View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19021_low_3 (Length: 285)

Name: NF19021_low_3
Description: NF19021
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19021_low_3
NF19021_low_3
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (11-265)||(16327176-16327430)
chr7 (11-265)||(9729305-9729559)
chr7 (11-265)||(9581453-9581707)
chr7 (11-265)||(4311279-4311532)
chr7 (11-265)||(540168-540416)
chr7 (11-265)||(8783498-8783752)
chr7 (11-180)||(14223144-14223313)
chr7 (54-264)||(23513661-23513873)
chr7 (120-264)||(4462117-4462261)
chr7 (120-264)||(5395800-5395944)
chr7 (120-264)||(10439748-10439892)
chr7 (127-264)||(12565670-12565807)
chr7 (127-264)||(13741088-13741225)
[»] scaffold0035 (1 HSPs)
scaffold0035 (11-265)||(51962-52216)
[»] chr3 (10 HSPs)
chr3 (8-265)||(12777913-12778170)
chr3 (11-265)||(15024254-15024508)
chr3 (11-265)||(6813419-6813667)
chr3 (46-264)||(20561936-20562153)
chr3 (46-264)||(20564244-20564461)
chr3 (46-264)||(20559628-20559845)
chr3 (54-264)||(9362367-9362573)
chr3 (120-264)||(13090217-13090358)
chr3 (120-264)||(13096373-13096514)
chr3 (219-265)||(3246922-3246968)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (11-265)||(14687181-14687435)
chr4 (15-265)||(42711184-42711434)
chr4 (11-265)||(15349253-15349501)
chr4 (54-264)||(11498023-11498233)
chr4 (54-264)||(10629345-10629551)
chr4 (128-264)||(45240267-45240404)
chr4 (120-264)||(18290680-18290824)
chr4 (138-247)||(11918125-11918233)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (11-265)||(23712116-23712370)
chr5 (71-264)||(20446255-20446447)
chr5 (120-264)||(21282320-21282465)
chr5 (120-264)||(18487473-18487617)
chr5 (54-264)||(23602050-23602256)
chr5 (120-264)||(24939193-24939334)
chr5 (144-264)||(24218516-24218633)
[»] scaffold0090 (1 HSPs)
scaffold0090 (11-265)||(29312-29566)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (11-265)||(20000852-20001103)
chr8 (46-264)||(20040479-20040697)
chr8 (54-264)||(21855186-21855392)
chr8 (128-264)||(17619412-17619545)
[»] scaffold0485 (1 HSPs)
scaffold0485 (11-265)||(11313-11568)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (11-265)||(27045424-27045672)
chr1 (54-231)||(22626469-22626647)
chr1 (128-264)||(21785853-21785986)
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (11-265)||(22062920-22063168)
chr6 (11-265)||(19586983-19587222)
chr6 (60-264)||(23519161-23519365)
chr6 (54-264)||(18188979-18189186)
chr6 (138-264)||(17818194-17818320)
chr6 (122-265)||(18852683-18852822)
chr6 (220-265)||(29685293-29685338)
chr6 (223-264)||(24390285-24390326)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (54-264)||(24500924-24501134)
chr2 (11-264)||(25339516-25339769)
[»] scaffold0566 (1 HSPs)
scaffold0566 (54-264)||(1202-1411)
[»] scaffold0222 (1 HSPs)
scaffold0222 (120-264)||(18488-18632)
[»] scaffold0220 (1 HSPs)
scaffold0220 (65-246)||(11741-11919)
[»] scaffold0026 (1 HSPs)
scaffold0026 (54-231)||(16964-17138)
[»] scaffold0113 (1 HSPs)
scaffold0113 (120-264)||(38043-38184)
[»] scaffold1184 (1 HSPs)
scaffold1184 (223-257)||(537-571)
[»] scaffold0012 (2 HSPs)
scaffold0012 (188-264)||(12854-12927)
scaffold0012 (188-264)||(8745-8818)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 223; Significance: 1e-123; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 223; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 11 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 16327430 - 16327176
Alignment:
Q  11 atcatcacttttatttctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaactattatctaaacttatatactctcactacta 110  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  16327430 atcatcacttttattgctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaactattatctaaacttatatactcttactactt 16327331  T
Q  111 tgtccttcgttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagagctaattgtttgatcattctacctaattcagacattac 210  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||    
T  16327330 tgtccttccttataacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagagctaattgtttgactattctacctaattcggacattac 16327231  T
Q  211 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 265  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16327230 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 16327176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 11 - 265
Target Start/End: Original strand, 9729305 - 9729559
Alignment:
Q  11 atcatcacttttatttctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaactattatctaaacttatatactctcactacta 110  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||     
T  9729305 atcatcacttttattgctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagatgaaaattattatccaaacttatatactctcactactt 9729404  T
Q  111 tgtccttcgttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagagctaattgtttgatcattctacctaattcagacattac 210  Q
    |||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9729405 tgtctttccttagaacccatgaccatactcacaattatcaatatgaatggaggattattagaactaattgtttgattattctacctaattcagacattac 9729504  T
Q  211 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 265  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  9729505 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaatccacaggtacaa 9729559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 11 - 265
Target Start/End: Original strand, 9581453 - 9581707
Alignment:
Q  11 atcatcacttttatttctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaactattatctaaacttatatactctcactacta 110  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||     
T  9581453 atcatcacttttattgctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagatgaaaattattatccaaacttatatactctcactactt 9581552  T
Q  111 tgtccttcgttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagagctaattgtttgatcattctacctaattcagacattac 210  Q
    |||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  9581553 tgtctttccttagaacccatgaccatactcacaattatcaatatgaatggaggattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattac 9581652  T
Q  211 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 265  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9581653 taatctggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 9581707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 183; E-Value: 5e-99
Query Start/End: Original strand, 11 - 265
Target Start/End: Original strand, 4311279 - 4311532
Alignment:
Q  11 atcatcacttttatttctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaactattatctaaacttatatactctcactacta 110  Q
    |||||||| |||||||||| || |||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  4311279 atcatcacctttatttctaggaagtttgggg-gagtgtgaatcaagagatcaagaggatagaggggaactattatctagacttatatactctcactactt 4311377  T
Q  111 tgtccttcgttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagagctaattgtttgatcattctacctaattcagacattac 210  Q
    |||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  4311378 tgtcctttcttagaacccatggccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattac 4311477  T
Q  211 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 265  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  4311478 taatccggaggtggtggaaaatttgctttacgttggtactaacccacatgtacaa 4311532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 11 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 540416 - 540168
Alignment:
Q  11 atcatcacttttatttctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaactattatctaaacttatatactctcactacta 110  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||      |||     
