View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1902_low_6 (Length: 403)

Name: NF1902_low_6
Description: NF1902
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1902_low_6
NF1902_low_6
[»] chr7 (18 HSPs)
chr7 (1-387)||(20293039-20293425)
chr7 (15-387)||(20169320-20169692)
chr7 (1-387)||(20302241-20302627)
chr7 (1-360)||(20300168-20300527)
chr7 (1-387)||(20277976-20278362)
chr7 (6-381)||(20287673-20288051)
chr7 (1-378)||(20230080-20230457)
chr7 (1-360)||(20272232-20272591)
chr7 (1-387)||(20282554-20282941)
chr7 (1-358)||(20242030-20242387)
chr7 (1-371)||(20063810-20064165)
chr7 (151-327)||(20090388-20090564)
chr7 (1-378)||(20262663-20263025)
chr7 (1-145)||(19937430-19937574)
chr7 (1-145)||(19968569-19968713)
chr7 (49-145)||(47602086-47602182)
chr7 (284-360)||(19937728-19937804)
chr7 (284-360)||(19968867-19968943)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (1-387)||(40820416-40820802)
chr4 (5-360)||(40825111-40825466)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 375; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 375; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 387
Target Start/End: Original strand, 20293039 - 20293425
Alignment:
Q  1 tgatgtttatggtatatgtggggcctttgcaagctgtagttcattgagctcaccaatatgtagctgtttgagaggatttgtacccagaaacatagaagaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20293039 tgatgtttatggtatatgtggggcctttgcaagctgtagttcattgagctcaccaatatgtagctgtttgagaggatttgtacccagaaacatagaagaa 20293138  T
Q  101 tggagtaaacataattggaccggtgggtgtgttaggaggacacctttggagtgtgaaagggtcaacaataaaaccaccagtacaaaggaagatgggtttt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20293139 tggagtaaacataattggaccggtgggtgtgttaggaggacacctttggagtgtgaaagggtcaacaataaaaccaccagtacaaaggaagatgggtttt 20293238  T
Q  201 tgaaattgaagatggttaaagttccagattttgcagaaggtgtagctgtgacaccagaaatatgcagaagcttatgtttgcataattgctcctgcattgc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20293239 tgaaattgaagatggttaaagttccagattttgcagaaggtgtagctgttacaccagaaatatgcagaagcttatgtttgcataattgctcctgcattgc 20293338  T
Q  301 gtattctcatgattctgggattggctgtatgtcttggactgggaatctacttgacatacatcaactccaaagtggagggctcgatct 387  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  20293339 gtattctcatgattctgggattggctgtatgtcttggactggaaatctacttgacatacatcaactccaaagtggaggactcgatct 20293425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 15 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 20169692 - 20169320
Alignment:
Q  15 tatgtggggcctttgcaagctgtagttcattgagctcaccaatatgtagctgtttgagaggatttgtacccagaaacatagaagaatggagtaaacataa 114  Q
    |||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||| || ||||||    
T  20169692 tatgtggggcatttgcaagttgtaattcattgagctcaccaacatgtagctgtttgagagggtttgaacccagaaacatagaacaatggaatatacataa 20169593  T
Q  115 ttggaccggtgggtgtgttaggaggacacctttggagtgtgaaagggtcaacaataaaaccaccagtacaaaggaagatgggtttttgaaattgaagatg 214  Q
     |||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  | |||    
T  20169592 ctggaccggtgggtgtgttcgaaggacacctttgcagtgtgaaagggtcaacaataaaaccacaagtacaaaggaagatgggtttttgaaactacaaatg 20169493  T
Q  215 gttaaagttccagattttgcagaaggtgtagctgtgacaccagaaatatgcagaagcttatgtttgcataattgctcctgcattgcgtattctcatgatt 314  Q
     ||||||||||||||||||| |||||| |  |||| ||| |||| |||||||||||| |||| ||| | |||||||| ||| |||| ||||||||||||     
T  20169492 attaaagttccagattttgctgaaggtttgactgttacatcagacatatgcagaagcctatgcttggagaattgctcttgccttgcatattctcatgatg 20169393  T
Q  315 ctgggattggctgtatgtcttggactgggaatctacttgacatacatcaactccaaagtggagggctcgatct 387  Q
