 nnnngaatgtaatgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcacaactttacgttcattggtattataataat 515  Q
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8583585 aaaagaatgtactgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcacaactttacgttcattggtattataataat 8583486  T
Q  516 ttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcattttt--------------taatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttattttgat 601  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8583485 ttttctacttgcatttttctacatgtaacatgcatttttcaatcaaattattataatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttattttgat 8583386  T
Q  602 atcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 661  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  8583385 atcatatgtctagaatttttaagatcaatcaacctgttagtagtatattatctaatagtc 8583326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 413; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 658
Target Start/End: Complemental strand, 3435931 - 3435294
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  3435931 tcaattaggattttcaagattttttaatgagtccaatgaaattcagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtgtgctggtattcaaaa 3435832  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  3435831 ctctacggattttaatggattgttgtgagtaatagattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttt 3435732  T
Q  218 tctatctcccacacatagccttaagattttgtaatactcttccaaattcannnnnnnnnnnnngtttatgtttcttccaaat--tcttttgttctaatgt 315  Q
    |||||||      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||               ||| | ||||||||||||  |||| ||||||| |||    
T  3435731 tctatct------catagccttgagattttgtaatactcttccaaattc-------------tttttttttttcttccaaattctcttctgttctactgt 3435651  T
Q  316 aacaatgacaggttatatattttgtttggcaaacttgttgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttacgttcattnnnn 415  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||        
T  3435650 aacaatggcaggttatatattttgtttggcaaacttattgtcgaaatcatcatgcctctaacttacacttttcttaacataacttttacgttcattaaaa 3435551  T
Q  416 nnnngaatgtaatgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcacaactttacgttcattggtattataataat 515  Q
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  3435550 aaaagaatgtactgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcacaactttacgttcattgctattataataat 3435451  T
Q  516 ttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcattttt--------------taatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttattttgat 601  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3435450 ttttctacttgcatttttctacatgtaacatgcatttttcaatcaaattattataatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttattttgat 3435351  T
Q  602 atcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaata 658  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3435350 atcatatgttcaggatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaata 3435294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 85 - 598
Target Start/End: Original strand, 7820239 - 7820753
Alignment:
Q  85 cataacttaaaaattgtctactggtattcaaaactctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacc 184  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||                ||| |||||||||||||||||||||| |||    
T  7820239 cataacttaaaaattgtctactagtattcaaaactctacggattttaatgaatt----------------tttatgagattgtttagtgtaaaatgcacc 7820322  T
Q  185 tactaacaatctcacacctagccttgagactattctatctcccacacatagcc-ttaagattttgtaatactcttccaaattcannnnnnnnnnnnngtt 283  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||| ||  ||||||||| |||||||||||||||               ||    
T  7820323 tactaacaatctcacacctagcctggagacttttctgtctcccacacatagcccttgggattttgtattactcttccaaattcttttttttttttttttt 7820422  T
Q  284 tatgtttcttccaaattctttt--gttctaatgtaacaatgacaggttatatattttgtttggcaaacttgttgtcgaaatcatcatgcctctaacttgc 381  Q
    || |||||||||||||||||||  |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  7820423 tacgtttcttccaaattcttttatgttctactataacaatgacaggttatatattttgtttggcaaacttattgtcgaaatcatcatgcctctaacttgc 7820522  T
Q  382 acttttcttaacataacttttacgttcattnnnnnnnngaatgtaatgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaa 481  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||        ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7820523 acttttcttaacataacttttacgttcattaaaaaaaagaaagtactgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaa 7820622  T
Q  482 atcacaactttacgttcattggtattataataatttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcattttt--------------taatcaataaact 567  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              |||||||||||||    
T  7820623 atcacaactttaagttcattggtattataataatttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcatttttcaatcaaattattataatcaataaact 7820722  T
Q  568 aacataacttatttttaggtctatttatttt 598  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7820723 aacataacttatttttaggtctatttatttt 7820753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 255; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 282 - 661
Target Start/End: Original strand, 42315244 - 42315640
Alignment:
Q  282 tttatgtttcttccaaattcttttgt--tctaatgtaacaatgacaggttatatattttgtttggcaaacttgttgtcgaaatcatcatgcctctaactt 379  Q
    |||| ||||||| ||||||||||| |  |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  42315244 tttacgtttctttcaaattcttttctattctactgtaacaatgacaggttatatattttgttttgcaaacttattgtcgaaatcatcatgcctctaactt 42315343  T
Q  380 gcacttttcttaacataacttttacgttcattnnnnnnnn-gaatgtaatgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattata 478  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |         ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42315344 gcacttttcttaacataacttttacgttcaataaaaaaaaagaacgtattgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattata 42315443  T
Q  479 aaaatcacaactttacgttcattggtattataataatttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcattttt--------------taatcaataa 564  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||              ||||||||||    
T  42315444 aaaatcacaactttacgttcattggtattataataatttttctacttgcatttttctacatgtaacatgcatttttcaatcaaattattataatcaataa 42315543  T
Q  565 actaacataacttatttttaggtctatttattttgatatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 661  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  42315544 actaacataacttatttttaggtctatttattttgatatcatatgttgagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtgtattatctaatagtc 42315640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 18 - 411
Target Start/End: Original strand, 44929987 - 44930382
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  44929987 tcaattaggattttcaagattttttaatgag--caatgaaattcagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacgggtattcaaaa 44930084  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  44930085 ctctacggattttaatggattgttgtgagtaaaggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagatttt 44930184  T
Q  218 tctatctcccacacatagccttaagattttgtaatactcttccaaa--ttcannnnnnnnnnnnngtttatgtttcttccaaattcttt--tgttctaat 313  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||                |||| ||||||||||||||||||  ||||||| |    
T  44930185 tctatctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttccaaattttttttatttttattttttttacgtttcttccaaattcttttctgttctact 44930284  T
Q  314 gtaacaatgacaggttatatattttgtttggcaaacttgttgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttacgttcatt 411  Q
     |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  44930285 ataacaatggcaggttatatattttgtttgacaaacttattgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaatataacttttacgttcatt 44930382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 179; E-Value: 3e-96
Query Start/End: Original strand, 18 - 228
Target Start/End: Original strand, 8880554 - 8880764
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  8880554 tcaattaggattttcaagattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctactagtattcaaaa 8880653  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  8880654 ctctacggattttaatggattgttgtgagtaatgaattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttt 8880753  T
Q  218 tctatctccca 228  Q
    ||| |||||||    
T  8880754 tctgtctccca 8880764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 177; E-Value: 5e-95
Query Start/End: Original strand, 18 - 246
Target Start/End: Original strand, 52109516 - 52109744
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||    
T  52109516 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccaatggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtataccgatattcaaaa 52109615  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |    
T  52109616 ctctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagattgtttaatgtaaaatgtacctactaacaatcccacacctagccttgagacttt 52109715  T
Q  218 tctatctcccacacatagccttaagattt 246  Q
    ||| ||||||||||||| |||| ||||||    
T  52109716 tctgtctcccacacataaccttgagattt 52109744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 142; E-Value: 4e-74
Query Start/End: Original strand, 18 - 239
Target Start/End: Original strand, 45332776 - 45332997
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  45332776 tcaattaggattttcaggattttttaatgagtccaataaaatccagaggtattcaattgagattttacacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaa 45332875  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
     |||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||| | | |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  45332876 ttctaaggattttaatggattgttgtgagtaatggattttatgaaactttttagtgtaaaatgtatctaccaacaatctcacacctagccttgagacttt 45332975  T
Q  218 tctatctcccacacatagcctt 239  Q
    | | ||||||||||||||||||    
T  45332976 tttgtctcccacacatagcctt 45332997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 141; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 18 - 247
Target Start/End: Original strand, 25935897 - 25936127
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  25935897 tcaattaggattttcaaaattttttaatgagtccaatgaaatctagtagtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctactagtattcaaaa 25935996  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
    |||  || |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  25935997 ctcatcgaattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgaacctattaacaatctcaca-ctagccttgagacttt 25936095  T
