View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1902_low_12 (Length: 315)

Name: NF1902_low_12
Description: NF1902
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1902_low_12
NF1902_low_12
[»] chr3 (25 HSPs)
chr3 (1-300)||(22458630-22458929)
chr3 (1-300)||(22481611-22481910)
chr3 (1-282)||(22468089-22468370)
chr3 (24-287)||(22630603-22630866)
chr3 (1-286)||(22358143-22358428)
chr3 (1-286)||(22635644-22635929)
chr3 (32-268)||(22179475-22179711)
chr3 (122-203)||(22615521-22615602)
chr3 (1-208)||(22442880-22443087)
chr3 (21-263)||(30989466-30989708)
chr3 (108-274)||(22436882-22437048)
chr3 (48-268)||(22028058-22028278)
chr3 (135-287)||(22368187-22368339)
chr3 (106-268)||(21937211-21937373)
chr3 (48-268)||(22187046-22187266)
chr3 (25-268)||(22052791-22053034)
chr3 (122-269)||(22431414-22431561)
chr3 (130-268)||(21945682-21945820)
chr3 (130-268)||(22034575-22034713)
chr3 (1-94)||(22368068-22368161)
chr3 (24-268)||(22115143-22115387)
chr3 (151-268)||(22657357-22657474)
chr3 (15-287)||(22353966-22354240)
chr3 (130-268)||(21930479-21930617)
chr3 (106-203)||(22648404-22648501)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (24-253)||(29610731-29610961)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (106-203)||(34980285-34980382)
chr1 (151-203)||(2305776-2305828)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 276; Significance: 1e-154; HSPs: 25)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 1 - 300
Target Start/End: Original strand, 22458630 - 22458929
Alignment:
Q  1 atacgtcatcgaaaactataacataccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaatactttgggggag 100  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22458630 atacatcatcaaaaactataacataccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaatactttgggggag 22458729  T
Q  101 atttgctccttgttgttcgtaaaacttgtgcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaag 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22458730 atttgctccttgttgttcgtaaaacttgtgcagcatgtccctcagcaagccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaag 22458829  T
Q  201 tgtttaacgatcttgttatcgtcaaaaaccttcttcgcaagagttgtttttccttgtcctccctttccaacaatggtgacaattgtgtgcacttctctct 300  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22458830 tgtttaacgatcttgttgtcgtcaaaaaccttctttgcaagagttgtttttccttgtcctccctttccaacaatggtgacaattgtgtgcacttctctct 22458929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 1 - 300
Target Start/End: Original strand, 22481611 - 22481910
Alignment:
Q  1 atacgtcatcgaaaactataacataccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaatactttgggggag 100  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22481611 atacatcatcaaaaactataacataccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaatactttgggggag 22481710  T
Q  101 atttgctccttgttgttcgtaaaacttgtgcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaag 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22481711 atttgctccttgttgttcgtaaaacttgtgcagcatgtccctcagcaagccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaag 22481810  T
Q  201 tgtttaacgatcttgttatcgtcaaaaaccttcttcgcaagagttgtttttccttgtcctccctttccaacaatggtgacaattgtgtgcacttctctct 300  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22481811 tgtttaacgatcttgttgtcgtcaaaaaccttctttgcaagagttgtttttccttgtcctccctttccaacaatggtgacaattgtgtgcacttctctct 22481910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 1 - 282
Target Start/End: Original strand, 22468089 - 22468370
Alignment:
Q  1 atacgtcatcgaaaactataacataccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaatactttgggggag 100  Q
    |||| ||||| || |||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||| |||| || ||||| ||| ||||| | ||| || ||  |    
T  22468089 atacatcatcaaacactataacatacctttttccttgcaagtagtttctcacttcatcaactaatggctttcgatccatctgatggagactctgaggagg 22468188  T
Q  101 atttgctccttgttgttcgtaaaacttgtgcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaag 200  Q
    || | | |||||||||| |||||  | | |||| || ||||||| ||||  |||||||||||||| | |||||||  ||||||||||||||||||||||     