     ||||||||| |||||||||||||| || ||||||| ||||||||| ||| | ||||| ||||| || |||||    
T  20169392 atgggattggttgtatgtcttggaccggcaatctacgtgacatacaacaatttcaaagaggaggacttgatct 20169320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 387
Target Start/End: Original strand, 20302241 - 20302627
Alignment:
Q  1 tgatgtttatggtatatgtggggcctttgcaagctgtagttcattgagctcaccaatatgtagctgtttgagaggatttgtacccagaaacatagaagaa 100  Q
    ||||||||||||||| || ||||| |||||||  |||| |||||||||| | ||||| || |||||||||| ||| ||||  || |  |||||| | |||    
T  20302241 tgatgtttatggtatttgcggggcatttgcaatttgtaattcattgagcacgccaatttgcagctgtttgaaagggtttgatccaatcaacatacaggaa 20302340  T
Q  101 tggagtaaacataattggaccggtgggtgtgttaggaggacacctttggagtgtgaaagggtcaacaataaaaccaccagtacaaaggaagatgggtttt 200  Q
    |||| || | | ||||||||  |||||||||||||||| | | ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  20302341 tggaatagaaacaattggactagtgggtgtgttaggagaagatctttgcagtgtgaaagggtcaacaataaaaccacaagtacaaaagaagatgggtttt 20302440  T
Q  201 tgaaattgaagatggttaaagttccagattttgcagaaggtgtagctgtgacaccagaaatatgcagaagcttatgtttgcataattgctcctgcattgc 300  Q
    |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| | |||||||| |||| |||    
T  20302441 tgaaattgcagatggttaaagttcccgattttgcagaaggtgtagctgttacaccagatatatgcagaagcttatgcttggagaattgctcttgcactgc 20302540  T
Q  301 gtattctcatgattctgggattggctgtatgtcttggactgggaatctacttgacatacatcaactccaaagtggagggctcgatct 387  Q
     || ||  | ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||| || |||||    
T  20302541 atactccaacgatgctgggattggctgcatgtcttggactgggaatttacttgacatacaacaactcgaaagtggaggacttgatct 20302627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 360
Target Start/End: Original strand, 20300168 - 20300527
Alignment:
Q  1 tgatgtttatggtatatgtggggcctttgcaagctgtagttcattgagctcaccaatatgtagctgtttgagaggatttgtacccagaaacatagaagaa 100  Q
    ||||| |||||||||||| ||||  |||||||||||||||||| | || |||||||| || | |||||||| || ||||| |||||     ||| |||||    
T  20300168 tgatggttatggtatatgcggggtatttgcaagctgtagttcactaagttcaccaatttgcacctgtttgaaagaatttgaacccaagtcgatacaagaa 20300267  T
Q  101 tggagtaaacataattggaccggtgggtgtgttaggaggacacctttggagtgtgaaagggtcaacaataaaaccaccagtacaaaggaagatgggtttt 200  Q
    |||| || | | |||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  20300268 tggaatagaaacaattggactggtgggtgtgtcaggaggacagcttttcagtgttaaagggtcaacaataaaaccaccagtacaaaggaagatggatttt 20300367  T
Q  201 tgaaattgaagatggttaaagttccagattttgcagaaggtgtagctgtgacaccagaaatatgcagaagcttatgtttgcataattgctcctgcattgc 300  Q
    ||| |||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||| ||| | |||||||| ||| ||||    
T  20300368 tgatattgcagatggttaaagttcctgaatttgcagaaggtgtagctgttgcaccagacatatgcagaagcttatgcttgtagaattgctcatgcgttgc 20300467  T
Q  301 gtattctcatgattctgggattggctgtatgtcttggactgggaatctacttgacataca 360  Q
    | ||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||| |||||||| |||| |||||    
T  20300468 gaattctcatgatgctggaattggttgtatgtcttggactaggaatctaattgatataca 20300527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 387
Target Start/End: Original strand, 20277976 - 20278362
Alignment:
Q  1 tgatgtttatggtatatgtggggcctttgcaagctgtagttcattgagctcaccaatatgtagctgtttgagaggatttgtacccagaaacatagaagaa 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||| |||||||||||| ||| ||||||||| |||||    
T  20277976 tgatgtttacggtatatgtggggcatttgcaagctgtagttcattgttctcaccaatatgtatctgtctgagaggatttgaacctagaaacatacaagaa 20278075  T
Q  101 tggagtaaacataattggaccggtgggtgtgttaggaggacacctttggagtgtgaaagggtcaacaataaaaccaccagtacaaaggaagatgggtttt 200  Q