Q  218 tc--tatctcccacacatagccttaagatttt 247  Q
    ||  | |||||||||||||  ||| |||||||    
T  25936096 tctgtgtctcccacacataatcttgagatttt 25936127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 138; E-Value: 9e-72
Query Start/End: Original strand, 18 - 239
Target Start/End: Original strand, 45340466 - 45340687
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  45340466 tcaattaggattttcagaattttttaatgagtccaataaaatccagaggtattcaattgagattttacacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaa 45340565  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
     |||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||| | | |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  45340566 ttctaaggattttaatggattgttgtgagtaatggattttatgaaactttttagtgtaaaatgtatctaccaacaatctcacacctagccttgagacttt 45340665  T
Q  218 tctatctcccacacatagcctt 239  Q
    | | ||||||||||||||||||    
T  45340666 tttgtctcccacacatagcctt 45340687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 138; E-Value: 9e-72
Query Start/End: Original strand, 18 - 239
Target Start/End: Original strand, 47685254 - 47685475
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  47685254 tcaattaggattttcaagattttttaatgagtccaataaaattcagtggtattcaattgagattttgctcaacttaaaaattgtctattggtattcaaaa 47685353  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
     | || |||||||||||||||| | |||||||| ||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |    
T  47685354 ttgtaaggattttaatggattgttgtgagtaatagattttgcgagactttttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctaaacttgagacttt 47685453  T
Q  218 tctatctcccacacatagcctt 239  Q
    | | ||||||||||||||||||    
T  47685454 tttgtctcccacacatagcctt 47685475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 18 - 246
Target Start/End: Original strand, 54509824 - 54510050
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  54509824 tcaattaggattttcataattttttaatgagtccaataaaatccagtggtattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaa 54509923  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagac-ta 216  Q
     | || |||||||||||||||| ||||   |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |     
T  54509924 ttgtaaggattttaatggattgttatg---aatggattttgtgagactttttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctaaccttgaggcttt 54510020  T
Q  217 ttctatctcccacacatagccttaagattt 246  Q
    || | ||||||||||||||| || ||||||    
T  54510021 ttttgtctcccacacatagctttgagattt 54510050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 135; E-Value: 6e-70
Query Start/End: Original strand, 18 - 239
Target Start/End: Original strand, 42720829 - 42721051
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  42720829 tcaattaggattttcagaattttttaatgagtccaataaaatccagaggtattcaattgagattttacacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaa 42720928  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagac-ta 216  Q
     |||| |||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |     
T  42720929 ttctaaggattttaatgggttgttgtgagtaatggattttgtgagactttttagtgtaaaatgtatctaccaacaatctcacacctagccttgagacttt 42721028  T
Q  217 ttctatctcccacacatagcctt 239  Q
    || | ||||||||||||||||||    
T  42721029 ttttgtctcccacacatagcctt 42721051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 133; E-Value: 9e-69
Query Start/End: Original strand, 35 - 247
Target Start/End: Original strand, 26336195 - 26336407
Alignment:
Q  35 gattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaactctacggattttaatg 134  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| || |||||||||||| |||| |||||||||||    
T  26336195 gattttttaatgagtccaataaaatccagaggtattcaattgagattttacacaacttaaaaattgtttattggtattcaaaattctaaggattttaatg 26336294  T
Q  135 gattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactattctatctcccacacata 234  Q
    ||||  | ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||    
T  26336295 gattattgtgagtaatggattttgtgagactttttagtgtaaaatgtatctaccaacaatctcacacctagccttgagacttttttgtctcccacacata 26336394  T
Q  235 gccttaagatttt 247  Q
    ||||| |||||||    
T  26336395 gccttgagatttt 26336407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 465 - 661
Target Start/End: Original strand, 56398552 - 56398770
Alignment:
Q  465 atcaaattattataaaaatcacaactttacgttcattggtattataataatttttctacttgcatttttctacctgtaacatg-------cattttt--- 554  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||       
T  56398552 atcaaattattataaaaatcacaactttacgttcattgatattataataatttttctacttgcatttttctacctgtaacatgtaacatgcatttttcaa 56398651  T
Q  555 ------------taatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttattttgatatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagt 642  Q
                |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  56398652 atcaaattattataatcaataaactaacgtaacttatttttaggtctatttattttgatatcatatgtcctgaatttttaagatcaatcaacctgctagt 56398751  T
Q  643 agtatattatctaatagtc 661  Q
    |||||||||||||||||||    
T  56398752 agtatattatctaatagtc 56398770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 18 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 33450153 - 33449963
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  33450153 tcaattaggattttcaagattttttaatgagtccaataaaattcggtggtattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaa 33450054  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagcct 208  Q
     ||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||   |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  33450053 ttctacggattttaatggattattgtgagtaatggattttgtgagacattttagtgtaaaatgtatctactaacaatctcacacatagcct 33449963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 282 - 473
Target Start/End: Original strand, 56397780 - 56397973
Alignment:
Q  282 tttatgtttcttccaaattctttt--gttctaatgtaacaatgacaggttatatattttgtttggcaaacttgttgtcgaaatcatcatgcctctaactt 379  Q
    |||| |||||||||||||||||||  |||||| || ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||    
T  56397780 tttacgtttcttccaaattcttttctgttctactgcaacaatggcaggttatatattttgtttgacaaacttattgtcgaaatcatcatgcctctaattt 56397879  T
Q  380 gcacttttcttaacataacttttacgttcattnnnnnnnngaatgtaatgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaatta 473  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||        ||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  56397880 gcacttttcttaatataatttttacgttcattaaaaaaaagaacgtactgtataatgttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaatta 56397973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 18 - 246
Target Start/End: Original strand, 40143886 - 40144098
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  40143886 tcaattaggattttcatgattttttaataagtccaataaaattcagaggtattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaa 40143985  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
     | || | ||||||||||||||                |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |    
T  40143986 ttgtaagaattttaatggattg----------------ttgtgagactttttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacttaaccttgagacttt 40144069  T
Q  218 tctatctcccacacatagccttaagattt 246  Q
    | | |||||||||||||||||| ||||||    
T  40144070 tttgtctcccacacatagccttgagattt 40144098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 56; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 490 - 561
Target Start/End: Original strand, 44930371 - 44930442
Alignment:
Q  490 tttacgttcattggtattataataatttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcattttttaatcaa 561  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||    
T  44930371 tttacgttcattgatattataataatttttctacttgcatttttctacttataacatgcatttttcaatcaa 44930442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 509 - 561
Target Start/End: Original strand, 7808724 - 7808776
Alignment:
Q  509 taataatttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcattttttaatcaa 561  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||    
T  7808724 taataatttttctacttgcatttttctacttgtaacatgcatttgtcaatcaa 7808776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 18 - 103
Target Start/End: Original strand, 5117071 - 5117156
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtct 103  Q
    ||||||| |||||||| || ||||||| |||| ||||||||||| ||||||||| ||  | ||||| |  ||||||||||||||||    
T  5117071 tcaattaagattttcaggactttttaaagagttcaatgaaatccggtggtattccatcaagatttttcgcaacttaaaaattgtct 5117156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 555 - 598
Target Start/End: Original strand, 7808784 - 7808827
Alignment:
Q  555 taatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttatttt 598  Q
    ||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  7808784 taatcaataaagtaacgtcacttatttttaggtctatttatttt 7808827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 18 - 52
Target Start/End: Original strand, 7820206 - 7820240
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtcca 52  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  7820206 tcaattaggattttcaagattttttaatgagtcca 7820240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0016 (Bit Score: 443; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0016
Description:

Target: scaffold0016; HSP #1
Raw Score: 443; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 81756 - 81100
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  81756 tcaattaggattttcaagattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctcctggtattcaaaa 81657  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |    
T  81656 ctctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtatctactaacaatctcacacctaaccttgagacttt 81557  T
Q  218 tctatctcccacacatagccttaagattttgtaatactcttccaaattcannnnnnnnnnnnngtttatgtttcttccaaattcttt--tgttctaatgt 315  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||              ||||||||||||| |||||||||  ||||||| |||    
T  81556 tctatctctcacacatagccttgagattttgtaatactcttccaaattcattttttttttt---tttatgtttcttctaaattcttttctgttctactgt 81460  T
Q  316 aacaatgacaggttatatattttgtttggcaaacttgttgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttacgttcattnnnn 415  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        
T  81459 aacaatggcaggttatatattttgtttggcaaacttattgtcaaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttacgttcattaaaa 81360  T
Q  416 nnnngaatgtaatgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcacaactttacgttcattggtattataataat 515  Q