T  540416 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatact------actt 540323  T
Q  111 tgtccttcgttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagagctaattgtttgatcattctacctaattcagacattac 210  Q
    |||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  540322 tgtcattccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaaaggagaatcattaaagctaattgtttgattattctacctaattcggacattac 540223  T
Q  211 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 265  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  540222 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 540168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 11 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 8783752 - 8783498
Alignment:
Q  11 atcatcacttttatttctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaactattatctaaacttatatactctcactacta 110  Q
    |||||||| |||||| ||| || |||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  8783752 atcatcacctttattgctaggaagtttggggtgagtgtgaatcaatggatcaaggggatagaggggaactattatctagacttatatactctcactactt 8783653  T
Q  111 tgtccttcgttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagagctaattgtttgatcattctacctaattcagacattac 210  Q
    || ||||| ||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || ||||| |||||| ||||| |||||||| ||||| ||    
T  8783652 tgcccttccttacaacccatggccctactcacaattacaaatatgaaaggagaattattacagataattttttgattattctccctaattcggacataac 8783553  T
Q  211 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 265  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  8783552 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacatgtacaa 8783498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 126; E-Value: 5e-65
Query Start/End: Original strand, 11 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 14223313 - 14223144
Alignment:
Q  11 atcatcacttttatttctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaactattatctaaacttatatactctcactacta 110  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  14223313 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggaaagaggagaactattatctaaacttatatactctcactactt 14223214  T
Q  111 tgtccttcgttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagagctaattg 180  Q
    |||| ||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  14223213 tgtcattccttaaagcccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattg 14223144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 54 - 264
Target Start/End: Original strand, 23513661 - 23513873
Alignment:
Q  54 aagggatcaagaggatagaggaaaactattatctaaacttatatactctcactactatgtccttcgtt--agaacccatgaccctactcacaattaccaa 151  Q
    ||||||| || ||||| |||| |||||| |||||| ||||| | || |||||||| ||||  ||  ||  |||| ||||| |||| |||||||||||| |    
T  23513661 aagggataaataggattgagggaaactactatctagacttagaaaccctcactaccatgtttttttttttagaatccatggcccttctcacaattaccta 23513760  T
Q  152 tatgaatggagaattattagagctaattgtttgatcattctacctaattcagacattactaatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtacta 251  Q
    ||||| |||||| | | ||  |||||||  ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||  |||||||||| ||||    
T  23513761 tatgagtggagagtcaataatgctaattacttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtagaaaactttgtttatgttggcacta 23513860  T
Q  252 acccacaggtaca 264  Q
    |||||||||||||    
T  23513861 acccacaggtaca 23513873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 120 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 4462261 - 4462117
Alignment:
Q  120 ttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagagctaattgtttgatcattctacctaattcagacattactaatccgga 219  Q
    ||||||| ||||  || ||||||||| |||||||||| | || ||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||| |   ||| ||||| ||| |    
T  4462261 ttagaactcatggaccgactcacaatgaccaatatgattagaaaatcattagagctcattgtttgattattctacctaatccgttcataactaacccgaa 4462162  T
Q  220 ggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 264  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  4462161 ggtggtggaaaatttgctttatattggtactaacccactggtaca 4462117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 120 - 264
Target Start/End: Original strand, 5395800 - 5395944
Alignment:
Q  120 ttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagagctaattgtttgatcattctacctaattcagacattactaatccgga 219  Q
    |||||| ||| |||||| || ||||||||||| |||| |||||  | | ||  |||||||  ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  5395800 ttagaatccacgacccttctaacaattaccaaaatgagtggagcgtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccgga 5395899  T
Q  220 ggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 264  Q
    |||||| ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  5395900 ggtggtagaaaacttggtttatgttggcactaacccacaggtaca 5395944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 120 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 10439892 - 10439748
Alignment:
Q  120 ttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagagctaattgtttgatcattctacctaattcagacattactaatccgga 219  Q
    |||||||||||  |||| ||||||||||||||||||| |||||| | | ||  | |||||  ||||| ||||||||||||||||| |||||||| | | |    
T  10439892 ttagaacccatagcccttctcacaattaccaatatgagtggagagtcaataatgataatttcttgattattctacctaattcagatattactaagctgaa 10439793  T
Q  220 ggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 264  Q
    |||||| ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  10439792 ggtggtagaaaacttggtttatgttggcactaacccacaggtaca 10439748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 127 - 264
Target Start/End: Original strand, 12565670 - 12565807
Alignment:
Q  127 ccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagagctaattgtttgatcattctacctaattcagacattactaatccggaggtggtg 226  Q
    ||||| |||| || |||||||||||||||| |||||| | | ||  |||||||  ||||| |||  |||||||||||| ||||||||| ||||||||||     
T  12565670 ccatggcccttctaacaattaccaatatgagtggagagtcaataatgctaatttcttgattatttaacctaattcagatattactaattcggaggtggta 12565769  T
Q  227 gaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 264  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  12565770 gaaaacttggtttatgttggtactaacccaccggtaca 12565807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 127 - 264
Target Start/End: Original strand, 13741088 - 13741225
Alignment:
Q  127 ccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagagctaattgtttgatcattctacctaattcagacattactaatccggaggtggtg 226  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||| | | ||  | |||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||     
T  13741088 ccatggcccttctcacaattaccaatatgagtggagagtcaataatgataattgcttgattattctacctaattcggacattactaattcggaggtggta 13741187  T
Q  227 gaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 264  Q
    ||||| |   |||||||||| ||||| |||||||||||    
T  13741188 gaaaactatgtttatgttggcactaatccacaggtaca 13741225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0035 (Bit Score: 219; Significance: 1e-120; HSPs: 1)
Name: scaffold0035
Description:

Target: scaffold0035; HSP #1
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 11 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 52216 - 51962
Alignment:
Q  11 atcatcacttttatttctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaactattatctaaacttatatactctcactacta 110  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  52216 atcatcacttttattgctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaactattatctaaacttatatactcttactactt 52117  T
