View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1900_low_24 (Length: 291)

Name: NF1900_low_24
Description: NF1900
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1900_low_24
NF1900_low_24
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (1-273)||(30992589-30992861)
chr6 (1-273)||(30961107-30961379)
chr6 (1-273)||(31189265-31189537)
chr6 (1-273)||(31145207-31145479)
chr6 (1-273)||(31171520-31171792)
chr6 (1-273)||(31201072-31201344)
chr6 (1-273)||(31224612-31224884)
chr6 (1-169)||(31229892-31230060)
chr6 (6-100)||(30945107-30945201)
chr6 (6-83)||(30955367-30955444)
chr6 (1-198)||(31214343-31214540)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (45-109)||(44035822-44035886)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (30-97)||(49215559-49215626)
chr1 (48-97)||(49714555-49714604)
chr1 (48-97)||(49725331-49725380)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 197; Significance: 1e-107; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Original strand, 30992589 - 30992861
Alignment:
Q  1 tgggttatgtagctccagaagtgtggaatagacaatttggaggagtttcacataagtctgatgtttatagttatggaatgatgttgttggaaatggtggg 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  30992589 tggggtatgtagctccagaagtgtggaatagacattttggaggagtttcacacaagtctgatgtttatagttatggaatgatgttgttagaaatggtggg 30992688  T
Q  101 tgggaggaaaaatataaatgcggaagcaagtcacacaagtgagatatactttcctcgttgggtatacaataggcttgagcttgacactaatttaagacct 200  Q
    |||  |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||  | | |||| ||||||    
T  30992689 tggacggaaaaatattaatgcggatgcaagtcacacaagtgagatatactttcctcattgggtatacaataggcttgaacttggtagttatttgagacct 30992788  T
Q  201 gatggggtaatggatacggaagaagacgagattgcaaagagaatgactattgtgggtttgtggtgtattcaaa 273  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  30992789 gatggggtaatggatacggaagaagatgagattgcaaagaggatgaccattgtgagtttgtggtgtattcaaa 30992861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Original strand, 30961107 - 30961379
Alignment:
Q  1 tgggttatgtagctccagaagtgtggaatagacaatttggaggagtttcacataagtctgatgtttatagttatggaatgatgttgttggaaatggtggg 100  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  30961107 tggggtatgtagctcctgaagtgtggaatagacattttggaggagtttcacacaagtctgatgtttatagttatggaatgatgttgttagaaatggtggg 30961206  T
Q  101 tgggaggaaaaatataaatgcggaagcaagtcacacaagtgagatatactttcctcgttgggtatacaataggcttgagcttgacactaatttaagacct 200  Q
    |||  |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||  | | |||| ||||||    
T  30961207 tggacggaaaaatattaatgcggatgcaagtcacacaagtgagatatactttcctcattgggtatacaataggcttgaacttggtagtgatttgagacct 30961306  T
Q  201 gatggggtaatggatacggaagaagacgagattgcaaagagaatgactattgtgggtttgtggtgtattcaaa 273  Q
    ||||||||||  ||||| |||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  30961307 gatggggtaactgatacagaagaaaatgagattgcaaagagaatgaccattgtgggtttgtggtgtattcaaa 30961379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 31189537 - 31189265
Alignment:
Q  1 tgggttatgtagctccagaagtgtggaatagacaatttggaggagtttcacataagtctgatgtttatagttatggaatgatgttgttggaaatggtggg 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||    
T  31189537 tgggatatgtagctccagaagtgtggaatagacattttggaggagtttcacacaaatctgatgtttatagttatggaatgatgttgctggaaatggttgg 31189438  T
Q  101 tgggaggaaaaatataaatgcggaagcaagtcacacaagtgagatatactttcctcgttgggtatacaataggcttgagcttgacactaatttaagacct 200  Q
    |||||||||||| || | ||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| | ||||||    
T  31189437 tgggaggaaaaacattattgctgatgcaagtcacactagtgagatatactttccacattgggtatacaataggctagagcttggcactaatctgagacct 31189338  T
Q  201 gatggggtaatggatacggaagaagacgagattgcaaagagaatgactattgtgggtttgtggtgtattcaaa 273  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||    
T  31189337 gatggggttatggatacagaagaagacgagattgcaaggagaatgacaattgtgggtttatggtgcattcaaa 31189265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 31145479 - 31145207
Alignment:
Q  1 tgggttatgtagctccagaagtgtggaatagacaatttggaggagtttcacataagtctgatgtttatagttatggaatgatgttgttggaaatggtggg 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||    
T  31145479 tgggatatgtagctccagaagtgtggaatagacattttggaggagtttcacacaaatctgatgtttatagttatggaatgatgttgctagaaatggttgg 31145380  T
Q  101 tgggaggaaaaatataaatgcggaagcaagtcacacaagtgagatatactttcctcgttgggtatacaataggcttgagcttgacactaatttaagacct 200  Q
     ||||||||||| || | ||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| | ||||||    
T  31145379 agggaggaaaaacatcattgctgatgcaagtcacactagtgagatatactttccacattgggtatacaataggctagagcttggcactaatctgagacct 31145280  T
Q  201 gatggggtaatggatacggaagaagacgagattgcaaagagaatgactattgtgggtttgtggtgtattcaaa 273  Q
    |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  31145279 gatggggttatggatacagaagaagatgagattgcaaggagaatgactattgtgggtttatggtgcattcaaa 31145207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 31171792 - 31171520
Alignment:
Q  1 tgggttatgtagctccagaagtgtggaatagacaatttggaggagtttcacataagtctgatgtttatagttatggaatgatgttgttggaaatggtggg 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||    
T  31171792 tgggatatgtagctccagaagtgtggaatagacattttggaggagtttcacacaaatctgatgtttatagttatggaatgatgttgctagaaatggttgg 31171693  T
Q  101 tgggaggaaaaatataaatgcggaagcaagtcacacaagtgagatatactttcctcgttgggtatacaataggcttgagcttgacactaatttaagacct 200  Q
     ||||||||||| || | ||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| | ||||||    
T  31171692 agggaggaaaaacatcattgctgatgcaagtcacactagtgagatatactttccacattgggtatacaataggctagagcttggcactaatctgagacct 31171593  T
Q  201 gatggggtaatggatacggaagaagacgagattgcaaagagaatgactattgtgggtttgtggtgtattcaaa 273  Q
    |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  31171592 gatggggttatggatacagaagaagatgagattgcaaggagaatgactattgtgggtttatggtgcattcaaa 31171520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 161; E-Value: 7e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 31201344 - 31201072
Alignment:
Q  1 tgggttatgtagctccagaagtgtggaatagacaatttggaggagtttcacataagtctgatgtttatagttatggaatgatgttgttggaaatggtggg 100  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||    
T  31201344 tgggatatgtagctccagaaatgtggaatagacattttggaggagtttcatacaagtccgatgtttatagttatggaatgatgttgctggaaatggttgg 31201245  T
Q  101 tgggaggaaaaatataaatgcggaagcaagtcacacaagtgagatatactttcctcgttgggtatacaataggcttgagcttgacactaatttaagacct 200  Q
     ||||||||||| || ||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||  | |||||| ||||||    
T  31201244 agggaggaaaaacattaatgctgatgcaagtctcacaagtgagatatactttcctcactgggtatacaataggcttgagcttggtagtaatttgagacct 31201145  T
Q  201 gatggggtaatggatacggaagaagacgagattgcaaagagaatgactattgtgggtttgtggtgtattcaaa 273  Q
    ||||| || |||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||    
T  31201144 gatggagttatggatacagaagaagacaagattgcaaggagaatgacaattgtgggtttatggtgcattcaaa 31201072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 161; E-Value: 7e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Original strand, 31224612 - 31224884
Alignment:
Q  1 tgggttatgtagctccagaagtgtggaatagacaatttggaggagtttcacataagtctgatgtttatagttatggaatgatgttgttggaaatggtggg 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||    
T  31224612 tggggtatgtagctccagaagtgtggaatagacattttggaggagtttcacacaagtctgatgtttatagttatggaatgatattgctggaaatggttgg 31224711  T
Q  101 tgggaggaaaaatataaatgcggaagcaagtcacacaagtgagatatactttcctcgttgggtatacaataggcttgagcttgacactaatttaagacct 200  Q
     ||||||||||| || ||||| || ||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||  | | |||| ||||||    
T  31224712 agggaggaaaaacattaatgctgatgcaagtcgcacaagtgagatatattttcctcattgggtatacaaaaggcttgagcttgctagtgattttagacct 31224811  T
Q  201 gatggggtaatggatacggaagaagacgagattgcaaagagaatgactattgtgggtttgtggtgtattcaaa 273  Q
    |||||  |||||||||| ||||||||  ||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  31224812 gatggaataatggatacagaagaagataagattgcaaggagaatgaccattgtaggtttgtggtgtattcaaa 31224884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 1 - 169
