View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF19030_low_10 (Length: 458)
Name: NF19030_low_10
Description: NF19030
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF19030_low_10 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 416; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 416; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 445
Target Start/End: Original strand, 2797905 - 2798332
Alignment:
| Q |
18 |
aataaatccagatttctcatgggatgacagagtacatggatatgttgagccgttttgggtgattgtggaggataatgatggggaaaatatccttcatcac |
117 |
Q |
| |
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| T |
2797905 |
aataactccagatttctcatgggatgacagagtacatggatgtgttgagccgttttgggtgattgtggaggataatgatggggaaaatatccttcatcac |
2798004 |
T |
|
| Q |
118 |
gagtattttatgctgaaaaaacaatatattgatgaggatcatactttgaatttcatagtaccaatatatgaacctcttcctcctcaatactttatccgtg |
217 |
Q |
| |
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|
|
| T |
2798005 |
gagtattttatgctgaaaaaacaatatattgatgagaatcatactttgaatttcatagtaccaatatatgaacctcttcctcctcaatactttatccgtg |
2798104 |
T |
|
| Q |
218 |
ttgtttctgataggtggcttggatcccaaactgttttacctgtttctttcaggcacataattttacctgaaaagtatcctccacctactgagctgttgga |
317 |
Q |
| |
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| T |
2798105 |
ttgtttctgataggtggcttggatcccaaactgttttacctgtttctttcaggcacataattttacctgaaaagtatcctccacctactgagctgttgga |
2798204 |
T |
|
| Q |
318 |
tctgcagccactgcctgtgacagccttacaaagtccttcttatgaaactctttatcaggattttaagcattttaatcctatacagacacaagtcttcaca |
417 |
Q |
| |
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| T |
2798205 |
tctgcagccactgcctgtgacagccttacaaagtccttcttatgaaactctttatcaggattttaagcattttaatcctatacagacacaagtcttcaca |
2798304 |
T |
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| Q |
418 |
gctctgtataattctgatgacaatgcct |
445 |
Q |
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| T |
2798305 |
gctctgtataattctgatgacaatgcct |
2798332 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 401; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 1673816 - 1673393
Alignment:
| Q |
24 |
tccagatttctcatgggatgacagagtacatggatat--gttgagccgttttgggtgattgtggaggataatgatggggaaaatatccttcatcacgagt |
121 |
Q |
| |
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|
| T |
1673816 |
tccagatttctcatgggatgacagagtacatggatatatgttgagccgttttgggtgattgtggaggataatgatggggaaaatattcttcatcacgagt |
1673717 |
T |
|
| Q |
122 |
attttatgctgaaaaaacaatatattgatgaggatcatactttgaatttcatagtaccaatatatgaacctcttcctcctcaatactttatccgtgttgt |
221 |
Q |
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|
| T |
1673716 |
attttatgctgaaaaaacaatatgttgatgaggatcatactttgaatttcatagtaccaatatatgaacctcttcctcctcaatactttatccgtgttgt |
1673617 |
T |
|
| Q |
222 |
ttctgataggtggcttggatcccaaactgttttacctgtttctttcaggcacataattttacctgaaaagtatcctccacctactgagctgttggatctg |
321 |
Q |
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| T |
1673616 |
ttctgataggtggcttggatcccaaactgatttacctgtttctttcaggcacataattttacctgaaaagtatcctccacctactgagctgttggatctg |
1673517 |
T |
|
| Q |
322 |
cagccactgcctgtgacagccttacaaagtccttcttatgaaactctttatcaggattttaagcattttaatcctatacagacacaagtcttcacagctc |
421 |
Q |
| |
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|
| T |
1673516 |
cagccactgcctgtgacagccttacaaagtccttcttatgaaactctttatcaggattttaagcattttaatcctatacagacacaagtcttcacagctc |
1673417 |
T |
|
| Q |
422 |
tgtataattctgatgacaatgcct |
445 |
Q |
| |
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|