Q  111 tgtccttcgttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagagctaattgtttgatcattctacctaattcagacattac 210  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||    
T  52116 tgtccttccttataacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagagctaattgtttgactattctacctaattcggacattac 52017  T
Q  211 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 265  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52016 tattccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 51962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 210; Significance: 1e-115; HSPs: 10)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 8 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 12778170 - 12777913
Alignment:
Q  8 gacatcatcacttttatttctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaactattatctaaacttatatactctcacta 107  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||    
T  12778170 gacatcatcccttttattgctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaattattatccaaacttatttactctcacta 12778071  T
Q  108 ctatgtccttcgttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagagctaattgtttgatcattctacctaattcagacat 207  Q
    || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  12778070 ctttgtccttccttagaacccatgaccctactcacaattatcaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacat 12777971  T
Q  208 tactaatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 265  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12777970 tactaattcggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 12777913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 11 - 265
Target Start/End: Original strand, 15024254 - 15024508
Alignment:
Q  11 atcatcacttttatttctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaactattatctaaacttatatactctcactacta 110  Q
    ||||||||||||||| |||  | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  15024254 atcatcacttttattgctagaaagtttggggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggggtactattatctatacttatatactctcactactt 15024353  T
Q  111 tgtccttcgttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagagctaattgtttgatcattctacctaattcagacattac 210  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||| ||    
T  15024354 tgtccttccttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattaatagagctaattgttttattattctacctaatccagacataac 15024453  T
Q  211 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 265  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  15024454 taatccggaggtggtggaaaatttgcattatgttggtactaatccacatgtacaa 15024508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 11 - 265
Target Start/End: Original strand, 6813419 - 6813667
Alignment:
Q  11 atcatcacttttatttctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaactattatctaaacttatatactctcactacta 110  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||      |||     
T  6813419 atcatcacttttattgctaagaagtttgaggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatact------actt 6813512  T
Q  111 tgtccttcgttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagagctaattgtttgatcattctacctaattcagacattac 210  Q
    |||| ||| ||| || ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  6813513 tgtcattccttaaaaaccatgactctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattac 6813612  T
Q  211 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 265  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6813613 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 6813667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 67; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 46 - 264
Target Start/End: Original strand, 20561936 - 20562153
Alignment:
Q  46 tgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaactattatctaaacttatatactctcactactatgtccttcgttagaacccatgaccctactcacaat 145  Q
    ||||||| ||||||| || ||||| |||| |||||| |||||| ||||| | || |||||||| ||||  ||  ||||||  |||| |||| ||||||||    
T  20561936 tgtgaataaagggataaataggattgagggaaactactatctagacttagaaaccctcactaccatgtttttt-ttagaattcatggcccttctcacaat 20562034  T
Q  146 taccaatatgaatggagaattattagagctaattgtttgatcattctacctaattcagacattactaatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttg 245  Q
    ||||||||||| |||||| | | ||   ||||||  ||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| | | ||| |||||    
T  20562035 taccaatatgagtggagagtcaatactactaatttcttgattattctacctaattcagatattactaattcggaggtggtagaaaactaggtttgtgttg 20562134  T
Q  246 gtactaacccacaggtaca 264  Q
    | |||||||||||||||||    
T  20562135 gcactaacccacaggtaca 20562153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 67; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 46 - 264
Target Start/End: Original strand, 20564244 - 20564461
Alignment:
Q  46 tgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaactattatctaaacttatatactctcactactatgtccttcgttagaacccatgaccctactcacaat 145  Q
    ||||||| ||||||| || ||||| |||| |||||| |||||| ||||| | || |||||||| ||||  ||  ||||||  |||| |||| ||||||||    
T  20564244 tgtgaataaagggataaataggattgagggaaactactatctagacttagaaaccctcactaccatgtttttt-ttagaattcatggcccttctcacaat 20564342  T
Q  146 taccaatatgaatggagaattattagagctaattgtttgatcattctacctaattcagacattactaatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttg 245  Q
    ||||||||||| |||||| | | ||   ||||||  ||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| | | ||| |||||    
T  20564343 taccaatatgagtggagagtcaatactactaatttcttgattattctacctaattcagatattactaattcggaggtggtagaaaactaggtttgtgttg 20564442  T
Q  246 gtactaacccacaggtaca 264  Q
    | |||||||||||||||||    
T  20564443 gcactaacccacaggtaca 20564461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 46 - 264
Target Start/End: Original strand, 20559628 - 20559845
Alignment:
Q  46 tgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaactattatctaaacttatatactctcactactatgtccttcgttagaacccatgaccctactcacaat 145  Q
    ||||||| ||||||| || ||||| |||| |||||| |||||| ||||| | || |||||||| ||||  ||  ||||||  |||| |||| ||||||||    
T  20559628 tgtgaataaagggataaataggattgagggaaactactatctagacttagaaaccctcactaccatgtttttt-ttagaattcatggcccttctcacaat 20559726  T
Q  146 taccaatatgaatggagaattattagagctaattgtttgatcattctacctaattcagacattactaatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttg 245  Q
    ||||||||||| |||||| | | ||   ||||||  ||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| | | ||| |||||    
T  20559727 taccaatatgagtggagagtcaatactactaatttcttgattattctacctaattcagatattactaattcggaggtggtagaaaactaggtttgtgttg 20559826  T
Q  246 gtactaacccacaggtaca 264  Q
    | |||||||||||| ||||    
T  20559827 gcactaacccacagataca 20559845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 54 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 9362573 - 9362367
Alignment:
Q  54 aagggatcaagaggatagaggaaaactattatctaaacttatatactctcactactatgtccttcgttagaacccatgaccctactcacaattaccaata 153  Q
    ||||||| || ||||| |||| |||||| |||||| ||||| | || |||||||| ||||  ||  |||||| ||||| |||| ||||||||  ||||||    
T  9362573 aagggataaataggattgagggaaactactatctatacttagaaaccctcactaccatgtttttt-ttagaatccatggcccttctcacaatccccaata 9362475  T
Q  154 tgaatggagaattattagagctaattgtttgatcattctacctaattcagacattactaatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaac 253  Q
    ||| |||||| | | ||  |||||||  ||||| ||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||| ||||| |   |||||||||| ||||||    