        |||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  81359 aaaagaatgtaccgtataatcttgttgttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcataactttacgttcattgatattataataat 81260  T
Q  516 ttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcattttt--------------taatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttattttgat 601  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  81259 ttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcatttttcaatcaaattattataatcaataaactaacataatttatttttaggtttatttattttgat 81160  T
Q  602 atcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 661  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  81159 atcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 81100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 431; Significance: 0; HSPs: 22)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 431; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 26882800 - 26882141
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26882800 tcaattaggattttcaagattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 26882701  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
    |||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  26882700 ctctacagattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtatatactaacaatctcacacctagccttgagacttt 26882601  T
Q  218 tctatctcccacacatagccttaagattttgtaatactcttccaaattcannnnnnnnnnnnngtttatgtttcttccaaattcttt--tgttctaatgt 315  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||                ||||  |||||||||||||||||  ||||||| | |    
T  26882600 tctatcacccacacatagccttgagattttgtaatactcttccaaattattatttttttttttttttacatttcttccaaattcttttctgttctactat 26882501  T
Q  316 aacaatgacaggttatatattttgtttggcaaacttgttgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttacgttcattnnnn 415  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        
T  26882500 aacaatggcaggttatatattttgtttgacaaacttattgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttacgttcattaaaa 26882401  T
Q  416 nnnngaatgtaatgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcacaactttacgttcattggtattataataat 515  Q
        || |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  26882400 aaaagactgtattgtataatcttatggttaatttaccatctacctatatatcaaattgttataaaaatcacaactttacgttcattggtatgataataat 26882301  T
Q  516 ttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcattttt--------------taatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttattttgat 601  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26882300 ttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcatttttcaatcaaattattataatcaagaaactaacataacttatttttaggtctatttattttgat 26882201  T
Q  602 atcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 661  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  26882200 atcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtaggatattatctaatagtc 26882141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 431; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 661
Target Start/End: Original strand, 52705503 - 52706157
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52705503 tcaattaggattttcaagattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 52705602  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||| |    
T  52705603 ctctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagattgtttggtgtaaaatgtacttactaacaatctcacgcctagccttaagacttt 52705702  T
Q  218 tctatctcccacacatagccttaagattttgtaatactcttccaaattcannnnnnnnnnnnngtttatgtttcttccaaattcttt--tgttctaatgt 315  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||              | || ||||||||||||||||||  |||| || |||    
T  52705703 tctatctcccacacatagccttgagatattgtaatactcttccaaattcattttttttt-----tctacgtttcttccaaattcttttctgttatactgt 52705797  T
Q  316 aacaatgacaggttatatattttgtttggcaaacttgttgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttacgttcattnnnn 415  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        
T  52705798 aacaatggcagattatatattttgtttgacaaacttattgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttacgttcattaaaa 52705897  T
Q  416 nnnngaatgtaatgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcacaactttacgttcattggtattataataat 515  Q
        |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  52705898 aaaagaatgtaccgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatctaattattataaaaatcacaactttacgttcattgatattataataat 52705997  T
Q  516 ttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcattttt--------------taatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttattttgat 601  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52705998 ttttctacttgcatttttctacctataacatgcatttttcaatcaaattattataatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttattttgat 52706097  T
Q  602 atcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 661  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  52706098 atcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtttattatctaatagtc 52706157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 422; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 661
Target Start/End: Original strand, 45318570 - 45319233
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45318570 tcaattaggattttcaagattttctaatgaatccaatgaaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 45318669  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |    
T  45318670 ctctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctaaccttgagacttt 45318769  T
Q  218 tctatctcccacacatagccttaagattttgtaatactcttccaaattc----annnnnnnnnnnnngtttatgtttcttccaaattcttt--tgttcta 311  Q
    | |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||                   |||| ||||||||||||||||||  |||| ||    
T  45318770 tttatcacccacacatagccttgagattttgtaatactcttccaaattctttttttttttcttttctttttacgtttcttccaaattcttttctgttata 45318869  T
Q  312 atgtaacaatgacaggttatatattttgtttggcaaacttgttgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttacgttcatt 411  Q
     |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45318870 ctgtaacaatggcaggttatatattttgtttggcaaacttattgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttacgttcatt 45318969  T
Q  412 nnnnnnnngaatgtaatgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcacaactttacgttcattggtattataa 511  Q
            |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  45318970 aaaaaaaagaatgtaccgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcacaactttacattcattgatattataa 45319069  T
Q  512 taatttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcattttt--------------taatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttattt 597  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  45319070 taatttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcatttttcaatcaaattattataatcaataaactaacataacttatttttaggtgtatttattt 45319169  T
Q  598 tgatatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 661  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||    
T  45319170 tgatatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaatttgctagtagtttattatctaatagtc 45319233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 287 - 661
Target Start/End: Original strand, 45535133 - 45535525
Alignment:
Q  287 gtttcttccaaattctttt--gttctaatgtaacaatgacaggttatatattttgtttggcaaacttgttgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcact 384  Q
    |||||||||||||||||||  ||| || |||||||||| || | |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  45535133 gtttcttccaaattcttttctgttttattgtaacaatggcaagatatatattttgtttggcaaatttattgtcgaaatcatcatgcctctaacttgtact 45535232  T
Q  385 tttcttaacataacttttacgttcattnnnnnnnn----gaatgtaatgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaa 480  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||            ||| ||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  45535233 tttcttaacataacatttacgttcattaaaaaaaaaaaagaacgtactgtataatcttatggttaatttatcatctacttatatatcaaattattataaa 45535332  T
Q  481 aatcacaactttacgttcattggtattataataatttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcattttt--------------taatcaataaac 566  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||              |||||||||||     
T  45535333 aatcacaactctacgttcattggtattataataatttttctacttgcatttttccacctgtaacatgcatttttcaatcaaattattataatcaataaat 45535432  T
Q  567 taacataacttatttttaggtctatttattttgatatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 661  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  45535433 taacataacttatttttaggtctatttattttgatatcatatgtctagaatttttaagatcaatcaacctgctagtag--tattatctaatagtc 45535525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 154; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 18 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 1928378 - 1928149
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  1928378 tcaattaggattttcaagattttttaatgagtccaataaaatccagtggtattcaattcagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaa 1928279  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
     |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  1928278 ttctaaggattttaatggattgttatgagtaatggattttgtgagactttttagtgtaaaatgcatctactaacaatctcacacctagccttgtgacttt 1928179  T
Q  218 tctatctcccacacatagccttaagatttt 247  Q
    | | |||||||||||||| ||| |||||||    
T  1928178 tttgtctcccacacatagtcttgagatttt 1928149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 149; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 18 - 234
Target Start/End: Original strand, 36402357 - 36402573
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  36402357 tcaattaggattttcaggattttttaatgagtccaataaaatccagtggtattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaa 36402456  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
     | || |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |    
T  36402457 ttgtaaggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagactttttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacatctaaccttgagacttt 36402556  T
Q  218 tctatctcccacacata 234  Q
    | | |||||||||||||    
T  36402557 tttgtctcccacacata 36402573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 138; E-Value: 9e-72
Query Start/End: Original strand, 18 - 239
Target Start/End: Original strand, 29208865 - 29209086
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||     