    |||| |  |||||| ||||||||||||||||||||||| ||  ||||| |||||   ||||  ||||||||||||||  | | ||||||||||| |||||    
T  20278076 tggaatggacataactggaccggtgggtgtgttaggagaaccactttgcagtgtagtagggataacaataaaaccacacggagaaaggaagatgcgtttt 20278175  T
Q  201 tgaaattgaagatggttaaagttccagattttgcagaaggtgtagctgtgacaccagaaatatgcagaagcttatgtttgcataattgctcctgcattgc 300  Q
    |||||||  ||| ||| ||||| |||| |||||| |||| | ||||||| |||||||| || ||||||||| |||| ||| | ||||| || ||| ||||    
T  20278176 tgaaattacagacggtgaaagtaccagcttttgctgaagctttagctgttacaccagacatttgcagaagcctatgcttggagaattgttcttgccttgc 20278275  T
Q  301 gtattctcatgattctgggattggctgtatgtcttggactgggaatctacttgacatacatcaactccaaagtggagggctcgatct 387  Q
     ||||| |||||||| | ||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||| || |||||    
T  20278276 atattcccatgattccgtgattggctgtatgtcgtggacagggaaactacttgacatacaacaactcgaaagtggaggacttgatct 20278362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 6 - 381
Target Start/End: Original strand, 20287673 - 20288051
Alignment:
Q  6 tttatggtatatgtggggcctttgcaagctgtagttcattgagctcaccaatatgtagctgtttgagaggatttgtacccagaaacatagaagaatggag 105  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||  | ||||||||| || |||||||||||||||| |||||| |||| | | || ||||     
T  20287673 tttatggtatatgtggggcattcgcaagctgtagttcattgaagttaccaatatgcagttgtttgagaggatttgaacccaggaacaaacaggagtggaa 20287772  T
Q  106 taaacataattggaccggtgggtgtgttaggaggacacctttggagtgtgaaagggtcaacaataaaaccaccagtaca---aaggaagatgggtttttg 202  Q
    || ||| || ||||| |||||||||||||| |||| || |||| |||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||   ||||||||||| ||||||    
T  20287773 tagacacaactggactggtgggtgtgttagaaggatacttttgcagtgtgaaagggtcaataataacaccacaagtacaaagaaggaagatggatttttg 20287872  T
Q  203 aaattgaagatggttaaagttccagattttgcagaaggtgtagctgtgacaccagaaatatgcagaagcttatgtttgcataattgctcctgcattgcgt 302  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||  |||  | |||||||| ||||| ||||||  ||| ||  | |||||||| |||||||| |    
T  20287873 aaattgaagatggttaaagttcctgattttgcacaaggttcagcacttacaccagacatatgtagaagccgatgcttagagaattgctcttgcattgcat 20287972  T
Q  303 attctcatgattctgggattggctgtatgtcttggactgggaatctacttgacatacatcaactccaaagtggagggct 381  Q
    |||||||     |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||| || ||| |||||||||    
T  20287973 attctcacaccgctgggattggttgtatgtcttggactgggaatctaattgatatacaacaattcaaaaatggagggct 20288051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 378
Target Start/End: Original strand, 20230080 - 20230457
Alignment:
Q  1 tgatgtttatggtatatgtggggcctttgcaagctgtagttcattgagctcaccaatatgtagctgtttgagaggatttgtacccagaaacatagaagaa 100  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||| |||||||||| | ||||| || |||||||||| ||| ||||  ||    |||||| | |||    
T  20230080 tgatgtttatggtctatgtggggcatttacaagctgtaattcattgagcacgccaatttgcagctgtttgaaagggtttgatccggtgaacatacaggaa 20230179  T
Q  101 tggagtaaacataattggaccggtgggtgtgttaggaggacacctttggagtgtgaaagggtcaacaataaaaccaccagtacaaaggaagatgggtttt 200  Q
    |||| || | | || ||||| || |||||||||||| ||| ||| ||| ||||| ||||| ||  ||||||||||||  ||| ||||||||| |||||||    
T  20230180 tggaatagaaacaactggactggcgggtgtgttaggcggaaaccattgcagtgtaaaaggatcggcaataaaaccacaggtagaaaggaagacgggtttt 20230279  T
Q  201 tgaaattgaagatggttaaagttccagattttgcagaaggtgtagctgtgacaccagaaatatgcagaagcttatgtttgcataattgctcctgcattgc 300  Q
    ||||| |  ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||  | |||||| || | |||||||| |||||||||| | |||||||| ||  ||||    
