View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19007_low_16 (Length: 378)

Name: NF19007_low_16
Description: NF19007
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19007_low_16
NF19007_low_16
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (11-363)||(4841011-4841363)
chr4 (11-363)||(5174156-5174511)
chr4 (11-334)||(5183530-5183853)
chr4 (11-332)||(5196931-5197252)
chr4 (18-334)||(5215074-5215390)
chr4 (11-334)||(4855517-4855840)
chr4 (11-332)||(5161249-5161570)
chr4 (11-316)||(7143411-7143716)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 305; Significance: 1e-171; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 11 - 363
Target Start/End: Original strand, 4841011 - 4841363
Alignment:
Q  11 cagagaggttgttgtatgacacattgaagatttctaaaaaattcaactgggttagttcatttggtatcttaccactcaagttattgtatgataagtcaag 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4841011 cagagaggttgttgtatgacacattgaagatttctaaaaagttcaactgggttagttcatttggtatcttaccactcaagttattgtatgataagtcaag 4841110  T
Q  111 actctctatttgggtaagatttgaaaaagtaattggaataggaccagacaagtgattatgtgatagattcaaggctttaatttgttgtaggtctccaacg 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||      
T  4841111 actctctatttgggtaagatttgaaaaagtgattggaatgggacctgacaagtgattatgtgatagattcaaggctctaatttgttgtaggtctccaatt 4841210  T
Q  211 tgagaagggatgacacctgttagcttattgcatgataaatccaatccagtcataatctctagaactttacccttgtaaaagtattcattgtgctttgttc 310  Q
    || |||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4841211 tgggaagggataacacctgttaaattattgcatgataaatccaatccagtcataatctctagaactttacccttgtaaaagtattcattgtgctttgttc 4841310  T
Q  311 taaactccacttcaaattgtagatatttcaacgaatttccaatccatggatgt 363  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  4841311 taaactccacttcaaattgtagatttttcaacgaatttccaatccatggatgt 4841363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 11 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 5174511 - 5174156
Alignment:
Q  11 cagagaggttgttgtatgacacattgaagatttctaaaaaattcaactgggttagttcatttggtatcttaccactcaagttattgtatgataagtcaag 110  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||   ||||| || | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5174511 cagaaaggttgttgtatgacacattgaaggttgacaaaaagtttagctgggttagttcattgggtatcttaccactcaagtcattgtatgataagtcaag 5174412  T
Q  111 actctctatttgggtaagatttgaaaaagtaattggaataggaccagacaagtgattatgtgatagattcaaggctttaatttgttgtaggtctccaacg 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||      
T  5174411 actctctatttgggtaagatttgaaaaagtgattggaatgggaccagacaagtgattatgtgatagattcaaggctctaatttgttgtaggtctccaatt 5174312  T
Q  211 tgagaagggatgacacctgttagcttattgcatgataaatccaatccagtcataatctctagaactttacccttgtaaaagtattcattgtgctttgttc 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  5174311 tgagaagggatgacacctgttagcttattgcatgataaatccaatccagtcatattctctagaactatacccttgtaagagtattcattgtgctttgttc 5174212  T
Q  311 taaactccacttcaaattgtag---atatttcaacgaatttccaatccatggatgt 363  Q
    | ||||||||||||||||||||    | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5174211 tgaactccacttcaaattgtagttcttctttcaacgaatttccaatccatggatgt 5174156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 11 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 5183853 - 5183530
Alignment:
Q  11 cagagaggttgttgtatgacacattgaagatttctaaaaaattcaactgggttagttcatttggtatcttaccactcaagttattgtatgataagtcaag 110  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||| |||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5183853 cagaaaggttgttgtatgacacattgaagatttctaaagaggtcaacttggttagttcataaggaatcttaccactcaagttattgtatgataagtcaag 5183754  T
