View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF1902_low_7 (Length: 375)
Name: NF1902_low_7
Description: NF1902
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1902_low_7 |
 | |
|
| [»] scaffold0697 (2 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 334; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 334; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 13341045 - 13340688
Alignment:
| Q |
9 |
aacacaggcgaacgatggacatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgccggaagctgacaaaagtagatata |
108 |
Q |
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| T |
13341045 |
aacacagacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacctacatcaaggtcaatgtgcctgaagctgacaaaagtagatata |
13340946 |
T |
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| Q |
109 |
gaacaagaaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcgccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctga |
208 |
Q |
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| T |
13340945 |
ggacaaggaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcgccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctga |
13340846 |
T |
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| Q |
209 |
ctctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagcatagattaatattaaaataaaacatgtcttgcat |
308 |
Q |
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|
| T |
13340845 |
ctctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagcatagattaatattaaaataaaacatgtcttgcat |
13340746 |
T |
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| Q |
309 |
agtttatagattttaactattgttttatttatgatagggtattattatttatgtgatg |
366 |
Q |
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|
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| T |
13340745 |
agtttatagattttaactattgttttatttatgatagggtattattatttatgtgatg |
13340688 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 9 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 13330130 - 13330030
Alignment:
| Q |
9 |
aacacaggcgaacgatggacatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgccggaagctgacaaaagtagatata |
108 |
Q |
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| T |
13330130 |
aacacagacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacctacatcaaggtcaatgtgcctgaagctgacaaaagtagatata |
13330031 |
T |
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| Q |
109 |
g |
109 |
Q |
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|
| |
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| T |
13330030 |
g |
13330030 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 326; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 326; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 5670578 - 5670221
Alignment:
| Q |
9 |
aacacaggcgaacgatggacatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgccggaagctgacaaaagtagatata |
108 |
Q |
| |
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| T |
5670578 |
aacacagacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacctacatcaaggtcaatgtgcctgaagctgacaaaagtagatata |
5670479 |
T |
|
| Q |
109 |
gaacaagaaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcgccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctga |
208 |
Q |
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| T |
5670478 |
ggacaaggaagggtgagatagctacaaatatgttaggtatatgctcgccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctga |
5670379 |
T |
|
| Q |
209 |
ctctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagcatagattaatattaaaataaaacatgtcttgcat |
308 |
Q |
| |
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|
| T |
5670378 |
ctctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagcatagattaatattaaaataaaacatgtcttgcat |
5670279 |
T |
|
| Q |
309 |
agtttatagattttaactattgttttatttatgatagggtattattatttatgtgatg |
366 |
Q |
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|
|
| T |
5670278 |
agtttatagattttaactattgttttatttatgatagggtattattatttatgtgatg |
5670221 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 306; Significance: 1e-172; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 9 - 366
Target Start/End: Original strand, 10639162 - 10639519
Alignment:
| Q |
9 |
aacacaggcgaacgatggacatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgccggaagctgacaaaagtagatata |
108 |
Q |
| |
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|
|
| T |
10639162 |
aacacagacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgccggaagctgacaaaagtagatata |
10639261 |
T |
|
| Q |
109 |
gaacaagaaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcgccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctga |
208 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10639262 |
gaacaaggaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcaccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctga |
10639361 |
T |
|
| Q |
209 |
ctctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagcatagattaatattaaaataaaacatgtcttgcat |
308 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
10639362 |
ctctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagtataaattaatataaaaataaaatatgtcttgcat |
10639461 |
T |
|
| Q |
309 |
agtttatagattttaactattgttttatttatgatagggtattattatttatgtgatg |
366 |
Q |
| |
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||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
10639462 |
agtttatgggttttaacttcagttttatttatgatagggtattattatttatgtgatg |
10639519 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 9 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 32716449 - 32716092
Alignment:
| Q |
9 |
aacacaggcgaacgatggacatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgccggaagctgacaaaagtagatata |
108 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32716449 |
aacacagacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgccggaagctgacaaaagtagatata |
32716350 |
T |
|
| Q |
109 |
gaacaagaaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcgccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctga |
208 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32716349 |
gaacaaggaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcaccagatttacaattcatttatgttttacctggttgggagggatcagctgctga |
32716250 |
T |
|
| Q |
209 |
ctctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagcatagattaatattaaaataaaacatgtcttgcat |
308 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||| | ||||||||| |
|
|
| T |
32716249 |
ctctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagtataaattaatataaaaataaaatacgtcttgcat |
32716150 |
T |
|
| Q |
309 |
agtttatagattttaactattgttttatttatgatagggtattattatttatgtgatg |
366 |
Q |
| |
|
||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32716149 |