T  20230280 tgaaactacagatggttaaagttccagattttgctgaaggtttagaagggacacctgacagatgcagaatcttatgtttggagaattgctcttgtgttgc 20230379  T
Q  301 gtattctcatgattctgggattggctgtatgtcttggactgggaatctacttgacatacatcaactccaaagtggagg 378  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  20230380 gtattctcatgatgatgggattggctgtatgtcttggaccggcaatctacttgacatacaacaattccaaagtggagg 20230457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 136; E-Value: 8e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 360
Target Start/End: Original strand, 20272232 - 20272591
Alignment:
Q  1 tgatgtttatggtatatgtggggcctttgcaagctgtagttcattgagctcaccaatatgtagctgtttgagaggatttgtacccagaaacatagaagaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||| || |||||||||||| |||||| ||| |||||||| ||| | ||| |||   |||    
T  20272232 tgatgtttatggtatatgtggcgcatttgcaatctgtagttcatcgacctcaccaatatgcagctgtctgaaaggatttgaacctaaaaatatacgtgaa 20272331  T
Q  101 tggagtaaacataattggaccggtgggtgtgttaggaggacacctttggagtgtgaaagggtcaacaataaaaccaccagtacaaaggaagatgggtttt 200  Q
    ||||  | | | || ||| | |||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  20272332 tggaaaataaacaactggtctggtgggtgtgttaggaagacacctttgcagtgcgaaagggtccacaataaaaccacaagtacaaaggaagatgggattt 20272431  T
Q  201 tgaaattgaagatggttaaagttccagattttgcagaaggtgtagctgtgacaccagaaatatgcagaagcttatgtttgcataattgctcctgcattgc 300  Q
    ||||| |  ||| | ||||||||||||||||||| |||||| ||   || ||||| || |||||||||||| |||| ||| | |||||||| ||| ||||    
T  20272432 tgaaactacagacgattaaagttccagattttgctgaaggtttaatcgttacacctgacatatgcagaagcctatgcttggagaattgctcttgccttgc 20272531  T
Q  301 gtattctcatgattctgggattggctgtatgtcttggactgggaatctacttgacataca 360  Q
     ||||||||||||  ||||||||||||||||   |||||||  |||||||||||||||||    
T  20272532 atattctcatgatgatgggattggctgtatgctgtggactgcaaatctacttgacataca 20272591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 387
Target Start/End: Original strand, 20282554 - 20282941
Alignment:
Q  1 tgatgtttatggtatatgtggggcctttgcaagctgtagttcattgagctcaccaatatgtagct--gtttgagaggatttgtacccagaaacatagaag 98  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||  |||||||||||||| ||  || |||||||||||| ||| ||||||||| |||    
T  20282554 tgatgcttatggtatatgtggggcatttgcaagctgtaattcattggtctcaccaatatgtatctctgtctgagaggatttgaacctagaaacatacaag 20282653  T
Q  99 aatggagtaaacataattggaccggtgggtgtgttaggaggacacctttggagtgtgaaagggtcaacaataaaaccac-cagtacaaaggaagatgggt 197  Q
    |||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||  | ||  |||||||||||||| ||| | ||||||| || | |    
T  20282654 aatggaatatacataactggaccggtgggtgtgttaggagaacccctttgcagtgtggcaaggctaacaataaaaccacacag-agaaaggaatat-gct 20282751  T
Q  198 ttttgaaattgaagatggttaaagttccagattttgcagaaggtgtagctgtgacaccagaaatatgcagaagcttatgtttgcataattgctcctgcat 297  Q
    |||| ||| |  ||||||| ||||| || | |||||| |||| | ||||||| |||||||| || ||||||||| |||| ||| | ||||| || ||| |    
T  20282752 ttttcaaactacagatggtgaaagtaccggcttttgctgaagctttagctgttacaccagacatttgcagaagcctatgcttggagaattgttcttgcct 20282851  T
Q  298 tgcgtattctcatgattctgggattggctgtatgtcttggactgggaatctacttgacatacatcaactccaaagtggagggctcgatct 387  Q
    ||| ||||| |||||||| | ||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||    
T  20282852 tgcatattcccatgattccgtgattggctgtatgtcgtggacagggaaactacttgacatacaacaactccaaagtggaggacttgatct 20282941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 358
Target Start/End: Original strand, 20242030 - 20242387
Alignment:
Q  1 tgatgtttatggtatatgtggggcctttgcaagctgtagttcattgagctcaccaatatgtagctgtttgagaggatttgtacccagaaacatagaagaa 100  Q