T  22468189 atcttccccttgttgtttgtaaatatcgagcaaaatttccctcaacaatttttctatattgtatggtcgagacaccgtgatccatacatgacaatcaaaa 22468288  T
Q  201 tgtttaacgatcttgttatcgtcaaaaaccttcttcgcaagagttgtttttccttgtcctccctttccaacaatggtgacaa 282  Q
    |||||||||| ||| |  | ||||||||| ||||| || | ||| ||||||||  |||||||| ||||||| |||| |||||    
T  22468289 tgtttaacgaccttttggttgtcaaaaactttcttggctatagtggtttttcccagtcctcccattccaactatggagacaa 22468370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 24 - 287
Target Start/End: Original strand, 22630603 - 22630866
Alignment:
Q  24 taccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaatactttgggggagatttgctccttgttgttcgtaaa 123  Q
    ||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| | |||||| ||  ||| |   |||||||||| |||||    
T  22630603 tacctttttccttgcaagtagtttctcacttcatcaactaatggctttcgatccatttgatggagactttgaggaggatctttcccttgttgtttgtaaa 22630702  T
Q  124 acttgtgcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgtttaacgatcttgttatcgtc 223  Q
     || | |||| |||||||||| ||||  |||||||||||||| | |||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||    | |||    
T  22630703 tctcgagcaaaatgtccctcaacaatgtttctatattgtatggtcgagacaccgtgatccattcatgacaatcaaagtgtttaacgacctttcggttgtc 22630802  T
Q  224 aaaaaccttcttcgcaagagttgtttttccttgtcctccctttccaacaatggtgacaattgtg 287  Q
    |||||  ||||| |||||||| ||||| ||  |||||||| |||||||||| | ||||| ||||    
T  22630803 aaaaattttcttggcaagagtggttttccccagtcctcccattccaacaatagagacaactgtg 22630866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Original strand, 22358143 - 22358428
Alignment:
Q  1 atacgtcatcgaaaactataacataccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaatactttgggggag 100  Q
    |||| ||||| || |||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||| | | ||| || ||  |    
T  22358143 atacatcatcaaacactacaacataccttttttcttgcaagtagtttctcacttcatcaactaatgactgtcgatccatttgacggagactctgaggagg 22358242  T
Q  101 atttgctccttgttgttcgtaaaacttgtgcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaag 200  Q
    |  |   | |||||||| |||||||| | |||  |||||||||| || |  |||| ||||||||| | |||||||  | ||||||||| ||| |||||||    
T  22358243 aactttcctttgttgtttgtaaaactcgagcataatgtccctcaacactttttctgtattgtatggtcgagacaccgtaatccatacacgacgatcaaag 22358342  T
Q  201 tgtttaacgatcttgttatcgtcaaaaaccttcttcgcaagagttgtttttccttgtcctccctttccaacaatggtgacaattgt 286  Q
    ||||| |||| |||    | ||||||||| |||||||| ||||| ||||||||  |||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  22358343 tgttttacgacctttgggttgtcaaaaactttcttcgctagagtggtttttcccagtcctcccattccaacaatggagacaattgt 22358428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Original strand, 22635644 - 22635929
Alignment:
Q  1 atacgtcatcgaaaactataacataccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaatactttgggggag 100  Q
    |||| ||||| || |||| ||||||||||||| | || |||| ||| |||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| | ||| |  ||  |    
T  22635644 atacatcatcaaacactaaaacatacctttttccttgaaagtggtttctcacttcatcaactaatgactttcgatccatttgatggagactctcaggagg 22635743  T
Q  101 atttgctccttgttgttcgtaaaacttgtgcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaag 200  Q
    |  | | |||||||||| |||||||| | |||  ||||| | || || |  |||| ||||||||| | |||||||  | ||||||||| |||||||||||    
T  22635744 aacttccccttgttgtttgtaaaactcgagcataatgtctcgcaacactttttctgtattgtatggtcgagacaccgtaatccatacacgacaatcaaag 22635843  T
Q  201 tgtttaacgatcttgttatcgtcaaaaaccttcttcgcaagagttgtttttccttgtcctccctttccaacaatggtgacaattgt 286  Q
    | ||| |||| |||    | ||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||  |||| |||||||||    
T  22635844 tattttacgacctttgggttgtcaaaaactttcttcgctagagtggtttttccttgtcctcccattccaaagatggagacaattgt 22635929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 32 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 22179711 - 22179475
Alignment:
Q  32 ttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaatactttgggggagatttg-ctccttgttgttcgtaaaacttgtg 130  Q
    |||||||||||| || |||||||||| |  ||||||||| ||||||||||||  |||||  | ||| ||||||  |||||| ||||| | ||| |||  |    
T  22179711 ttcctgcaagtaatttctcacttcattagtcaatgactcccgattcatttgagaaataccctcggg-agatttcactcctttttgtttgcaaatctttag 22179613  T