| T |
1673416 |
tgtataattctgatgacaatgcct |
1673393 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 401; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 1676291 - 1675868
Alignment:
| Q |
24 |
tccagatttctcatgggatgacagagtacatggatat--gttgagccgttttgggtgattgtggaggataatgatggggaaaatatccttcatcacgagt |
121 |
Q |
| |
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|
|
| T |
1676291 |
tccagatttctcatgggatgacagagtacatggatatatgttgagccgttttgggtgattgtggaggataatgatggggaaaatattcttcatcacgagt |
1676192 |
T |
|
| Q |
122 |
attttatgctgaaaaaacaatatattgatgaggatcatactttgaatttcatagtaccaatatatgaacctcttcctcctcaatactttatccgtgttgt |
221 |
Q |
| |
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|
|
| T |
1676191 |
attttatgctgaaaaaacaatatgttgatgaggatcatactttgaatttcatagtaccaatatatgaacctcttcctcctcaatactttatccgtgttgt |
1676092 |
T |
|
| Q |
222 |
ttctgataggtggcttggatcccaaactgttttacctgtttctttcaggcacataattttacctgaaaagtatcctccacctactgagctgttggatctg |
321 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
1676091 |
ttctgataggtggcttggatcccaaactgatttacctgtttctttcaggcacataattttacctgaaaagtatcctccacctactgagctgttggatctg |
1675992 |
T |
|
| Q |
322 |
cagccactgcctgtgacagccttacaaagtccttcttatgaaactctttatcaggattttaagcattttaatcctatacagacacaagtcttcacagctc |
421 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
1675991 |
cagccactgcctgtgacagccttacaaagtccttcttatgaaactctttatcaggattttaagcattttaatcctatacagacacaagtcttcacagctc |
1675892 |
T |
|
| Q |
422 |
tgtataattctgatgacaatgcct |
445 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1675891 |
tgtataattctgatgacaatgcct |
1675868 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 401; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 1682819 - 1682396
Alignment:
| Q |
24 |
tccagatttctcatgggatgacagagtacatggatat--gttgagccgttttgggtgattgtggaggataatgatggggaaaatatccttcatcacgagt |
121 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
1682819 |
tccagatttctcatgggatgacagagtacatggatatatgttgagccgttttgggtgattgtggaggataatgatggggaaaatattcttcatcacgagt |
1682720 |
T |
|
| Q |
122 |
attttatgctgaaaaaacaatatattgatgaggatcatactttgaatttcatagtaccaatatatgaacctcttcctcctcaatactttatccgtgttgt |
221 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1682719 |
attttatgctgaaaaaacaatatgttgatgaggatcatactttgaatttcatagtaccaatatatgaacctcttcctcctcaatactttatccgtgttgt |
1682620 |
T |
|
| Q |
222 |
ttctgataggtggcttggatcccaaactgttttacctgtttctttcaggcacataattttacctgaaaagtatcctccacctactgagctgttggatctg |
321 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1682619 |
ttctgataggtggcttggatcccaaactggtttacctgtttctttcaggcacataattttacctgaaaagtatcctccacctactgagctgttggatctg |
1682520 |
T |
|
| Q |
322 |
cagccactgcctgtgacagccttacaaagtccttcttatgaaactctttatcaggattttaagcattttaatcctatacagacacaagtcttcacagctc |
421 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1682519 |
cagccactgcctgtgacagccttacaaagtccttcttatgaaactctttatcaggattttaagcattttaatcctatacagacacaagtcttcacagctc |
1682420 |
T |
|
| Q |
422 |
tgtataattctgatgacaatgcct |
445 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1682419 |
tgtataattctgatgacaatgcct |
1682396 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 229; Significance: 1e-126; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 18 - 442
Target Start/End: Original strand, 29267078 - 29267502
Alignment:
| Q |
18 |
aataaatccagatttctcatgggatgacagagtacatggatatgttgagccgttttgggtgattgtggaggataatgatggggaaaatatccttcatcac |