T  29208865 tcaattaggattttcaggattttttaatgagtccaataaaatccagaggtattcaattgagattttacacaacttaaaaattgtctattggtattcaaag 29208964  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
     |||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| | |||||||||| || || |||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  29208965 ttctaaggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagactttttagtgtaacatatatctaccaacaatctcacacctagccttgagacttt 29209064  T
Q  218 tctatctcccacacatagcctt 239  Q
    | | ||||||||||||||||||    
T  29209065 tttgtctcccacacatagcctt 29209086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 125; E-Value: 5e-64
Query Start/End: Original strand, 18 - 246
Target Start/End: Original strand, 10896910 - 10897138
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10896910 tcaattaggattttcaggattttttaatgagtctaataaaatccagtggtattcaattgagattttgcccaacttaaaaattgtctattggtattcaaaa 10897009  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
     |    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |   |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |    
T  10897010 ttggtaggattttaatggattgttatgagtaatggattttgtgaaacattttaatgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctaaccttgacacttt 10897109  T
Q  218 tctatctcccacacatagccttaagattt 246  Q
    | | |||| |||||||||| || ||||||    
T  10897110 tttgtctctcacacatagctttgagattt 10897138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 18 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 33243284 - 33243060
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  33243284 tcaattaggattttcaagattttttaatgagtacaataaaatccagtggtattcaattgagattttgtacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaa 33243185  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
     | || |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| | | |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||     |||||| |    
T  33243184 ttgtaaggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgaaactttttaatgtaaattgtacctactaacaatctcacaccta----agagacttt 33243089  T
Q  218 tctatctcccacacatagccttaagattt 246  Q
    | | |||||||||||||||||| ||||||    
T  33243088 tttgtctcccacacatagccttgagattt 33243060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 18 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 33263457 - 33263233
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  33263457 tcaattaggattttcaagattttttaatgagtacaataaaatccagtggtattcaattgagattttgtacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaa 33263358  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
     | || |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| | | |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||     |||||| |    
T  33263357 ttgtaaggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgaaactttttaatgtaaattgtacctactaacaatctcacaccta----agagacttt 33263262  T
Q  218 tctatctcccacacatagccttaagattt 246  Q
    | | |||||||||||||||||| ||||||    
T  33263261 tttgtctcccacacatagccttgagattt 33263233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 103; E-Value: 7e-51
Query Start/End: Original strand, 555 - 661
Target Start/End: Original strand, 14389044 - 14389150
Alignment:
Q  555 taatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttattttgatatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatct 654  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  14389044 taatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttattttgatatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctactagtagtatattatct 14389143  T
Q  655 aatagtc 661  Q
    |||||||    
T  14389144 aatagtc 14389150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 20 - 213
Target Start/End: Original strand, 45534918 - 45535089
Alignment:
Q  20 aattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaact 119  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||                      ||||    
T  45534918 aattaggatttttaagattttttaatgagtccaatgaaattcagcggtattcaattgagattttgcataactta----------------------aact 45534995  T
Q  120 ctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgaga 213  Q
    |||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  45534996 ctactgattttaatggattgttgtgagtaatggattttttgagattgttgagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacgtagccttgaga 45535089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 35 - 117
Target Start/End: Original strand, 9831417 - 9831499
Alignment:
Q  35 gattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  9831417 gattttttaatgagtccaataaaatccagtggtattcaattgagattttgcacaacttacaaattgtctattggtattcaaaa 9831499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 61; E-Value: 8e-26
Query Start/End: Original strand, 324 - 399
Target Start/End: Original strand, 39758356 - 39758432
Alignment:
Q  324 caggttatatattttgtttggcaaacttg-ttgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataact 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  39758356 caggttatatattttgtttggcaaacttgcttgtcgaaatcatcatgcctctgacttgcacttttcttaacagaact 39758432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 61; E-Value: 8e-26
Query Start/End: Original strand, 324 - 399
Target Start/End: Original strand, 39763710 - 39763786
Alignment:
Q  324 caggttatatattttgtttggcaaacttg-ttgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataact 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  39763710 caggttatatattttgtttggcaaacttgcttgtcgaaatcatcatgcctctgacttgcacttttcttaacagaact 39763786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 124 - 209
Target Start/End: Original strand, 9831782 - 9831867
Alignment:
Q  124 ggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagcctt 209  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  9831782 ggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagactttttagtgtaaaatatacttactaacaatctcacacctaacctt 9831867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 18 - 179
Target Start/End: Original strand, 9191241 - 9191402
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||  |||||  ||||||||||||  | ||||   | ||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  9191241 tcaattaggattttaatgattttttaaagagtccaacaaaatctggtggtattcaatcaagatttattacaacttaaaaattgtctcttggtattcaaaa 9191340  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaat 179  Q
     | ||  ||||| ||||||||  |  |   |||||||||||||||||| |||| | ||||||    
T  9191341 atgtattgatttcaatggattacttggtagaatggattttgtgagattttttattttaaaat 9191402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 500 - 535
Target Start/End: Original strand, 14387660 - 14387695
Alignment:
Q  500 ttggtattataataatttttctacttgcatttttct 535  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14387660 ttggtattataataatttttctacttgcatttttct 14387695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 488 - 561
Target Start/End: Original strand, 39758447 - 39758523
Alignment:
Q  488 actttacgttcattggtattataataatttttctacttgcatttttctacct---gtaacatgcattttttaatcaa 561  Q
    |||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||    |||||||||||||| ||||||    
T  39758447 actttatgttcattgacattataataatttttctacttgcttttttcttcctataataacatgcatttttcaatcaa 39758523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 488 - 561
Target Start/End: Original strand, 39763801 - 39763877
Alignment:
Q  488 actttacgttcattggtattataataatttttctacttgcatttttctacct---gtaacatgcattttttaatcaa 561  Q
    |||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||    |||||||||||||| ||||||    
T  39763801 actttatgttcattgacattataataatttttctacttgcttttttcttcctataataacatgcatttttcaatcaa 39763877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 586 - 646
Target Start/End: Original strand, 39758567 - 39758629
Alignment:
Q  586 gtctatttattttgatatcatatgtccagaa--tttttaagatcaatcaacctgctagtagta 646  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||  |||||||||| |  ||||||||||||||||    
T  39758567 gtctatttattttgatatcatatgcccataatttttttaagatgaggcaacctgctagtagta 39758629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 586 - 646
Target Start/End: Original strand, 39763921 - 39763983
Alignment:
Q  586 gtctatttattttgatatcatatgtccagaa--tttttaagatcaatcaacctgctagtagta 646  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||  |||||||||| |  ||||||||||||||||    
T  39763921 gtctatttattttgatatcatatgcccataatttttttaagatgaggcaacctgctagtagta 39763983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0153 (Bit Score: 420; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0153
Description:

Target: scaffold0153; HSP #1
Raw Score: 420; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 25 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 34781 - 34132
Alignment:
Q  25 ggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaactctacg 124  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  34781 ggattttcaagattttttaatgagtccaatgaaatacagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctgctgatattcaaaactctacg 34682  T
Q  125 gattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactattctatct 224  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  34681 gattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtatctactaacaatctcacacctaaccttgagacttttctatct 34582  T
Q  225 cccacacatagccttaagattttgtaatactcttccaaattcannnnnnnnnnnnngtttatgtttcttccaaattcttt--tgttctaatgtaacaatg 322  Q
    | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||              |||| |||||||| |||||||||  ||||||| ||||||||||    
T  34581 ctcacacatagccttgagattttgtaatactcttccaaattcattttatttttt---tttaagtttcttctaaattcttttctgttctactgtaacaatg 34485  T
Q  323 acaggttatatattttgtttggcaaacttgttgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttacgttcattnnnnnnnngaa 422  Q
     |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||    
T  34484 gcaggttatatattttgtttggcaaacttattgtcaaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttacgttcattaaaaaaaagaa 34385  T
Q  423 tgtaatgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcacaactttacgttcattggtattataataatttttcta 522  Q
    ||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  34384 tgtaccgtataatcttgttgttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcataactttacgttcattgatattataataatttttcta 34285  T
Q  523 cttgcatttttctacctgtaacatgcattttt--------------taatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttattttgatatcatat 608  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||              |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  34284 cttgcatttttctaccagtaacatgcatttttcaatcaaattattataatcaataaactaacataatttatttttaggtttatttattttgatatcatat 34185  T