T  9362474 tgagtggagagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcaaatattactaatccgaaggtggtagaaaact---tttatgttggcactaac 9362378  T
Q  254 ccacaggtaca 264  Q
    |||||||||||    
T  9362377 ccacaggtaca 9362367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 120 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 13090358 - 13090217
Alignment:
Q  120 ttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagagctaattgtttgatcattctacctaattcagacattactaatccgga 219  Q
    |||||| ||||| |||| ||||||||| ||||||||| ||| || | | ||  |||||||  ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |    
T  13090358 ttagaatccatggcccttctcacaattcccaatatgagtggtgagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccgaa 13090259  T
Q  220 ggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 264  Q
    |||||| ||||| |   |||||||||| |||||||||||||||||    
T  13090258 ggtggtagaaaact---tttatgttggcactaacccacaggtaca 13090217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 120 - 264
Target Start/End: Original strand, 13096373 - 13096514
Alignment:
Q  120 ttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagagctaattgtttgatcattctacctaattcagacattactaatccgga 219  Q
    |||||| ||||| |||| ||||||||| |||| |||| |||||| | | ||   ||||||  ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |    
T  13096373 ttagaatccatggcccttctcacaattcccaacatgagtggagagtcaataattctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccgaa 13096472  T
Q  220 ggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 264  Q
    |||||| ||||| |   |||||||||  |||||||||||||||||    
T  13096473 ggtggtagaaaact---tttatgttgacactaacccacaggtaca 13096514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 219 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 3246968 - 3246922
Alignment:
Q  219 aggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 265  Q
    ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||    
T  3246968 aggtggtggaaaatttgttttatttttgtactaacccacaggtacaa 3246922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 207; Significance: 1e-113; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 11 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 14687435 - 14687181
Alignment:
Q  11 atcatcacttttatttctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaactattatctaaacttatatactctcactacta 110  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  14687435 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggagaactattatctaaacttatatactctcactactt 14687336  T
Q  111 tgtccttcgttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagagctaattgtttgatcattctacctaattcagacattac 210  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||    
T  14687335 tgtcattccttagaacccatgaccctactcacaattaccaatataaatggagaattattagagctaattgtttgattatgctacctaattcggacattac 14687236  T
Q  211 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 265  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14687235 taatccggaggcggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 14687181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 15 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 42711434 - 42711184
Alignment:
Q  15 tcacttttatttctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaactattatctaaacttatatactctcactactatgtc 114  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  42711434 tcacttttattgctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaaaggatcaagaggatagatgaaaattattatccaaacttatatactctcactactttgtc 42711335  T
Q  115 cttcgttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagagctaattgtttgatcattctacctaattcagacattactaat 214  Q
     ||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  42711334 tttccttagaacccatgaccatactcataattaccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattactaat 42711235  T
Q  215 ccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 265  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42711234 ccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 42711184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 176; E-Value: 7e-95
Query Start/End: Original strand, 11 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 15349501 - 15349253
Alignment:
Q  11 atcatcacttttatttctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaactattatctaaacttatatactctcactacta 110  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||      |||     
T  15349501 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatact------actt 15349408  T
Q  111 tgtccttcgttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagagctaattgtttgatcattctacctaattcagacattac 210  Q
    |||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  15349407 tgtcattccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattac 15349308  T
Q  211 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 265  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15349307 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 15349253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 54 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 11498233 - 11498023
Alignment:
Q  54 aagggatcaagaggatagaggaaaactattatctaaacttatatactctcactactatgtccttcgttagaacccatgaccctactcacaattaccaata 153  Q
    ||||||| || ||||| |||| |||||| |||||| ||||| | || |||||||| ||||  ||  ||||||  ||||||||| || |||||||||||||    
T  11498233 aagggataaataggattgagggaaactactatctagacttagaaaccctcactaccatgtttttttttagaattcatgacccttctaacaattaccaata 11498134  T
Q  154 tgaatggagaattattagagctaattgtttgatcattctacctaattcagacattactaatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaac 253  Q
    ||| |||||| | | |   | |||||| ||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| ||||||    
T  11498133 tgagtggagagtcaattatgttaattgcttgattattctacctaattcaaatattactaatccggaggtggtagaaaacttggtttatgttggcactaac 11498034  T
Q  254 ccacaggtaca 264  Q
    |||||||||||    
T  11498033 ccacaggtaca 11498023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 54 - 264
Target Start/End: Original strand, 10629345 - 10629551
Alignment:
Q  54 aagggatcaagaggatagaggaaaactattatctaaacttatatactctcactactatgtccttcgttagaacccatgaccctactcacaattaccaata 153  Q
    ||||||| || ||||| |||| |||||| |||||| ||||| | || |||||||| ||||  ||  |||||| ||||| |||| ||||||||| ||||||    
T  10629345 aagggataaataggattgagggaaactactatctatacttagaaaccctcactaccatgtttttt-ttagaatccatggcccttctcacaattcccaata 10629443  T
Q  154 tgaatggagaattattagagctaattgtttgatcattctacctaattcagacattactaatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaac 253  Q
    ||| |||||| | | ||  |||||||  ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||| ||||| |   |||||||||| ||||||    
T  10629444 tgagtggagagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccgaaggcggtagaaaact---tttatgttggcactaac 10629540  T
Q  254 ccacaggtaca 264  Q
    |||||||||||    
T  10629541 ccacaggtaca 10629551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 128 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 45240404 - 45240267
Alignment:
Q  128 catgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagagctaa-ttgtttgatcattctacctaattcagacattactaatccggaggtggtg 226  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||| |||||| | | ||  ||||| ||| ||||| |||||||| |||||  | ||||||||||||||||||||     
T  45240404 catggcccttctcacaattaccaatatgagtggagagtcaataacgctaaattgcttgattattctaccaaattcgaatattactaatccggaggtggta 45240305  T
Q  227 gaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 264  Q
    ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  45240304 gaaaacttggtttatgttggcactaacccacaggtaca 45240267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 120 - 264
Target Start/End: Original strand, 18290680 - 18290824
Alignment:
Q  120 ttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagagctaattgtttgatcattctacctaattcagacattactaatccgga 219  Q
    |||||| ||| | |||| || |||||||||||||||| |||| | | | ||  || ||||  ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  18290680 ttagaatccacggcccttctaacaattaccaatatgagtggaaattcaataatgcaaatttattgattattctacctaattcagatattactaatccgga 18290779  T
Q  220 ggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 264  Q
    |||| | ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  18290780 ggtgatagaaaacttggtttatgttggcactaacccacaggtaca 18290824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 138 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 11918233 - 11918125
Alignment:
Q  138 ctcacaattaccaatatgaatggagaattattagagctaattgtttgatcattctacctaattcagacattactaatccggaggtggtggaaaatttgct 237  Q
    ||||||||||||||||||| |||| | | | ||| ||||||| |||||| |||||||||||| | ||||| ||||| ||| ||||||||||||| ||| |    
T  11918233 ctcacaattaccaatatgagtggaaagtcaatagggctaatt-tttgattattctacctaatccggacataactaacccgaaggtggtggaaaaattgtt 11918135  T
Q  238 ttatgttggt 247  Q
    ||||||||||    
T  11918134 ttatgttggt 11918125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 195; Significance: 1e-106; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 11 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 23712370 - 23712116
Alignment:
Q  11 atcatcacttttatttctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaactattatctaaacttatatactctcactacta 110  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||     
T  23712370 atcatcacttttgttgctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagatgaaaattattatccaaacttatatactctcactactt 23712271  T
Q  111 tgtccttcgttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagagctaattgtttgatcattctacctaattcagacattac 210  Q
    |||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  23712270 tgtctttccttagaacccatgaccatactcacaattaccaatatgaatggaggattattagaactaattttttgattattctacctaattcggacattac 23712171  T
Q  211 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 265  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  23712170 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtcctaacccacaggtacaa 23712116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 71 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 20446447 - 20446255
Alignment:
Q  71 gaggaaaactattatctaaacttatatactctcactactatgtccttcgttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattatta 170  Q
    |||| |||||| || ||| ||||| |||| |||||||| ||||  ||  ||||||| |||  |||| ||||||||||||||||||| |||||| | | ||    
T  20446447 gagggaaactactacctagacttagataccctcactaccatgttttta-ttagaactcatagcccttctcacaattaccaatatgagtggagagtcaata 20446349  T
Q  171 gagctaattgtttgatcattctacctaattcagacattactaatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 264  Q
      |||||||  ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  20446348 atgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccgaaggtggtagaaaacttggtttatgttggcactaacccacaggtaca 20446255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 120 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 21282465 - 21282320
Alignment:
Q  120 ttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagagctaa-ttgtttgatcattctacctaattcagacattactaatccgg 218  Q
    |||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||| | | ||  ||||| ||| ||||| |||||||| |||||  | |||||||||||||    
T  21282465 ttagaatccataacccttctcacaattaccaatatgagtggagagtcaataacgctaaattgcttgattattctaccaaattcgaatattactaatccgg 21282366  T
Q  219 aggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 264  Q
    ||||||| ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  21282365 aggtggtagaaaacttggtttatgttggcactaacccacaggtaca 21282320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 120 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 18487617 - 18487473
Alignment:
Q  120 ttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagagctaattgtttgatcattctacctaattcagacattactaatccgga 219  Q
    |||||| ||||| ||||  | |||||||||||||||| |||||| | | ||  |||||||  ||||| ||||||||||||||||| |||| |||||| ||    
T  18487617 ttagaatccatggcccttataacaattaccaatatgagtggagagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattattaatcctga 18487518  T
Q  220 ggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 264  Q
    |||||| ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  18487517 ggtggtagaaaacttggtttatgttggcactaacccacaggtaca 18487473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 54 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 23602256 - 23602050
Alignment:
Q  54 aagggatcaagaggatagaggaaaactattatctaaacttatatactctcactactatgtccttcgttagaacccatgaccctactcacaattaccaata 153  Q
    ||||||| || ||||| |||| |||||| |||||| ||||| | || |||||||| ||||  ||  |||||| ||||| || | ||||||||| ||||||    
T  23602256 aagggataaataggattgagggaaactactatctatacttagaaaccctcactaccatgtttttt-ttagaatccatggcctttctcacaattcccaata 23602158  T
Q  154 tgaatggagaattattagagctaattgtttgatcattctacctaattcagacattactaatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaac 253  Q
    ||| ||| || | | ||  |||||||  ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||| |   |||||||||| ||||||    
T  23602157 tgagtggcgagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccgaaggtggtagaaaact---tttatgttggcactaac 23602061  T
Q  254 ccacaggtaca 264  Q
    |||||||||||    
T  23602060 ccacaggtaca 23602050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 120 - 264
Target Start/End: Original strand, 24939193 - 24939334
Alignment:
Q  120 ttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagagctaattgtttgatcattctacctaattcagacattactaatccgga 219  Q
    |||||| ||||| |||| ||||||||| ||||||||| ||| || | | ||  |||||||  ||||| ||||||||||||||||| ||||||||| || |    
T  24939193 ttagaatccatggcccttctcacaattcccaatatgagtggcgagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaattcgaa 24939292  T
Q  220 ggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 264  Q
    |||||| ||||| |   |||||||||| |||||||||||||||||    
T  24939293 ggtggtagaaaact---tttatgttggcactaacccacaggtaca 24939334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 144 - 264
Target Start/End: Original strand, 24218516 - 24218633
Alignment:
Q  144 attaccaatatgaatggagaattattagagctaattgtttgatcattctacctaattcagacattactaatccggaggtggtggaaaatttgctttatgt 243  Q
    ||||||||||||| |||||| | | ||  |||||||  ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||| |    ||||||    
T  24218516 attaccaatatgagtggagagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccggagatggtagaaaact---attatgt 24218612  T
Q  244 tggtactaacccacaggtaca 264  Q
    ||| ||||||||||| |||||    
T  24218613 tggcactaacccacatgtaca 24218633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0090 (Bit Score: 191; Significance: 1e-104; HSPs: 1)
Name: scaffold0090
Description:

Target: scaffold0090; HSP #1
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 11 - 265
Target Start/End: Original strand, 29312 - 29566
Alignment:
Q  11 atcatcacttttatttctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaactattatctaaacttatatactctcactacta 110  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||     
T  29312 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatactctcactactt 29411  T