Q  131 caacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgtttaacgatcttgttatcgtcaaaaacc 230  Q
    ||||||||| |||| |||||||||   ||| ||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||  || ||| |  ||   |||||||||     
T  22179612 caacatgtctctcaacaatccttcagcattatatgattgagacactgtaatccatacacgacaatcaaagtgtccaatgatatccttgctgtcaaaaact 22179513  T
Q  231 ttcttcgcaagagttgtttttccttgtcctccctttcc 268  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  22179512 ttcttggctagagttgtttttccttgccctcccattcc 22179475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 122 - 203
Target Start/End: Original strand, 22615521 - 22615602
Alignment:
Q  122 aaacttgtgcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgt 203  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  22615521 aaacttgcgcaacatgtccctcaacaacccttctatactgtatgattgagacactgtgatccatacacgacaatcaaagtgt 22615602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 1 - 208
Target Start/End: Original strand, 22442880 - 22443087
Alignment:
Q  1 atacgtcatcgaaaactataacataccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaatactttgggggag 100  Q
    |||| ||||| || |||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| | ||| || ||  |    
T  22442880 atacatcatcaaacactacaacataccttttttcttgcaagtagtttctcacttcatcaactaatgactgtcgatccatttgatggagactctgaggagg 22442979  T
Q  101 atttgctccttgttgttcgtaaaacttgtgcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaag 200  Q
    |  |   | |||||||| |||||||| | |||  |||||||||| || |  ||| |||||| |||||||||||||  ||||||||| | |||| ||||||    
T  22442980 aactttcctttgttgtttgtaaaactcgagcataatgtccctcaacactttttcaatattgaatgattgagacaccatgatccataaaagacagtcaaag 22443079  T
Q  201 tgtttaac 208  Q
    || |||||    
T  22443080 tgcttaac 22443087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 21 - 263
Target Start/End: Original strand, 30989466 - 30989708
Alignment:
Q  21 acataccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaata-ctttgggggagatttgctccttgttgttcg 119  Q
    ||||||||||||  | |||||||||| ||||||||||||  ||||||| |||||| |||||||  |||| | || || | ||| | || | | ||||| |    
T  30989466 acatacctttttaaccgcaagtagtttctcacttcatcagtcaatgaccctcgatccatttgaaaaatatccttaggag-gatcttcttcgttttgtttg 30989564  T
Q  120 taaaacttgtgcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgtttaacgatcttgttat 219  Q
    ||||||||  ||||||||||||||| ||| ||||| | | | ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||  || ||  ||  | |    
T  30989565 taaaactttagcaacatgtccctcaacaacccttcaacagtatatgattgagacactatgatccatacacgacaatcaaagtgtccaatgacattcctgt 30989664  T
Q  220 cgtcaaaaaccttcttcgcaagagttgtttttccttgtcctccc 263  Q
     ||||||||| ||||||| |||||| ||||| ||||| ||||||    
T  30989665 tgtcaaaaactttcttcgtaagagtggttttaccttgccctccc 30989708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 108 - 274
Target Start/End: Original strand, 22436882 - 22437048
Alignment:
Q  108 ccttgttgttcgtaaaacttgtgcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgtttaa 207  Q
    |||||||||| ||||| || | |||| |||||||||| ||||  |||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||| |    
T  22436882 ccttgttgtttgtaaatctcgagcaaaatgtccctcaacaatttttctttactgtatgattgagacactgtgatccatacatgacagtcaaattgtttta 22436981  T
Q  208 cgatcttgttatcgtcaaaaaccttcttcgcaagagttgtttttccttgtcctccctttccaacaat 274  Q
     ||  ||| | |  |||||||| ||||| || ||||| ||||||||||| |||||| |||| |||||    
T  22436982 agactttgatgttctcaaaaactttcttggccagagtagtttttccttgccctcccattcctacaat 22437048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 48 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 22028278 - 22028058
Alignment:
Q  48 ctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaatactttgggggagatttgctccttgttgttcgtaaaacttgtgcaacatgtccctcagca 147  Q
    ||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||  |||||  | ||| ||  |  |||||| ||||| | ||| |||  |||||||||| |||| ||    
T  22028278 ctcacttcatcagtcaatgactcccgattcatttgagaaataccctcgggaagtgtcactcctttttgtttgcaaacctttagcaacatgtctctcaaca 22028179  T
