View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF19026_low_16 (Length: 387)
Name: NF19026_low_16
Description: NF19026
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF19026_low_16 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 309; Significance: 1e-174; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 18 - 370
Target Start/End: Original strand, 33069396 - 33069748
Alignment:
| Q |
18 |
taggttggtttaagtggtgcattggatacactatgcggacaaggatttggtgcaaaagaatatcacatgttaggaatttatctacaaagctcttgcatta |
117 |
Q |
| |
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| T |
33069396 |
taggttggtttaagtggtgcactggacacactctgcggacaagcatttggtgcaaaagaatatcacatgttaggaatttatctacaaagctcttgcatta |
33069495 |
T |
|
| Q |
118 |
tatcttttattttttccatcattatatcaattatttggttctatacagaacccattctagtgttacttcatcaatcacaagacattgctagaacagcagc |
217 |
Q |
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| T |
33069496 |
tatcttttattttttccatcattatatcaattatttggttctatacagaacccattctagtgttacttcatcaatcacaagacattgctagaacagcagc |
33069595 |
T |
|
| Q |
218 |
actctatatgaagtttcttataccaggattatttgcatttggcaccttgagaaacatgttgaggtttctacaaacacaatctgtagtgatgccactggtt |
317 |
Q |
| |
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| T |
33069596 |
actctatatgaagtttcttataccaggattatttgcatatagcatcttgagaaacatgttgaggtttctactaacacaatctgtagtgatgccactggtt |
33069695 |
T |
|
| Q |
318 |
atcctttcagctataccagcaattgttcatgttggtattgcatatggatttgt |
370 |
Q |
| |
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|| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
33069696 |
gtcttttcagctatcccagcaattgttcatgttggtattgcatatggatttgt |
33069748 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 62 - 370
Target Start/End: Original strand, 33079408 - 33079716
Alignment:
| Q |
62 |
atttggtgcaaaagaatatcacatgttaggaatttatctacaaagctcttgcattatatcttttattttttccatcattatatcaattatttggttctat |
161 |
Q |
| |
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| T |
33079408 |
atttggtgcaaaagaatatcacatgttaggaatttatctacaaagctcttgcattatatcttttattttttccatcattatatcaattatttggttctat |
33079507 |
T |
|
| Q |
162 |
acagaacccattctagtgttacttcatcaatcacaagacattgctagaacagcagcactctatatgaagtttcttataccaggattatttgcatttggca |
261 |
Q |
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| T |
33079508 |
acagaacccattctagtgttacttcatcaatcacaagacattgctagaacagcagcactctatatgaagtttcttataccaggattatttgcatttggca |
33079607 |
T |
|
| Q |
262 |
ccttgagaaacatgttgaggtttctacaaacacaatctgtagtgatgccactggttatcctttcagctataccagcaattgttcatgttggtattgcata |
361 |
Q |
| |
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|
|
| T |
33079608 |
ccttgagaaacatgttgaggtttctacaaacacaatctgtagtgatgccactggttattctttcagctataccagcaattgttcatgttggtattgcata |
33079707 |
T |
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| Q |
362 |
tggatttgt |
370 |
Q |
| |
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||||||||| |
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| T |
33079708 |
tggatttgt |
33079716 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 15 - 370
Target Start/End: Original strand, 33087845 - 33088200
Alignment:
| Q |
15 |
tcttaggttggtttaagtggtgcattggatacactatgcggacaaggatttggtgcaaaagaatatcacatgttaggaatttatctacaaagctcttgca |
114 |
Q |
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| T |
33087845 |
tcttaggttggcttaagtggtgcattagaaacactctgcggacaaggatttggcgcaaaagaatatcacaagttgggaatttacctacaaagctcttgca |
33087944 |
T |
|
| Q |
115 |
ttatatcttttattttttccatcattatatcaattatttggttctatacagaacccattctagtgttacttcatcaatcacaagacattgctagaacagc |
214 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
33087945 |
ttatatcttttattttttccatcattatatcaattatttggttctatacagaacccattctagtgttacttcatcaatcacaagacattgctagaacagc |
33088044 |
T |
|
| Q |
215 |
agcactctatatgaagtttcttataccaggattatttgcatttggcaccttgagaaacatgttgaggtttctacaaacacaatctgtagtgatgccactg |
314 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |
|
|
| T |
33088045 |
agcactctatatgaagtttcttataccaggattatttgcatatagtatcttgcaaaacttgttgaggtttctacaaacacaatctgtagtaataccactg |
33088144 |
T |
|
| Q |
315 |
gttatcctttcagctataccagcaattgttcatgttggtattgcatatggatttgt |
370 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||||||| | ||||||| ||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33088145 |
gttatactttcagctataccagcattggttcatggtgggattgcatatggatttgt |
33088200 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 15 - 370
Target Start/End: Original strand, 33061426 - 33061781
Alignment:
| Q |
15 |
tcttaggttggtttaagtggtgcattggatacactatgcggacaaggatttggtgcaaaagaatatcacatgttaggaatttatctacaaagctcttgca |
114 |
Q |
| |
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|
| T |
33061426 |
tcttaggttggtttaagtggtgcattagaaacactctgcggacaaggatttggcgcaaaagaatatcacatgttgggaatttatctacaaggctcttgca |
33061525 |
T |
|
| Q |
115 |
ttatatcttttattttttccatcattatatcaattatttggttctatacagaacccattctagtgttacttcatcaatcacaagacattgctagaacagc |