    ||||||||||||| ||||||| |  ||| ||||||||| |||||||||||||||| | || || ||||||| |||||||| ||||||||| |     |||    
T  20242030 tgatgtttatggtctatgtggagattttacaagctgtaattcattgagctcaccagtttgcagttgtttgaaaggatttgaacccagaaatactcgtgaa 20242129  T
Q  101 tggagtaaacataattggaccggtgggtgtgttaggaggacacctttggagtgtgaaagggtcaacaataaaaccaccagtacaaaggaagatgggtttt 200  Q
    ||||||| | | || ||||| || ||||||||||||  || |||||||  |||| ||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||     
T  20242130 tggagtagaaacaactggactggcgggtgtgttaggcagagacctttgctgtgtaaaagggtcaccaataaaaccacaagtagaaaggaagatgggtttc 20242229  T
Q  201 tgaaattgaagatggttaaagttccagattttgcagaaggtgtagctgtgacaccagaaatatgcagaagcttatgtttgcataattgctcctgcattgc 300  Q
    ||||| |  ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| || ||||| || | |||||||| |||||||||  | |||||||| ||  ||||    
T  20242230 tgaaactacagatggttaaagttccagattttgctgaaggtttagcagttacacctgacacatgcagaatcttatgtttagagaattgctcttgtgttgc 20242329  T
Q  301 gtattctcatgattctgggattggctgtatgtcttggactgggaatctacttgacata 358  Q
    |||||||||| ||  || ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  20242330 gtattctcatcatgatgtgattggctgtatgtcttggaccggcaatctacttgacata 20242387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 20064165 - 20063810
Alignment:
Q  1 tgatgtttatggtatatgtggggcctttgcaagctgtagttcattgagctcaccaatatgtagctgtttgagaggatttgtacccagaaacatagaagaa 100  Q
    |||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||| |||||||| ||| || | |||| | |||    
T  20064165 tgatgtatatggtacatgtggggcatttgcaagctgtagttcattgaacacaccaatatgcagctgtttgaaaggatttgaacctaggagcatacaggaa 20064066  T
Q  101 tggagtaaacataattggaccggtgggtgtgttaggaggacacctttggagtgtgaaagggtcaacaataaaaccaccagtacaaaggaagatgggtttt 200  Q
    |||| || | | || ||||| ||||||||||||||||||||| | ||| | |||||||           ||||     |||||||| |||||||||||||    
T  20064065 tggaatagaaacaactggacaggtgggtgtgttaggaggacatcattgaaatgtgaaac----------aaaa-----agtacaaaagaagatgggtttt 20063981  T
Q  201 tgaaattgaagatggttaaagttccagattttgcagaaggtgtagctgtgacaccagaaatatgcagaagcttatgtttgcataattgctcctgcattgc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||   ||  |||||| |||||| || ||||||||||| ||||| ||| | |||||||| |||| |||    
T  20063980 tgaaattgaagatggttaaagttcctgattttgcaagtggaatagctgagacaccggacatatgcagaaggttatgcttggagaattgctcttgcactgc 20063881  T
Q  301 gtattctcatgattctgggattggctgtatgtcttggactgggaatctacttgacatacatcaactccaaa 371  Q
    ||| ||| | ||| |||||||||| |||||| |||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||    
T  20063880 gtactctaacgatgctgggattggttgtatgacttggactgggaacttacttgacatacaacaactccaaa 20063810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 151 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 20090564 - 20090388
Alignment:
Q  151 gtgtgaaagggtcaacaataaaaccaccagtacaaaggaagatgggtttttgaaattgaagatggttaaagttccagattttgcagaaggtgtagctgtg 250  Q
    |||| ||| ||| ||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  20090564 gtgtcaaaaggttaacaacaaaaccacaaatacaaaggaagatgggtttttgaaattgaagatggttaaagttccagattttgcagaaggtgtagctgtt 20090465  T
Q  251 acaccagaaatatgcagaagcttatgtttgcataattgctcctgcattgcgtattctcatgattctgggattggctg 327  Q
     |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||  ||| |||||||||    
T  20090464 gcaccagaaatatgcagcagcttatgtttgcataattgctcctgcgttgcgtattgtcacgacactgagattggctg 20090388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 378
Target Start/End: Original strand, 20262663 - 20263025
Alignment:
Q  1 tgatgtttatggtatatgtggggcctttgcaagctgtagttcattgagctcaccaatatgtagctgtttgagaggatttgtacccagaaacatagaagaa 100  Q
    ||||||||||||| | ||||| |  ||| ||||||||| |||||||||||||||  |||| || ||||||| |||||||| ||||||||| |     |||    
T  20262663 tgatgtttatggtctctgtggagaatttacaagctgtaattcattgagctcaccggtatgcagttgtttgaaaggatttgaacccagaaatactcgtgaa 20262762  T
Q  101 tggagtaaacataattggaccggtgggtgtgttaggaggacacctttggagtgtgaaagggtcaacaataaaaccaccagtacaaaggaagatgggtttt 200  Q
    ||||||| | | || ||||| || |||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||| ||| |||||||||      ||||         |||||||    
T  20262763 tggagtagaaacaactggactggcgggtgtgttaggcggagacctttgcagtgtgaaaggatcagcaataaaac------taca---------gggtttt 20262847  T
Q  201 tgaaattgaagatggttaaagttccagattttgcagaaggtgtagctgtgacaccagaaatatgcagaagcttatgtttgcataattgctcctgcattgc 300  Q
    | ||| |  ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||  |||| || | ||||| || |||||||||| | |||||||| ||  ||||    
T  20262848 tcaaactacagatggttaaagttccagattttgctgaaggtttagcagttgcacctgacaaatgcaaaatcttatgtttggagaattgctcttgtgttgc 20262947  T
Q  301 gtattctcatgattctgggattggctgtatgtcttggactgggaatctacttgacatacatcaactccaaagtggagg 378  Q
    |||||||||| ||  || |||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  20262948 gtattctcatcatgatgtgattggctgtatgtcttggacccgaaatctacttgacatacaacaattccaaagtggagg 20263025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 1 - 145
Target Start/End: Original strand, 19937430 - 19937574
Alignment:
Q  1 tgatgtttatggtatatgtggggcctttgcaagctgtagttcattgagctcaccaatatgtagctgtttgagaggatttgtacccagaaacatagaagaa 100  Q
    ||||||||||||| |||||||    ||||||||||||| ||||   ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||  || || |||| ||| |||    
T  19937430 tgatgtttatggtgtatgtggacattttgcaagctgtaattcacaaagctcaccaatatgtagctgtttgaaagggtttgagccaaggaacaaagaggaa 19937529  T
Q  101 tggagtaaacataattggaccggtgggtgtgttaggaggacacct 145  Q
    |||| |||||| ||||||||||  || ||||||||||||||||||    
T  19937530 tggaataaacaaaattggaccgaaggatgtgttaggaggacacct 19937574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 1 - 145
Target Start/End: Original strand, 19968569 - 19968713
Alignment:
Q  1 tgatgtttatggtatatgtggggcctttgcaagctgtagttcattgagctcaccaatatgtagctgtttgagaggatttgtacccagaaacatagaagaa 100  Q
    ||||||||||||| |||||||    ||||||||||||| ||||   ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||  || || |||| ||| |||    
T  19968569 tgatgtttatggtgtatgtggacattttgcaagctgtaattcacaaagctcaccaatatgtagctgtttgaaagggtttgagccaaggaacaaagaggaa 19968668  T
Q  101 tggagtaaacataattggaccggtgggtgtgttaggaggacacct 145  Q
    |||| |||||| ||||||||||  || ||||||||||||||||||    
T  19968669 tggaataaacaaaattggaccgaaggatgtgttaggaggacacct 19968713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 49 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 47602182 - 47602086
Alignment:
Q  49 ctcaccaatatgtagctgtttgagaggatttgtacccagaaacatagaagaatggagtaaacataattggaccggtgggtgtgttaggaggacacct 145  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| ||| |||| ||| || |||| |||  |||||| || ||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  47602182 ctcactaatatgtagctatttgaaagggtttgaaccaaggaacaaagagaaatggaatagacaaaaatggactggtgggtgtgttaggaggacacct 47602086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 284 - 360
Target Start/End: Original strand, 19937728 - 19937804
Alignment:
Q  284 aattgctcctgcattgcgtattctcatgattctgggattggctgtatgtcttggactgggaatctacttgacataca 360  Q