Q  609 gtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 661  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34184 gtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 34132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 368; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 368; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 534
Target Start/End: Original strand, 40410700 - 40411220
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  40410700 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatctagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctactcgtattcaaaa 40410799  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  40410800 ctctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagacttgagacttt 40410899  T
Q  218 tctatctcccacacatagccttaagattttgtaatactcttccaaattc--annnnnnnnnnnnngtttatgtttcttccaaattcttt--tgttctaat 313  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||                 |||| ||||||||||||||||||  | ||||| |    
T  40410900 tctatctcccacacatagccttgaaattttgtaatacttttccaaattcttttttttttttttttttttacgtttcttccaaattcttttctattctact 40410999  T
Q  314 gtaacaatgacaggttatatattttgtttggcaaacttgttgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttacgttcattnn 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  40411000 gtaacaatgacaggttatatattttgtttggcaaacttattgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttacgttcattaa 40411099  T
Q  414 nnnnnngaatgtaatgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcacaactttacgttcattggtattataata 513  Q
          ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40411100 aaaaaagaatgtactgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcacaactttacgttcattggtattataata 40411199  T
Q  514 atttttctacttgcatttttc 534  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  40411200 atttttctacttgcatttttc 40411220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 282 - 657
Target Start/End: Complemental strand, 13950509 - 13950120
Alignment:
Q  282 tttatgtttcttccaaattctttt--gttctaatgtaacaatgacaggttatatattttgtttggcaaacttgttgtcgaaatcatcatgcctctaactt 379  Q
    |||| ||||||| |||||||||||  |||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  13950509 tttacgtttctttcaaattcttttctgttctactgtaacaatggcagattatatattttgtttggcaaacttattgttgaaatcatcatgcctctaactt 13950410  T
Q  380 gcacttttcttaacataacttttacgttcattnnnnnnnngaatgtaatgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataa 479  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||         |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13950409 gcatttttcttaacataacttttacgttcattaaaaaaaa-aatgtattgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataa 13950311  T
Q  480 aaatcacaactttacgttcattggtattataataatttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcattttt--------------taatcaataaa 565  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||              |||||||||||    
T  13950310 aaatcacaactttacgtttattggtattataataatttttctacttgtatttttctacctgtaacatgcatttttcaatcaaattattataatcaataaa 13950211  T
Q  566 ctaacataacttatttttaggtctatttattttgatatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaat 657  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  13950210 ctaacgtaactta-ttttaggtctatttattttgatatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagcatattatctaat 13950120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 180; E-Value: 8e-97
Query Start/End: Original strand, 282 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 3604182 - 3603790
Alignment:
Q  282 tttatgtttcttccaaattctttt--gttctaatgtaacaatgacaggttatatattttgtttggcaaacttgttgtcgaaatcatcatgcctctaactt 379  Q
    |||| |||||||||||||||||||  |||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  3604182 tttacgtttcttccaaattcttttttgttctactgtagcaatggcaggttatatattttgtttgacaaacttattctcgaaatcatcatgcctctaactt 3604083  T
Q  380 gcacttttcttaacataacttttacgttcat----------tnnnnnnnngaatgtaatgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaa 469  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||          |        ||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3604082 gcacttttcttaacataacttttacgttcataaaagttcattaaaaaaaagaacgtattgtataatcttatggttaatttaccatctacctatatatcaa 3603983  T
Q  470 attattataaaaatcacaactttacgttcattggtattataataatttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcattttt-taatcaataaacta 568  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |   | | |  | |||     ||| || ||||||||||||||    
T  3603982 attattataaaaatcaaaattttacgttcattgatattataataatttttctacctgtaacatgc-atttttaaatcaaattattataatcaataaacta 3603884  T
Q  569 acataacttatttttaggtctatttattttgatatcatatgtccagaa-tttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 661  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  3603883 acataacttatttttaggtctatttattttgatatcatatgtctagaattttttaagatcaatcaacctgctagtagtacattatctaatagtc 3603790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 20 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 6828764 - 6828537
Alignment:
Q  20 aattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaact 119  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||| |    
T  6828764 aattaggattttcaggattttttaatgagtccaataaaatccagtggtattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattgatattcaaaatt 6828665  T
Q  120 ctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagac-tatt 218  Q
     || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| | ||    
T  6828664 gtaaggattttaatggattgttatgagtaatggattttgtgagactttttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacatctaaccttgagacttttt 6828565  T
Q  219 ctatctcccacacatagccttaagattt 246  Q
     | ||||||||||||||| || ||||||    
T  6828564 ttgtctcccacacatagctttgagattt 6828537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 115; E-Value: 5e-58
Query Start/End: Original strand, 18 - 227
Target Start/End: Original strand, 17518538 - 17518748
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccag-tggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaa 116  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||| | |||||||||||| | |||||||| |||||||||||||| || ||| |||||||    
T  17518538 tcaattaggattttcaagattttttaaagagtccaataaaatcccggtggtattcaattaagattttgcacaacttaaaaattgtttattgggattcaaa 17518637  T
Q  117 actctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacta 216  Q
    | |||||||||||||||||| || |  |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||     
T  17518638 attctacggattttaatggaatgttgcgagtaatggattttgtgagactttttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacccagcctcaagactt 17518737  T
Q  217 ttctatctccc 227  Q
    |||| ||||||    
T  17518738 ttctgtctccc 17518748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 555 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 11633116 - 11633010
Alignment:
Q  555 taatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttattttgatatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatct 654  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11633116 taatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttattttgatatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatct 11633017  T
Q  655 aatagtc 661  Q
    |||||||    
T  11633016 aatagtc 11633010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 98; E-Value: 7e-48
Query Start/End: Original strand, 18 - 227
Target Start/End: Original strand, 10571221 - 10571430
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||| | |||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10571221 tcaattaggattttcaaaattttttaaagagtccaataaaatccggtggtattcaattaagattttgtacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaa 10571320  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
     |||| | | |||||| ||||| | | || |||||||||||||| | | |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||| |    
T  10571321 ttctatgaaatttaatagattgttgtcaggaatggattttgtgaaactttttagtataaaatgtacatactaacaatctcacacctaaccttaagacttt 10571420  T
Q  218 tctatctccc 227  Q
    ||| ||||||    
T  10571421 tctgtctccc 10571430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 18 - 138
Target Start/End: Complemental strand, 6902645 - 6902525
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||  |||||  ||||||||||||  | |||||  | ||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  6902645 tcaattaggattttaatgattttttaaagagtccaacaaaatctggtggtattcaatcaagattttttacaacttaaaaattgtctcttggtattcaaaa 6902546  T
Q  118 ctctacggattttaatggatt 138  Q
     | ||  ||||| ||||||||    
T  6902545 atgtattgatttcaatggatt 6902525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 64 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 2276133 - 2276025
Alignment:
Q  64 tggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaactctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgaga 163  Q
    |||||||||||| ||||||  ||| |||||  ||||||||| || ||||||||| ||||  ||||||||||||||  | ||  |||||||||||||||||    
T  2276133 tggtattcaattaaaatttctcatgacttatgaattgtctattgatattcaaaagtctatagattttaatggattcttttgtataatggattttgtgaga 2276034  T
Q  164 ttgtttagt 172  Q
    || ||||||    
T  2276033 ttttttagt 2276025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 520 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 11633165 - 11633131
Alignment:
Q  520 ctacttgcatttttctacctgtaacatgcattttt 554  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  11633165 ctacttgcatttttctacatgtaacatgcattttt 11633131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 358; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 358; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 6476687 - 6476070
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  6476687 tcaattaggattttcaagattttttaatgagtccaataaaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctactagtattcaaaa 6476588  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  6476587 ctctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtaactactaacaatctcacacctagccttgagacttt 6476488  T
Q  218 tctatctcccacacatagccttaagattttgtaatactcttccaaattcannnnnnnnnnnnngtttatgtttcttccaaattcttt--tgttctaatgt 315  Q
    ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||              |||| ||||||||||||||||||  ||||||| |||    
