View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF19013_high_2 (Length: 621)
Name: NF19013_high_2
Description: NF19013
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF19013_high_2 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 542; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 542; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 614
Target Start/End: Complemental strand, 31180823 - 31180228
Alignment:
| Q |
20 |
acaggttatcaggtagaactggaattctattgaatttaatttgttactaccatctaatatttnnnnnnnnnnnnnnttgttatcctttaacattaaactt |
119 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31180823 |
acaggttatcaggtagaactggaattctattgaatttaatttgttactaccatctaatatttaaaaaaattaaaaattgttatcctttaacattaaactt |
31180724 |
T |
|
| Q |
120 |
gctgtcgtttagattctgctgttgtggtattttcgtaaatctttttctggttcttacacatttgttggggcatgtaaactgctcatgctgaaaaatgtgt |
219 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31180723 |
gctgtcgtttagattctgctgttgtggtattttcgtaaatctttttctggttcttacacatttgttggggcatgtaaactgctcatgctgaaaaatgtgt |
31180624 |
T |
|
| Q |
220 |
gttctaactcacatatgttaaccgaaactctttttagcaagatgctcttgtatgctgaaccgaacttttcataatcgtgttaagttaattttccagatgg |
319 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31180623 |
gttctaactcacatatgttaaccgaaactctttttagcaagatgctcttgtatgctgaaccgaacttttcataatcgtgttaagttaattttccagatgg |
31180524 |
T |
|
| Q |
320 |
ggcaaacgaaaatattcctaagagctggtcatatggcagaattggatgctcggagagcatacatgcttagcaactctgcaacaattatccaaaagcatac |
419 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31180523 |
ggcaaacgaaaatattcctaagagctggtcatatggcagaattggatgctctgagagcatacatgcttagcaactctgcaacaattatccaaaagcatac |
31180424 |
T |
|
| Q |
420 |
tagaactcattttagtcggaaaacatatactacactgcggaagtcctctatctttgtgcagtctatttgcagaggttcgatatttgtattttacaactgt |
519 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31180423 |
tagaactcattttagtcggaaaacatatactacactgcggaagtcctctatctttgtgcagtctatttgcagaggttcgatatttgtattttacaactgt |
31180324 |
T |
|
| Q |
520 |
cgttatggtgttcgtaatgaaatggttgtcttgaggatttttatagttttgtcctccctgacatttct-ttttcttggaatagcttcttcatttct |
614 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31180323 |
cgttatggtgttcgtaatgaaatggttgtcttgaggatttttatagttttgtcctccctgacatttcttttttcttggaatagcttcttcatttct |
31180228 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 591
Target Start/End: Complemental strand, 31003353 - 31002776
Alignment:
| Q |
20 |
acaggttatcaggtagaactggaattctattgaatttaatttgttactaccatctaatatttnnnnnnnnnnnnnnttg--ttatcctttaacattaaac |
117 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
31003353 |
acaggttatcaggtagaactggaattctattgaatttaatttgttactaccatctaatatttaaaaaatatatatatatatttatcctgtaacattaaac |
31003254 |
T |
|
| Q |
118 |
ttgctgtcgtttagattctgctgttgtg-gtattttcgtaaat-ctttttctggttcttacacatttgttg-gggcatgtaaactgctcatgctgaaaaa |
214 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| | ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31003253 |
ttgctgtcgtttagattctgctgttgttagtattttggtaaaaacaaaatctggttcttaaacatttgtaaagggcatgtaaactgctcatgctgaaaaa |
31003154 |
T |
|
| Q |
215 |
tgtgtgttct-aactcacatatgttaaccgaaactctttttagcaagatgctcttgtatgctgaaccgaactttt-cataatcgtgttaagttaattttc |
312 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
31003153 |
tgtgtgttcttaactcacatatt---accaaaactctttttagcaagatgctcttgtatggtgaactgaactttttcataatcgtgttaaattaattttc |
31003057 |
T |
|
| Q |
313 |
cagatggggcaaacgaaaatattcctaagagctggtcatatggcagaattggatgctcggagagcatacatgcttagcaactctgcaacaattatccaaa |
412 |
Q |
| |
|
||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31003056 |
cagatagggcaaacaaaattattcctaagagctggtcatatggcagaattggatgctcggagagcatacatgcttagcaactctgcaacaattatccaaa |
31002957 |
T |
|
| Q |
413 |
agcatactagaactcattttagtcggaaaacatatactacactgcggaagtcctctatctttgtgcagtctatttgcagaggttcgatatttgtatttta |
512 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
31002956 |
agcatactagaactcattttagtcagaaaagatatactacactgcggaagtcctctttgtttttgcagtctatttgcagaggttagatatttgtatttta |
31002857 |
T |
|
| Q |
513 |
caactgtcgttatggtgttcgtaatgaaatggtt--gtcttgaggatttttatagttttgtcctccctgacatttcttttt |
591 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31002856 |
caactgtccttatggtgttcgtattgaaatggttaaatcatgaggatttttatagttttgtcctccctgacatttcttttt |
31002776 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University