Target Start/End: Original strand, 31229892 - 31230060
Alignment:
Q  1 tgggttatgtagctccagaagtgtggaatagacaatttggaggagtttcacataagtctgatgtttatagttatggaatgatgttgttggaaatggtggg 100  Q
    |||| ||||||||||| ||  | ||||||| | | |||||| ||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||    
T  31229892 tggggtatgtagctcctgagttatggaatataaattttggatgagtttcgcacaagtctgacgtttatagttatggaatgatgttgctagaaatggttgg 31229991  T
Q  101 tgggaggaaaaatataaatgcggaagcaagtcacacaagtgagatatactttcctcgttgggtatacaa 169  Q
    |||||||||||| || || || || |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  31229992 tgggaggaaaaacattaacgccgatgcaagtcaaacaagtgagatatactttcctcattgggtatacaa 31230060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 6 - 100
Target Start/End: Original strand, 30945107 - 30945201
Alignment:
Q  6 tatgtagctccagaagtgtggaatagacaatttggaggagtttcacataagtctgatgtttatagttatggaatgatgttgttggaaatggtggg 100  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | || || ||||||||    
T  30945107 tatgtagctccagaagtatggaatagacaatttggaggagtttcacacaagtctgatgtttatagttatggaatgatgcttttagagatggtggg 30945201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 6 - 83
Target Start/End: Original strand, 30955367 - 30955444
Alignment:
Q  6 tatgtagctccagaagtgtggaatagacaatttggaggagtttcacataagtctgatgtttatagttatggaatgatg 83  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30955367 tatgtagctccagaagtatggaatagacaatttggaggagtttcacacaagtctgatgtttatagttatggaatgatg 30955444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 198
Target Start/End: Original strand, 31214343 - 31214540
Alignment:
Q  1 tgggttatgtagctccagaagtgtggaatagacaatttggaggagtttcacataagtctgatgtttatagttatggaatgatgttgttggaaatggtggg 100  Q
    |||| ||||||||||| ||  ||||||||||| | |||||||| |||||  | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  | ||    
T  31214343 tgggatatgtagctcctgagttgtggaatagaaactttggaggcgtttcgtacaagtctgatgtttatagttacggaatgatgttgttggaaataatcgg 31214442  T
Q  101 tgggaggaaaaatataaatgcggaagcaagtcacacaagtgagatatactttcctcgttgggtatacaataggcttgagcttgacactaatttaagac 198  Q
     || |||||||| || | |||  | |||||||| |||||||||| ||||||||||  |||||||||||| ||| |||| || |||||| |||| ||||    
T  31214443 aggaaggaaaaacattagtgccaatgcaagtcatacaagtgagaaatactttcctgattgggtatacaaaaggtttgatctagacactgatttgagac 31214540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000003; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 45 - 109
Target Start/End: Original strand, 44035822 - 44035886
Alignment:
Q  45 gtttcacataagtctgatgtttatagttatggaatgatgttgttggaaatggtgggtgggaggaa 109  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| | |||||||| |||||| ||||    
T  44035822 gtttcacataagtctgatgtctatagttacggaatgatgttgctagaaatggttggtgggcggaa 44035886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000006; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 30 - 97
Target Start/End: Original strand, 49215559 - 49215626
Alignment:
Q  30 agacaatttggaggagtttcacataagtctgatgtttatagttatggaatgatgttgttggaaatggt 97  Q
    ||||| ||||| || || |||||||| || |||||||||||||||||||||||| | || ||||||||    
T  49215559 agacattttggtggggtgtcacataaatcagatgtttatagttatggaatgatggttttagaaatggt 49215626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 48 - 97
Target Start/End: Original strand, 49714555 - 49714604
Alignment:
Q  48 tcacataagtctgatgtttatagttatggaatgatgttgttggaaatggt 97  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||||| | || ||||||||    
T  49714555 tcacataaatcagatgtttatagttatggaatgatggttttagaaatggt 49714604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 48 - 97
Target Start/End: Original strand, 49725331 - 49725380
Alignment:
Q  48 tcacataagtctgatgtttatagttatggaatgatgttgttggaaatggt 97  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |  ||||||||||    
T  49725331 tcacataagtcagatgtttacagttatggaatgatggtcatggaaatggt 49725380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University