214 |
Q |
| |
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| T |
33061526 |
ttatatctttcattttttcaatatttatatccattatttggttctatacagaacacattctagtgttacttcatcaatctcaagacattgctagaacagc |
33061625 |
T |
|
| Q |
215 |
agcactctatatgaagtttcttataccaggattatttgcatttggcaccttgagaaacatgttgaggtttctacaaacacaatctgtagtgatgccactg |
314 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
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| T |
33061626 |
tgcactctatatgaagtttcttataccaggattatttgcatatagcatcttgcaaaacttgttgaggtttctacaaacacaatctgtagtaatgccactg |
33061725 |
T |
|
| Q |
315 |
gttatcctttcagctataccagcaattgttcatgttggtattgcatatggatttgt |
370 |
Q |
| |
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||||||||||||||||| ||| || | |||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33061726 |
gttatcctttcagctatcccaacactgattcatgttggaattgcatatggatttgt |
33061781 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 15 - 370
Target Start/End: Original strand, 33048312 - 33048667
Alignment:
| Q |
15 |
tcttaggttggtttaagtggtgcattggatacactatgcggacaaggatttggtgcaaaagaatatcacatgttaggaatttatctacaaagctcttgca |
114 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| | || ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
33048312 |
tcttaggttggtttaagtggtgcactagaaacactctgtggacaaggatttggtgcaaaggaatatcacatgttgggaatttatctacaaggctcttgca |
33048411 |
T |
|
| Q |
115 |
ttatatcttttattttttccatcattatatcaattatttggttctatacagaacccattctagtgttacttcatcaatcacaagacattgctagaacagc |
214 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
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| T |
33048412 |
ttatatctttcattttttcaatatttatatccattatttggttctatacagaacacattctagttttacttcatcaatctcaagacattgctagaacagc |
33048511 |
T |
|
| Q |
215 |
agcactctatatgaagtttcttataccaggattatttgcatttggcaccttgagaaacatgttgaggtttctacaaacacaatctgtagtgatgccactg |
314 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
33048512 |
agcactctatatgaagtttcttataccaggattatttgcatatagcatcttgcaaaacttgttgaggtttctacaaacacaatctgtagtaatgccactg |
33048611 |
T |
|
| Q |
315 |
gttatcctttcagctataccagcaattgttcatgttggtattgcatatggatttgt |
370 |
Q |
| |
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||||||||||||||||| ||| || | |||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33048612 |
gttatcctttcagctatcccaacactgattcatgttggaattgcatatggatttgt |
33048667 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 215 - 370
Target Start/End: Original strand, 33095541 - 33095696
Alignment:
| Q |
215 |
agcactctatatgaagtttcttataccaggattatttgcatttggcaccttgagaaacatgttgaggtttctacaaacacaatctgtagtgatgccactg |
314 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |
|
|
| T |
33095541 |
agcactctatatgaagtttcttataccaggattatttgcatatagtatcttgcaaaacttgttgaggtttctacaaacacaatctgtagtaataccactg |
33095640 |
T |
|
| Q |
315 |
gttatcctttcagctataccagcaattgttcatgttggtattgcatatggatttgt |
370 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||||||| | ||||||| ||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33095641 |
gttatactttcagctataccagcattggttcatggtgggattgcatatggatttgt |
33095696 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 124; Significance: 1e-63; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 59 - 370
Target Start/End: Original strand, 18485480 - 18485792
Alignment:
| Q |
59 |
aggatttggtgcaaaagaatatcacatgttaggaatttatctacaaagctcttgcattatatcttttattttttccat-cattatatcaattatttggtt |
157 |
Q |
| |
|
|||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||| |||| |||||| ||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
18485480 |
aggatttggtgccaaggaatatcacatgttgggaatttacttacaaggctcctgcatt-tatctttcatttttttcattcattatatcaattatatggtt |
18485578 |
T |
|
| Q |
158 |
ctatacagaacccattctagtgttacttcatcaatcacaagacattgctagaacagcagcactctatatgaagtttcttataccaggattatttgcattt |
257 |
Q |
| |
|
|||| ||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
18485579 |
ctattt-gaagt--ttctagtgttacttccccaatctcaagacattgctagaacaacagcactctatatgaagtttcttataccaggattatttgcatat |
18485675 |
T |
|
| Q |
258 |
ggcaccttgagaaacatgttgaggtttctac-aaacacaatctgtagtgatgccactggttatcctttcagctataccagcaattgttcatgttgg---t |
353 |
Q |
| |
|
||| |||| |||||||||||| ||||||| ||| | |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||| || | |||||||||| | |
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|
| T |
18485676 |
agcatcttgcaaaacatgttgagatttctacaaaagaaaatctgtagtaatgcctctggttatcctttcagctatcccaacattgattcatgttggaatt |
18485775 |
T |
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| Q |
354 |
attgcatatggatttgt |
370 |
Q |
| |
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||||| ||||||||||| |
|
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| T |
18485776 |
attgcctatggatttgt |
18485792 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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