Q  111 tgtccttcgttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagagctaattgtttgatcattctacctaattcagacattac 210  Q
    |||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||    
T  29412 tgtcattccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtatgattattctacctaattcggacattac 29511  T
Q  211 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 265  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29512 taatccggaggtggtagaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 29566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 189; Significance: 1e-102; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 11 - 265
Target Start/End: Original strand, 20000852 - 20001103
Alignment:
Q  11 atcatcacttttatttctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaactattatctaaacttatatactctcactacta 110  Q
    ||||||||||||||| |||||   ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||     
T  20000852 atcatcacttttattgctaag---tttggggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatactctcactactt 20000948  T
Q  111 tgtccttcgttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagagctaattgtttgatcattctacctaattcagacattac 210  Q
    |||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  20000949 tgtcattccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattac 20001048  T
Q  211 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 265  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20001049 taatctggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 20001103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 46 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 20040697 - 20040479
Alignment:
Q  46 tgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaactattatctaaacttatatactctcactactatgtccttcgttagaacccatgaccctactcacaat 145  Q
    ||||||| ||||||| || ||||| |||| |||||| |||||| ||||| | || |||||||| ||||  ||  ||||||  |||| |||| ||||||||    
T  20040697 tgtgaataaagggataaataggattgagggaaactactatctagacttagaaaccctcactaccatgtttttttttagaattcatggcccttctcacaat 20040598  T
Q  146 taccaatatgaatggagaattattagagctaattgtttgatcattctacctaattcagacattactaatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttg 245  Q
    ||||||||||| |||||| | | ||   ||||||  ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| | | |||||||||    
T  20040597 taccaatatgagtggagagtcaatactactaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccagaggtggtagaaaactaggtttatgttg 20040498  T
Q  246 gtactaacccacaggtaca 264  Q
    | |||||||||||||||||    
T  20040497 gcactaacccacaggtaca 20040479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 54 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 21855392 - 21855186
Alignment:
Q  54 aagggatcaagaggatagaggaaaactattatctaaacttatatactctcactactatgtccttcgttagaacccatgaccctactcacaattaccaata 153  Q
    ||||||| || | ||| |||| |||||| || ||| ||||| |||| |||||||| ||||  ||  ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  21855392 aagggataaatatgattgagggaaactactacctagacttagataccctcactaccatgttttta-ttagaacccataacccttctcacaattaccaata 21855294  T
Q  154 tgaatggagaattattagagctaattgtttgatcattctacctaattcagacattactaatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaac 253  Q
    ||| |||||| | | ||  |||||||  ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||| |   |||||||||| ||||||    
T  21855293 tgagtggagagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccgaaggtggtagaaaact---tttatgttggcactaac 21855197  T
Q  254 ccacaggtaca 264  Q
    | |||||||||    
T  21855196 ctacaggtaca 21855186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 128 - 264
Target Start/End: Original strand, 17619412 - 17619545
Alignment:
Q  128 catgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagagctaattgtttgatcattctacctaattcagacattactaatccggaggtggtgg 227  Q
    |||| |||| ||||||||| ||||||||| |||||| | | ||  |||||||  ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |    
T  17619412 catggcccttctcacaatttccaatatgagtggagagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccgaaggtggtag 17619511  T
Q  228 aaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 264  Q
    |||| |   |||||||||| |||||||||||||||||    
T  17619512 aaaact---tttatgttggcactaacccacaggtaca 17619545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0485 (Bit Score: 172; Significance: 2e-92; HSPs: 1)
Name: scaffold0485
Description:

Target: scaffold0485; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 11 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 11568 - 11313
Alignment:
Q  11 atcatcacttttatttctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaactattatctaaacttatatactctcactacta 110  Q
    |||||||| |||||| |||  | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||| ||||||||||     
T  11568 atcatcacctttattgctagaaagtttggggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggggaactattatctagacttatataatctcactactt 11469  T
Q  111 tgtccttcgttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagagctaattgtttgatcattctacctaattcagacattac 210  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||| ||    
T  11468 tgtccttccttagaacccatgaccatactcacaattaccaatatgagtggagaattattagagctaattgtttgattattctacctaatccggacataac 11369  T
Q  211 taatccggaggtggtgg-aaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 265  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11368 taatctggaggtggtggaaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 11313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 172; Significance: 2e-92; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 11 - 265
Target Start/End: Original strand, 27045424 - 27045672
Alignment:
Q  11 atcatcacttttatttctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaactattatctaaacttatatactctcactacta 110  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||      |||     
T  27045424 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatact------actt 27045517  T
Q  111 tgtccttcgttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagagctaattgtttgatcattctacctaattcagacattac 210  Q
    |||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  27045518 tgtcattccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattac 27045617  T
Q  211 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 265  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27045618 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 27045672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 54 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 22626647 - 22626469
Alignment:
Q  54 aagggatcaagaggatagaggaaaactattatctaaacttatatactctcactactatgtccttcgt--tagaacccatgaccctactcacaattaccaa 151  Q
    ||||||| || ||||| |||| |||||| |||||| ||||| |||| |||||||| ||||  ||  |  ||||| ||||| |||| ||||||||||||||    
T  22626647 aagggataaataggattgagggaaactactatctagacttagataccctcactaccatgttttttttcttagaatccatg-cccttctcacaattaccaa 22626549  T
Q  152 tatgaatggagaattattagagctaattgtttgatcattctacctaattcagacattactaatccggaggtggtggaaaa 231  Q
    ||||| |||||| | | ||  |||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||| |||||| |||||    
T  22626548 tatgagtggagagtcaataatgctaattgcttgattattctacctaattcggatattactaatccggtggtggtagaaaa 22626469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 128 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 21785986 - 21785853
Alignment:
Q  128 catgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagagctaattgtttgatcattctacctaattcagacattactaatccggaggtggtgg 227  Q