Q  111 actctctatttgggtaagatttgaaaaagtaattggaataggaccagacaagtgattatgtgatagattcaaggctttaatttgttgtaggtctccaacg 210  Q
     ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  5183753 gctctctatttgggtaagttttgaaaaagttattggaataggaccagacaagtaattatgtgatagattcaaggctttaatttgttgtaggtctccaatt 5183654  T
Q  211 tgagaagggatgacacctgttagcttattgcatgataaatccaatccagtcataatctctagaactttacccttgtaaaagtattcattgtgctttgttc 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  5183653 tgagaagggatgacacctgttagcttattgcatgataaatccaatccagtcatgatctttagaactatacccttgtaaaagtaatcatagtgctttgttc 5183554  T
Q  311 taaactccacttcaaattgtagat 334  Q
    |||||| ||||||||||| |||||    
T  5183553 taaactgcacttcaaattctagat 5183530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 11 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 5197252 - 5196931
Alignment:
Q  11 cagagaggttgttgtatgacacattgaagatttctaaaaaattcaactgggttagttcatttggtatcttaccactcaagttattgtatgataagtcaag 110  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||   ||||| || | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5197252 cagaaaggttgttgtatgacacattgaaggttgacaaaaagtttagctgggttagttcattgggtatcttaccactcaagtcattgtatgataagtcaag 5197153  T
Q  111 actctctatttgggtaagatttgaaaaagtaattggaataggaccagacaagtgattatgtgatagattcaaggctttaatttgttgtaggtctccaacg 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||      
T  5197152 actctctatttgggtaagatttgaaaaagtgattggaatgggacctgacaagtgattatgtgatagattcaaggctctaatttgttgtaggtctccaatt 5197053  T
Q  211 tgagaagggatgacacctgttagcttattgcatgataaatccaatccagtcataatctctagaactttacccttgtaaaagtattcattgtgctttgttc 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  5197052 tgagaagggatgacacctgttagcttattgcatgataaatccaatccagtcatattctctagaactttacccttgtaaaagtattcatagtgctttgttc 5196953  T
Q  311 taaactccacttcaaattgtag 332  Q
    | ||||||||||| || |||||    
T  5196952 tgaactccacttccaaatgtag 5196931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 18 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 5215390 - 5215074
Alignment:
Q  18 gttgttgtatgacacattgaagatttctaaaaaattcaactgggttagttcatttggtatcttaccactcaagttattgtatgataagtcaagactctct 117  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  5215390 gttgttgtatgatacattgaaggttgataaaaagttcaactgggttagttcatttggtatcttaccactcaagttattgtatgataagtcaaggctctct 5215291  T
Q  118 atttgggtaagatttgaaaaagtaattggaataggaccagacaagtgattatgtgatagattcaaggctttaatttgttgtaggtctccaacgtgagaag 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||| ||||  ||||  |||||||    
T  5215290 atttgggtaagatttgaaaaagtaattggaataggaccagacaagtgattatgtgataggttcaaggctctaacttgttgaaggtgaccaatttgagaag 5215191  T
Q  218 ggatgacacctgttagcttattgcatgataaatccaatccagtcataatctctagaactttacccttgtaaaagtattcattgtgctttgttctaaactc 317  Q
    |||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  5215190 ggatgagacctgttaggttattccatgataaatccaatccagtcatattctctagaactttacccttgtaaaagtattcatagtgctttgttctgaactc 5215091  T
Q  318 cacttcaaattgtagat 334  Q
    ||| |||||||||||||    
T  5215090 cacctcaaattgtagat 5215074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 228; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 11 - 334
Target Start/End: Original strand, 4855517 - 4855840
Alignment:
Q  11 cagagaggttgttgtatgacacattgaagatttctaaaaaattcaactgggttagttcatttggtatcttaccactcaagttattgtatgataagtcaag 110  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |  |||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4855517 cagaaaggttgttgtatgacacattgaatatttctaaagaggtcaacttggttagttcataaggtatcttaccactcaagttattgtatgataagtcaag 4855616  T
Q  111 actctctatttgggtaagatttgaaaaagtaattggaataggaccagacaagtgattatgtgatagattcaaggctttaatttgttgtaggtctccaacg 210  Q
     || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| | |||| ||||  ||||      
T  4855617 gctttctatttgggtaagatttgaaaaagtaattggaataggaccagacaagtgattatgtgataggttcaaggctctaactggttgaaggtgaccaatt 4855716  T
Q  211 tgagaagggatgacacctgttagcttattgcatgataaatccaatccagtcataatctctagaactttacccttgtaaaagtattcattgtgctttgttc 310  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4855717 tgagaagggatgacacctgttaggttattccatgataaatccaatccagtcatattctctagaactttacccttgtaaaagtattcatagtgctttgttc 4855816  T
Q  311 taaactccacttcaaattgtagat 334  Q
    | ||||||||||||||||||||||    
T  4855817 tgaactccacttcaaattgtagat 4855840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 11 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 5161570 - 5161249
Alignment:
Q  11 cagagaggttgttgtatgacacattgaagatttctaaaaaattcaactgggttagttcatttggtatcttaccactcaagttattgtatgataagtcaag 110  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||| ||  ||||||  ||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5161570 cagaaaggttgttgtatgacacgttgaaggttgataaaaaggtcaactgggttagctcataaggtatcttaccactcaagttattgtatgataagtcaag 5161471  T
Q  111 actctctatttgggtaagatttgaaaaagtaattggaataggaccagacaagtgattatgtgatagattcaaggctttaatttgttgtaggtctccaacg 210  Q
     |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||  || |||||| ||||  ||||      
T  5161470 gctctctatttcggtaagatttgaaaacgtaattggaataggacccgacaagtgattatgtgataggttcaaggctaaaacttgttgcaggtgcccaatt 5161371  T
Q  211 tgagaagggatgacacctgttagcttattgcatgataaatccaatccagtcataatctctagaactttacccttgtaaaagtattcattgtgctttgttc 310  Q
    |||||||||||   |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5161370 tgagaagggatagtacctgttagcttgttgcatgataaatccaatccagtcattttctctaggactttacctttgtaaaagtaatcattgtgctttgttc 5161271  T
Q  311 taaactccacttcaaattgtag 332  Q
    | ||||||||||| || |||||    
T  5161270 tgaactccacttccaagtgtag 5161249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 11 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 7143716 - 7143411
Alignment:
Q  11 cagagaggttgttgtatgacacattgaagatttctaaaaaattcaactgggttagttcatttggtatcttaccactcaagttattgtatgataagtcaag 110  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||| |||| |||  |||| ||  |||||| |   | || ||||||| |||||||| | ||||||||||||||    
T  7143716 cagaaaggttgttgtaagacacattgaagatatctataaaggtcaagtgacttagttgagaagctaccttaccattcaagttactctatgataagtcaag 7143617  T
Q  111 actctctatttgggtaagatttgaaaaagtaattggaataggaccagacaagtgattatgtgatagattcaaggctttaatttgttgtaggtctccaacg 210  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||  |   | ||| | ||||||||      
T  7143616 actctctatttgggtaagattggaaaaagtgattggaataggacctgacaagtgattatgttatagattcaagactcgatggttttgcatgtctccaagt 7143517  T
Q  211 tgagaagggatgacacctgttagcttattgcatgataaatccaatccagtcataatctctagaactttacccttgtaaaagtattcattgtgctttgttc 310  Q
    | |||||| ||||| |  ||||   |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||| | | ||||||||| |||| || ||||||||    
T  7143516 tcagaaggtatgactctagttacgatattgcatgataaatccaatccagtcatcatctctaggattttagcgtcgtaaaagtactcatagttctttgttc 7143417  T
Q  311 taaact 316  Q
    ||||||    
T  7143416 taaact 7143411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University