T  6476487 tctgtctcccacacatagccttgagattttgtaatactctttcaaattcatatatattttttt-tttacgtttcttccaaattcttttctgttctactgt 6476389  T
Q  316 aacaatgacaggttatatattttgtttggcaaacttgttgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttacgttcattnnnn 415  Q
    ||||||| || ||||||||               || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||        
T  6476388 aacaatgccatgttatata---------------ttattgtcgaaatcatcatgcctataacttgcacttttcttaacataacttttacgtt-attaaaa 6476305  T
Q  416 nnnngaatgtaatgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcacaactttacgttcattggtattataataat 515  Q
        ||| ||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  6476304 aaaagaacgt----tataatcttgtggttaatttaccatctacctatatataaaattattataaaaatcacaactttacgttcattgatattataataat 6476209  T
Q  516 ttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcattttttaatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttattttgatatcatatgtccaga 615  Q
    ||||||||||||||||||| |    | | ||   | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6476208 ttttctacttgcatttttcaa----tcaaat---tattataatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttattttgatatcatatgtccaga 6476116  T
Q  616 atttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 661  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6476115 atttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 6476070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 250; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 282 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 29865462 - 29865068
Alignment:
Q  282 tttatgtttcttccaaattctttt--gttctaatgtaacaatgacaggttatatattttgtttggcaaacttgttgtcgaaatcatcatgcctctaactt 379  Q
    |||| |||||||||||||||||||  |||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  29865462 tttacgtttcttccaaattcttttctgttctactgtaacaatggcaggatatatattttgtttggcaaactt-ttgtcgaaatcatcatgcctctaactt 29865364  T
Q  380 gcacttttcttaacataacttttacgttcattnnnnnnnngaatgtaatgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataa 479  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  29865363 gcacttttcttaacataacttttacgttcaataaaaaaaagaatgtactgtataatcttgtggttaatttaccatctacctgtatatcaaattattataa 29865264  T
Q  480 aaatcacaactttacgttcattggtattataataatttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcattttt--------------taatcaataaa 565  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  || |||||||||||||              |||||||||||    
T  29865263 aaatcacaacttttcgttcattggtattataataatttttctgcttgcatttttctaaatgcaacatgcatttttcaatcaaattataataatcaataaa 29865164  T
Q  566 ctaacataacttatttttaggtctatttattttgatatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 661  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29865163 ctaacataacttatttttaggtctatttattttgatatcatatgtccatgatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 29865068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 313 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 3110035 - 3109674
Alignment:
Q  313 tgtaacaatgacaggttatatattttgtttggcaaacttgttgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttacgttcattn 412  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  3110035 tgtaacaatggcaggttatatattttgtttggcaaatttattgtcgaaatcatcatgcctctgacttgcacttttcttaacataacttttacgt-catta 3109937  T
Q  413 nnnnnnngaatgtaatgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcacaactttacgttcattggtattataat 512  Q
           |||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3109936 aaaaaaagaatctactatataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcacaactttacgttcattggtattataat 3109837  T
Q  513 aatttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcattttt--------------taatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttatttt 598  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3109836 aatttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcatttttcaatcaaattattataatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttatttt 3109737  T
Q  599 gatatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 661  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3109736 gatatcatatatccagaatttttaaaatcaataaacctgctagtagtatattatctaatagtc 3109674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 159; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 19 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 29834258 - 29834064
Alignment:
Q  19 caattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaac 118  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  29834258 caattagaattttcaagattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctatcggtattcaaaac 29834159  T
Q  119 tctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgaga 213  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  29834158 tctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttatgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctaaccttgaga 29834064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 159; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 19 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 29865692 - 29865498
Alignment:
Q  19 caattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaac 118  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  29865692 caattagaattttcaagattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctatcggtattcaaaac 29865593  T
Q  119 tctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgaga 213  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  29865592 tctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttatgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctaaccttgaga 29865498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 147; E-Value: 4e-77
Query Start/End: Original strand, 18 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 3110259 - 3110037
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| |||||||| | | | |||||||||    
T  3110259 tcaattagaattttcaagattttttaatgagtccaatgaaatccagtgatattcaattgagattttgcctaacttgaaaattgtgtgcagttattcaaaa 3110160  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||  || ||||| |    
T  3110159 ctctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacatactgacaatctcgcacctagtattaagacttt 3110060  T
Q  218 tctatctcccacacatagcctta 240  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  3110059 tctatctcccacacatagcctta 3110037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 18 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 10643988 - 10643758
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttg--cataacttaaaaattgtctactggtattcaa 115  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||  || ||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  10643988 tcaattaggattttcaggattttttaatgagtccaataaaatccagtggtattcaattgagattttgatcacaacttaaaaattgtctattggtaatcaa 10643889  T
Q  116 aactctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagact 215  Q
    || | || |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||    
T  10643888 aattgtaaggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagactttttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctaatcttaagact 10643789  T
Q  216 attctatctcccacacatagccttaagattt 246  Q
     || | |||||||||||||||||||||||||    
T  10643788 tttttgtctcccacacatagccttaagattt 10643758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 142; E-Value: 4e-74
Query Start/End: Original strand, 18 - 247
Target Start/End: Original strand, 30877962 - 30878191
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| | |||||| | | ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  30877962 tcaattaggattttcaagattttttaatgagtccaataaaatctagtggtattcaattcagattttgtacagcttaaaaattgtctattggtattcaaaa 30878061  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
     |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  30878062 ttctaaggattttaatggattgttatgagtaatggattttgtgagactttttagtgtaaaatgcatctactaacaatctcacatctagccttgagacttt 30878161  T
Q  218 tctatctcccacacatagccttaagatttt 247  Q
    | | |||||||||||||| ||| |||||||    
T  30878162 tttgtctcccacacatagtcttgagatttt 30878191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 18 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 7858348 - 7858203
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| || | || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||    
T  7858348 tcaattaggattttcaagattttttaatgagttcaataaagtgcactggtattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattgatattcaaaa 7858249  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgaga 163  Q
     |||||||||||||||| |||| | |||||||| ||||||||||||    
T  7858248 ttctacggattttaatgcattgttgtgagtaatagattttgtgaga 7858203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 64 - 172
Target Start/End: Original strand, 709070 - 709178
Alignment:
Q  64 tggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaactctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgaga 163  Q
    |||||||||||||||||||  ||| |||||  ||||||||| |||||||||||| ||||  |||||| |||||||  |    ||||||||||||||||||    
T  709070 tggtattcaattgaaatttctcatgacttatgaattgtctattggtattcaaaagtctatagattttgatggattcttggatgtaatggattttgtgaga 709169  T
Q  164 ttgtttagt 172  Q
     | ||||||    
T  709170 ctttttagt 709178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 335; Significance: 0; HSPs: 22)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 507
Target Start/End: Original strand, 29941055 - 29941549
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29941055 tcaattaggattttcaagattttttaatgagtctaatgaaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 29941154  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  29941155 ctctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttt 29941254  T
Q  218 tctatctcccacacatagccttaagattttgtaatactcttccaaattca---nnnnnnnnnnnnngtttatgtttcttccaaattcttt--tgttctaa 312  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||                 |||| ||||||||||||||||||  |||||||     
T  29941255 tctatctcccacatatagccttgagattttgtaatactcttccaaattcatttttttttattttttttttacgtttcttccaaattcttttctgttctac 29941354  T
Q  313 tgtaacaatgacaggttatatattttgtttggcaaacttgttgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttacgttcattn 412  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  29941355 tgtaacaatggcatgttatatattttgtttggcaaacttattgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttacgttcatta 29941454  T
Q  413 nnnnnnngaatgtaatgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcacaactttacgttcattggtatt 507  Q
           ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  29941455 aaaaaaagaatgtactgtataatcttgtggttaatttacaatctacctatatatcaaattattataaaaatcaaaattttacgttcattggtatt 29941549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 316 - 661
Target Start/End: Original strand, 45547341 - 45547677
Alignment:
Q  316 aacaatgacaggttatatattttgtttggcaaacttgttgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttacgttcattnnnn 415  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||        
T  45547341 aacaatgacaggttatatattttgtttgacaaacttattgtcgaaatcatcatgcctctaacttgcacttttcttaacataatttttacgttcattaaaa 45547440  T
Q  416 nnnngaatgtaatgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcacaactttacgttcattggtattataataat 515  Q
         |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45547441 aaa--aatgtactgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcacaactttacgttcattggtattataataat 45547538  T
Q  516 ttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcattttttaatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttattttgatatcatatgtccaga 615  Q
    ||||||||||||||||||| |    | | ||   | || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  45547539 ttttctacttgcatttttcaa----tcaaat---tattataatcaataaactaacataacttattttttggtctatttattttgatatcatatgtcaaga 45547631  T
Q  616 atttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 661  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45547632 atttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 45547677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 282 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 7487868 - 7487468
Alignment:
Q  282 tttatgtttcttccaaattctttt--gttctaatgtaacaatgacaggttatatattttgtttggcaaacttgttgtcgaaatcatcatgcctctaactt 379  Q
    |||| |||||||| ||||||||||  |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||    
T  7487868 tttacgtttcttcaaaattcttttctgttctactgtaacaatgacagattatatattttgtttgacaaacttattgtcgaaattatcatgcctcttactt 7487769  T
Q  380 gcacttttcttaacataacttttacgttcattnnnnnnnn-----gaatgtaatgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattat 474  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||             ||| ||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  7487768 gcacctttcttaacataacttttacgttcattaaaaaaaaaaaaagaacgtactgtataatcttatggttaatttatcatctacttatatatcaaattat 7487669  T
Q  475 tataaaaatcacaactttacgttcattggtattataataatttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcattttt--------------taatca 560  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||              ||||||    
T  7487668 tataaaaatcacaactttacgttcattggtattataataatttttctacttgcatttttcaaactgtaacctgcatttttcaatcaaattattataatca 7487569  T
Q  561 ataaactaacataacttatttttaggtctatttattttgatatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagt 660  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7487568 ataaactaacataacttatttttaggtctatttattttgatatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagt 7487469  T
Q  661 c 661  Q
    |    
T  7487468 c 7487468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 18 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 6289475 - 6289127
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  6289475 tcaattaggattttcaagattttttaatgaatccaatgaaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctgctagtattcaaaa 6289376  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  6289375 ctctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttt 6289276  T
Q  218 tctatctcccacacatagccttaagattttgtaatactcttccaaattcannnnnnnnnnnnngtttatgtttcttccaaattcttt--tgttctaatgt 315  Q
    | | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||                |||| |||| |||||||||||||  ||||||| |||    
T  6289275 tttgtctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttccatttt---------attttattttacgtttattccaaattcttttctgttctactgt 6289185  T
Q  316 aacaatgacaggttatatattttgtttggcaaacttgttgtcgaaatcatcatgcctc 373  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  6289184 aacaatggcaggttatatattttgtttggcaaacttattatcgaaatcatcatgcctc 6289127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 365 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 42627037 - 42626727
Alignment:
Q  365 tcatgcctctaacttgcacttttcttaacataacttttacgttcattnnnnnnnngaatgtaatgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatat 464  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  42627037 tcatacctctaacttgcacttttcttaacataacttttacgttcattaaaaaaaagaatgtactgtataatcttgtggttaatttaccatctatctatat 42626938  T
Q  465 atcaaattattataaaaatcacaactttacgttcattggtattataataatttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcattttt---------- 554  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||              
T  42626937 atcaaattattataaaaatcacaactttacgttcattggtatcataataatttttctacttgcatttttctacatgtaacatgcatttttcaatcaaatt 42626838  T
Q  555 ----taatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttattttgatatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatatt 650  Q
        ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42626837 attataatcaataaactaacataacttatttttaattctatttattttgatatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatatt 42626738  T
Q  651 atctaatagtc 661  Q
    |||||||||||    
T  42626737 atctaatagtc 42626727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 18 - 267
Target Start/End: Original strand, 45547041 - 45547290
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45547041 tcaattaggattttcaagattttttaatgagtccaatgaaattcagtggtattcaattgagatttagcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 45547140  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
    |||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |    
T  45547141 ctctacggattttaatggattgttgtaagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctaaccttgagacttt 45547240  T
Q  218 tctatctcccacacatagccttaagattttgtaatactcttccaaattca 267  Q
    | |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  45547241 tatatctcccacacatagccttgagattttgtaatacacttccaaattca 45547290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 374 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 21736290 - 21735989
Alignment:
Q  374 taacttgcacttttcttaacataacttttacgttcattnnnnnnnngaatgtaatgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaatta 473  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||        ||| ||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  21736290 taacttgcatttttcttaacataacttttacgttcgttaaaaaaaagaacgtattgtataattttgtggttaatttatcatctacctatatatcaaatta 21736191  T
Q  474 ttataaaaatcacaactttacgttcattggtattataataatttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcattttt--------------taatc 559  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||              |||||    
T  21736190 ttataaaaatcacaactttacgttcattggtattataataatttttctacttgtatttttctacctgtaacatgcatttttcaatcaaattattataatc 21736091  T
Q  560 aataaactaacataacttatttttaggtctatttattttgatatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatag 659  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  21736090 aataaactaacataacttatttttaggtctatttattttgatatcatatgtccagaatttttaagctcaatcaacctgctagtagtatattatataatag 21735991  T
Q  660 tc 661  Q
    ||    
T  21735990 tc 21735989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 181; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 428 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 6289118 - 6288871
Alignment:
Q  428 tgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaatcacaactttacgttcattggtattataataatttttctacttgc 527  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  6289118 tgtataatcttgtggttaacttaccatctacctatatgtcaaattattataaaaatcacaactttacgttctttggtattataataatttttctacttgc 6289019  T
Q  528 atttttctacctgtaacatgcattttt--------------taatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttattttgatatcatatgtcca 613  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6289018 atttttctacatgtaacatgcatttttcaatcaaattattataatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttattttgatatcatatgtcca 6288919  T
Q  614 gaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 661  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6288918 gaatttttaagatcaattaacctgctagtagtatattatctaatagtc 6288871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 147; E-Value: 4e-77
Query Start/End: Original strand, 20 - 246
Target Start/End: Original strand, 11534947 - 11535173
Alignment:
Q  20 aattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaact 119  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |    
T  11534947 aattaggattttcaggattttttaatgagtccaataaaatccagtggaattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaatt 11535046  T
Q  120 ctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactattc 219  Q
     || |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||     
T  11535047 gtaaggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagactttttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacataaccttgagacttttt 11535146  T
Q  220 tatctcccacacatagccttaagattt 246  Q
    | ||||||||||||||| || ||||||    
T  11535147 tgtctcccacacatagctttgagattt 11535173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 142; E-Value: 4e-74
Query Start/End: Original strand, 18 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 20157731 - 20157502
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| | |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  20157731 tcaattaggattttcaagattttttaatgagtccaataaaattcagtggtattcaattcagattttgcacaacttaaatattgtctattggtattcaaaa 20157632  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
     |||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  20157631 ttctaaggattttaatagattgttatgagtaatggattttgtgagactttttagtgtaaaatgcatctactaacaatctcacacctagctttgagacttt 20157532  T
Q  218 tctatctcccacacatagccttaagatttt 247  Q
    | | |||||||||||||| ||| |||||||    
T  20157531 tttgtctcccacacatagtcttgagatttt 20157502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 142; E-Value: 4e-74
Query Start/End: Original strand, 18 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 24193460 - 24193243
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  24193460 tcaattagaattttcaggattttttaatgagtccaataaaattcagtggtattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaa 24193361  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