    |||| |||| || |||| |||||| |||| |||||| | | ||  |||||||  |||||  |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |    
T  21785986 catggcccttctaacaagtaccaacatgagtggagagtcaataatgctaatttcttgatttttctacctaattcagatattactaatccgaaggtggtag 21785887  T
Q  228 aaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 264  Q
    |||| |   |||||||||| |||||||||||||||||    
T  21785886 aaaact---tttatgttggcactaacccacaggtaca 21785853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 160; Significance: 3e-85; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 11 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 22063168 - 22062920
Alignment:
Q  11 atcatcacttttatttctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaactattatctaaacttatatactctcactacta 110  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||      |||     
T  22063168 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatact------actt 22063075  T
Q  111 tgtccttcgttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagagctaattgtttgatcattctacctaattcagacattac 210  Q
    |||| ||| ||| || ||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  22063074 tgtcattccttaaaaaccatgactctactcacaattaccaacatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattac 22062975  T
Q  211 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 265  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22062974 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 22062920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 11 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 19587222 - 19586983
Alignment:
Q  11 atcatcacttttatttctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaactattatctaaacttatatactctcactacta 110  Q
    |||||||| |||||| ||| || |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  19587222 atcatcacctttattgctaggaagtttggggtgagtctgaatcaagggatcaagaggatagagaggaactattatctacacttatatactctcactactt 19587123  T
Q  111 tgtccttcgttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagagctaattgtttgatcattctacctaattcagacattac 210  Q
    |||||||| ||||||||||||  |||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||                   
T  19587122 tgtccttccttagaacccatggacctacttacaattaccaatataaacggagaattattagagctaattgtttgattattctacc--------------- 19587038  T
Q  211 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 265  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  19587037 taatctggaggtggtggaaaatttgatttatgttggtattaacccacaggtacaa 19586983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 60 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 23519365 - 23519161
Alignment:
Q  60 tcaagaggatagaggaaaactattatctaaacttatatactctcactactatgtccttcgttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatg 159  Q
    |||| ||||| ||||  |||||||||||| ||||| |||| |||| ||| ||||| ||| ||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||   |    
T  23519365 tcaataggattgaggggaactattatctagacttagataccctcaataccatgtctttccttataacccatgacccttctcacaactaccaatatgtgcg 23519266  T
Q  160 gagaattattagagctaattgtttgatcattctacctaattcagacattactaatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacag 259  Q
    || | | | ||| |||||||||||||| ||||||||| |||  ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |    
T  23519265 gaaagtaaatagggctaattgtttgattattctaccttatttggacataactaatccggagatggtggaaaatttgctttatgttggaactaacccacgg 23519166  T
Q  260 gtaca 264  Q
    |||||    
T  23519165 gtaca 23519161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 54 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 18189186 - 18188979
Alignment:
Q  54 aagggatcaagaggatagaggaaaactattatctaaacttatatactctcactactatgtccttcgttagaacccatgaccctactcacaattaccaata 153  Q
    ||||||| || ||||| |||| |||||| |||||| ||||| | || ||||||||||| |  ||   ||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  18189186 aagggataaataggattgagggaaactactatctagacttagaaaccctcactactattttttt---tagaatccatgacccttctcacaattaccaata 18189090  T
Q  154 tgaatggagaattattagagctaattgtttgatcattctacctaattcagacattactaatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaac 253  Q
    ||| |||||| | | ||  |||||||| ||||| |||||||||||||| || | |||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| ||||||    
T  18189089 tgagtggagagtcaataatgctaattgcttgattattctacctaattcggataatactaatccggaggtggtagaaaacttggtttatgttggcactaac 18188990  T
Q  254 ccacaggtaca 264  Q
    |||||||||||    
T  18188989 ccacaggtaca 18188979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 67; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 138 - 264
Target Start/End: Original strand, 17818194 - 17818320
Alignment:
Q  138 ctcacaattaccaatatgaatggagaattattagagctaattgtttgatcattctacctaattcagacattactaatccggaggtggtggaaaatttgct 237  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| | | ||  |||||||  ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||| ||| |    
T  17818194 ctcacaattaccaatatgagtggagagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccgtaggtggtagaaaacttggt 17818293  T
Q  238 ttatgttggtactaacccacaggtaca 264  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||    
T  17818294 ttatgttggcactaacccacaggtaca 17818320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 122 - 265
Target Start/End: Original strand, 18852683 - 18852822
Alignment:
Q  122 agaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagagctaattgtttgatcattctacctaattcagacattactaatccggagg 221  Q
    |||| ||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||| | | ||  | || || || ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||     
T  18852683 agaatccatggcccttctcacaattaccaatatgagtggagagtaaataatgttatttctt-gattattctacctaattcagatattactaatccggaga 18852781  T
Q  222 tggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 265  Q
    |||| |||||||   |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  18852782 tggtagaaaatt---tttatgttggcactaacccacaggtacaa 18852822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 220 - 265
Target Start/End: Original strand, 29685293 - 29685338
Alignment:
Q  220 ggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 265  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  29685293 ggtggtggaaaatttgctttatgttagtactaacccacaggtacaa 29685338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 223 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 24390326 - 24390285
Alignment:
Q  223 ggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 264  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||    
T  24390326 ggtggaaaatttgctttatgctggtactaacaaacaggtaca 24390285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 91; Significance: 4e-44; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 54 - 264
Target Start/End: Original strand, 24500924 - 24501134
Alignment:
Q  54 aagggatcaagaggatagaggaaaactattatctaaacttatatactctcactactatgtccttcgttagaacccatgaccctactcacaattaccaata 153  Q
    |||||||||| ||||| |||| |||||| |||||| ||||| | || |||||||| ||||  ||  |||||| ||||| |||| ||||||||||||||||    
T  24500924 aagggatcaataggattgagggaaactactatctagacttagaaaccctcactaccatgttttttcttagaatccatggcccttctcacaattaccaata 24501023  T
Q  154 tgaatggagaattattagagctaattgtttgatcattctacctaattcagacattactaatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaac 253  Q
    | | |||||| | | ||  |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| ||||||    
T  24501024 ttagtggagagtcaataatgctaattgcttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtagaaaacttgatttatgttggcactaac 24501123  T