    |||||||| ||  |||| |||||| ||||| |||  ||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  19937728 aattgctcttgtgttgcatattcttatgatgctgacattggttgtatgtcttggactgggaacctagttgacataca 19937804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 284 - 360
Target Start/End: Original strand, 19968867 - 19968943
Alignment:
Q  284 aattgctcctgcattgcgtattctcatgattctgggattggctgtatgtcttggactgggaatctacttgacataca 360  Q
    |||||||| ||  |||| |||||| ||||| |||  ||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  19968867 aattgctcttgtgttgcatattcttatgatgctgacattggttgtatgtcttggactgggaacctagttgacataca 19968943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 283; Significance: 1e-158; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 1 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 40820802 - 40820416
Alignment:
Q  1 tgatgtttatggtatatgtggggcctttgcaagctgtagttcattgagctcaccaatatgtagctgtttgagaggatttgtacccagaaacatagaagaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40820802 tgatgtttatggtatatgtgcagcatttgcaagctgtagtttattgagctcgccaatatgtagctgttttagaggatttgtacccagaaacatagaagaa 40820703  T
Q  101 tggagtaaacataattggaccggtgggtgtgttaggaggacacctttggagtgtgaaagggtcaacaataaaaccaccagtacaaaggaagatgggtttt 200  Q
    ||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  40820702 tggagtatacataattggacgggtcggtgtgttaggaggacacctttggagtgtgaaaggatcagcaataaaaccacgagtacaaaggaaaatgggtttt 40820603  T
Q  201 tgaaattgaagatggttaaagttccagattttgcagaaggtgtagctgtgacaccagaaatatgcagaagcttatgtttgcataattgctcctgcattgc 300  Q
    |||||||| |   |||| ||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||    
T  40820602 tgaaattgcatgcggttgaagtttcagaatttgcagaaggtgtagctgttacaccagacatatgcagaagcttatgtctgcacaattgctcctgcgttgc 40820503  T
Q  301 gtattctcatgattctgggattggctgtatgtcttggactgggaatctacttgacatacatcaactccaaagtggagggctcgatct 387  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  40820502 gtattctcatgattctgggattggctgtatgtcttggactgggaatctacttgacatacatcaactccaaagtggaggactcgatct 40820416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 5 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 40825466 - 40825111
Alignment:
Q  5 gtttatggtatatgtggggcctttgcaagctgtagttcattgagctcaccaatatgtagctgtttgagaggatttgtacccagaaacatagaagaatgga 104  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||  | ||| ||||| || |||||||||||||||| |||||| |||| | | || ||||    
T  40825466 gtttatggtatatgtggggcattttcaagctgtagttcattgaagttaccgatatgcagttgtttgagaggatttgaacccaggaacaaacaggagtgga 40825367  T
Q  105 gtaaacataattggaccggtgggtgtgttaggaggacacctttggagtgtgaaagggtcaacaataaaaccaccagtacaaaggaagatgggtttttgaa 204  Q
     || ||| || ||||| |||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||| |||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||||||||    
T  40825366 atagacacaactggacaggtgggtgtgttagaaggacacttttgcagtgtgaaaaggtcaataataagacaacaagtacaaaggaagatgggtttttgaa 40825267  T
Q  205 attgaagatggttaaagttccagattttgcagaaggtgtagctgtgacaccagaaatatgcagaagcttatgtttgcataattgctcctgcattgcgtat 304  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||||| || ||  ||| || |||||||| ||||| | ||||  |||  |  | |||||||| |||||||| |||    
T  40825266 attgcagatggttaaagttcctgattttgcacaaagttcagcagttacaccagacatatgtaaaagccaatgcatagagaattgctcttgcattgcatat 40825167  T
Q  305 tctcatgattctgggattggctgtatgtcttggactgggaatctacttgacataca 360  Q
    |||||     |||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||| |||||    
T  40825166 tctcacaccactgggattggttgtatgtcttggactggcaatctaattgatataca 40825111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University