View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19031_low_1 (Length: 790)

Name: NF19031_low_1
Description: NF19031
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19031_low_1
NF19031_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (17-777)||(50466656-50467416)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 722; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 722; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 777
Target Start/End: Original strand, 50466656 - 50467416
Alignment:
Q  17 atctataaaccattaaagttgactccatatcaagcttattagttactattagctagggaagttgggatctcttatccaaagcttcacaccttatcctata 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50466656 atctataaaccattaaagttgactccatatcaagcttattagttactattagctaggga-gttgggatctcttatccaaagcttcacaccttatcctata 50466754  T
Q  117 gagaaaacttagaaataataatgcacctgttttttctgtgactaaacaaatgcttgtacactgatccatgtgatcatgggtcctaaaataatggcttagt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50466755 gagaaaacttagaaataataatgcacctgttttttctgtgactaaacaaatgcttgtacactgatccatgtgatcatgggtcctaaaataatggcttagt 50466854  T
Q  217 tgtagataaaagtaacacttagcaaacttgaaaatgaggtttgagtagaggtccccaacattatttcttatcaaattaaagccattaagcttttaatagt 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50466855 tgtagataaaagtaacacttagcaaacttgaaaatgaggtttgagtagaggtccccaacattatttcttatcaaattaaagccattaagcttttaatagt 50466954  T
Q  317 aaacatgacaaagaataattgtaacctcatgatacataaaaggaatgataactatattacactaatgttgatgaatcaataagtactttggtagtgatta 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50466955 aaacatgacaaagaataattgtaacctcatgatacataaaaggaatgataactatattacactaatgttgatgaatcaataagtactttggtagtgatta 50467054  T
Q  417 catccaatggatgccttctacttaaggagaaaactccacgtgaattttatattgaataactgtcatttaattttaggcccttgttttcacaagtctggtt 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50467055 catccaatggatgccttctacttaaggagaaaactccacgtgaattttatattgaataactgtcatttaattttaggcccttgttttcacaagtctggtt 50467154  T
Q  517 ttactatagatcctcgtgaatctatatggatatttaatttcccacttgcactgttttgttgtcccattcttatgagaaaaatattg-tttcttttttgtt 615  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||    
T  50467155 ttactatagatcctcgtgaatctatatggatatttaatttcccacttgcactgttttgttgtcccattcttatgagaaaaatattgtttttttttttttt 50467254  T
Q  616 ttaagtcttacatatattttgttagttcagcagaaagataaataaaatctgataaataattattttgacggaatttgaatcccgaatctctcaaataaaa 715  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  50467255 ttaagtcttacatatattttgttagttcagcagaaagataaataaaatctgataaataattattttgacgaaatttgaatcccgaatctctcaaataaaa 50467354  T
Q  716 taatcatatgaaaaaattattgatgaaaatgtttttctatcatatataaatttacacaggtt 777  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  50467355 taatcatatgagaaaattattgatgaaaatgtttttctattatgtataaatttacacaggtt 50467416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University