agtttatgggttttaacttcagttttatttatgatagggtattattatttatgtgatg |
32716092 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 302; Significance: 1e-170; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 302; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 9 - 366
Target Start/End: Original strand, 26662963 - 26663320
Alignment:
| Q |
9 |
aacacaggcgaacgatggacatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgccggaagctgacaaaagtagatata |
108 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26662963 |
aacacagacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgctggaagctgacaaaagtagatata |
26663062 |
T |
|
| Q |
109 |
gaacaagaaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcgccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctga |
208 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26663063 |
gaacaaggaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcaccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctga |
26663162 |
T |
|
| Q |
209 |
ctctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagcatagattaatattaaaataaaacatgtcttgcat |
308 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
26663163 |
ctctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagtataaattaatataaaaataaaatatgtcttgcat |
26663262 |
T |
|
| Q |
309 |
agtttatagattttaactattgttttatttatgatagggtattattatttatgtgatg |
366 |
Q |
| |
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||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26663263 |
agtttatggattttaacttcaggtttatttatgatagggtattattatttatgtgatg |
26663320 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 302; Significance: 1e-170; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 302; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 9 - 366
Target Start/End: Original strand, 22903222 - 22903579
Alignment:
| Q |
9 |
aacacaggcgaacgatggacatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgccggaagctgacaaaagtagatata |
108 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22903222 |
aacacagacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgccggaagctgacaaaagtagatata |
22903321 |
T |
|
| Q |
109 |
gaacaagaaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcgccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctga |
208 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22903322 |
gaacaaggaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcaccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctga |
22903421 |
T |
|
| Q |
209 |
ctctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagcatagattaatattaaaataaaacatgtcttgcat |
308 |
Q |
| |
|
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| T |
22903422 |
ctctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagtataaattaatataaaaataaaatacgtcttgcat |
22903521 |
T |
|
| Q |
309 |
agtttatagattttaactattgttttatttatgatagggtattattatttatgtgatg |
366 |
Q |
| |
|
||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22903522 |
agtttatgggttttaacttcagttttatttatgatagggtattattatttatgtgatg |
22903579 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 150; Significance: 3e-79; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 39 - 366
Target Start/End: Original strand, 34149051 - 34149379
Alignment:
| Q |
39 |
aattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgccggaagctgacaaaagtagatatagaacaagaaagggtgagatagctacaaatg |
138 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| | |
|
|
| T |
34149051 |
aattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgcccgaagctgacaaaactagattcagaacaaggaagggtgagatagcaacaaacg |
34149150 |
T |
|
| Q |
139 |
tgttaggtgtatgctcgccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgactctagagtccttagagatgctatttctcg |
238 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||| |||||| | ||||| |||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
34149151 |
tgttgggtgtatgctcaccagatatgcaatttatatatgtgttgcctgggtgggaaggttcagctgctgattctagagtcctcagaaatgctatttctcg |
34149250 |
T |
|
| Q |
239 |
accaaatggtttaaaggttcctcaaggtaca-atagcatagattaatattaaaataaaacatgtcttgcatagtttata-gattttaactattgttttat |
336 |
Q |
| |
|
| ||||||| |||| |||||||||||||| | | | |||| ||| || |||| ||| |||||||||| |||| |||||| || ||| | | |||||| |
|
|
| T |
34149251 |
aacaaatgggttaagggttcctcaaggtatacacaacataaattcatgttaatatagaacatgtcttacata-tttataggaaaataattttaattttat |
34149349 |
T |
|
| Q |
337 |
ttatgatagggtattattatttatgtgatg |
366 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34149350 |
ttgtgatagggtattattatttatgtgatg |
34149379 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0697 (Bit Score: 126; Significance: 7e-65; HSPs: 2)
Name: scaffold0697
Description:
Target: scaffold0697; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 7e-65
Query Start/End: Original strand, 9 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 5682 - 5537
Alignment:
| Q |
9 |
aacacaggcgaacgatggacatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgccggaagctgacaaaagtagatata |
108 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5682 |
aacacagacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcattgtgccagaagctgacaaaagtagatata |
5583 |
T |
|
| Q |
109 |
gaacaagaaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctc |
154 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5582 |
gaacaaggaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctc |
5537 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0697; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 210 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 5529 - 5372
Alignment:
| Q |
210 |
tctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagcatagattaatattaaaataaaacatgtcttgcata |
309 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||| ||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
5529 |
tctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaagatacaatagtataaattaatataaaaataaaatatgtcttgcata |
5430 |
T |
|
| Q |
310 |
gtttataga-ttttaactattgttttatttatgatagggtattattatttatgtgatg |
366 |
Q |
| |
|
|||||| || |||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5429 |
gtttatggatttttaacttcaggtttatttatgacagggtattattatttatgtgatg |
5372 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 53; Significance: 2e-21; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 39 - 95
Target Start/End: Complemental strand, 48943486 - 48943430
Alignment:
| Q |
39 |
aattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgccggaagctgac |
95 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
48943486 |
aattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgcccgaagctgac |
48943430 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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