Q  148 atccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgtttaacgatcttgttatcgtcaaaaaccttcttcgcaagagttgt 247  Q
    |||||||   ||| ||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||   | ||| |  ||   ||||||||| ||||| || ||||||||    
T  22028178 atccttcagaattatatgattgagacactgtaatccatacacgacaatcaaagtgtcccatgatatccttgctgtcaaaaactttcttggctagagttgt 22028079  T
Q  248 ttttccttgtcctccctttcc 268  Q
    ||||||||| |||||| ||||    
T  22028078 ttttccttgccctcccattcc 22028058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 135 - 287
Target Start/End: Original strand, 22368187 - 22368339
Alignment:
Q  135 atgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgtttaacgatcttgttatcgtcaaaaaccttct 234  Q
    |||||| ||||||||  |||| |||| |||| | |||| ||  ||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |  | ||||||||| ||||    
T  22368187 atgtccttcagcaatttttctttattatatggtcgagaaaccgtgatccataaacgacaatcaaagtgtttaacgaccttttggttgtcaaaaactttct 22368286  T
Q  235 tcgcaagagttgtttttccttgtcctccctttccaacaatggtgacaattgtg 287  Q
    | || ||||| ||||||||  |||||||| |||||||||||| ||||| ||||    
T  22368287 tggctagagtggtttttcccagtcctcccattccaacaatggagacaactgtg 22368339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 106 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 21937373 - 21937211
Alignment:
Q  106 ctccttgttgttcgtaaaacttgtgcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgttt 205  Q
    |||||| ||||| |||||||||| ||||||||||| ||| ||| ||||| | ||  |||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||      
T  21937373 ctcctttttgtttgtaaaacttgagcaacatgtccttcaacaacccttcaacatcatatgcttgagacactgtgatccatacacgacaatcaaagtgtcc 21937274  T
Q  206 aacgatcttgttatcgtcaaaaaccttcttcgcaagagttgtttttccttgtcctccctttcc 268  Q
    |||||  |  ||   ||||||| | ||||| || ||||| ||||||||||| |||||| ||||    
T  21937273 aacgacatccttgctgtcaaaagctttcttagctagagtggtttttccttgccctcccattcc 21937211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 48 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 22187266 - 22187046
Alignment:
Q  48 ctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaatactttgggggagatttgctccttgttgttcgtaaaacttgtgcaacatgtccctcagca 147  Q
    ||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||  |||||  | |||  |  |  |||||| ||||| | ||| |||  |||||||||| |||| ||    
T  22187266 ctcacttcatcagtcaatgactcccgattcatttgagaaataccctcgggaggtgtctctcctttttgtttgcaaacctttagcaacatgtctctcaaca 22187167  T
Q  148 atccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgtttaacgatcttgttatcgtcaaaaaccttcttcgcaagagttgt 247  Q
    |||||||   ||| ||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||   | ||| |  ||   ||||||||| ||||| || ||||||||    
T  22187166 atccttcagaattatatgattgagacactgtaatccatacacgacaatcaaagtgtcccatgatatccttgctgtcaaaaactttcttggctagagttgt 22187067  T
Q  248 ttttccttgtcctccctttcc 268  Q
    ||||||||| |||||| ||||    
T  22187066 ttttccttgccctcccattcc 22187046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 25 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 22053034 - 22052791
Alignment:
Q  25 accttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaatactttgggggagatttgctccttgttgttcgtaaaa 124  Q
    |||| |||| ||||| ||| || ||||||||||||  |||||   |||||| |||||||| |||||| ||  || ||||  |||||| ||||| |||||     
T  22053034 acctctttttctgcaggtaatttctcacttcatcagtcaatgttcctcgatccatttgataaatactctgatggggattgtctcctttttgtttgtaaag 22052935  T
Q  125 cttgtgcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgtttaacgatcttgttatcgtca 224  Q
     ||  ||||||| ||||||| ||| ||||| | ||  ||||||||||||||| | ||||||||  |||||||||| |||  || ||| |  ||   ||||    
T  22052934 ttttagcaacatttccctcaacaacccttcaacatcatatgattgagacactgtaatccatacccgacaatcaaaatgtccaatgatatccttgctgtca 22052835  T
Q  225 aaaaccttcttcgcaagagttgtttttccttgtcctccctttcc 268  Q
    ||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  22052834 aaaactttcttggctagagttgtttttccttgccctcccattcc 22052791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 122 - 269
Target Start/End: Original strand, 22431414 - 22431561
Alignment:
Q  122 aaacttgtgcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgtttaacgatcttgttatcg 221  Q
    ||||||||||||||| | |  || ||||  ||||||||  |||| |||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||| || | |||| | |    
T  22431414 aaacttgtgcaacattttctgcaacaatttttctatatcatatggttgagacactgtgatccataaacgacaatcaaagtgtttaaggaccctgttgttg 22431513  T
Q  222 tcaaaaaccttcttcgcaagagttgtttttccttgtcctccctttcca 269  Q
    |||||||| ||||| |  ||||| ||||||||  |||||||| |||||    
T  22431514 tcaaaaactttcttggttagagtggtttttcccagtcctcccattcca 22431561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 130 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 21945820 - 21945682
Alignment:
Q  130 gcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgtttaacgatcttgttatcgtcaaaaac 229  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| | ||  ||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||  || ||  |  ||   |||||||||    
T  21945820 gcaacatgtccctcaacaatccttcaacatcatatgattgagacacagtgatccatacaagacaatcaaagtgtcaaatgacatccttgctgtcaaaaac 21945721  T
Q  230 cttcttcgcaagagttgtttttccttgtcctccctttcc 268  Q
     ||||| || ||||| ||||||||||| |||||| ||||    
T  21945720 tttcttggctagagtggtttttccttgccctcccattcc 21945682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 130 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 22034713 - 22034575
Alignment:
Q  130 gcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgtttaacgatcttgttatcgtcaaaaac 229  Q
    |||||||||| |||| |||||||||   ||| ||||||||||||||| | ||||||||| || |||||||||||   | ||| |  ||   |||||||||    
T  22034713 gcaacatgtctctcaacaatccttcagaattatatgattgagacactgtaatccatacacgataatcaaagtgtcccatgatatccttgctgtcaaaaac 22034614  T
Q  230 cttcttcgcaagagttgtttttccttgtcctccctttcc 268  Q
     ||||| || ||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  22034613 tttcttggctagagttgtttttccttgccctcccattcc 22034575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 94
Target Start/End: Original strand, 22368068 - 22368161
Alignment:
Q  1 atacgtcatcgaaaactataacataccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaatactttg 94  Q
    |||| ||||| || |||| ||| ||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||| ||| ||| || || ||||||||||| ||||||    
T  22368068 atacatcatcaaacactacaacgtacctttttccttgcaagtagtttctcacttcatcaactaataactttccatccatttgatgaagactttg 22368161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 24 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 22115387 - 22115143
Alignment:
Q  24 taccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaatactttgggggagatttgctccttgttgttcgtaaa 123  Q
    ||||| |||| ||||||||| || ||||||||||||   ||| |  |||||| |||||||| ||||||    ||  ||||  |||||| ||||| |||||    
T  22115387 tacctctttttctgcaagtattttctcacttcatcagttaataatcctcgatccatttgataaatactcgaaggtggattgtctccttcttgtttgtaaa 22115288  T
Q  124 acttgtgcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgtttaacgatcttgttatcgtc 223  Q
      ||  ||||||| ||||||| ||| ||||| |  |  ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||  || ||| |  ||   |||    
T  22115287 tttttggcaacatatccctcaacaacccttcaacttcatatgattgagacactgtgatccatacacgacaatcaaagtgtccaatgatatccttgctgtc 22115188  T
Q  224 aaaaaccttcttcgcaagagttgtttttccttgtcctccctttcc 268  Q
    |||||| ||||| |  ||||| ||||||||||| |||||| ||||    
T  22115187 aaaaactttctttgatagagtggtttttccttgccctcccattcc 22115143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 151 - 268
Target Start/End: Original strand, 22657357 - 22657474
Alignment:
Q  151 cttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgtttaacgatcttgttatcgtcaaaaaccttcttcgcaagagttgtttt 250  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||| ||||||| ||| |||| |||||||||  ||| | ||  ||   ||||||||| || || |||||||| |||||    
T  22657357 cttctatattgtaagattgtgacactgtgatccaaacacgacattcaaagtgtccaacaacctctttgctgtcaaaaacttttttagcaagagtagtttt 22657456  T
Q  251 tccttgtcctccctttcc 268  Q
    |||||| |||||| ||||    
T  22657457 tccttgccctcccattcc 22657474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 15 - 287
Target Start/End: Original strand, 22353966 - 22354240
Alignment:
Q  15 actataacataccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaatactttgggggagatttgctcctt-gt 113  Q