117 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
29267078 |
aataactccagattttgcatgggatgacagaatgcatggatatgttgagccgttctgggtgattgtggaggataatgatggtgaatatatccttcatcat |
29267177 |
T |
|
| Q |
118 |
gagtattttatgctgaaaaaacaatatattgatgaggatcatactttgaatttcatagtaccaatatatgaacctcttcctcctcaatactttatccgtg |
217 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||||||||||| || ||||| ||||| || ||||||||||| | ||| || ||||| || |||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
29267178 |
gagtattttttgctgaaaaaacagtacattgaggaggaccacactttgaattttacagtgccgatatacgagcctcttcctcctcaatacttcatccgtg |
29267277 |
T |
|
| Q |
218 |
ttgtttctgataggtggcttggatcccaaactgttttacctgtttctttcaggcacataattttacctgaaaagtatcctccacctactgagctgttgga |
317 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| |
|
|
| T |
29267278 |
ttgtttctgataaatggcttggatcccaaactgttctgcctgtttctttcaggcatctaattttacctgaaaagtatcctccgcctactgaactattgga |
29267377 |
T |
|
| Q |
318 |
tctgcagccactgcctgtgacagccttacaaagtccttcttatgaaactctttatcaggattttaagcattttaatcctatacagacacaagtcttcaca |
417 |
Q |
| |
|
|||||| ||||| || || || |||||| || ||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29267378 |
tctgcaaccacttccagttactgccttaagaaatccatcatatgaagctctttatcaggattttaagcatttcaacccagtacagacacaagtcttcaca |
29267477 |
T |
|
| Q |
418 |
gctctgtataattctgatgacaatg |
442 |
Q |
| |
|
| || ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29267478 |
gtgctatataattctgatgacaatg |
29267502 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 175; E-Value: 5e-94
Query Start/End: Original strand, 18 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 29186265 - 29185844
Alignment:
| Q |
18 |
aataaatccagatttctcatgggatgacagagtacatggatatgttgagccgttttgggtgattgtggaggataatgatggggaaaatatccttcatcac |
117 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||| |||||||||||| | | |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| | | | ||||||||||| |
|
|
| T |
29186265 |
aataactccagattttgcatgggatgacataatgcatggatatgttgagccgttctgggtgattatggaggataaagatggtgcacagatccttcatcat |
29186166 |
T |
|
| Q |
118 |
gagtattttatgctgaaaaaacaatatattgatgaggatcatactttgaatttcatagtaccaatatatgaacctcttcctcctcaatactttatccgtg |
217 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||||||||||| | ||| | |||||||| ||||||||||||| ||| ||||| | | ||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
29186165 |
gagtattttttgctgaaaaaacagcacattaaggaggatcacactttgaatttcacagtgtcaatagacaagtgtcttcctcctcaatactctatccgtg |
29186066 |
T |
|
| Q |
218 |
ttgtttctgataggtggcttggatcccaaactgttttacctgtttctttcaggcacataattttacctgaaaagtatcctccacctactgagctgttgga |
317 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| || | |||||||||||||| |||||| |||||||| || |||| |
|
|
| T |
29186065 |
ttgtttctgataaatggcttggatcccaaacagttttacctgtttcttgcagtcatctcattttacctgaaaactatcct---cctactgaactactgga |
29185969 |
T |
|
| Q |
318 |
tctgcagccactgcctgtgacagccttacaaagtccttcttatgaaactctttatcaggattttaagcattttaatcctatacagacacaagtcttcaca |
417 |
Q |
| |
|
|||||| ||||| || || || |||||| || ||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29185968 |
tctgcaaccacttccggttactgccttaagaaatccatcatatgaagctctttatcaggattttaagcatttcaatccagtacagacacaagtcttcaca |
29185869 |
T |
|
| Q |
418 |
gctctgtataattctgatgacaatg |
442 |
Q |
| |
|
| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29185868 |
gtactgtataattctgatgacaatg |
29185844 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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