     | || |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |    
T  24193360 ttgtaaggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagactttttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacttaaccttgagacttt 24193261  T
Q  218 tctatctcccacacatag 235  Q
    | | ||||||||||||||    
T  24193260 tttgtctcccacacatag 24193243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 18 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 34028907 - 34028677
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaa-tgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaa 116  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  34028907 tcaattaggattttcaagattttttaatgagtccaaataaaatccagtggtattcaattcagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtattcaaa 34028808  T
Q  117 actctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacta 216  Q
    | | || |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| | |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  34028807 attataaggattttaatggattgttacgagtaatggattttgtgagactttttagtgtaaaatgcatctactaacaatctcacacctagccttgagactt 34028708  T
Q  217 ttctatctcccacacatagccttaagatttt 247  Q
    || | ||| |||||||||| ||| |||||||    
T  34028707 ttttgtctgccacacatagtcttgagatttt 34028677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 130; E-Value: 6e-67
Query Start/End: Original strand, 18 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 11998391 - 11998171
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  11998391 tcaattaggattttcagaattttttaatgagtccaataaaatccagaggtattcaattgagattttacacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaa 11998292  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactat 217  Q
     |||| |||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||| | |    
T  11998291 ttctaaggattttaatggtttgttgtgagtaatggattttgtgagactttttagtgtaaaatgtatctaccaacaatctcacacc-agccttgagatttt 11998193  T
Q  218 tctatctcccacacatagcctt 239  Q
    | | ||||||||||||||||||    
T  11998192 tttgtctcccacacatagcctt 11998171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 18 - 227
Target Start/End: Original strand, 24193659 - 24193875
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||| || ||||||||||||    
T  24193659 tcaattaggattttcaagattttttaatgagtccaataaaattcggtggtattcaattgagattttgcacaacttaaaaactgtttattggtattcaaaa 24193758  T
Q  118 ctctacgga-------ttttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttg 210  Q
     |||||| |       ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||      
T  24193759 ttctacgaattttaatttttaatggattgctgtgagtaatggattttgtgagactttttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacttagcctca 24193858  T
Q  211 agactattctatctccc 227  Q
    ||||| |||| ||||||    
T  24193859 agacttttctgtctccc 24193875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 558 - 661
Target Start/End: Original strand, 29941549 - 29941652
Alignment:
Q  558 tcaataaactaacataacttatttttaggtctatttattttgatatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaat 657  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  29941549 tcaataaactaacataacttatttttaggtctatttattttgatatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctaatagtatattatctaat 29941648  T
Q  658 agtc 661  Q
    ||||    
T  29941649 agtc 29941652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 98; E-Value: 7e-48
Query Start/End: Original strand, 384 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 35172220 - 35172079
Alignment:
Q  384 ttttcttaacataacttttacgttcattnnnnnnnngaatgtaatgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataaaaat 483  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||        ||| ||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35172220 ttttcttaacataacttttacgttcattaaaaaaa-gaacgtattgtataatcttgtgattaatttatcatctacctatatatcaaattattataaaaat 35172122  T
Q  484 cacaactttacgttcattggtattataataatttttctacttg 526  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35172121 cacaactttacgttcattggtattataataatttttctacttg 35172079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 18 - 188
Target Start/End: Original strand, 45485471 - 45485631
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||          |||||||  |||||||||    
T  45485471 tcaattaggattttcaagatttttcaatgaatccaataaaattcagtggtattcaattgagattttgcataa----------gtctactaatattcaaaa 45485560  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctact 188  Q
     |||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  45485561 ttctatggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagattgtttagcgtaaaatgtacctact 45485631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 584 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 35171832 - 35171755
Alignment:
Q  584 aggtctatttattttgatatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 661  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  35171832 aggtctatttattttgatatcatatgtccagaaattttaagattaatcaacatgccagtagtatattatctaatagtc 35171755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 18 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 38822908 - 38822753
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgatttttt-aatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaa 116  Q
    |||||||||||||||| |||||||| || || |||||  |||||| ||||||||| ||  | ||||| || ||||||||||||||||  ||||||| |||    
T  38822908 tcaattaggattttcaagatttttttaaagaatccaacaaaatccggtggtattcgatcaagatttttcacaacttaaaaattgtctcttggtattaaaa 38822809  T
Q  117 actctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagt 172  Q
    | | ||  ||||| ||||||||  |  |  ||||||||||||||||||| ||||||    
T  38822808 aatgtatagatttcaatggattacttggtataatggattttgtgagattttttagt 38822753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 555 - 598
Target Start/End: Complemental strand, 35172050 - 35172007
Alignment:
Q  555 taatcaataaactaacataacttatttttaggtctatttatttt 598  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  35172050 taatcaataaactaacataacttatttttaggtctttttttttt 35172007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 18 - 102
Target Start/End: Original strand, 2373079 - 2373163
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtc 102  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||  |||| |  ||||||| |||  | ||||| || |||||||||||||||    
T  2373079 tcaattaggattttcatgaatttttaaagagtccaacaaaattcgttggtatttaatcaagatttttcacaacttaaaaattgtc 2373163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #22
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 18 - 102
Target Start/End: Original strand, 27090745 - 27090829
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtc 102  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||  |||| ||||||||||||| |   |||||  | |||||||||||||||    
T  27090745 tcaattaggattttactgattttttaaagagtccaacaaaattcagtggtattcaactatgatttttaacaacttaaaaattgtc 27090829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0237 (Bit Score: 250; Significance: 1e-138; HSPs: 2)
Name: scaffold0237
Description:

Target: scaffold0237; HSP #1
Raw Score: 250; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 282 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 21157 - 20763
Alignment:
Q  282 tttatgtttcttccaaattctttt--gttctaatgtaacaatgacaggttatatattttgtttggcaaacttgttgtcgaaatcatcatgcctctaactt 379  Q
    |||| |||||||||||||||||||  |||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  21157 tttacgtttcttccaaattcttttctgttctactgtaacaatggcaggatatatattttgtttggcaaactt-ttgtcgaaatcatcatgcctctaactt 21059  T
Q  380 gcacttttcttaacataacttttacgttcattnnnnnnnngaatgtaatgtataatcttgtggttaatttaccatctacctatatatcaaattattataa 479  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  21058 gcacttttcttaacataacttttacgttcaataaaaaaaagaatgtactgtataatcttgtggttaatttaccatctacctgtatatcaaattattataa 20959  T
Q  480 aaatcacaactttacgttcattggtattataataatttttctacttgcatttttctacctgtaacatgcattttt--------------taatcaataaa 565  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  || |||||||||||||              |||||||||||    
T  20958 aaatcacaacttttcgttcattggtattataataatttttctgcttgcatttttctaaatgcaacatgcatttttcaatcaaattataataatcaataaa 20859  T
Q  566 ctaacataacttatttttaggtctatttattttgatatcatatgtccagaatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 661  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20858 ctaacataacttatttttaggtctatttattttgatatcatatgtccatgatttttaagatcaatcaacctgctagtagtatattatctaatagtc 20763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0237; HSP #2
Raw Score: 159; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 19 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 21386 - 21192
Alignment:
Q  19 caattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaac 118  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  21386 caattagaattttcaagattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctatcggtattcaaaac 21287  T
Q  119 tctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgaga 213  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  21286 tctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttatgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctaaccttgaga 21192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0202 (Bit Score: 94; Significance: 2e-45; HSPs: 1)
Name: scaffold0202
Description:

Target: scaffold0202; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 18 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 16516 - 16311
Alignment:
Q  18 tcaattaggattttcatgattttttaatgagtccaatgaaatccagtggtattcaattgaaattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaa 117  Q
    |||||||| ||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  16516 tcaattagtattttcaagaatttttaatgagtccaataaaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctattagtattcaaaa 16417  T
Q  118 ctctacggattttaatggattggtatgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacc--tagccttgagact 215  Q
     ||||                  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||    
T  16416 ttcta------------------tgtgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaagtgtacctactaacaatctcacacctataaccttgagact 16335  T
Q  216 attctatctcccacacatagcctt 239  Q
     || | |||| |||||||||||||    
T  16334 tttatgtctctcacacatagcctt 16311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University