Q  254 ccacaggtaca 264  Q
    |||||||||||    
T  24501124 ccacaggtaca 24501134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 11 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 25339769 - 25339516
Alignment:
Q  11 atcatcacttttatttctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaactattatctaaacttatatactctcactacta 110  Q
    |||||||| || ||| ||| || |||| | || ||||||| | |||||||||| ||||||||||  ||| ||  | || ||||| |||| ||||| ||||    
T  25339769 atcatcaccttcattgctaggaagtttggagtaagtgtgagtaaagggatcaataggatagaggggaacaatagtttagacttagataccctcaccacta 25339670  T
Q  111 tgtccttcgttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagagctaattgtttgatcattctacctaattcagacattac 210  Q
    |||||||  ||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||| ||||   | | ||| |||||||||||||| |||||||||||| | ||||| ||    
T  25339669 tgtcctttcttagaactcatggcccaactcacaattaccaatatgagtggaaggtcaatagggctaattgtttgattattctacctaatccggacataac 25339570  T
Q  211 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 264  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||| |||||    
T  25339569 taatctggaggtggtggaaaattttctttatgttggcactaactcacatgtaca 25339516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0566 (Bit Score: 71; Significance: 3e-32; HSPs: 1)
Name: scaffold0566
Description:

Target: scaffold0566; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 54 - 264
Target Start/End: Original strand, 1202 - 1411
Alignment:
Q  54 aagggatcaagaggatagaggaaaactattatctaaacttatatactctcactactatgtccttcgttagaacccatgaccctactcacaattaccaata 153  Q
    ||||||| || ||||| |||| |||||| |||||| ||||| | || |||||||| ||||  ||  ||||||  ||||||||| || |||||||||||||    
T  1202 aagggataaataggattgagggaaactactatctagacttagaaaccctcactaccatgtttttt-ttagaattcatgacccttctaacaattaccaata 1300  T
Q  154 tgaatggagaattattagagctaattgtttgatcattctacctaattcagacattactaatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaac 253  Q
    ||| |||||| | | |   |||||||  ||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||| ||| |||||||||| ||||||    
T  1301 tgagtggagagtcaattatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatctggaggtggtagaaaacttggtttatgttggcactaac 1400  T
Q  254 ccacaggtaca 264  Q
    |||||||||||    
T  1401 ccacaggtaca 1411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0222 (Bit Score: 69; Significance: 5e-31; HSPs: 1)
Name: scaffold0222
Description:

Target: scaffold0222; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 120 - 264
Target Start/End: Original strand, 18488 - 18632
Alignment:
Q  120 ttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagagctaattgtttgatcattctacctaattcagacattactaatccgga 219  Q
    |||||||| ||| ||||  | |||||||||||||||| |||||| | | ||  |||||||  ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  18488 ttagaaccgatggcccttataacaattaccaatatgagtggagagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccgga 18587  T
Q  220 ggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 264  Q
    |||||| ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  18588 ggtggtagaaaacttggtttatgttggcactaacccacaggtaca 18632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0220 (Bit Score: 64; Significance: 5e-28; HSPs: 1)
Name: scaffold0220
Description:

Target: scaffold0220; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 65 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 11919 - 11741
Alignment:
Q  65 aggatagaggaaaactattatctaaacttatatactctcactactatgtccttcgttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaa 164  Q
    ||||| |||| |||||| |||||| ||||| | || ||||||||||| |  ||   ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||     
T  11919 aggattgagggaaactactatctagacttagaaaccctcactactattttttt---tagaatccatgacccttctcacaattaccaatatgagtggagag 11823  T
Q  165 ttattagagctaattgtttgatcattctacctaattcagacattactaatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttgg 246  Q
    | | ||  |||||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||||| ||||||||| ||||| ||| ||||||||||    
T  11822 tcaataatgctaattgcttgattattctacctaattcggatattactaatctggaggtggtagaaaacttggtttatgttgg 11741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0026 (Bit Score: 52; Significance: 7e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold0026
Description:

Target: scaffold0026; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 54 - 231
Target Start/End: Original strand, 16964 - 17138
Alignment:
Q  54 aagggatcaagaggatagaggaaaactattatctaaacttatatactctcactactatgtccttcgttagaacccatgaccctactcacaattaccaata 153  Q
    ||||||| || ||||| |||| |||||| |||||| ||||| | || |||||| |||| |  |||   |||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  16964 aagggataaataggattgagggaaactactatctagacttagaaaccctcactgctatttttttc---agaatccatgacccttctcacaattaccaata 17060  T
Q  154 tgaatggagaattattagagctaattgtttgatcattctacctaattcagacattactaatccggaggtggtggaaaa 231  Q
    ||| |||||| | | ||  |||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||| | |||||||| |||||    
T  17061 tgagtggagagtcaataatgctaattgcttgattattctacctaattcggatattactaatacagaggtggtagaaaa 17138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0113 (Bit Score: 47; Significance: 7e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0113
Description:

Target: scaffold0113; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 120 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 38184 - 38043
Alignment:
Q  120 ttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagagctaattgtttgatcattctacctaattcagacattactaatccgga 219  Q
    |||||| ||||| |||| ||||||||| ||||||||| ||| || | | ||  |||||||  ||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |  |    
T  38184 ttagaatccatggcccttctcacaatttccaatatgagtggcgagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaattctaa 38085  T
Q  220 ggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 264  Q
    |||||| ||||| |   |||||||||| |||||||||||||||||    
T  38084 ggtggtagaaaact---tttatgttggcactaacccacaggtaca 38043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1184 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold1184
Description:

Target: scaffold1184; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 223 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 571 - 537
Alignment:
Q  223 ggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccac 257  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  571 ggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccac 537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000001; HSPs: 2)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 188 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 12927 - 12854
Alignment:
Q  188 attctacctaattcagacattactaatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 264  Q
    ||||||||||| | ||| |||||||||| ||||||||| ||||| ||   ||||||||| |||||||||||||||||    
T  12927 attctacctaaattagatattactaatctggaggtggtagaaaactt---ttatgttggcactaacccacaggtaca 12854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 188 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 8818 - 8745
Alignment:
Q  188 attctacctaattcagacattactaatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 264  Q
    ||||||||||| | ||| |||||||||| ||||||||| ||||| |   |||||||||| ||||||||||| |||||    
T  8818 attctacctaaattagatattactaatctggaggtggtagaaaact---tttatgttggcactaacccacatgtaca 8745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University