    |||| ||| ||||||||| | ||||||| ||| |||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| | ||| || ||  ||| |  ||||| ||    
T  22353966 actacaacgtacctttttccttgcaagttgtttctcacttcatcaactaatggctttcgatccatttgatggagactctgaggaggatct-ttccttcgt 22354064  T
Q  114 tgttcgtaaaacttgtgcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatcc--atacatgacaatcaaagtgtttaacgat 211  Q
    |||| ||||| ||   |||| |||||||||| || |  |||||| ||||||| | |||| ||  ||||||  |||||| |||||||||||  ||||| |     
T  22354065 tgtttgtaaatctccagcaaaatgtccctcaacactttttctatgttgtatggtcgagataccgtgatccatatacataacaatcaaagttcttaactac 22354164  T
Q  212 cttgttatcgtcaaaaaccttcttcgcaagagttgtttttccttgtcctccctttccaacaatggtgacaattgtg 287  Q
    ||| |  | ||||||||| ||  | || ||||| ||||||||  |||||||| |||||||||||| ||||| ||||    
T  22354165 cttttggttgtcaaaaacttttctggctagagtggtttttcccagtcctcccattccaacaatggagacaactgtg 22354240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 130 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 21930617 - 21930479
Alignment:
Q  130 gcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgtttaacgatcttgttatcgtcaaaaac 229  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||| | ||  ||||||||||||||| ||||||||||  |  ||| ||| |||  || ||| |  ||   |||||||||    
T  21930617 gcaacatgtccctcaacaacccttcaacatcatatgattgagacactgtgatccatactcggaaatgaaaatgtccaatgatatccttgctgtcaaaaac 21930518  T
Q  230 cttcttcgcaagagttgtttttccttgtcctccctttcc 268  Q
     ||||| || ||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  21930517 tttcttggctagagttgtttttccttgccctcccattcc 21930479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 106 - 203
Target Start/End: Original strand, 22648404 - 22648501
Alignment:
Q  106 ctccttgttgttcgtaaaacttgtgcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgt 203  Q
    |||||| ||||| ||||| ||  | ||||||| | |||||||| |||||| ||| |||||||||  ||||| ||||||||||| || | |||||||||    
T  22648404 ctcctttttgtttgtaaagctcattcaacatgcctctcagcaacccttctgtatagtatgattgcaacactttgatccatacacgaaattcaaagtgt 22648501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 50; Significance: 1e-19; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 24 - 253
Target Start/End: Original strand, 29610731 - 29610961
Alignment:
Q  24 taccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgac---tctcgattcatttgatgaatactttgggggagatttgctccttgttgttcgt 120  Q
    |||||||| ||||||||||| || ||||||||||| || || |||   ||||| | |||||||  ||||||||| ||  |||   |||| | ||||| ||    
T  29610731 taccttttctcctgcaagtaatttctcacttcatcgactaacgacgactctcgctccatttgagaaatactttgaggaggatcatctcccttttgtttgt 29610830  T
Q  121 aaaa-cttgtgcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgtttaacgatcttgttat 219  Q
    |||| ||| | ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||| ||   |||||||||| ||||| ||||||      
T  29610831 aaaaacttctccaacatgccccttagcaatccttctatattgtatgattgtgatactgtgatccatacacgattgtcaaagtgttcaacgaccttgtt-- 29610928  T
Q  220 cgtcaaaaaccttcttcgcaagagttgtttttcc 253  Q
     ||||||||| ||||| |  ||||| ||||||||    
T  29610929 -gtcaaaaactttcttagttagagtagtttttcc 29610961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 46; Significance: 3e-17; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 106 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 34980382 - 34980285
Alignment:
Q  106 ctccttgttgttcgtaaaacttgtgcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgt 203  Q
    |||||| ||||||||||| ||| | |||||||   ||||||||| |||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||| |||||||||    
T  34980382 ctcctttttgttcgtaaagcttcttcaacatgcgtctcagcaatacttcaatattgtatgattgtgacactgtgatccatacacgacattcaaagtgt 34980285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 151 - 203
Target Start/End: Original strand, 2305776 - 2305828
Alignment:
Q  151 cttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgt 203  Q
    ||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||| |||| |||||||||    
T  2305776 cttctatattgtatgattgtgacattgtgatccatacacgacattcaaagtgt 2305828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University